Mængden af anidulafungin, der passerer blod- hjernebarrieren, er begrænset hos raske rotter, hvorimod det er vist, at anidulafungin kan passere blod- hjernebarrieren og reducere svampemængden i hjernen hos kaniner med dissemineret candidiasis.
Tervetel rottidel oli anidulafungiini tungimine läbi hematoentsefaalbarjääri piiratud; samas näidati dissemineerunud kandidoosiga küülikutel, et anidulafungiin tungib läbi hematoentsefaalbarjääri ja vähendab seente hulka ajus.