При пациенти с епилепсия или други лезии на централната нервна система (напр. пациенти с анамнеза за гърчове, епилепсия, мозъчна артериосклероза, изменения в мозъчната структура или мозъчен инсулт), ципрофлоксацин трябва да се прилага само след внимателна преценка на съотношението полза/ риск, поради повишения риск от нежелани реакции от страна на централната нервна система.
Epilepsziás vagy más központi idegrendszeri károsodásban (pl. csökkent görcsküszöb, korábbi epilepsziás rohamok, csökkent agyi vérkeringés, az agy strukturális elváltozásai vagy szélütés) szenvedő betegek esetében a ciprofloxacin csak az előnyök kockázatokkal szembeni körültekintő mérlegelését követően alkalmazható, mivel a lehetséges központi idegrendszeri mellékhatások ezen betegek esetében nagyobb kockázatot jelentenek.