Индинавир се свързва обратимо с активното място на протеазата и потиска конкурентно ензима, предотвратявайки по този начин деленето на предшественика на вирусния липопротеин, което се извършва по време на съзряването на новооформените вирусни частици.
Indinavīrs atgriezeniski saistās ar proteāzes aktīvo daļu un konkurējoši inhibē enzīmu, tādējādi novēršot vīrusa prekursora poliproteīnu šķelšanos jaunizveidotās vīrusa daļiņas nobriešanas laikā.