Selektivní vazbou na antitrombin fondaparinux zesiluje (asi 300x) přirozenou re neutralizaci faktoru Xa antitrombin.
Selektīvi saistoties ar antitrombīnu, fondaparinukss pastiprina (aptuveni 300 reizes) dabisko antitrombīna veikto Xa faktora neitralizēšanu.