Po dávce 400 mg se vylučuje močí (přibližně 19% moxifloxacinu v nezměněné formě a asi 2, 5% jako M1 a přibližně 14% jako M2) a stolicí (přibližně 25% v nezměněné formě, asi 36% jako M1 bez obsahu M2), celkově asi 96% podaného léčiva.
Po zaužitju 400 mg odmerka se z urinom (približno 19% nespremenjenega zdravila, približno 2, 5% v obliki M1 in približno 14% v obliki M2) in blatom (približno 25% nespremenjenega zdravila, približno 36% v obliki M1, v obliki M2 se ne izloča) izloči približno 96% učinkovine.