Anidulafungin selektivně inhibuje 1, 3- β- D glukan syntázu, enzym přítomný v buňkách hub, ale nikoliv v buňkách savčích.
Anidulafungin remt selectief de 1,3-β -D-glucan synthase, een enzym dat wel aanwezig is in schimmel-, maar niet in zoogdiercellen.