Ципрофлоксацин притежава потенциална нефротоксичност и причинява обратими дефекти на тестисите, когато е приложен в по- високи дози.
Ciprofloxacín je potenciálne neurotoxický a v prípade vyšších dávok zapričiňuje reverzibilné poruchy testes. Mutagenita u ciprofloxacínu sa v štúdiách mutagenity nepreukázala.