При физиологична температура и рН анидулафунгин претърпява бавено химично разграждане до пептид с отворен пръстен, който няма антигъбична активност.
Anidulafungín podlieha pomalej chemickej degradácii pri fyziologickej teplote a pH na bielkovinu s otvoreným kruhom, ktorá nemá antimykotické účinky.