Kromě hydrolýzy je topotekan vylučován zejména renálně s malou částí metabolizovanou na N- demetylovaný metabolit (SB- 209780), který byl nalezen v plazmě, moči a stolici.
Außer durch Hydrolyse wird Topotecan vorwiegend renal eliminiert, wobei ein geringer Teil zum N-Desmethyl-Metaboliten (SB-209780) verstoffwechselt wird, der im Plasma, Urin und den Faeces identifiziert werden konnte.