Улесняване на иновациите и стимулиране на изследванията, като по този начин се допринася за конкурентоспособността на базираната в ЕС фармацевтична промишленост.
Glede na nenehno globalizacijo je poslanstvo EMEA varovati in spodbujati zdravje ljudi in živali z: razvojem učinkovitih in preglednih postopkov, ki uporabnikom omogočajo hiter dostop do varnih in učinkovitih inovativnih zdravil ter do generičnih zdravil in zdravil brez recepta z enotnim evropskim dovoljenjem za promet; nadziranjem varnosti zdravil za ljudi in živali, predvsem z mrežo farmakovigilance in določitvijo varnih mejnih vrednosti ostankov v živalih, namenjenih proizvodnji hrane; pospeševanjem inovacij in spodbujanjem raziskav, s čimer prispeva h konkurenčnosti farmacevtske industrije EU; zbiranjem in usklajevanjem znanstvenih virov iz vse EU zaradi zagotovitve visoke kakovosti vrednotenja zdravil, svetovanje o raziskovalnih in razvojnih programih, izvajanje inšpekcijskih pregledov za zagotavljanje doslednega izvajanja temeljnih določb GXP 1 ter zagotovitev uporabnih in jasnih informacij uporabnikom in zdravstvenim delavcem.