Метаболизмът на апрепитант се осъществява основно чрез окисляване на морфолиновия пръстен и неговите странични вериги, като получените метаболити са слабо активни.
Aprepitandi metabolism toimub suurel määral morfoliintsükli ja tema kõrvalahelate oksüdatsiooni teel ning tekkivatel metaboliitidel oli vaid nõrk aktiivsus.