Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Pandemrix (zaznamenané u 1 až 10 či více dávek vakcíny) patří bolesti hlavy, artralgie (bolesti v kloubech), myalgie (bolesti svalů), reakce v místě vpichu injekce (ztvrdnutí, otok, bolest či zarudnutí), horečka a únava.
De meest voorkomende bijwerkingen van Pandemrix (waargenomen bij 1 op de 10 doses van het vaccin of meer) zijn hoofdpijn, gewrichtspijn, spierpijn, reacties op de injectieplaats (verharding, zwelling, pijn en roodheid), koorts en vermoeidheid.