Nejčastějšími nežádoucími účinky u pacientů léčených vysoce emetogenní chemoterapií, které byly hlášeny s vyšší incidencí u pacientů léčených v režimu s aprepitantem než při standardní terapii byly: škytavka (4, 6%), astenie/ únava (2, 9%), zvýšení ALT (2, 8%), zácpa (2, 2%), bolest hlavy (2, 2%) a anorexie (2, 0%).
Najpogostejši neželeni učinki pri zelo emetogeni kemoterapiji, o katerih so pri bolnikih, ki so se zdravili z aprepitantom, poročali pogosteje kot pri bolnikih med standardno obliko zdravljenja so: kolcanje (4, 6%), astenija/ utrujenost (2, 9%), zvišana vrednost ALT (2, 8%), obstipacija (2, 2%), glavobol (2, 2%) in neješčnost (2, 0%).