Vzhledem ke zvýšenému riziku nežádoucích účinků je nutná zvýšená opatrnost, pokud je z klinických důvodů nutné podávat stiripentol společně s léky, které jsou metabolizovány prostřednictvím CYP2C19 (např. citalopram, omeprazol) nebo CYP3A4 (např. inhibitory HIV proteáz, antihistaminika jako astemizol, chlorfeniramin, blokátory kalciových kanálů, statiny, perorální kontraceptiva, kodein) (antiepileptika viz níže).
Debe extremarse la precaución si las circunstancias clínicas exigen la combinación del estiripentol con fármacos metabolizados por CYP2C19 (p. ej. citalopram, omeprazol) o CYP3A4 (p. ej. inhibidores de la proteasa del VIH, antihistamínicos como astemizol, clorfeniramina, bloqueantes de los canales de calcio, estatinas, contraceptivos orales, codeína) debido a un mayor riesgo de efectos adversos (véase más adelante en esta sección en lo relativo a fármacos antiepilépticos).