Nežádoucí účinky během léčby erytropoetinem byly zaznamenány hlavně u pacientů s chronickým renálním selháním nebo malignitami, přičemž se nejčastěji jedná o bolest hlavy a zvýšení krevního tlaku v závislosti na dávce.
V glavnem se neželeni učinki med zdravljenjem z eritropoetinom pojavijo pri bolnikih s kronično ledvično odpovedjo ali malignimi obolenji, izrazijo pa se najpogosteje kot z odmerkom povezano z glavobol in zvišanjem krvnega tlaka Nastopi lahko hipertenzivna kriza s simptomi, ki so podobni encefalopatiji.