Както и при другите антибиотици с широк спектър на действие, продължителната употреба на cefuroxime axetil може да предизвика суперинфекция с резистентни щамове (напр. candida, enterococci и clostridium difficile), което може да наложи прекъсване на лечението.
Som med andre typer bredspektrede antibiotika kan langvarig brug af cefuroximaxetil føre til overvækst af ikke- følsomme organismer (f. eks. candida, enterokokker, clostridium difficile), hvilket kan nødvendiggøre afbrydelse af behandlingen.