Jestliže se Rapamune užívá současně s léky zvanými inhibitory kalcineurinu (cyklosporin nebo takrolimus), může se zvýšit riziko poškození ledvin se sníženým počtem krevních destiček a červených krvinek s vyrážkou nebo bez ní (trombocytopenická purpura/ hemolyticko- uremický syndrom).
Amennyiben az úgynevezett kalcineurin gátló gyógyszerekkel (ciklosporin, takrolimusz) együtt szedi a Rapamune- t, nőhet az alacsony vérlemezke - és alacsony vörösvértest- szám kíséretében, bőrkiütéssel vagy a nélkül fellépő vesekárosodás veszélye (trombocitopéniás purpura / hemolitikus urémiás szindróma).