Преминаването през кръвно- мозъчната бариера на анидулафунгин е било ограничено при здрави плъхове; въпреки това при зайци с дисеминирана кандидиаза анидулафунгин е показал, че преминава кръвно- мозъчната бариера и намалява гъбичките в мозъка.
Veselām žurkām neliels daudzums anidulafungīna šķērso hematoencefālisko barjeru, bet trušiem ar izkaisīto kandidozi anidulafungīns šķērso hematoencefālisko barjeru un samazina sēnīšu invāziju smadzenēs.