Цидофовир влиза в клетките посредством течно- фазова ендоцитоза и се фосфорилира до цидофовир монофосфат, а впоследствие - до цидофовир дифосфат.
7 Cidofovira ilgstošā pretvīrusu darbība ir saistīta ar tā metabolītu eliminācijas pusperiodu: cidofovira difosfāts šūnās persistē ar 17−65 stundu garu pusperiodu un cidofovira fosfāta- holīna savienojumam ir 87 stundas ilgs pusperiods.