Výskyt zkřížené rezistence mezi amprenavirem a inhibitory reverzní transkriptázy je nepravděpodobný vzhledem k odlišnosti cílových enzymů, proti kterým tato léčiva zasahují.
Malo je verjetno, da bi se med amprenavirjem in zaviralci reverzne transkriptaze pojavila navzkrižna rezistenca, saj so njihovi tarčni encimi različni.