В рамките на класа на хинолоните е наблюдавана кръстосана резистентност.
Zaradi svojega načina delovanja ciprofloksacin nima navzkrižne rezistence z drugimi pomembnimi, kemijsko različnimi skupinami zdravil, kot so beta - laktamski antibiotiki, aminoglikozidi, tetraciklini, makrolidi in polipetidi, sulfonamidi, trimetoprim in nitrofurantoin.