Difloxacin virker ved at blokere et enzym kaldet "DNA- gyrase", som spiller en vigtig rolle for, at bakterier kan lave kopier af deres eget DNA.
A difloxacin azáltal fejti ki a hatását, hogy gátolja a „ DNS- giráz ” nevű enzim működését, amely fontos ahhoz, hogy a baktériumok le tudják másolni a DNS- üket.