Interakce s kombinací indinavir/ ritonavir nebyla studována Ritonavir indukuje glukuronidaci, v důsledku toho se předpokládá, že snižuje plasmatické koncentrace atovaquonu.
Ritonavir inducira glukuronidacijo, zato se pričakuje zmanjšana koncentracija atovakona v plazmi.