При почти всички антибактериални средства, включително и при ертапенем, са наблюдавани свързани с антибиотика колит и псевдомембранозен колит, като тяхната тежест може да варира от леки до животозастрашаващи.
Antibiootilise raviga seotud koliiti ja pseudomembranoosset koliiti on kirjeldatud peaaegu kõigi antibiootikumide (sh ertapeneemi) puhul ning nende raskusaste võib varieeruda kergest haigusvormist eluohtlikuni.