Jednoduchá substituce vodíku chlorem na pozici 2 odlišuje kladribin od jeho přirozeného protějšku 2 '- deoxyadenozinu a činí molekulu rezistentní k deaminaci adenozindeaminázou.
Cladribin unterscheidet sich von dem natürlich vorkommenden Nukleosid, dem 2'-Desoxyadenosin, dadurch, dass das Wasserstoffatom der Position 2 durch ein Chloratom substituiert wurde, wodurch das Molekül einer Desaminierung durch die Adenosindesaminase nicht mehr zugänglich ist.