Sildenafil je odbouráván především jaterními mikrozomálními izoenzymy CYP3A4 (hlavní cesta) a CYP2C9 (vedlejší cesta).
A szildenafilt elsősorban a máj mikroszomális enzimrendszerének CYP3A4 - (fő út), kisebb mértékben a CYP2C9 (mellék út) izoenzimei metabolizálják.