V případě superinfekce může být nutné přerušení léčby cefuroxim axetilem.
Som med andre typer bredspektrede antibiotika kan langvarig brug af cefuroximaxetil føre til overvækst af ikke- følsomme organismer (f. eks. candida, enterokokker, clostridium difficile), hvilket kan nødvendiggøre afbrydelse af behandlingen.