Samtidig brug af indinavir og nukleosidanaloger (over for hvilke patienten er naiv) kan mindske risikoen for udvikling af resistens over for både indinavir og nukleosidanaloger.
Ha az indinavirt (a betegnél korábban még nem használt) nukleozid- analógokkal együtt alkalmazzák, az csökkentheti a kockázatát mind az indinavirral, mind a nukleozid- analógokkal szembeni rezisztencia kialakulásának.