Vzhledem ke své afinitě k cytochromu CYP2C9 prokázané in vitro, může tolkapon interferovat s léky, jejichž clearance je závislá na této metabolické cestě, například tolbutamid a warfarin.
Koska in vitro - tutkimuksissa tolkaponilla on todettu affiniteettiä sytokromi CYP2C9 - entsyymiin, tolkaponilla voi olla yhteisvaikutuksia tämän isoentsyymin kautta metaboloituvien lääkeaineiden (esim. tolbutamidi ja varfariini) kanssa.