Viry rezistentní k emtricitabinu byly křížově rezistentní k lamivudinu, ale zachovaly si citlivost na ostatní nukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NRTIs) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanosin a zalcitabin), na všechny nenukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (non- nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NNRTIs) a všechny inhibitory proteázy (protease inhibitors, PIs).
Emtrisitabiinille resistentit virukset olivat ristiresistenttejä lamivudiinille, mutta ne säilyttivät herkkyytensä muille nukleosidikäänteiskopioijaentsyymin estäjille (Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors, NRTIs) (tsidovudiini, stavudiini, tenofoviiri, abakaviiri, didanosiini ja tsalsitabiini), kaikille ei- nukleosidikäänteiskopioijaentsyymin estäjille (Non- Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors, NNRTIs) ja kaikille proteaasin estäjille (Protease Inhibitors, PIs).