Бактерицидното действие на ципрофлоксацин, като на флуорохинолоново антибактериално средство, се осъществява чрез инхибиране на двата типа топоизомераза ІІ (ДНК- гираза) и топоизомераза IV, които са необходими за репликацията, транскрипцията, репарирането и рекомбинацията на бактериалната ДНК.
Som et fluorquinolon- antibiotikum udøver Ciprofloxacin sin baktericide virkning ved at hæmme både type II topo- isomerase (DNA- gyrase) og top- isomerase IV, som er nødvendig for bakteriel DNA - replikation, transskription, genopretning og rekombination.