Установяват се специфични генотипни промени в кодона на обратната транскриптаза (кодони М184V, K65R, L74V и Y115F).
Az abakavirral szembeni vírusrezisztencia viszonylag lassan alakul ki in vitro, és többszörös mutáció szükséges a vad típusú vírus EC50- értékének klinikailag jelentős emelkedéséhez.