Jako výsledek tohoto mechanizmu působení ciprofloxacin nevykazuje cross- rezistenci s ostatními důležitými, chemicky rozdílnými skupinami látek, jako jsou betalaktamová antibiotika, aminoglykosidy, tetracykliny, makrolidy a polypeptidy, sulfonamidy, trimetoprim a nitrofurantoin.
Zaradi svojega mehanizma delovanja ciprofloksacin ne kaže navzkrižne odpornosti z drugimi pomembnimi, kemično drugačnimi skupinami snovi, npr. betalaktamskimi antibiotiki, aminoglikozidi, tetraciklini, makrolidi in polipeptidi, sulfonamidi, trimetoprimom in nitrofurantoinom.