Кръстосана резистентност между ампренавир и инхибиторите на обратната транскриптаза е малко вероятно да се появи, тъй като мишените на ензимите са различни.
Malo je verjetno, da bi se med amprenavirjem in zaviralci reverzne transkriptaze pojavila navzkrižna rezistenca, saj so njihovi tarčni encimi različni.