Резистентност към флуороквинолоните се изгражда чрез хромозомна мутация, възникваща по три механизма: намаляване пермеабилитета на бактериалната клетъчна стена, експресия на ефлукс - помпа, или мутация на ензимите, отговорни за изграждането на молекулите.
Resistentsus fluorokinoloonide suhtes tekib kromosoommutatsioonina kolme mehhanismina: bakteriseina läbilaskvuse vähenemine, väljavoolupumba ekspressioon või molekuli sidumiskoha eest vastutavate ensüümide mutatsioon.