Biotransformace emtricitabinu zahrnuje oxidaci poloviny thiolu a tvorbu 3 '- sulfoxid diastereomerů (přibližně 9% dávky) a sloučení s kyselinou glukuronovou tvoří 2' - O- glukuronid (přibližně 4% dávky).
El metabolismo de emtricitabina comprende la oxidación del radical tiólico, para dar los diastereoisómeros 3'-sulfóxido (aproximadamente el 9% de la dosis), y la conjugación con el ácido glucurónico, para formar el 2'-O-glucurónido (aproximadamente el 4% de la dosis).