Mechanismus účinku Indinavir inhibuje rekombinantní proteázy HIV- 1 a HIV- 2 přibližně s desetinásobně vyšší selektivitou pro proteázy HIV- 1 než proteázy HIV- 2.
Sen vaikutus HIV- 1: n proteinaasiin on noin kymmenkertainen HIV- 2: n proteinaasiin verrattuna.