За разлика от системно приложения цитарабин, който се метаболизира бързо до ara- U, превръщането в ara- U в ликвора е незначително след интратекално приложение поради значително по- ниската активност на цитидин деаминазата в тъканите на централната нервна система и в ликвора.
A szisztémásan adott citarabinnal ellentétben, amely a plazmában gyorsan ara- U- vá alakul át, intrathecalis beadás után a cerebrospinális folyadékban a citarabin ara- U átalakulás elhanyagolható, mert a központi idegrendszer szöveteiben és a cerebrospinális folyadékban lényegesen alacsonyabb az átalakulásért felelős cytidin- deamináz enzimaktivitás.