M- 1 (katecholová forma), M- 2 (metoxy forma M1) a M- 5 (hydroxylace postranního řetězce).
Se ha demostrado que micafungina se metaboliza en varios compuestos; se han detectado los compuestos M-1 (forma catecol), M-2 (forma metoxi de M1) y M-5 (hidroxilación en la cadena lateral) de micafungina en la circulación sistémica.