В допълнение, клофарабин притежава по- голяма резистентност към клетъчно разграждане от аденозин деаминазата и намалена податливост към фосфоролитично отцепване, отколкото другите активни вещества от своя клас, докато афинитетът на клофарабин трифосфат към ДНК полимераза α и рибонуклеотид редуктазата е подобен или е по- голям от този на дезоксиаденозин трифосфата.
Poleg tega je klofarabin odpornejši na razgradnjo z adenozin deaminazo v celici in je manj dovzeten na fosforolitično cepljenje kot druge zdravilne učinkovine v tej skupini zdravil, medtem ko je afiniteta klofarabin trifosfata za DNA- polimerazo α in ribonukleotid- reduktazo podobna ali večja kot pri deoksiadenozin trifosfatu.