Метаболизъм Моксифлоксацин е подложен на биотрансформация фаза II и се екскретира чрез бъбреци и жлъчка/ изпражнения като непроменено лекарство, както и под формата на компонент, съдържащ сяра (M1) и като глюкуронид (M2).
A moxifloxacin II. fázisú biológiai átalakuláson megy keresztül és a vizelettel, ill. az epe- faeces utat követve részben változatlan formában részben egy szulfo (Ml), ill. glukuronid (M2) metabolit formájában ürül.