Emtricitabin fosforyleres af celleenzymer til at danne emtricitabin 5 '- trifosfat, som kompetitivt hæmmer HIV- 1 reverse transkriptase, som resulterer i DNA- kædeterminering.
Emtritsitabiin fosforüleeritakse tsellulaarsete ensüümide poolt emtritsitabiin 5 ’ - trifosfaadiks, mis konkureerivalt inhibeerib HIV- 1- pöördtranskriptaasi, mille tulemuseks on DNA ahela katkemine.