De hyppigste bivirkninger ved Naglazyme, der kunne observeres i undersøgelserne, (som optræder hos flere end 1 ud af 10 patienter) var ørepine, dyspnø (åndedrætsbesvær), mavesmerter, almindelige smerter og reaktioner på infusionen (så som feber, kulderystelser, udslæt og nældefeber).
Uuringutes olid Naglazyme kõige sagedamad kõrvalnähud (esinenud enam kui ühel patsiendil kümnest) kõrvavalu, düspnoe (hingamisraskused), kõhuvalu, üldine valu ja reaktsioonid infusioonile (nagu palavik, külmavärinad, lööve ja nahapõletik).