Всички флуорохинолони, включително прадофлоксацин, убиват бактериите чрез взаимодействие с някои от ензимите на бактериите, отговорни за основните функции на ДНК.
Όλες οι φθοροκινολόνες, περιλαµβανοµένης της pradofloxacin, εξουδετερώνουν τα βακτήρια αλληλεπιδρώντας µε ορισµένα από τα ένζυµα των βακτηρίων που ευθύνονται για τις βασικές λειτουργίες του DNA.