Emtricitabin- resistente virus var krydsresistente over for lamivudin, men beholdt følsomhed over for andre nukleosid reverse transkriptasehæmmere (Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors, NRTIs) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanosin og zalcitabin), alle non- nukleoside reverse transkriptasehæmmere (Non- Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors, NNRTIs) og alle proteasehæmmere (Protease Inhibitors, PIs).
Az emtricitabinnal szemben ellenálló vírusok keresztrezisztensnek bizonyultak a lamivudinnal szemben, viszont érzékenyek maradtak más nukleozid reverz transzkriptáz inhibitorokkal (NRTI) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanozin és zalcitabin), illetve az összes nem- nukleozid reverz transzkriptáz inhibitorral (NNRTI) és proteáz inhibitorral (PI) szemben.