Ve fázi III studií s UA/ NSTEMI byly kromě krvácení nejčastěji hlášenými nežádoucími účinky (zaznamenanými nejméně u 1% pacientů užívajících fondaparinux) bolest hlavy, bolest na hrudi a fibrilace síní.
Dans l'étude de phase III réalisée chez les patients présentant un AI/ IDM ST-, les effets indésirables les plus fréquemment rapportés autres que les saignements (rapportés chez au moins 1% des sujets recevant le fondaparinux) ont été: céphalée, douleur thoracique et fibrillation auriculaire.