Приложението на цидофовир е противопоказано при пациенти, които не могат да получават пробенецид поради клинично сигнификантна свръхчувствителност към активното вещество или лекарствения продукт или към други сулфонамид- съдържащи лекарства, прилагането на цидофовир следва да се има предвид, само ако вероятните ползи от терапията надвишават възможните рискове.
Αντεδείκνυται η χορήγηση της cidofovir σε ασθενείς που δεν μπορούν να λάβουν προβενεσίδη λόγω κλινικά σοβαρής υπερευαισθησίας στη δραστική ουσία ή στο φαρμακευτικό προϊόν ή σε άλλα φάρμακα που περιέχουν θείο. Η χορήγηση της cidofovir πρέπει να γίνεται μόνον όταν τα πιθανά οφέλη της θεραπείας είναι μεγαλύτερα από τους πιθανούς κινδύνους.