След перорално приложение агомелатин се метаболизира бързо главно от чернодробния CYP1A2; CYP2C9 и CYP2C19 изоензими участват, но играят малка роля в метаболизма.
7 Kun valmistetta otetaan suun kautta, agomelatiini metaboloituu nopeasti pääasiassa maksan CYP1A2 - isoentsyymin välityksellä, mutta myös CYP2C9 - ja CYP2C19- isoentsyymit osallistuvat siihen vähäisessä määrin.