In vitro rezistence na moxifloxacin se vyvíjí pomalu postupným procesem spojeným s mutací cílového místa v obou topoizomerázách typu II (v DNA gyráze a topoizomeráze IV).
In vitro rezistence pret moksifloksacīnu rodas pakāpeniskā procesā, mērķa vietās notiekot mutācijām abās II tipa topoizomerāzēs - DNS girāzē un topoizomerāzē IV.