Baktericidní aktivita moxifloxacinu vychází z inhibice obou topoizomeráz typu II (DNA gyrázy a topoizomerázy IV), nezbytných pro bakteriální replikaci DNA, transkripci a opravy.
A moxifloxacin baktericid hatása abból ered, hogy gátolja mindkét II. típusú topoizomerázt (DNS giráz és topoizomeráz IV), melyek a bakteriális DNS replikációhoz, a transzkripcióhoz és a repair mechanizmushoz szükségesek.