Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Herceptin (zaznamenané u více než 1 pacientky z 10) patří bolest břicha, astenie (slabost), bolest na hrudi, zimnice, horečka, bolest hlavy, bolest, průjem, nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, artralgie (bolest kloubů), myalgie (bolest svalů) a kožní vyrážky.
Najpogostejši neželeni učinki (opaženi pri več kot 1 bolnici od 10) so bolečine v trebuhu, astenija (oslabelost), bolečine v prsnem košu, mrzlica, povišana telesna temperatura, glavobol, bolečina, driska, navzeja (slabost), bruhanje, artralgija (bolečine v sklepih), mialgija (bolečine v mišicah) in kožni izpuščaji.