Ципрофлоксацин се намира в плазмата основно в нейонизирана форма и има голям стационарен обем на разпределение от 2 – 3 L/ kg телесно тегло.
Useissa kudoksissa, kuten keuhkoissa (epiteelinesteessä, alveolimakrofageissa, biopsiakudoksessa), nenän sivuonteloissa, tulehdusleesioissa (kantaridiinia sisältävässä rakkulanesteessä) ja virtsa - ja sukupuolielimissä (virtsateissä, eturauhasessa, kohdun limakalvossa) saavutetaan suuri siprofloksasiinipitoisuus.