Indinavir neinhiboval významně eukaryotické proteázy, lidský renin, lidský cathepsin D, lidskou elastázu a lidský faktor Xa.
Az indinavir nem gátolja jelentős mértékben az eukarióta proteázokat, így a humán renint, a humán katepszin D- t, a humán elasztázt és a humán Xa faktort.