Bimatoprost je primárně eliminován ledvinami, až 67% z intravenózní dávky podané zdravým dobrovolníkům bylo vyloučeno močí, 25% z takto podané dávky bylo vyloučeno stolicí.
Bimatoprost elimineres primært ved udskillelse gennem nyrerne, op til 67% af en intravenøs dosis administreret til raske frivillige forsøgspersoner blev udskilt i urinen, 25% af dosen blev udskilt via fæces.