O método indireto ou presuntivo constitui um método excecional de apurar o facto tributário, que só pode ter lugar quando o contribuinte não cumpra os deveres a que está obrigado, já que vigora no nosso ordenamento jurídico o princípio da declaração no apuramento da matéria tributável, presumindo-se a veracidade dos dados e apuramentos declarados caso o contribuinte disponha de contabilidade/escrita organizada segundo a lei comercial ou fiscal, exceto se se verificarem erros, inexatidões, omissões ou outros fundados indícios de que ela não reflecte a matéria tributável efectiva do contribuinte.