Fondaparinux je kontraindikován při závažném poškození ledvin (clearance kreatininu < 30 ml/ min) a měla by být užívána s opatrností u pacientů se středně těžkým poškozením ledvin (clearance kreatininu 30- 50 ml/ min).
Fondaparinux er kontraindiceret ved svært nedsat nyrefunktion (kreatininclearance < 30 ml/ min) og bør anvendes med forsigtighed til patienter med moderat nedsat nyrefunktion (kreatininclearance 30 - 50 ml/ min).