При лечение с алфа интерферони има голямо разнообразие от автоимунни и имунно- медиирани нежелани реакции, сред които нарушения във функцията на щитовидната жлеза, системен лупус еритематодес, ревматоиден артрит (новопоявил се или влошен съществуващ такъв), идиопатична и тромботична тромбоцитопенична пурпура, васкулити, невропатии, включително мононевропатии и синдром на Vogt- Koyanagi- Harada (вж. и точка 4. 4, Автоимунни заболявания).
Έχει αναφερθεί ευρύ φάσμα αυτοάνοσων και ανοσολογικών διαταραχών μετά από χορήγηση ιντερφερόνης άλφα, που συμπεριλαμβάνει διαταραχές του θυρεοειδή, συστηματικό ερυθηματώδη λύκο, ρευματοειδή αρθρίτιδα (νέα ή επιδεινούμενη), ιδιοπαθή και θρομβωτική θρομβοπενική πορφύρα, αγγεΐτιδα, νευροπάθειες που συμπεριλαμβάνουν μονονευροπάθειες και σύνδρομο Vogt - Koyanagi- Harada (βλ. επίσης παράγραφο 4. 4, Αυτοάνοσες διαταραχές).