Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Isentress (zaznamenané u 1 až 10 pacientů ze 100) patří insomnie (nespavost), závratě, bolesti hlavy, nadýmání břicha, bolesti břicha, zácpa, průjem, nadýmání (plynatost), nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, hyperhidróza (nadměrné pocení), noční pocení, pruritus (svědění), vyrážka, artralgie (bolest kloubů), astenie (slabost), únava a zvýšení hladin jaterních enzymů (alaninaminotransferázy, aspartátaminotransferázy), triglyceridů (druhu tuku), kreatininkinázy (enzymu nacházejícího se ve svalech) a lipázy (enzym nacházející se ve slinivce břišní) v krvi.
Najpogostejši neželeni učinki pri jemanju zdravila Isentress (opaženi pri 1 do 10 bolnikih izmed 100) so nespečnost, omotica, glavobol, napihnjenost trebuha, bolečine v trebuhu, zaprtje, driska, flatulenca (nabiranje plinov v želodcu ali črevesju), slabost, bruhanje, hiperhidroza (čezmerno potenje), nočno potenje, pruritus (srbenje), izpuščaj, artralgija (bolečine v sklepih), astenija (šibkost), utrujenost in povečane ravni jetrnih encimov (alanin aminotransferaze in aspartat aminotransferaze), trigliceridov (vrsta maščob), kreatinin kinaze (encim, ki se nahaja v mišicah) in lipaze (encim, ki se nahaja v trebušni slinavki) v krvi.