Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
Af disse er M- 1 (katekolform), M- 2 (metoxyform af M- 1) og M- 5 (hydroxylering ved sidekæde) set i den systemiske cirkulation af micafungin.