Зонизамид се метаболизира основно чрез редуктивно разцепване на бензизоксазоловия пръстен на изходното лекарство от CYP3A4, за да се образува 2- сулфамоилацетилфенол (SMAP) и също чрез N- ацетилиране.
Zonisamiid metaboliseerub eelkõige lähteaine bensisoksasooliringi redutseeriva lõhustamise teel CYP3A4 poolt, mille tulemusena moodustub 2- sulfamoüülatsetüülfenool (SMAP), samuti N- atsetüülimise teel.