Podobně jsou účinky na počty buněk CD4 výraznější u pacientů, léčených - na rozdíl od samotného indinaviru - kombinací indinaviru s nukleosidovými analogy.
Podobno so pri bolnikih, zdravljenih z indinavirjem v kombinaciji z nukleozidnimi analogi, v primerjavi s samim indinavirjem, učinki na število CD4 celic bolj izraziti.