Както с другите антибактериални средства, продължителната употреба на ретапамулин може да доведе до свръхрастеж на нечувствителни микроорганизми, включително гъби.
Tāpat kā citu antibakteriālu līdzekļu lietošanas gadījumā, ilgstoša retapamulīna lietošana var izraisīt pārmērīgu nejūtīgu mikroorganismu, to vidū sēnīšu savairošanos.