Nejčastější vedlejší účinky, zaznamenané pacienty léčenými samotným přípravkem Paxene, zahrnují útlum kostní dřeně, jehož následkem je závažná neutropenie (nízký počet bílých krvinek), trombocytopenie (nízký počet krevních destiček) a anémie (nízký počet červených krvinek).
A Paxenét monoterápiában kapó betegeknél leggyakrabban előforduló mellékhatás a csontvelő szuppresszió, ami neutropeniát (alacsony fehérvérsejt szám), thrombocytopeniát (alacsony vérlemezke szám) és anaemiát (alacsony vörösvértest szám) eredményez.