Ligesom med andre lægemidler mod hiv kan der ved brug af Atripla være en øget risiko for, at patienterne får lipodystrofi (forandringer i fordelingen af kropsfedt), knoglenekrose (knoglevævsdød) eller immunreaktiveringssyndrom (symptomer på infektion, der skyldes, at immunsystemet genvinder sin funktion).
Wie bei anderen Arzneimitteln gegen HIV besteht bei Patienten, die Atripla einnehmen, ein erhöhtes Risiko für die Entwicklung einer Lipodystrophie (Fettumverteilung), einer Osteonekrose (Absterben von Knochengewebe) oder eines Immun-Reaktivierungs-Syndroms (durch das sich erholende 2/3 Immunsystem verursachte Infektionssymptome).