Som med andre typer bredspektrede antibiotika kan langvarig brug af cefuroximaxetil føre til overvækst af ikke- følsomme organismer (f. eks. candida, enterokokker, clostridium difficile), hvilket kan nødvendiggøre afbrydelse af behandlingen.
Nagu teistegi laia toimespektriga antibiootikumide kasutamisel, võib ka tsefuroksiimaksetiili pikaajalise kasutamise tagajärjel tekkida tsefuroksiimaksetiilile resistentsete mikroorganismide (nt Candida spp, enterkokkide, Clostridium difficile) ülekasv, mistõttu võib vajalikuks osutuda ka ravi katkestamine.