Zonisamid metaboliseres primært af CYP3A4 via en reduktiv spaltning af benzisoxazolringen i moderstoffet, så der dannes 2- sulphamoylacetylphenol (SMAP) samt også ved N- acetylering.
Zonisamiid metaboliseerub eelkõige lähteaine bensisoksasooliringi redutseeriva lõhustamise teel CYP3A4 poolt, mille tulemusena moodustub 2- sulfamoüülatsetüülfenool (SMAP), samuti N- atsetüülimise teel.