Ammonaps se používá spolu s jinými typy léčby a zvláštní dietou k dlouhodobé léčbě pacientů s poruchami metabolismu močoviny, kteří mají nedostatek jednoho nebo více z následujících enzymů: karbamoylfosfátsyntetáza, ornitin- karbamoyltransferáza nebo argininsukcinátsyntetáza.
Zdravilo Ammonaps se uporablja skupaj z drugimi zdravili in posebno prehrano za dolgoročno zdravljenje bolnikov z motnjami ciklusa sečnine s pomanjkanjem enega ali več izmed naslednjih encimov: karbamil- fosfat- sintetaze, ornitin- transkarbamilaze ali argininosukcinat- sintetaze.