Много от тежките нежелани лекарствени реакции при ставудин са в резултат на HIV инфекцията или са нежелани реакции на съпътстващите лечения.
Številni resni neželeni učinki med uporabo stavudina so se skladali s potekom okužbe s HIV ali z neželenimi učinki sočasno uporabljenih terapij.