JMF Nunes foi presidente do Conselho de Arbitragem da Associação de Futebol de Castelo Branco aproximadamente entre 2003 e 2011 e, desde Dezembro de 2011, é vogal da secção não profissional do Conselho de Arbitragem da Federação Portuguesa de Futebol, que inclui o Campeonato de Portugal, assim como as camadas jovens de futebol e o futsal.