Jako ostatní antikoagulancia by měl být desirudin používán se zvýšenou opatrností při současném podávání léčivých přípravků, které ovlivňují funkci trombocytů, tyto léčivé přípravky zahrnují kyselinu acetylosalicylovou a ostatní nesteroidní antirevmatika (NSAID), tiklopidin a klopidogrel, antagonisty glykoproteinu IIb/ IIIa (abciximab, eptifibatid, tirofiban) a iloprost.
Kuten muitakin antikoagulantteja käytettäessä, varovaisuutta on noudatettava myös, kun desirudiinia käytetään yhdessä verihiutaleiden toimintaan vaikuttavien lääkkeiden kanssa, näitä lääketuotteita ovat esim. asetylisalisyylihappo - ja NSAID- lääkkeet, tiklopidiini ja klopidogreli, glykoproteiini IIb/ IIIa - antagonistit (absiksimabi, eptifibatidi, tirofibaani) ja iloprosti.