In vitro rezistence na moxifloxacin se vyvíjí pomalu postupným procesem spojeným s mutací cílového místa v obou topoizomerázách typu II (v DNA gyráze a topoizomeráze IV).
In vitro rezisztencia a moxifloxacinnal szemben lassan, több lépcsős mutációval alakul ki, melynek mediálásában a topoizomeráz II., a DNS giráz, és a topoizomeráz IV vesz részt.