Както при всички останали NRTI, Emtriva може също да причини лактоацидоза (натрупване на млечна киселина в тялото) и при бебета или майки, приемали Emtriva по време на бременността – митохондрична дисфункция (увреждане на енерго- произвеждащите компоненти в клетките, което може да доведе до проблеми с кръвта).
Nagu teisedki nukleosiid- pöördtranskriptaasi inhibiitorid, võib Emtriva põhjustada ka laktatsidoosi (piimhappe kogunemine organismis) ja raseduse ajal Emtrivat võtnud emade imikutel mitokondrite talitushäireid (energiat tootvate rakuosade kahjustus, mis võib põhjustada verehäireid).