Viry rezistentní k emtricitabinu byly křížově rezistentní k lamivudinu, ale zachovaly si citlivost na ostatní nukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NRTIs) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanosin a zalcitabin), na všechny nenukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (non- nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NNRTIs) a všechny inhibitory proteázy (protease inhibitors, PIs).
Los virus resistentes a emtricitabina manifestaron resistencia cruzada a lamivudina, pero conservaron la sensibilidad frente a otros nucleósidos inhibidores de la transcriptasa inversa (NRTIs) (zidovudina, estavudina, tenofovir, abacavir, didanosina y zalcitabina), todos los inhibidores de la transcriptasa inversa no nucleósidos (NNRTIs) y todos los inhibidores de la proteasa (IP).