Най- честите нежелани реакции при Rapamune (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са инфекция на пикочните пътища (инфекция на частите от тялото, които отвеждат урината), тромбоцитопения (понижен общ брой на тромбоцитите), анемия (понижен общ брой на червените кръвни клетки), хипокалемия (ниски нива на калий в кръвта), хипофосфатемия (ниски нива на фосфати в кръвта), хиперхолестеролемия (високи нива на холестерол в кръвта), хипергликемия (високи нива на кръвната захар), хипертриглицеридемия (високи нива на триглицеридите, вид мазнини, в кръвта), главоболие, лимфоцеле (събиране на течност около бъбрека), хипертония (високо кръвно налягане), абдоминална (коремна) болка, диария, запек, повдигане (позиви за повръщане), акне (пъпки), артралгия (болки в ставите), периферен оток (подуване, обичайно на краката), пирексия (повишена температура), болка, повишени кръвни нива на лактат дехидрогеназа (маркер за разграждане на тъкани) и повишени кръвни нива на креатинин (маркер за бъбречни проблеми).
De mest almindelige bivirkninger ved Rapamune (som ses hos flere end 1 ud af 10 patienter) er urinvejsinfektion, trombocytopeni (lavt antal blodplader), anæmi (for få røde blodlegemer, lavt kaliumindhold i blodet, lavt fosfatniveau i blodet, forhøjet kolesterolindhold i blodet, forhøjet blodsukker, forhøjet fedtindhold i blodet, hovedpine, væskeansamling omkring nyren, hypertension (forhøjet blodtryk), mavesmerter, diarré, forstoppelse, kvalme, akne, ledsmerter, hævelser (som regel i benet), feber, smerter, forhøjede niveauer i blodet af en markør for vævsnedbrydelse (laktatdehydrogenase) og forøgede blodkreatininniveauer (en markør for nyreproblemer).