Развитие на резистентност към ципрофлоксацин и други флуорохинолони е наблюдавана при стафилококи, по- специално метицилин- резистентен S. aureus, P. aeruginosa, E. coli и E. faecalis (виж таблицата на чувствителните видове).
A ciprofloxacinnal és más kinolokkal szembeni rezisztencia kialakulását figyelték meg staphylococcusokban, különösen meticillin - rezisztens S. aureusban, P. aeruginosaban, E. coliban és E. faecalisban (lásd az érzékenységi táblázatot).