Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Pegasys (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří anorexie (ztráta chuti k jídlu), bolesti hlavy, insomnie (potíže se spánkem), podrážděnost, deprese, závratě, nauzea (pocit nevolnosti), průjem, bolesti břicha, alopecie (vypadávání vlasů), pruritus (svědění), myalgie (bolest svalů), artralgie (bolest kloubů), únava, pyrexie (horečka), zimnice (mrazení s třesem), reakce v místě aplikace injekce a bolesti.
Najpogostejši neželeni učinki zdravila Pegasys (opaženi pri več kot 1 bolniku od 10) so anoreksija (izguba teka), glavobol, nespečnost, razdražljivost, depresija, omotica, navzeja (slabost), driska, bolečine v trebuhu, alopecija (izpadanje las), pruritus (srbenje), mialgija (bolečine v mišicah), artralgija (bolečine v sklepih), utrujenost, pireksija (povišana telesna temperatura), rigorji (mrazenje), reakcije na mestu injiciranja in bolečina.