Бактерицидното действие на ципрофлоксацин, като флуорохинолоново антибактериално средство, се осъществява чрез инхибиране на двата типа - топоизомераза ІІ (ДНК- гираза) и топоизомераза IV, които са необходими за репликацията, транскрипцията, репарирането и рекомбинацията на бактериалната ДНК.
Den minsta baktericida koncentrationen överskrider vanligtvis inte den minsta hämmande koncentrationen (MIC) med mer än en faktor på 2.