Не е проучвано развитието на резистентност in vitro към каспофунгин за род Aspergillus.
Ωστόσο, οι προτυποποιημένες τεχνικές για έλεγχο ευαισθησίας για αντιμυκητιασικά φάρμακα, συμπεριλαμβανομένων των αναστολέων σύνθεσης της βήτα (1, 3) - D- γλυκάνης, δεν έχουν καθιερωθεί. Οι τιμές MIC για το caspofungin δεν θα πρέπει να χρησιμοποιούνται για την πρόγνωση κλινικών αποτελεσμάτων, επειδή η συσχέτιση μεταξύ των τιμών MIC και του κλινικού