Cisaprid metaboliseres hovedsageligt gennem cytochrom P450 3A4; det metaboliseres hovedsageligt ved oxidativ N- dealkylering og aromatisk hydroxylering.
Il principale processo metabolico della cisapride si esplica attraverso il sistema enzimatico P450 CYP3A4; cisapride è ampiamente metabolizzata attraverso la N-dealchilazione ossidativa e l' idrossilazione aromatica.