Da trabectedin hovedsagelig metaboliseres ved CYP 3A4, kunne samtidig administration af stoffer, der hæmmer dette isoenzym, f. eks. ketoconazol, fluconazol, ritonavir eller clarithromycin nedsætte metaboliseringen og øge trabectedin - koncentrationerne.
Trabektediin metaboliseerub peamiselt CYP3A4 kaudu, selle manustamine koos nimetatud isoensüümi pärssivate ravimitega (nt ketokonasool, flukonasool, ritonaviir, klaritromütsiin) võib vähendada trabektediini metabolismi ja suurendada selle kontsentratsiooni.