Индинавир се свързва обратимо с активното място на протеазата и потиска конкурентно ензима, предотвратявайки по този начин деленето на предшественика на вирусния липопротеин, което се извършва по време на съзряването на новооформените вирусни частици.
Indinavir sa reverzibilne viaže na aktívne miesto proteázy a kompetitívne inhibuje enzým, čím bráni štiepeniu prekurzorových polyproteínov vírusu, ku ktorému dochádza počas dozrievania novotvorenej vírusovej častice.