Точният механизъм, по който алфа интерфероните действат при вирусни заболявания, не е напълно известен, но се смята, че действат като имуномодулатори (вещества, променящи функциите на имунната система, естествената защитна система на организма).
Ο ακριβής τρόπος δράσης των ιντερφερονών άλφα κατά την εκδήλωση ιογενών παθήσεων δεν είναι πλήρως γνωστός, ωστόσο εικάζεται ότι δρουν ως ανοσοτροποποιητικά (ουσίες που τροποποιούν τον τρόπο με τον οποίο λειτουργεί το ανοσοποιητικό σύστημα, δηλαδή το αμυντικό σύστημα του οργανισμού).