O Autor, ora Recorrido, apresentou contra-alegações, pugnando pela manutenção da decisão recorrida e, subsidiariamente, ampliou o objecto do recurso nos termos do artigo 636, n 1, do Código de Processo Civil, aplicável ex  do artigo 1 do Código de Processo nos Tribunais Administrativos, por o Tribunal a quo ter considerado que o acto impugnado não padecia dos seguintes vícios, violação de lei, uma vez que não era aplicável ao presente caso o Código do Procedimento Administrativo, mas antes o Regime Jurídico das Instituições de Ensino Superior, bem como o Regulamento Disciplinar dos Estudantes da Universidade do P...; prescrição do direito de instaurar o processo de inquérito; violação do prazo para ultimar a instrução e elaborar o relatório de inquérito, da Lei n 58/2008, de 9 de Setembro; violação do princípio da legalidade, na vertente da tipicidade; violação dos princípios da legalidade, da tipicidade e do nulla poena sine lege; erro sobre os pressupostos de facto; falta de fundamentação e violação do princípio da proporcionalidade.