Nemocní s mírnou nebo středně těžkou jaterní nedostatečností a s klinicky prokázanou cirhózou vykazovali snížený metabolismus indinaviru, což mělo za následek přibližně o 60% vyšší průměrné hodnoty AUC po dávce 400 mg.
Indinavir se reverzibilno veže na aktivno mesto proteaze, kompetitivno zavira encim ter tako preprečuje cepitev virusnih prekurzorskih poliproteinov, do katere pride med zorenjem novega virusnega delca.