Indinavir se reverzibilně váže na aktivní místo proteáz a kompetitivně inhibuje enzym a zabraňuje tak štěpení virových prekurzorů polyproteinů, k němuž dochází během zrání nově vznikající částice viru.
Indinaviiri sitoutuu reversiibelisti proteaasin aktiiviseen kohtaan ja estää entsyymiä kompetitiivisesti estäen näin uuden viruspartikkelin kypsymisen yhteydessä esiintyvien viruksen prekursoristen polyproteiinien pilkkoutumisen.