Útlum kostní dřeně představuje obvykle toxicitu, která limituje velikost použité dávky.
Pemetreksedi voi estää luuytimen toimintaa, mikä ilmenee neutropeniana, trombosytopeniana ja anemiana (tai pansytopeniana) (ks. kohta 4. 8), myelosuppressio on tavallisesti annosta rajoittava toksisuus.