Sildenafil má především vyšší (více než 4000x) selektivitu k PDE5 oproti PDE3, což je cAMP- specifická izoforma fosfodiesterázy účastnící se kontroly srdeční kontraktility.
Kiemelendő, hogy a szildenafil 4000- szer szelektívebben kötődik a PDE5- höz, mint a szívizomzat kontraktilitásának szabályozásában részt vevő cAMP- specifikus PDE3- hoz.