За разлика от системно приложения цитарабин, който се метаболизира бързо до ara- U, превръщането в ara- U в ликвора е незначително след интратекално приложение поради значително по- ниската активност на цитидин деаминазата в тъканите на централната нервна система и в ликвора.
V primerjavi s sistemsko danim citarabinom, ki se hitro presnovi v ara- U, je pretvorba v ara- U v cerebrospinalni tekočini po intratekalnem odmerjanju zanemarljiva zaradi značilno manjše aktivnosti citidin deaminaze v tkivih osrednjega živčevja in cerebrospinalni tekočini.