Hos begge arter kan difloxacin konjugeres (glucuronideres eller sulfateres), demetyleres til sarafloxacin eller oxideres til N- oxid- difloxacin.
In entrambe le specie la difloxacina può essere coniugata (come glucoronidato o solfato), demetilata in sarafloxacina oppure ossidata in N-ossido-difloxacina.