Антитромботичната активност на фондапаринукс е резултат от медиираното от антитромбин III 32 (антитромбин) селективно инхибиране на фактор Xa.
Antitrombotični učinek fondaparinuksa je rezultat selektivne inhibicije faktorja Xa preko antitrombina III (antitrombin).