Po inhalaci ústy je ciklesonid enzymaticky konvertován v plicích na hlavní metabolit (C21- des- methylpropionyl - ciklesonid), který má výraznou protizánětlivou aktivitu, a proto je považován za aktivní metabolit.
Kerran päivässä inhaloitu siklesonidi muuttuu entsymaattisesti keuhkoissa päämetaboliitiksi (C21- des - metyylipropionyylisiklesonidi), jolla on voimakas anti- inflammatorinen vaikutus ja jota siitä syystä pidetään aktiivisena metaboliittina.