M- 1 (katecholová forma), M- 2 (metoxy forma M1) a M- 5 (hydroxylace postranního řetězce).
Mikafungin se presnavlja v več spojin; v sistemskem krvnem obtoku so zaznali prisotnost M- 1 (v obliki katehola), M- 2 (metoksi oblika M- 1) in M- 5 (hidroksilacija stranske verige).