Метаболизмът на саквинавир се медиира от цитохром Р450, със специфичен изоензим CYP3A4, който осъществява 90% от чернодробния метаболизъм.
Le saquinavir est métabolisé par le cytochrome P450, l’ isoenzyme CYP3A4 étant responsable de 90% de ce métabolisme hépatique.