Ved intratekal indgift har cytarabin været forbundet med kvalme, opkastning og alvorlig toksicitet i centralnervesystemet, herunder blindhed, myelopati samt anden neurologisk toksicitet, der i visse tilfælde førte til permanent neurologisk deficit.
Tsütarabiini intratekaalse manustamisega on seostatud iivelduse, oksendamise ja kesknärvisüsteemi ägeda toksilisuse (sh pimedus ja müelopaatia) ning muude neuroloogiliste toksilisusnähtude teket, mis mõningail juhtudel on põhjustanud püsiva neuroloogilise kahjustuse.