Преминаването през кръвно- мозъчната бариера на анидулафунгин е било ограничено при здрави плъхове; въпреки това при зайци с дисеминирана кандидиаза анидулафунгин е показал, че преминава кръвно- мозъчната бариера и намалява гъбичките в мозъка.
Prehajanje anidulafungina skozi krvno- možgansko pregrado je bilo pri zdravih podganah omejeno, toda pri kuncih z diseminirano kandidozo je bilo dokazano, da anidulafungin prehaja skozi krvno- možgansko pregrado in zmanjša glivično breme v možganih.