Чрез селективно свързване с 42 антитромбин, фондапаринукс потенцира (около 300 пъти) естествената неутрализация на фактор Xa от антитромбин.
S selektivno vezavo na antitrombin fondaparinuks ojača (približno 300- krat) naravno nevtralizacijo faktorja Xa z antitrombinom.