Въпреки че сиролимус инхибира човешкия чернодробен микрозомален цитохром P450 CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, и CYP3A4/ 5 in vitro, не се очаква активното вещество да инхибира действието на тези изоензими in vivo, тъй като концентрациите на сиролимус, необходими да се осъществи инхибиране, са много по- високи от наблюдаваните при пациенти, получаващи терапевтични дози Rapamune.
V in vitro poskusih sirolimus zavira humani jetrni mikrosomski citokrom P450 CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 in CYP3A4/ 5, vendar ni pričakovati, da bi zaviral aktivnost teh encimov tudi in vivo, saj so koncentracije sirolimusa, ki so potrebne za inhibicijo, mnogo višje od tistih, ki jih izmerijo pri bolnikih, ki jemljejo terapevtske odmerke zdravila Rapamune.