Свързаната с хинолоновата резистентност трансферабилна плазмид- медиирана хинолонова резистентност, се открива в хинолон- резистентни клинични щамове на E. coli и Klebsiella spp.
Sakarā ar tā darbības mehānismu, ciprofloksacīnam nav raksturīga krusteniska rezistence pret citām nozīmīgām, ķīmiski atšķirīgām vielu grupām, piemēram, bēta laktāma grupas antibiotiskajiem līdzekļiem, aminoglikozīdiem, tetraciklīna grupas vielām, makrolīdiem un polipeptīdiem, sulfonamīdu grupas vielām, trimetoprimu un nitrofurantoīnu.