Topotecan er dog som andre cytostatika genotoksisk, og påvirkning af fertiliteten, inkl. den mandlige fertilitet, kan ikke udelukkes.
Kuid sarnaselt teiste tsütotoksiliste ravimitega on topotekaan genotoksiline ning ei saa välistada selle mõju viljakusele, sealhulgas meeste viljakusele.