Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Rebif (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří chřipkové příznaky, neutropenie, lymfopenie a leukopenie (nízký počet bílých krvinek), trombocytopenie (nízký počet krevních destiček), anémie (nízký počet červených krvinek), bolest hlavy, zánět a další reakce v místě vpichu injekce a zvýšené hodnoty transamináz (jaterních enzymů).
Rebifin yleisimmät sivuvaikutukset (useammalla kuin yhdellä potilaalla kymmenestä) ovat flunssan kaltaiset oireet, neutropenia, lymfosytopenia ja leukosytopenia (veren valkosolujen niukkuus), trombosytopenia (verihiutaleniukkuus), anemia (punasolujen vähäisyys), päänsärky, tulehdus ja muut reaktiot pistoskohdassa sekä transaminaasien (maksaentsyymien) määrän lisääntyminen.