При клинични проучвания най- честите нежелани реакции, водещи до прекратяване на лечението с ентакапон, са стомашно- чревните симптоми (напр. диария, 2, 5%) и повишените допаминергични нежелани реакции, предизвикани от леводопа (напр. дискинезия, 1, 7%).
V kliničnih študijah so bili najpogostejši neželeni učinki, ki so povzročili prekinitev zdravljenja z entakaponom, simptomi s strani prebavil (na primer diareja v 2, 5%) in zvečani dopaminergični neželeni učinki levodope (na primer diskinezije v 1, 7%).