Den fuldstændige liste over de indberettede bivirkninger for Pegasys fremgår af ind - lægssedlen.
A Pegasys leggyakoribb (10 betegből 1- nél több esetében előforduló) mellékhatásai az étvágytalanság, a fejfájás, az álmatlanság, az ingerlékenység, a depresszió, a szédülés, az émelygés (rosszullét), a hasmenés, a hasi fájdalom, a hajhullás, a viszketés, az izomfájdalom, az ízületi fájdalom, a fáradtság, a láz, a hidegrázás, az injekció helyén kialakuló reakciók és a fájdalom.