Přesný mechanismus účinku alfa- interferonů na virové choroby není zcela znám, avšak předpokládá se, že působí jako imunomodulátory (látky, které mění způsob, jakým imunitní systém – ochranný systém těla – funguje).
Nav pilnībā skaidrs, kā tieši alfa interferoni darbojas vīrusu infekciju gadījumā, bet pastāv uzskats, ka tie darbojas kā imūnmodulatori (vielas, kas izmaina imūnsistēmas, organisma aizsardzības sistēmas, darbību).