Selektivní vazbou na antitrombin fondaparinux zesiluje (asi 300x) přirozenou neutralizaci faktoru Xa antitrombin.
Az antitrombinhoz történő szelektív kötődéssel a fondaparinux (mintegy 300 - szorosára) fokozza az antitrombin meglévő Xa- Faktort neutralizáló képességét.