Метаболизмът на саквинавир се медиира от цитохром Р450, със специфичен изоензим CYP3A4, който осъществява 90% от чернодробния метаболизъм.
Saquinavir wird über Cytochrom P450 metabolisiert, wobei das spezifische Isoenzym CYP3A4 90% des hepatischen Metabolismus übernimmt.