Най- често докладваните нежелани събития в UA/ NSTEMI клиничното изпитване от фаза III (докладвани при най- малко 1% от пациентите на фондапаринукс) са били главоболие, гръдна болка и предсърдно мъждене.
V študiji III. faze pri bolnikih s STEMI so najpogosteje poročali o naslednjih neželenih učinkih, ki niso bili povezani s krvavitvami (poročila pri najmanj 1% oseb, ki so prejemale fondaparinuks): atrijska fibrilacija, zvišana telesna temperatura, bolečina v prsih, glavobol, ventrikularna tahikardija, bruhanje in hipotenzija.