И при двата вида difloxacin конюгира (глюкуронидира или сулфатира), дезметилира в сарафлоксацин или оксидира в N- оксид- дифлоксацин.
Abās sugās difloksacīns var tikt konjugēts (glikuronidēts vai sulfilēts), dezmetilēts par sarafloksacīnu vai oksidēts par N- oksīda- difloksacīnu.