Rezistence na fluorochinolony se objevuje díky chromozomální mutaci třemi mechanismy: poklesem permeability buněčné stěny, expresí efflux- pumpy nebo mutací enzymů odpovědných za molekulární vazné místo.
Do rezistence na fluorkinolone pride zaradi treh mehanizmov, ki sodelujejo pri mutaciji kromosomov: zmanjšanje prepustnosti bakterijske stene, delovanja efflux črpalke in pa mutacije encima odgovornega za vezavo molekul.