Той притежава първична аминокиселинна структура, която е сравнима с Ala148 алелната форма на плазмения фактор IX, като някои посттранслационни модификации на рекомбинантната молекула се различават от тези на плазмената молекула.
Primer aminosav- sorrendje hasonló a plazmából nyert IX- es faktor Ala148 allélformájához, míg a rekombináns molekula némely poszttranszlációs módosítása eltér a plazmából nyert molekuláétól.