M- 1 (katecholová forma), M- 2 (metoxy forma M1) a M- 5 (hydroxylace postranního řetězce).
Anyagcsere A változatlan mikafungin a fő keringő vegyület a szisztémás keringésben. kimutatták, hogy a mikafungin különböző vegyületekre bomlik le, ezek közül az M- 1 - (katekol forma), M- 2 - (az M- 1 metoxi formája) és M- 5 - (az oldallánc hidroxilációja) mikafungin kimutatható volt a szisztémás keringésben.