Stejně jako v případě všech ostatních nenukleosidových inhibitorů reverzní transkriptázy (NNRTI) dochází rychle ke vzniku rezistence viru, pokud se efavirenz podává jako monoterapie.
Tāpat kā citu nenukleozīdo reversās transkriptāzes inhibitoru (NNRTI) gadījumā, nozīmējot efavirenzu monoterapijā, strauji attīstās vīrusa rezistence.