Kromě toho se indinavir v kombinaci s ritonavirem nesmí podávat s alfuzosinem, meperidinem, piroxikamem, propoxyfenem, bepridilem, enkainidem, flekanidem, propafenonem, chinidinem, kyselinou fusidovou, klozapinem, klorazepatem, diazepamem, estazolamem a flurazepamem.
62 Weiterhin ist die Kombination von Indinavir mit Rifampicin oder pflanzlichen Arzneimitteln, die Johanniskraut enthalten (Hypericum perforatum), kontraindiziert.