Pro indikaci VTE jsou nežádoucí účinky, jejichž výskyt dle hlášení zkoušejícího přinejmenším mohl souviset s podáváním fondaparinuxu, uvedeny v rámci třídění dle četnosti (velmi časté ≥ 1/ 10; časté: ≥ 1/ 100 až < 1/ 10; méně časté: ≥ 1/ 1000 až < 1/ 100; vzácné: ≥ 1/ 10 000 až ≤ 1 000; velmi vzácné ≤ 1/ 10 000) a dle orgánového systému v sestupném pořadí závažnosti.
Neželeni učinki, o katerih so poročali raziskovalci pri preprečevanju VTE in za katere je možna vsaj majhna povezava s fondaparinuksom, so navedeni v skupinah glede na pogostnost (zelo pogosti ≥ 1/ 10; pogosti ≥ 1/ 100 do < 1/ 10; občasni ≥ 1/ 1. 000 do < 1/ 100; redki ≥ 1/ 10. 000 do < 1/ 1. 000; zelo redki ≤ 1/ 10. 000) in organski sistem v padajočem vrstnem redu po resnosti; te neželene učinke moramo interpretirati v povezavi s kirurškim in internističnim posegom.