Nejčastějšími nežádoucími účinky, které se vyskytly u pacientů léčených antiretrovirovými přípravky včetně nebo mimo Fuzeonu, jsou, vyjma reakce v místě vpichu, průjem a nevolnost.
Pacientiem, kam tiek veikta pretretrovīrusu terapija ar vai bez Fuzeon, bez reakcijām injekcijas vietā visbiežāk novērotās blakusparādības ir caureja un slikta dūša.