Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Agenerase (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří bolest hlavy, průjem, nadýmání (plynatost), nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, vyrážka a vyčerpání (únava).
Az Agenerase alkalmazása során előforduló leggyakoribb (10 beteg közül több mint 1- nél fordult elő) mellékhatások a fejfájás, hasmenés, szélgörcs, hányinger (rosszullét), hányás, bőrkiütések és fáradtság.