Зидовудин може да взаимодейства и със следните лекарства и може да засили нежеланите ефекти: фенитоин, пробенецид, рифампицин, атоваквон, валпроева киселина, метадон, дапсон, пентамидин, пириметамин, ко- тримоксазол, флуконазол, амфотерицин, флуцитозин, ганцикловир, интерферон, кларитромицин, винкристин, винбластин и доксорубицин.
Zidovudín sa môže vzájomne ovplyvňovať aj s nasledujúcimi liekmi a tým zhoršovať prípadné vedľajšie účinky: fenytoín, probenecid, rifampicín, atovakvón, kyselina valproová, metadón, dapson, pentamidín, pyrimetamín, kotrimoxazol, flukonazol, amfotericín, flucytozín, ganciklovir, interferón, klaritromycín, vinkristín, vinblastín a doxorubicín.