Профилактично са третирани с микафунгин пациенти, подложени на трансплантация на хемопоетични стволови клетки (HSCT), при които е имало висок риск от гъбични инфекции.
Οι ασθενείς οι οποίοι έλαβαν προφυλακτικά μικαφουγκίνη ήταν εκείνοι που υπεβλήθησαν σε μεταμόσχευση αρχέγονων αιμοποιητικών κυττάρων (HSCT), οι οποίοι διέτρεχαν υψηλό κίνδυνο μυκητιασικών λοιμώξεων.