Indinavir se reverzibilně váže na aktivní místo proteáz a kompetitivně inhibuje enzym a zabraňuje tak štěpení virových prekurzorů polyproteinů, k němuž dochází během zrání nově vznikající částice viru.
Az indinavir reverzibilisen kötődik a proteáz aktív kötőhelyéhez, és kompetitív módon gátolja az enzimet, ezáltal megakadályozza a vírus prekurzor poliproteinjeinek az újonnan képződött vírusrészecske érése során bekövetkező hasadását.