Průnik anidulafunginu hematoencefalickou bariérou byl u zdravých potkanů omezený; avšak u králíků s roztroušenou kandidózou se ukázalo, že anidulafungin prostupuje hematoencefalickou bariérou a omezuje mykotické ložisko v mozku.
Bei gesunden Ratten passierte Anidulafungin nur in beschränktem Ausmaß die Blut-Hirn-Schranke; bei Kaninchen mit disseminierter Candidiasis hat sich jedoch gezeigt, dass Anidulafungin die Blut- Hirn-Schranke passiert und den Pilzbefall im Gehirn verringert.