Protože se Rapamune užívá v kombinaci s jinými léky, pozorované vedlejší účinky nemohou být vždy s úplnou jistotou přisuzovány právě jemu.
Tomēr, tā kā Rapamune lieto kopā ar citām zālēm, blakusparādības ne vienmēr pārliecinoši var attiecināt uz Rapamune.