Nonafact anvendes til at erstatte den manglende faktor IX, korrigere faktor IX- manglen og opnå midlertidig kontrol med blødningsforstyrrelser.
Nonafacti kasutatakse puuduva IX hüübimisteguri asendajana, sest see korrigeerib IX hüübimisteguri puudust ning võimaldab veritsushäiret ajutiselt kontrolli all hoida.