De mest almindelige bivirkninger ved Avonex (der ses hos mere end 1 ud af 10 patienter) er hovedpine, influenzalignende symptomer, feber, kulderystelser og svedudbrud.
Avonexi kõige sagedamad kõrvalnähud (esinenud enam kui ühel patsiendil kümnest) on peavalu, gripisarnased sümptomid, palavik, külmavärinad ja higistamine.