Нежелани лекарствени реакции, за които изследователя приема, че са свързани с лекарството, са наблюдавани при близо 4% от пациентите лекувани с 40 mg апрепитант, в сравнение с близо 6% от пациентите лекувани с 4 mg ондансетрон интравенозно.
O neželenih učinkih, ki so jih raziskovalci ocenili kot povezane z zdravilom, so poročali pri približno 4% bolnikov, ki so se zdravili z aprepitantom v odmerku 40 mg in pri približno 6% bolnikov, ki so se zdravili z ondansetronom v odmerku 4 mg intravensko.