Fondaparinux udskilles i modermælk hos rotter, om fondaparinux udskilles i modermælk hos mennesket vides ikke.
Fondaparinux sollte daher während der Schwangerschaft nur nach sorgfältiger Nutzen-Risiko-Abwägung angewendet werden. ng Fondaparinux geht bei Ratten in die Muttermilch über.