Vzhledem k mechanizmu účinku ciprofloxacin nevykazuje zkříženou rezistenci vůči jiným významným, chemicky odlišným skupinám látek, jako jsou beta- laktamová antibiotika, aminoglykosidy, tetracykliny, makrolidy a polypeptidová antibiotika, sulfonamidy, trimethoprim a nitrofurantoin.
Vaikutustavan vuoksi siprofloksasiinilla ei esiinny ristiresistenssiä muiden tärkeiden, kemiallisesti erilaisten valmisteiden kuten beeta - laktaamiantibioottien, aminoglykosidien, tetrasykliinien, makrolidien ja polypeptidien, sulfonamidien, trimetopriimin ja nitrofurantoiinin kanssa.