Nejčastějšími nežádoucími účinky, uváděnými ve vyšším výskytu u pacientů léčených režimem s aprepitantem než standardní terapií u pacientů léčených vysoce emetogenní chemoterapií byly: škytavka (4, 6% oproti 2, 9%), asténie/ únava (2, 9%, oproti 1, 6%), zvýšení ALT (2, 8%, oproti 1, 5%), zácpa (2, 2%, oproti 2, 0%), bolesti hlavy (2, 2%, oproti 1, 8%) a anorexie (2, 0%, oproti 0, 5%).
Visbiežāk sastopamās nevēlamās blakusparādības, par ko tika ziņots izteikti emetogēnas ķīmijterapijas pacientiem, kas lietoja aprepitantu, salīdzinot ar tiem, kas saņēma standarta terapiju, bija: žagas (4, 6% un 2, 9%), astēnija/ nogurums (2, 9% un 1, 6%), paaugstināts alanīna aminotransferāzes līmenis (ALAT) (2, 8% un 1, 5%), aizcietējumi (2, 2% un 2, 0%), galvassāpes (2, 2% un 1, 8%) un anoreksija (2, 0% un 0, 5%).