Индинавир се свързва обратимо с активното място на протеазата и потиска конкурентно ензима, предотвратявайки по този начин деленето на предшественика на вирусния липопротеин, което се извършва по време на съзряването на новооформените вирусни частици.
Indinaviiri sitoutuu reversiibelisti proteaasin aktiiviseen kohtaan ja estää entsyymiä kompetitiivisesti estäen näin uuden viruspartikkelin kypsymisen yhteydessä esiintyvien viruksen prekursoristen polyproteiinien pilkkoutumisen.