Eliminationen foregår renalt ved udskillelse af metabolitter, heraf 89% som sulfat - og glukoronidkonjugater af 6- hydroxymelatonin og 2% som melatonin (uomdannet stof).
Eliminatsioon toimub metaboliitide eritumisena neerude kaudu, 89% eritatakse 6- hüdroksümelatoniini sulfaat - ja glükuroniidkonjugaatidena ning 2% melatoniinina (muutumatul kujul).