Isoenzymerne CYP2C9 og CYP2C19 er også involveret, men kun i ringe grad.
Biotransformatsioon Peale suukaudset manustamist metaboliseeritakse agomelatiin kiiresti peamiselt hepaatilise CYP1A2 poolt; vähesel määral on haaratud ka CYP2C9 ja CYP2C19 isoensüümid.