Най- честите нежелани реакции при Rapamune (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са инфекция на пикочните пътища (инфекция на частите от тялото, които отвеждат урината), тромбоцитопения (понижен общ брой на тромбоцитите), анемия (понижен общ брой на червените кръвни клетки), хипокалемия (ниски нива на калий в кръвта), хипофосфатемия (ниски нива на фосфати в кръвта), хиперхолестеролемия (високи нива на холестерол в кръвта), хипергликемия (високи нива на кръвната захар), хипертриглицеридемия (високи нива на триглицеридите, вид мазнини, в кръвта), главоболие, лимфоцеле (събиране на течност около бъбрека), хипертония (високо кръвно налягане), абдоминална (коремна) болка, диария, запек, повдигане (позиви за повръщане), акне (пъпки), артралгия (болки в ставите), периферен оток (подуване, обичайно на краката), пирексия (повишена температура), болка, повишени кръвни нива на лактат дехидрогеназа (маркер за разграждане на тъкани) и повишени кръвни нива на креатинин (маркер за бъбречни проблеми).
Rapamune kõige sagedamad kõrvalnähud (täheldatud enam kui ühel patsiendil kümnest) on kuseteede nakkus, trombotsütopeenia (vereliistakute vähesus), aneemia (punaliblede vähesus), hüpokaleemia (madal kaaliumisisaldus veres), hüpofosfateemia (madal fosfaadisisaldus veres), hüperkolesteroleemia (kõrge kolesteroolisisaldus veres), hüperglükeemia (veresuhkru suur sisaldus), hüpertriglütserideemia (teatud rasvade, glütseriidide suur sisaldus veres), lümfotseele (vedeliku kogunemine neerude ümbrusesse), hüpertensioon (kõrge vererõhk), kõhuvalu, kõhulahtisus, kõhukinnisus, iiveldus, akne (vinnid), artralgia (liigesevalu), perifeerne ödeem (turse, tavaliselt jalgadel), püreksia (palavik), valu, vere laktaatdehüdrogenaasi sisalduse suurenemine (kudede lagunemise marker) ja vere kreatiinisisalduse suurenemine (neeruhäirete marker).