Резистентност към флуороквинолоните се изгражда чрез хромозомна мутация, възникваща по три механизма: намаляване пермеабилитета на бактериалната клетъчна стена, експресия на ефлукс - помпа, или мутация на ензимите, отговорни за изграждането на молекулите.
Η αντίσταση στις φθοριοκινολόνες οφείλεται σε χρωµοσωµικές µεταλλάξεις µέσω τριών µηχανισµών: µείωση της διαπερατότητας του βακτηριακού τοιχώµατος, έκφραση αντλίας εκροής ή µεταλλάξεις των ενζύµων που είναι υπεύθυνα για τη σύνδεση µορίων.