Mangafodipir je tvořen chelátovou vazbou mezi kovem manganem, který je nositelem paramagnetických vlastností a odpovídá za kontrastní zobrazení magnetickou rezonancí, a ligandem fodipirem (dipyridoxyl difosfát).
Se sisältää myös fodipiiriligandia (dipyridoksyylidifosfaattia).