Зонизамид се метаболизира частично от CYP3A4 (редуктивно разцепване) и също от N- ацетил - трансферази и конюгиране с глюкуронова киселина.
Zonisamid se delno presnavlja s CYP3A4 (reduktivna cepitev) ter N- acetil- transferazo in konjugira z glukuronsko kislino.