Ciprofloxacin bør anvendes i kombination med andre antimikrobielle stoffer såsom rifampicin ved infektioner forårsaget af Staphylococci og betalaktamer eller aminoglycosider ved infektioner forårsaget af Pseudomonas aeruginosa.
Tsiprofloksatsiini peab kasutama kombinatsioonis teiste antimikroobsete ainetega, näiteks koos rifampitsiiniga Staphylococci põhjustatud nakkuste korral ja koos beetalaktaamide või aminoglükosiididega Pseudomonas aeruginosa põhjustatud nakkuste korral.