Metronidazol byl původně považován za alternativu amoxicilinu, avšak v současné době převažuje tendence jeho použití vyhradit pro záchrannou terapii v případě selhání první eradikace.
Metronidazol je bil prvotno mišljen kot alternativa za amoksiciklin, vendar se sedaj čedalje bolj uveljavlja kot rešilno zdravljenje v primeru, ko je zdravljenje prve izbire neuspešno.