Byla pozorována snížená virologická odpověď u pacientů, jejichž virové kmeny nesly dvě nebo více mutací v kodonech HIV proteázy 33, 82, 84 nebo 90 a kteří přitom nedostávali nově enfuvirtid.
Pri bolnikih z virusnimi sevi z dvema ali več mutacijami na kodonih proteaze HIV 33, 82, 84 ali 90, kateri niso prvič prejeli enfuvirtida, je bil virološki odziv manjši.