Cidofovir selekterede mutanter fik en mutation i DNA- polymerase- genet og var krydsresistente over for ganciclovir, men var modtagelige over for foscarnet.
Tsidofoviir- selektiivsetel mutantidel oli täheldatav mutatsioon DNA polümeraasgeenil ja ristresistentsus gantsükloviiri suhtes, kuid tundlikkus foskarneti suhtes.