Obráceně, amprenavir si udržuje aktivitu k některým izolátům s rezistencí k jiným inhibitorům proteázy, a tato zachovaná aktivita by závisela na počtu a typu mutací způsobujících rezistenci k inhibitorům proteázy přítomných v izolátech.
Balstoties uz datiem par divdesmit pieciem pacientiem, kas nebija saņēmuši pretretrovīrusu terapiju un kam bija neveiksmīga ārstēšana ar fosamprenaviru saturošu shēmu (vienam no viņiem pētījuma sākumā bija pret lopinaviru un sakvinaviru, citam – pret tipranaviru rezistents vīruss), ar amprenaviru saistīti rezistences attīstīšanās ceļi rada ierobežotu krustenisku rezistenci pret atazanaviru/ ritonaviru (trīs no 25 izolātiem), darunaviru/ ritonaviru (četri no 25 izolātiem), indinaviru/ ritonaviru (trīs no 25 izolātiem), lopinaviru/ ritonaviru (trīs no 24 izolātiem), sakvinaviru (trīs no 24 izolātiem) un tipranaviru/ ritonaviru (četri no 24 izolātiem). Turpretī amprenavirs saglabā aktivitāti pret dažiem izolātiem ar rezistenci pret citiem PI, un saglabātā aktivitāte varētu būt atkarīga no proteāzes rezistences mutāciju daudzuma un veida izolātos.