Анидулафунгин селективно инхибира 1, 3- β- глюкан синтазата – ензим, намиращ се в гъбичките, но не и в клетките на бозайниците.
Az anidulafungin szelektíven gátolja az 1, 3- β- D glukán szintetázt, egy, a gombákban meglévő enzimet, amely azonban az emlőssejtekben nem található meg.