靈糧堂劉梅軒中學喺1998年由香港靈糧堂向政府申辦， 最初係叫做「大埔靈糧中學」。到咗第二年，學校用咗大埔區一間小學開始運作，喺嗰一年嘅8月16號正式接收校舍。由於學校開辦費用係由劉梅軒長老捐贈，所以正式校名亦改為「靈糧堂劉梅軒中學」。
此校於1998年由香港靈糧堂向政府申辦，並獲分配現址的校舍，初期暫名為「大埔靈糧中學」。至翌年年初，此校用大埔區一間小學開始運作，並於同年8月16日正式接收校舍，隨後開課。由於此校的開辦費用由劉梅軒長老捐贈，因而冠名，而正式校名亦因而改為「劉梅軒中學」。