Бактерицидното действие на ципрофлоксацин, като на флуорохинолоново антибактериално средство, се осъществява чрез инхибиране на двата типа топоизомераза ІІ (ДНК- гираза) и топоизомераза IV, които са необходими за репликацията, транскрипцията, репарирането и рекомбинацията на бактериалната ДНК.
Den minimale baktericide koncentration (MBC) overstiger normalt ikke den minimale hæmmende koncentration (MIC) med mere end en faktor 2.