Obráceně, amprenavir si udržuje aktivitu k některým izolátům s rezistencí k jiným inhibitorům proteázy, a tato zachovaná aktivita by závisela na počtu a typu mutací způsobujících rezistenci k inhibitorům proteázy přítomných v izolátech.
25 potilaasta (joista yksi oli lähtötilanteessa resistentti lopinaviirille ja sakvinaviirille ja toinen oli resistentti tipranaviirille), jotka eivät olleet saaneet aiempaa antiretroviruslääkitystä ja joilla fosamprenaviiria sisältävä hoito epäonnistui, saadun tiedon perusteella amprenaviiriin liittyvät resistenssimekanismit saavat aikaan osittaisen ristiresistenssin atatsanaviirille/ ritonaviirille (kolme 25: stä), darunaviirille/ ritonaviirille (neljä 25: stä), indinaviirille/ ritonaviirille (yksi 25: stä), lopinaviirille/ ritonaviirille (kolme 24: stä), sakvinaviirille (kolme 24: stä) ja tipranaviirille/ ritonaviirille (neljä 24: stä). Toisaalta amprenaviiri säilyttää tehonsa joitakin sellaisia kantoja vastaan, jotka ovat resistenttejä muille proteaasi - inhibiittoreille ja tämä tehon säilyminen riippuu kannan proteaasiresistenssimutaatioiden määrästä ja tyypistä.