Механизмът на взаимодействие не е изяснен и тъй като с атоваквон суспензия могат да бъдат достигнати по- високи концентрации на атоваквон, възможно е когато атоваквон се прилага като суспензия да се индуцират по - големи промени в стойностите на AUC на зидовудин.
Ο µηχανισµός της αλληλεπίδρασης είναι άγνωστος και καθώς µε το εναιώρηµα ατοβακόνης µπορεί να επιτευχθούν υψηλότερες συγκεντρώσεις ατοβακόνης, είναι πιθανόν να προκληθούν µεγαλύτερες µεταβολές στις τιµές AUC της ζιδοβουδίνης, όταν η ατοβακόνη χορηγείται ως εναιώρηµα.