Bivirkningerne ved orlistat er hovedsageligt gastrointestinale og relaterer til lægemidlets farmakologiske effekt med hensyn til at forebygge absorptionen af indtaget fedt.
Orlistati kõrvaltoimed on valdavalt seotud seedetraktiga ja need on tingitud ravimi farmakoloogilisest toimest seedetraktis paikneva rasva imendumise takistamisel.