Моксидектинът взаимодейства с гамааминбутириновата киселина (GABA) и завършващите с глутамати хлоридни връзки.
Selektivno se veže na klorove ionske kanale v živčnih in mišičnih celicah parazitov, kar poveča prepustnost celične membrane prizadetih celic za klorove ione.