Понастоящем има данни за кръстосана резистентност между ампренавир и останалите протеазни инхибитори за всичките 4- ри пътища на резистентност на фозампренавир, самостоятелно или в комбинация с други мутации.
Katrs no šiem četriem ģenētiskiem modeļiem, kas saistīts ar samazinātu jutību pret amprenaviru, rada zināmu krustenisku rezistenci pret ritonaviru, bet jutība pret indinaviru, nelfinaviru un sakvinaviru parasti saglabājas. Pašlaik ir dati par krustenisko rezistenci starp amprenaviru un citiem proteāzes inhibitoriem visos 4 fosamprenavira rezistences ceļos, gan tad, ja ir tikai viena mutācija, gan kombinācijā ar citām mutācijām.