Ако се установи нарушена функция на щитовидната жлеза, лечението с PegIntron може да се продължи само ако TSH може да се поддържа в рамките на нормата с помощта на лекарства.
Επί παρουσίας θυρεοειδικής δυσλειτουργίας, η θεραπεία με PegIntron μπορεί να συνεχιστεί εφόσον τα επίπεδα της ΤSΗ μπορούν να διατηρούνται εντός των φυσιολογικών ορίων με φαρμακευτική αγωγή.