Po perorálním podání je agomelatin rychle metabolizován, především cestou jaterního CYP1A2; izoenzymy CYP2C9 a CYP2C19 jsou také zahrnuty, ale s nízkým přispěním.
Isoenzymerne CYP2C9 og CYP2C19 er også involveret, men kun i ringe grad.