Podávání Rapamunu v kombinaci s inhibitory kalcineurinu a s kortikosteroidy bylo spojeno se zvýšeným rizikem zhoršení renální funkce, s poruchou hladin lipidů v séru (včetně zvýšení hladin triglyceridů a cholesterolu v krvi, aj.) a s infekcemi močových cest.
Uporaba zdravila Rapamune sočasno z zaviralci kalcinevrina in kortikosteroidi je bila povezana z zvečanim tveganjem poslabšanja ledvične funkcije, nenormalnimi izvidi serumskih lipidov (vključno z zvišanimi trigliceridi in holesterolom) in okužbami sečil.