Emtricitabin je primárně vylučován ledvinami, přičemž celá dávka se objeví částečně v moči (přibližně 86%) a částečně ve stolici (přibližně 14%).
Emtricitabin se primarno izloča preko ledvic – celoten odmerek se izolira iz urina (približno 86%) in iz blata (približno 14%).