В случай на възникване на втора, клинично значима, инфекция лечението с клофарабин трябва да бъде прекъснато до клиничното й овладяване, като след това може да бъде продължено при намалена с 25% доза.
Σε περίπτωση δεύτερης κλινικά σημαντικής λοίμωξης, η θεραπεία με κλοφαραβίνη θα πρέπει να αναβληθεί έως ότου η λοίμωξη να ελέγχεται κλινικά και μπορεί να γίνει επανέναρξη με μείωση της δόσης κατά 25%.