Saquinavirs metabolisme medieres af cytokrom P450, med det specifikke isoenzym, CYP3A4, som ansvarlig for 90% af den hepatiske metabolisme.
Sakvinaviir metaboliseeritakse tsütokroom P450 kaudu ning 90% ravimi maksas toimuvast metabolismist vahendatakse selle ensüümi spetsiifilise isovormi CYP3A4 kaudu.