Anidulafungin selektivně inhibuje 1, 3- β- D glukan syntázu, enzym přítomný v buňkách hub, ale nikoliv v buňkách savčích.
Anidulafungiini estää selektiivisesti 1, 3- β- D- glukaanisyntaasi- entsyymiä, jota on sienisoluissa mutta ei nisäkässoluissa.