Fenotypy bakteriální rezistence na gentamicin jsou založeny na třech hlavních mechanismech: enzymatická modifikace aminoglukosidů, selhání nitrobuněčné penetrace účinné látky a alterace účinku aminoglykosidu.
Fenotipi odpornosti bakterij na gentamicin večinoma temeljijo na treh mehanizmih: encimski prilagoditvi aminoglukozidov, neuspešnem znotrajceličnem prodiranju zdravilne sestavine in spremembi aminoglikozidne tarče.