Другият механизъм се проявява чрез намаляване афинитета на рибозомата към Тетрациклин- Мg2+ комплекса поради мутации в хромозомата.
A másik mechanizmust a riboszóma a Tetraciklin- Mg2+ komplex iránti affinitásának a kromoszóma mutációi miatt fellépő csökkenése bizonyítja.