Viry rezistentní k emtricitabinu byly křížově rezistentní k lamivudinu, ale zachovaly si citlivost na ostatní nukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NRTIs) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanosin a zalcitabin), na všechny nenukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (non- nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NNRTIs) a všechny inhibitory proteázy (protease inhibitors, PIs).
Az emtricitabinnal szemben ellenálló vírusok keresztrezisztensnek bizonyultak a lamivudinnal szemben, viszont érzékenyek maradtak más nukleozid reverz transzkriptáz inhibitorokkal (NRTI) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanozin és zalcitabin), illetve az összes nem- nukleozid reverz transzkriptáz inhibitorral (NNRTI) és proteáz inhibitorral (PI) szemben.