Индинавир, самостоятелно или в комбинация с нуклеозидни аналози (зидовудин/ ставудин и ламивудин), е показал забавяне на скоростта на клинична прогресия в сравнение с нуклеозидните аналози и има продължителен ефект върху вирусното натоварване и броя на CD4- клетките.
Η ινδιναβίρη μόνο του ή σε συνδυασμό με ανάλογα νουκλεοτιδίων (zidovudine/ stavudine και lamivudine) έχει δείξει ότι επιβραδύνει το ρυθμό της κλινικής εξέλιξης συγκρινόμενο με τα ανάλογα νουκλεοτιδίων και ότι έχει μία συνεχή επίδραση στο ιϊκό φορτίο και στον αριθμό των CD4 κυττάρων.