Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Pandemrix (zaznamenané u 1 až 10 či více dávek vakcíny) patří bolesti hlavy, artralgie (bolesti v kloubech), myalgie (bolesti svalů), reakce v místě vpichu injekce (ztvrdnutí, otok, bolest či zarudnutí), horečka a únava.
Najpogostejši neželeni učinki zdravila Pandemrix (do katerih je prišlo pri 1 ali več odmerkih cepiva izmed 10) so glavobol, artralgija (bolečine v sklepih), mialgija (bolečine v mišicah), reakcije na mestu injiciranja (zatrdlina, oteklina, bolečina, rdečina), zvišana telesna temperatura ter utrujenost.