След преминаването му в системното кръвообращение се очаква зиконотид първоначално да бъде подложен на протеолитно разцепване от различни убиквитерни пептидази/ протеази, намиращи се в повечето органи (напр. бъбрек, черен дроб, бял дроб, мускули и т. н.), и така се разгражда до пептидни фрагменти и отделните съставящи го свободни аминокиселини.
Αφού περάσει στη συστηματική κυκλοφορία, η ζικονοτίδη αναμένεται να είναι καταρχήν ευαίσθητη σε πρωτεολυτική διάσπαση από διάφορες ευρέως διαδεδομένες πεπτιδάσες/ πρωτεάσες που υπάρχουν στα περισσότερα όργανα (π. χ. νεφρός, ήπαρ, πνεύμονας, μύες, κ. λπ.) και έτσι διασπάται σε κλάσματα πεπτιδίων και τα μεμονωμένα συστατικά της ελεύθερα αμινοξέα.