В тялото кломипрамин и неговият основен метаболит, десметилкломипрамин, предотвратяват повторното включване на някои невротрансмитери от нервните клетки на главния и на гръбначния мозък.
A központi idegrendszer alacsony neurotranszmitter- szintje depresszióval, szorongással vagy agresszióval járhat.