U obou druhů může být difloxacin konjugován (glukuronizace nebo sulfatizace), demetylován na sarafloxacin nebo oxidován na N- oxid- difloxacin.
Chez ces deux espèces, la difloxacine peut être conjuguée (sous forme de glucuronide ou sous forme de sulfate), déméthylée en sarafloxacine ou oxydée en difloxacine N-oxyde.