Бактерицидното действие на моксифлоксацин е резултат от инхибиране на двете тип II топоизомерази ДНК гираза и топоизомераза IV, необходими за бактериалната репликация, транскрипция и възстановяване.
In vitro moksifloksacīna baktericīdās iedarbības pamatā ir abu topoizomerāžu (DNS girāzes un topoizomerāzes IV), kas nepieciešamas baktēriju DNS replikācijā, transkripcijā un reparācijā, nomākšana.