Метаболитите и непромененият абакавир в урината представляват около 83% от приетата доза, а останалото количество се елиминира с фецеса.
Eliminationen av abakavir sker via levermetabolism med efterföljande utsöndring av metaboliter i första hand i urinen där omkring 83% av administrerad dos återfinns som metaboliter och oförändrat läkemedel medan resten av dosen abakavir elimineras via feces.