Abakavir proniká do mozkomíšního moku (viz bod 5. 2) a bylo prokázáno, že snižuje hladiny HIV- 1 RNA v mozkomíšním moku.
Abakaviiri penetroituu selkäydinnesteeseen (ks. kohta 5. 2), ja sen on osoitettu vähentävän HIV- 1 - RNA: n määrää selkäydinnesteessä.