Поради опасността от влошаване на наличното вече заболяване трябва да се подхожда с повишено внимание, когато алендронат се дава на пациенти с активни проблеми на горните отдели на гастроинтестиналния тракт като дисфагия, заболявания на хранопровода, гастрит, дуоденит или язви, или в случаи на наскоро (в рамките на една година) прекарано тежко гастроинтестинално заболяване като язва на стомаха, активно кървене от гастроинтестиналния тракт или хирургична интервенция на горните отдели на гастроинтестиналния тракт с изключение на пилоропластика (вж. точка 4. 3).
Tā kā ir palielināts risks blakusslimību saasinājumam, alendronāts uzmanīgi jālieto pacientiem ar aktīvām augšējā gremošanas trakta problēmām, piemēram, disfāgiju, barības vada slimību, gastrītu, duodenītu vai čūlām vai nesenu (pēdējā gada laikā) smagu gastrointestinālu slimību, piemēram, gastrīta, aktīvas gastrointestinālas asiņošanas vai operācijas augšējā gremošanas traktā, izņemot piloroplastiju gadījumos (skatīt nodaļu 4. 3)