Anidulafungin je při fyziologických teplotách a fyziologickém pH pomalu chemicky degradován na peptid s otevřeným řetězcem, který postrádá antimykotickou účinnost.
A la température et au pH physiologiques, l’ anidulafungine subit une dégradation chimique lente en peptide à cycle ouvert qui ne possède pas d’ activité antifongique.