Stejně jako všechny ostatní NRTI může také přípravek Combivir způsobit laktátovou acidózu (hromadění kyseliny mléčné v těle) a u dětí matek užívajících přípravek Combivir během těhotenství mitochondriální dysfunkci (poškození složek buňky, jež tvoří energii, což může způsobit problémy s krví).
Nyfødte børn, hvis mødre har fået Combivir under graviditeten, kan få mitokondriel dysfunktion (beskadigelse af de energiproducerende cellebestanddele med blodproblemer til følge).