Biotransformace emtricitabinu zahrnuje oxidaci poloviny thiolu a tvorbu 3 '- sulfoxid diastereomerů (přibližně 9% dávky) a sloučení s kyselinou glukuronovou tvoří 2' - O- glukuronid (přibližně 4% dávky).
Emtrisitabiinin biotransformaation aikana sen tioliosio oksidoituu 3 ’ - sulfoksididiastereomeereiksi (noin 9% annoksesta) ja konjugoituu glukuronihapon kanssa, jonka seurauksena muodostuu 2 ’ - O- glukuronidia (noin 4% annoksesta).