При протеазните инхибитори са докладвани повишени нива на креатинин фосфокиназата (СРК), миалгия, миозит и, в редки случаи, рабдомиолиза, особено при комбинации с нуклеозидни инхибитори на обратната транскриптаза.
Αυξημένη CPK, μυαλγία, μυοσίτιδα, και σπάνια, ραβδομυόλυση έχουν αναφερθεί με αναστολείς πρωτεάσης, ειδικά σε συνδυασμό με νουκλεοσιδικούς αναστολείς αντίστροφης μεταγραφάσης.