Mezi nejběžnější vedlejší účinky spojené s užíváním přípravku Cubicin (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří fungální infekce (plísňové a kvasinkové), bolest hlavy, nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, průjem, vyrážka, reakce v místě zavedení infuze, abnormální jaterní testy a zvýšení hladiny enzymu CPK v krvi (ukazatel poškození svalů).
Najpogostejši neželeni učinki zdravila Cubicin (opaženi pri več kot 1 bolniku od 10) so bile glivične okužbe (plesni in kvasovke), glavobol, navzeja (občutek slabosti), bruhanje, driska, izpuščaj, reakcije na mestu infundiranja, nenormalni jetrni testi ter povišane ravni krvnega encima, imenovanega CPK (označevalec poškodb mišic).