Nejčastějšími vedlejšími účinky spojenými s používáním systému IONSYS (zaznamenanými u více než 1 pacienta z 10) byla nauzea (pocit nevolnosti), bolesti hlavy a erytém (zarudnutí kůže) v místě aplikace.
Najpogostejši neželeni učinki zdravila IONSYS (opaženi pri več kot 1 bolniku izmed 10) so navzeja (občutek slabosti), bruhanje, glavobol in eritem (pordelost kože) na mestu uporabe zdravila.