Anidulafungin selektivně inhibuje 1, 3- β- D glukan syntázu, enzym přítomný v buňkách hub, ale nikoliv v buňkách savčích.
Anidulafungin hæmmer selektivt 1, 3- β- D- glucan- syntase, et enzym, der findes i svamp, men ikke i pattedyrceller.