Ципрофлоксацин се екскретира до голяма степен непроменен през бъбреците и в по- малка степен – с фекалиите.
Ciprofloksacīns galvenokārt tiek izdalīts neizmainītā veidā – gan caur nierēm, gan mazākā daudzumā – ar fēcēm.