Fondaparinux udskilles i modermælk hos rotter, men om fondaparinux udskilles i modermælk hos mennesket vides ikke.
Fondapariinuksit ei tohi rasedatele naistele määrata, juhul kui see ei ole hädavajalik. ba Fondapariinuks eritub roti emapiima, kuid ei ole teada, kas fondapariinuks eritub ka inimese rinnapiima.