Těmito cestami se vylučuje močí kolem 66% podané dávky.
Pri človeku se abakavir v glavnem presnavlja z alkoholno dehidrogenazo in glukuronidacijo, pri čemer nastane 5 ’ - karboksilna kislina in 5 ’ - glukuronid, ki predstavljata približno 66% odmerka, ki se izloči z urinom.