Para além das penas se extinguirem por efeito da prescrição artigo 122 e seguintes do Código, apenas se podem extinguir pelo cumprimento, por força da morte do agente, por força de perdão genérico e por força de indulto artigos 127 e 128, do Código, sendo que a amnistia não extingue a pena, mas tem como efeito fazer cessar a execução tanto da pena como dos seus efeitos artigo 128, n 2, do Código.