Interakce s kombinací indinavir/ ritonavir nebyla studována Ritonavir indukuje glukuronidaci, v důsledku toho se předpokládá, že snižuje plasmatické koncentrace atovaquonu.
Kun pienentynyttä altistusta yritettiin kompensoida nostamalla muiden proteaasinestäjien ja ritonaviirin yhdistelmän annosta, havaittiin hyvin yleisesti maksahaittoja.