Způsob interakce není znám a vzhledem k tomu, že vyšší koncentrace atovachonu mohou být dosaženy se
Farmakokineettisessä tutkimuksessa tsidovudiinin antaminen yhtaikaa atovakonitablettien kanssa pienensi tsidovudiinin puhdistumaa oraalisen annostelun jälkeen ja sai aikaan 35% ± 23%: n nousun plasman tsidovudiini- AUC: ssä.