Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Ziagen (zaznamenané u 1 až 10 pacientů ze 100) patří anorexie (ztráta chuti k jídlu), bolest hlavy, nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, průjem, vyrážka, horečka, letargie (nedostatek energie) a únava.
A Ziagen használatával társuló leggyakoribb mellékhatások (100 beteg közül 1– 10 betegnél jelentkezik) az étvágytalanság, fejfájás, hányinger, hányás, hasmenés, kiütés, láz, levertség és fáradékonyság.