Stejně jako u jiných širokospektrých antibiotik se při dlouhodobém podávání cefuroxim axetilu může objevit superinfekce rezistentními mikroorganizmy (např. kandida, enterokoky nebo clostridium difficile), což si může vyžádat přerušení léčby.
Kot velja tudi za druge antibiotike širokega spektra, lahko dolgotrajna uporaba aksetilcefuroksimata povzroči prekomerno rast neobčutljivih organizmov (npr. kandide, enterokokov in clostridium diffficile, pri katerih je včasih potrebno zdravljenje prekiniti).