Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Rapamune (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří infekce močových cest, trombocytopenie (nízký počet krevních destiček), anémie (nízký počet červených krvinek), hypokalemie (nízká hladina draslíku v krvi), hypofosfatemie (nízká hladina fosforu v krvi), hypercholesterolemie (vysoká hladina cholesterolu v krvi), hyperglykemie (vysoká hladina cukrů v krvi), hypertriglyceridemie (vysoká hladina triglyceridů – jednoho druhu lipidů - v krvi), bolesti hlavy, lymfokéla (nahromadění tekutiny v oblasti ledvin), hypertenze (vysoký krevní tlak), bolest břicha, průjem, zácpa, nauzea (pocit nevolnosti), akné (pupínky), artralgie (bolest kloubů), periferní otoky (obvykle otoky dolních končetin), pyrexie (horečka), bolesti, zvýšená hladina laktátdehydrogenázy (LDH) v krvi (ukazatel rozpadu tkáně) a zvýšené hladiny kreatinu v krvi (indikátor potíží s ledvinami).
A Rapamune alkalmazása során előforduló leggyakoribb mellékhatások (10 betegből több mint 1- nél fordult elő): a húgyúti fertőzések (a vizeletszállító struktúrák fertőzése), trombocitopénia (alacsony trombocitaszám), anémia (alacsony vörösvérsejtszám), hipokalémia (a vér alacsony káliumszintje), hipofoszfatémia (a vér alacsony foszfátszintje), hiperkoleszterolémia (magas vérkoleszterinszint) hiperglikémia (magas vércukorszint), hipertrigliceridiémia (a vér magas triglicerid – a zsír egy típusa - szintje), fejfájás, lymphocele (folyadékgyülem a vese körül), hipertónia (magas vérnyomás), hasfájás, hasmenés, székrekedés, hányinger (émelygés), akne (foltok), ízületi fájdalom, perifériás ödéma (duzzanat rendszerint a lábakon), pirexia (láz), fájdalom, emelkedett szérum laktát- dehidrogenáz szint (a szövetek lebomlását jelző anyag) és emelkedett kreatininszint (a veseproblémák egyik jele).