50– 60% ceftriaxonu se vylučuje jako nezměněná účinná látka v moči, zatímco zbytek se vylučuje žlučí do stolice jako mikrobiologicky inaktivní metabolity.
50 do 60% ceftriaksona se izloči v obliki nespremenjene učinkovine s sečem, medtem ko se preostanek izloči preko žolča v blato v obliki mikrobiloško neaktivnih presnovkov.