Der blev vedtaget to tillægs - og ændringsbudgetter i 2000, det første på mødet i oktober og det andet i december, hovedsagelig for at tage hensyn til oprettelsen af en særlig reserve til finansiering af agenturets aktiviteter vedrørende lægemidler til sjældne sygdomme, videreførelsen af Det Paneuropæiske Kontrolforum for Lægemidler (PERF) og antallet af gebyrrelaterede aktiviteter, der var højere end forventet.
Nel 2000 è risultato necessario adottare due bilanci suppletivi e rettificativi, il primo in occasione della riunione di ottobre e il secondo a dicembre per tenere conto, in particolare, della creazione di una riserva speciale per finanziare le attività dell’ Agenzia riguardanti i medicinali orfani, la prosecuzione del Forum di regolamentazione paneuropeo (PERF) nonché un livello più alto del previsto di entrate dalla riscossione dei diritti.