След перорално приложение агомелатин се метаболизира бързо главно от чернодробния CYP1A2; CYP2C9 и CYP2C19 изоензими участват, но играят малка роля в метаболизма.
A szájon át adott agomelatin gyorsan metabolizálódik, elsősorban a májban a CYP1A2- n keresztül; a CYP2C9 és CYP2C19izoenzimek is érintettek, de szerepük kisebb.