И при двата вида difloxacin конюгира (глюкуронидира или сулфатира), дезметилира в сарафлоксацин или оксидира в N- оксид- дифлоксацин.
Mõlemal linnuliigil võib difloksatsiin konjugeeruda (tekivad glükuroniidid, sulfaadid), desmetüleeruda sarafloksatsiiniks või oksüdeeruda N- oksiid- difloksatsiiniks.