Pandemrix е противопоказен за лица, които са проявили анафилактична реакция (тежка алергична реакция) към някоя от съставките на ваксината или към следи от остатъчни продукти, например яйчен и пилешки протеин, овалбумин (протеин в яйчения белтък), формалдехид, гентамицин сулфат (антибиотик) и натриев деоксихолат.
Prepandrixit ei tohi anda patsientidele, kellel on tekkinud anafülaktiline reaktsioon (raske allergiline reaktsioon) vaktsiini mis tahes komponendi või aine suhtes, mida vaktsiin mikrokogustes sisaldab, näiteks munad, kanavalk, ovalbumiin (teatav munavalge valk), formaldehüüd, gentamitsiinsulfaat (teatav antibiootikum) ja naatriumdeoksükolaat.