Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
Mikafungiin metaboliseerub mitmeteks ühenditeks; süsteemses vereringes on nendest leitud M- 1 (katehhoolvorm), M- 2 (M- 1 metoksüvorm) ja M- 5 (külgahela hüdroksüülimine).