еш при най- малко 1% от пациентите на фондапаринукс) са били предсърдно мъждене, пирексия, гръдна болка, главоболие, камерна тахикардия, повръщане и хипотония.
pro povezani s krvavitvami (poročila pri najmanj 1% oseb, ki so prejemale fondaparinuks): glavobol, bolečina v prsih in atrijska fibrilacija.