Přípravek Arixtra by neměly užívat osoby s možnou přecitlivělostí (alergií) na fondaparinux sodium nebo na jakoukoli jinou složku přípravku, osoby, které již mohou krvácet, ani osoby trpící akutní bakteriální endokarditidou (infekce srdce) či osoby trpící závažnými ledvinovými potížemi.
Zdravila Arixtra se ne sme uporabljati pri osebah, ki so preobčutljive za (alergične na) natrijev fondaparinuks ali katerokoli drugo sestavino zdravila, ter pri osebah, ki krvavijo ali imajo akutni bakterijski endokarditis (okužbo srca) ali hude težave z ledvicami.