Тъй като трабектедин се метаболизира главно от CYP3A4, едновременното прилагане на вещества, които подтискат този изоензим, напр. кетоконазол, флуконазол, ритонавир или кларитромицин, биха могли да понижат метаболизма и да повишат концентрацията на трабектедин.
Mivel a trabektedin főként a CYP3A4 enzimen keresztül metabolizálódik, együttes alkalmazása olyan anyagokkal, melyek gátolják ezt az izoenzimet, pl. ketokonazol, flukonazol, ritonavir és klaritromicin, lassíthatja a trabektedin metabolizmusát és emelheti a trabektedin koncentrációját.