Mnohé substituce aminokyselin proteáz, o nichž se uvádí, že souvisejí s rezistencí vůči ritonaviru a sachinaviru, znamenaly rezistenci i vůči indinaviru.
La plupart des substitutions d’ acide aminé de la protéase induisant une résistance au ritonavir et au saquinavir, induisent aussi une résistance à l’ indinavir.