В основни проучвания с прилагане 3 пъти седмично, най- често съобщаваните нежелани лекарствени реакции, за които се счита, че е вероятно или възможно да бъдат свързани с лечението с имиквимод крем, са реакциите на мястото на приложение в третирания участък с брадавици (33, 7% от пациентите, лекувани с имиквимод).
V pilotných štúdiách s dávkovaním 3- krát týždenne boli najčastejšie hlásené nežiaduce účinky lieku, považované za pravdepodobne alebo možno súvisiace s liečbou imikvimodovým krémom, reakcie v mieste aplikácie na mieste liečby bradavice (33, 7% pacientov liečených imikvimodom).