От изолатите с повишени МИК, изолирани от пациенти, лекувани с други ехинокандини, само за два изолата на Candida се съобщава за повишени МИК и към анидулафунгин, което предполага, че няма пълна кръстосана резистентност между ехинокандините.
Μεταξύ διαφόρων στελεχών με αυξημένες MIC στην εχινοκανδίνη που απομονώθηκαν από ασθενείς, οι οποίοι υποβλήθηκαν σε θεραπεία με άλλες εχινοκανδίνες, αναφέρθηκαν μόνο δύο στελέχη Candida με αυξημένες MIC και στο anidulafungin, υποδηλώνοντας την έλλειψη πλήρους διασταυρούμενης αντοχής μεταξύ των εχινοκανδινών.