Mnohé substituce aminokyselin proteáz, o nichž se uvádí, že souvisejí s rezistencí vůči ritonaviru a sachinaviru, znamenaly rezistenci i vůči indinaviru.
Veel substituties in de aminozuurprotease die samen bleken te hangen met resistentie tegen ritonavir en saquinavir hingen ook samen met resistentie tegen indinavir.