Vzhledem k mechanizmu účinku ciprofloxacin nevykazuje zkříženou rezistenci vůči jiným významným, chemicky odlišným skupinám látek, jako jsou beta- laktamová antibiotika, aminoglykosidy, tetracykliny, makrolidy a polypeptidová antibiotika, sulfonamidy, trimethoprim a nitrofurantoin.
Zaradi svojega načina delovanja ciprofloksacin nima navzkrižne rezistence z drugimi pomembnimi, kemijsko različnimi skupinami zdravil, kot so beta - laktamski antibiotiki, aminoglikozidi, tetraciklini, makrolidi in polipetidi, sulfonamidi, trimetoprim in nitrofurantoin.