Ve fázi III studií s UA/ NSTEMI byly kromě krvácení nejčastěji hlášenými nežádoucími účinky (zaznamenanými nejméně u 1% pacientů užívajících fondaparinux) bolest hlavy, bolest na hrudi a fibrilace síní.
I fase III- undersøgelsen for UA/ NSTEMI var de hyppigst rapporterede bivirkninger udover blødning (der blev rapporteret hos mindst 1% af alle patienter, som fik fondaparinux) hovedpine, brystsmerter og atrieflimren.