U obou druhů může být difloxacin konjugován (glukuronizace nebo sulfatizace), demetylován na sarafloxacin nebo oxidován na N- oxid- difloxacin.
Pri obeh vrstah se difloksacin metabolizira v sarafloksacin (desmetil difloksacin) ali pa oksidira v N - oksid- difloksacin.