След подкожно третиране при говеда прочистването на дифлоксацин е 229 мл/ час/ кг.
Največ difloksacina je v nespremenjeni obliki v blatu, urinu in v tkivih- jetrih, maščobi in ledvicah, manj pa v obliki metabolitov (desmetil difloksacina in difloksacin- N- oksida).