Действието на дифлоксацин се изразява в блокиране на ензим, наречен „ ДНК гираза “, който позволява на бактериите да произвеждат копия на своята ДНК.
Η διφλοξακίνη αναστέλλει ένα ένζυµο που ονοµάζεται « DNA γυράση », το οποίο διαδραµατίζει σηµαντικό ρόλο στην αναπαραγωγή αντιγράφων του DNA των βακτηρίων.