Ve fázi III studií s UA/ NSTEMI byly kromě krvácení nejčastěji hlášenými nežádoucími účinky (zaznamenanými nejméně u 1% pacientů užívajících fondaparinux) bolest hlavy, bolest na hrudi a fibrilace síní.
A 3. fázisú UA/ NSTEMI vizsgálatban a leggyakrabban jelentett (a fondraparinuxszal kezeltek legalább 1% - ánál jelentkező) nem- vérzéses nemkívánatos események a következők voltak: fejfájás, mellkasi fájdalom és pitvarfibrilláció.