In vitro, фондапаринукс се свързва специфично и в голяма степен с белтъка антитромбин, като свързването е зависимо от дозата и плазмената концентрация (98, 6% до 97, 0% в границите на концентрации от 0, 5 до 2 mg/ l).
In vitro bindes fondaparinux med høj affinitet og specifikt til antitrombinprotein med en dosisafhængig plasmakoncentrationsbinding (98, 6 - 97, 0% i koncentrationsintervallet fra 0, 5 til 2 mg/ l).