Елиминирането на абакавир става главно чрез метаболизиране в черния дроб и последващо екскретиране основно през бъбреците.
Η αποβολή της αβακαβίρη γίνεται μέσω ηπατικού μεταβολισμού με επακόλουθη απέκκριση των μεταβολιτών κυρίως στα ούρα.