U obou druhů může být difloxacin konjugován (glukuronizace nebo sulfatizace), demetylován na sarafloxacin nebo oxidován na N- oxid- difloxacin.
Molemmilla lajeilla difloksasiini voi konjugoitua (glukuronidoitua tai sulfatoitua), desmetyloitua sarafloksasiiniksi tai hapettua N- oksidi- difloksasiiniksi.