M- 1 (katecholová forma), M- 2 (metoxy forma M1) a M- 5 (hydroxylace postranního řetězce).
Mikafungiinin on osoitettu metaboloituvan useiksi eri yhdisteiksi, ja näistä M- 1: tä (katekolimuoto), M- 2: ta (M- 1: n metoksimuoto) sekä M- 5: tä (hydroksylaatio sivuketjussa) on havaittu systeemisessä verenkierrossa.