Metronidazol byl původně považován za alternativu amoxicilinu, avšak v současné době převažuje tendence jeho použití vyhradit pro záchrannou terapii v případě selhání první eradikace.
A metronizadolt kezdetben az amixicillin alternatívájának tekintették, jelenleg azonban inkább csak a második kezelési lépcsőben alkalmazzák az első eradikáció sikertelensége esetén.