De hyppigste bivirkninger af Pandemrix (forekom ved 1 af 10 eller flere doser af vaccinen) er hovedpine, ledsmerter, muskelsmerter, reaktioner på indstiksstedet (hårdhed, hævelse, smerte og rødme), feber og træthed.
Pandemrixi kõige sagedamad kõrvalnähud (esinenud vaktsiini kümnest või enamast annusest ühe puhul) on peavalu, artralgia (liigesevalu), müalgia (lihasevalu), reaktsioonid süstekohal (kõvenemine, paistetus, valu ja punetus), palavik ja väsimus.