Според данните, получени при двадесет и пет пациенти, които не са били подлагани на антиретровирусно лечение преди, неотговорили на лечение, включващо фозампренавир (един от които е с изходна резистентност към лопинавир и саквинавир и друг към типранавир), пътищата на резистентност, свързана с ампренавир, водят до ограничена кръстосана резистентност към атазанавир/ ритонавир (три от 25 изолата), дарунавир/ ритонавир (четири от 25 изолата), индинавир/ ритонавир (един от 25 изолата), лопинавир/ ритонавир (три от 24 изолата), саквинавир (три от 24 изолата) и типранавир/ ритонавир (четири от 24 изолата).
25 potilaasta (joista yksi oli lähtötilanteessa resistentti lopinaviirille ja sakvinaviirille ja toinen oli resistentti tipranaviirille), jotka eivät olleet saaneet aiempaa antiretroviruslääkitystä ja joilla fosamprenaviiria sisältävä hoito epäonnistui, saadun tiedon perusteella amprenaviiriin liittyvät resistenssimekanismit saavat aikaan osittaisen ristiresistenssin atatsanaviirille/ ritonaviirille (kolme 25: stä), darunaviirille/ ritonaviirille (neljä 25: stä), indinaviirille/ ritonaviirille (yksi 25: stä), lopinaviirille/ ritonaviirille (kolme 24: stä), sakvinaviirille (kolme 24: stä) ja tipranaviirille/ ritonaviirille (neljä 24: stä). Toisaalta amprenaviiri säilyttää tehonsa joitakin sellaisia kantoja vastaan, jotka ovat resistenttejä muille proteaasi - inhibiittoreille ja tämä tehon säilyminen riippuu kannan proteaasiresistenssimutaatioiden määrästä ja tyypistä.