En anden mulighed for resistens over for β- lactam antibiotika kan være forbundet med kromosomale mutationer hos bakterierne, som resulterer enten i en ændring af de penicillinbindende proteiner (PBP) eller i en ændring af cellepermeabiliteten for β- lactamer.
Teist võimalikku resistentsuse mehhanismi β- laktaamantibiootikumide suhtes võib seostada bakterite kromosoommutatsioonidega, mis põhjustavad kas penitsilliini siduvate valkude (PBP) modifitseerumist või tsellulaarse permeaabelsuse muutust β- laktaamide suhtes.