Ефектите върху вирусното натоварване са съществено по- изразени при пациентите, лекувани с индинавир в комбинация с нуклеозидни аналози, но пропорцията на пациентите със серумна вирусна РНК под границата на количествена преценка (500 копия/ ml) варира при проучванията от 40% до повече от 80% на 24- та седмица.
Učinki na virusno obremenitev so bili pri bolnikih, zdravljenih z indinavirjem v kombinaciji z nukleozidnimi analogi, dosledno bolj izraziti, vendar je delež bolnikov s serumsko virusno RNA pod mejo določitve (500 kopij/ ml) med raziskavami v 24. tednu nihal od 40% do več kot 80%.