Както при всички други ненуклеозидни инхибитори на обратната транскриптаза (ННИОТ) бързо се появява резистентен вирус, когато ефавиренц се приема като монотерапия.
Keď sa efavirenz podáva ako monoterapia, rovnako ako pri všetkých ďalších nenukleozidových inhibítoroch reverznej transkriptázy (NNRTI) veľmi rýchlo vzniká rezistentný vírus.