Bylo zjištěno, že indinavir samotný nebo v kombinaci s nukleosidovými analogy (zidovudin/ stavudin a lamivudin) zpomaluje ve srovnání s nukleosidovými analogy progresi klinického stavu a zajišťuje trvalý účinek na virovou zátěž a počty buněk CD4.
Yksin tai yhdessä nukleosidianalogien (tsidovudiinin tai stavudiinin ja lamivudiinin) kanssa annetun indinaviirin on osoitettu hidastavan taudin kliinistä etenemistä verrattuna nukleosidianalogeihin ja vaikuttavan pitkäaikaisesti virusten ja CD4- solujen määrään.