Протеазните инхибитори са свързани също с метаболитни нарушения, като хипертриглицеридемия, хиперхолестеролемия, инсулинова резистентност и хипергликемия.
Samuti on proteaasi inhibiitoritega täheldatud kreatiniinfosfokinaasi taseme tõusu, lihasvalu, lihastepõletikku ning harva ka rabdomüolüüsi, eriti kasutamisel koos nukleosiidsete pöördtranskriptaasi inhibiitoritega.