De mest almindelige bivirkninger ved Cubicin (som ses hos flere end 1 ud af 10 patienter) er vampeinfektioner (skimmelsvamp og gær), hovedpine, kvalme, opkastninger, diarré forårsaget af svampe (hovedpine, kvalme eller opkastning, diarre, udslæt, reaktioner på infusionsstedet, unormale leverprøver og forhøjede blodkoncentrationer af et enzym kaldet CPK (som er en markør for muskelskader.
Cubicini kõige sagedamad kõrvalnähud (mida on esinenud rohkem kui ühel patsiendil kümnest) on seeninfektsioonid (hallituste või pärmide põhjustatud), peavalu, iiveldus, oksendamine, infusioonikoha reaktsioonid, maksaanalüüside kõrvalekalded ja lihasekahjustuste markeri ensüümi kreatiinfosfokinaasi (CPK) sisalduse suurenemine veres.