Едновременната употреба на индинавир с нуклеозидни аналози (които пациентът не е взимал), може да намали риска от развитие на резистентност, както към индинавир, така и към нуклеозидните аналози.
Η ταυτόχρονη χρήση ινδιναβίρης με ανάλογα νουκλεοτιδίων (τα οποία ο ασθενής ουδέποτε προηγουμένως έχει λάβει) μπορεί να μειώσουν τον κίνδυνο ανάπτυξης αντοχής και στην ινδιναβίρη και στα ανάλογα των νουκλεοτιδίων.