При клинични проучвания най- честите нежелани реакции, водещи до прекратяване на лечението с ентакапон, са стомашно- чревните симптоми (напр. диария, 2, 5%) и повишените допаминергични нежелани реакции, предизвикани от леводопа (напр. дискинезия, 1, 7%).
Σε κλινικές μελέτες οι πιο συχνές ανεπιθύμητες ενέργειες που οδήγησαν στη διακοπή της θεραπευτικής αγωγής με εντακαπόνη ήταν τα γαστρεντερικά συμπτώματα (π. χ. διάρροια, 2, 5%) και οι αυξημένες ντοπαμινεργικές ανεπιθύμητες ενέργειες της λεβοντόπα (π. χ. δυσκινησίες, 1, 7%).