Mezi nejběžnější vedlejší účinky spojené s užíváním přípravku Cubicin (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří fungální infekce (plísňové a kvasinkové), bolest hlavy, nauzea (pocit nevolnosti), zvracení, průjem, vyrážka, reakce v místě zavedení infuze, abnormální jaterní testy a zvýšení hladiny enzymu CPK v krvi (ukazatel poškození svalů).
De mest almindelige bivirkninger ved Cubicin (som ses hos flere end 1 ud af 10 patienter) er vampeinfektioner (skimmelsvamp og gær), hovedpine, kvalme, opkastninger, diarré forårsaget af svampe (hovedpine, kvalme eller opkastning, diarre, udslæt, reaktioner på infusionsstedet, unormale leverprøver og forhøjede blodkoncentrationer af et enzym kaldet CPK (som er en markør for muskelskader.