Най- често докладваните нежелани събития в UA/ NSTEMI клиничното изпитване от фаза III (докладвани при най- малко 1% от пациентите на фондапаринукс) са били главоболие, гръдна болка и предсърдно мъждене.
III fāzes NS/ MIBSTP pētījumā biežāk ziņotās, ar asiņošanu nesaistītās blakusparādības (ziņotas vismaz 1% dalībnieku, kas saņēma fondaparinuksu) bija galvassāpes, sāpes krūtīs un priekškambaru mirgošana.