Пеметрексед основно се елиминира с урината, като 70% до 90% от приложената доза се възстановява непроменена в урината за първите 24 часа след приложение.
A pemetrexed elsősorban a vizeletben választódik ki, az alkalmazott adag 70- 90% - a az adást követő 24 órában a vizeletben változatlan formában jelenik meg.