Ciprofloxacin kan dog i meget sjældne tilfælde ordineres til behandling af visse alvorlige infektioner efter mikrobiologisk dokumentation af den kausale organisme og en vurdering af risici og fordele.
Csont - és izomrendszer Azon betegek esetében, akiknek anamnézisében kinolon kezelés következtében létrejövő ínbetegség szerepel, a ciprofloxacin általában nem alkalmazható.