И при двата вида difloxacin конюгира (глюкуронидира или сулфатира), дезметилира в сарафлоксацин или оксидира в N- оксид- дифлоксацин.
Pri obeh vrstah se difloksacin metabolizira v sarafloksacin (desmetil difloksacin) ali pa oksidira v N - oksid- difloksacin.