U obou druhů může být difloxacin konjugován (glukuronizace nebo sulfatizace), demetylován na sarafloxacin nebo oxidován na N- oxid- difloxacin.
En ambas especies la difloxacina puede conjugarse (glucuronizada o sulfatada), o desmetilarse para formar sarafloxacina u oxidarse para formar N-óxido-difloxacina.