Абакавир се метаболизира главно в черния дроб, като около 2% от приложената доза се екскретира чрез урината в непроменен вид.
Η αβακαβίρη μεταβολίζεται κυρίως στο ήπαρ, ενώ περίπου 2% της χορηγηθείσας δόσης απεκκρίνεται από τους νεφρούς ως αναλλοίωτο φάρμακο.