IONSYS må ikke anvendes til patienter, som er i særlig risikogruppe for intrakranielle påvirkninger ved kuldioxidretention, fx tegn på øget intrakranielt tryk, nedsat bevidsthed eller koma.
IONSYS ei tohi kasutada patsientidel, kes on eriti tundlikud CO2 kuhjumise ajusiseste toimete suhtes: suurenenud koljusisese rõhuga teadvuseta või koomas patsiendid.