Освен чрез хидролиза топотекан се елиминира предимно през бъбреците с малко количество, метаболизиращо се до N- дезметил метаболит (SB- 209780), което се открива в плазмата, урината и фецеса.
Ud over hydrolyse elimineres topotecan overvejende renalt som en mindre komponent, der metaboliseres til N- desmetylmetabolit (SB- 209780) og er fundet i plasma, urin og fæces.