Както при всички тетрациклини, могат да се проявяват алергични реакции и фотосенсибилизация.
Za zdravljenje in preprečevanje prašičje respiratorne bolezni, ki jo povzročata bakteriji Pasteurella multocida in Bordetella bronchiseptica, dovzetni za doksiciklin, kadar je bila ta bolezen diagnosticirana v čredi.