Съобщава се, че много от заместванията в протеазните аминокиселини, свързани с резистентност към ритонавир и саквинавир, също са свързани с резистентност към индинавир.
Viele Aminosäuresubstitutionen in der Protease, die mit einer Resistenz gegen Ritonavir und Saquinavir in Verbindung gebracht werden, spielen auch bei der Resistenz gegen Indinavir eine Rolle.