Protože se Rapamune užívá v kombinaci s jinými léky, pozorované vedlejší účinky nemohou být vždy s úplnou jistotou přisuzovány právě jemu.
Ker pa zdravilo Rapamune jemljete sočasno z drugimi zdravili, neželenih učinkov ni vedno mogoče zagotovo pripisati prav njemu.