Nicméně jelikož moxifloxacin inhibuje jak topoizomerázu II (DNA gyrázu) tak IV s ekvipotencí u některých gram- positivních bakterií, mohou být tyto bakterie rezistentní na ostatní chinolony, ale citlivé na moxifloxacin.
Tomēr tā ka moksifloksacīns ar vienādu spēku inhibē gan topoizomerāzi II, gan IV dažās grampozitīvās baktērijās, šīs baktērijas var būt rezistentas pret citiem hinoloniem, bet jutīgas pret moksifloksacīnu.