Както и при други антибиотици, продължителната употреба на ертапенем може да доведе до прекомерно развитие на нечувствителни организми.
Όπως με άλλα αντιβιοτικά, παρατεταμένη χρήση του ertapenem μπορεί να οδηγήσει σε ανάπτυξη μη ευαίσθητων οργανισμών.