Som med alle andre non- nukleosid reverse transkriptasehæmmere (NNRTI´ere), forekommer der hurtigt resistent virus, når efavirenz administreres som monoterapi.
Comme avec les autres inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse (INNTI), des souches virales résistantes apparaissent rapidement lorsque l'éfavirenz est administré en monothérapie.