Eliminationen foregår renalt ved udskillelse af metabolitter, heraf 89% som sulfat - og glukoronidkonjugater af 6- hydroxymelatonin og 2% som melatonin (uomdannet stof).
89% - ban mint 6- hidroxi- melatonin szulfát - vagy 6- hidroxi- melatonin glükuronid - konjugátum, és 2% - ban mint melatonin (változatlan formában).