Друга възможна причина за резистентността към β- лактамните антибиотици могат да бъдат хромозомни бактериални мутации, водещи до промени в пеницилин- свързаните протеини (penicillin binding proteins - PBPs) или до промяна на клетъчния пермеабилитет за β- лактами.
Cits izturības veids pret beta- laktāma antibiotikām var tikt asociēts ar hromosomu mutāciju baktērijā, kas beidzas vai nu ar penicilīnu saistošo proteīnu (PBPs) uzlabojumiem vai šūnu caurlaidības uzlabojumiem attiecībā uz beta- laktāmu.