Бактерицидното действие на моксифлоксацин е резултат от инхибиране на двете тип II топоизомерази ДНК гираза и топоизомераза IV, необходими за бактериалната репликация, транскрипция и възстановяване.
Η βακτηριοκτόνος δράση της moxifloxacin είναι αποτέλεσμα της αναστολής και των δυο τύπων τοποϊσομεράσης II (γυράση του DNA και τοποϊσομεράσης ΙV) που χρειάζεται το βακτηριακό DNA στην αναπαραγωγή, στην αντιγραφή και την επιδιόρθωση.