Както всички други NRTI Combivir може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Combivir по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти в клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Kaikkien muiden NRTI- lääkevalmisteiden tapaan Combivir voi aiheuttaa myös maitohappoasidoosia (maitohapon kertymistä elimistöön) ja Combiviria raskauden aikana saavien äitien vauvoille mitokondrioiden toimintahäiriön (solujen energiaa tuottavien osien vaurio, joka voi aiheuttaa ongelmia veressä).