V klinických studiích prováděných s fondaparinuxem neinteragují perorální antikoagulancia (warfarin) s farmakokinetikou fondaparinuxu; při dávce 10 mg použité v interakčních studiích fondaparinux neovlivňoval protrombinový čas (INR) warfarinu.
Ar fondaparinuksu veiktos klīniskos pētījumos perorāliem antikoagulantiem (varfarīnam) nebija vērojama mijiedarbība ar fondaparinuksa farmakokinētiku; 10 mg devā, kas lietota mijiedarbības pētījumos, fondaparinukss neietekmēja varfarīna antikoagulācijas kontroles raksturlieluma (INR) aktivitāti.