Зидовудин може да взаимодейства и със следните лекарства и може да засили нежеланите ефекти: фенитоин, пробенецид, рифампицин, атоваквон, валпроева киселина, метадон, дапсон, пентамидин, пириметамин, ко- тримоксазол, флуконазол, амфотерицин, флуцитозин, ганцикловир, интерферон, кларитромицин, винкристин, винбластин и доксорубицин.
Zidovudīns var mijiedarboties un pastiprināt blakusiedarbību, arī lietojot to kopā ar šādām zālēm: fenitoīnu, probenecīdu, rifampicīnu, atovakvonu, valproiskābi, metadonu, dapsonu, pentamidīnu, pirimetamīnu, kotrimoksazolu, flukonazolu, amfotericīnu, flucitozīnu, gancikloviru, interferonu, klaritromicīnu, vinkristīnu, vinblastīnu un doksorubicīnu.