I de pivotale forsøg med dosering 3 gange om ugen var de hyppigst indberettede lægemiddelbivirkninger, der blev vurderet til sandsynligvis eller muligvis at være forbundet med behandlingen med Imiquimod- creme, reaktioner på påføringsstedet (33, 7% af de patienter, der blev behandlet med imiquimod).
Pöördelise tähtsusega uuringutes annustega 3 korda nädalas olid ravimi kõige sagedamini teatatud kõrvaltoimed, mille seost imikvimoodkreemiga raviga peeti tõenäoliseks või võimalikuks, lokaalsed reaktsioonid kondüloomide ravimise kohal (33, 7% - l imikvimoodiga ravitud patsientidest).