Průnik anidulafunginu hematoencefalickou bariérou byl u zdravých potkanů omezený; avšak u králíků s roztroušenou kandidózou se ukázalo, že anidulafungin prostupuje hematoencefalickou bariérou a omezuje mykotické ložisko v mozku.
Sin embargo, en conejos con candidiasis diseminada, se ha observado que anidulafungina atraviesa la barrera hematoencefálica y reduce la carga fúngica en el cerebro.