Bylo nicméně přijato stanovisko, že ceftriaxon je kontraindikovaný u novorozenců s hyperbilirubinemií a u předčasně narozených novorozenců, jelikož in vitro studie prokázaly, že ceftriaxon dokáže vytěsnit bilirubin z vazby na sérový albumin a u těchto pacientů se může rozvinout bilirubinová encefalopatie.
Kljub temu je bilo doseženo soglasje, da je ceftriakson kontraindiciran pri hiperbilirubinemičnih in prezgodaj rojenih novorojencih, ker so študije in vitro pokazale, da lahko ceftriakson izpodrine bilirubin pri vezavi na serumski albumin, pri teh bolnikih pa se lahko razvije bilirubinska encefalopatija.