Той притежава първична аминокиселинна структура, която е сравнима с Ala148 алелната форма на плазмения фактор IX, като някои посттранслационни модификации на рекомбинантната молекула се различават от тези на плазмената молекула.
Έχει μία πρωταρχική αλληλουχία αμινοξέων που είναι συγκρίσιμη με αυτή του αλληλόμορφου τύπου Ala148 του από το πλάσμα προερχομένου παράγοντα ΙΧ, και μερικές από τις μετά- μεταφραστικές τροποποιήσεις του ανασυνδυασμένου μορίου είναι διαφορετικές από εκείνες του από το πλάσμα - προερχομένου μορίου.