Проучванията in vitro с човешки чернодробни микрозоми показват, че метаболизмът на саквинавир се медиира от цитохром Р450 със специфичен изоензим, CYP3A4, отговорен за над 90% от чернодробния метаболизъм.
Ιn vitro μελέτες με ανθρώπινα ηπατικά μικροσώματα έχουν δείξει ότι ο μεταβολισμός της σακουιναβίρης διαμεσολαβείται από το κυτόχρωμα P450, με το ειδικό ισοένζυμο, CYP3A4, που είναι υπεύθυνο για περισσότερο από το 90% του ηπατικού μεταβολισμού.