Кръстосана резистентност между невирапин и HIV протеазни инхибитори е необичайна поради това, че ангажираните таргетни ензими са различни.
Στελέχη από τέσσερις ασθενείς ανθεκτικά στη zidovudine, που εξετάσθηκαν in vitro εξακολουθούσαν να είναι ευαίσθητα στη nevirapine και σε έξι ασθενείς, στελέχη ανθεκτικά στη nevirapine ήταν ευαίσθητα στη zidovudine και στη didanosine. ∆ιασταυρούµενη αντοχή µεταξύ της nevirapine και των αναστολέων της πρωτεάσης του HIV είναι απίθανη λόγω των διαφορετικών ενζύµων- στόχων.