Som det gælder for alle vacciner, kan RotaTeq, hvis det anvendes til meget for tidligt fødte spædbørn, medføre risiko for apnø (korte vejrtrækningspauser).
Nagu kõikide vaktsiinide korral, tekib RotaTeqi kasutamisel väga enneaegsetel lastel apnoe (lühikeste hingamiskatkestuste) oht.