Průnik anidulafunginu hematoencefalickou bariérou byl u zdravých potkanů omezený; avšak u králíků s roztroušenou kandidózou se ukázalo, že anidulafungin prostupuje hematoencefalickou bariérou a omezuje mykotické ložisko v mozku.
Az anidulafunginnak a vér- agy gáton való átjutása egészséges patkányoknál mérsékelt volt; jóllehet, disszeminált candidiasisban szenvedő nyulaknál igazolták, hogy az anidulafungin átjut a vér- agy gáton, és csökkenti az agyban lévő gomba mennyiségét.