Zonisamid metaboliseres primært af CYP3A4 via en reduktiv spaltning af benzisoxazolringen i moderstoffet, så der dannes 2- sulphamoylacetylphenol (SMAP) samt også ved N- acetylering.
A zoniszamid metabolizációja elsősorban az anyavegyület benzizoxazol- gyűrűjének reduktív hasítása útján történik, amelyet a CYP3A4 idéz elő 2- szulfamoil- acetil- fenol (SMAP) képződése közben, valamint N- acetiláció útján.