I lighed med andre antibakterielle produkter kan længere tids anvendelse af retapamulin resultere i vækst af ikke- følsomme mikroorganismer, inklusive svampe.
Mint minden egyéb antibakteriális szer esetében, a retapamulin hosszabb idejű alkalmazása rezisztens mikroorganizmusok, többek között gombák elszaporodásához vezethet.