Mezi nejčastější vedlejší účinky u přípravku Yondelis (pozorované u více než 1 pacienta z 10) patří zvýšené hladiny kreatinfosfokinázy v krvi (ukazatel svalového metabolismu) a kreatininu (ukazatel onemocnění ledvin), snížené hladiny albuminu v krvi (ukazatel onemocnění jater), neutropenie (nízké hladiny neutrofilů, což je typ bílých krvinek), trombocytopenie (nízké hladiny krevních destiček v krvi), anémie (nízké hladiny červených krvinek), leukopenie (nízké hladiny leukocytů, což je typ bílých krvinek), bolesti hlavy, zvracení, nauzea (nevolnost), zácpa, anorexie (nechutenství), únava, astenie (slabost), hyperbilirubinemie (vysoké hladiny bilirubinu v krvi) a zvýšené hladiny jaterních enzymů v krvi (alaninaminotransferáza, aspartátaminotransferáza, alkalická fosfatáza a gammaglutamyltransferáza).
Yondelisin yleisimmät haittavaikutukset (useammalla kuin yhdellä potilaalla 10: stä) ovat kohonneet veren CK- arvot (merkkinä lihasten hajoamisesta) ja kreatiniiniarvot (merkkinä munuaisongelmista), alhaiset veren albumiiniarvot (merkkinä maksaongelmista), neutropenia (neutrofiilien, erään valkosolutyypin, puutos), trombosytopenia (verihiutaleniukkuus), anemia (punasolujen vähyys), leukopenia (leukosyyttien, erään valkosolutyypin, niukkuus), päänsärky, oksentelu, pahoinvointi, ummetus, ruokahaluttomuus, väsymys, voimattomuus, hyperbilirubinemia (veren bilirubiinirunsaus) ja kohonneet veren maksaentsyymiarvot (ALAT, ASAT, AFOS ja GGT).