Преминаването през кръвно- мозъчната бариера на анидулафунгин е било ограничено при здрави плъхове; въпреки това при зайци с дисеминирана кандидиаза анидулафунгин е показал, че преминава кръвно- мозъчната бариера и намалява гъбичките в мозъка.
Övergången av anidulafungin via blod- hjärnbarriären var begränsad hos friska råttor; emellertid hos kanin med disseminerad candidiasis har dock anidulafungin visats passera blod- hjärnbarriären och minska svampmängden i hjärnan.