Nejčastějšími nežádoucími účinky, uváděnými ve vyšším výskytu u pacientů léčených režimem s aprepitantem než standardní terapií u pacientů léčených vysoce emetogenní chemoterapií byly: škytavka (4, 6% oproti 2, 9%), asténie/ únava (2, 9%, oproti 1, 6%), zvýšení ALT (2, 8%, oproti 1, 5%), zácpa (2, 2%, oproti 2, 0%), bolesti hlavy (2, 2%, oproti 1, 8%) a anorexie (2, 0%, oproti 0, 5%).
De meest voorkomende bijwerkingen die bij de met aprepitant behandelde patiënten met een hogere incidentie werden gemeld dan bij de standaardtherapie bij patiënten die hoog-emetogene chemotherapie kregen, waren: hik (4,6% versus 2,9%), asthenie/ vermoeidheid (2,9% versus 1,6%), verhoogd alanineaminotransferase (ALT) (2,8% versus 1,5%), constipatie (2,2% versus 2,0%), hoofdpijn (2,2% versus 1,8%), en anorexie (2,0% versus 0,5%).