Stejně jako všechny ostatní NRTI může také přípravek Combivir způsobit laktátovou acidózu (hromadění kyseliny mléčné v těle) a u dětí matek užívajících přípravek Combivir během těhotenství mitochondriální dysfunkci (poškození složek buňky, jež tvoří energii, což může způsobit problémy s krví).
Kaikkien muiden NRTI- lääkevalmisteiden tapaan Combivir voi aiheuttaa myös maitohappoasidoosia (maitohapon kertymistä elimistöön) ja Combiviria raskauden aikana saavien äitien vauvoille mitokondrioiden toimintahäiriön (solujen energiaa tuottavien osien vaurio, joka voi aiheuttaa ongelmia veressä).