По време или след лечение с ципрофлоксацин или други флуорохинолони е възможна появата на тежка и постоянна диария, трябва да се има предвид псевдомембранозен колит (животозастрашаващ, с възможен летален изход).
Ha a ciprofloxacinnal vagy más fluorokinolonnal történő kezelés folyamán vagy azt követően súlyos és tartós hasmenés tapasztalható, gondolni kell az álhártyás vastagbélgyulladásra (amely életveszélyes, akár halálos kimenetelű lehet).