Vedlejší účinky se u pacientů užívajících přípravek Circadin nevyskytují často, ale mezi nejčastější vedlejší účinky (pozorované u 1 z 10 až 1 z 1 000 pacientů) patří podrážděnost, nervozita, neklid, nespavost, abnormální sny, migréna, psychomotorická hyperaktivita (neklid se zvýšenou aktivitou), závratě, ospalost, bolest břicha, zácpa, sucho v ústech, hyperbilirubinémie (zvýšené hladiny bilirubinu v krvi, což je rozpadový produkt červených krvinek, který vyvolává zažloutnutí kůže a očí), hyperhidróza (nadměrné pocení), astenie (slabost) a zvýšení tělesné hmotnosti.
A Circadinnal kezelt betegeknél a mellékhatások nem gyakoriak, de a leggyakrabban (1000 közül 1 és 10 közötti számú betegnél) előforduló mellékhatások az ingerlékenység, idegesség, nyugtalanság, álmatlanság, szokatlan álmok, migrén, pszichomotoros hiperaktivitás (nyugtalanság és felfokozott tevékenykedés), szédülés, aluszékonyság, hasi fájdalom, székrekedés, szájszárazság, hiperbilirubinemia (a vörösvérsejtek bomlásából származó bilirubin szintjének emelkedése, ami miatt a beteg bőre vagy a szeme fehérje sárgásan elszíneződhet) fokozott verejtékezés (hiperhidrózis), gyengeség, testsúlygyarapodás.