À exceção dos Centros Distritais do Porto, Castelo Branco e Évora, onde ainda existiam estabelecimentos sob a gestão do Instituto, no resto do país, os estabelecimentos integrados foram saindo gradualmente da gestão direta do ISS, IP, e a ser assumidos por Instituições Particulares de Solidariedade Social, ao abrigo do art. 2, n 3, da Portaria n. 135/2012, que dispõe que "Os estabelecimentos integrados podem funcionar sob a gestão de outras entidades, designadamente instituições particulares de solidariedade social, através de acordos de gestão."