Účinky na virovou zátěž byly pravidelně výraznější u pacientů, léčených indinavirem v kombinaci s nukleosidovými analogy, avšak procenta nemocných s virovou RNA v séru pod hranicí kvantifikace (500 kopií/ ml) se mezi studiemi lišila, od 40% až po více než 80% po 24 týdnech.
Učinki na virusno obremenitev so bili pri bolnikih, zdravljenih z indinavirjem v kombinaciji z nukleozidnimi analogi, dosledno bolj izraziti, vendar je delež bolnikov s serumsko virusno RNA pod mejo določitve (500 kopij/ ml) med raziskavami v 24. tednu nihal od 40% do več kot 80%.