Rezistence in vivo (léčba pacientů již léčených antiretrovirotiky): klinicky signifikantní snížení citlivosti na abakavir bylo prokázáno u klinických izolátů od pacientů s nekontrolovanou virovou replikací, kteří byli předtím léčeni jinými nukleosidovými inhibitory a jsou na ně rezistentní.
I en metaanalyse med fem kliniske forsøg, blev abacavir tilføjet for at intensivere behandlingen.