Stejně jako všechny ostatní NRTI může také přípravek Ziagen způsobit laktátovou acidózu (hromadění kyseliny mléčné v těle) a u dětí matek užívajících přípravek Ziagen během těhotenství mitochondriální dysfunkci (poškození složek buňky, jež tvoří energii, což může způsobit problémy s krví).
Som med alle andre NRTI' er kan Ziagen også forårsage mælkesyreacidose (en ophobning af mælkesyre i kroppen) og mitokondriel dysfunktion (beskadigelse af de energiproducerende cellebestanddele med blodproblemer til følge) hos nyfødte børn, hvis mødre har taget Ziagen under graviditeten.