V těle zvířete klomipramin a jeho hlavní metabolit, desmethylklomipramin, zabraňují zpětnému vychytávání některých neurotransmiterů do nervových buněk v mozku a míše.
Klomipramīns un šīs aktīvās vielas galvenais metabolīts desmetilklomipramīns organismā novērš dažu neirotransmiteru atpakaļsaistīšanu smadzeņu un muguras smadzeņu nervu šūnās.