Samtidig indgift af saquinavir og ritonavir har ført til alvorlige bivirkninger, hovedsagelig diabetisk ketoacidose og leversygdomme, især hos patienter med en allerede eksisterende leversygdom.
Sakvinaviiri kasutamine koos ritonaviiriga on põhjustanud raskeid kõrvaltoimeid – peamiselt diabeetilist ketoatsidoosi ja maksahäireid (eelkõige maksahaigust põdevatel patsientidel).