Средства, които повишават риска от развитие на кръвоизлив не трябва да се прилагат едновременно с фондапаринукс.
Selliste ravimite hulka kuuluvad desirudiin, fibrinolüütilised ained, GP IIb/ IIIa retseptorantagonistid, hepariin, heparinoidid või madalmolekulaarsed hepariinid (MMH).