Елиминирането на абакавир става главно чрез метаболизиране в черния дроб и последващо екскретиране на метаболитите основно в урината.
Η αποβολή της αβακαβίρης γίνεται µέσω ηπατικού µεταβολισµού µε επακόλουθη απέκκριση των µεταβολιτών κυρίως στα ούρα.