Indinavir ændrede ikke type, frekvens eller sværhedsgrad af de vigtigste, kendte bivirkninger forbundet med anvendelse af zidovudin, didanosin eller lamivudin.
Indinaviir ei muutnud põhiliste teadaolevate zidovudiini, didanosiini või lamivudiini kasutamisega seotud kõrvaltoimete tüüpi, esinemissagedust ega raskust.