Závažné nežádoucí účinky (např. anafylaktoidní reakce 0, 2%, 6/ 3028) byly při léčbě mikafunginem hlášeny méně často a pouze u pacientů se závažnými zdravotními stavy (např. pokročilým AIDS, zhoubnými nádory) vyžadujícími současné podávání většího počtu léků.
Súlyos reakciókról (pl. anaphylactoid reakció 0, 2%, 6/ 3028) nem gyakran számoltak be a mikafungin- kezelés alatt, és csak olyan betegek esetében, akik komoly alapbetegségben szenvedtek (pl. előrehaladott AIDS, rosszindulatú daganatok), amelyek többféle gyógyszerrel végzett egyidejű kezelést tettek szükségessé.