De almindeligste bivirkninger ved CellCept givet i kombination med ciclosporin og kortikosteroider (som optræder hos flere end 1 ud af 10 patienter) er sepsis (blodforgiftning), candidiasis i mave - / tarmkanalen (en svampeinfektion), urinvejsinfektion, herpes simplex (en virusinfektion, der giver forkølelsessår), herpes zoster (en virusinfektion, der giver skoldkopper og helvedesild), leucopeni (nedsat antal hvide blodlegemer), trombocytopeni (nedsat antal blodplader), anæmi (blodmangel), opkast, mavesmerter, diarré og kvalme.
Kõige sagedamad kõrvalnähud, mis tekkisid CellCepti kasutamisel koos tsüklosporiini ja kortikosteroididega (esinenud enam kui ühel patsiendil kümnest), on sepsis (nakkusveresus), seedetrakti kandidoos (mao või soolte teatud seennakkus), kuseteede nakkus, herpes simplex (lihtohatis ehk ville tekitav viirusnakkus), herpes zoster (tuulerõugeid ja vöötohatist põhjustav viirusnakkus), leukopeenia (valgeliblede vähesus), trombotsütopeenia (vereliistakute vähesus), aneemia (punaliblede vähesus), oksendamine, kõhuvalu, kõhulahtisus ja iiveldus.