Primární cestou eliminace amprenaviru je jeho hepatální metabolismus; v nezměněné formě se vylučuje méně než 1% močí a nezměněný amprenavir není prokazatelný ve stolici.
Poglavitna pot izločanja amprenavirja poteka preko presnove v jetrih, pri čemer se ga v nespremenjeni obliki z urinom izloči manj kot 1%, v blatu pa takšna oblika ni dokazljiva.