Viry rezistentní k emtricitabinu byly křížově rezistentní k lamivudinu, ale zachovaly si citlivost na ostatní nukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NRTIs) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanosin a zalcitabin), na všechny nenukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (non- nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NNRTIs) a všechny inhibitory proteázy (protease inhibitors, PIs).
Virusi odporni na emtricitabin, so bili navzkrižno odporni na lamivudin, a so ohranili občutljivost za druge nukleozidne zaviralce reverzne transkriptaze (NRTI, nucleoside reverse transcriptase inhibitors) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanozin in zalcitabin), na vse ne- nukleozidne zaviralce reverzne transkriptaze (NNRTI, non- nucleoside reverse transcriptase inhibitors) in vse zaviralce proteaz (PI, protease inhibitors).