Преминаването през кръвно- мозъчната бариера на анидулафунгин е било ограничено при здрави плъхове; въпреки това при зайци с дисеминирана кандидиаза анидулафунгин е показал, че преминава кръвно- мозъчната бариера и намалява гъбичките в мозъка.
Az anidulafunginnak a vér- agy gáton való átjutása egészséges patkányoknál mérsékelt volt; jóllehet, disszeminált candidiasisban szenvedő nyulaknál igazolták, hogy az anidulafungin átjut a vér- agy gáton, és csökkenti az agyban lévő gomba mennyiségét.