Според резултатите от проучвания in vitro саквинавир се метаболизира бързо до редица моно - и дихидроксилирани неактивни съединения.
Ņemot vērā in vitro pētījumu rezultātus, sakvinavīrs tiek ātri metabolizēts par mono- un dihidroksilētiem neaktīviem savienojumiem.