Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Agenerase (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří bolest hlavy, průjem, nadýmání (plynatost), nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, vyrážka a vyčerpání (únava).
Visbiežāk novērotās nevēlamās Agenerase blakusparādības (vairāk nekā vienam pacientam no desmit) ir galvassāpes, caureja, meteorisms (gāzes), nelabums (slikta dūša), vemšana, izsitumi un nogurums (nespēks).