Както при всички други ненуклеозидни инхибитори на обратната транскриптаза (ННИОТ) бързо се появява резистентен вирус, когато ефавиренц се приема като монотерапия.
72 nenukleozidových inhibítoroch reverznej transkriptázy (NNRTI) veľmi rýchlo vzniká rezistentný vírus.