Nogle systemiske bivirkninger, herunder hovedpine (3, 7%), influenzalignende symptomer (1, 1%) og myalgi (1, 5%), blev også indberettet.
Néhány alapvizsgálatban, amelyben a szert hetente háromszor adták, a leggyakrabban jelentkező mellékhatások az imikimod kezeléshez igazoltan vagy nagy valószínűséggel kapcsolódó helyi reakciók voltak a kezelt szemölcs területén (az imikimoddal kezelt betegek 33, 7% - ában) Néhány szisztémás mellékhatásról, fejfájásról (3, 7%), influenza- szerű tünetekről (1, 1%) és myalgiáról (1, 5%) is beszámoltak.