Anidulafungin selektivně inhibuje 1, 3- β- D glukan syntázu, enzym přítomný v buňkách hub, ale nikoliv v buňkách savčích.
Anidulafungīns selektīvi inhibē 1, 3- β- D- glikānsintāzi, enzīmu, kas atrodams sēnīšu šūnās, bet nav sastopams zīdītāju šūnās.