Пациентите с дълбоки инфекции трябва да бъдат подложени на оперативно лечение (напр. отстраняване на контаминираните тъкани, отстраняване на механични средства, хирургична замяна на клапи) незабавно.
Ασθενείς με εν τω βάθει λοιμώξεις θα πρέπει να λαμβάνουν τις όποιες απαιτούμενες χειρουργικές επεμβάσεις (π. χ. χειρουργικό καθαρισμό, απομάκρυνση προσθετικών συσκευών, εγχείρηση αντικατάστασης βαλβίδας) χωρίς καθυστέρηση.