Protože je trabektedin metabolizován hlavně CYP3A4, souběžné podávání látek, které tento izoenzym inhibují, např. ketokonazol flukonazol, ritonavir nebo klaritromycin, by mohlo snižovat metabolismus a zvyšovat koncentrace trabektedinu.
Trabektediini metaboloituu lähinnä CYP3A4: n välityksellä, joten tätä isoentsyymiä estävien aineiden kuten ketokonatsolin, flukonatsolin, ritonaviirin tai klaritromysiinin samanaikainen anto voi heikentää metaboliaa ja suurentaa trabektediini - pitoisuuksia.