聖公會蔡功譜中學學生會前身係五社聯會，啲參選學生必須係嚟自同一社別。跟尾個學生會成立喺1998年 ，取代咗個五社聯會，係由高中部學生自組內閣，而唔使同一社別組成嘅內閣，經由全校學生一人一票噉選舉出。每一年度嘅學生會主席，都可以由學校刻埋姓名到板上喺禮堂。領袖生方面，蔡功譜中學領袖生嘅職級分3種，總領袖生（3位）、副總領袖生（6位）同埋領袖生。由2010年開始，「領袖生組長」一職易名為「副總領袖生」。每一年度嘅總領袖生，個姓名都會刻埋喺禮堂份名錄度。至於四社，蔡功譜中學而家設立咗「仁」、「愛」、「忠」、「誠」四個學社。開始校創嗰陣原本係五社制度 ，即「紅」、「黃」、「藍」、「綠」、「棕」，跟尾校方改革社制決定由2011年9月開始實行四社制度。由2014年9月開始，四社改名成「仁」、「愛」、「忠」、「誠」，各社啲象徵動物都加埋，分別係羊、牛、鴿子、驢 。另外，學校其他啲校園組織仲包括有香港紅十字會青年團第179團 、香港童軍總會九龍地域何文田區九龍第30旅 、聖公會蔡功譜中學舊生會（2008年重組咗，但冇喺社團註冊處度註冊 ）。
聖公會蔡功譜中學學生會前身為五社聯會，各參選學生必須是同一社別。後來學生會於1998年成立，取代五社聯會，由高中部學生自組內閣，及不需要同一社別組成的內閣，經由全校學生一人一票選舉出來。每一年度的學生會主席，均可獲學校於禮堂刻上姓名於板上。在領袖生方面，蔡功譜中學領袖生的職級分為3種，總領袖生（3名）、副總領袖生（6名）及領袖生。在2010年起，「領袖生組長」一職易名為「副總領袖生」。每一年度的總領袖生，其姓名均會獲刻在禮堂的名錄上。至於四社，蔡功譜中學現時設立「仁」、「愛」、「忠」、「誠」四個學社。初校創時原為五社制度，即「紅」、「黃」、「藍」、「綠」、「棕」。卻由於校方改革社制，決定由2011年9月開始實行四社制度。自2014年9月起，四社易名為「仁」、「愛」、「忠」、「誠」，並加設各社的象徵動物，分別為羊、牛、鴿子和驢。另外，學校其他的校園組織還包括香港紅十字會青年團第179團、香港童軍總會九龍地域何文田區九龍第30旅、聖公會蔡功譜中學舊生會（2008年進行重組，但不向社團註冊處註冊。）。