Тъй като употребата на концентрати на фактор IX комплекс досега винаги е била асоциирана с развитие на тромбоемболични усложнения, като рискът е по- голям при препаратите с ниска чистота, прилагането на продукти, съдържащи фактор IX, може да е потенциално вредно при пациенти с признаци на фибринолиза и такива с дисеминирана интраваскуларна коагулация (ДИК).
Ker so uporabo kompleksnih koncentratov faktorja IX v preteklosti povezovali z razvojem tromboemboličnih zapletov, z višjim tveganjem pri manj prečiščenih zdravilih, je lahko uporaba zdravil, ki vsebujejo faktor IX, potencialno tvegana pri bolnikih z znaki fibrinolize ter pri bolnikih z diseminirano intravaskularno koagulacijo (DIK).