Чести: гадене, повръщане, диария Редки: има съобщения за случаи на панкреатит, но причинно- следствена връзка с абакавир не е доказана
Σπάνιες: έχει αναφερθεί παγκρεατίτιδα, αλλά η αιτιολογική σχέση με τη θεραπεία με αβακαβίρη δεν είναι σίγουρη