Абакавир се метаболизира вътреклетъчно до активното съединение карбовир 5 ’ - трифосфат (TФ).
Η αβακαβίρη μεταβολίζεται ενδοκυτταρικά στο δραστικό συστατικό του που είναι η 5- τριφωσφορική καρβοβίρη (ΤΡ).