Assim, quando a Administração Tributária verifica que existem incorreções ao nível dos custos não fica legitimada a lançar mão de métodos indiretos: os custos não comprovados não impossibilitam o apuramento da matéria tributável por métodos diretos, já que a Administração Tributária deve, nos termos da lei, desconsiderar tais custos. Só assim não é quando a Administração Tributária não consiga deduzir ao montante global dos custos aqueles que não estão comprovados, designadamente por a contabilidade não discriminar os valores respetivos.