Фондапаринукс не трябва да се използва при бременни жени освен в случай на категорична необходимост. е не Фондапаринукс се екскретира в кърмата на плъхове, но не е известно дали се екскретира в
Fondaparín sa vylučuje do mlieka potkanov, nevie sa však či sa fondaparín vylučuje do ľudského mlieka.