Nelfinavir je metabolizován především prostřednictvím izoenzymů CYP3A a CYP2C19 (viz bod 5. 2) cytochromu P450.
Nelfinavir se v glavnem presnavlja z izoencimi CYP3A in CYP2C19 citokroma P450 (glejte poglavje 5. 2).