За разлика от системно приложения цитарабин, който се метаболизира бързо до ara- U, превръщането в ara- U в ликвора е незначително след интратекално приложение поради значително по- ниската активност на цитидин деаминазата в тъканите на централната нервна система и в ликвора.
V protiklade k systémovému podaniu cytarabínu, ktorý sa rýchlo metabolizuje na ara- U, je konverzia na ara- U v CSF po intratekálnom podaní zanedbateľná kvôli podstatne nižšej aktivite cytidínovej deaminázy v CNS tkanivách a v CSF.