При профилактика на венозна тромбоемболия не трябва да се прилагат средства, които е тр повишават риска от развитие на кръвоизлив едновременно с фондапаринукс.
Med te učinkovine spadajo dezirudin, fibrinolitične učinkovine, antagonisti receptorjev GP IIb/ IIIa, heparin, heparinoidi ali nizkomolekularni heparin (LMWH).