Metabolické studie in vitro ukazují, že methylnaltrexon neinhibuje aktivitu CYP1A2, CYP2E1, CYP2B6, CYP2A6, CYP2C9, CYP2C19 ani CYP3A4, zatímco je slabým inhibitorem metabolismu modelového substrátu CYP2D6.
In vitro metabolizmus vizsgálatok szerint a metilnaltrexon nem gátolja a CYP1A2, a CYP2E1, a CYP2B6, a CYP2A6, a CYP2C9, a CYP2C19 és a CYP3A4 enzim aktivitását, miközben egy modell CYP2D6 szubsztrát metabolizmusának gyenge innhibitora.