В допълнение, клофарабин притежава по- голяма резистентност към клетъчно разграждане от аденозин деаминазата и намалена податливост към фосфоролитично отцепване, отколкото другите активни вещества от своя клас, докато афинитетът на клофарабин трифосфат към ДНК полимераза α и рибонуклеотид редуктазата е подобен или е по- голям от този на дезоксиаденозин трифосфата.
Emellett a klofarabin nagyobb ellenállást mutat az adenozin- deamináz általi lebontással szemben, és kevésbé hajlamos a foszforolitikus hasadásra, mint az osztályába tartozó egyéb hatóanyagok, míg a klofarabin- trifoszfátnak a DNS- polimeráz- α- hoz és a ribonukleotid- reduktázhoz való affinitása hasonló, vagy nagyobb, mint a dezoxiadenozin- trifoszfáté.