Нелфинавир се свързва обратимо с активната зона на НIV протеазата и
Nelfinavirs atgriezeniski saistās pie HIV proteāzes aktīvās daļas un aizkavē poliproteīnu šķelšanu, tā veidojot neattīstītas, neinfekciozas vīrusa daļiņas.