Проучванията за генотоксичност показват, че клофарабин не е мутагенен при бактериалния тест за обратни мутации, но индуцира кластогенни ефекти при теста за неактивирани хромозомни аберации в овариални клетки от китайски хамстер и при in vivo микронуклеарен тест при плъхове.
Genotoksicitātes pētījumi parādīja, ka klofarabīnam nepiemīt mutagenitāte baktēriju reversās mutācijas analīzē, bet tas inducē klastogēnus efektus neaktivēto hromosomu aberācijas analīzē Ķīnas kāmju olnīcu šūnās un in vivo žurkas mikrokodolu analīzē.