Мутанти от род Candida с намалена чувствителност към каспофунгин са били открити при някои пациенти по време на лечението.
Μεταλλαγμένα στελέχη Candida με μειωμένη ευαισθησία στο caspofungin έχουν ταυτοποιηθεί σε μερικούς ασθενείς κατά την διάρκεια της θεραπείας.