Jako výsledek tohoto mechanizmu působení ciprofloxacin nevykazuje cross- rezistenci s ostatními důležitými, chemicky rozdílnými skupinami látek, jako jsou betalaktamová antibiotika, aminoglykosidy, tetracykliny, makrolidy a polypeptidy, sulfonamidy, trimetoprim a nitrofurantoin.
Hatásmechanizmusa miatt a ciprofloxacin nem mutat keresztrezisztenciát más fontos, kémiailag eltérő csoportba tartozó olyan vegyületekkel, mint a béta - laktám antibiotikumok, az aminoglikozidok, a tetraciklinek, a makrolidek és a polipeptidek, a szulfonamidok, a trimetoprim és a nitrofurantoin.