Podobně jako u dalších antibiotik může vést dlouhodobá léčba retapamulinem k přemnožení necitlivých mikroorganismů, včetně plísní.
Mint minden egyéb antibakteriális szer esetében, a retapamulin hosszabb idejű alkalmazása rezisztens mikroorganizmusok, többek között gombák elszaporodásához vezethet.