Основните ензими, ангажирани в метаболизма на хистамина, са HNMT (хистамин- N - метилтрансфераза) и DAO (диаминоксидаза).
Najpomembnejša encima, vključena v presnavljanje histamina, sta HNMT (histamin- N- metiltransferaza in DAO (diamin oksidaza).