Stejně jako u jiných širokospektrých antibiotik se při dlouhodobém podávání cefuroxim axetilu může objevit superinfekce rezistentními mikroorganizmy (např. kandida, enterokok nebo clostridium difficile).
Kot velja tudi za druge antibiotike širokega spektra, lahko dolgotrajna uporaba aksetilcefuroksimata povzroči prekomerno rast neobčutljivih organizmov (npr. kandide, enterokokov in clostridium diffficile, pri katerih je včasih potrebno zdravljenje prekiniti).