Som andre lægemidler, der indeholder NRTI' er, kan Atripla også forårsage mælkesyreacidose (en ophobning af mælkesyre i kroppen).
Come per altri farmaci anti-HIV, i pazienti trattati con Atripla possono essere esposti ad un maggiore rischio di lipodistrofia (modifiche nella distribuzione del grasso corporeo), osteonecrosi (morte del tessuto osseo) o di sindrome da riattivazione immunitaria (sintomi di infezione causati dal recupero del sistema immunitario).