Primární cestou eliminace amprenaviru je hepatální metabolizace; v nezměněné formě se močí vylučuje méně než 3% podané dávky.
Poglavitna pot izločanja amprenavirja iz telesa poteka preko presnove v jetrih, pri čemer se ga manj kot 3% izloči v nespremenjeni obliki z urinom.