Da Rapamune hæmmer immunsystemets aktivitet, kan lægemidlet også øge risikoen for at udvikle kræft, især kræft i lymfevæv og hudkræft.
Kuna Rapamune vähendab immuunsüsteemi aktiivsust, võib see suurendada ka vähi, eriti lümfoomi ja nahavähi tekkimise ohtu.