Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Rapamune (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří infekce močových cest, trombocytopenie (nízký počet krevních destiček), anémie (nízký počet červených krvinek), hypokalemie (nízká hladina draslíku v krvi), hypofosfatemie (nízká hladina fosforu v krvi), hypercholesterolemie (vysoká hladina cholesterolu v krvi), hyperglykemie (vysoká hladina cukrů v krvi), hypertriglyceridemie (vysoká hladina triglyceridů – jednoho druhu lipidů - v krvi), bolesti hlavy, lymfokéla (nahromadění tekutiny v oblasti ledvin), hypertenze (vysoký krevní tlak), bolest břicha, průjem, zácpa, nauzea (pocit nevolnosti), akné (pupínky), artralgie (bolest kloubů), periferní otoky (obvykle otoky dolních končetin), pyrexie (horečka), bolesti, zvýšená hladina laktátdehydrogenázy (LDH) v krvi (ukazatel rozpadu tkáně) a zvýšené hladiny kreatinu v krvi (indikátor potíží s ledvinami).
Najpogostejši neželeni učinki zdravila Rapamune (opaženi pri več kot 1 bolniku od 10) so bili okužba senčil (okužba delov telesa, ki prevajajo urin), trombocitopenija (zmanjšano število krvnih ploščic), anemija (zmanjšano število rdečih celic), hipokaliemija (nizka raven kalija v krvi), hipofosfatemija (nizka raven fosfata v krvi), hiperholesterolemija (visoka raven holesterola v krvi), hiperglikemija (visoka raven sladkorja v krvi), hipertrigliceridemija (visoka raven trigliceridov— vrste maščob— v krvi), limfokela (zbiranje tekočine okoli ledvice), abdominalna (trebušna) bolečina, driska, akne (mozolji), artralgija (bolečine v sklepih), periferni edemi (otekanje, običajno v nogah), zvišana raven laktatne dehidrogenaze v krvi (označevalec razkroja tkiv) in povečane vrednosti kreatinina v krvi (označevalec težav z ledvicami).