При продължително лечение с cefuroxime axetil може да се развие суперинфекция, причинена от резистентни към cefuroxime axetil щамове.
Η µακροχρόνια χρήση του cefuroxime µπορεί να οδηγήσει σε αύξηση των ανθεκτικών στο cefuroxime axetil παθογόνων.