Mnohé substituce aminokyselin proteáz, o nichž se uvádí, že souvisejí s rezistencí vůči ritonaviru a sachinaviru, znamenaly rezistenci i vůči indinaviru.
Monet sellaiset proteaasin aminohapposubstituutiot, joiden on raportoitu liittyvän ritonaviiri - ja sakinaviiriresistenssiin, todettiin myös indinaviiriresistenssin yhteydessä.