I interaktionsstudier var fondaparinux- dosis (10 mg) højere end anbefalet for de aktuelle indikationer.
Fondapariinuks ei mõjuta ei varfariini INR aktiivsust ega veritsusaega atsetüülsalitsüülhappe ja piroksikaami ravi tingimustes, ega ka digoksiini tasakaalukontsentratsiooni farmakokineetikat.