Interakce s kombinací indinavir/ ritonavir nebyla studována Ritonavir indukuje glukuronidaci, v důsledku toho se předpokládá, že snižuje plasmatické koncentrace atovaquonu.
A ritonavir indukálja a glükuronidációt, melynek eredményeképp várhatóan csökkenti az atovakvon plazmakoncentrációinak szintjét.