Úplná zkřížená rezistence byla zjištěna mezi indinavirem a ritonavirem; zkřížená rezistence vůči sachinaviru se však u jednotlivých izolátů lišila.
Humán máj- mikroszómákkal végzett in vitro vizsgálatok szerint a CYP3A4 az egyedüli P450 izoenzim, amely fontos szerepet játszik az indinavir oxidatív metabolizmusában.