Фондапаринукс е довел и до значително намаляване на случаите на клинично проявена венозна тромбоемболия (дълбока венозна тромбоемболия и/ или белодробен тромбоемболизъм) [съответно 1 (0, 3%) спрямо 9 (2, 7%) пациенти], включително и два фатални случая на белодробен тромбоемболизъм, докладвани в групата на плацебо.
Fondaparinux medførte også en signifikant reduktion af forekomsten af symptomatiske, venøse tromboemboliske komplikationer (dyb venetrombose og/ eller lungeemboli) [henholdsvis 1 patient (0, 3%) kontra 9 patienter (2, 7%)], herunder to fatale tilfælde af lungeemboli rapporteret i placebogruppen.