V moči, v játrech, v tuku a v ledvinách lze, mimo hlavní (základní) složku, nalézt v malém množství rovněž metabolity desmethyldifloxacin a difloxacin N- oxid.
Urīnā, aknās, taukos un nierēs papildus galvenajam (sākotnējam) savienojumam nelielā daudzumā var tikt atrasti metabolīti dezmetil- difloksacīns un difloksacīna N- oksīds.