Emtricitabin- resistente virus var krydsresistente over for lamivudin, men beholdt følsomhed over for andre nukleosid reverse transkriptasehæmmere (Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors, NRTIs) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanosin og zalcitabin), alle non- nukleoside reverse transkriptasehæmmere (Non- Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors, NNRTIs) og alle proteasehæmmere (Protease Inhibitors, PIs).
I virus resistenti a emtricitabina hanno presentato resistenza crociata a lamivudina, ma hanno conservato la sensibilità ad altri inibitori nucleosidici della transcrittasi inversa (NRTI) (zidovudina, stavudina, tenofovir, abacavir, didanosina e zalcitabina), a tutti gli inibitori non nucleosidici della transcrittasi inversa (NNRTI) e a tutti gli inibitori della proteasi (PI).