Exkrece probíhá převážně močí (80%), a to ve formě metabolitů, zatímco množství nezměněného agomelatinu v moči je zanedbatelné.
A kiválasztás főként (80% - ban) a vizelettel történik, metabolitok alakjában, míg a vizeletből változatlan formában visszanyerhető vegyület mennyisége elhanyagolható.