Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Pegasys (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří anorexie (ztráta chuti k jídlu), bolesti hlavy, insomnie (potíže se spánkem), podrážděnost, deprese, závratě, nauzea (pocit nevolnosti), průjem, bolesti břicha, alopecie (vypadávání vlasů), pruritus (svědění), myalgie (bolest svalů), artralgie (bolest kloubů), únava, pyrexie (horečka), zimnice (mrazení s třesem), reakce v místě aplikace injekce a bolesti.
Pegasysin yleisimmät sivuvaikutukset (useammalla kuin yhdellä potilaalla kymmenestä) ovat ruokahaluttomuus, päänsärky, unettomuus, ärtyneisyys, masennus, huimaus, pahoinvointi, ripuli, vatsakipu, hiustenlähtö, ihon kutina, lihaskipu, nivelkipu, väsymys, kuume, kylmänväreet, pistoskohdan reaktiot ja kipu.