Бактерицидното действие на моксифлоксацин е резултат от инхибиране на двете тип II топоизомерази ДНК гираза и топоизомераза IV, необходими за бактериалната репликация, транскрипция и възстановяване.
Moksifloksacin deluje baktericidno tako, da zavira oba tipa topoizomeraz II (girazo DNK in topoizomerazo IV), ki sta potrebni pri podvajanju, prepisovanju in obnavljanju bakterijske DNK.