Protože je trabektedin metabolizován hlavně CYP3A4, souběžné podávání látek, které tento izoenzym inhibují, např. ketokonazol flukonazol, ritonavir nebo klaritromycin, by mohlo snižovat metabolismus a zvyšovat koncentrace trabektedinu.
Mivel a trabektedin főként a CYP3A4 enzimen keresztül metabolizálódik, együttes alkalmazása olyan anyagokkal, melyek gátolják ezt az izoenzimet, pl. ketokonazol, flukonazol, ritonavir és klaritromicin, lassíthatja a trabektedin metabolizmusát és emelheti a trabektedin koncentrációját.