Резистентност към флуороквинолоните се изгражда чрез хромозомна мутация, възникваща по три механизма: намаляване пермеабилитета на бактериалната клетъчна стена, експресия на ефлукс - помпа, или мутация на ензимите, отговорни за изграждането на молекулите.
Do rezistence na fluorkinolone pride zaradi treh mehanizmov, ki sodelujejo pri mutaciji kromosomov: zmanjšanje prepustnosti bakterijske stene, delovanja efflux črpalke in pa mutacije encima odgovornega za vezavo molekul.