Mezi nejběžnější vedlejší účinky spojené s užíváním přípravku PegIntron (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří virová infekce, úbytek hmotnosti, deprese, podrážděnost, nespavost (potíže se spánkem), pocity úzkosti, poruchy soustředění, emoční labilita (změny nálad), bolest hlavy, sucho v ústech, dušnost (potíže s dýcháním), nevolnost (pocit na zvracení), bolest břicha, průjem, anorexie (ztráta chuti k jídlu), vypadávání vlasů, pruritus (svědění), suchost kůže, vyrážka, myalgie (bolest svalů), arthraligie (bolest kloubů), bolesti svalů a kostí, zánět v místě vpichu, reakce v místě vpichu (bolest a zarudnutí), závratě, únava, zvýšené svalové napětí, horečka, symptomy připomínající chřipku a slabost.
Visbiežāk novērotās PegIntron blakusparādības (novērotas vairāk nekā 1 no 10 pacientiem) ir vīrusu infekcija, svara zudums, depresija, uzbudināmība, bezmiegs (grūtības aizmigt), trauksme, koncentrēšanās grūtības, emocionāla labilitāte (garastāvokļa svārstības), galvassāpes, sausa mute, elpas trūkums (apgrūtināta elpošana), faringīts (kakla iekaisums), klepus, vemšana, slikta dūša, vēdersāpes, caureja, anoreksija (apetītes zudums), alopēcija (matu izkrišana), nieze, sausa āda, izsitumi, mialģija (muskuļu sāpes), artralģija (locītavu sāpes), sāpes muskuļos un kaulos, iekaisums injekcijas vietā, reakcija injekcijas vietā (sāpes un sasārtums), reibonis, nogurums (nespēks), drebuļi (auksti drebuļi), augsta temperatūra, gripai līdzīgi simptomi un astēnija (vājums).