Bimatoprost je primárně eliminován ledvinami, až 67% z intravenózní dávky podané zdravým dobrovolníkům bylo vyloučeno močí, 25% z takto podané dávky bylo vyloučeno stolicí.
Bimatoprost wordt primair uitgescheiden door middel van nierexcretie: maximaal 67% van een aan gezonde vrijwilligers toegediende intraveneuze dosis werd uitgescheiden in de urine; 25% van de