Както всички други NRTI Ziagen може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Ziagen по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти на клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Όπως συμβαίνει και με τους άλλους νουκλεοσιδικούς αναστολείς της ανάστροφης μεταγραφάσης, το Ziagen μπορεί να προκαλέσει γαλακτική οξέωση (συσσώρευση γαλακτικού οξέος στον οργανισμό) και, σε παιδιά οι μητέρες των οποίων λάμβαναν Ziagen κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, μιτοχονδριακή δυσλειτουργία (βλάβη στα συστατικά των κυττάρων που παράγουν ενέργεια, η οποία μπορεί να προκαλέσει προβλήματα στο αίμα).