Ligesom med andre anti- hiv- lægemidler risikerer patienter, der behandles med Isentress, at blive ramt af knoglevævsdød eller immunreaktiveringssyndrom (infektionslignende symptomer, der skyldes, at immunsystemet er ved at genvinde sin funktion).
Nagu teistegi HIV- ravimite korral, võivad Isentressi võtvaid patsiente ohustada osteonekroos (luukoe kärbumine) või immuunsuse reaktivatsiooni sündroom (immuunsüsteemi taastumisest põhjustatud nakkussümptomid).