Nejčastějšími vedlejšími účinky spojenými s používáním systému IONSYS (zaznamenanými u více než 1 pacienta z 10) byla nauzea (pocit nevolnosti), bolesti hlavy a erytém (zarudnutí kůže) v místě aplikace.
Ionsys pētījumu laikā visbiežāk novērotās blakusparādības (vairāk kā vienam pacientam no desmit) bija slikta dūša, vemšana un eritēma (ādas apsarkums) ievadīšanas vietā.