След перорално приложение агомелатин се метаболизира бързо главно от чернодробния CYP1A2; CYP2C9 и CYP2C19 изоензими участват, но играят малка роля в метаболизма.
Isoenzymerne CYP2C9 og CYP2C19 er også involveret, men kun i ringe grad.