RotaTeq е противопоказен за кърмачета с предходна анамнеза за инвагинация или с проблеми със стомашно- чревния тракт, които могат да бъдат предразположени към инвагинация, или при кърмачета с доказан или суспектен имунодефицит.
A RotaTeqet nem szabad alkalmazni azoknál a gyermekeknél, akik korábban már megbetegedtek intuszszuszcepcióban, vagy akiknek olyan bélproblémájuk van, amely fogékonnyá teszi őket a betegségre.