V in vitro studiích na bakteriálních buňkách (Amesův test), na savčích buňkách (myší lymfomové buňky) ani u potkanů mikronukleolárním testem v in vivo studiích nebyla zjištěna genotoxicita imatinibu. Pozitivní genotoxický účinek imatinibu byl zjištěn v in vitro na savčích buňkách (ovariální buňky čínského křečka) na klastogenicitu (chromozomální aberaci) za přítomnosti metabolické aktivace.
Pozitivne genotoksične učinke so dobili za imatinib pri in vitro testiranju na sesalskih celicah (jajčnik kitajskega hrčka) za klastogenost (kromosomska aberacija) v prisotnosti presnovne aktivacije.