Farmakokinetika fondaparinuxu je odvozena od plazmatických koncentrací fondaparinuxu, kvantitativně určených pomocí aktivity faktoru anti Xa.
Fondaparinuksa nātrija farmakokinētika ir atvasināta no fondaparinuksa koncentrācijas plazmā, kas kvantitatīvi izteikta ar anti Xa faktora aktivitāti.