Anidulafungin hæmmer selektivt 1, 3- β- D- glucan- syntase, et enzym, der findes i svamp, men ikke i pattedyrceller.
Az anidulafungin szelektíven gátolja az 1, 3- β- D glukán szintetázt, egy, a gombákban meglévő enzimet, amely azonban az emlőssejtekben nem található meg.