Metabolizmus Moxifloxacin prochází fází II biotransformace a je vylučován renálními a žlučovými/ fekálními cestami v nezměněné podobě a stejně jako thiosloučenina (M1) a glukuronid (M2).
Presnova Moksifloksacin se biotransformira v II. fazi, izloča pa se z urinom in žolčem/ blatom, in sicer kot nespremenjeno zdravilo, pa tudi v obliki žveplove spojine (M1) in glukuronida (M2).