V souvislosti s pokračující globalizací je posláním EMEA chránit a propagovat veřejné zdraví a zdraví zvířat prostřednictvím: vývoje efektivních a průhledných postupů, které uživatelům umožní rychlý přístup k bezpečným a účinným inovativním léčivým přípravkům, ke generickým léčivým přípravkům a k léčivým přípravkům, které nejsou na předpis, pomocí jednotné evropské registrace, kontroly bezpečnosti humánních a veterinárních léčivých přípravků, zejména prostřednictvím sítě farmakovigilance a stanovení bezpečných limitů pro rezidua u zvířat využívaných jako zdroj potravy, podpory inovací a podněcování výzkumu, čímž přispívá ke konkurenceschopnosti farmaceutického průmyslu v EU, mobilizování a koordinace vědeckých zdrojů z celé EU za účelem poskytování vysoce kvalitních hodnocení léčivých přípravků, poskytování poradenství pro výzkumné a vývojové programy, vykonávání inspekcí pro zajištění soudržného dosahování základních ustanovení GXP 1 a poskytování užitečných a srozumitelných informací uživatelům a zdravotnickým pracovníkům.
EMEA misija nepārtrauktas globalizācijas kontekstā ir aizsargāt un uzlabot sabiedrības un dzīvnieku veselību: izstrādājot efektīvas un pārskatāmas procedūras, lai dotu iespēju zāļu lietotājiem ātrāk piekļūt nekaitīgām un efektīvām jaunajām zālēm, kā arī nepatentētajām un bezrecepšu zālēm, izmantojot vienotu Eiropas reģistrācijas apliecību; kontrolējot cilvēkiem paredzēto un veterināro zāļu nekaitīgumu, jo īpaši ar zāļu lietošanas izraisīto blakusparādību uzraudzības tīkla starpniecību, kā arī nosakot maksimāli pieļaujamo palieku daudzumu produktīvajos dzīvniekos; atvieglojot inovācijas un veicinot pētījumus, šādi uzlabojot ES farmaceitiskās rūpniecības konkurētspēju; mobilizējot un koordinējot visas ES zinātniskos resursus, lai nodrošinātu zāļu kvalitatīvu novērtējumu, konsultējot pētniecības un izstrādes programmas, veicot pārbaudes, lai nodrošinātu LxP1 nosacījumu īstenošanu, kā arī sniedzot noderīgu un skaidru informāciju zāļu lietotājiem un veselības aprūpes speciālistiem.