Антитромботичната активност на фондапаринукс е резултат от медиираното от антитромбин III 32 (антитромбин) селективно инхибиране на фактор Xa.
Η αντιθροµβωτική δράση του fondaparinux είναι αποτέλεσµα της εκλεκτικής αναστολής του Παράγοντα Xa µέσω της αντιθροµβίνης ΙΙΙ (αντιθροµβίνη).