Da sapropterindihydrochlorid er en syntetisk version af det naturligt forekommende 6R- BH4, må det rimeligvis kunne antages at metaboliseres på samme vis, inklusive 6R- BH4- regeneration.
Kuna sapropteriindivesinikkloriid on loodusliku 6R- BH4 sünteetiline analoog, on mõistlik eeldada, et see allub samasugusele metabolismile, sh 6R- BH4 regeneratsioonile.