Stejně jako u jiných širokospektrých antibiotik se při dlouhodobém podávání cefuroxim axetilu může objevit superinfekce rezistentními mikroorganizmy (např. kandida, enterokok nebo clostridium difficile).
Candida, Enterococci és Clostridium difficile) elszaporodását idézheti elő, ami viszont szükségessé teheti a kezelés felfüggesztését.