3 ненуклеозидни инхибитори на обратната транскриптаза (ННИОТ) бързо се появява резистентен вирус, когато ефавиренц се приема като монотерапия.
Såsom för alla andra icke- nukleosida omvänt transkriptashämmare (NNRTI), utvecklas resistenta virusisolat snabbt om efavirenz ges som monoterapi.