Závažné nežádoucí účinky (např. anafylaktoidní reakce 0, 2%, 6/ 3028) byly při léčbě mikafunginem hlášeny méně často a pouze u pacientů se závažnými zdravotními stavy (např. pokročilým AIDS, zhoubnými nádory) vyžadujícími současné podávání většího počtu léků.
Mikafungīna terapijas laikā retāk saņemti ziņojumi par smagām reakcijām (piemēram, anafilaktoīda reakcijām 0, 2%, 6/ 3028), pie kam šādas reakcijas novērotas vienīgi pacientiem ar citām smagām blakus saslimšanām (piemēram, progresējošu AIDS, ļaundabīgiem audzējiem), kad vienlaikus bija nepieciešams lietot vairākas zāles.