Neexistují údaje o použití pemetrexedu u těhotných žen, avšak je podezření, že pemetrexed tak jako ostatní antimetabolity způsobuje vážné vrozené vady, pokud je podáván v těhotenství.
Podatkov o uporabi pemetrekseda pri nosečnicah ni, a za pemetreksed, kot za druge anti- metabolite, sumimo, da povzroča resne prirojene okvare, če ga dajemo med nosečnostjo.