Podobně jako u jiných léků proti HIV mohou být pacienti užívající přípravek Intelence vystaveni riziku lipodystrofie (změny v rozložení tělesného tuku), osteonekrózy (odumírání kostní tkáně) nebo syndromu imunitní reaktivace (příznaky infekce způsobené zotavujícím se imunitním systémem).
Ligesom med andre lægemidler mod HIV kan der ved brug af Intelence være risiko for, at patienterne får lipodystrofi (forandringer i fordelingen af kropsfedt), knoglenekrose (knoglevævsdød) eller immunreaktiveringssyndrom (symptomer på infektion, der skyldes, at immunsystemet genvinder sin funktion).