De almindeligste bivirkninger ved Pegasys (der optræder hos flere end 1 ud af 10 patienter) er appetit - løshed, hovedpine, søvnløshed, irritabilitet, depression, svimmelhed, kvalme, diarré, mavesmerter, hårtab, kløe, muskelsmerter, ledsmerter, træthed, feber, kulderystelser samt reaktioner på indstiksste - det og smerter.
Pegasysi kõige sagedamad kõrvalnähud (esinenud enam kui ühel patsiendil kümnest) on anoreksia (isutus), peavalu, unetus, ärrituvus, depressioon, peapööritus, iiveldus, kõhulahtisus, kõhuvalu, alopeetsia (juuste väljalangemine), pruritus (kihelus), müalgia (lihasevalu), artralgia (liigesevalu), väsimus, püreksia (palavik), külmavärinad, reaktsioonid süstekohal ja valu.