Зонизамид се метаболизира основно чрез редуктивно разцепване на бензизоксазоловия пръстен на изходното лекарство от CYP3A4, за да се образува 2- сулфамоилацетилфенол (SMAP) и също чрез N- ацетилиране.
Η ζονισαμίδη μεταβολίζεται κυρίως μέσω της αναγωγικής σχάσης του δακτυλίου βενζισοξαζόλης του μητρικού φαρμάκου από το ένζυμο CYP3A4 για να σχηματίσει 2- σουλφαμυλακετυλφαινόλη (SMAP) καθώς και από τη Ν- ακετυλίωση.