След перорално приложение агомелатин се метаболизира бързо главно от чернодробния CYP1A2; CYP2C9 и CYP2C19 изоензими участват, но играят малка роля в метаболизма.
Metabolisma mazāko daļu pārstāv CYP2C9 un CYP2C19 izoenzīmi.