De modo diferente do que ocorre na autópsia médico-legal, nas autópsias clínicas é obrigação do médico que tratava o indivíduo que entretanto faleceu, abordar a família ou o seu representante legal e depois de explicar os objetivos da autópsia anatomo-clínica, pedir autorização para a sua realização. Estas autópsias decorrem nos serviços de anatomia patológica dos hospitais.