Při podávání cidofoviru v dávkách až 5 mg/ plotnu nebyla pozorována žádná mutagenní odpověď, a to v přítomnosti i při chybění metabolické aktivace jaterní frakce S- 9 potkanů, při mikrobiálních analýzách u Salmonella typhimurium na párové mutace baze nebo frameshiftových mutací (Ames) a u Escherichia coli na reverzní mutace.
V mikrobnih preizkusih, v katerih so raziskovali substitucijo baznih parov pri Salmonella typhimurium ali mutacije okvirnega položaja (frameshift mutation; Ames) in reverzne mutacije pri Escherichia coli, cidofovir ni bil mutagen v odmerkih do 5 mg/ ploščico, s presnovno aktivacijo s frakcijo S- 9 podganjih jeter ali brez takšne aktivacije.