Nežádoucími příhodami považovanými za související s aplikací přípravku Agenerase byly gastrointestinální příznaky, exantémy a orální/ periorální parestezie.
Agenerasen turvallisuutta on tutkittu aikuisilla ja vähintään 4- vuotiailla lapsilla, kontrolloiduissa kliinisissä tutkimuksissa, yhdessä monien muiden antiretroviruslääkkeiden kanssa Ageneraseen liittyväksi katsottuja haittavaikutuksia olivat maha- suolikanavan oireet, ihottuma ja suun tai suunympäryksen harhatuntemukset.