Náhrada antitrombinu behem podávání antikoagulantu, které zesilují antikoagulacní aktivitu antitrombinu (napr. heparin, heparin o nízké molekulové hmotnosti), muže zvyšovat riziko krvácení.
Antitrombiini voi syrjäytyä, jos potilasta hoidetaan antikoagulanteilla, jotka vahvistavat antitrombiinin antikoagulaatiovaikutusta (esimerkiksi hepariinilla tai pienimolekyylisellä hepariinilla), ja tämä voi lisätä verenvuodon vaaraa.