Mængden af anidulafungin, der passerer blod- hjernebarrieren, er begrænset hos raske rotter, hvorimod det er vist, at anidulafungin kan passere blod- hjernebarrieren og reducere svampemængden i hjernen hos kaniner med dissemineret candidiasis.
Az anidulafunginnak a vér- agy gáton való átjutása egészséges patkányoknál mérsékelt volt; jóllehet, disszeminált candidiasisban szenvedő nyulaknál igazolták, hogy az anidulafungin átjut a vér- agy gáton, és csökkenti az agyban lévő gomba mennyiségét.