Emtricitabin- resistente virus var krydsresistente over for lamivudin, men beholdt følsomhed over for andre nukleosid reverse transkriptasehæmmere (Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors, NRTIs) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanosin og zalcitabin), alle non- nukleoside reverse transkriptasehæmmere (Non- Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors, NNRTIs) og alle proteasehæmmere (Protease Inhibitors, PIs).
8 Emtritsitabiini suhtes resistentsetel viirustel esineb ristuv resistentsus lamivudiinile, kuid säilub tundlikkus teiste nukleosiid- pöördtranskriptaasi inhibiitorite (zidovudiin, stavudiin, tenofoviir, abakaviir, didanosiin ja zaltsitabiin), kõigi mittenukleosiid- pöördtranskriptaasi inhibiitorite ja kõigi proteaasi inhibiitorite (PI) suhtes.