I modsætning til systemisk administreret cytarabin, som hurtigt metaboliseres til ara- U, er omdannelsen til ara- U i cerebrospinalvæsken ubetydelig efter intratekal indgift p. g. a. den signifikant lavere cytidin - deaminaseaktivitet i CNS- væv og cerebrospinalvæske.
7 süsteemselt manustatud tsütarabiin metaboliseerub kiiresti ara- Uks, toimub tsütarabiini muundumine liikvoris pärast intratekaalset manustamist ara- Uks väga väikesel määral, kuna kesknärvisüsteemi kudedes ja tserebrospinaalvedelikus on tsütidiindeaminaasi aktiivsus märkimisväärselt madalam kui plasmas.