Efter oral inhalation omdannes ciclesonid enzymatisk i lungerne til hovedmetabolitten (C21- des- methylpropionyl- ciclesonid), som har en markant antiinflammatorisk aktivitet og således anses for at være den aktive metabolit.
Suukaudselt inhaleeritud tsiklesoniid muudetakse kopsudes ensümaatiliselt põhiliseks metaboliidiks (C21 - desmetüülpropionüül- tsiklesoniid), millel on väljendunud põletikuvastane toime ja mida seega loetakse aktiivseks metaboliidiks.