Ved gentagne dosistoksicitetsundersøgelser med både voksne rotter og hunde har man for fosamprenavir påvist gastrointestinale forstyrrelser (spytafsondring, opkast og blød til flydende fæces) og ændringer i leveren (øget levervægt, øget serumleverenzymaktivitet, og mikroskopiske ændringer, herunder hepatocyt nekrose).
Kroonilise toksilisuse uuringutes täiskasvanud rottide ja koertega põhjustas fosamprenaviir seedetrakti häireid (suurenenud süljeeritus, oksendamine ja pehme kuni vedel väljaheide) ja maksamuutusi (maksa kaalu suurenemine, maksaensüümide aktiivsuse suurenemine ja mikroskoopilised muutused, sh hepatotsüütide nekroos).