Съобщава се, че много от заместванията в протеазните аминокиселини, свързани с резистентност към ритонавир и саквинавир, също са свързани с резистентност към индинавир.
Veľa substitúcií aminokyselín v proteáze, ktoré boli spojené s rezistenciou na ritonavir a sachinavir, bolo tiež spojených s rezistenciou na indinavir.