Обаче, тъй като моксифлоксацин инхибира двете топоизомерази II и IV с подобна активност при Грам- положителните бактерии, тези бактерии могат да са резистентни към други хинолони, но чувствителни към моксифлоксацин.
Muille fluorokinoloneille resistentit grampositiiviset bakteerit saattavat kuitenkin olla herkkiä moksifloksasiinille, koska moksifloksasiini inhiboi joidenkin grampositiivisten bakteerien topoisomeraasi II: ta ja IV: ää yhtä tehokkaasti.