Nejčastější vedlejší účinky, zaznamenané pacienty léčenými samotným přípravkem Paxene, zahrnují útlum kostní dřeně, jehož následkem je závažná neutropenie (nízký počet bílých krvinek), trombocytopenie (nízký počet krevních destiček) a anémie (nízký počet červených krvinek).
Najpogostejši neželeni učinek pri bolnikih, ki so prejemali samo zdravilo Paxene, je bila supresija kostnega mozga, ki je privedla do hude nevtropenije (pomanjkanja belih krvničk), trombocitopenije (pomanjkanja trombocitov) in anemije (pomanjkanja rdečih krvničk).