Perorale antikoagulantia (warfarin), trombocytfunktionshæmmende midler (acetylsalicylsyre),
Suukaudsed antikoagulandid (varfariin), trombotsüütide agregatsiooni inhibiitorid (atsetüülsalitsüülhape), MSPVAd (piroksikaam) ja digoksiin ei mõjuta fondapariinuksi farmakokineetikat.