Поради опасността от влошаване на наличното вече заболяване трябва да се подхожда с повишено внимание, когато алендронат се дава на пациенти с активни проблеми на горните отдели на гастроинтестиналния тракт като дисфагия, заболявания на хранопровода, гастрит, дуоденит или язви, или в случаи на наскоро (в рамките на една година) прекарано тежко гастроинтестинално заболяване като язва на стомаха, активно кървене от гастроинтестиналния тракт или хирургична интервенция на горните отдели на гастроинтестиналния тракт с изключение на пилоропластика (вж. точка 4. 3).
Mivel fennáll a meglévő betegség súlyosbodásának a kockázata, az alendronát csak óvatosan adható a tápcsatorna felső szakaszát érintő rendellenességek, mint például dysphagia, nyelőcsőbetegség, gastritis, duodenitis vagy fekélyek esetén, vagy a közelmúltban (egy éven belül) bekövetkezett súlyos gastrointestinalis betegség, mint például gyomorfekély, aktív gastrointestinalis vérzés, illetve a tápcsatorna felső szakaszát érintő műtét (kivéve pylorus- plasztika) esetén (lásd 4. 3 pont).