Jako u jiných chinolonů, se vzhledem k možnému nežádoucímu účinku na chrupavky kloubů, které jsou zatíženy hmotností, nedoporučuje používat difloxacin u zvířat ve fázi intenzivního růstu.
Mint más kinolonok esetében jelentkezhet káros mellékhatás a teherhordó, fejlődésben lévő izületi porcokban.