Абакавир се метаболизира главно в черния дроб като около 2% от приетата доза се екскретира непроменена с урината.
Η αβακαβίρη μεταβολίζεται κυρίως από το ήπαρ με περίπου 2% της δόσης της αβακαβίρης να απεκκρίνεται αναλλοίωτη στα ούρα.