Идентифицирани са най- малко единадесет аминокиселинни позиции на протеазата, свързани с резистентността към индинавир:
Τουλάχιστον έντεκα θέσεις αμινοξέων της πρωτεάσης έχουν συνδεθεί με την αντοχή στην ινδιναβίρη: