Podobně jako u jiných léků pro léčbu HIV existuje u pacientů užívajících přípravek Atripla zvýšené riziko lipodystrofie (změny rozložení tuku v těle), osteonekrózy (odumření kostní tkáně) nebo syndromu imunitní reaktivace (příznaky infekce způsobené zotavujícím se imunitním systémem).
Kot pri drugih zdravilih proti virusu HIV, lahko pride tudi pri bolnikih, ki jemljejo zdravilo Atripla, do lipodistrofije (sprememb v porazdelitvi telesnega maščevja), osteonekroze (odmiranja kostnega tkiva) ali sindroma imunske reaktivacije (simptomov okužbe, ki se pojavijo ob izboljševanju stanja imunskega sistema).