Профилактично са третирани с микафунгин пациенти, подложени на трансплантация на хемопоетични стволови клетки (HSCT), при които е имало висок риск от гъбични инфекции.
Bolniki, ki so prejemali mikafungin za preprečevanje glivičnih okužb, so bili bolniki po presaditvi hematopoetskih matičnih celic pri katerih je bilo tveganje za glivične okužbe veliko.