Най- честите нежелани реакции при Rapamune (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са инфекция на пикочните пътища (инфекция на частите от тялото, които отвеждат урината), тромбоцитопения (понижен общ брой на тромбоцитите), анемия (понижен общ брой на червените кръвни клетки), хипокалемия (ниски нива на калий в кръвта), хипофосфатемия (ниски нива на фосфати в кръвта), хиперхолестеролемия (високи нива на холестерол в кръвта), хипергликемия (високи нива на кръвната захар), хипертриглицеридемия (високи нива на триглицеридите, вид мазнини, в кръвта), главоболие, лимфоцеле (събиране на течност около бъбрека), хипертония (високо кръвно налягане), абдоминална (коремна) болка, диария, запек, повдигане (позиви за повръщане), акне (пъпки), артралгия (болки в ставите), периферен оток (подуване, обичайно на краката), пирексия (повишена температура), болка, повишени кръвни нива на лактат дехидрогеназа (маркер за разграждане на тъкани) и повишени кръвни нива на креатинин (маркер за бъбречни проблеми).
A Rapamune alkalmazása során előforduló leggyakoribb mellékhatások (10 betegből több mint 1- nél fordult elő): a húgyúti fertőzések (a vizeletszállító struktúrák fertőzése), trombocitopénia (alacsony trombocitaszám), anémia (alacsony vörösvérsejtszám), hipokalémia (a vér alacsony káliumszintje), hipofoszfatémia (a vér alacsony foszfátszintje), hiperkoleszterolémia (magas vérkoleszterinszint) hiperglikémia (magas vércukorszint), hipertrigliceridiémia (a vér magas triglicerid – a zsír egy típusa - szintje), fejfájás, lymphocele (folyadékgyülem a vese körül), hipertónia (magas vérnyomás), hasfájás, hasmenés, székrekedés, hányinger (émelygés), akne (foltok), ízületi fájdalom, perifériás ödéma (duzzanat rendszerint a lábakon), pirexia (láz), fájdalom, emelkedett szérum laktát- dehidrogenáz szint (a szövetek lebomlását jelző anyag) és emelkedett kreatininszint (a veseproblémák egyik jele).