I lighed med andre fluoroquinoloner må difloxacin ikke anvendes til hunde, som vokser hurtigt, da det kan påvirke brusken i nogle af hundens led.
Sarnaselt teiste fluorokinoloonidega ei tohi difloksatsiini kasutada kiiresti kasvavatel koertel, sest ravim võib teatud liigestes kahjustada liigesekõhre.