Použití přípravků obsahujících faktor IX tak může být potenciálně rizikové u pacientů s příznaky fibrinolýzy a u pacientů s diseminovanou intravaskulární koagulací (DIC).
Ker so uporabo kompleksnih koncentratov faktorja IX v preteklosti povezovali z razvojem tromboemboličnih zapletov, z višjim tveganjem pri manj prečiščenih zdravilih, je lahko uporaba zdravil, ki vsebujejo faktor IX, potencialno tvegana pri bolnikih z znaki fibrinolize ter pri bolnikih z diseminirano intravaskularno koagulacijo (DIK).