Преминаването през кръвно- мозъчната бариера на анидулафунгин е било ограничено при здрави плъхове; въпреки това при зайци с дисеминирана кандидиаза анидулафунгин е показал, че преминава кръвно- мозъчната бариера и намалява гъбичките в мозъка.
Crossing of the blood-brain barrier by anidulafungin was limited in healthy rats; however, in rabbits with disseminated candidiasis, anidulafungin has been shown to cross the blood-brain barrier and reduce fungal burden in the brain.