Protože je trabektedin metabolizován hlavně CYP3A4, souběžné podávání látek, které tento izoenzym inhibují, např. ketokonazol flukonazol, ritonavir nebo klaritromycin, by mohlo snižovat metabolismus a zvyšovat koncentrace trabektedinu.
Omdat trabectedine hoofdzakelijk wordt gemetaboliseerd door CYP3A4 kan gelijktijdige toediening van stoffen die dit enzym remmen, zoals ketoconazol, fluconazol ritonavir of claritromycine, het metabolisme verlagen en de trabectedineconcentraties verhogen.