Mezi nejběžnější vedlejší účinky spojené s užíváním přípravku Cubicin (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří fungální infekce (plísňové a kvasinkové), bolest hlavy, nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, průjem, vyrážka, reakce v místě zavedení infuze, abnormální jaterní testy a zvýšení hladiny enzymu CPK v krvi (ukazatel poškození svalů).
A Cubicin- kezelés leggyakoribb (10 betegből egynél több esetében észlelt) mellékhatásai: gombás fertőzések (penész - és élesztőgombák), fejfájás, rosszullét, hányás, hasmenés, kiütések, az infúzió helyén kialakuló reakciók, májtesztek rendellenes eredményei, valamint a CPK nevű enzim emelkedett szintje a vérben (izomkárosodás jele).