Po perorálním podání je agomelatin rychle metabolizován, především cestou jaterního CYP1A2; izoenzymy CYP2C9 a CYP2C19 jsou také zahrnuty, ale s nízkým přispěním.
A szájon át adott agomelatin gyorsan metabolizálódik, elsősorban a májban a CYP1A2- n keresztül; a CYP2C9 és CYP2C19izoenzimek is érintettek, de szerepük kisebb.