Po inhalaci ústy je ciklesonid enzymaticky konvertován v plicích na hlavní metabolit (C21- des- methylpropionyl - ciklesonid), který má výraznou protizánětlivou aktivitu, a proto je považován za aktivní metabolit.
Po peroralni inhalaciji se ciklesonid zaradi encimskega delovanja v pljučih pretvori v glavni metabolit (C21- des- metilpropionil - ciklesonid), ki ima izrazito protivnetno delovanje in se zato šteje za aktivni metabolit.