Както всички други NRTI Ziagen може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Ziagen по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти на клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Ziagen, kuten kaikki NRTI: t, aiheuttaa maitohappoasidoosia (maitohapon kerääntyminen elimistöön) ja raskauden aikana Ziagenia saavien äitien vastasyntyneillä mitokondrioiden toimintahäiriöitä (solujen energiantuotantoon osallistuvien osien vaurioita, jotka voivat aiheuttaa hematologisia häiriöitä).