При пациенти с епилепсия или други лезии на централната нервна система (напр. пациенти с анамнеза за гърчове, епилепсия, мозъчна артериосклероза, изменения в мозъчната структура или мозъчен инсулт), ципрофлоксацин трябва да се прилага само след внимателна преценка на съотношението полза/ риск, поради повишения риск от нежелани реакции от страна на централната нервна система.
Epilepsijas slimniekiem, kā arī pacientiem ar cita veida centrālās nervu sistēmas darbības traucējumiem (piemēram, ar pazeminātu krampju slieksni, ja anamnēzē ir epileptiski krampji, ja ir traucēta asins plūsma smadzenēs, smadzeņu struktūras pārmaiņu vai insulta gadījumā) ciprofloksacīnu ir atļauts lietot tikai pēc tam, kad ir veikta rūpīga ieguvuma un riska analīze, jo nevēlamu blakusparādību iespēja centrālā nervu sistēmā paaugstina risku pacientam.