Imidakloprid nemá prakticky žádný účinek na CNS savců, protože minimálně interaguje s nikotinovými receptory savců a předpokládá se slabý přechod látky přes hemoencefalitickou bariéru.
Selektivna toksičnost temelji na zelo slabi interakciji s strukturno različnimi nikotinergičnimi receptorji pri sesalcih, kakor tudi na omejenem prehajanju skozi njihovo krvnomožgansko pregrado.