Thomas Lönngren blev ansat i den svenske Lægemiddelstyrelse i 1990, først som direktør for operationelle anliggender og dernæst som vicegeneraldirektør.
1990 wechselte er zur schwedischen Arzneimittelbehörde, wo er zunächst Geschäftsleiter und später stellvertretender Generalsekretär war.