Главният път за елиминиране на цидофовир е бъбречна екскреция на непроменено лекарство посредством комбинация на гломерулна филтрация и тубуларна секреция.
Galvenais cidofovira eliminācijas ceļš ir caur nierēm nepārveidota preparāta formā, tas pa daļai filtrējas caur glomeruliem un pa daļai tiek secernēts tubulos.