Baktericidní aktivita moxifloxacinu vychází z inhibice obou topoizomeráz typu II (DNA gyrázy a topoizomerázy IV), nezbytných pro bakteriální replikaci DNA, transkripci a opravy.
Moksifloksasiinin bakterisidinen vaikutus perustuu sen kykyyn estää bakteerien kahta eri topoisomeraasi- II: ta (DNA- gyraasientsyymiä ja topoisomeraasi IV: ää), joita bakteerit tarvitsevat DNA: n replikaatioon, kopioitumiseen, korjautumiseen ja uudelleenjärjestäytymiseen.