Podobně jako u dalších antibiotik může vést dlouhodobá léčba retapamulinem k přemnožení necitlivých mikroorganismů, včetně plísní.
Tāpat kā citu antibakteriālu līdzekļu lietošanas gadījumā, ilgstoša retapamulīna lietošana var izraisīt pārmērīgu nejūtīgu mikroorganismu, to vidū sēnīšu savairošanos.