Anidulafungin virker fungicidt over for Candida, mens det for Aspergillus ’ vedkommende hæmmer væksten af hyphae.
On näidatud, et anidulafungiinil on fungitsiidne toime Candida pärmiseente vastu ja Aspergillus fumigatus’ e hüüfi piirkondade vastu, kus toimub raku aktiivne kasvamine.