Som indberettet for andre gyrasehæmmere, forårsager ciprofloxacin skade på de store vægtbærende led hos ikke fuldt udvoksede dyr.
Nagu on teatatud ka teiste güraasi inhibiitorite puhul, põhjustab tsiprofloksatsiin noorloomadel suurte keharaskusi kandvate liigeskõhrede kahjustusi.