Както всички ваксини, ако RotaTeq се използва при много недоносени деца, съществува риск от апнея (кратки прекъсвания на дишането).
Jos RotaTeqia – kuten kaikkia muitakin rokotteita – annetaan huomattavan ennenaikaisesti syntyneille vauvoille, heillä on apnean (hengityskatkon) riski.