Mnohé substituce aminokyselin proteáz, o nichž se uvádí, že souvisejí s rezistencí vůči ritonaviru a sachinaviru, znamenaly rezistenci i vůči indinaviru.
A ritonavirral és a szakvinavirral szembeni rezisztenciával összefüggésbe hozott proteáz aminosav- szubsztitúciók közül sok az indinavirral szembeni rezisztenciával is összefüggött.