При пациенти, лекувани с алендронат, има съобщения за нежелани реакции, засягащи хранопровода (които понякога са тежки и налагат хоспитализация) като езофагит, язви или ерозии на хранопровода, в редки случаи последвани от езофагеална стриктура.
Ezofagálne nežiaduce účinky (v niektorých prípadoch závažné a vyžadujúce hospitalizáciu) ako sú ezofagitída, žalúdočné vredy alebo ezofagálne erózie, v zriedkavých prípadoch nasledované stiahnutím pažeráka, boli hlásené u pacientov podrobujúcich sa liečbe alendronátom.