Когато атоваквон се прилага едновременно с ритонавир се препоръчва внимателно проследяване на серумните нива или терапевтични ефекти.
Ritonaviir indutseerib glükuronisatsiooni sõltumata sellest, kas teda kasutatakse retroviirusevastase ravimina või farmakokineetilise toime tugevdajana ning seetõttu on tõenäoline atovakuooni plasmakontsentratsiooni vähenemine.