I fase III- undersøgelsen for UA/ NSTEMI var de hyppigst rapporterede bivirkninger udover blødning (der blev rapporteret hos mindst 1% af alle patienter, som fik fondaparinux) hovedpine, brystsmerter og atrieflimren.
A 3. fázisú UA/ NSTEMI vizsgálatban a leggyakrabban jelentett (a fondraparinuxszal kezeltek legalább 1% - ánál jelentkező) nem- vérzéses nemkívánatos események a következők voltak: fejfájás, mellkasi fájdalom és pitvarfibrilláció.