V klinických studiích prováděných s fondaparinuxem neinteragují perorální antikoagulancia (warfarin) s farmakokinetikou fondaparinuxu; při dávce 10 mg použité v interakčních studiích fondaparinux neovlivňoval protrombinový čas (INR) warfarinu.
I interaktionsstudier udviste en dosis på 10 mg fondaparinux ingen indflydelse på antikoagulationskontrol med warfarin målt som INR- aktivitet.