Jako výsledek tohoto mechanizmu působení ciprofloxacin nevykazuje cross- rezistenci s ostatními důležitými, chemicky rozdílnými skupinami látek, jako jsou betalaktamová antibiotika, aminoglykosidy, tetracykliny, makrolidy a polypeptidy, sulfonamidy, trimetoprim a nitrofurantoin.
Vaikutusmekanisminsa vuoksi siprofloksasiinilla ei ole ristiresistenssiä muiden tärkeiden kemiallisesti erilaisten lääkeaineryhmien kanssa, kuten beetalaktaamiantibioottien, aminoglykosidien, tetrasykliinien, makrolidien ja polypeptidien, sulfonamidien, trimetopriimin ja nitrofurantoiinin kanssa.