В едно сравнително проучване, комбинираната терапия с нуклеозидни аналози (тройна терапия със зидовудин плюс диданозин) създава защита срещу селекцията на вирусна експресия на най- малко едно свързано с резистентността амино- киселинно заместване при индинавир (от 13/ 24 до 2/ 20 през 24 седмица на терапията) и при нуклеозидни аналози (от 10/ 16 до 0/ 20 през 24 седмица на терапията).
Σε μια συγκριτική μελέτη, συνδυασμένη θεραπεία με ανάλογα νουκλεοτιδίων (τριπλή θεραπεία με zidovudine και didanosine) προσέφερε προστασία έναντι της επιλογής του ιού με έκφραση τουλάχιστον μιας υποκατάστασης αμινοξέος που να συσχετίζεται με αντοχή και στην ινδιναβίρη (από 13/ 24 σε 2/ 20 στην 24η εβδομάδα θεραπείας) και στα ανάλογα νουκλεοτιδίων (από 10/ 16 σε 0/ 20 στην 24η εβδομάδα θεραπείας).