Топотекан инхибира топоизомераза- I чрез стабилизиране на ковалентния комплекс на ензима с разцепената на две вериги ДНК, който е междинен етап на каталитичния механизъм.
Η τοποτεκάνη αναστέλλει την τοποϊσομεράση- Ι μέσω σταθεροποίησης των ομοιοπολικών δεσμών του ενζύμου και της ανοιγμένης έλικας DNA, που αποτελεί ενδιάμεσο στάδιο του μηχανισμού κατάλυσης.