Биотрансформацията на емтрицитабин включва оксидация на тиоловата група до 3 '- сулфоксидни диастеромери (приблизително 9% от дозата) и конюгиране с глюкуронова киселина до 2' - O- глюкуронид (приблизително 4% от дозата).
Η βιοµετατροπή της emtricitabine περιλαµβάνει την οξείδωση του δακτυλίου των θειολών και τον σχηµατισµό των 3 ’ - sulfoxide διαστερεοµερών (περίπου το 9% της δόσης) και την σύζευξη µε γλυκουρονικό οξύ για να σχηµατίσει το 2 ’ - O- γλυκουρονίδιο (περίπου το 4% της δόσης).