Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
Anyagcsere A változatlan mikafungin a fő keringő vegyület a szisztémás keringésben. kimutatták, hogy a mikafungin különböző vegyületekre bomlik le, ezek közül az M- 1 - (katekol forma), M- 2 - (az M- 1 metoxi formája) és M- 5 - (az oldallánc hidroxilációja) mikafungin kimutatható volt a szisztémás keringésben.