При лечение с алфа интерферони има голямо разнообразие от автоимунни и имунно- медиирани нежелани реакции, сред които нарушения във функцията на щитовидната жлеза, системен лупус еритематодес, ревматоиден артрит (новопоявил се или влошен съществуващ такъв), идиопатична и тромботична тромбоцитопенична пурпура, васкулити, невропатии, включително мононевропатии и синдром на Vogt- Koyanagi- Harada (вж. и точка 4. 4, Автоимунни заболявания).
En vid variation av autoimmuna och immunmedierade förändringar har rapporterats för alfainterferoner inklusive sköldkörtelförändringar, systemisk lupus erythematosus, reumatoid artrit (debut eller förvärrad), idiopatisk och trombotisk trombocytopenia purpura, vaskulit, neuropatier inklusive mononeuropatier och Vogt- Koyanagi- Haradas syndrom (se även avsnitt 4. 4 Autoimmun sjukdom).