Udpegede lægemidler til sjældne sygdomme er berettiget til nedsættelse af de gebyrer, EMEA opkræver, når ansøgningerne vedrører protokolbistand, markedsføringstilladelse eller andre forskriftsmæssige foranstaltninger.
In caso di domanda di assistenza all’ elaborazione del protocollo, all' autorizzazione all’ immissione in commercio o altre attività regolatorie i medicinali qualificati orfani possono godere di riduzioni dei diritti da riconoscere all’ EMEA.