На клетъчно ниво последствието от инхибирането на топоизомераза- I от топотекан е индукцията на протеин- свързани ДНК едноверижни разкъсвания.
Η συνέπεια της αναστολής της τοποϊσομεράσης- Ι από την τοποτεκάνη σε κυτταρικό επίπεδο είναι η επαγωγή θραυσμάτων μονής αλυσίδας του DNA, συνδεόμενων με πρωτεΐνη.