От изолатите с повишени МИК, изолирани от пациенти, лекувани с други ехинокандини, само за два изолата на Candida се съобщава за повишени МИК и към анидулафунгин, което предполага, че няма пълна кръстосана резистентност между ехинокандините.
A más echinocandinokkal kezelt betegekből izolált, emelkedett echinocandin minimális gátló koncentrációjú számos izolátum közül csak két Candida izolátum esetén számoltak be arról, hogy az anidulafungin minimális gátló koncentrációja is magasabb, ami az echinocandinok közötti teljes keresztrezisztencia hiányára utal.