След перорално приложение агомелатин се метаболизира бързо главно от чернодробния CYP1A2; CYP2C9 и CYP2C19 изоензими участват, но играят малка роля в метаболизма.
Izoencima CYP2C9 in CYP2C19 prav tako sodelujeta, vendar v manjši meri.