Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
M- 1 (katehol - 11 formā), M- 2 (M1 metoksi - formā) un M- 5 (sānu ķēdes hidroksilācija).