За лицата, които получават Cubicin, нежеланите лекарствени реакции, които са най- често съобщавани по време на лечението и периода на проследяване са: главоболие, гадене, повръщане, диария, гъбични инфекции, обрив, реакции на мястото на инфузията, повишаване на стойностите на креатин фосфокиназа (CPK) и нарушени стойности на чернодробните ензими; Аланин аминотрансфераза (ALT), Аспартат аминотрансфераза (AST), Алкална фосфатаза.
Pri osebah, ki so prejemale Cubicin, so bili neželeni učinki, o katerih so najbolj pogosto poročali med terapijo in na kontrolah sledeči: glavobol, slabost, bruhanje, driska, glivične okužbe, izpuščaji, reakcija na mestu infundiranja, povečana kreatin- fosfokinaza (CPK) in nenormalne vrednosti jetrnih encimov: alanin aminotransferaze (ALT), aspartat aminotransferaze (AST) in alkalne fosfataze.