Каспофунгин не повлиява фармакокинетиката на амфотерицин B, итраконазол, рифампицин или микофенолат мофетил.
Κλινικές μελέτες σε υγιείς ενήλικες εθελοντές δείχνουν ότι η φαρμακοκινητική του CANCIDAS δεν επηρεάζεται κατά κλινικά σημαντικό ποσοστό από την ιτρακοναζόλη, αμφοτερικίνη Β, μυκοφαινολικά, νελφιναβίρη, ή το τακρόλιμους. Το caspofungin δεν επηρέασε την φαρμακοκινητική της αμφοτερικίνης Β, ιτρακοναζόλης, ριφαμπικίνης ή μυκοφαινολικής μοφετίλης.