Stejně jako u jiných antitrombotických léků, je nejčastějším vedlejším účinkem (zaznamenaným u více než 1 pacienta z 10) přípravku Refludan krvácení.
Más antithromboticumokhoz hasonlóan a Refludan leggyakoribb mellékhatása (100 betegből egynél többször fordult elő) a vérzés.