Pacienti léčení imunosupresivy, včetně Rapamunu, mají zvýšené riziko oportunních infekcí (bakteriálních, plísňových, virových a protozoálních).
Pacientiem, kas tiek ārstēti ar imūnsistēmu nomācošiem līdzekļiem, tai skaitā Rapamune, pieaug oportūnistisku mikroorganismu (baktēriju, sēņu, vīrusu un vienšūņu) ierosinātu slimību risks.