Биотрансформацията на емтрицитабин включва оксидация на тиоловата група до 3 '- сулфоксидни диастеромери (приблизително 9% от дозата) и конюгиране с глюкуронова киселина до 2' - O- глюкуронид (приблизително 4% от дозата).
Η βιομετατροπή της emtricitabine περιλαμβάνει την οξείδωση του δακτυλίου των θειολών και το σχηματισμό των 3΄- sulfoxide διαστερεομερών (περίπου το 9% της δόσης) και τη σύζευξη με γλυκουρονικό οξύ για να σχηματίσει το 2΄- O- γλυκουρονίδιο (περίπου το 4% της δόσης).