Фондапаринукс е противопоказан при тежко бъбречно увреждане (креатининов клирънс < 30ml/ min) и трябва да се прилага с внимание при пациенти с умерено тежко бъбречно увреждане (креатининов клирънс 30- 50 ml/ min).
Fondaparinuks je pri hudih ledvičnih okvarah (očistek kreatinina < 30 ml/ min) kontraindiciran, pri bolnikih z zmernimi ledvičnimi okvarami (očistek kreatinina 30- 50 ml/ min) pa ga je treba uporabljati previdno.