В in vitro анализи за потенциална генотоксичност, както и в in vivo извършени хромозомни тестове на миши костен мозък не се установява генотоксичност на каспофунгин.
Caspofungin var negativt i in vitro tester för potentiell genotoxicitet liksom i det in vivo kromosomala benmärgstestet på mus.