S ohledem na mechanismus účinku působí topotekan genotoxicky in vitro na savčí buňky (buňky myšího lymfomu a lidské lymfocyty a) a in vivo na buňky kostní dřeně myší.
Zaradi svojega mehanizma delovanja je topotekan genotoksičen za celice sesalcev (mišje limfomske celice in človeške limfocite) in vitro in celice mišjega kostnega mozga in vivo.