Stejně jako u jiných antitrombotických léků, je nejčastějším vedlejším účinkem (zaznamenaným u více než 1 pacienta z 10) přípravku Refludan krvácení.
Kot pri vseh ostalih antitrombotičnih zdravilih so najpogostejši neželeni učinki zdravila Refludan (opaženi pri več kot 1 bolniku izmed 10) krvavitve.