Proto léky, které buď mají stejnou metabolickou cestu nebo modifikují aktivitu CYP3A4, mohou ovlivňovat farmakokinetiku indinaviru.
Tādēļ citas aktīvās vielas, kam ir tas pats metabolisma ceļš vai kuras izmaina CYP3A4 aktivitāti, var ietekmēt indinavīra farmakokinētiku.