Развитие на резистентност към ципрофлоксацин и други флуорохинолони е наблюдавана при стафилококи, по- специално метицилин- резистентен S. aureus, P. aeruginosa, E. coli и E. faecalis (виж таблицата на чувствителните видове).
Coli και Klebsiella spp. ως αποτέλεσµα του µηχανισµού δράσης της η σιπροφλοξασίνη δεν δείχνει διασταυρούµενη ανθεκτικότητα µε άλλες σηµαντικές και χηµικά διαφορετικές οµάδες ουσιών όπως τα αντιβιοτικά β- λακταµάσης, αµινογλυκοσίδες, τετρακυκλίνες, µακρολίδες και πολυπεπτίδια, σουλφαµίδες, τριµεθοπρίµες και νιτροφουραντοΐνες.