Sloučenina cidofovir fosfát- cholin má poločas 87 hodin.
El cidofovir entra en las células por endocitosis de fase líquida y es fosforilado a monofosfato de cidofovir y posteriormente a difosfato de cidofovir. Los efectos antivirales prolongados de cidofovir se relacionan con las semividas de sus metabolitos; el difosfato de cidofovir persiste dentro de las células con una semivida de 17 a 65 horas y el conjugado fosfato-colina de cidofovir tiene una semivida de 87 horas.