Както всички други NRTI Ziagen може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Ziagen по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти на клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Liek Ziagen môže podobne, ako iné nukleozidové inhibítory reverznej transkriptázy, zapríčiniť mliečnu acidózu (ukladanie kyseliny mliečnej v tele) a v prípade dojčiat matiek, ktoré užívali liek Ziagen počas gravidity, môže zapríčiniť mitochondriálnu dysfunkciu (poškodenie častí buniek, ktoré vytvárajú energiu, čo môže viesť ku krvným problémom).