Předpokládá se existence četných mechanismů, způsobujících rezistenci vůči makrolidovým sloučeninám, jmenovitě změna cílového místa na ribozómu, mechanismus aktivního vylučování a produkce inaktivujících enzymů.
Na razvoj rezistence proti makrolidnim spojinam vpliva več mehanizmov: in sicer sprememba ribosomskega ciljnega mesta, izraba aktivnega sekretornega mehanizma in produkcija inaktiviranih encimov.