De hyppigst forekommende bivirkninger ved PegIntron (set hos flere end 1 ud af 10 patienter) er vi - rusinfektion, vægttab, depression, irritabilitet, søvnbesvær, angst, nedsat koncentrationsevne, humør - svingninger, hovedpine, mundtørhed, dyspnø (vejrtrækningsbesvær), ondt i halsen, hoste, opkastning, kvalme, mavesmerter, diarré, appetitløshed, hårtab, kløe, tør hud, udslæt, muskelsmerter, ledsmerter, smerter i muskler og knogler, betændelse på injektionsstedet, reaktioner på injektionsstedet (smerte og rødme), svimmelhed, træthed, kulderystelser, feber, influenzalignende symptomer og kraftesløshed.
Kõige sagedamad kõrvalnähud PegIntroni kasutamisel (täheldatud rohkem kui ühel patsiendil kümnest) on viirusinfektsioon, kehakaalu langus, depressioon, ärrituvus, unetus, ärevus, keskendumishäired, meeleolumuutused, peavalu, suukuivus, düspnoea (õhupuudustunne), farüngiit (neelupõletik), köha, oksendamine, iiveldus, kõhuvalu, kõhulahtisus, anoreksia (isutus), alopeetsia (juuste väljalangemine), kihelus, nahakuivus, lööve, müalgia (lihasevalu), artralgia (liigesevalu), luu - lihaskonna valu (valu luudes ja lihastes), põletik süstekohal, süstekoha reaktsioon (valu ja punetus), peapööritus, väsimus, külmavärinad, palavik, gripilaadsed sümptomid ja asteenia (nõrkus).