I lighed med andre antibakterielle produkter kan længere tids anvendelse af retapamulin resultere i vækst af ikke- følsomme mikroorganismer, inklusive svampe.
Sarnaselt teiste antibakteriaalsete ainetega võib retapamuliini pikaajalisel kasutamisel tekkida mittetundlike mikroorganismide, sh seente vohamine.