Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Prepandrix (zaznamenané u 1 až 10 či více dávek vakcíny) patří bolesti hlavy, artralgie (bolesti v kloubech), myalgie (bolesti svalů), reakce v místě vpichu injekce (ztvrdnutí, otok, bolest či zarudnutí), horečka a únava.
Prepandrixin tavallisimmat sivuvaikutukset (havaittiin 1 annoksella 10: stä tai useammilla annoksilla rokotetta) ovat päänsärky, nivelkipu (artralgia), lihaskipu (myalgia), injektiokohdan reaktiot (kovettuminen, turvotus, kipu ja punoitus), kuume ja väsymys.