Метаболитите и непромененият абакавир в урината представляват около 83% от приетата доза, а останалото количество се елиминира с фецеса.
Približno 83% prejetega odmerka abakavirja se izloči v obliki presnovkov ali v nespremenjeni obliki z urinom, ostanek se izloči z blatom.