За разлика от системно приложения цитарабин, който се метаболизира бързо до ara- U, превръщането в ara- U в ликвора е незначително след интратекално приложение поради значително по- ниската активност на цитидин деаминазата в тъканите на централната нервна система и в ликвора.
Pretstatā sistēmā ievadītajam citarabīnam, kurš strauji metabolizējas par ara- U, pārvēršanās par ara- U cerebrospinālajā šķidrumā pēc intratekālas ievadīšanas ir nenozīmīga, jo citidīndeamināzes aktivitāte CNS audos un cerebrospinālajā šķidrumā ir ievērojami zemāka.