МФК се метаболизира предимно чрез глюкуронил трансферазата до фенолов глюкуронид на МФК (МФКГ), който е фармакологично неактивен.
Mikofenolna kislina se večinoma presnovi z glukuronilno transferazo v fenolni glukuronid mikofenolne kisline (mikofenolglukuronid), ki pa ni farmakološko aktiven.