В основни проучвания с прилагане 3 пъти седмично, най- често съобщаваните нежелани лекарствени реакции, за които се счита, че е вероятно или възможно да бъдат свързани с лечението с имиквимод крем, са реакциите на мястото на приложение в третирания участък с брадавици (33, 7% от пациентите, лекувани с имиквимод).
Pivotālos pētījumos, kuros zāles tika nozīmētas 3 reizes nedēļā, ar imikvimoda krēma lietošanu eventuāli saistītās nevēlamās zāļu izraisītās reakcijas, par kurām ziņots visbiežāk, bija tās lokālās reakcijas, kas tika novērotas ar kārpām klātajos ārstēšanai pakļautajos apvidos (33, 7% ar imikvimodu ārstēto pacientu).