Едновременната употреба на индинавир и рифампицин или растителни препарати, съдържащи жълт кантарион (Hypericum perfuratum) е противопоказана.
Ταυτόχρονη χορήγηση ινδιναβίρης με ριφαμπικίνη ή φυτικά σκευάσματα που περιέχουν St John' s wort( hypericum perforatum) αντενδείκνυται.