V základních studiích s dávkováním 3krát týdně byly nejčastěji hlášenými nežádoucími účinky, podle posouzení s pravděpodobným či možným vztahem k léčbě krémem s imichimodem, reakce na lokální aplikaci v místě léčby kondylomat (33, 7% pacientů léčených imichimodem).
I de pivotale forsøg med dosering 3 gange om ugen var de hyppigst indberettede lægemiddelbivirkninger, der blev vurderet til sandsynligvis eller muligvis at være forbundet med behandlingen med Imiquimod- creme, reaktioner på påføringsstedet (33, 7% af de patienter, der blev behandlet med imiquimod).