Podobně jako u jiných léků proti HIV mohou být pacienti užívající přípravek Ziagen vystaveni také riziku lipodystrofie (změny v rozložení tělesného tuku), osteonekrózy (odumírání kostní tkáně) nebo syndromu imunitní reaktivace (příznaky infekce způsobené zotavujícím se imunitním systémem).
Mint más HIV- ellenes gyógyszerek esetén, a Ziagen- t szedő betegeknél több elváltozás kockázata nagyobb: lipodisztrófia (a testzsír eloszlási zavara), oszteonekrózis (csontszövet elhalása) illetve immun- reaktivációs szindróma (fertőzéses tünetek, melyeket a gyógyuló immunrendszer okoz).