Анидулафунгин селективно инхибира 1, 3- β- глюкан синтазата – ензим, намиращ се в гъбичките, но не и в клетките на бозайниците.
L’ anidulafungine est un inhibiteur sélectif de la ß-1,3-D glucane synthase, une enzyme présente dans les cellules fongiques mais pas dans les cellules de mammifères, ce qui inhibe la synthèse du ß-1,3- D glucane, un constituant essentiel de la paroi cellulaire fongique.