Protože je trabektedin metabolizován hlavně CYP3A4, souběžné podávání látek, které tento izoenzym inhibují, např. ketokonazol flukonazol, ritonavir nebo klaritromycin, by mohlo snižovat metabolismus a zvyšovat koncentrace trabektedinu.
Tā kā trabektedīnu metabolizē galvenokārt enzīms CYP3A4, vienlaicīgi ievadītas vielas, kas inhibē šo izoenzīmu, piemēram, ketokonazols, flukonazols, ritonavirs vai klaritromicīns, var palēnināt trabektedīna metabolismu un palielināt trabektedīna koncentrāciju.