De vigtigste enzymer, som medvirker ved nedbrydning af histamin, er HNMT (histamin- N- metyltransferase) og DAO (diaminoxidase).
Peamised histamiini metabolismis osalevad ensüümid on HNMT (histamiin- N- metüültransferaas) ja DAO (diamiinoksüdaas).