V rámci studií patřily mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Naglazyme (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) bolest v uchu, dyspnoe (potíže s dýcháním), bolesti břicha, celková bolest a reakce na infuzi (jako je horečka, zimnice, vyrážka nebo kopřivka).
Tutkimuksissa Naglazymen yleisimpiä (useammalla kuin yhdellä potilaalla kymmenestä) sivuvaikutuksia olivat korvakipu, dyspnea (hengenahdistus), vatsakipu (mahakipu), yleinen kivulloisuus sekä infuusioreaktiot (esim kuume, vilunväreet, ihottuma ja nokkosihottuma).