Ligesom andre antidepressiva, herunder andre SSRI' er, hæmmer paroxetin det cytokrome P450 - leverenzym CYP2D6.
CYP2D6 pärssimine võib põhjustada antud ensüümi poolt metaboliseeritavate samaaegselt manustatavate ravimite kontsentratsiooni suurenemist.