Outra particularidade da tributação por métodos indiretos radica na distribuição da carga probatória. Sobre a AT recai a prova da verificação dos pressupostos da sua aplicação enquanto o sujeito passivo fica onerado com a prova do excesso na quantificação art. 7473 LGT, na linha do que dispõe o art. 34472 do Código.