Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Agenerase (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří bolest hlavy, průjem, nadýmání (plynatost), nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, vyrážka a vyčerpání (únava).
De meest voorkomende bijwerkingen bij gebruik van Agenerase (bij meer dan 1 op de 10 patiënten) zijn hoofdpijn, diarree, winderigheid, misselijkheid, braken, huiduitslag en vermoeidheid.