Průnik anidulafunginu hematoencefalickou bariérou byl u zdravých potkanů omezený; avšak u králíků s roztroušenou kandidózou se ukázalo, že anidulafungin prostupuje hematoencefalickou bariérou a omezuje mykotické ložisko v mozku.
Sen sijaan kaniineilla, joilla on disseminoitunut kandidiaasi, anidulafungiinin on osoitettu läpäisevän veri- aivoesteen ja vähentävän aivojen sienikuormaa.