Зидовудин може да взаимодейства и със следните лекарства и може да засили нежеланите ефекти: фенитоин, пробенецид, рифампицин, атоваквон, валпроева киселина, метадон, дапсон, пентамидин, пириметамин, ко- тримоксазол, флуконазол, амфотерицин, флуцитозин, ганцикловир, интерферон, кларитромицин, винкристин, винбластин и доксорубицин.
Zidovudin lahko tudi medsebojno deluje in poslabša kateri koli neželeni učinek naslednjih zdravil: fenitoina, probenecida, rifampicina, atovakvona, valprojske kisline, metadona, dapsona, pentamidina, pirimetamina, kotrimoksazola, flukonazola, amfotericina, flucitozina, ganciklovirja, interferona, klaritromicina, vinkristina, vinblastina in doksorubicina.