Indinavir bindes reversibelt til det proteaseaktive site, hæmmer kompetitivt enzymet og forebygger derved den spaltning af det virale precursor polyprotein, som sker under modning af det nydannede, virale partikel.
Az indinavir reverzibilisen kötődik a proteáz aktív kötőhelyéhez, és kompetitív módon gátolja az enzimet, ezáltal megakadályozza a vírus prekurzor poliproteinjeinek az újonnan képződött vírusrészecske érése során bekövetkező hasadását.