Průnik anidulafunginu hematoencefalickou bariérou byl u zdravých potkanů omezený; avšak u králíků s roztroušenou kandidózou se ukázalo, že anidulafungin prostupuje hematoencefalickou bariérou a omezuje mykotické ložisko v mozku.
Anidulafungin passeerde in beperkte mate de bloed-hersenbarrière bij gezonde ratten; bij konijnen met gedissemineerde candidiasis bleek anidulafungin echter de bloed-hersenbarrière te passeren en de schimmelbelasting in de hersenen te verminderen.