Stejně jako u jiných antibiotik se při dlouhodobém podávání cefuroxim axetilu může objevit superinfekce rezistentními mikroorganizmy, např. kandidou, enterokoky nebo Clostridium difficile (viz bod 4. 4).
Sjælden Pseudomembranøs kolitis Som med andre antibiotika kan langvarigt brug medføre sekundære superinfektioner forårsaget af ikke følsomme organismer, f. eks. candida, enterokokker og clostridium difficile.