Mikroorganizmy však mohou vykazovat rezistenci vůči více než jedné skupině antibakteriálních látek, kdy mechanizmus účinku je nebo zahrnuje neprostupnost některých sloučenin a/ nebo efluxní pumpy.
Povzročitelj pa je lahko rezistenten na več kot en razred antibiotikov, če mehanizem odpornosti vključuje neprepustnost za določene snovi in/ ali iztočno črpalko.