Най- често наблюдаваните нежелани реакции на саквинавир (при повече от десет на сто болни), приеман заедно с ритонавир, засягат стомашно- чревния тракт, като най- чести са гадене, диария, умора, повръщане, образуване на газове и болка в корема.
Οι ανεπιθύμητες ενέργειες που έχουν συχνότερα αναφερθεί (σε περισσότερα από δέκα σε σύνολο εκατό ατόμων) κατά τη λήψη σακουιναβίρης μαζί με ριτοναβίρη αφορούν στο γαστρεντερικό σύστημα, με περισσότερο συνηθισμένες τη ναυτία, τη διάρροια, την κόπωση, τον έμετο, τα αέρια και τον κοιλιακό πόνο.