Metabolické studie in vitro ukazují, že methylnaltrexon neinhibuje aktivitu CYP1A2, CYP2E1, CYP2B6, CYP2A6, CYP2C9, CYP2C19 ani CYP3A4, zatímco je slabým inhibitorem metabolismu modelového substrátu CYP2D6.
In vitro - metaboliatutkimusten perusteella metyylinaltreksoni ei estä CYP1A2 -, CYP2E1 -, CYP2B6 -, CYP2A6 -, CYP2C9 -, CYP2C19 - eikä CYP3A4- aktiivisuutta, mutta se estää CYP2D6- mallisubstraatin metaboliaa heikosti.