Ligesom med andre lægemidler mod HIV kan der ved brug af Intelence være risiko for, at patienterne får lipodystrofi (forandringer i fordelingen af kropsfedt), knoglenekrose (knoglevævsdød) eller immunreaktiveringssyndrom (symptomer på infektion, der skyldes, at immunsystemet genvinder sin funktion).
Hasonlóan más HIV- ellenes gyógyszerek szedéséhez, az Intelence szedése is kiteheti a betegeket a lipodisztrófia (a test zsírszövet- eloszlásának átrendeződése), az oszteonekrózis (csontszövet- elhalás) vagy az immunreaktivációs szindróma (a gyógyuló immunrendszer által okozott fertőzés tünetei) kockázatának.