Най- често наблюдаваните нежелани реакции на саквинавир (при повече от десет на сто болни), приеман заедно с ритонавир, засягат стомашно- чревния тракт, като най- чести са гадене, диария, умора, повръщане, образуване на газове и болка в корема.
Koos ritonaviiriga manustatud sakvinaviiri kõige sagedamini (üle kümne juhu saja inimese kohta) kirjeldatud kõrvaltoimed on seedetrakti häired, millest tavalisemad on iiveldus, kõhulahtisus, väsimus, oksendamine, kõhupuhitus ja kõhuvalu.