Protože metabolismus fluoxetinu (podobně jako tricyklická antidepresiva a další serotonin selektivní antidepresiva) zahrnuje systém hepatálního cytochromu izoenzymu CYP2D6, současná léčba přípravky také metabolizovanými tímto enzymatickým systémem může vést k lékovým interakcím.
CYP2D6 izoenzim: a fluoxetin metabolizmusában (mint a triciklikus antidepresszánsok és egyéb szelektív szerotonin antidepresszánsok esetében is) közreműködik a máj CYP2D6 izoenzim rendszere, ezért ezen enzim által metabolizált egyéb gyógyszerek fluoxetinnel való együttes alkalmazása gyógyszer interakciókhoz vezethet.