Podobně jako u jiných léků pro léčbu HIV existuje u pacientů užívajících přípravek Agenerase riziko lipodystrofie (změny v rozložení tělesného tuku), osteonekrózy (odumírání kostní tkáně) nebo syndromu imunitní reaktivace (příznaky infekce vyvolané obnovením imunitního systému).
2/ 3 Mint más HIV fertőzés elleni gyógyszerek esetében, úgy az Agenerase- t szedő betegeknél is fennáll a lipodisztrófia (zsíranyagcsere zavar), az oszteonekrózis (a csontszövet elhalása) vagy az immunreaktivációs szindróma (a gyógyuló immunrendszer által okozott fertőzés tünetei) kockázata.