Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Prepandrix (zaznamenané u 1 až 10 či více dávek vakcíny) patří bolesti hlavy, artralgie (bolesti v kloubech), myalgie (bolesti svalů), reakce v místě vpichu injekce (ztvrdnutí, otok, bolest či zarudnutí), horečka a únava.
Visbiežāk novērotās nevēlamās Prepandrix blakusparādības (novēro vienai no desmit vai vairākām vakcīnas devām) ir galvassāpes, artraļģija (sāpes locītavās), miaļģija (sāpes muskuļos), reakcijas injekcijas vietā (sacietējums, pietūkums, sāpes un apsārtums), drudzis un nogurums.