U pacientů s epilepsií nebo jinými lézemi centrálního nervového systému (např. snížený práh pro vznik záchvatů křečí, anamnéza epileptického záchvatu, snížený cerebrální krevní průtok, změny v mozkové struktuře či mozková mrtvice) by ciprofloxacin měl být podán pouze po pečlivém zvážení očekávaného prospěchu a rizik, protože možné centrálně nervové nežádoucí účinky znamenají pro tyto pacienty zvýšené riziko.
Epilepsziás betegeknél vagy a központi idegrendszer egyéb léziói esetén (pl. csökkent görcsküszöb, anamnézisben szereplő epilepsziás roham, csökkent agyi véráramlás, az agy struktúrális elváltozásai vagy stroke) a ciprofloxacin csak az előnyök és a kockázatok gondos mérlegelését követően alkalmazható, mivel a központi idegrendszeri mellékhatások lehetősége ezeket a betegeket fokozott kockázatnak teszi ki.