Dette gælder især, hvis standardbehandlingen har svigtet, eller der er bakteriel resistens, hvor de mikrobiologiske data berettiger anvendelsen af ciprofloxacin.
Väga harvadel juhtudel võib tsiprofloksatsiini siiski teatavate raskekujuliste infektsioonide korral neile patsientidele määrata, lähtudes mikrobioloogilise uuringu tulemustest haigust põhjustanud organismi kohta ja ravi kasulikkuse ja sellega seotud riskide hindamisest, eriti tavapärase ravi ebaõnnestumise või bakterite suhtes esineva resistentsuse korral, kui tsiprofloksatsiini kasutamine on mikrobioloogiliste andmetega põhjendatud.