Indinavir se reverzibilně váže na aktivní místo proteáz a kompetitivně inhibuje enzym a zabraňuje tak štěpení virových prekurzorů polyproteinů, k němuž dochází během zrání nově vznikající částice viru.
Se une de forma reversible al sitio activo de la proteasa e inhibe de forma competitiva la enzima, con lo que evita la escisión de las poliproteínas precursoras del virus que se produce durante la maduración de una partícula vírica recién formada.