K nežádoucím účinkům, které vedly nejčastěji k ukončení léčby entakaponem během klinických studií, patřily gastrointestinální symptomy (např. průjem, 2, 5%) a zvýšení dopaminergních nežádoucích účinků levodopy (např. dyskineze, 1, 7%).
V kliničnih študijah so bili najpogostejši neželeni učinki, ki so povzročili prekinitev zdravljenja z entakaponom, simptomi s strani prebavil (na primer diareja v 2, 5%) in zvečani dopaminergični neželeni učinki levodope (na primer diskinezije v 1, 7%).