Stejně jako v případě všech ostatních nenukleosidových inhibitorů reverzní transkriptázy (NNRTI) dochází rychle ke vzniku rezistence viru, pokud se efavirenz podává jako monoterapie.
Som med alle andre non- nukleosid reverse transkriptasehæmmere (NNRTI’ ere) forekommer der hurtigt resistent virus, når efavirenz administreres som monoterapi.