Nežádoucí účinky léčiva, které se objevily častěji ve skupině dostávající bosentan než ve skupině dostávající placebo (≥ 3% pacientů léčených bosentanem, s ≥ 2% rozdílem) byly bolest hlavy (15, 8% vs 12, 8%), návaly (6, 6% vs 1, 7%), zhoršená funkce jater (5, 9% vs 2, 1%), otok nohou (4, 7% vs 1, 4%) a anémie (3, 4% vs 1, 0%), přičemž všechny z nich byly závislé na dávce.
Neželeni učinki zdravila, ki so se pojavili bolj pogosto pri bosentanu kot pri placebu (≥ 3% bolnikov, ki so prejemali bosentan, z razliko ≥ 2%), so bili glavobol (15, 8% proti 12, 8%), rdečica obraza (6, 6% proti 1, 7%), moteno delovanje jeter (5, 9% proti 2, 1%), otekanje spodnjih okončin (4, 7% proti 1, 4%) in anemija (3, 4% proti 1, 0%), pri čemer so bili vsi neželeni učinki odvisni od odmerka.