Emtricitabin je primárně vylučován ledvinami s dosažením úplného vyloučení v moči (přibližně 86%) a stolici (přibližně 14%).
Emtricitabīns tiek izvadīts galvenokārt caur nierēm, visa deva tiek konstatēta urīnā (aptuveni 86%) un izkārnījumos (aptuveni 14%).