De mest almindelige bivirkninger ved Cubicin (som ses hos flere end 1 ud af 10 patienter) er vampeinfektioner (skimmelsvamp og gær), hovedpine, kvalme, opkastninger, diarré forårsaget af svampe (hovedpine, kvalme eller opkastning, diarre, udslæt, reaktioner på infusionsstedet, unormale leverprøver og forhøjede blodkoncentrationer af et enzym kaldet CPK (som er en markør for muskelskader.
A Cubicin- kezelés leggyakoribb (10 betegből egynél több esetében észlelt) mellékhatásai: gombás fertőzések (penész - és élesztőgombák), fejfájás, rosszullét, hányás, hasmenés, kiütések, az infúzió helyén kialakuló reakciók, májtesztek rendellenes eredményei, valamint a CPK nevű enzim emelkedett szintje a vérben (izomkárosodás jele).