Samtidig brug af indinavir og rifampicin eller naturlægemidler med perikon (hypericum perforatum) er kontraindiceret.
Darüber hinaus darf Indinavir mit Ritonavir nicht mit Alfuzosin, Meperidin, Piroxicam, Propoxyphen, Bepridil, Encainid, Flecanid, Propafenon, Chinidin, Fusidinsäure, Clozapin, Clorazepat, Diazepam, Estazolam und Flurazepam angewandt werden.