Както всички други NRTI Combivir може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Combivir по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти в клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
I likhet med andra NRTI- preparat kan Combivir också orsaka mjölksyraacidos (anhopning av mjölksyra i kroppen), och spädbarn till mödrar som tar Combivir under graviditeten riskerar att drabbas av störningar av mitokondriefunktionen (mitokondrierna är de energiproducerande komponenterna i kroppens celler, och skadorna kan orsaka problem med blodet).