Rozvoj rezistence u ciprofloxacinu a ostatních fluorochinolonů byl pozorován u stafylokoků, zvláště na methicilin rezistentního S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, E faecalis (viz sloupec v tabulce citlivosti).
Pojav odpornosti proti ciprofloksacinu in drugim fluorokinolonom so zabeležili pri stafilokokih, zlasti za meticilin odporne S. aureus, P. aeruginosa, E. coli in E. faecalis (glejte desni stolpec v tabeli občutljivosti).