Indinavir se reverzibilně váže na aktivní místo proteáz a kompetitivně inhibuje enzym a zabraňuje tak štěpení virových prekurzorů polyproteinů, k němuž dochází během zrání nově vznikající částice viru.
Diese Hemmung verhindert die Spaltung des viralen Vorläuferpolyproteins, die bei der Reifung des neugebildeten Viruspartikels stattfindet.