V základních studiích s dávkováním 3krát týdně byly nejčastěji hlášenými nežádoucími účinky, podle posouzení s pravděpodobným či možným vztahem k léčbě krémem s imichimodem, reakce na lokální aplikaci v místě léčby kondylomat (33, 7% pacientů léčených imichimodem).
Pivotālos pētījumos, kuros zāles tika nozīmētas 3 reizes nedēļā, ar imikvimoda krēma lietošanu eventuāli saistītās nevēlamās zāļu izraisītās reakcijas, par kurām ziņots visbiežāk, bija tās lokālās reakcijas, kas tika novērotas ar kārpām klātajos ārstēšanai pakļautajos apvidos (33, 7% ar imikvimodu ārstēto pacientu).