Анидулафунгин селективно инхибира 1, 3- β- глюкан синтазата – ензим, намиращ се в гъбичките, но не и в клетките на бозайниците.
Το anidulafungin αναστέλλει εκλεκτικά τη συνθάση της 1, 3- β- D γλυκάνης, ένα ένζυμο που απαντάται στα κύτταρα των μυκήτων, όχι όμως και των θηλαστικών.