Метицилин резистентните стафилококи и ентерококи са резистентни към ертапенем, поради нечувствителност на PBP мишената; P. aeruginosa и други неферментативни бактерии са като цяло резистентни, вероятно поради ограниченото проникване и активния ефлукс.
Ανθεκτικοί στη μεθικιλλίνη σταφυλόκοκκοι και εντερόκοκκοι, είναι ανθεκτικοί στο ertapenem, που οφείλεται στη μη ευαισθησία του στόχου PBP.