Ciprofloxacin je fluorochinolové antibiotikum, to znamená, že působí inhibičně na oba bakteriální enzymy, topoizomerázu II (DNA- gyrázu) a topoizomerázu IV, které jsou potřebné pro replikaci, transkripci, opravu a rekombinaci bakteriální DNA.
Fluorokinoloneihin kuuluvana antibakteerinsena valmisteena siprofloksasiinin bakteereja tuhoava vaikutus perustuu sekä tyypin II topoisomeraasin (DNA- gyraasin) ja tyypin IV topoisomeraasin estoon, sillä bakteerien DNA: n replikaatio -, transkriptio -, korjaus - ja rekombinaatioprosessit tarvitsevat näitä isomeraaseja.