Resistens mod fluorokinoloner sker ved kromosomal mutation via tre mekanismer:
A fluoroquinolonokkal szemben fellépő bakteriális rezisztencia kromoszóma mutációk révén, három módon alakulhat ki: csökken a bakteriális sejtfal permeábilitása, aktiválódik a sejt efflux pumpa mechanizmusa, vagy mutálódnak a molekula kötődéséért felelős enzimek.