Anidulafungin hæmmer selektivt 1, 3- β- D- glucan- syntase, et enzym, der findes i svamp, men ikke i pattedyrceller.
Anidulafungiin inhibeerib selektiivselt 1, 3- β- D- glükaani süntaasi – ensüümi, mida leidub seente, aga mitte imetajate rakkudes.