В урината, черният дроб, сланината и бъбреците метаболити на диметил- дифлоксацин и дифлоксацин N - окис се срещат в минимални количества.
Urīnā, aknās, taukos un nierēs papildus galvenajam (sākotnējam) savienojumam nelielā daudzumā var tikt atrasti metabolīti dezmetil- difloksacīns un difloksacīna N- oksīds.