Der blev vedtaget to tillægs - og ændringsbudgetter i 2000, det første på mødet i oktober og det andet i december, hovedsagelig for at tage hensyn til oprettelsen af en særlig reserve til finansiering af agenturets aktiviteter vedrørende lægemidler til sjældne sygdomme, videreførelsen af Det Paneuropæiske Kontrolforum for Lægemidler (PERF) og antallet af gebyrrelaterede aktiviteter, der var højere end forventet.
These were in particular needed to take into account the creation of a special reserve for activities relating to orphan medicinal products, the continuation of the Pan-European Regulatory Forum on pharmaceuticals (PERF) and higher than expected levels of fee-earning activities.