Podobně jako u jiných léků pro léčbu HIV existuje u pacientů užívajících přípravek Atripla zvýšené riziko lipodystrofie (změny rozložení tuku v těle), osteonekrózy (odumření kostní tkáně) nebo syndromu imunitní reaktivace (příznaky infekce způsobené zotavujícím se imunitním systémem).
Ligesom med andre lægemidler mod hiv kan der ved brug af Atripla være en øget risiko for, at patienterne får lipodystrofi (forandringer i fordelingen af kropsfedt), knoglenekrose (knoglevævsdød) eller immunreaktiveringssyndrom (symptomer på infektion, der skyldes, at immunsystemet genvinder sin funktion).