Както при всички тетрациклини, могат да се проявяват алергични реакции и фотосенсибилизация.
Pre liečbu respiračných ochorení ošípaných spôsobených Pasteurella multocida a Bordetella bronchiseptica, citlivých na doxycyklín, keď bola stanovená prítomnosť ochorenia v stáde.