Ve fázi III studií s UA/ NSTEMI byly kromě krvácení nejčastěji hlášenými nežádoucími účinky (zaznamenanými nejméně u 1% pacientů užívajících fondaparinux) bolest hlavy, bolest na hrudi a fibrilace síní.
pro povezani s krvavitvami (poročila pri najmanj 1% oseb, ki so prejemale fondaparinuks): glavobol, bolečina v prsih in atrijska fibrilacija.