Фондапаринукс е противопоказан при тежко бъбречно увреждане (креатининов клирънс < 30ml/ min) и трябва да се прилага с внимание при пациенти с умерено тежко бъбречно увреждане (креатининов клирънс 30- 50 ml/ min).
Fondaparín je kontraindikovaný pri závažnom poškodení funkcie obličiek (klírens kreatinínu < 30 ml/ min).