Podobně jako u dalších antibiotik může vést dlouhodobá léčba retapamulinem k přemnožení necitlivých mikroorganismů, včetně plísní.
Kuten muillakin mikrobilääkkeillä retapamuliinin pitkäaikainen käyttö voi johtaa resistenttien mikro - organismien liikakasvuun mukaan lukien sienet.