Rezistence na nelfinavir, definovaná jako přítomnost mutací proteázy D30N či L90M, byla pozorována u 41 z 96 subjektů (43%).
En højere risiko for lypodystrofi er blevet forbundet med individuelle faktorer som alder, og ved medicinrelaterede faktorer som længere behandling med antivirale lægemidler, på grund af ændring i metabolismen.