De mest almindelige bivirkninger ved Rapamune (som ses hos flere end 1 ud af 10 patienter) er urinvejsinfektion, trombocytopeni (lavt antal blodplader), anæmi (for få røde blodlegemer, lavt kaliumindhold i blodet, lavt fosfatniveau i blodet, forhøjet kolesterolindhold i blodet, forhøjet blodsukker, forhøjet fedtindhold i blodet, hovedpine, væskeansamling omkring nyren, hypertension (forhøjet blodtryk), mavesmerter, diarré, forstoppelse, kvalme, akne, ledsmerter, hævelser (som regel i benet), feber, smerter, forhøjede niveauer i blodet af en markør for vævsnedbrydelse (laktatdehydrogenase) og forøgede blodkreatininniveauer (en markør for nyreproblemer).
A Rapamune alkalmazása során előforduló leggyakoribb mellékhatások (10 betegből több mint 1- nél fordult elő): a húgyúti fertőzések (a vizeletszállító struktúrák fertőzése), trombocitopénia (alacsony trombocitaszám), anémia (alacsony vörösvérsejtszám), hipokalémia (a vér alacsony káliumszintje), hipofoszfatémia (a vér alacsony foszfátszintje), hiperkoleszterolémia (magas vérkoleszterinszint) hiperglikémia (magas vércukorszint), hipertrigliceridiémia (a vér magas triglicerid – a zsír egy típusa - szintje), fejfájás, lymphocele (folyadékgyülem a vese körül), hipertónia (magas vérnyomás), hasfájás, hasmenés, székrekedés, hányinger (émelygés), akne (foltok), ízületi fájdalom, perifériás ödéma (duzzanat rendszerint a lábakon), pirexia (láz), fájdalom, emelkedett szérum laktát- dehidrogenáz szint (a szövetek lebomlását jelző anyag) és emelkedett kreatininszint (a veseproblémák egyik jele).