Interakce s kombinací indinavir/ ritonavir nebyla studována Ritonavir indukuje glukuronidaci, v důsledku toho se předpokládá, že snižuje plasmatické koncentrace atovaquonu.
Ritonaviiri indusoi glukuronidaatiota, joten se pienentää todennäköisesti atovakonin pitoisuuksia plasmassa.