Mange af de protease- aminosyresubstitutioner, som er fundet at være associeret med resistens over for ritonavir og saquinavir, er også forbundet med resistens over for indinavir.
A ritonavirral és a szakvinavirral szembeni rezisztenciával összefüggésbe hozott proteáz aminosav- szubsztitúciók közül sok az indinavirral szembeni rezisztenciával is összefüggött.