Пеметрексед се елиминира предимно непроменен през бъбреците в резултат на тубулна секреция и в по- малка степен чрез гломерулна филтрация.
Pemetrekseds tiek izvadīts galvenokārt neizmainītā veidā caur nierēm tubulārās sekrēcijas ceļā un mazākā mērā glomerulārās filtrācijas ceļā.