RotaTeq е противопоказен за кърмачета с предходна анамнеза за инвагинация или с проблеми със стомашно- чревния тракт, които могат да бъдат предразположени към инвагинация, или при кърмачета с доказан или суспектен имунодефицит.
Cepivo RotaTeq se ne sme uporabiti pri dojenčkih, ki so imeli uvihanje črevesja v preteklosti, pri dojenčkih, ki imajo težave s črevesjem, ki lahko pomenijo nagnjenost k tej bolezni, in pri dojenčkih, katerih imunski sistem je oslabljen.