Bivirkninger er sjældne hos patienter, der behandles med Circadin, men de mest almindelige bivirkninger (set hos mellem 1 og 10 ud af 1. 000 patienter) er irritabilitet, nervøsitet, rastløshed, søvnløshed, abnorme drømme, migræne, psykomotorisk hyperaktivitet (rastløshed i forbindelse med øget aktivitet), svimmelhed, somnolens (døsighed), mavepine, forstoppelse, mundtørhed, hyperbilirubinæmi (forhøjede niveauer i blodet af bilirubin som er et nedbrydningsprodukt fra røde blodlegemer, og som kan medføre, at huden og det hvide i øjnene bliver farvet gul), hyperhidrose (kraftig svedproduktion), asteni (følelse af svaghed) samt vægtforøgelse.
Circadiniga ravitud patsientidel esineb aeg- ajalt kõrvaltoimeid, kuid kõige sagedasemad kõrvaltoimed (täheldatud 1– 10 patsiendil tuhandest) on ärrituvus, närvilisus, rahutus, unetus, ebanormaalsed unenäod, migreen, psühhomotoorne hüperaktiivsus (rahutus ja suurenenud aktiivsus), peapööritus, unisus (uimasus), kõhuvalu, kõhukinnisus, suukuivus, hüperbilirubineemia (bilirubiini – punaste vereliblede laguprodukti – taseme tõus veres, mis võib põhjustada naha ja silmade kollasust), hüperhidroos (ülemäärane higistamine), asteenia (nõrkus) ja kehakaalu tõus.