След перорално приложение 19% и след интравенозна приложение 12% от ципрофлоксацин се екскретират в урината и фекалиите под формата на метаболити.
Po orálnom podaní sa vylučuje močom a stolicou vo forme metabolitov l9% a po i. v. podaní 12% ciprofloxacínu.