Biotransformace emtricitabinu zahrnuje oxidaci poloviny thiolu a tvorbu 3 '- sulfoxid diastereomerů (přibližně 9% dávky) a sloučení s kyselinou glukuronovou tvoří 2' - O- glukuronid (přibližně 4% dávky).
Az emtricitabin biotranszformációja során a tiolcsoport oxidálódik és 3 '- szulfoxid diasztereomerekké alakul (a dózis körülbelül 9% - a), illetve glükuronsavval konjugálva 2' - O- glükuronid keletkezik (a dózis körülbelül 4% - a).