Nejčastějšími nežádoucími účinky přisuzovanými filgrastimu byly bolesti kostí a obecně bolesti pohybového systému.
Pri bolnikih s hudo kronično nevtropenijo so poročali o neželenih učinkih, povezanih z jemanjem filgrastima, katerih pogostost pa se je pri nekaterih bolnikih čez čas zmanjšala.