In vitro a u některých pacientů infikovaných HIV- 1 byla pozorována rezistence na emtricitabin nebo tenofovir, z důvodu substituce M184V nebo M184I v RT pro emtricitabin nebo substituce K65R v RT tenofovir.
Odpornost na emtricitabin ali tenofovir je bila opažena in vitro in pri nekaterih bolnikih, okuženih z virusom HIV- 1, zaradi razvoja substitucije na RT na mestu M184V ali M184I pri emtricitabinu in substitucije na RT na mestu K65R pri tenofovirju.