Når en hest vaccineres med ProteqFlu, opfatter dens immunsystem de specifikke proteiner fra hesteinfluenzastammerne som "fremmede" og reagerer ved at danne antistoffer imod dem.
Kui hobusele manustatakse ProteqFlud, peab immuunsüsteem hobuste gripi viiruse spetsiifilisi valke võõraks ning tekitab nende vastu antikehi.