Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
Mikafungín sa metabolizuje na viacero zlúčenín; z nich boli v systémovej cirkulácii detegované M- 1 (katecholová forma), M- 2 (metoxy forma M- 1) a M- 5 (hydroxylácia na bočnom reťazci).