Както всички ваксини, ако RotaTeq се използва при много недоносени деца, съществува риск от апнея (кратки прекъсвания на дишането).
Το RotaTeq δεν πρέπει να χορηγείται σε νεογνά με ιστορικό εγκολεασμού, σε νεογνά που αντιμετωπίζουν προβλήματα με το έντερό τους στα οποία θα μπορούσε να προκαλέσει προδιάθεση για την εμφάνιση της συγκεκριμένης νόσου.