Intracelulární metabolismus gemcitabinu produkuje gemcitabin mono -, di - a trifosfát (dFdCMP, dFdCDP a dFdCTP), ze kterých dFdCDP a dFdCTP jsou považovány za aktivní metabolity.
A gemcitabin intracelluláris metabolizmusa gemcitabin mono -, di - és trifoszfátokat eredményez (dFdCMP, dFdCDP és dFdCTP), melyek közül a dFdCDP és dFdCTP tekinthető aktívnak.