Způsob interakce není znám a vzhledem k tomu, že vyšší koncentrace atovachonu mohou být dosaženy se
In einer Studie zur Pharmakokinetik zeigte die gleichzeitige Einnahme von Zidovudin und Atovaquon Tabletten eine Erniedrigung der Zidovudin-Clearance nach oraler Anwendung, die zu einem Anstieg der AUC des Zidovudins im Plasma um 35% ± 23% führte.