Ефикасността и безопасността на фондапаринукс не са проучвани формално при пациенти с HIT тип II.
Το fondaparinux δεν δεσμεύεται στον αιμοπεταλιακό παράγοντα 4 και δεν παρουσιάζει διασταυρούμενη αντίδραση με τον ορό ασθενών με Ηπαρινο- Εξαρτώμενη Θρομβοκυτοπενία (HIT) τύπου ΙΙ.