При почти всички антибактериални средства, включително и при ертапенем, са наблюдавани свързани с антибиотика колит и псевдомембранозен колит, като тяхната тежест може да варира от леки до животозастрашаващи.
Gandrīz visu antibakteriālo līdzekļu, arī ertapenēma, lietošana ir izraisījusi kolītu un pseidomembranozo kolītu, kas var būt no viegla līdz dzīvību apdraudošam.