De hyppigste bivirkninger ved Herceptin (der ses hos mere end 1 ud af 10 patienter) er abdominale smerter (mavesmerter), asteni (svækkelse), brystsmerter, kulderystelser, feber, hovedpine, smerter, diarré, kvalme, opkastning, artralgi (ledsmerter), myalgi (muskelsmerter) og hududslæt.
Herceptini kõige sagedamad kõrvalnähud (esinenud enam kui ühel patsiendil kümnest) on kõhuvalu, asteenia (nõrkus), valu rindkeres, külmavärinad, palavik, peavalu, valu, kõhulahtisus, iiveldus, oksendamine, artralgia (liigesevalu), müalgia (lihasevalu) ja nahalööbed.