Průnik anidulafunginu hematoencefalickou bariérou byl u zdravých potkanů omezený; avšak u králíků s roztroušenou kandidózou se ukázalo, že anidulafungin prostupuje hematoencefalickou bariérou a omezuje mykotické ložisko v mozku.
Prehajanje anidulafungina skozi krvno- možgansko pregrado je bilo pri zdravih podganah omejeno, toda pri kuncih z diseminirano kandidozo je bilo dokazano, da anidulafungin prehaja skozi krvno- možgansko pregrado in zmanjša glivično breme v možganih.