V rámci studií byly nejběžnějšími vedlejšími účinky přípravku Gardasil (zaznamenanými u více než 1 pacientky z 10) pyrexie (horečka) a reakce v místě vpichu (zarudnutí, bolest a otok).
V okviru študij so bili najpogostejši neželeni učinki zdravila Gardasil (opaženi pri več kot 1 bolnici izmed 10) povišana telesna temperatura in reakcije na mestu injiciranja (rdečina, bolečina in oteklina).