При почти всички антибактериални средства, включително и при ертапенем, са наблюдавани свързани с антибиотика колит и псевдомембранозен колит, като тяхната тежест може да варира от леки до животозастрашаващи.
Kolitída a pseudomembranózna kolitída v súvislosti s antibiotickou liečbou boli hlásené skoro pri všetkých antibakteriálnych látkach vrátane ertapenému a ich závažnosť sa môže pohybovať od miernej po život ohrozujúcu.