Podávání busulfanu ve třetím trimestru těhotenství může být spojeno s poruchou intrauterinního vývoje plodu.
Muutamissa tapauksissa on raportoitu synnynnäisiä epämuodostumia pieniannoksiseen oraaliseen busulfaanihoitoon liittyen, mutta ei välttämättä tämän vaikuttavan aineen takia, ja altistumiseen viimeisellä raskauden kolmanneksella voi liittyä sikiön kasvun hidastumista.