Metabolizmus Pioglitazon je významně metabolizován v játrech prostřednictvím hydroxylace alifatických methylénových skupin, k čemuž dochází převážně na cytochromu P4502C8, i když se těchto procesů mohou menší měrou zúčastňovat i jiné izoformy.
Ta poteka predvsem prek citokromov P450 2C8 v manjši meri pa so lahko vpletene tudi druge izooblike.