Най- често наблюдаваните нежелани реакции на саквинавир (при повече от десет на сто болни), приеман заедно с ритонавир, засягат стомашно- чревния тракт, като най- чести са гадене, диария, умора, повръщане, образуване на газове и болка в корема.
Lietojot sakvinavīru kopā ar ritonavīru, visbiežāk ziņotās blakusparādības (vairāk par desmit no simts) skar kuņģi un zarnu traktu, raksturīgākās no tām ir slikta dūša, caureja, nogurums, vemšana, vēdera uzpūšanās un sāpes vēderā.