Fondaparinux je kontraindikován při závažném poškození ledvin (clearance kreatininu < 30 ml/ min) a měla by být užívána s opatrností u pacientů se středně těžkým poškozením ledvin (clearance kreatininu 30- 50 ml/ min).
Fondaparinukss ir kontrindicēts smagas nieru mazspējas gadījumā (kreatinīna klīrenss < 30 ml/ min), un pacientiem ar mērenu nieru mazspēju (kreatinīna klīrenss 30 – 50 ml/ min) jālieto uzmanīgi.