Главният път за елиминиране на цидофовир е бъбречна екскреция на непроменено лекарство посредством комбинация на гломерулна филтрация и тубуларна секреция.
A cidofovir elsősorban a vesén keresztül választódik ki változatlan formában, glomerulus filtráció és tubuláris szekréció révén.