Поради продължителния инкубационен период на хепатит B, възможно е в момента на ваксиниране вече да има неразпозната форма на инфекцията.
Tekintve, hogy a hepatitis B fertőzés lappangási ideje hosszú, előfordulhat, hogy az oltás idején a fertőzés már bekövetkezett, de még nem ismerték fel.