Mezi nejběžnější vedlejší účinky spojené s užíváním přípravku Cubicin (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří fungální infekce (plísňové a kvasinkové), bolest hlavy, nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, průjem, vyrážka, reakce v místě zavedení infuze, abnormální jaterní testy a zvýšení hladiny enzymu CPK v krvi (ukazatel poškození svalů).
Cubicin visbiežāk novērotās blakusparādības (vairāk nekā vienam no desmit pacientiem) ir sēnīšu (pelējuma un rauga sēnīšu) izraisītās infekcijas, galvassāpes, sliktā dūša, vemšana, caureja, izsitumi, reakcijas infūzijas vietā, novirzes aknu testu rezultātos un paaugstināts fermenta kreatīnfosfokināzes (KFK) līmenis asinīs.