Jestliže se Rapamune užívá současně s léky zvanými inhibitory kalcineurinu (cyklosporin nebo takrolimus), může se zvýšit riziko poškození ledvin se sníženým počtem krevních destiček a červených krvinek s vyrážkou nebo bez ní (trombocytopenická purpura/ hemolyticko- uremický syndrom).
Kadar jemljete zdravilo Rapamune sočasno z zdravili imenovanimi zaviralci kalcinevrina (ciklosporin ali takrolimus), se lahko poveča tveganje za okvaro ledvic z zmanjšanjem števila krvnih ploščic in rdečih krvničk, z ali brez izpuščaja (trombocitopenična purpura, hemolitično uremični sindrom).