Za normálních okolností je po inhalačním podání dosaženo nízkých plazmatických koncentrací flutikason- propionátu, vzhledem k velmi silnému metabolismu látky během prvního přehodu játry (first pass metabolism) a vysoké systémové clearance zprostředkované cytochromem P450 3A4 ve střevě a játrech.
Zāļu mijiedarbības pētījums veseliem cilvēkiem ar intranazālu flutikazona propionātu parādīja, ka ritonavirs (spēcīgs citohroma P450 3A4 inhibitors), lietojot devā pa 100 mg divas reizes dienā, var 700 reizes palielināt flutikazona propionāta koncentrāciju plazmā, rezultātā ievērojami samazinot kortizola līmeni serumā.