Na základě údajů od 13 pacientů dosud neléčených antiretrovirotiky u kterých selhává léčba fosamprenavirem, a na základě omezených in vitro dat (místně cílená mutageneze), vedly cesty rezistence spojené s amprenavirem k omezené zkřížené rezistenci k lopinaviru (dostupné klinické údaje z 13 izolátů), zatímco citlivost na atazanavir (ze 4 izolátů) a tipranavir (ze 2 izolátů) se obecně zachovala.
Huszonöt, antiretrovirális kezelésben még nem részesült és fozamprenavirt tartalmazó terápiával sikertelenül kezelt beteg (akik közül egy már a kiinduláskor rezisztenciát mutatott a lopinavirrel és szakvinavirrel, egy másik pedig tipranavirrel szemben) adatai alapján, az amprenavirral kapcsolatos rezisztencia kialakulási útvonalakon korlátozott keresztrezisztencia jön létre az alábbiakkal szemben: atazanavir/ ritonavir (25 izolátumból háromban), darunavir/ ritonavir (25 izolátumból négyben), indinavir/ ritonavir (25 izolátumból egyben), lopinavir/ ritonavir (24 izolátumból háromban), szakvinavir (24 izolátumból háromban) és tipranavir/ ritonavir (24 izolátumból négyben).