Фондапаринукс е довел и до значително намаляване на случаите на клинично проявена венозна тромбоемболия (дълбока венозна тромбоемболия и/ или белодробен тромбоемболизъм) [съответно 1 (0, 3%) спрямо 9 (2, 7%) пациенти], включително и два фатални случая на белодробен тромбоемболизъм, докладвани в групата на плацебо.
Fondapariinuksi puhul täheldati ka sümptomaatilise VTE esinemisjuhtude märkimisväärset langust (DVT ja / või PE) [vastavalt 1 (0, 3%) vs 9 (2, 7%) patsienti] k. a kaks fataalse PE teatist platseebogrupist.