I když studie in vitro naznačovaly úlohu CYP2D6 a CYP3A4 v metabolizmu paliperidonu, nebyly získány žádné důkazy in vivo, že se tyto izoenzymy významně podílejí na metabolizmu paliperidonu.
Čeprav študije in vitro kažejo, da pri presnovi paliperidona sodelujeta tudi CYP2D6 in CYP3A4, ni nikakršnih dokazov in vivo, da bi bila ta dva izoencima pomembna pri presnovi paliperidona.