Като цяло, тъй като се натрупват мутациите, свързвани с реизстентността на ритонавир, чувствителността към определен друг протеазен инхибитор може да намалее поради кръстосана резистентност.
A ritonavir- rezisztenciát eredményező mutációk általában halmozódnak, ill. keresztrezisztencia kialakulása miatt a HIV vírus más proteázgátlókra is rezisztenssé válhat.