Друга възможна причина за резистентността към β- лактамните антибиотици могат да бъдат хромозомни бактериални мутации, водещи до промени в пеницилин- свързаните протеини (penicillin binding proteins - PBPs) или до промяна на клетъчния пермеабилитет за β- лактами.
U ďalšieho možného spôsobu rezistencie na β- laktamové antibiotiká možno nájsť súvislosť s mutáciami chromozómov u baktérií, ktorých dôsledkom je modifikácia penicilínových väzobných bielkovín alebo modifikácia priepustnosti buniek voči β- laktamom.