Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Rapamune (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří infekce močových cest, trombocytopenie (nízký počet krevních destiček), anémie (nízký počet červených krvinek), hypokalemie (nízká hladina draslíku v krvi), hypofosfatemie (nízká hladina fosforu v krvi), hypercholesterolemie (vysoká hladina cholesterolu v krvi), hyperglykemie (vysoká hladina cukrů v krvi), hypertriglyceridemie (vysoká hladina triglyceridů – jednoho druhu lipidů - v krvi), bolesti hlavy, lymfokéla (nahromadění tekutiny v oblasti ledvin), hypertenze (vysoký krevní tlak), bolest břicha, průjem, zácpa, nauzea (pocit nevolnosti), akné (pupínky), artralgie (bolest kloubů), periferní otoky (obvykle otoky dolních končetin), pyrexie (horečka), bolesti, zvýšená hladina laktátdehydrogenázy (LDH) v krvi (ukazatel rozpadu tkáně) a zvýšené hladiny kreatinu v krvi (indikátor potíží s ledvinami).
Yleisimmät Rapamunen käyttöön liittyvät sivuvaikutukset (joita havaittiin useammalla kuin yhdellä potilaalla kymmenestä) ovat virtsatietulehdus, trombosytopenia (alhainen verihiutaleiden määrä), anemia (alhainen punasolujen määrä), hypokalemia (veren kaliumin niukkuus), hypofosfatemia (veren fosfaatin niukkuus), hyperkolesterolemia (veren runsas kolesterolipitoisuus), hyperglykemia (veren runsassokerisuus), hypertriglyseridemia (veren triglyseridien runsaus, triglyseridit ovat yksi rasvatyyppi), päänsärky, lymphoseele (nesteen kertyminen munuaisten ympärille), hypertensio (korkea verenpaine), vatsakipu, ripuli, ummetus, pahoinvointi, akne, artralgia (nivelkipu), perifeerinen ödeema (turvotus, yleensä alaraajoissa), pyrexia (kuume), kivut, veren laktaattidehydrogenaasin (kudoksen hajoamisen merkkiaine) kohoaminen sekä veren kreatiniinipitoisuuden kohoaminen.