Както и при други антибиотици, продължителната употреба на ертапенем може да доведе до прекомерно развитие на нечувствителни организми.
Tāpat kā citu antibiotiku lietošanas gadījumā, arī ertapenēma ilgstoša lietošana var izraisīt rezistentu mikroorganismu savairošanos.