Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Isentress (zaznamenané u 1 až 10 pacientů ze 100) patří insomnie (nespavost), závratě, bolesti hlavy, nadýmání břicha, bolesti břicha, zácpa, průjem, nadýmání (plynatost), nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, hyperhidróza (nadměrné pocení), noční pocení, pruritus (svědění), vyrážka, artralgie (bolest kloubů), astenie (slabost), únava a zvýšení hladin jaterních enzymů (alaninaminotransferázy, aspartátaminotransferázy), triglyceridů (druhu tuku), kreatininkinázy (enzymu nacházejícího se ve svalech) a lipázy (enzym nacházející se ve slinivce břišní) v krvi.
Isentressin yleisimpiä sivuvaikutuksia (joita esiintyy 1– 10 potilaalla sadasta) ovat unettomuus, heitehuimaus, päänsärky, vatsan turvotus, mahakipu, ummetus, ripuli, ilmavaivat, huonovointisuus, oksentelu, hyperhidroosi (liikahikoilu), yöhikoilu, kutina, ihottuma, artralgia (nivelkipu), astenia (heikotus), väsymys sekä kasvaneet veren maksaentsyymin (alaniiniaminotransferaasi, aspartaattiaminotransferaasi), triglyseridin (rasvan tyyppi), kreatiniinikinaasin (entsyymi lihaksissa) ja lipaasin (haiman entsyymi) pitoisuudet.