Механизми на резистентност, които инактивират други антибиотици, като пропускливост на бариерите (често при Pseudomonas aeruginosa) и механизми на ефлукс, могат да променят чувствителността към ципрофлоксацин.
204 pregrade (običajno pri Pseudomonas aeruginosa) in membranske črpalke lahko vplivajo na občutljivost za ciprofloksacin.