Vzhledem k mechanizmu účinku ciprofloxacin nevykazuje zkříženou rezistenci vůči jiným významným, chemicky odlišným skupinám látek, jako jsou beta- laktamová antibiotika, aminoglykosidy, tetracykliny, makrolidy a polypeptidová antibiotika, sulfonamidy, trimethoprim a nitrofurantoin.
Hatásmechanizmusának köszönhetően, a ciprofloxacin nem mutat keresztrezisztenciát egyéb fontos, kémiailag különböző vegyületcsoportokkal, például a béta- laktám antibiotikumokkal, aminoglikozidokkal, tetraciklinekkel, makrolidekkel és polipeptidekkel, szulfonamidokkal, trimetoprimmel és nitrofurantoinnal.