Det er af største vigtighed at reservere fluorquinoloner til behandling af kliniske infektioner, som har responderet dårligt eller forventes at respondere dårligt på behandling med andre typer af antibiotika.
Mõistlik on jätta fluorkinoloonid viimase valiku ravimiks, kui ravi teiste klasside antibiootikumidega annavab nõrga tulemuse või ei toimi üldse.