Stejně jako u jiných širokospektrých antibiotik se při dlouhodobém podávání cefuroxim axetilu může objevit superinfekce rezistentními mikroorganizmy (např. kandida, enterokoky nebo clostridium difficile), což si může vyžádat přerušení léčby.
Candida, Enterococci és Clostridium difficile) elszaporodását idézheti elő, ami viszont szükségessé teheti a kezelés felfüggesztését.