Vývoj rezistence vůči ciprofloxacinu a jiným fluorochinolonům byl pozorován u stafylokoků, zvláště u kmenů rezistentních na meticilin, jako jsou S. aureus, P. aeruginosa, E. coli a E. faecalis (viz tabulka citlivosti).
Razvoj rezistence za ciprofloksacin in druge fluorokinolone so opazili pri stafilokokih, zlasti pri S. aureus, P. aeruginosa, E. coli in E. faecalis, rezistentnimi na meticilin (glejte tabelo občutljivosti).