Нежеланите лекарствени реакции, които са възниквали по- често при бозентан, отколкото при плацебо (≥ 3% от приемащите бозентан пациенти, с ≥ 2% разлика), са били главоболие (15, 8% срещу 12, 8%), зачервяване (6, 6% срещу 1, 7%), абнормна чернодробна функция (5, 9% срещу 2, 1%), оток на краката (4, 7% срещу,. 4%) и анемия (3, 4% срещу 1, 0%), като всички са били дозозависими.
Neželeni učinki zdravila, ki so se pojavili bolj pogosto pri bosentanu kot pri placebu (≥ 3% bolnikov, ki so prejemali bosentan, z razliko ≥ 2%), so bili glavobol (15, 8% proti 12, 8%), rdečica obraza (6, 6% proti 1, 7%), moteno delovanje jeter (5, 9% proti 2, 1%), otekanje spodnjih okončin (4, 7% proti 1, 4%) in anemija (3, 4% proti 1, 0%), pri čemer so bili vsi neželeni učinki odvisni od odmerka.