Най- често докладваните нежелани събития в UA/ NSTEMI клиничното изпитване от фаза III (докладвани при най- малко 1% от пациентите на фондапаринукс) са били главоболие, гръдна болка и предсърдно мъждене.
Στη μελέτη φάσης ΙΙΙ σε UA/ NSTEMI, οι πιο συχνά αναφερθείσες ανεπιθύμητες ενέργειες εκτός της αιμορραγίας (που αναφέρθηκαν σε ποσοστό τουλάχιστον 1% των ασθενών που έλαβαν fondaparinux), ήταν η κεφαλαλγία, το θωρακικό άλγος και η κολπική μαρμαρυγή.