Jako u jiných chinolonů, se vzhledem k možnému nežádoucímu účinku na chrupavky kloubů, které jsou zatíženy hmotností, nedoporučuje používat difloxacin u zvířat ve fázi intenzivního růstu.
Kuten muillakin kinoloneilla, mahdollisten painoa kantavien nivelten nivelrustolle aiheutuvien haittavaikutusten vuoksi difloksasiinia ei tulisi käyttää koirille nopean kasvuvaiheen aikana.