Současné podávání indinaviru spolu s rifampicinem nebo bylinnými přípravky s obsahem třezalky tečkované (Hypericum perforatum) je kontraindikováno.
Darüber hinaus darf Indinavir mit Ritonavir nicht mit Alfuzosin, Meperidin, Piroxicam, Propoxyphen, Bepridil, Encainid, Flecanid, Propafenon, Chinidin, Fusidinsäure, Clozapin, Clorazepat, Diazepam, Estazolam und Flurazepam angewandt werden.