Jelikož se fosaprepitant přeměňuje na aprepitant, očekává se, že nežádoucí účinky spojované s aprepitantem se budou vyskytovat i u fosaprepitantu.
Fosaprepitant preide v aprepitant, zato pri uporabi fosaprepitanta pričakujemo pojav neželenih učinkov aprepitanta.