Omezení indikace „ Infekce dolních dýchacích cest “ Výbor CHMP konstatoval, že ciprofloxacin není určen k léčbě pneumokoků a jeho účinnost proti chlamydiím je ve srovnání s jinými fluorochinolony, například levofloxacinem či moxifloxacinem, nižší.
Odbor za zdravila za uporabo v humani medicini je navedel, da ciprofloksacin ni primeren za terapijo pnevmokokov ter da je njegova učinkovitost pri klamidiji slabša v primerjavi z drugimi fluorokinoloni, kot sta na primer levofloksacin ali moksifloksacin.