De mest almindelige bivirkninger ved Isentress (set hos mellem 1 og 10 patienter ud af 100) er søvnløshed, svimmelhed, hovedpine, absominal distension (oppustethed), mavesmerter, konstipation, diarré, flatulens (luft i maven), kvalme, opkastninger, hyperhidrose (forøget svedafsondring), natlige hedeture, kløe, udslæt, ledsmerter, kraftesløshed, træthed og øget antal leverenzymer i blodet (alanin aminotransferase og aspartat aminotransferase), triglycerider (en form for fedt), creatinin kinase (et enzym, som findes i muskler) og lipase (et enzym, som findes i pancreas).
Isentressi kõige sagedamad kõrvalnähud (esinenud ühel kuni kümnel patsiendil sajast) on unetus, peapööritus, peavalu, gaaside kogunemine, kõhuvalu, kõhukinnisus, kõhulahtisus, kõhupuhitus, iiveldus, oksendamine, hüperhidroos (liigne higistamine), öine higistamine, kihelus, lööve, liigesevalu, nõrkus, väsimus ning järgmiste ainete sisalduse suurenemine veres: maksaensüümid (alaniinaminotransferaas ja aspartaataminotransferaas), triglütseriidid (teatud liiki rasv), kreatiniinkinaas (lihastes leiduv ensüüm) ja lipaas (kõhunäärmes leiduv ensüüm).