Най- честите нежелани реакции при Rapamune (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са инфекция на пикочните пътища (инфекция на частите от тялото, които отвеждат урината), тромбоцитопения (понижен общ брой на тромбоцитите), анемия (понижен общ брой на червените кръвни клетки), хипокалемия (ниски нива на калий в кръвта), хипофосфатемия (ниски нива на фосфати в кръвта), хиперхолестеролемия (високи нива на холестерол в кръвта), хипергликемия (високи нива на кръвната захар), хипертриглицеридемия (високи нива на триглицеридите, вид мазнини, в кръвта), главоболие, лимфоцеле (събиране на течност около бъбрека), хипертония (високо кръвно налягане), абдоминална (коремна) болка, диария, запек, повдигане (позиви за повръщане), акне (пъпки), артралгия (болки в ставите), периферен оток (подуване, обичайно на краката), пирексия (повишена температура), болка, повишени кръвни нива на лактат дехидрогеназа (маркер за разграждане на тъкани) и повишени кръвни нива на креатинин (маркер за бъбречни проблеми).
Visbiežāk novērotās nevēlamās Rapamune blakusparādības (vairāk nekā vienam pacientam no desmit) ir urīnceļu infekcija (infekcija urīna izvadsistēmas orgānos), trombocitopēnija (mazs asins plātnīšu skaits), anēmija (mazs eritrocītu skaits), hipokaliēmija (mazs kālija līmenis asinīs), hipofosfatēmija (mazs fosfāta līmenis asinīs), hiperholesterinēmija (augsts holesterīna līmenis asinīs), hiperglikēmija (augsts cukura līmenis asinīs), hipertrigliceridēmija (augsts triglicerīdu – tauku veida – līmenis asinīs), galvassāpes, limfocēle (šķidruma uzkrāšanās ap nieri), hipertensija (augsts asinsspiediens), sāpes vēderā, caureja, aizcietējumi, nelaba dūša, pūtītes (raibumi), artralģija (sāpes locītavās), perifēra tūska (satūkums, parasti kājās), pireksija (drudzis), sāpes, paaugstināts laktātdehidrogenāzes līmenis asinīs (audu sabrukšanas rādītājs) un paaugstināts kreatanīna līmenis asinīs (nieru darbības traucējumu rādītājs).