Освен чрез хидролиза топотекан се елиминира предимно през бъбреците с малко количество, метаболизиращо се до N- дезметил метаболит (SB- 209780), което се открива в плазмата, урината и фецеса.
Förutom hydrolys elimineras topotecan främst via njurarna medan en mindre del metaboliseras till N- desmetylmetaboliten (SB- 209780) som identifieras i plasma, urin och feces.