Indinavir se reverzibilně váže na aktivní místo proteáz a kompetitivně inhibuje enzym a zabraňuje tak štěpení virových prekurzorů polyproteinů, k němuž dochází během zrání nově vznikající částice viru.
Indinavīrs atgriezeniski saistās ar proteāzes aktīvo daļu un konkurējoši inhibē enzīmu, tādējādi novēršot vīrusa prekursora poliproteīnu šķelšanos jaunizveidotās vīrusa daļiņas nobriešanas laikā.