De bivirkninger, som optrådte hyppigere hos patienter, der blev behandlet med bosentan, end hos dem, der fik placebo (≥ 3% af patienter behandlet med bosentan med ≥ 2% forskel), var hovedpine (15, 8% versus 12, 8%), rødme (6, 6% versus 1, 7%), anormal leverfunktion (5, 9% versus 2, 1%), ødem i ben (4, 7% versus 1, 4%) og anæmi (3, 4% versus 1, 0%), som alle var dosisrelaterede.
Kõik nimetatud toimed olid seotud annuse suurusega.