Protože je trabektedin metabolizován hlavně CYP3A4, souběžné podávání látek, které tento izoenzym inhibují, např. ketokonazol flukonazol, ritonavir nebo klaritromycin, by mohlo snižovat metabolismus a zvyšovat koncentrace trabektedinu.
Ker trabektedin presnavlja predvsem CYP3A4, lahko hkratno dajanje učinkovin, ki zavirajo ta izoencim, npr. ketokonazol, flukonazol ritonavir ali klaritromicin zmanjša presnovo in poveča koncentracijo trabektedina.