Látka se metabolizuje na oxid uhličitý a vodu cyklem trikarboxylových kyselin (Krebsův cyklus) a sekundárně β- oxidací.
Dyrestudier tyder på at metabolisme er den mest betydningsfulde udskillelsesvej for natriumoxybat, ved produktion af kuldioxid og vand via Krebs cyklus og sekundært ved β- oxidation.