Stejně jako všechny ostatní NRTI může také přípravek Combivir způsobit laktátovou acidózu (hromadění kyseliny mléčné v těle) a u dětí matek užívajících přípravek Combivir během těhotenství mitochondriální dysfunkci (poškození složek buňky, jež tvoří energii, což může způsobit problémy s krví).
Más NRTI- khez hasonlóan, a Combivir is tejsav- acidózist (a tejsav felhalmozódása a szervezetben) okozhat, valamint mitokondrium (a sejtek energiatermelő komponense, melynek sérülése vérrel kapcsolatos problémákat okozhat) károsodást a terhesség alatt Combivir- t szedő anyák csecsemőiben.