Мутагенна активност се наблюдава в условия in vitro при изследване на човешки лимфоцитни култури за поява на хромозомни аберации и при миши лимфомни клетки, както и при микронуклеарен тест in vivo.
Abakavir nebol mutagénny v testoch na baktériách, ale mutagénna aktivita bola pozorovaná in vitro v teste chromozómových aberácií v ľudských lymfocytoch, v teste lymfómových buniek myší a in vivo v mikronukleárnom teste.