I undersøgelserne var de mest almindelige bivirkninger ved Gardasil (forekom hos mere end 1 ud af 10) pyreksi (feber) og reaktioner på injektionsstedet (rødmen, smerter, hævelse).
Uuringutes olid kõige sagedamad kõrvalnähud (esinenud enam kui ühel patsiendil kümnest) püreksia (palavik) ning reaktsioonid süstekohal (punetus, valu, paistetus).