Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Rapamune (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří infekce močových cest, trombocytopenie (nízký počet krevních destiček), anémie (nízký počet červených krvinek), hypokalemie (nízká hladina draslíku v krvi), hypofosfatemie (nízká hladina fosforu v krvi), hypercholesterolemie (vysoká hladina cholesterolu v krvi), hyperglykemie (vysoká hladina cukrů v krvi), hypertriglyceridemie (vysoká hladina triglyceridů – jednoho druhu lipidů - v krvi), bolesti hlavy, lymfokéla (nahromadění tekutiny v oblasti ledvin), hypertenze (vysoký krevní tlak), bolest břicha, průjem, zácpa, nauzea (pocit nevolnosti), akné (pupínky), artralgie (bolest kloubů), periferní otoky (obvykle otoky dolních končetin), pyrexie (horečka), bolesti, zvýšená hladina laktátdehydrogenázy (LDH) v krvi (ukazatel rozpadu tkáně) a zvýšené hladiny kreatinu v krvi (indikátor potíží s ledvinami).
Los efectos secundarios más frecuentes de Rapamune (observados en más de 1 de cada 10 pacientes) son infección urinaria (infección de las estructuras que transportan la orina), trombocitopenia (recuentos bajos de plaquetas), anemia (recuentos bajos de glóbulos rojos), hipopotasemia (niveles bajos de potasio en sangre), hipofosfatemia (niveles bajos de fosfato en sangre), hipercolesterolemia (cifras elevadas de colesterol en la sangre), hiperglucemia (concentración elevada de azúcar en sangre), hipertrigliceridemia (niveles elevados en sangre de triglicéridos, un tipo de grasa), dolores de cabeza, linfocele (acumulación de líquido alrededor del riñón), hipertensión (presión arterial alta), dolor abdominal (de tripa), diarrea, estreñimiento, nauseas, acné (granos), artralgia (dolor de articulaciones), edema periférico (hinchazón, generalmente en las piernas), pirexia (fiebre), dolor, niveles sanguíneos elevados de lactato deshidrogenasa (un marcador de la destrucción de los tejidos) y aumento de los niveles de creatinina (un marcador de problemas renales).