Moxifloxacin er et dårligt substrat for aktiv effluks- mekanismer i Grampositive organismer.
In vitro areneb resistentsus moksifloksatsiini suhtes aeglaselt mitme- astmelise mutatsiooni teel, mis on vahendatud sihtkoha mõlema topoisomeraas II (DNA güraasi ja topoisomeraas IV) mutatsioonide kaudu.