Цидофовир влиза в клетките посредством течно- фазова ендоцитоза и се фосфорилира до цидофовир монофосфат, а впоследствие - до цидофовир дифосфат.
Η cidofovir εισέρχεται στα κύτταρα με ενδοκυττάρωση υγρής φάσης και φωσφορυλιούται σε cidofovir monophosphate και στη συνέχεια σε cidofovir diphosphate. Οι παρατεταμένες αντιιικές δράσεις της cidofovir σχετίζονται με τους χρόνους ημιζωής των μεταβολιτών της: