Udržuje řadu těsných kontaktů s Evropskou komisí, 27 členskými státy EU, zeměmi EHP- ESVO a s mnoha dalšími subjekty ve státním i soukromém sektoru.
Az Ügynökség feladata az emberi és állatgyógyászati felhasználásra készült gyógyszertermékek értékelésének és felügyeletének Európai Unión belüli koordinálása (ld. az Európai Unió Hivatalos Lapjának 2004. április 30- i L 136/ 1 számában közzétett, 2004. március 31- i 726/ 2004/ EK európai parlamenti és tanácsi rendeletet.) Az 1995. januárjában létrejött EMEA rendkívül szoros kapcsolatot tart fenn az Európai Bizottsággal, a 27 tagállammal, az EGT- EFTA- országokkal, és az állami és a magánszektor számos más csoportjával.