Zonisamid je částečně metabolizován CYP3A4 (redukční štěpení) a rovněž N- acetyltransferázami a konjugací s glukuronovou kyselinou.
Zonisamid se delno presnavlja s CYP3A4 (reduktivna cepitev) ter N- acetil- transferazo in konjugira z glukuronsko kislino.