At one point, the prison warden himself recommended McGowan's transfer out of the CMU citing his good behavior, but the warden was overruled by the Bureau of Prison's Counterterrorism Unit, working with the Joint Terrorism Task Force of the FBI.
A certa altura, o próprio supervisor da prisão recomendou a transferência de McGowan da CMU, citando o seu bom comportamento mas o supervisor foi ignorado pelo Gabinete da Unidade de Contraterrorismo da Prisão que trabalha com o Grupo de Trabalho Conjunto de Terrorismo do FBI.