Както всички други NRTI Ziagen може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Ziagen по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти на клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Mint minden NRTI, a Ziagen is okozhat tejsav - acidózist (tejsav felhalmozódása a szervezetben), valamint a terhesség alatt Ziagen- t szedő anyák gyermekeinél mitokondriális működési zavart (a sejtek energiatermelő alkotórészeinek károsodása, amely problémákat okozhat a vérben).