Foruden lokale virkninger, der forekommer som resultat af indtagelse af iloprost ved inhalation, er bivirkninger fra iloprost som f. eks. øget hoste, relateret til de farmakologiske egenskaber af prostacycliner.
Lisaks paiksetele, iloprosti manustamisest inhalatsiooni teel tingitud mõjudele, nagu tugevnenud köha, on kõrvaltoimed seotud prostatsükliinide farmakoloogiliste omadustega.