Мускулно- скелетната система По правило ципрофлоксацин не трябва да се прилага при пациенти с анамнестични данни за заболявания/ нарушения на сухожилията, свързани с лечение с хинолони.
V zelo redkih primerih, glede na mikrobiološke izvide o povzročiteljih in oceni tveganja in koristi, se lahko ciprofloksacin predpiše tudi tem bolnikom za zdravljenje posebno hudih okužb, predvsem če je bilo standardno zdravljenje neuspešno ali odpornost bakterije opravičuje uporabo ciprofloksacina.