В рамките на класа на хинолоните е наблюдавана кръстосана резистентност.
Som ett följd av dess verkningsmekanism visar ciprofloxacin inte korsresistens med andra viktiga, kemiskt annorlunda substansgrupper såsom betalaktamantibiotika, aminoglukosider, tetracykliner, makrolider och polypeptider, sulfonamider, trimetoprim och nitrofurantoin.