Главният път за елиминиране на цидофовир е бъбречна екскреция на непроменено лекарство посредством комбинация на гломерулна филтрация и тубуларна секреция.
Sidofoviiri eliminoitui pääasiassa muuttumattomana lääkeaineena munuaisteitse, glomerulussuodatuksen ja tubuluserityksen kautta.