Тъй като трабектедин се метаболизира главно от CYP3A4, едновременното прилагане на вещества, които подтискат този изоензим, напр. кетоконазол, флуконазол, ритонавир или кларитромицин, биха могли да понижат метаболизма и да повишат концентрацията на трабектедин.
Trabektediin metaboliseerub peamiselt CYP3A4 kaudu, selle manustamine koos nimetatud isoensüümi pärssivate ravimitega (nt ketokonasool, flukonasool, ritonaviir, klaritromütsiin) võib vähendada trabektediini metabolismi ja suurendada selle kontsentratsiooni.