Клинично значимо намаляване на чувствителността към абакавир е установено при клинични изолати от пациенти с неконтролирана вирусна репликация, които преди това са лекувани с други нуклеозидни инхибитори и са резистентни към тях.
Κλινικά σηµαντική µείωση της ευαισθησίας στην αβακαβίρη αναδείχθηκε σε στελέχη που αποµονώθηκαν κατά την κλινική πράξη σε ασθενείς µε ανεξέλεγκτο ιϊκό πολλαπλασιασµό, οι οποίοι είχαν ήδη λάβει θεραπεία και ήταν ανθεκτικοί σε άλλους νουκλεοσιδικούς αναστολείς.