Метаболизмът на апрепитант се осъществява основно чрез окисляване на морфолиновия пръстен и неговите странични вериги, като получените метаболити са слабо активни.
Aprepitant sa do značnej miery metabolizuje oxidáciou na morfolínovom cykle a jeho vedľajších reťazcoch, a výsledné metabolity boli iba slabo aktívne.