Indinavir neinhiboval významně eukaryotické proteázy, lidský renin, lidský cathepsin D, lidskou elastázu a lidský faktor Xa.
Indinaviiri ei estä merkitsevästi eukaryoottisia proteaaseja, ihmisen reniiniä, ihmisen katepsiini D: tä, ihmisen elastaasia eikä ihmisen hyytymistekijää Xa.