Kromě hydrolýzy je topotekan vylučován zejména renálně s malou částí metabolizovanou na N- demetylovaný metabolit (SB- 209780), který byl nalezen v plazmě, moči a stolici.
Además de la hidrólisis, topotecan es eliminado principalmente por vía renal, con una pequeña parte metabolizada al metabolito N-desmetilado (SB- 209780), detectado en plama, orina y heces.