Ammonaps anvendes sideløbende med andre behandlinger og med en særlig diæt til langtidsbehandling af patienter, der lider af forstyrrelser i urinstofcyklus og mangler et eller flere af følgende enzymer: carbamylfosfat syntetase, ornithin transcarbamylase eller argininosuccinat syntetase.
Ammonapsi kasutatakse uurea tsükli häiretega patsientide pikaajalises ravis koos teiste meetodite ja eridieediga, kui patsiendil esineb ühe või enama ensüümi puudulikkus järgnevast loetelust: karbamüülfosfaadi süntetaas, ornitiintranskarbamülaas või arginiinsuktsinaadi süntetaas.