Následující nežádoucí příhody, které mají přinejmenším pravděpodobnou souvislost s podáváním nelfinaviru (tj. nežádoucí účinky), se vyskytovaly nejčastěji: průjem, nausea a vyrážka.
A leggyakrabban jelentett nemkívánatos hatások, melyeknek a nelfinavir alkalmazásával való összefüggése legalábbis lehetséges (vagyis mellékhatások) a következők: hasmenés, hányinger és bőrkiütés.