Моксифлоксацин е субстрат, който трудно преминава чрез механизмите за активно навлизане при Грам- положителните микроорганизми.
In vitro areneb resistentsus moksifloksatsiini suhtes aeglaselt mitme- astmelise mutatsiooni teel, mis on vahendatud sihtkoha mõlema topoisomeraas II (DNA güraasi ja topoisomeraas IV) mutatsioonide kaudu.