Обратно на това, ампренавир запазва активността си към някои изолати с резистентност към други протеазни инхибитори и тази активност зависи от броя и вида на мутации за протеазна резистентност, налични в изолатите.
Αντιθέτως, η αμπρεναβίρη εξακολουθεί να είναι δραστική έναντι ορισμένων απομονωθέντων στελεχών με αντοχή σε άλλους PIs και η διατήρηση αυτής της δράσης εξαρτάται από τον αριθμό και το είδος των μεταλλάξεων του αναστολέα της πρωτεάσης που εντοπίζονται στα απομονωθέντα στελέχη.