Fondaparinux se neváže na destičkový faktor 4 a nereaguje zkříženě se sérem pacientů s heparinem vyvolanou trombocytopenií (HIT) typu II.
Fondaparinuuksi ei sitoudu trombosyyttitekijä 4: ään eikä ristireagoi seerumin kanssa, joka on otettu tyypin II HIT- potilailta.