Моксифлоксацин е субстрат, който трудно преминава чрез механизмите за активно навлизане при Грам- положителните микроорганизми.
Odpornost proti moksifloksacinu in vitro je pridobljena postopoma in sicer s tarčnimi mutacijami v obeh tipih topoizomeraz II, girazi DNK in topoizomerazi IV.