При пациенти, лекувани с протеазни инхибитори (ПИ), изборът на нелфинавир трябва да се основава на индивидуалните резултати от изследването на вирусната резистентност и предишното лечение.
Στους ασθενείς που είχαν λάβει αναστολέα πρωτεάσης (protease inhibitor, PI), η επιλογή της νελφιναβίρης θα πρέπει να βασίζεται στον έλεγχο της ατομικής αντίστασης ενάντια στον ιό και στο ιστορικό της θεραπευτικής αγωγής.