22 Резистентните към емтрицитабин вируси са имали кръстосана резистентност към ламивудин, но са запазили чувствителност към други нуклеозидни инхибитори на обратната транскриптаза (НИОТ) (зидовудин, ставудин, тенофовир, абакавир, диданозин и залцитабин), всички не- нуклеозидни инхибитори на обратната транскриптаза (ННИОТ) и всички протеазни инхибитори (ПИ).
Emtritsitabiini suhtes resistentsetel viirustel esineb ristuv resistentsus lamivudiinile, kuid säilub tundlikkus teiste nukleosiid- pöördtranskriptaasi inhibiitorite (zidovudiin, stavudiin, tenofoviir, abakaviir, didanosiin ja zaltsitabiin), kõigi mittenukleosiid- pöördtranskriptaasi inhibiitorite ja kõigi proteaasi inhibiitorite (PI) suhtes.