Miglustat se eliminuje hlavně renální exkrecí a množství nezměněného léku vyloučeného močí je 70 – 80% podané dávky.
A miglustat főleg a vesén keresztül választódik ki, a változatlan gyógyszer a dózis 70- 80% - át teszi ki a vizeletben való újra kiválasztódáskor.