Както при други антибиотични лекарства, най- често срещаната нежелана реакция от Refludan (наблюдавана при повече от 1 на 10 пациенти) е кървене.
Muiden antitromboottisten lääkkeiden tapaan Refludanin yleisin sivuvaikutus (useammalla kuin yhdellä potilaalla 10: stä) on verenvuoto.