U pacientek užívajících alendronát byly popsány reakce jícnu (někdy závažné a vyžadující hospitalizaci) jako například ezofagitida, jícnové vředy a eroze jícnu, po nichž ojediněle následovala striktura jícnu.
Az alendronáttal kezelt betegek esetében a következő, a nyelőcsőre lokalizálódó hatásokat jelentették (néhány esetben ezek súlyosak voltak és kórházi kezelést igényeltek): pl. oesophagitis, nyelőcsőfekélyek és - eróziók, amelyek ritkán nyelőcsőszűkülethez vezettek.