V moči, v játrech, v tuku a v ledvinách lze, mimo hlavní (základní) složku, nalézt v malém množství rovněž metabolity desmethyldifloxacin a difloxacin N- oxid.
A vizeletben, a májban, a zsírszövetben és a vesékben a metabolitok, a dezmetil- difloxacin, és a difloxacin N- oxid találhatók meg kis mennyiségben a fő (eredeti) összetevő mellett.