По време на клиничните изпитвания НІV изолати от избрани пациенти, лекувани с нелфинавир самостоятелно или в комбинация с инхибитори на обратната транскриптаза, са проследявани за фенотипни (n=19) и генотипни (n = 195, от които 157 са били подходящи за оценка) промени за период от 2 до 82 седмици.
Nelfinavirrel ömagában, vagy reverz transzkriptáz gátlóval kombinálva kezelt, szelektált betegekből származó HIV- izolátumokat vizsgáltak a fenotípus (n = 19) és a genotípus (n = 195, melyből 157 volt értékelhető) változás szempontjából klinikai vizsgálatokban egy 2 - 82 hetes periódus alatt.