Omhyggelig monitorering af terapeutiske virkninger og bivirkninger anbefales, når atovaquon administreres samtidigt med indinavir/ ritonavir.
Indinaviir ja ritonaviir inhibeerivad CYP3A4 ning selle tulemusena on oodata erütromütsiini ja itrakonasooli plasmakontsentratsiooni suurenemist.