Agomelatin omdannes hovedsageligt via cytokrom P450 1A2 (CYP1A2) (90%) og via CYP2C9/ 19 (10%).
Agomelatiini mõjutavad võimalikud koostoimed Agomelatiin metaboliseerub peamiselt (90%) tsütokroom P450 1A2 (CYP1A2) ja (10%) CYP2C9/ 19 kaudu.