Som med alle andre NRTI' er kan Ziagen også forårsage mælkesyreacidose (en ophobning af mælkesyre i kroppen) og mitokondriel dysfunktion (beskadigelse af de energiproducerende cellebestanddele med blodproblemer til følge) hos nyfødte børn, hvis mødre har taget Ziagen under graviditeten.
Nagu kõik teisedki nukleosiid- pöördtranskriptaasi inhibiitorid, võib ka Ziagen põhjustada laktoatsidoosi (piimhappe kogunemist organismi) ning raseduse ajal Ziageni kasutanud emade imikutel mitokondrite talitlushäireid (energiat tootvate rakuosade kahjustus, mis võib põhjustada verehäireid).