Абакавир се метаболизира главно в черния дроб и около 2% от приетата доза се екскретира в урината в непроменен вид.
Η αβακαβίρη μεταβολίζεται κυρίως από το ήπαρ με περίπου 2% της δόσης της αβακαβίρης να απεκκρίνεται αναλλοίωτη στα ούρα.