I modsætning til systemisk administreret cytarabin, som hurtigt metaboliseres til ara- U, er omdannelsen til ara- U i cerebrospinalvæsken ubetydelig efter intratekal indgift p. g. a. den signifikant lavere cytidin - deaminaseaktivitet i CNS- væv og cerebrospinalvæske.
A szisztémásan adott citarabinnal ellentétben, amely a plazmában gyorsan ara- U- vá alakul át, intrathecalis beadás után a cerebrospinális folyadékban a citarabin ara- U átalakulás elhanyagolható, mert a központi idegrendszer szöveteiben és a cerebrospinális folyadékban lényegesen alacsonyabb az átalakulásért felelős cytidin- deamináz enzimaktivitás.