Po perorálním podání je agomelatin rychle metabolizován, především cestou jaterního CYP1A2; izoenzymy CYP2C9 a CYP2C19 jsou také zahrnuty, ale s nízkým přispěním.
Kun valmistetta otetaan suun kautta, agomelatiini metaboloituu nopeasti pääasiassa maksan CYP1A2 - isoentsyymin välityksellä, mutta myös CYP2C9 - ja CYP2C19- isoentsyymit osallistuvat siihen vähäisessä määrin.