Viry rezistentní k emtricitabinu byly křížově rezistentní k lamivudinu, ale zachovaly si citlivost na ostatní nukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NRTIs) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanosin a zalcitabin), na všechny nenukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (non- nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NNRTIs) a všechny inhibitory proteázy (protease inhibitors, PIs).
Pret emtricitabīnu rezistenti vīrusi bija krusteniski rezistenti pret lamivudīnu, bet saglabāja jutību pret citiem nukleozīdu reversās transkriptāzes inhibitoriem (NRTI) (zidovudīnu, stavudīnu, tenofoviru, abakaviru, didanozīnu un zalcitabīnu), visiem nenukleozīdu reversās transkriptāzes inhibitoriem (NNRTI) un visiem proteāzes inhibitoriem (PI).