Преминаването през кръвно- мозъчната бариера на анидулафунгин е било ограничено при здрави плъхове; въпреки това при зайци с дисеминирана кандидиаза анидулафунгин е показал, че преминава кръвно- мозъчната бариера и намалява гъбичките в мозъка.
Bei gesunden Ratten passierte Anidulafungin nur in beschränktem Ausmaß die Blut-Hirn-Schranke; bei Kaninchen mit disseminierter Candidiasis hat sich jedoch gezeigt, dass Anidulafungin die Blut- Hirn-Schranke passiert und den Pilzbefall im Gehirn verringert.