Пегаптаниб се метаболизира от нуклеази и по тази причина цитохром Р450- медиирани лекарствени взаимодействия са малко вероятни.
Pegaptaniib metaboliseeritakse nukleaaside poolt ja seetõttu on koostoimed tsütokroom P450 süsteemi vahendusel metaboliseeritavate ravimitega ebatõenäolised.