U pacientů léčených aprepitantem (40 mg) pro pooperační nevolnost a zvracení byly pozorovány další nežádoucí reakce s větším výskytem než u ondansetronu: bolest horní poloviny břicha, abnormální střevní zvuky, dysartrie, dyspnoe, hypestezie, insomnie, mióza, nevolnost, smyslové poruchy, žaludeční dyskomfort, snížená zraková ostrost, sípot.
Drugi neželeni učinki, ki so bili pri bolnikih, ki so prejemali aprepitant (40 mg) zaradi preprečevanja pooperacijske navzee in bruhanja pogostejši kot pri bolnikih, ki so prejemali ondansetron so: bolečina v zgornjem predelu trebuha, nenormalni črevesni zvoki, disartrija, dispneja, hipestezija, nespečnost, mioza, navzea, čutilne motnje, neugodje v želodcu, zmanjšanje ostrine vida in sopenje.