De mest almindelige bivirkninger ved Rapamune (som ses hos flere end 1 ud af 10 patienter) er urinvejsinfektion, trombocytopeni (lavt antal blodplader), anæmi (for få røde blodlegemer, lavt kaliumindhold i blodet, lavt fosfatniveau i blodet, forhøjet kolesterolindhold i blodet, forhøjet blodsukker, forhøjet fedtindhold i blodet, hovedpine, væskeansamling omkring nyren, hypertension (forhøjet blodtryk), mavesmerter, diarré, forstoppelse, kvalme, akne, ledsmerter, hævelser (som regel i benet), feber, smerter, forhøjede niveauer i blodet af en markør for vævsnedbrydelse (laktatdehydrogenase) og forøgede blodkreatininniveauer (en markør for nyreproblemer).
Rapamune kõige sagedamad kõrvalnähud (täheldatud enam kui ühel patsiendil kümnest) on kuseteede nakkus, trombotsütopeenia (vereliistakute vähesus), aneemia (punaliblede vähesus), hüpokaleemia (madal kaaliumisisaldus veres), hüpofosfateemia (madal fosfaadisisaldus veres), hüperkolesteroleemia (kõrge kolesteroolisisaldus veres), hüperglükeemia (veresuhkru suur sisaldus), hüpertriglütserideemia (teatud rasvade, glütseriidide suur sisaldus veres), lümfotseele (vedeliku kogunemine neerude ümbrusesse), hüpertensioon (kõrge vererõhk), kõhuvalu, kõhulahtisus, kõhukinnisus, iiveldus, akne (vinnid), artralgia (liigesevalu), perifeerne ödeem (turse, tavaliselt jalgadel), püreksia (palavik), valu, vere laktaatdehüdrogenaasi sisalduse suurenemine (kudede lagunemise marker) ja vere kreatiinisisalduse suurenemine (neeruhäirete marker).