Fondaparinux je vylučován do 64 – 77% ledvinami v nezměněné podobě.
Fondaparinuuksi eliminoituu 64– 77%: sti munuaisten kautta muuttumattomana yhdisteenä. ää Erityispotilasryhmät: en Lapsipotilaat - Fondaparinuuksia ei ole tutkittu tässä ryhmässä.