Som med alle andre NRTI' er kan Ziagen også forårsage mælkesyreacidose (en ophobning af mælkesyre i kroppen) og mitokondriel dysfunktion (beskadigelse af de energiproducerende cellebestanddele med blodproblemer til følge) hos nyfødte børn, hvis mødre har taget Ziagen under graviditeten.
Mint minden NRTI, a Ziagen is okozhat tejsav - acidózist (tejsav felhalmozódása a szervezetben), valamint a terhesség alatt Ziagen- t szedő anyák gyermekeinél mitokondriális működési zavart (a sejtek energiatermelő alkotórészeinek károsodása, amely problémákat okozhat a vérben).