При клинични проучвания единствените нежелани реакции, системно считани за свързвани с прилагането на филграстим, са мускулно- скелетна болка, лека до умерена болка в костите и миалгия.
Σε κλινικές μελέτες, οι μόνες ανεπιθύμητες ενέργειες που θεωρήθηκαν με συνέπεια ως σχετιζόμενες με τη χορήγηση της φιλγραστίμης ήταν ο μυοσκελετικός πόνος, κυρίως ήπιος έως μέτριος οστικός πόνος και μυαλγία.