Oproti systémově podávanému cytarabinu, který je rychle metabolizován na ara- U, je konverze na ara- U v cerebrospinální tekutině po intratekálním podání zanedbatelná, a to kvůli významně nižší aktivitě cytidindeaminázy ve tkáních centrálního nervového systému a v cerebrospinální tekutině.
A szisztémásan adott citarabinnal ellentétben, amely a plazmában gyorsan ara- U- vá alakul át, intrathecalis beadás után a cerebrospinális folyadékban a citarabin ara- U átalakulás elhanyagolható, mert a központi idegrendszer szöveteiben és a cerebrospinális folyadékban lényegesen alacsonyabb az átalakulásért felelős cytidin- deamináz enzimaktivitás.