Bylo zjištěno, že indinavir samotný nebo v kombinaci s nukleosidovými analogy (zidovudin/ stavudin a lamivudin) zpomaluje ve srovnání s nukleosidovými analogy progresi klinického stavu a zajišťuje trvalý účinek na virovou zátěž a počty buněk CD4.
Pokazalo se je, da indinavir sam ali v kombinaciji z nukleozidnimi analogi (zidovudin/ stavudin in lamivudin) v primerjavi z nukleozidnimi analogi povzroči zakasnitev stopnje kliničnega napredovanja bolezni ter zagotovi trajni učinek na virusno obremenitev in število CD4.