Stejně jako v případě všech ostatních nenukleosidových inhibitorů reverzní transkriptázy (NNRTI) dochází rychle ke vzniku rezistence viru, pokud se efavirenz podává jako monoterapie.
Comme avec les autres inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse (INNTI), des souches virales résistantes apparaissent rapidement lorsque l'éfavirenz est administré en monothérapie.