Stejně jako všechny ostatní NRTI může také přípravek Ziagen způsobit laktátovou acidózu (hromadění kyseliny mléčné v těle) a u dětí matek užívajících přípravek Ziagen během těhotenství mitochondriální dysfunkci (poškození složek buňky, jež tvoří energii, což může způsobit problémy s krví).
Ziagen, kuten kaikki NRTI: t, aiheuttaa maitohappoasidoosia (maitohapon kerääntyminen elimistöön) ja raskauden aikana Ziagenia saavien äitien vastasyntyneillä mitokondrioiden toimintahäiriöitä (solujen energiantuotantoon osallistuvien osien vaurioita, jotka voivat aiheuttaa hematologisia häiriöitä).