Nejčastější vedlejší účinky, zaznamenané pacienty léčenými samotným přípravkem Paxene, zahrnují útlum kostní dřeně, jehož následkem je závažná neutropenie (nízký počet bílých krvinek), trombocytopenie (nízký počet krevních destiček) a anémie (nízký počet červených krvinek).
Visbiežāk novērotā blakusparādība pacientiem, kas saņem Paxene, ir kaulu smadzeņu nomākšana, kā rezultātā rodas smaga neitropēnija (zems balto asinsķermenīšu skaits), trombocitopēnija (zems asins plātnīšu skaits) un anēmija (zems sarkano asinsķermenīšu skaits).