Зонизамид се метаболизира основно чрез редуктивно разцепване на бензизоксазоловия пръстен на изходното лекарство от CYP3A4, за да се образува 2- сулфамоилацетилфенол (SMAP) и също чрез N- ацетилиране.
Zonisamīds tiek metabolizēts, galvenokārt ar tā pirmsākuma zāļu benzisoksazola gredzena reducējošu šķelšanu ar CYP3A4, izveidojot 2- sulfamoilacetilfenolu (SMAP), kā arī ar N- acetilēšanu.