Podobně jako u jiných léků proti HIV mohou být pacienti užívající přípravek Intelence vystaveni riziku lipodystrofie (změny v rozložení tělesného tuku), osteonekrózy (odumírání kostní tkáně) nebo syndromu imunitní reaktivace (příznaky infekce způsobené zotavujícím se imunitním systémem).
Podobno kot pri uporabi drugih zdravil proti HIV obstaja pri bolnikih, ki jemljejo zdravilo Intelence, tveganje za pojav lipodistrofije (sprememb v porazdelitvi telesnega maščevja), osteonekroze (odmiranje kostnega tkiva) ali sindroma imunske reaktivacije (simptomov okužbe, ki jih povzroči imunski sistem med okrevanjem).