Както всички ваксини, ако RotaTeq се използва при много недоносени деца, съществува риск от апнея (кратки прекъсвания на дишането).
Mint minden oltásnál, így a RotaTeq használatakor is fennáll az apnoea (rövid légzésleállás) veszélye, amennyiben koraszülötteknél alkalmazzák.