При клинични проучвания при пациенти, лекувани с пеметрексед, нечесто са докладвани случаи на колит (включително кървене от червата и ректума, понякога фатална чревна перфорация, чревна некроза и тифлит).
V kliničnih preskušanjih so pri bolnikih, ki so jih zdravili s pemetreksedom, občasno poročali o primerih kolitisa (vključno s črevesnimi krvavitvami in krvavitvami iz danke, ki so bile včasih usodne, črevesnimi perforacijami, črevesno nekrozo in vnetjem slepega črevesa).