U osob, kterým byl podáván Cubicin byly v průběhu léčby a dalšího sledování nejčastěji zaznamenány tyto nežádoucí účinky: bolesti hlavy, nauzea, zvracení, průjem, mykotické infekce, vyrážka, reakce v místě infuze, zvýšená kreatin- fosfokináza (CPK) a abnormální jaterní enzymy: alanin aminotransferáza (ALT), aspartát aminotransferáza (AST), alkalická fosfatáza.
Pri osebah, ki so prejemale Cubicin, so bili neželeni učinki, o katerih so najbolj pogosto poročali med terapijo in na kontrolah sledeči: glavobol, slabost, bruhanje, driska, glivične okužbe, izpuščaji, reakcija na mestu infundiranja, povečana kreatin- fosfokinaza (CPK) in nenormalne vrednosti jetrnih encimov: alanin aminotransferaze (ALT), aspartat aminotransferaze (AST) in alkalne fosfataze.