В клинично изпитване от фаза ІІІ при пациенти с миокарден инфаркт с елевация на ST- сегмента най- честите докладвани нежелани събития, които не са били свързани с кървене (докладвани при най- малко 1% от пациентите на фондапаринукс) са били предсърдно мъждене, пирексия, гръдна болка, главоболие, камерна тахикардия, повръщане и хипотония.
Dans l’ étude de phase III réalisée chez les patients présentant un IDM ST+, les effets indésirables les plus fréquemment rapportés autres que les saignements (chez au moins 1% des patients traités par fondaparinux), ont été: fibrillation auriculaire, fièvre, douleur thoracique, céphalée, tachycardie ventriculaire, vomissement et hypotension.