Dále byly u pacientů léčených krémem s imichimodem hlášeny některé systémové nežádoucí reakce, včetně bolesti hlavy (3, 7%), příznaků podobných chřipce (1, 1%) a myalgie (1, 5%).
Néhány alapvizsgálatban, amelyben a szert hetente háromszor adták, a leggyakrabban jelentkező mellékhatások az imikimod kezeléshez igazoltan vagy nagy valószínűséggel kapcsolódó helyi reakciók voltak a kezelt szemölcs területén (az imikimoddal kezelt betegek 33, 7% - ában) Néhány szisztémás mellékhatásról, fejfájásról (3, 7%), influenza- szerű tünetekről (1, 1%) és myalgiáról (1, 5%) is beszámoltak.