Анидулафунгин селективно инхибира 1, 3- β- глюкан синтазата – ензим, намиращ се в гъбичките, но не и в клетките на бозайниците.
Anidulafungīns selektīvi inhibē 1, 3- β- D- glikānsintāzi, enzīmu, kas atrodams sēnīšu šūnās, bet nav sastopams zīdītāju šūnās.