Както всички други NRTI Combivir може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Combivir по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти в клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Tako kot drugi zaviralci nukleozidne reverzne transkriptaze lahko tudi zdravilo zdravilo Combivir povzroči laktoacidozo (kopičenje mlečne kisline v telesu), pri dojenčkih mater, ki so med nosečnostjo jemale zdravilo Combivir, pa mitohondrijsko disfunkcijo (poškodbo komponent za proizvajanje energije v celicah, kar se lahko odraža v težavah s krvjo).