Както и при другите лекарствени продукти от тази група, ципрофлоксацин предизвиква артропатия в големите носещи стави на незавършили своето развитие животни.
Όπως και µε άλλα φαρµακευτικά προϊόντα αυτής της κατηγορίας, έχει αναφερθεί ότι σε ανήλικα ζώα η σιπροφλοξασίνη προκαλεί διαταραχές στις αρθρώσεις εκείνες που δέχονται το βάρος του σώµατος.