Sildenafil má především více jak 4000- násobnou selektivitu k PDE5 než k PDE3, izoformě fosfodiesterázy specifické k cAMP, zapojené do kontroly srdeční kontraktility.
Kiemelendő, hogy a szildenafil 4000- szer szelektívebben kötődik a PDE5- höz, mint a szívizomzat kontraktilitásának szabályozásában részt vevő cAMP- specifikus PDE3- hoz.