Nejčastějšími nežádoucími účinky, uváděnými ve vyšším výskytu u pacientů léčených režimem s aprepitantem než standardní terapií u pacientů léčených vysoce emetogenní chemoterapií byly: škytavka (4, 6% oproti 2, 9%), asténie/ únava (2, 9%, oproti 1, 6%), zvýšení ALT (2, 8%, oproti 1, 5%), zácpa (2, 2%, oproti 2, 0%), bolesti hlavy (2, 2%, oproti 1, 8%) a anorexie (2, 0%, oproti 0, 5%).
Najpogostejši neželeni učinki, o katerih so pri zdravljenju z aprepitantom pri bolnikih, ki so dobivali zelo emetogeno kemoterapijo, poročali pogosteje kot pri običajni terapiji, so bili: kolcanje (4, 6% versus 2, 9%), astenija/ utrujenost (2, 9% versus 1, 6%), zvišanje alanin- aminotransferaze (ALT) (2, 8% versus 1, 5%), zaprtje (2, 2% versus2, 0%), glavobol (2, 2% versus 1, 8%) ter anoreksija (2, 0% versus 0, 5%).