Както при всички тетрациклини, могат да се проявяват алергични реакции и фотосенсибилизация.
Til behandling og forebyggelse af porcin luftvejssygdom forårsaget af Pasteurella multocida og Bor - detella bronchiseptica, som er påvirkelig af doxycyclin, når sygdommen er blevet diagnosticeret i besætningen.