Както всички други NRTI Combivir може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Combivir по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти в клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Όπως συμβαίνει με άλλα φάρμακα NRTIs, 2/ 3 το Combivir μπορεί, επίσης, να προκαλέσει γαλακτική οξέωση (συσσώρευση γαλακτικού οξέως στον οργανισμό) και στα βρέφη μητέρων, που έλαβαν Combivir κατά την κύηση, μιτοχονδριακή δυσλειτουργία (βλάβη στα συστατικά των κυττάρων που παράγουν ενέργεια η οποία μπορεί να προκαλέσει προβλήματα στο αίμα).