Най- честите нежелани реакции при Rapamune (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са инфекция на пикочните пътища (инфекция на частите от тялото, които отвеждат урината), тромбоцитопения (понижен общ брой на тромбоцитите), анемия (понижен общ брой на червените кръвни клетки), хипокалемия (ниски нива на калий в кръвта), хипофосфатемия (ниски нива на фосфати в кръвта), хиперхолестеролемия (високи нива на холестерол в кръвта), хипергликемия (високи нива на кръвната захар), хипертриглицеридемия (високи нива на триглицеридите, вид мазнини, в кръвта), главоболие, лимфоцеле (събиране на течност около бъбрека), хипертония (високо кръвно налягане), абдоминална (коремна) болка, диария, запек, повдигане (позиви за повръщане), акне (пъпки), артралгия (болки в ставите), периферен оток (подуване, обичайно на краката), пирексия (повишена температура), болка, повишени кръвни нива на лактат дехидрогеназа (маркер за разграждане на тъкани) и повишени кръвни нива на креатинин (маркер за бъбречни проблеми).
Yleisimmät Rapamunen käyttöön liittyvät sivuvaikutukset (joita havaittiin useammalla kuin yhdellä potilaalla kymmenestä) ovat virtsatietulehdus, trombosytopenia (alhainen verihiutaleiden määrä), anemia (alhainen punasolujen määrä), hypokalemia (veren kaliumin niukkuus), hypofosfatemia (veren fosfaatin niukkuus), hyperkolesterolemia (veren runsas kolesterolipitoisuus), hyperglykemia (veren runsassokerisuus), hypertriglyseridemia (veren triglyseridien runsaus, triglyseridit ovat yksi rasvatyyppi), päänsärky, lymphoseele (nesteen kertyminen munuaisten ympärille), hypertensio (korkea verenpaine), vatsakipu, ripuli, ummetus, pahoinvointi, akne, artralgia (nivelkipu), perifeerinen ödeema (turvotus, yleensä alaraajoissa), pyrexia (kuume), kivut, veren laktaattidehydrogenaasin (kudoksen hajoamisen merkkiaine) kohoaminen sekä veren kreatiniinipitoisuuden kohoaminen.