Proto je nutno terapii indinavirem zahajovat v doporučené dávce, aby se dosáhlo zvýšené suprese replikace viru a zabránilo se tak vzniku rezistentních virů.
Zato je zdravljenje z indinavirjem treba začeti s priporočenim odmerkom, da bi se povečala supresija virusnega podvajanja in tako preprečil pojav rezistentnega virusa.