Както и при другите антибиотици с широк спектър на действие, продължителната употреба на cefuroxime axetil може да предизвика суперинфекция с резистентни щамове (напр. candida, enterococci и clostridium difficile), което може да наложи прекъсване на лечението.
Kot velja tudi za druge antibiotike širokega spektra, lahko dolgotrajna uporaba aksetilcefuroksimata povzroči prekomerno rast neobčutljivih organizmov (npr. kandide, enterokokov in clostridium diffficile, pri katerih je včasih potrebno zdravljenje prekiniti).