Naturalmente, o princípio da livre apreciação da prova fica condicionado por todos os princípios de direito processual penal que regulem a matéria probatória e a apreensão da matéria de facto relevante para a decisão. Em particular o Tribunal deve respeitar os princípios: ne bis in idem, iudex debet iudicare secundum affegata et probata e in dubio pro reo.