В клинично изпитване от фаза ІІІ при пациенти с миокарден инфаркт с елевация на ST- сегмента най- честите докладвани нежелани събития, които не са били свързани с кървене (докладвани при най- малко 1% от пациентите на фондапаринукс) са били предсърдно мъждене, пирексия, гръдна болка, главоболие, камерна тахикардия, повръщане и хипотония.
III fāzes pētījumā, kurā piedalījās pacienti ar MISTP, biežāk ziņotās, ar asiņošanu nesaistītas blakusparādības (ziņotas vismaz 1% dalībnieku, kas saņēma fondaparinuksu) bija priekškambaru mirgošana, pireksija, sāpes krūtīs, galvassāpes, ventrikulāra tahikardija, vemšana un hipotensija.