МФК се метаболизира чрез глюкуронил трансферазата до фенолов глюкуронид на МФК (МФКГ), който не е фармакологично активен.
Mikofenolna kislina se večinoma presnovi z glukuronilno transferazo v fenolni glukuronid mikofenolne kisline (mikofenolglukuronid), ki pa ni farmakološko aktiven.