Най- честите нежелани реакции при Cubicin (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са гъбични инфекции (причинени от плесени и дрожди), главоболие, гадене (позиви за повръщане), повръщане, диария, обрив, реакции на мястото на инфузията, нарушени стойности на чернодробните ензими и повишени стойности на CPK (показател за мускулни увреждания) в кръвта.
Cubicin visbiežāk novērotās blakusparādības (vairāk nekā vienam no desmit pacientiem) ir sēnīšu (pelējuma un rauga sēnīšu) izraisītās infekcijas, galvassāpes, sliktā dūša, vemšana, caureja, izsitumi, reakcijas infūzijas vietā, novirzes aknu testu rezultātos un paaugstināts fermenta kreatīnfosfokināzes (KFK) līmenis asinīs.