Indinavir bindes reversibelt til det proteaseaktive site, hæmmer kompetitivt enzymet og forebygger derved den spaltning af det virale precursor polyprotein, som sker under modning af det nydannede, virale partikel.
Indinaviir seondub pöörduvalt proteaasi aktiivosaga ja inhibeerib konkureerivalt ensüümi, vältides seejuures viiruse polüproteiinprekursorite lõhustumist uute viiruspartiklite küpsemise käigus.