17 I fase III- undersøgelsen med STEMI- patienter var de hyppigst rapporterede bivirkninger udover blødning (der blev rapporteret hos mindst 1% af alle patienter, som fik fondaparinux), atrieflimren, feber, brystsmerter, hovedpine, ventrikulær takykardi, opkastning og hypotension.
Dans l’ étude de phase III réalisée chez les patients présentant un IDM ST+, les effets indésirables les plus fréquemment rapportés autres que les saignements (chez au moins 1% des patients traités par fondaparinux), ont été: fibrillation auriculaire, fièvre, douleur thoracique, céphalée, tachycardie ventriculaire, vomissement et hypotension.