Fondaparinux neovlivňuje INR aktivitu warfarinu, ani krvácivost při léčbě kyselinou acetylsalicylovou nebo piroxikamem ani farmakokinetiku digoxinu v rovnovážném stavu.
I interaktionsstudier var fondaparinux- dosis (10 mg) højere end anbefalet for de aktuelle indikationer.