Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Ambirix (zaznamenané u více než 1 dávky vakcíny z 10) patří bolest hlavy, nechutenství, bolest v místě vpichu, zarudnutí, únava, podrážděnost nebo úzkostlivost.
Najpogostejši neželeni učinki zdravila Ambirix (opaženi pri več kot enem odmerku cepiva od 10) so glavobol, izguba apetita, bolečina na mestu injiciranja, rdečina, utrujenost in razdražljivost ali živčnost.