Метаболизъм Моксифлоксацин е подложен на биотрансформация фаза II и се екскретира чрез бъбреци и жлъчка/ изпражнения като непроменено лекарство, както и под формата на компонент, съдържащ сяра (M1) и като глюкуронид (M2).
Moxifloxacín prechádza II fázou biotransformácie a vylučuje sa obličkami a žlčovými/ fekálnymi cestami ako nezmenené liečivo a tiež vo forme tiozlúčeniny (M1) a glukuronidu (M2).