Zonisamid je částečně metabolizován CYP3A4 (redukční štěpení) a rovněž N- acetyltransferázami a konjugací s glukuronovou kyselinou.
Zonisamide wordt gedeeltelijk gemetaboliseerd door CYP3A4 (reductieve splitsing) en ook door N-acetyl-transferasen en geconjugeerd met glucuronzuur.