In vitro se fondaparinux vysoce a specificky váže na protein antitrombin, vazbou dávkově závislou na ní
Fondaparinux se une in vitro elevada y específicamente a la proteína antithrombina, en una unión dependiente de la concentración plasmática (98,6% a 97% en un intervalo de concentración de 0,5 a 2 mg/ l).