Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Ziagen (zaznamenané u 1 až 10 pacientů ze 100) patří anorexie (ztráta chuti k jídlu), bolest hlavy, nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, průjem, vyrážka, horečka, letargie (nedostatek energie) a únava.
Najpogostejši neželeni učinki, ki so jih opazili pri jemanju zdravila Ziagen (opaženi pri 1 do 10 bolnikih izmed 100), so anoreksija (izguba teka), glavobol, navzeja (občutek slabosti), bruhanje, driska, izpuščaji, povišana telesna temperatura, letargija (pomanjkanje energije) in utrujenost.