Na základě údajů od 13 pacientů dosud neléčených antiretrovirotiky u kterých selhává léčba fosamprenavirem, a na základě omezených in vitro dat (místně cílená mutageneze), vedly cesty rezistence spojené s amprenavirem k omezené zkřížené rezistenci k lopinaviru (dostupné klinické údaje z 13 izolátů), zatímco citlivost na atazanavir (ze 4 izolátů) a tipranavir (ze 2 izolátů) se obecně zachovala.
Na osnovi podatkov, pridobljenih pri petindvajsetih bolnikih, ki predhodno še niso bili zdravljeni s protiretrovirusnimi zdravili in pri katerih je bilo zdravljenje z režimom, ki je vključeval fosamprenavir, neuspešno (pri enem od njih je bila v izhodišču prisotna odpornost na lopinavir in sakvinavir, pri enem pa na tipranavir), mehanizem rezistence, povezan z amprenavirjem, povzroča omejeno navzkrižno rezistenco na atazanavir/ ritonavir (trije od 25 izolatov), darunavir/ ritonavir (štirje od 25 izolatov), indinavir/ ritonavir (eden od 25 izolatov), lopinavir/ ritonavir (trije od 24 izolatov), sakvinavir (trije od 24 izolatov) in tipranavir/ ritonavir (štirje od 24 izolatov).