Както при всички други ненуклеозидни инхибитори на обратната транскриптаза (ННИОТ) бързо се появява резистентен вирус, когато ефавиренц се приема като монотерапия.
Som med alle andre non- nukleosid reverse transkriptasehæmmere (NNRTI´ere), forekommer der hurtigt resistent virus, når efavirenz administreres som monoterapi.