Face ao supra exposto, julgamos parcialmente procedente o presente recurso, revogando parcialmente a sentença recorrida, e julgando parcialmente procedente a impugnação, e consequentemente, anulando as liquidações de IVA dos exercícios de 2003 a 2006 e respectivos juros compensatórios, mantendo-se a sentença quanto ao mais, o que se determinará no dispositivo.