В тялото кломипрамин и неговият основен метаболит, десметилкломипрамин, предотвратяват повторното включване на някои невротрансмитери от нервните клетки на главния и на гръбначния мозък.
Neurotransmitterite madal tase kesknärvisüsteemis võib olla seotud depressiooni, ärevuse või agressiivse käitumisega.