Zonisamid je částečně metabolizován CYP3A4 (redukční štěpení) a rovněž N- acetyltransferázami a konjugací s glukuronovou kyselinou.
Zonisamid metaboliseres delvist af CYP3A4 (reduktiv nedbrydning) samt også af N- acetyl - transferaser og konjugering med glukoronsyre.