Mønstret for aminosyresubstitutioner i RT, der er forbundet med resistens over for efavirenz, var uafhængigt af de andre antivirale medikamenter, der anvendtes i kombination med efavirenz.
A RT 98- as, 100- as, 101- es, 108- as, 138- as, 188- as, 190- es vagy 225- ös pozícióiban bekövetkezett szubsztitúciókat szintén megfigyeltek, de csekélyebb gyakorisággal, és gyakran csak a K103N- nel kombináltan.