Stejně jako u jiných širokospektrých antibiotik se při dlouhodobém podávání cefuroxim axetilu může objevit superinfekce rezistentními mikroorganizmy (např. kandida, enterokoky nebo clostridium difficile), což si může vyžádat přerušení léčby.
Tāpat kā plaša spektra antibiotiku ilgstoša lietošana, arī cefuroksīma aksetila ilgstoša lietošana var izraisīt nejutīgu organismu (piem., Candida, Enterococci un clostridium difficile) savairošanos, kad var būt nepieciešams pārtraukt terapiju.