Метаболизмът на саквинавир се медиира от цитохром Р450, със специфичен изоензим CYP3A4, който осъществява 90% от чернодробния метаболизъм.
Sakvinaviir metaboliseeritakse tsütokroom P450 kaudu ning 90% ravimi maksas toimuvast metabolismist vahendatakse selle ensüümi spetsiifilise isovormi CYP3A4 kaudu.