Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Rapamune (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří infekce močových cest, trombocytopenie (nízký počet krevních destiček), anémie (nízký počet červených krvinek), hypokalemie (nízká hladina draslíku v krvi), hypofosfatemie (nízká hladina fosforu v krvi), hypercholesterolemie (vysoká hladina cholesterolu v krvi), hyperglykemie (vysoká hladina cukrů v krvi), hypertriglyceridemie (vysoká hladina triglyceridů – jednoho druhu lipidů - v krvi), bolesti hlavy, lymfokéla (nahromadění tekutiny v oblasti ledvin), hypertenze (vysoký krevní tlak), bolest břicha, průjem, zácpa, nauzea (pocit nevolnosti), akné (pupínky), artralgie (bolest kloubů), periferní otoky (obvykle otoky dolních končetin), pyrexie (horečka), bolesti, zvýšená hladina laktátdehydrogenázy (LDH) v krvi (ukazatel rozpadu tkáně) a zvýšené hladiny kreatinu v krvi (indikátor potíží s ledvinami).
Visbiežāk novērotās nevēlamās Rapamune blakusparādības (vairāk nekā vienam pacientam no desmit) ir urīnceļu infekcija (infekcija urīna izvadsistēmas orgānos), trombocitopēnija (mazs asins plātnīšu skaits), anēmija (mazs eritrocītu skaits), hipokaliēmija (mazs kālija līmenis asinīs), hipofosfatēmija (mazs fosfāta līmenis asinīs), hiperholesterinēmija (augsts holesterīna līmenis asinīs), hiperglikēmija (augsts cukura līmenis asinīs), hipertrigliceridēmija (augsts triglicerīdu – tauku veida – līmenis asinīs), galvassāpes, limfocēle (šķidruma uzkrāšanās ap nieri), hipertensija (augsts asinsspiediens), sāpes vēderā, caureja, aizcietējumi, nelaba dūša, pūtītes (raibumi), artralģija (sāpes locītavās), perifēra tūska (satūkums, parasti kājās), pireksija (drudzis), sāpes, paaugstināts laktātdehidrogenāzes līmenis asinīs (audu sabrukšanas rādītājs) un paaugstināts kreatanīna līmenis asinīs (nieru darbības traucējumu rādītājs).