Метаболизмът на апрепитант се осъществява основно чрез окисляване на морфолиновия пръстен и неговите странични вериги, като получените метаболити са слабо активни.
Presnova aprepitanta poteka večinoma z oksidacijo na morfolinskem obroču in na njegovih stranskih verigah; aktivnost tako nastalih presnovkov je šibka.