Метаболизмът на силденафил се осъществява главно от изоформи 3А4 (главен път) и 2С9 (второстепенен път) на цитохром Р450 (CYP).
Siksi näiden isoentsyymien estäjät voivat pienentää sildenafiilin puhdistumaa ja näitä isoentsyymejä indusoivat aineet suurentaa sitä.