Po inhalaci ústy je ciklesonid enzymaticky konvertován v plicích na hlavní metabolit (C21- des- methylpropionyl - ciklesonid), který má výraznou protizánětlivou aktivitu, a proto je považován za aktivní metabolit.
Pēc perorālās inhalācijas ciklezonīds plaušās tiek enzimātiski pārvērsts par galveno metabolītu (C21- dez - metilpropionilciklezonīdu), kam piemīt īpaši izteikta pretiekaisuma aktivitāte, un tādējādi to uzskata par aktīvo metabolītu.