Anidulafungin selektivně inhibuje 1, 3- β- D glukan syntázu, enzym přítomný v buňkách hub, ale nikoliv v buňkách savčích.
Anidulafungina inhibe selectivamente la 1,3-β -D glucanosintetasa, una enzima presente en las células fúngicas, pero no en las células de mamíferos.