Stejně jako u jiných antitrombotických léků, je nejčastějším vedlejším účinkem (zaznamenaným u více než 1 pacienta z 10) přípravku Refludan krvácení.
Muiden antitromboottisten lääkkeiden tapaan Refludanin yleisin sivuvaikutus (useammalla kuin yhdellä potilaalla 10: stä) on verenvuoto.