Въпреки това при много редки случаи след микробиологично доказване на етиологичния причинител и оценка на съотношението полза/ риск е възможно предписването на ципрофлоксацин на такива пациенти за лечение на определени тежки инфекции, особено в случаите на неуспех на стандартната терапия или бактериална резистентност, когато микробиологичните данни подкрепят използването на ципрофлоксацин.
Väga harvadel juhtudel võib tsiprofloksatsiini siiski teatavate raskekujuliste infektsioonide korral neile patsientidele määrata, lähtudes mikrobioloogilise uuringu tulemustest haigust põhjustanud organismi kohta ja ravi kasulikkuse ja sellega seotud riskide hindamisest, eriti tavapärase ravi ebaõnnestumise või bakterite suhtes esineva resistentsuse korral, kui tsiprofloksatsiini kasutamine on mikrobioloogiliste andmetega põhjendatud.