Тъй като трабектедин се метаболизира главно от CYP3A4, едновременното прилагане на вещества, които подтискат този изоензим, напр. кетоконазол, флуконазол, ритонавир или кларитромицин, биха могли да понижат метаболизма и да повишат концентрацията на трабектедин.
Ker trabektedin presnavlja predvsem CYP3A4, lahko hkratno dajanje učinkovin, ki zavirajo ta izoencim, npr. ketokonazol, flukonazol ritonavir ali klaritromicin zmanjša presnovo in poveča koncentracijo trabektedina.