Metabolické studie in vitro ukazují, že methylnaltrexon neinhibuje aktivitu CYP1A2, CYP2E1, CYP2B6, CYP2A6, CYP2C9, CYP2C19 ani CYP3A4, zatímco je slabým inhibitorem metabolismu modelového substrátu CYP2D6.
Študije presnove in vitro kažejo, da metilnaltreksonij ne inhibira aktivnosti CYP1A2, CYP2E1, CYP2B6, CYP2A6, CYP2C9, CYP2C19 in CYP3A4, je pa šibak inhibitor presnove modelnega substrata CYP2D6.