Zonisamid je částečně metabolizován CYP3A4 (redukční štěpení) a rovněž N- acetyltransferázami a konjugací s glukuronovou kyselinou.
Tsonisamidi metaboloituu osaksi CYP3A4: n kautta (pelkistävä pilkkoutuminen) sekä myös N- asetyyli- transferaasien ja glukuronihappokonjugaation kautta.