Не е вероятно съществуването на кръстосана резистентност между нелфинавир и инхибиторите на обратната транскриптаза поради участие на различни прицелни ензими.
Navzkrižna odpornost med nelfinavirjem in zaviralci reverzne transkriptaze je zaradi različnih tarčnih encimov malo verjetna.