При клинични проучвания най- честите нежелани реакции, водещи до прекратяване на лечението с ентакапон, са стомашно- чревните симптоми (напр. диария, 2, 5%) и повишените допаминергични нежелани реакции, предизвикани от леводопа (напр. дискинезия, 1, 7%).
Kliinilistes uuringutes kõige sagedasemateks reaktsioonideks, mis viisid entakapoon ravi katkestamisele olid seedetrakti sümptomid (nt diarröa, 2, 5%) ja tõusnud dopamiinergilised levodopa kõrvaltoimed (nt düskineesiad, 1, 7%).