Výjimkou je jeho použití k eradikaci for H. pylori, kdy se má podávat ve dvou dávkách za den, jednou ráno a jednou večer.
Az optimális hatás eléréséhez az Agoptont naponta egyszer kell alkalmazni reggel, kivétel, ha H. pylori eradikáció a cél, ilyenkor naponta kétszer, reggel és este.