Rezistence na efavirenz může být selektována in vitro a má za následek jednoduchou nebo vícenásobnou substituci aminokyselin u HIV- 1 RT, včetně L100I, V108I, V179D a Y181C.
Odpornost: odpornost proti efavirenzu se lahko pojavi in vitro in povzroči enkratne ali večkratne substitucije aminokislin v RT virusa HIV- 1, vključno z L100I, V108I, V179D in Y181C.