U osob, kterým byl podáván Cubicin byly v průběhu léčby a dalšího sledování nejčastěji zaznamenány tyto nežádoucí účinky: bolesti hlavy, nauzea, zvracení, průjem, mykotické infekce, vyrážka, reakce v místě infuze, zvýšená kreatin- fosfokináza (CPK) a abnormální jaterní enzymy: alanin aminotransferáza (ALT), aspartát aminotransferáza (AST), alkalická fosfatáza.
Cilvēkiem, kas saņēma Cubicin, blakusparādības, par kurām terapijas un novērošanas laikā ziņots visbiežāk, bija šādas: galvassāpes, slikta dūša, vemšana, caureja, sēnīšu infekcijas, izsitumi, reakcija infūzijas vietā, palielināts kreatīna fosfokināzes (KFK) un patoloģisks aknu enzīmu (alanīna aminotransferāzes (ALAT), aspartāta aminotransferāzes (ASAT), sārmainās fosfatāzes) līmenis.