Vzhledem ke své afinitě k cytochromu CYP2C9 prokázané in vitro, může tolkapon interferovat s léky, jejichž clearance je závislá na této metabolické cestě, například tolbutamid a warfarin.
A tolkapon hatása más gyógyszerek metabolizmusára: a tolkapon citokróm CYP 2C9 iránti in vitro affinitása miatt kölcsönhatásba léphet olyan gyógyszerekkel, melyek lebontása ezen a metabolikus úton történik, ilyenek pl a tolbutamid és a warfarin.