Преминаването през кръвно- мозъчната бариера на анидулафунгин е било ограничено при здрави плъхове; въпреки това при зайци с дисеминирана кандидиаза анидулафунгин е показал, че преминава кръвно- мозъчната бариера и намалява гъбичките в мозъка.
Ωστόσο, σε κουνέλια με γενικευμένη καντιντίαση έχει αποδειχθεί ότι το anidulafungin διέρχεται τον αιματοεγκεφαλικό φραγμό και μειώνει το μυκητιασικό φορτίο στον εγκέφαλο.