Hos begge arter kan difloxacin konjugeres (glucuronideres eller sulfateres), demetyleres til sarafloxacin eller oxideres til N- oxid- difloxacin.
A difloxacin mindkét faj esetében konjugálódik (glükoroniddá, vagy szulfáttá), dezmetilálódik sarafloxacinná, vagy oxidálódik N- oxid- difloxacinná.