Vzhledem k potenciálnímu riziku toxických projevů vyvolaných vysokým obsahem pomocné látky propylenglykolu je Agenerase perorální roztok kontraindikován u dětí mladších 4 roků, u těhotných žen, u pacientů s poškozením nebo selháním funkce jater a u pacientů s ledvinným selháním.
Zaradi visoke vsebnosti propilenglikola kot pomožne snovi in s tem povezane možne toksičnosti, je peroralna raztopina Agenerase kontraindicirana pri dojenčkih, otrocih mlajših od 4 let, nosečnicah, bolnikih z oslabljenim delovanjem ali odpovedjo jeter in pri bolnikih z odpovedjo ledvic.