V rámci studií byly nejběžnějšími vedlejšími účinky přípravku Gardasil (zaznamenanými u více než 1 pacientky z 10) pyrexie (horečka) a reakce v místě vpichu (zarudnutí, bolest a otok).
De meest voorkomende bijwerkingen van Gardasil (waargenomen bij meer dan 1 op de 10 patiënten) waren koorts en reacties op de injectieplaats (roodheid, pijn en zwelling).