Sildenafil má především vyšší (více než 4000x) selektivitu k PDE5 oproti PDE3, což je cAMP- specifická izoforma fosfodiesterázy účastnící se kontroly srdeční kontraktility.
Še posebno pa je selektivnost sildenafila več kot 4. 000- krat večja za PDE5 kakor za PDE3 – za cAMP specifično izoobliko fosfodiesteraze, ki sodeluje pri nadzoru krčljivosti srca.