Както с другите антибактериални средства, продължителната употреба на ретапамулин може да доведе до свръхрастеж на нечувствителни микроорганизми, включително гъби.
Kuten muillakin mikrobilääkkeillä retapamuliinin pitkäaikainen käyttö voi johtaa resistenttien mikro - organismien liikakasvuun mukaan lukien sienet.