U obou druhů může být difloxacin konjugován (glukuronizace nebo sulfatizace), demetylován na sarafloxacin nebo oxidován na N- oxid- difloxacin.
A difloxacin mindkét faj esetében konjugálódik (glükoroniddá, vagy szulfáttá), dezmetilálódik sarafloxacinná, vagy oxidálódik N- oxid- difloxacinná.