Stejně jako všechny ostatní NRTI může také přípravek Ziagen způsobit laktátovou acidózu (hromadění kyseliny mléčné v těle) a u dětí matek užívajících přípravek Ziagen během těhotenství mitochondriální dysfunkci (poškození složek buňky, jež tvoří energii, což může způsobit problémy s krví).
Tako kot drugi zaviralci nukleozidne reverzne transkriptaze lahko tudi zdravilo Ziagen povzroči laktacidozo (kopičenje mlečne kisline v telesu), pri dojenčkih mater, ki so med nosečnostjo jemale zdravilo