Protože se Rapamune užívá v kombinaci s jinými léky, pozorované vedlejší účinky nemohou být vždy s úplnou jistotou přisuzovány právě jemu.
Mindazonáltal, mivel a Rapamune- t más gyógyszerekkel együtt szedi, az észlelt mellékhatás nem mindig tulajdonítható teljes bizonyossággal a Rapamune- nak.