Snížení HIV RNA pozorované při monoterapii nelfinavirem bylo nižší a trvalo kratší dobu.
Učinke nelfinavirja (samega ali kombiniranega z drugimi protiretrovirusnimi učinkovinami) na biološke označevalce aktivnosti bolezni, število celic CD4 in virusno RNA, so proučevali v številnih študijah, ki so vključevale bolnike, okužene s HIV- 1.