Обаче, тъй като моксифлоксацин инхибира двете топоизомерази II и IV с подобна активност при Грам- положителните бактерии, тези бактерии могат да са резистентни към други хинолони, но чувствителни към моксифлоксацин.
Minthogy a moxifloxacin a topoizomeráz II- t és IV- et azonos szinten gátolja, számos Gram pozitív baktériumban bizonyos baktériumok rezisztensek lehetnek az egyéb kinolonokra, de érzékenyek moxifloxacinra.