Тъй като трабектедин се метаболизира главно от CYP3A4, едновременното прилагане на вещества, които подтискат този изоензим, напр. кетоконазол, флуконазол, ритонавир или кларитромицин, биха могли да понижат метаболизма и да повишат концентрацията на трабектедин.
Keďže sa trabektedín metabolizuje prevažne prostredníctvom CYP3A4, mohlo by súbežné podávanie látok, ktoré tento izoenzým potlačujú, napr. ketakonazolu, flukonazolu, ritonaviru alebo klaritromycínu, znížiť metabolizmus a zvýšiť koncentrácie trabektedínu.