Etanercept kan også modulere biologiske reaktioner, som kontrolleres af yderligere downstream- molekyler (f. eks. cytokiner, adhesionsmolekyler eller proteinaser), som forårsages eller reguleres af TNF.
Etanertsept võib moduleerida vastusreaktsiooni ka teistele põletikukaskaadi aktiivsetele molekulidele (näiteks tsütokiinid, adhesiivsed molekulid, proteinaasid), mille vallandavaks või reguleerivaks faktoriks on TNF.