Вътреклетъчният метаболизъм на гемцитабин води до образуване на гемцитабин моно -, ди - и трифосфати (dFdCMP, dFdCDP и dFdCTP), от които dFdCDP и dFdCTP се считат за активни.
Gemtsitabiini di - ja trifosfaadid omavad aktiivsust.