Най- честите нежелани реакции при Rapamune (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са инфекция на пикочните пътища (инфекция на частите от тялото, които отвеждат урината), тромбоцитопения (понижен общ брой на тромбоцитите), анемия (понижен общ брой на червените кръвни клетки), хипокалемия (ниски нива на калий в кръвта), хипофосфатемия (ниски нива на фосфати в кръвта), хиперхолестеролемия (високи нива на холестерол в кръвта), хипергликемия (високи нива на кръвната захар), хипертриглицеридемия (високи нива на триглицеридите, вид мазнини, в кръвта), главоболие, лимфоцеле (събиране на течност около бъбрека), хипертония (високо кръвно налягане), абдоминална (коремна) болка, диария, запек, повдигане (позиви за повръщане), акне (пъпки), артралгия (болки в ставите), периферен оток (подуване, обичайно на краката), пирексия (повишена температура), болка, повишени кръвни нива на лактат дехидрогеназа (маркер за разграждане на тъкани) и повишени кръвни нива на креатинин (маркер за бъбречни проблеми).
Najpogostejši neželeni učinki zdravila Rapamune (opaženi pri več kot 1 bolniku od 10) so bili okužba senčil (okužba delov telesa, ki prevajajo urin), trombocitopenija (zmanjšano število krvnih ploščic), anemija (zmanjšano število rdečih celic), hipokaliemija (nizka raven kalija v krvi), hipofosfatemija (nizka raven fosfata v krvi), hiperholesterolemija (visoka raven holesterola v krvi), hiperglikemija (visoka raven sladkorja v krvi), hipertrigliceridemija (visoka raven trigliceridov— vrste maščob— v krvi), limfokela (zbiranje tekočine okoli ledvice), abdominalna (trebušna) bolečina, driska, akne (mozolji), artralgija (bolečine v sklepih), periferni edemi (otekanje, običajno v nogah), zvišana raven laktatne dehidrogenaze v krvi (označevalec razkroja tkiv) in povečane vrednosti kreatinina v krvi (označevalec težav z ledvicami).