Kromě toho se indinavir v kombinaci s ritonavirem nesmí podávat s alfuzosinem, meperidinem, piroxikamem, propoxyfenem, bepridilem, enkainidem, flekanidem, propafenonem, chinidinem, kyselinou fusidovou, klozapinem, klorazepatem, diazepamem, estazolamem a flurazepamem.
Desuden bør indinavir med ritonavir ikke administreres samtidigt med alfuzosin, mepiridin, piroxicam, propoxifen, bepridil, encainid, felcanid, propafenon, quinidin, fusidinsyre, clozapin, clorazepat, diazepam, estazolam og flurazepam.