Бъбречният тубулен транспорт на метотрексат може да бъде потиснат при едновременно прилагане на ципрофлоксацин, което потенциално води до повишени плазмени нива на метотрексат и повишен риск от токсични реакции, свързани с метотрексат.
Η νεφρική σωληναριακή µεταφορά της µεθοτρεξάτης µπορεί να ανασταλεί από τη συγχορήγηση τη ciprofloxacin, ενδεχοµένως οδηγώντας σε αυξηµένα επίπεδα της µεθοτρεξάτης στο πλάσµα και στην αύξηση κινδύνου τοξικών αντιδράσεων συσχετιζόµενων µε τη µεθοτρεξάτη.