Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Rapamune (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří infekce močových cest, trombocytopenie (nízký počet krevních destiček), anémie (nízký počet červených krvinek), hypokalemie (nízká hladina draslíku v krvi), hypofosfatemie (nízká hladina fosforu v krvi), hypercholesterolemie (vysoká hladina cholesterolu v krvi), hyperglykemie (vysoká hladina cukrů v krvi), hypertriglyceridemie (vysoká hladina triglyceridů – jednoho druhu lipidů - v krvi), bolesti hlavy, lymfokéla (nahromadění tekutiny v oblasti ledvin), hypertenze (vysoký krevní tlak), bolest břicha, průjem, zácpa, nauzea (pocit nevolnosti), akné (pupínky), artralgie (bolest kloubů), periferní otoky (obvykle otoky dolních končetin), pyrexie (horečka), bolesti, zvýšená hladina laktátdehydrogenázy (LDH) v krvi (ukazatel rozpadu tkáně) a zvýšené hladiny kreatinu v krvi (indikátor potíží s ledvinami).
De meest voorkomende bijwerkingen met Rapamune (waargenomen bij meer dan 1 op de 10 patiënten) zijn urineweginfectie, trombocytopenie (lage aantallen bloedplaatjes), anemie (lage aantallen rode bloedcellen), hypokaliëmie (lage kaliumspiegels in het bloed), hypofosfatemie (lage fosfaatspiegels in het bloed), hypercholesterolemie (hoge cholesterolspiegels in het bloed), hyperglykemie (hoge bloedsuikerspiegels), hypertriglyceridemie (hoge bloedspiegels van triglyceriden, een bepaald type vet), hoofdpijn, lymfokèle (vochtophoping rond de nier), hoge bloeddruk, buikpijn, diarree, verstopping, misselijkheid, acne (puistjes), artralgie (gewrichtspijn), perifeer oedeem (zwelling, doorgaans in de benen), koorts, pijn, verhoogde bloedspiegels van lactaatdehydrogenase (een merkstof voor weefselafbraak) en van creatinine (een merkstof voor nierproblemen).