Bylo zjištěno, že sapropterin má slabé mutagenní účinky u bakteriálních buněk a v plicích a ovariálních buňkách čínského křečka byly detekovány zvýšené chromozomální aberace.
Kimutatták, hogy a szapropterin baktériumsejtekben enyhén mutagén, illetve, hogy kínai hörcsög tüdő - és petefészeksejtekben hatására fokozódnak a kromoszóma- aberrációk.