Mezi nejběžnější vedlejší účinky přípravku Rapamune (zaznamenané u více než 1 pacienta z 10) patří infekce močových cest, trombocytopenie (nízký počet krevních destiček), anémie (nízký počet červených krvinek), hypokalemie (nízká hladina draslíku v krvi), hypofosfatemie (nízká hladina fosforu v krvi), hypercholesterolemie (vysoká hladina cholesterolu v krvi), hyperglykemie (vysoká hladina cukrů v krvi), hypertriglyceridemie (vysoká hladina triglyceridů – jednoho druhu lipidů - v krvi), bolesti hlavy, lymfokéla (nahromadění tekutiny v oblasti ledvin), hypertenze (vysoký krevní tlak), bolest břicha, průjem, zácpa, nauzea (pocit nevolnosti), akné (pupínky), artralgie (bolest kloubů), periferní otoky (obvykle otoky dolních končetin), pyrexie (horečka), bolesti, zvýšená hladina laktátdehydrogenázy (LDH) v krvi (ukazatel rozpadu tkáně) a zvýšené hladiny kreatinu v krvi (indikátor potíží s ledvinami).
De mest almindelige bivirkninger ved Rapamune (som ses hos flere end 1 ud af 10 patienter) er urinvejsinfektion, trombocytopeni (lavt antal blodplader), anæmi (for få røde blodlegemer, lavt kaliumindhold i blodet, lavt fosfatniveau i blodet, forhøjet kolesterolindhold i blodet, forhøjet blodsukker, forhøjet fedtindhold i blodet, hovedpine, væskeansamling omkring nyren, hypertension (forhøjet blodtryk), mavesmerter, diarré, forstoppelse, kvalme, akne, ledsmerter, hævelser (som regel i benet), feber, smerter, forhøjede niveauer i blodet af en markør for vævsnedbrydelse (laktatdehydrogenase) og forøgede blodkreatininniveauer (en markør for nyreproblemer).