Etanercept kan også modulere biologiske reaktioner, som kontrolleres af yderligere downstream- molekyler (f. eks. cytokiner, adhesionsmolekyler eller proteinaser), som forårsages eller reguleres af TNF.
Az etanercept számos olyan molekula (pl. cytokinek, adhéziós molekulák, proteázok) biológiai hatását is befolyásolhatja, amelyeket a TNF indukál vagy regulál.