Paroxetin není chemicky příbuzný s tricyklickými nebo tetracyklickými antidepresivy, ani s většinou ostatních antidepresiv.
Domnevno je njegovo antidepresivno delovanje in učinkovitost pri zdravljenju obsesivno - kompulzivne motnje, socialne anksiozne motnje/ socialne fobije, generalizirane anksiozne motnje, posttravmatske stresne motnje in panične motnje povezano z njegovim specifičnim zaviranjem prevzema serotonina v možganskih nevronih.