Stejně jako všechny ostatní NRTI může také přípravek Ziagen způsobit laktátovou acidózu (hromadění kyseliny mléčné v těle) a u dětí matek užívajících přípravek Ziagen během těhotenství mitochondriální dysfunkci (poškození složek buňky, jež tvoří energii, což může způsobit problémy s krví).
Savukārt zīdaiņiem, kuru mātes Ziagen lietoja grūtniecības laikā, zāles var izraisīt mitohondriju disfunkciju (šūnu enerģiju ražojošo komponentu bojājumus, kas var izraisīt izmaiņas asinīs).