Фондапаринукс не се свързва значително с други плазмени протеини, включително и с тромбоцитен фактор 4 (PF4).
In vitro, le fondaparinux se lie fortement et spécifiquement à l’ ATIII; cette liaison est dépendante des doses et des concentrations plasmatiques (de 98,6% à 97,0% pour des concentrations de 0,5 à 2 mg/ l).