Došlo k redukci Escherichia coli, Bacillus spp., Enterococcus spp. a Klebsiella spp stejně jako anaerobů Bacteroides vulgatus, Bifidobacterium spp., Eubacterium spp. a Peptostreptococcus spp.
Vpliv na črevesno floro pri ljudeh Pri prostovoljcih so po peroralnem jemanju moksifloksacina opazili naslednje spremembe v črevesni flori: število Escherichia coli, Bacillus spp., Enterococcus spp. in Klebsiella spp. se je zmanjšalo, prav tako tudi število anaerobov Bacteroides vulgatus, Bifidobacterium spp., Eubacterium spp. in Peptostreptococcus spp.