Anidulafungin selektivně inhibuje 1, 3- β- D glukan syntázu, enzym přítomný v buňkách hub, ale nikoliv v buňkách savčích.
Az anidulafungin szelektíven gátolja az 1, 3- β- D glukán szintetázt, egy, a gombákban meglévő enzimet, amely azonban az emlőssejtekben nem található meg.