Ин витро резистентност към моксифлаксацин се развива постепенно чрез точкови мутации в двете тип II топоизомерази, ДНК гираза и топоизомераза IV.
Drugi mehanizmi odpornosti, npr. ovire prepustnosti (pogosto pri Pseudomonas aeruginosa) in mehanizmi prehoda, lahko vplivajo na občutljivost za moksifloksacin.