Тъй като трабектедин се метаболизира главно от CYP3A4, едновременното прилагане на вещества, които подтискат този изоензим, напр. кетоконазол, флуконазол, ритонавир или кларитромицин, биха могли да понижат метаболизма и да повишат концентрацията на трабектедин.
Tā kā trabektedīnu metabolizē galvenokārt enzīms CYP3A4, vienlaicīgi ievadītas vielas, kas inhibē šo izoenzīmu, piemēram, ketokonazols, flukonazols, ritonavirs vai klaritromicīns, var palēnināt trabektedīna metabolismu un palielināt trabektedīna koncentrāciju.