Selektivní vazbou na antitrombin fondaparinux zesiluje (asi 300x) přirozenou re neutralizaci faktoru Xa antitrombin.
Sitoutumalla selektiivisesti antitrombiiniin fondaparinuuksi voimistaa antitrombiinin aiheuttamaa hyytymistekijä Xa: n luontaista neutralisaatiota (noin 300- kertaiseksi).