Ve studiích toxicity po opakovaném podávání u dospělých potkanů a psů fosamprenavir navodil známky gastrointestinálních poruch (slinění, zvracení a řídkou až tekutou stolici) a hepatální změny (zvýšené hmotnosti jater, elevace aktivit jaterních enzymů v séru a mikroskopické změny, včetně hepatocytární nekrózy).
Atkārtotu devu toksicitātes pētījumos pieaugušām žurkām un suņiem fosamprenavirs radīja kuņģa - zarnu trakta darbības traucējumus (siekalošanos, vemšanu un mīkstu līdz šķidru vēdera izeju), aknu izmaiņas (palielināts aknu svars, paaugstinātu aknu enzīmu aktivitāti serumā un mikroskopiskas izmaiņas, tajā skaitā hepatocītu nekrozi).