Exkrece probíhá převážně močí (80%), a to ve formě metabolitů, zatímco množství nezměněného agomelatinu v moči je zanedbatelné.
Erittyminen tapahtuu pääasiassa (80%) virtsaan metaboliittien muodossa, kun taas muuttumattomana yhdisteenä virtsaan erittyy vain hyvin pieni määrä.