Způsob interakce není znám a vzhledem k tomu, že vyšší koncentrace atovachonu mohou být dosaženy se
Farmakokinētiskā pētījumā vienlaicīga zidovudīna un atovakvona tablešu lietošana izraisīja zidovudīna klīrensa samazināšanos pēc perorālas lietošanas, kas noveda pie plazmas zidovudīna AUC palielināšanās par 35% ±23%.