Po průchodu do systémové cirkulace se očekává, že zikonotid bude primárně náchylný k proteolytickému štěpení různými peptidázami či proteázami přítomnými ve většině orgánů (např. ledviny, játra, plíce, svaly, atd.), a tak bude degradován na fragmenty peptidů a individuální stavební složky volných aminokyselin.
A szisztémás keringésbe való bejutást követően a zikonotidot elsősorban a legtöbb szervben (például vesében, májban, tüdőben, izmokban, stb.) általánosan előforduló peptidázok/ proteázok hasítják el proteolysissel, amelynek során peptid töredékekre és az egyes alkotó aminosavakra bomlik le.