Вътреклетъчният метаболизъм на гемцитабин води до образуване на гемцитабин моно -, ди - и трифосфати (dFdCMP, dFdCDP и dFdCTP), от които dFdCDP и dFdCTP се считат за активни.
Solussa gemsitabiini metaboloituu gemsitabiinimono -, di - ja trifosfaateiksi (dFdCMP, dFdCDP ja dFdCTP), joista dFdCDP: n ja dFdCTP: n katsotaan olevan farmakologisesti aktiivisia.