Průnik anidulafunginu hematoencefalickou bariérou byl u zdravých potkanů omezený; avšak u králíků s roztroušenou kandidózou se ukázalo, že anidulafungin prostupuje hematoencefalickou bariérou a omezuje mykotické ložisko v mozku.
Veselām žurkām neliels daudzums anidulafungīna šķērso hematoencefālisko barjeru, bet trušiem ar izkaisīto kandidozi anidulafungīns šķērso hematoencefālisko barjeru un samazina sēnīšu invāziju smadzenēs.