Тъй като абакавир повишава скоростта на елиминиране на метадон от организма, пациентите, приемащи метадон, ще бъдат проследявани за симптоми на отнемане и може да се наложи промяна в дозировката на метадон.
Επειδή η αβακαβίρη αυξάνει το ρυθμό απέκκρισης της μεθαδόνης από το σώμα, οι ασθενείς που λαμβάνουν μεθαδόνη θα πρέπει να ελέγχονται για τυχόν συμπτώματα στέρησης και ίσως χρειαστεί να τροποποιηθεί η δόση της χορηγούμενης μεθαδόνης.