Protože je trabektedin metabolizován hlavně CYP3A4, souběžné podávání látek, které tento izoenzym inhibují, např. ketokonazol flukonazol, ritonavir nebo klaritromycin, by mohlo snižovat metabolismus a zvyšovat koncentrace trabektedinu.
Da trabectedin hovedsagelig metaboliseres ved CYP 3A4, kunne samtidig administration af stoffer, der hæmmer dette isoenzym, f. eks. ketoconazol, fluconazol, ritonavir eller clarithromycin nedsætte metaboliseringen og øge trabectedin - koncentrationerne.