Nonafact je spojen s velice mírným rizikem vzniku sraženin v krevních cévách, vedoucích k trombóze.
On olemassa hyvin pieni riski siitä, että Nonafactin käytöstä aiheutuu verisuoniin hyytymiä, jotka aiheuttavat verisuonitukoksen (vaikka riski onkin hyvin pieni).