Не е вероятно съществуването на кръстосана резистентност между нелфинавир и инхибиторите на обратната транскриптаза поради участие на различни прицелни ензими.
Nelfinaviirin ja käänteiskopioijaentsyymin estäjien välillä ei todennäköisesti esiinny ristiresistenssiä, koska niillä on eri kohde- entsyymit.