Nejčastějšími nežádoucími účinky, které se vyskytly u pacientů léčených antiretrovirovými přípravky včetně nebo mimo Fuzeonu, jsou vyjma reakce v místě vpichu, průjem a nevolnost.
Además de las reacciones en el lugar de inyección, los efectos secundarios comunicados con mayor frecuencia en pacientes que reciben tratamiento antirretroviral, con o sin Fuzeon, son diarrea y sensación de náuseas.