Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Pegasys (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří anorexie (ztráta chuti k jídlu), bolesti hlavy, insomnie (potíže se spánkem), podrážděnost, deprese, závratě, nauzea (pocit nevolnosti), průjem, bolesti břicha, alopecie (vypadávání vlasů), pruritus (svědění), myalgie (bolest svalů), artralgie (bolest kloubů), únava, pyrexie (horečka), zimnice (mrazení s třesem), reakce v místě aplikace injekce a bolesti.
Visbiežāk novērotās Pegasys blakusparādības (vairāk nekā vienam pacientam no desmit) ir anoreksija (apetītes zudums), galvassāpes, bezmiegs (grūtības aizmigt), uzbudināmība, depresija, reibonis, slikta dūša, caureja, sāpes vēdera augšdaļā, alopēcija (matu izkrišana), nieze, mialģija (muskuļu sāpes), artralģija (locītavu sāpes), nogurums (nespēks), drudzis, drebuļi (auksti drebuļi), reakcija injekcijas vietā un sāpes.