Зонизамид се метаболизира частично от CYP3A4 (редуктивно разцепване) и също от N- ацетил - трансферази и конюгиране с глюкуронова киселина.
Η ζονισαμίδη μεταβολίζεται εν μέρει από το CYP3A4 (αναγωγική σχάση), καθώς και από τις Ν - ακετυλ- τρανσφεράσες σε συνδυασμό με το γλυκουρονικό οξύ.