Stejně jako u jiných širokospektrých antibiotik se při dlouhodobém podávání cefuroxim axetilu může objevit superinfekce rezistentními mikroorganizmy (např. kandida, enterokok nebo clostridium difficile).
Kuten muitakin laajakirjoisia antibiootteja käytettäessä, kefuroksiimiaksetiilin pitkäaikainen käyttö voi aiheuttaa ei- herkkien mikrobien (esim.