Пеметрексед се елиминира предимно непроменен през бъбреците в резултат на тубулна секреция и в по- малка степен чрез гломерулна филтрация.
Η πεμετρεξίδη κατά κύριο λόγο αποβάλλεται αμετάβλητη από τη νεφρική οδό, μέσω σωληναριακής απέκκρισης και σε μικρότερο βαθμό με σπειραματική διήθηση.