Interakce s kombinací indinavir/ ritonavir nebyla studována Ritonavir indukuje glukuronidaci, v důsledku toho se předpokládá, že snižuje plasmatické koncentrace atovaquonu.
Ritonavīrs inducē glikuronidizāciju, tāpēc paredzama atovakvona koncentrācijas pazemināšanās plazmā.