V rámci studií patřily mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Naglazyme (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) bolest v uchu, dyspnoe (potíže s dýcháním), bolesti břicha, celková bolest a reakce na infuzi (jako je horečka, zimnice, vyrážka nebo kopřivka).
V študijah so bili najpogostejši neželeni učinki zdravila Naglazyme (opaženi pri več kot 1 bolniku od 10) bolečine v ušesih, dispneja (težave z dihanjem), bolečine v trebuhu, splošne bolečine in reakcije na infuzijo (kot so povišana telesna temperatura, mrazenje in izpuščaji.