Det kan medføre forhøjede plasmakoncentrationer af methotrexat og øge risikoen for methotrexat - betingede toksiske reaktioner.
Metotreksaadi samaaegne manustamine tsiprofloksatsiiniga võib pärssida metotreksaadi transporti neerutuubulites, mis võib suurendada metotreksaadi tasemeid vereplasmas ja suurendada metotreksaadiga seotud toksiliste reaktsioonide riski.