Ligesom med andre lægemidler mod hiv kan der ved brug af Atripla være en øget risiko for, at patienterne får lipodystrofi (forandringer i fordelingen af kropsfedt), knoglenekrose (knoglevævsdød) eller immunreaktiveringssyndrom (symptomer på infektion, der skyldes, at immunsystemet genvinder sin funktion).
Más HIV- ellenes gyógyszerekhez hasonlóan az Atripla- t szedő betegeknél is fokozódhat a lipodisztrófia (a testzsírállomány eloszlásának megváltozása), az oszteonekrózis (a csontszövet elhalása), illetve az immun reaktivációs szindróma (a gyógyuló immunrendszer által kiváltott fertőzéses tünetek) kialakulásának kockázata.