Ефектите върху вирусното натоварване са съществено по- изразени при пациентите, лекувани с индинавир в комбинация с нуклеозидни аналози, но пропорцията на пациентите със серумна вирусна РНК под границата на количествена преценка (500 копия/ ml) варира при проучванията от 40% до повече от 80% на 24- та седмица.
Οι επιδράσεις στο ιϊκό φορτίο ήταν σταθερά περισσότερο εμφανείς στους ασθενείς που θεραπεύονταν με ινδιναβίρη σε συνδυασμό με ανάλογα νουκλεοτιδίων, αλλά η αναλογία των ασθενών με ιϊκό RNA στον ορό λιγότερο από το όριο ανίχνευσης της μεθόδου (500 αντίγραφα/ mL) διέφερε μεταξύ των μελετών, την εβδομάδα 24 από 40% σε περισσότερο από 80%.