Som et fluorquinolon- antibiotikum udøver Ciprofloxacin sin baktericide virkning ved at hæmme både type II topo- isomerase (DNA- gyrase) og top- isomerase IV, som er nødvendig for bakteriel DNA - replikation, transskription, genopretning og rekombination.
Fluorokinoloonide hulka kuuluva antibakteriaalse aine tsiprofloksatsiini bakteritsiidne toime tuleneb nii II tüüpi topoisomeraasi (DNA- güraasi) kui ka topoisomeraasi IV inhibeerimisest, mida vajatakse bakteri DNA replikatsiooniks, transkriptsiooniks, parandamiseks ja rekombineerimiseks.