Nejčastější vedlejší účinky, zaznamenané pacienty léčenými samotným přípravkem Paxene, zahrnují útlum kostní dřeně, jehož následkem je závažná neutropenie (nízký počet bílých krvinek), trombocytopenie (nízký počet krevních destiček) a anémie (nízký počet červených krvinek).
Den almindeligste bivirkning hos patienter, der får Paxene alene, er knoglemarvssvigt, der medfører svær mangel på hvide blodlegemer og på blodplader samt anæmi (mangel på røde blodlegemer).