Нелфинавир се свързва обратимо с активната зона на НIV протеазата и предотвратява разцепването на полипротеините, което води до формиране на незрели, незаразни вирусни частици.
Η νελφιναβίρη συνδέεται με αναστρέψιμο τρόπο με τη δραστική θέση της πρωτεάσης του HIV και εμποδίζει τη διαίρεση των πολυπρωτεϊνών με αποτέλεσμα να σχηματιστούν άωρα μη λοιμώδη σωματίδια ιών.