Както и при другите антибиотици с широк спектър на действие, продължителната употреба на cefuroxime axetil може да предизвика суперинфекция с резистентни щамове (напр. candida, enterococci и clostridium difficile), което може да наложи прекъсване на лечението.
Nagu teistegi laia toimespektriga antibiootikumide kasutamisel, võib ka tsefuroksiimaksetiili pikaajalise kasutamise tagajärjel tekkida tsefuroksiimaksetiilile resistentsete mikroorganismide (nt Candida spp, enterkokkide, Clostridium difficile) ülekasv, mistõttu võib vajalikuks osutuda ka ravi katkestamine.