I kliniske studier har den mest almindelige bivirkning, der har ført til afbrydning af behandlingen med entakapon, været symptomer fra mave- tarmkanalen (f. eks. diarré 2, 5%) og øget dopaminerg bivirkning af levodopa (f. eks. dyskinesi 1, 7%).
Kliinilistes uuringutes kõige sagedasemateks reaktsioonideks, mis viisid entakapoon ravi katkestamisele olid seedetrakti sümptomid (nt diarröa, 2, 5%) ja tõusnud dopamiinergilised levodopa kõrvaltoimed (nt düskineesiad, 1, 7%).