Der venter store udfordringer forude, som EMEA er parat til at takle, nemlig udvidelsen af EU, gennemførelsen af 2001- revisionen, stigende antal kliniske undersøgelser, lægemiddelovervågning og inspektionstjenester, ansvar for Fællesskabets administrationssystemer for lægemiddelinformation, udvidelse af gennemsigtighedsprocessen til at omfatte samtlige aspekter, forbedring af agenturets evne til at håndhæve lovgivningen samt opfyldelse af dets internationale rolle.
The Agency already has a unique operational role in implementing the Community policy for high standards of public health and completion of the single market in pharmaceuticals, without prejudicing the development of an important internationally competitive industry.