Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
Mikafungiinin on osoitettu metaboloituvan useiksi eri yhdisteiksi, ja näistä M- 1: tä (katekolimuoto), M- 2: ta (M- 1: n metoksimuoto) sekä M- 5: tä (hydroksylaatio sivuketjussa) on havaittu systeemisessä verenkierrossa.