Едновременната употреба на индинавир и рифампицин или растителни препарати, съдържащи жълт кантарион (Hypericum perfuratum) е противопоказана.
Darüber hinaus darf Indinavir mit Ritonavir nicht mit Alfuzosin, Meperidin, Piroxicam, Propoxyphen, Bepridil, Encainid, Flecanid, Propafenon, Chinidin, Fusidinsäure, Clozapin, Clorazepat, Diazepam, Estazolam und Flurazepam angewandt werden.