В клинично изпитване от фаза ІІІ при пациенти с миокарден инфаркт с елевация на ST- сегмента най- честите докладвани нежелани събития, които не са били свързани с кървене (докладвани при най- малко 1% от пациентите на фондапаринукс) са били предсърдно мъждене, пирексия, гръдна болка, главоболие, камерна тахикардия, повръщане и хипотония.
V štúdii III. fázy u pacientov so STEMI boli najčastejšie hlásené nekrvácavé udalosti (hlásené u aspoň 1% jedincov liečených fondaparínom) fibrilácia predsiení, pyrexia, bolesť na hrudníku, bolesť hlavy, komorová tachykardia, dávenie a hypotenzia.