Filgrastim se nesmí podávat pacientům s těžkou kongenitální neutropenií (Kostmannův syndrom) s cytogenetickými abnormalitami (viz níže).
Filgrastiimia ei tule antaa potilaille, joilla on vakava synnynnäinen neutropenia (Kostmannin oireyhtymä), johon liittyy poikkeava sytogenetiikka (ks. jäljempänä).