Зонизамид се метаболизира основно чрез редуктивно разцепване на бензизоксазоловия пръстен на изходното лекарство от CYP3A4, за да се образува 2- сулфамоилацетилфенол (SMAP) и също чрез N- ацетилиране.
Zonisamid se v osnovi presnavlja prek reduktivne cepitve obroča benzisoksazola izvornaga zdravila z CYO3A4, ki tvori 2- sulfamoilacetilfenol (SMAP – “ 2- sulphamoylacetylphenol ”), pa tudi z N - acetilacijo.