Nelfinavir vykazoval aditivní až synergický efekt proti HIV v kombinaci s inhibitory reverzní transkriptázy zidovudinem (ZDV), lamivudinem (3TC), didanosinem (ddI), zalcitabinem (ddC) a stavudinem (d4T) bez zvýšené cytotoxicity.
A nelfinavir additív vagy szinergista hatást mutatott HIV ellen a következő reverz transzkriptáz gátlókkal kombinálva: zidovudin (ZDV), lamivudin (3TC), didanozin (ddI), zalcitabin (ddC), és sztavudin (d4T) a citotoxikus hatás fokozódása nélkül.