Индинавир се свързва обратимо с активното място на протеазата и потиска конкурентно ензима, предотвратявайки по този начин деленето на предшественика на вирусния липопротеин, което се извършва по време на съзряването на новооформените вирусни частици.
Denna hämning förhindrar klyvning av virala prekursor- polyproteiner som normalt förekommer under mognad av den nybildade viruspartikeln.