В in vitro анализи за потенциална генотоксичност, както и в in vivo извършени хромозомни тестове на миши костен мозък не се установява генотоксичност на каспофунгин.
In vitro vizsgálatokban, valamint az in vivo egércsontvelő kromoszomális tesztben a kaszpofungin nem mutatott genotoxikus hatást.