Bimatoprost je primárně eliminován ledvinami, až 67% z intravenózní dávky podané zdravým dobrovolníkům bylo vyloučeno močí, 25% z takto podané dávky bylo vyloučeno stolicí.
Bimatoprosts eliminējas galvenokārt caur nierēm, līdz pat 67% intravenozas devas, ievadītas veseliem brīvprātīgajiem, tika izvadīts ar urīnu, 25% no devas tika izvadīts ar fēcēm.