Zonisamid je metabolizován primárně redukčním štěpením benzisoxazolového kruhu výchozího léčiva prostřednictvím CYP3A4, za vzniku 2- sulfamoylacetylfenolu (SMAP), a také N- acetylací.
Le zonisamide est métabolisé essentiellement par un mécanisme de clivage réducteur par le CYP3A4 de l’ anneau benzisoxasole de la molécule mère pour former le 2-sulfamoylacétyl phénol (SMAP), ainsi que par N-acétylation.