Der kan udvikles resistens mod quinoloner ved mutationer i bakteriernes gyrase- gen og ved ændringer i cellernes permeabilitet over for quinoloner.
Kinoloonide vastane resistentsus võib välja kujuneda bakteri güraasi geeni muteerumise tulemusena ning rakkude permeaabelsuse muutumise tõttu kinoloonide suhtes.