Účinky na virovou zátěž byly pravidelně výraznější u pacientů, léčených indinavirem v kombinaci s nukleosidovými analogy, avšak procenta nemocných s virovou RNA v séru pod hranicí kvantifikace (500 kopií/ ml) se mezi studiemi lišila, od 40% až po více než 80% po 24 týdnech.
A vírusmennyiségre gyakorolt hatás minden esetben kifejezettebb volt az indinavir és nukleozid - analógok kombinációjával kezelt betegekben, de az egyes vizsgálatokban különbözőképpen alakult (40% és több mint 80% között változott) azon betegek aránya, akiknél a vérsavóban kimutatható vírus- RNS mennyisége 24 heti kezelés után a kimutathatósági határ (500 kópia/ ml) alá esett.