Метаболизмът на силденафил по принцип се осъществява с помощта на изоензими 3А4 (основен път) и 2С9 (второстепенен път) на цитохром Р450 (CYP).
A szildenafil a cytochrom P450 (CYP) enzimrendszerben, elsősorban a 3A4 izoenzimek és kisebb mértékben a 2C9 izoenzimek hatására metabolizálódik.