Po perorálním podání je agomelatin rychle metabolizován, především cestou jaterního CYP1A2; izoenzymy CYP2C9 a CYP2C19 jsou také zahrnuty, ale s nízkým přispěním.
Metabolisma mazāko daļu pārstāv CYP2C9 un CYP2C19 izoenzīmi.