Каспофунгин притежава и in vitro активност срещу видове от рода Candida (Candida albicans [N = 1032], Candida dubliniensis [N - 100], Candida glabrata [N = 151], Candida guilliermondii [N = 67], Candida kefyr [N = 62], Candida krusei [N = 147], Candida lipolytica [N = 20], Candida lusitaniae [N = 80], Candida parapsilosis [N - 215], Candida rugosa [N = 1] и Candida tropicalis [N = 258]), включително и срещу изолати с множествени устойчиви мутации, както и спрямо тези с вътрешна или придобита резистентност към амфотерицин Б, флуконазол и 5– флуцитозин.
Το caspofungin έχει in vitro δραστικότητα έναντι των ειδών Aspergillus (Aspergillus fumigatus [N = 75], Aspergillus flavus [N = 111], Aspergillus niger [N = 31], Aspergillus nidulans [N = 8], Aspergillus terreus [N = 52], και Aspergillus candidus [N = 3]). Το Caspofungin έχει επίσης δραστικότητα in vitro έναντι των είδών Candida (Candida albicans [N = 1032],, Candida dubliniensis [N = 100], Candida glabrata [N = 151], Candida guilliermondii [N = 67], Candida kefyr [N = 62], Candida krusei [N = 147], Candida lipolytica [N = 20], Candida lusitaniae [N = 80), Candida parapsilosis [N = 215], Cancida rugosa [N = 1] και Cancida tropicalis [N = 258]), συμπεριλαμβανομένων των απομονωθέντων μέ μεταλλάξεις με μεταφορά με πολλαπλή ανθεκτικότητα και αυτών με επίκτητο ή ενδογενή ανθεκτικότητα σε fluconazole, amphotericin B, και 5- flucytosine.