Jelikož je lansoprazol metabolizován určitými enzymy v játrech, mohou se objevit interakce s léky, které jsou metabolizovány stejným enzymatickým systémem.
Lansoprazol večinoma presnavljajo nekateri jetrni encimi, zato je možno medsebojno delovanje z drugimi zdravili, ki jih presnavljajo isti encimi.