В клинични проучвания с фондапаринукс, перорални антикоагуланти (варфарин) не взаимодействат на фармакокинетично ниво с фондапаринукс; при приложение на доза от 10 mg
10 mg, fondaparinuuksi ei vaikuttanut varfariinin INR- aktiivisuuteen.