Vedlejší účinky se u pacientů užívajících přípravek Circadin nevyskytují často, ale mezi nejčastější vedlejší účinky (pozorované u 1 z 10 až 1 z 1 000 pacientů) patří podrážděnost, nervozita, neklid, nespavost, abnormální sny, migréna, psychomotorická hyperaktivita (neklid se zvýšenou aktivitou), závratě, ospalost, bolest břicha, zácpa, sucho v ústech, hyperbilirubinémie (zvýšené hladiny bilirubinu v krvi, což je rozpadový produkt červených krvinek, který vyvolává zažloutnutí kůže a očí), hyperhidróza (nadměrné pocení), astenie (slabost) a zvýšení tělesné hmotnosti.
Yleisimpiä haittavaikutuksia (1 – 10 potilaalla tuhannesta) ovat ärtyisyys, hermostuneisuus, levottomuus, unettomuus, poikkeavat unet, migreeni, psykomotorinen levottomuus (levottomuus ja toiminnan lisääntyminen), huimaus, uneliaisuus, vatsakipu, ummetus, suun kuivuminen, hyperbilirubinemia (bilirubiinin, punaisten verisolujen hajoamistuotteen noussut määrä veressä, joka voi aiheuttaa ihon ja silmien keltaisuutta), epätavallisen voimakas hikoilu, heikotus ja painonnousu.