Вирусната резистентност към абакавир при условия in vitro и in vivo се развива бавно, като това изисква множество мутации за клинично значимо повишаване на ЕC 50 спрямо дивия тип вирус.
A legtöbb olyan betegből nyert izolátumokban, akik a pivotális klinikai vizsgálatokban a kezelés részeként abakavirt is kaptak, és kezelésük virológiailag sikertelen volt, vagy nem találtak az NRTI- kezeléssel összefüggő változást a