Indinavir se reverzibilně váže na aktivní místo proteáz a kompetitivně inhibuje enzym a zabraňuje tak štěpení virových prekurzorů polyproteinů, k němuž dochází během zrání nově vznikající částice viru.
Indinavir se reverzibilno veže na aktivno mesto proteaze, kompetitivno zavira encim ter tako preprečuje cepitev virusnih prekurzorskih poliproteinov, do katere pride med zorenjem novega virusnega delca.