Cidofovir selekterede mutanter fik en mutation i DNA- polymerase- genet og var krydsresistente over for ganciclovir, men var modtagelige over for foscarnet.
Cidofovir- kezelés okozta DNS- polimeráz gén mutáció esetén ganciklovir- keresztrezisztencia lépett fel, de foszkarnet- kezelésre érzékeny maradt.