Mnohé substituce aminokyselin proteáz, o nichž se uvádí, že souvisejí s rezistencí vůči ritonaviru a sachinaviru, znamenaly rezistenci i vůči indinaviru.
Veliko proteaznih aminokislinskih substitucij, o katerih so poročali, da so povezane z rezistenco na ritonavir in sakvinavir, je bilo povezanih tudi z rezistenco na indinavir.