Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
Mikafungin se presnavlja v več spojin; v sistemskem krvnem obtoku so zaznali prisotnost M- 1 (v obliki katehola), M- 2 (metoksi oblika M- 1) in M- 5 (hidroksilacija stranske verige).