Индинавир се свързва обратимо с активното място на протеазата и потиска конкурентно ензима, предотвратявайки по този начин деленето на предшественика на вирусния липопротеин, което се извършва по време на съзряването на новооформените вирусни частици.
Az indinavir reverzibilisen kötődik a proteáz aktív kötőhelyéhez, és kompetitív módon gátolja az enzimet, ezáltal megakadályozza a vírus prekurzor poliproteinjeinek az újonnan képződött vírusrészecske érése során bekövetkező hasadását.