De mest almindeligt (mere end 10 ud af 100) rapporterede bivirkninger af saquinavir taget sammen med ritonavir vedrører mave- tarmkanalen såsom utilpashed, diarré, træthed, opkastning, prutten og mavesmerter som de mest almindelige.
Koos ritonaviiriga manustatud sakvinaviiri kõige sagedamini (üle kümne juhu saja inimese kohta) kirjeldatud kõrvaltoimed on seedetrakti häired, millest tavalisemad on iiveldus, kõhulahtisus, väsimus, oksendamine, kõhupuhitus ja kõhuvalu.