Съобщава се, че много от заместванията в протеазните аминокиселини, свързани с резистентност към ритонавир и саквинавир, също са свързани с резистентност към индинавир.
Mange af de protease- aminosyresubstitutioner, som er fundet at være associeret med resistens over for ritonavir og saquinavir, er også forbundet med resistens over for indinavir.