Микафунгин проявява фунгицидно действие срещу повечето видове от род Candida и подчертано инхибира активно растящи хифи на видове от род Aspergillus.
Mikafungiinil on fungitsiidne toime enamike Candida liikide vastu ning ta inhibeerib märkimisväärselt Aspergillus liikide seeneniitide aktiivset kasvu.