Isoenzymerne CYP2C9 og CYP2C19 er også involveret, men kun i ringe grad.
A szájon át adott agomelatin gyorsan metabolizálódik, elsősorban a májban a CYP1A2- n keresztül; a CYP2C9 és CYP2C19izoenzimek is érintettek, de szerepük kisebb.