Биотрансформацията на емтрицитабин включва оксидиране на тиоловата група до образуване на 3 '- сулфоксид диастереомери (приблизително 9% от дозата) и конюгация с глюкоронова киселина дообразуване на 2' - O- глюкоронид (приблизително 4% от дозата).
Η βιοµετατροπή της emtricitabine περιλαµβάνει την οξείδωση του δακτυλίου των θειολών και το σχηµατισµό των 3 '- σουλφοξείδιο διαστερεοµερών (περίπου το 9% της δόσης) και τη σύζευξη µε γλυκουρονικό οξύ για να σχηµατίσει το 2' - O- γλυκουρονίδιο (περίπου το 4% της δόσης).