Ципрофлоксацин притежава потенциална нефротоксичност и причинява обратими дефекти на тестисите, когато е приложен в по- високи дози.
Η σιπροφλοξασίνη είναι δυνητικά νευροτοξική και προκαλεί αντιστρέψιµες βλάβες στους όρχεις σε περιπτώσεις υψηλότερων δόσεων.