Stavudin byl genotoxický v in vitro testech na lidských lymfocytech s trifosforylační aktivitou (u nichž nebyla stanovena minimální účinná koncentrace), na myších fibroblastech a v in vivo testu, sledujícím chromosomální aberace.
Stavudin je bil genotoksičen v preizkusih in vitro v človeških limfocitih s trifosforilacijsko aktivnostjo (pri katerih niso ugotovili "ravni brez učinka" [no- effect level]), v mišjih fibroblastih ter v in vivo preizkusu za kromosomske aberacije.