Nelfinavir vykazoval aditivní až synergický efekt proti HIV v kombinaci s inhibitory reverzní transkriptázy zidovudinem (ZDV), lamivudinem (3TC), didanosinem (ddI), zalcitabinem (ddC) a stavudinem (d4T) bez zvýšené cytotoxicity.
Nelfinaviram pierādīta kombinācijas ar reversās transkriptāzes inhibitoriem zidovudīnu (ZDV), lamivudīnu (3TC), didanozīnu (ddI), zalcitabīnu (ddC) un stavudīnu (d4T) sinerģismu papildinoša darbība pret HIV, nepalielinoties citotoksicitātei.