Nejčastějšími nežádoucími účinky, které se vyskytly u pacientů léčených antiretrovirovými přípravky včetně nebo mimo Fuzeonu, jsou vyjma reakce v místě vpichu, průjem a nevolnost.
Poleg reakcij na mestu injiciranja sta bila najbolj pogosta neželena učinka, o katerih so poročali bolniki, ki so prejemali protiretrovirusno zdravljenje z zdravilom Fuzeon ali brez njega, driska in občutek slabosti.