Основните пътища на метаболизъм при човека са с участието на алкохолдехидрогеназа и чрез глюкурониране, като се образува 5`- карбоксилова киселина и 5`- глюкуронид, които представляват около 66% от дозата екскретирана в урината.
Pri človeku se abakavir v glavnem presnavlja z alkoholno dehidrogenazo in glukuronidacijo, pri čemer nastane 5 ’ - karboksilna kislina in 5 ’ - glukuronid, ki predstavljata približno 66% odmerka, ki se izloči z urinom.