Nejvýznamnější z těchto jsou: anafylaxe, celulitida, flebitida a neutralizující protilátky.
De frequentie van bijwerkingen gemeld in associatie met BeneFIX wordt gecategoriseerd als soms (≥ 1/1000 tot ≤ 1/100) of zelden (≥ 1/10.000 tot ≤ 1/1000). Hiervan zijn de meest significante: anafylaxie, cellulitis, flebitis, en neutraliserende antilichamen.