Bimatoprost je primárně eliminován ledvinami, až 67% z intravenózní dávky podané zdravým dobrovolníkům bylo vyloučeno močí, 25% z takto podané dávky bylo vyloučeno stolicí.
Do 67% intravenskega odmerka danega zdravim preiskovancem je bilo izločeno z urinom, 25% odmerka pa je bilo izločeno z blatom.