И при двата вида difloxacin конюгира (глюкуронидира или сулфатира), дезметилира в сарафлоксацин или оксидира в N- оксид- дифлоксацин.
Και στα δύο είδη πτηνών, η διφλοξακίνη συζεύγνυται (γλυκουρονιδιώνεται ή µετατρέπεται σε θειϊκό άλας), αποµεθυλιώνεται σε σαραφλοξακίνη ή οξειδώνεται σε Ν- οξείδιο της διφλοξακίνης.