Sildenafil je odbouráván především jaterními mikrozomálními izoenzymy CYP3A4 (hlavní cesta) a CYP2C9 (vedlejší cesta).
Sildenafiili metaboloituu pääasiassa maksan mikrosomaalisten CYP3A4 - (pääreitti) ja CYP2C9 - (sivureitti) isoentsyymien välityksellä.