20 Følgende bivirkninger er rapporteret meget sjældent (mindre end 1 per 10. 000 vaccinedoser) fra dagen efter til uger efter vaccination med hepatitis B: anfald, besvimelse, nervesygdomme i øjet, multipel sclerose, følelseløshed eller manglende evne til at bevæge dele af kroppen, hovedpine med stiv nakke og forstyrrelser i den normale hjernefunktion.
Täiendavad kõrvaltoimed, mida on kirjeldatud väga harva (alla 1 juhu 10000 vaktsiinidoosi kohta) päevade või nädalate jooksul pärast B- hepatiidi vaktsiinide manustamist, on krambid, minestus, silmanärvide kahjustus, sclerosis multiplex, tundlikkuse kaotus teatud kehaosades või võimetus neid kehaosi liigutada, tugev peavalu koos kaelakangestusega, normaalsete ajufunktsioonide häirumine.