V plasmě byl zjištěn jeden hlavní a několik vedlejších oxidačních metabolitů.
Nelfinavir se in vitro presnavlja z več izoencimi citokroma P- 450, vključno s CYP3A, CYP2C19/ C9 in CYP2D6. V plazmi so našli enega glavnega in več manj pomembnih oksidiranih presnovkov.