Kromě hydrolýzy je topotekan vylučován zejména renálně s malou částí metabolizovanou na N- demetylovaný metabolit (SB- 209780), který byl nalezen v plazmě, moči a stolici.
Ud over hydrolyse elimineres topotecan overvejende renalt som en mindre komponent, der metaboliseres til N- desmetylmetabolit (SB- 209780) og er fundet i plasma, urin og fæces.