При лечение с алфа интерферони има голямо разнообразие от автоимунни и имунно- медиирани нежелани реакции, сред които нарушения във функцията на щитовидната жлеза, системен лупус еритематодес, ревматоиден артрит (новопоявил се или влошен съществуващ такъв), идиопатична и тромботична тромбоцитопенична пурпура, васкулити, невропатии, включително мононевропатии и синдром на Vogt- Koyanagi- Harada (вж. и точка 4. 4, Автоимунни заболявания).
Alfa- interferoonide puhul on teatatud mitmetest autoimmuunsetest ja immuun- vahendatud häiretest, nagu kilpnäärme häired, dissemineerunud erütematoosluupus, reumatoidartriit (esmane või ägenenud), idiopaatiline ja trombootiline trombotsütopeeniline purpura, vaskuliit, neuropaatiad, sh mononeuropaatia ja Vogt- Koyanagi- Harada sündroom (vt ka lõik 4. 4, Autoimmuunsed häired).