V moči, v játrech, v tuku a v ledvinách lze, mimo hlavní (základní) složku, nalézt v malém množství rovněž metabolity desmethyldifloxacin a difloxacin N- oxid.
In urine, lever, vet en nieren kunnen naast difloxacine, desmethyl-difloxacine en difloxacine N-oxide in kleine hoeveelheden aangetroffen worden.