Ud over hydrolyse elimineres topotecan overvejende renalt som en mindre komponent, der metaboliseres til N- desmetylmetabolit (SB- 209780) og er fundet i plasma, urin og fæces.
A hidrolízis mellett a topotekán főként renális úton ürül, kisebb részben N- dezmetil metabolit (SB- 209780) formájában, amely kimutatható a plazmában, a vizeletben és a székletben.