I fase III- undersøgelsen for UA/ NSTEMI var de hyppigst rapporterede bivirkninger udover blødning (der blev rapporteret hos mindst 1% af alle patienter, som fik fondaparinux) hovedpine, brystsmerter og atrieflimren.
Dans l'étude de phase III réalisée chez les patients présentant un AI/ IDM ST-, les effets indésirables les plus fréquemment rapportés autres que les saignements (rapportés chez au moins 1% des sujets recevant le fondaparinux) ont été: céphalée, douleur thoracique et fibrillation auriculaire.