Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
Det har påvisats att micafungin metaboliseras till flera olika nedbrytningsprodukter; av dessa har M- 1 (katekolform), M- 2 (metoxiform av M- 1) och M- 5 (hydroxylering av sidokedjan) kunnat detekteras i systemkretsloppet.