Mezi nejběžnější vedlejší účinky spojené s užíváním přípravku PegIntron (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří virová infekce, úbytek hmotnosti, deprese, podrážděnost, nespavost (potíže se spánkem), pocity úzkosti, poruchy soustředění, emoční labilita (změny nálad), bolest hlavy, sucho v ústech, dušnost (potíže s dýcháním), nevolnost (pocit na zvracení), bolest břicha, průjem, anorexie (ztráta chuti k jídlu), vypadávání vlasů, pruritus (svědění), suchost kůže, vyrážka, myalgie (bolest svalů), arthraligie (bolest kloubů), bolesti svalů a kostí, zánět v místě vpichu, reakce v místě vpichu (bolest a zarudnutí), závratě, únava, zvýšené svalové napětí, horečka, symptomy připomínající chřipku a slabost.
PegIntronin yleisimmät haittavaikutukset (havaittu useammalla kuin yhdellä potilaalla kymmenestä) ovat virusinfektiot, painon aleneminen, masentuneisuus, ärtyneisyys, unettomuus, ahdistuneisuus, heikentynyt keskittymiskyky, tunnetilan epävakaisuus (mielialan vaihtelut), päänsärky, suun kuivuminen, dyspnea (hengenahdistus), nielutulehdus (kurkkukipu), yskä, oksentelu, pahoinvointi, vatsakipu, ripuli, ruokahaluttomuus, hiustenlähtö, kutina (pruritus), ihon kuivuminen, ihottuma, lihassärky, nivelkipu, luu - ja lihaskipu, pistoskohdan tulehdus, pistoskohdan reaktiot (kipu ja punoitus), huimaus, väsymys, vilunväreet, kuume, vilustumisen kaltaiset oireet ja voimattomuus.