Viry rezistentní k emtricitabinu byly křížově rezistentní k lamivudinu, ale zachovaly si citlivost na ostatní nukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NRTIs) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanosin a zalcitabin), na všechny nenukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (non- nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NNRTIs) a všechny inhibitory proteázy (protease inhibitors, PIs).
Emtricitabin- resistente virus var krydsresistente over for lamivudin, men beholdt følsomhed over for andre nukleosid reverse transkriptasehæmmere (Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors, NRTIs) (zidovudin, stavudin, tenofovir, abacavir, didanosin og zalcitabin), alle non- nukleoside reverse transkriptasehæmmere (Non- Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors, NNRTIs) og alle proteasehæmmere (Protease Inhibitors, PIs).