Употребата на ибафлоксацин може да доведе до увеличаване разпространението на резистентни щамове в целевите животински видове, макар да е вероятно този риск да не е голям поради лечението на отделни животни с този продукт.
Η χρήση της ιβαφλοξακίνης ενδέχεται να οδηγήσει σε αυξανόµενο επιπολασµό των ανθεκτικών στελεχών στα είδη- στόχους, αν και ο εν λόγω κίνδυνος ενδέχεται να αποτελεί µικρότερο παράγοντα ανησυχίας αφού ότι το συγκεκριµένο φαρµακευτικό προϊόν προορίζεται για τη θεραπεία µεµονωµένων ζώων.