В рамките на класа на хинолоните е наблюдавана кръстосана резистентност.
Som et resultat af denne handlingsmekanisme udviser ciprofloxacin ikke krydsresistens med andre vigtige, kemisk forskellige grupper af stoffer, som f. eks. beta- laktam antibiotika, aminoglycosider, tetracycliner, makrolider og polypeptider, sulfonamider, trimethoprim og nitrofurantoin.