Микафунгин има нисък потенциал за взаимодействие с лекарства, метаболизиращи се чрез CYP3A- медиирани пътища.
Η μικαφουγκίνη εμφανίζει χαμηλή πιθανότητα αλληλεπιδράσεων με φάρμακα, τα οποία μεταβολίζονται μέσω οδών που επάγονται από το CYP3A.