Den intracellulære metabolisme af gemcitabin danner gemcitabin mono -, di - og trifosfater (dFdCMP, dFdCDP og dFdCTP), hvoraf dFdCDP og dFdCTP anses for aktive.
Gemtsitabiini poolt moodustuvad intratsellulaarselt mono -, di -, ja trifosfaadid (dFdCMP, dFdCDP ja dFdCTP).