Hos patienter med epilepsi eller andre beskadigelser af centralnervesystemet (f. eks. nedsat krampetærskel, tidligere anfald, nedsat cerebral blodgennemstrømning, forandringer i hjernestrukturen eller slagtilfælde), må ciprofloxacin kun anvendes efter nøje afvejning af fordelene i forhold til risikoen, da muligheden for bivirkninger, der stammer fra centralnervesystemet medfører øget risiko for disse patienter.
Epilepsziás betegeknél vagy a központi idegrendszer egyéb léziói esetén (pl. csökkent görcsküszöb, anamnézisben szereplő epilepsziás roham, csökkent agyi véráramlás, az agy struktúrális elváltozásai vagy stroke) a ciprofloxacin csak az előnyök és a kockázatok gondos mérlegelését követően alkalmazható, mivel a központi idegrendszeri mellékhatások lehetősége ezeket a betegeket fokozott kockázatnak teszi ki.