Anidulafungin hæmmer selektivt 1, 3- β- D- glucan- syntase, et enzym, der findes i svamp, men ikke i pattedyrceller.
Anidulafungina inibisce in modo selettivo la beta (1,3)-D-glucano-sintasi, un enzima presente nelle cellule dei funghi, ma non dei mammiferi.