Механизмът на действие не е напълно изяснен, но изглежда ara- CTP действа основно посредством подтискане на синтеза на ДНК.
Ο μηχανισμός δράσης δεν έχει διευκρινισθεί πλήρως, ωστόσο φαίνεται ότι η ara- CTP δρα κυρίως με αναστολή της DNA σύνθεσης.