Flutikason- propionát je ze systémové cirkulace odstaňován velmi rychle.
Flutikasonipropionaatti poistuu nopeasti systeemisestä verenkierrosta, pääasiassa metaboloitumalla sytokromi P450: n CYP3A4- entsyymin avulla inaktiiviseksi karboksyylihappometaboliitiksi.