Celotělová toxicita způsobená nitrožilním podáváním cytarabinu spočívá hlavně v potlačení činnosti kostní dřeně, což je spojeno s leukopenií, trombocytopenií a anemií.
Sistemska toksičnost zaradi intravenske uporabe citarabina se kaže predvsem v supresiji kostnega mozga z levkopenijo, trombocitopenijo in anemijo.