Je- li přípravek ProteqFlu podán koním, imunitní systém těchto zvířat pozná, že specifické proteiny kmenů chřipky koní jsou „ cizí “, a začne proti nim vytvářet protilátky.
Kadar se zdravilo ProteqFlu daje konjem, imunski sistem živali prepozna določene proteine iz sevov virusa konjske influence kot tujke in začne proti njim tvoriti protitelesa.