Тъй като употребата на концентрати на фактор IX комплекс досега винаги е била асоциирана с развитие на тромбоемболични усложнения, като рискът е по- голям при препаратите с ниска чистота, прилагането на продукти, съдържащи фактор IX, може да е потенциално вредно при пациенти с признаци на фибринолиза и такива с дисеминирана интраваскуларна коагулация (ДИК).
Mivel a IX- es faktorkomplex koncentrátumainak a használatát korábban összefüggésbe hozták thromboemboliás szövődmények kialakulásával, ahol is a kockázat nagyobb volt a kisebb tisztaságú készítmények esetén, ezért a IX- es faktort tartalmazó készítmények használata potenciálisan veszélyes lehet fibrinolysis jeleit mutató betegekben és disszeminált intravascularis coagulatióban (DIC) szenvedő betegekben.