Biotransformace emtricitabinu zahrnuje oxidaci poloviny thiolu, přičemž vzniká 3 '- sulfoxid diastereoisomer (přibližně 9% dávky), a konjugaci s kyselinou glukuronovou, přičemž vzniká 2' - O- glukuronid (přibližně 4% dávky).
4% der Dosis).