Užívání ibafloxacinu může vést k vyššímu výskytu odolných kmenů bakterií u cílového druhu, nicméně tohoto rizika se vzhledem k používání přípravku u jednotlivých zvířat není třeba tolik obávat.
Uporaba ibafloksacina ima lahko za posledico povečanje pogostnosti pojavljanja odpornih sevov pri ciljnih vrstah, vendar pa je takšno tveganje zaradi tega, ker se s tem zdravilom zdravi le posamezne živali, manj zaskrbljujoče.