Механизмът на взаимодействие не е изяснен и тъй като с атоваквон суспензия могат да бъдат достигнати по- високи концентрации на атоваквон, възможно е когато атоваквон се прилага като суспензия да се индуцират по - големи промени в стойностите на AUC на зидовудин.
Ο μηχανισμός της αλληλεπίδρασης είναι άγνωστος και καθώς με το εναιώρημα ατοβακόνης μπορεί να επιτευχθούν υψηλότερες συγκεντρώσεις ατοβακόνης, είναι πιθανόν να προκληθούν μεγαλύτερες μεταβολές στις τιμές AUC της ζιδοβουδίνης, όταν η ατοβακόνη χορηγείται ως εναιώρημα.