Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Prepandrix (zaznamenané u 1 až 10 či více dávek vakcíny) patří bolesti hlavy, artralgie (bolesti v kloubech), myalgie (bolesti svalů), reakce v místě vpichu injekce (ztvrdnutí, otok, bolest či zarudnutí), horečka a únava.
A Prepandrix alkalmazása során leggyakrabban (a vakcina 10 vagy több dózisából egy esetében) előforduló mellékhatások a fejfájás, arthralgia (ízületi fájdalom), myalgia (izomfájdalom), reakciók az injekció beadásának helyén (kemény csomó, duzzanat, fájdalom és bőrpír), a láz és a fáradság.