Mikafungin vykazuje fungicidní účinky proti většině organismů rodu Candida a významně inhibuje aktivně rostoucí hyfy rodu Aspergillus.
A mikafungin fungicid aktivitást mutat a legtöbb Candida faj esetében, és feltűnően gátolja az Aspergillus fajok aktív növekedésben lévő gombafonalait.