Mængden af anidulafungin, der passerer blod- hjernebarrieren, er begrænset hos raske rotter, hvorimod det er vist, at anidulafungin kan passere blod- hjernebarrieren og reducere svampemængden i hjernen hos kaniner med dissemineret candidiasis.
Bei gesunden Ratten passierte Anidulafungin nur in beschränktem Ausmaß die Blut-Hirn-Schranke; bei Kaninchen mit disseminierter Candidiasis hat sich jedoch gezeigt, dass Anidulafungin die Blut- Hirn-Schranke passiert und den Pilzbefall im Gehirn verringert.