Най- често докладваните нежелани събития в UA/ NSTEMI клиничното изпитване от фаза III у (докладвани при най- малко 1% от пациентите на фондапаринукс) са били главоболие, гръдна по за болка и предсърдно мъждене.
Incidensen av allvarlig blödning bedömnd enligt TIMI - kriterier till och med dag 9 i fas III STEMI- studien var 1, 1% (fondaparinux) respektive 1, 4% (kontroll[ UFH/ placebo]).