Ve fázi III studií s UA/ NSTEMI byly kromě krvácení nejčastěji hlášenými nežádoucími účinky (zaznamenanými nejméně u 1% pacientů užívajících fondaparinux) bolest hlavy, bolest na hrudi a fibrilace síní.
ió en AI/IMSEST (notificados en al menos un 1% de los pacientes tratados con fondaparinux) fueron cefalea, dolor torácico y fibrilación auricular.