Anidulafungin selektivně inhibuje 1, 3- β- D glukan syntázu, enzym přítomný v buňkách hub, ale nikoliv v buňkách savčích.
Anidulafungin selektivno zavre 1, 3- β- D- glukan- sintazo, encim, ki je prisoten v celicah gliv, ne pa v celicah sesalcev.