Освен чрез хидролиза топотекан се елиминира предимно през бъбреците с малко количество, метаболизиращо се до N- дезметил метаболит (SB- 209780), което се открива в плазмата, урината и фецеса.
Peale hüdrolüüsi elimineerub topotekaan peamiselt neerude kaudu, 42 vähemal määral metaboliseerub N- desmetüülmetaboliidiks (SB- 209780), mida leidub plasmas, uriinis ja roojas.