Následující nežádoucí příhody, které mají přinejmenším pravděpodobnou souvislost s podáváním nelfinaviru (tj. nežádoucí účinky), se vyskytovaly nejčastěji: průjem, nausea a vyrážka.
Neželeni učinki, o katerih so najpogosteje poročali in so verjetno povezani z nelfinavirjem so driska, navzea in kožni izpuščaji.