Както с другите антибактериални средства, продължителната употреба на ретапамулин може да доведе до свръхрастеж на нечувствителни микроорганизми, включително гъби.
Kot druga protibakterijska zdravila lahko tudi retapamulin pri dolgotrajni uporabi povzroči prekomerno rast neobčutljivih mikroorganizmov, vključno z glivami.