On a more microscale, depression is associated  with a few things: the abnormal transmission or depletion of certain neurotransmitters, especially serotonin, norepinephrine, and dopamine, blunted circadian rhythms, or specific changes in the REM and slow-wave parts of your sleep cycle, and hormone abnormalities, such as high cortisol and deregulation of thyroid hormones.
I mindre skala förknippas depression med några saker: abnormal överföring eller uttömning av vissa signalsubstanser, i synnerhet serotonin,  noradrenalin och dopamin, avtrubbad dygnsrytm, eller specifika förändringar i REM-sömn  och andra delar av sömncykeln, och hormonella avvikelser som hög kortisolnivå och avr eglering av sköldkörtelhormoner.