Тъй като трабектедин се метаболизира главно от CYP3A4, едновременното прилагане на вещества, които подтискат този изоензим, напр. кетоконазол, флуконазол, ритонавир или кларитромицин, биха могли да понижат метаболизма и да повишат концентрацията на трабектедин.
Επειδή η τραβεκτεδίνη μεταβολίζεται κυρίως από το CYP3A4, η συγχορήγηση ουσιών που αναστέλλουν αυτό το ισοένζυμο π. χ., κετοκοναζόλη, φλουκοναζόλη, ριτοναβίρη ή κλαριθρομυκίνη μπορούν να μειώσουν τον μεταβολισμό και να αυξήσουν τις συγκεντρώσεις τραβεκτεδίνης.