Въпреки, че микафунгин е субстрат на CYP3A in vitro, хидроксилирането от CYP3A не е главен път в метаболизма на микафунгин in vivo.
Vaikka mikafungiini on CYP3A- substraatti in vitro, CYP3A: n aikaansaama hydroksylaatio ei ole mikafungiinin merkittävä metaboliareitti in vivo.