Metabolizmus Moxifloxacin prochází fází II biotransformace a je vylučován renálními a žlučovými/ fekálními cestami v nezměněné podobě a stejně jako thiosloučenina (M1) a glukuronid (M2).
Moksifloksacīns tiek pakļauts II fāzes biotransformācijai un tiek izvadīts caur nierēm un aknu/ žults ceļiem gan kā neizmainīts medikaments, gan ar sēru saistītā veidā (M1) un kā glikuronīds (M2).