Der venter store udfordringer forude, som EMEA er parat til at takle, nemlig udvidelsen af EU, gennemførelsen af 2001- revisionen, stigende antal kliniske undersøgelser, lægemiddelovervågning og inspektionstjenester, ansvar for Fællesskabets administrationssystemer for lægemiddelinformation, udvidelse af gennemsigtighedsprocessen til at omfatte samtlige aspekter, forbedring af agenturets evne til at håndhæve lovgivningen samt opfyldelse af dets internationale rolle.
Zu den bedeutenden Herausforderungen der Zukunft, denen die EMEA mit ganzem Einsatz begegnen wird, zählen die Erweiterung der Gemeinschaft, die Umsetzung der 2001 Revision der pharmazeutischen Gesetzgebung, die Zunahme der klinischen Prüfungen, die Pharmakovigilanz- und Inspektionstätigkeit, die Verantwortung für die Gemeinschaftssysteme zur Verwaltung von Arzneimittelinformationen, die Ausweitung der Transparenzbemühungen auf alle Tätigkeitsbereiche, die Verbesserung der Fähigkeit zur Durchsetzung von Vorschriften und die Erfüllung internationaler Pflichten.