De mest almindelige bivirkninger ved Ambirix (set ved flere end 1 ud af 10 doser vaccine) er hovedpine, appetitløshed, smerter omkring injektionsstedet og rødme, træthed, pirrelighed og irritabilitet.
Ambirixi kõige sagedamad kõrvalnähud (täheldatud rohkem kui ühe vaktsiiniannuse puhul kümnest) on peavalu, isutus, valu süstekohal, punetus, väsimus ja ärrituvus või rahutus.