Кръстосана резистентност между ампренавир и инхибиторите на обратната транскриптаза е малко вероятно да се появи, тъй като мишените на ензимите са различни.
Είναι απίθανό το ενδεχόμενο διασταυρούμενης αντοχής μεταξύ της αμπρεναβίρης και των αναστολέων της ανάστροφης τρανσκριπτάσης, επειδή οι ενζυμικοί στόχοι είναι διαφορετικοί.