V průběhu studií se většina běžných vedlejších účinků (více než 1 pacient z 10) objevila během nebo těsně po infuzi a jednalo se o návaly horka, kopřivku, pyrexii (horečku) a vyrážku.
Najpogostejši neželeni učinki zdravila Myozyme med študijami (opaženi pri več kot 1 bolniku od 10) so bili tahikardija (pospešen srčni utrip), zardevanje, kašelj, tahipneja (pospešeno dihanje), bruhanje, urtikarija (srbeč izpuščaj), izpuščaji, pireksija (povišana telesna temperatura) in zmanjšana nasičenost s kisikom (nizke ravni kisika v krvi).