Cidofovir er kontraindiceret til patienter, der ikke kan behandles med probenecid pga. klinisk signifikant overfølsomhed overfor det aktive stof eller overfor andre sulfapræparater.
Tsidofoviiri manustamine on vastunäidustatud patsientidele, kellele pole võimalik probenetsiidi manustada ülitundlikkuse tõttu ravimi toimeaine või sulfaate sisaldavate ravimite suhtes.