In vitro- resistens over for ciprofloxacin kan erhverves gennem en trinvis proces af mutationer på målstedet af både topoisomerase II, DNA gyrase og topoisomerase IV.
A ciprofloxacinnal szemben lépésenként kialakuló in vitro rezisztenciát a DNS- giráz és a topoizomeráz IV enzimen lévő támadáspontok mutációi okozhatják.