Kromě toho klofarabin vykazuje vyšší resistenci vůči buněčné degradaci adenosindeaminázou a sníženou náchylnost k fosforolytickému štěpení než jiné účinné látky v této třídě, přičemž afinita klofarabin trifosfátu k alfa polymeráze DNA a ribonukleotidreduktáze je podobná jako afinita deoxyadenosintrifosfátu, nebo vyšší.
Emellett a klofarabin nagyobb ellenállást mutat az adenozin- deamináz általi lebontással szemben, és kevésbé hajlamos a foszforolitikus hasadásra, mint az osztályába tartozó egyéb hatóanyagok, míg a klofarabin- trifoszfátnak a DNS- polimeráz- α- hoz és a ribonukleotid- reduktázhoz való affinitása hasonló, vagy nagyobb, mint a dezoxiadenozin- trifoszfáté.