Som med alle andre non- nukleosid reverse transkriptasehæmmere (NNRTI’ ere) forekommer der hurtigt resistent virus, når efavirenz administreres som monoterapi.
Wie mit anderen nicht-nukleosidalen Reverse-Transkriptase-Hemmern (NNRTI) bilden sich schnell resistente Viren, wenn Efavirenz als Monotherapie gegeben wird.