Fondaparinux er kontraindiceret ved svært nedsat nyrefunktion (kreatininclearance < 30 ml/ min) og bør anvendes med forsigtighed til patienter med moderat nedsat nyrefunktion (kreatininclearance 30 - 50 ml/ min).
A fondaparinux ellenjavallt súlyos vesekárosodásban (kreatinin clearance < 30 ml/ perc), és fokozott óvatosságot igényel mérsékelt (kreatinin- clearance 30- 50 ml/ perc) vesekárosodásban szenvedő betegek esetén.