Mnohé substituce aminokyselin proteáz, o nichž se uvádí, že souvisejí s rezistencí vůči ritonaviru a sachinaviru, znamenaly rezistenci i vůči indinaviru.
Muchas de las sustituciones de aminoácidos de la proteasa asociadas a la resistencia a ritonavir y saquinavir también se relacionaron con resistencia a indinavir.