Stejně jako všechny ostatní NRTI může také přípravek Ziagen způsobit laktátovou acidózu (hromadění kyseliny mléčné v těle) a u dětí matek užívajících přípravek Ziagen během těhotenství mitochondriální dysfunkci (poškození složek buňky, jež tvoří energii, což může způsobit problémy s krví).
Mint minden NRTI, a Ziagen is okozhat tejsav - acidózist (tejsav felhalmozódása a szervezetben), valamint a terhesség alatt Ziagen- t szedő anyák gyermekeinél mitokondriális működési zavart (a sejtek energiatermelő alkotórészeinek károsodása, amely problémákat okozhat a vérben).