Ligesom med andre lægemidler mod HIV kan der ved brug af Intelence være risiko for, at patienterne får lipodystrofi (forandringer i fordelingen af kropsfedt), knoglenekrose (knoglevævsdød) eller immunreaktiveringssyndrom (symptomer på infektion, der skyldes, at immunsystemet genvinder sin funktion).
Nagu ka teisi HIV- infektsiooni ravimite kasutajaid, võib ka Intelencet manustavaid patsiente ohustada lipodüstroofia (keharasva jaotuse muutused), osteonekroos (luukoe hävimine) või immuunreaktivatsiooni sündroom (immuunsüsteemi taastumisest põhjustatud infektsioonisümptomid).