В клинично изпитване от фаза ІІІ при пациенти с миокарден инфаркт с елевация на ST- сегмента най- честите докладвани нежелани събития, които не са били свързани с кървене (докладвани при най- малко 1% от пациентите на фондапаринукс) са били предсърдно мъждене, пирексия, гръдна болка, главоболие, камерна тахикардия, повръщане и хипотония.
A 3. fázisú STEMI vizsgálatban a leggyakrabban jelentett (a fondraparinuxszal kezeltek legalább 1% - ánál jelentkező) nem- vérzéses nemkívánatos események a következők voltak: pitvarfibrilláció, láz, mellkasi fájdalom, fejfájás, kamrai tachycardia, hányás és hypotensio.