I když sirolimus inhibuje lidský jaterní mikrosomální cytochrom P450 CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 a CYP3A4/ 5 in vitro, nepředpokládá se, že inhibuje aktivitu těchto isozymů in vivo, protože k vyvolání inhibice jsou nutné mnohem vyšší koncentrace, než koncentrace, kterých bylo dosaženo u pacientů užívajících terapeutické dávky Rapamunu.
V in vitro poskusih sirolimus zavira humani jetrni mikrosomski citokrom P450 CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 in CYP3A4/ 5, vendar ni pričakovati, da bi zaviral aktivnost teh encimov tudi in vivo, saj so koncentracije sirolimusa, ki so potrebne za inhibicijo, mnogo višje od tistih, ki jih izmerijo pri bolnikih, ki jemljejo terapevtske odmerke zdravila Rapamune.