Selektivní vazbou na ATIII fondaparinux zesiluje (asi 300x) přirozenou neutralizaci faktoru Xa ATIII.
Sitoutumalla selektiivisesti ATIII: en fondaparinuuksi voimistaa ATIII: n aiheuttamaa hyytymistekijä Xa: n luontaista neutralisaatiota (noin 300- kertaiseksi).