Resistensmekanismer, som inaktiverer andre antibiotika, som f. eks. permeationsbarrierer (almindelig hos Pseudomonas aeruginosa) og effluksmekanismer, kan påvirke følsomheden over for ciprofloxacin.
Tundlikkust tsiprofloksatsiini suhtes võivad mõjutada ka teisi antibiootikume inaktiveerivad resistentsuse mehhanismid, näiteks läbitungimistõkked (sagedad Pseudomonas aeruginosa puhul) ja väljavoolumehhanismid.