Der blev vedtaget to tillægs - og ændringsbudgetter i 2000, det første på mødet i oktober og det andet i december, hovedsagelig for at tage hensyn til oprettelsen af en særlig reserve til finansiering af agenturets aktiviteter vedrørende lægemidler til sjældne sygdomme, videreførelsen af Det Paneuropæiske Kontrolforum for Lægemidler (PERF) og antallet af gebyrrelaterede aktiviteter, der var højere end forventet.
Zu berücksichtigen waren insbesondere die Bildung einer speziellen Reserve für Maßnahmen im Hinblick auf Arzneimittel für seltene medizinische Leiden („ Orphan Medicinal Products“), die Fortsetzung des Pan-European Regulatory Forum on Pharmaceuticals (PERF) und unerwartet hohe Einnahmen durch gebührenpflichtige Tätigkeiten.