Som med alle andre NRTI' er kan Ziagen også forårsage mælkesyreacidose (en ophobning af mælkesyre i kroppen) og mitokondriel dysfunktion (beskadigelse af de energiproducerende cellebestanddele med blodproblemer til følge) hos nyfødte børn, hvis mødre har taget Ziagen under graviditeten.
Come tutti gli altri NRTI, Ziagen può causare anche una condizione chiamata acidosi lattica (accumulo di acido lattico nell’ organismo) e, nei neonati di madri trattate con Ziagen in gravidanza, disfunzione mitocondriale