Nejčastější vedlejší účinky, zaznamenané pacienty léčenými samotným přípravkem Paxene, zahrnují útlum kostní dřeně, jehož následkem je závažná neutropenie (nízký počet bílých krvinek), trombocytopenie (nízký počet krevních destiček) a anémie (nízký počet červených krvinek).
Yleisin sivuvaikutus vain Paxenea saaneilla potilailla oli luuydinsuppressio, joka aiheuttaa vaikeaa neutropeniaa (valkoisten verisolujen vähäinen määrä), trombosytopeniaa (verihiutaleiden vähäinen määrä) ja anemiaa (punaisten verisolujen vähäinen määrä).