Anidulafungin vykazuje fungicidní aktivitu proti rodu Candida a aktivitu proti oblastem aktivního buněčného růstu hyf rodu Aspergillus fumigatus.
Anidulafungiinilla on osoitettu fungisidista aktiivisuutta Candida- lajeja vastaan ja Aspergillus fumigatus - sienirihmojen kasvukohdissa.