Както с другите антибактериални средства, продължителната употреба на ретапамулин може да доведе до свръхрастеж на нечувствителни микроорганизми, включително гъби.
Mint minden egyéb antibakteriális szer esetében, a retapamulin hosszabb idejű alkalmazása rezisztens mikroorganizmusok, többek között gombák elszaporodásához vezethet.