Nicméně jelikož moxifloxacin inhibuje jak topoizomerázu II (DNA gyrázu) tak IV s ekvipotencí u některých gram- positivních bakterií, mohou být tyto bakterie rezistentní na ostatní chinolony, ale citlivé na moxifloxacin.
Minthogy a moxifloxacin a topoizomeráz II- t és IV- et azonos szinten gátolja, számos Gram pozitív baktériumban bizonyos baktériumok rezisztensek lehetnek az egyéb kinolonokra, de érzékenyek moxifloxacinra.