На клетъчно ниво последствието от инхибирането на топоизомераза- I от топотекан е индукцията на протеин- свързани ДНК едноверижни разкъсвания.
Οι συνέπειες από την αναστολή της τοποϊσομεράσης- Ι από την τοποτεκάνη σε κυτταρικό επίπεδο είναι ο σχηματισμός σχετιζόμενων με πρωτεΐνες κατακερματισμών του μονόκλωνου DNA.