Cidofovirem selektované mutanty měly mutaci genu DNA polymerázy a byla u nich zkřížená rezistence na ganciklovir, byly však citlivé na foskarnet.
Cidofovir- kezelés okozta DNS- polimeráz gén mutáció esetén ganciklovir- keresztrezisztencia lépett fel, de foszkarnet- kezelésre érzékeny maradt.