Сaspofungin притежава in vitro активност срещу видове от рода Aspergillus (Aspergillus fumigatus [N = 75], Aspergillus flavus [N = 111], Aspergillus niger [N = 31], Aspergillus nidulans [N = 8], Aspergillus terrens [N = 52] и Aspergillus candidus [N = 3]).
Caspofungin har även in vitro effekt gentemot Candida- arter (Candida albicans [N = 1032], Candida dubliniensis [N = 100], Candida glabrata