Závažné nežádoucí účinky (např. anafylaktoidní reakce 0, 2%, 6/ 3028) byly při léčbě mikafunginem hlášeny méně často a pouze u pacientů se závažnými zdravotními stavy (např. pokročilým AIDS, zhoubnými nádory) vyžadujícími současné podávání většího počtu léků.
O resnih reakcijah (npr. anafilaktoidna reakcija v 0, 2%; 6/ 3028) so v času zdravljenja z mikafunginom poročali le občasno in samo pri bolnikih z resnimi sočasno prisotnimi boleznimi (npr. napredovali AIDS, maligna obolenja), ki so zahtevale sočasno zdravljenje z več zdravili.