I když je mikafungin in vitro substrátem pro CYP3A, hydroxylace enzymem CYP3A není hlavní cestou metabolismu mikafunginu in vivo.
Vaikka mikafungiini on CYP3A- substraatti in vitro, CYP3A: n aikaansaama hydroksylaatio ei ole mikafungiinin merkittävä metaboliareitti in vivo.