Lapatinib je extenzivně metabolizován, zejména pomocí cytochromu CYP3A4 a CYP3A5 a v malé míře pomocí CYP2C19 a CYP2C8 na různé oxidativní metabolity.
Lapatinib se obsežno presnavlja, predvsem s CYP3A4 in CYP3A5, v manjšem obsegu tudi CYP2C19 in CYP2C8 do različnih oksidiranih presnovkov.