Съобщава се, че много от заместванията в протеазните аминокиселини, свързани с резистентност към ритонавир и саквинавир, също са свързани с резистентност към индинавир.
La plupart des substitutions d’ acide aminé de la protéase induisant une résistance au ritonavir et au saquinavir, induisent aussi une résistance à l’ indinavir.