Друга възможна причина за резистентността към β- лактамните антибиотици могат да бъдат хромозомни бактериални мутации, водещи до промени в пеницилин- свързаните протеини (penicillin binding proteins - PBPs) или до промяна на клетъчния пермеабилитет за β- лактами.
A ß- laktám antibiotikumokkal szembeni ellenállás másik lehetséges formája a baktériumok kromoszomális mutációjához köthető, melynek eredménye vagy a penicillint megkötő proteinek (PBP) módosulása vagy pedig a ß- laktámokkal szembeni sejtátjárhatóság módosulása.