Тъй като механизмът на взаимодействие на МАО- Ии и миртазапин е различен от този на МАО- Ии и SSRIs (селективни инхибитори на реабсорбцията на серотонина), малко вероятно е рискът от синдрома на серотонин да е толкова висок, колкото с други серотонинергични антидепресанти, като SSRIs.
Ker je mehanizem medsebojnega delovanja pri zaviralcih monoaminskih oksidaz (MAOIs) z mirtazapinom drugačen kot pri medsebojnem delovanju zaviralcev monoaminskih oksidaz (MAOIs) in selektivnih zaviralcev ponovnega privzema serotonina (SSRIs), je verjetnost serotoninskega sindrom enako visoka kot pri drugih serotonergičnih antidepresivih, kot so na primer selektivni zaviralci ponovnega privzema serotonina.