Както с другите антибактериални средства, продължителната употреба на ретапамулин може да доведе до свръхрастеж на нечувствителни микроорганизми, включително гъби.
Liksom vad gäller för andra antibakteriella medel kan långvarig behandling med retapamulin resultera i överväxt av icke- känsliga mikroorganismer inklusive svamp.