Mnohé substituce aminokyselin proteáz, o nichž se uvádí, že souvisejí s rezistencí vůči ritonaviru a sachinaviru, znamenaly rezistenci i vůči indinaviru.
Konstatēja, ka daudzas no proteāzes aminoskābju substitūcijām, kas saistītas ar rezistenci pret ritonavīru un sakvinavīru ir saistītas ar rezistenci arī pret indinavīru.