U obou druhů může být difloxacin konjugován (glukuronizace nebo sulfatizace), demetylován na sarafloxacin nebo oxidován na N- oxid- difloxacin.
Abās sugās difloksacīns var tikt konjugēts (glikuronidēts vai sulfilēts), dezmetilēts par sarafloksacīnu vai oksidēts par N- oksīda- difloksacīnu.