Абакавир се метаболизира основно в черния дроб, като около 2% от приетата доза се екскретира през бъбреците непроменена.
Η αβακαβίρη µεταβολίζεται κυρίως στο ήπαρ, ενώ περίπου 2% της χορηγηθείσας δόσης απεκκρίνεται από τους νεφρούς ως αναλλοίωτο φάρµακο.