ХЗТ е свързана с по- висок относителен риск от развитие на венозен тромбоемболизъм (ВТЕ), т. е. тромбоза на дълбоките вени или белодробен емболизъм.
Η θεραπεία ορµονικής υποκατάστασης συνδέεται µε υψηλότερο σχετικό κίνδυνο ανάπτυξης φλεβικής θροµβοεµβολής, π. χ. θρόµβωση των εν τω βάθει φλεβών ή πνευµονική εµβολή.