Po perorálním podání je agomelatin rychle metabolizován, především cestou jaterního CYP1A2; izoenzymy CYP2C9 a CYP2C19 jsou také zahrnuty, ale s nízkým přispěním.
Izoencima CYP2C9 in CYP2C19 prav tako sodelujeta, vendar v manjši meri.