U pacientů léčených pomocí alendronátu byly zaznamenány nežádoucí účinky v jícnu (které byly v některých případech závažné a vyžadovaly hospitalizaci) jako ezofagitida, vředy jícnu nebo jícnové eroze, po nichž ve vzácných případech následovalo zúžení jícnu.
No pacientiem, kas saņem ārstēšanu ar alendronātu, ir saņemti ziņojumi par barības vada blakusparādībām (dažos gadījumos smagām un tādām, kas prasa stacionēšanu), piemēram, ezofagītu, barības vada čūlām vai barības vada erozijām, kam retos gadījumos seko barības vada striktūras.