Protože se Rapamune užívá v kombinaci s jinými léky, pozorované vedlejší účinky nemohou být vždy s úplnou jistotou přisuzovány právě jemu.
Rapamune otetaan kuitenkin yhdessä muiden lääkkeiden kanssa, joten haittavaikutuksia ei voida aina liittää varmuudella Rapamuneen.