Ligesom med andre lægemidler mod hiv kan der ved brug af Ziagen være risiko for, at patienterne får lipodystrofi (forandringer i fordelingen af kropsfedt), knoglenekrose (knoglevævsdød) eller immunreaktiveringssyndrom (symptomer på infektion, der skyldes, at immunsystemet genvinder sin funktion).
Mint más HIV- ellenes gyógyszerek esetén, a Ziagen- t szedő betegeknél több elváltozás kockázata nagyobb: lipodisztrófia (a testzsír eloszlási zavara), oszteonekrózis (csontszövet elhalása) illetve immun- reaktivációs szindróma (fertőzéses tünetek, melyeket a gyógyuló immunrendszer okoz).