Ud over hydrolyse elimineres topotecan overvejende renalt som en mindre komponent, der metaboliseres til N- desmetylmetabolit (SB- 209780) og er fundet i plasma, urin og fæces.
Peale hüdrolüüsi elimineerub topotekaan peamiselt neerude kaudu, 42 vähemal määral metaboliseerub N- desmetüülmetaboliidiks (SB- 209780), mida leidub plasmas, uriinis ja roojas.