Mezi nejběžnější vedlejší účinky spojené s užíváním přípravku PegIntron (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří virová infekce, úbytek hmotnosti, deprese, podrážděnost, nespavost (potíže se spánkem), pocity úzkosti, poruchy soustředění, emoční labilita (změny nálad), bolest hlavy, sucho v ústech, dušnost (potíže s dýcháním), nevolnost (pocit na zvracení), bolest břicha, průjem, anorexie (ztráta chuti k jídlu), vypadávání vlasů, pruritus (svědění), suchost kůže, vyrážka, myalgie (bolest svalů), arthraligie (bolest kloubů), bolesti svalů a kostí, zánět v místě vpichu, reakce v místě vpichu (bolest a zarudnutí), závratě, únava, zvýšené svalové napětí, horečka, symptomy připomínající chřipku a slabost.
Najpogostejši neželeni učinki zdravila PegIntron (opaženi pri več kot 1 od 10 bolnikov) so virusna okužba, izguba telesne mase, depresija, razdražljivost, nespečnost (težave s spanjem), anksioznost, motnje koncentracije, čustvena labilnost (nihanje razpoloženja), glavobol, suha usta, dispneja (oteženo dihanje), faringitis (vneto žrelo), kašelj, bruhanje, navzeja (slabost), bolečine v trebuhu, driska, anoreksija (izguba teka), alopecija (izpadanje las), pruritus (srbenje), suha koža, izpuščaji, mialgija (bolečine v mišicah), artralgija (bolečine v sklepih), mišičnoskeletne bolečine (bolečine v mišicah in kosteh), vnetje na mestu injiciranja, reakcija na mestu injiciranja (bolečina in pordelost), omotica, utrujenost, mrzlica (drgetanje), povišana telesna temperatura, gripi podobni simptomi in astenija (šibkost).