Зидовудин може да взаимодейства и със следните лекарства и може да засили нежеланите ефекти: фенитоин, пробенецид, рифампицин, атоваквон, валпроева киселина, метадон, дапсон, пентамидин, пириметамин, ко- тримоксазол, флуконазол, амфотерицин, флуцитозин, ганцикловир, интерферон, кларитромицин, винкристин, винбластин и доксорубицин.
Zidovudiinil võib olla koostoimeid järgmiste ravimitega ning ta võib raskendada kõrvaltoimete kulgu: fenütoiin, probenetsiid, rifampitsiin, atovakvoon, valproehape, metadoon, dapsoon, pentamidiin, pürimetamiin, kotrimoksasool, flukonasool, amfoteritsiin, flutsütosiin, gantsükloviir, interferoon, klaritromütsiin, vinkristiin, vinblastiin ja doksorubitsiin.