Urinen kan blive misfarvet og blive farvet rødbrun af entakapon, men denne bivirkning er harmløs.
Teised põhilised kõrvaltoimed on gastrointestinaalsed sümtomid nagu iiveldus, oksendus, kõhuvalud, kõhukinnisus ja diarröa. Uriin võib värvuda punakas- pruuniks entakapooni toimel, kuid see on ohutu nähtus.