Основните метаболити са хидроразтворими конюгати на difloxacin, другите матаболити са пропорционално незначими.
Οι κύριοι µεταβολίτες της διφλοξακίνης είναι υδρολυόµενες συζυγείς ενώσεις της, ενώ οι υπόλοιποι µεταβολίτες της βρίσκονται σε µικρότερη αναλογία.