Пеметрексед се елиминира предимно непроменен през бъбреците в резултат на тубулна секреция и в по- малка степен чрез гломерулна филтрация.
Pemetrexed sa vylučuje v nezmenenej forme hlavne obličkami, a to tubulárnou sekréciou a v menšom množstve glomerulárnou filtráciou.