Mængden af anidulafungin, der passerer blod- hjernebarrieren, er begrænset hos raske rotter, hvorimod det er vist, at anidulafungin kan passere blod- hjernebarrieren og reducere svampemængden i hjernen hos kaniner med dissemineret candidiasis.
Il passaggio di anidulafungina attraverso la barriera emato-encefalica è stato limitato nei ratti sani; tuttavia, nei conigli con candidiasi disseminata è stato osservato che anidulafungina ha attraversato la la barriera emato-encefalica ed ha ridotto la carica fungina nel cervello.