Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Isentress (zaznamenané u 1 až 10 pacientů ze 100) patří insomnie (nespavost), závratě, bolesti hlavy, nadýmání břicha, bolesti břicha, zácpa, průjem, nadýmání (plynatost), nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, hyperhidróza (nadměrné pocení), noční pocení, pruritus (svědění), vyrážka, artralgie (bolest kloubů), astenie (slabost), únava a zvýšení hladin jaterních enzymů (alaninaminotransferázy, aspartátaminotransferázy), triglyceridů (druhu tuku), kreatininkinázy (enzymu nacházejícího se ve svalech) a lipázy (enzym nacházející se ve slinivce břišní) v krvi.
Visbiežāk novērotās nevēlamās Isentress blakusparādības (vienam līdz desmit pacientiem no simts) ir bezmiegs (miega traucējumi), reibonis, galvassāpes, vēdera uzpūšanās, sāpes vēderā, aizcietējumi, caureja, gāzu uzkrāšanos, slikta dūša, vemšana, hiperhidroze (pārmērīga svīšana), svīšana naktīs, prurīts (nieze), izsitumi, artralģija (sāpes locītavās), astēnija (vājums), nogurums un aknu fermentu (alanīna aminotransferāzes un aspartāta aminotransferāzes), triglicerīdu (tauku veida), kreatinīna kināzes (muskuļos atrodama fermenta) un lipāzes (aizkuņģa dziedzerī atrodama fermenta) paaugstināts līmenis asinīs.