Pacienti s epilepsií nebo jinými poruchami centrálního nervového systému (např. snížení prahu pro křeče, epileptické křeče v anamnéze, zhoršený oběh krve v mozku, změny v mozkové struktuře nebo mrtvice) mohou užívat po pečlivém uvážení ciprofloxacin jen v případě, když prospěch léčby převáží její riziko, protože možnost vzniku nežádoucích účinků na centrální nervový systém znamená pro tyto pacienty zvýšené riziko.
Epilepsziás vagy más központi idegrendszeri károsodásban (pl. csökkent görcsküszöb, korábbi epilepsziás rohamok, csökkent agyi vérkeringés, az agy strukturális elváltozásai vagy szélütés) szenvedő betegek esetében a ciprofloxacin csak az előnyök kockázatokkal szembeni körültekintő mérlegelését követően alkalmazható, mivel a lehetséges központi idegrendszeri mellékhatások ezen betegek esetében nagyobb kockázatot jelentenek.