Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Agenerase (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří bolest hlavy, průjem, nadýmání (plynatost), nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, vyrážka a vyčerpání (únava).
Najpogostejši neželeni učinki zdravila Agenerase (opaženi pri več 1 bolniku od 10) so glavobol, driska, flatulenca (vetrovi), slabost, bruhanje, izpuščaji in utrujenost.