Podobně jako všechny léky, může mít i přípravek CellCept nežádoucí účinky, které se ale nemusí vyskytnout u každého. Častěji se může vyskytnout průjem, snížení počtu bílých nebo červených krvinek, infekce a zvracení.
Pogostejše težave so driska, zmanjšano število belih ali rdečih ali obojih krvničk v krvi, okužbe in bruhanje.