Както и при други антибиотици, продължителната употреба на ертапенем може да доведе до прекомерно развитие на нечувствителни организми.
Muiden antibioottien tavoin myös ertapeneemin pitkäaikaiskäyttö voi aiheuttaa valmisteelle resistenttien mikrobien liikakasvua.