Бактерицидното действие на моксифлоксацин е резултат от инхибиране на двете тип II топоизомерази ДНК гираза и топоизомераза IV, необходими за бактериалната репликация, транскрипция и възстановяване.
A moxifloxacin baktericid hatása abból ered, hogy gátolja mindkét II. típusú topoizomerázt (DNS giráz és topoizomeráz IV), melyek a bakteriális DNS replikációhoz, a transzkripcióhoz és a repair mechanizmushoz szükségesek.