Indinavir bindes reversibelt til det proteaseaktive site, hæmmer kompetitivt enzymet og forebygger derved den spaltning af det virale precursor polyprotein, som sker under modning af det nydannede, virale partikel.
Indinavir si lega reversibilmente al sito attivo della proteasi e inibisce con meccanismo competitivo l’ enzima, prevenendo in questo modo il clivaggio del precursore virale poliproteico che si verifica durante la maturazione della particella virale neoformata.