Чрез селективно свързване с антитромбин, фондапаринукс потенцира (около 300 пъти) естествената неутрализация на 52 фактор Xa от антитромбин.
Az antitrombinhoz történő szelektív kötődéssel a fondaparinux (mintegy 300 - szorosára) fokozza az antitrombin meglévő Xa- Faktort neutralizáló képességét.