При лечение с алфа интерферони има голямо разнообразие от автоимунни и имунно- медиирани нежелани реакции, сред които нарушения във функцията на щитовидната жлеза, системен лупус еритематодес, ревматоиден артрит (новопоявил се или влошен съществуващ такъв), идиопатична и тромботична тромбоцитопенична пурпура, васкулити, невропатии, включително мононевропатии и синдром на Vogt- Koyanagi- Harada (вж. и точка 4. 4, Автоимунни заболявания).
Az alfa- interferonok alkalmazása során számos különböző autoimmun, ill. immunmediált rendellenességet észleltek, pl. pajzsmirigy- rendellenességet, szisztémás lupus erythematosust, rheumatoid arthritist (újonnan megjelenő, illetve súlyosbodó), idiopathiás és thromboticus thrombocytopeniás purpurát, vasculitist, neuropathiát, beleértve a mononeuropathiákat és a Vogt - Koyanagi- Harada- szindrómát is (lásd még 4. 4 pontban, Autoimmun betegségek).