Най- често докладваните нежелани събития в UA/ NSTEMI клиничното изпитване от фаза III (докладвани при най- малко 1% от пациентите на фондапаринукс) са били главоболие, гръдна болка и предсърдно мъждене.
I fas III STEMI- studien var de vanligaste inrapporterade icke blödningsbiverkningarna (rapporterats hos minst 1% av försökspersonerna som erhöll fondaparinux) förmaksflimmer, feber, bröstsmärta, huvudvärk, ventrikulär takykardi, kräkningar och hypotension.