Зонизамид се метаболизира основно чрез редуктивно разцепване на бензизоксазоловия пръстен на изходното лекарство от CYP3A4, за да се образува 2- сулфамоилацетилфенол (SMAP) и също чрез N- ацетилиране.
A zoniszamid metabolizációja elsősorban az anyavegyület benzizoxazol- gyűrűjének reduktív hasítása útján történik, amelyet a CYP3A4 idéz elő 2- szulfamoil- acetil- fenol (SMAP) képződése közben, valamint N- acetiláció útján.