Cidofovir er kontraindiceret til patienter, der ikke kan behandles med probenecid pga. klinisk signifikant overfølsomhed overfor det aktive stof eller overfor andre sulfapræparater.
A cidofovir alkalmazása ellenjavallt azoknál a betegeknél, akik nem kaphatnak probenecidet a gyógyszerrel, hatóanyagával vagy egyéb szulfonamidokkal szembeni jelentős túlérzékenységük miatt.