Alle disse fluoroquinoloner, herunder pradofloxacin, dræber bakterierne ved at interagere med nogle af de enzymer i bakterierne, der er ansvarlige for vigtige DNA- funktioner.
E fluorkinolonok mindegyike – köztük a pradofloxacin is – úgy pusztítja el a baktériumokat, hogy kölcsönhatásba lép a baktériumok bizonyos, a főbb DNS- funkciókért felelős enzimjeivel.