Biotransformace emtricitabinu zahrnuje oxidaci poloviny thiolu, přičemž vzniká 3 '- sulfoxid diastereoisomer (přibližně 9% dávky), a konjugaci s kyselinou glukuronovou, přičemž vzniká 2' - O- glukuronid (přibližně 4% dávky).
Az emtricitabin biotranszformációja során a tiol csoport oxidálódik és 3 '- szulfoxid diasztereomerekké alakul (a dózis körülbelül 9% - a), illetve glükuronsavval konjugálva 2' - O- glükuronid keletkezik (a dózis körülbelül 4% - a).