Mnohé substituce aminokyselin proteáz, o nichž se uvádí, že souvisejí s rezistencí vůči ritonaviru a sachinaviru, znamenaly rezistenci i vůči indinaviru.
Mange af de protease- aminosyresubstitutioner, som er fundet at være associeret med resistens over for ritonavir og saquinavir, er også forbundet med resistens over for indinavir.