При пациенти с епилепсия или други лезии на централната нервна система (например понижен гърчов праг, анамнеза за епилептични гърчове, намалено мозъчно кръвообращение, изменения в мозъчната структура или удар), ципрофлоксацин трябва да се използва след внимателна преценка на ползите срещу риска, тъй като възможността за нежелани лекарствени реакции от централната нервна система води до повишен риск при тези пациенти.
Epilepsziás betegeknél vagy a központi idegrendszer egyéb léziói esetén (pl. csökkent görcsküszöb, anamnézisben szereplő epilepsziás roham, csökkent agyi véráramlás, az agy struktúrális elváltozásai vagy stroke) a ciprofloxacin csak az előnyök és a kockázatok gondos mérlegelését követően alkalmazható, mivel a központi idegrendszeri mellékhatások lehetősége ezeket a betegeket fokozott kockázatnak teszi ki.