Som udgangspunkt, akkumuleres mutationer associeret med resistens over for ritonavir og muligheden for at vælge andre proteasehæmmere falde på grund af krydsresistens.
Ristuva resistentsuse tõttu võib ritonaviirresistentsuse kujunemises olulist rolli mängivate mutatsioonide akumulatsiooniga üldiselt kaasneda ka viiruse tundlikkuse vähenemine teiste proteaasi inhibiitorite suhtes.