Metabolizmus Moxifloxacin prochází fází II biotransformace a je vylučován renálními a žlučovými/ fekálními cestami v nezměněné podobě a stejně jako thiosloučenina (M1) a glukuronid (M2).
Moxifloxacin gennemgår fase II- biotransformation og udskilles dels via renale og galde/ fækale udskillelsesveje som uforandret lægemiddel, dels i form af en sulfoforbindelse (M1) og et glukuronid (M2).