Когато индинавир се прилага като монотерапия, бързо се развиват резистентни вируси (вж. точка 5. 1).
Olemasolevate farmakodünaamika andmete alusel tuleb indinaviiri kasutada kombinatsioonis teiste retroviirusevastaste preparaatidega, kuna monoteraapia korral kujuneb kiiresti välja viiruse resistentsus (vt lõik 5. 1).