Пациентите, страдащи от хемофилия B, изпитват недостиг на фактор IX, което води до проблеми с кръвната коагулация, като например кръвоизливи в ставите, мускулите или вътрешните органи.
Στους ασθενείς με αιμορροφιλία Β παρατηρείται έλλειψη του παράγοντα IX και αυτό δημιουργεί προβλήματα στην πήξη του αίματος, όπως π. χ. αιμορραγία στις αρθρώσεις, τους μύς ή τα εσωτερικά όργανα.