Kromě hydrolýzy je topotekan vylučován zejména renálně s malou částí metabolizovanou na N- demetylovaný metabolit (SB- 209780), který byl nalezen v plazmě, moči a stolici.
A part l’ hydrolyse, le topotécan est principalement éliminé par les reins, dont une petite partie est métabolisée en un métabolite N-déméthylé (SB-209780) identifié dans le plasma, les urines et les fèces.