Lig et antal andre quinoloner er ciprofloxacin fototoksisk hos dyr eksponeret for koncentrationer relevant for mennesker.
A ciprofloxacin a mutagenitási vizsgálatok során nem mutatott mutagén hatást, ugyanakkor, mint számos kinolon, a ciprofloxacin az emberi értékeknek megfelelő expozíció esetében az állatokban fototoxikus.