Най- честите нежелани реакции при Rapamune (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са инфекция на пикочните пътища (инфекция на частите от тялото, които отвеждат урината), тромбоцитопения (понижен общ брой на тромбоцитите), анемия (понижен общ брой на червените кръвни клетки), хипокалемия (ниски нива на калий в кръвта), хипофосфатемия (ниски нива на фосфати в кръвта), хиперхолестеролемия (високи нива на холестерол в кръвта), хипергликемия (високи нива на кръвната захар), хипертриглицеридемия (високи нива на триглицеридите, вид мазнини, в кръвта), главоболие, лимфоцеле (събиране на течност около бъбрека), хипертония (високо кръвно налягане), абдоминална (коремна) болка, диария, запек, повдигане (позиви за повръщане), акне (пъпки), артралгия (болки в ставите), периферен оток (подуване, обичайно на краката), пирексия (повишена температура), болка, повишени кръвни нива на лактат дехидрогеназа (маркер за разграждане на тъкани) и повишени кръвни нива на креатинин (маркер за бъбречни проблеми).
Najčastejšie vedľajšie účinky lieku Rapamune (pozorované u viac ako 1 pacienta z 10) sú infekcia močového traktu (infekcia štruktúr, cez ktoré prechádza moč), trombocytopénia (nízky počet krvných doštičiek), anémia (nízky počet červených krviniek), hypokalémia (nízka hladina draslíka v krvi), hypofosfatémia (nízka hladina fosfátov v krvi), hypercholesterolémia (vysoká hladina cholesterolu v krvi), hyperglykémia (vysoká hladina cukru v krvi), hypertriglyceridémia (vysoká hladina triglyceridov, čo je typ tuku, v krvi), bolesť hlavy, lymfokéla (zhromažďovanie tekutiny v okolí obličky), hypertenzia (vysoký krvný tlak), abdominálna (brušná) bolesť, hnačka, zápcha, nauzea (pocit nevoľnosti), akné (vyrážky), artralgia (bolesť kĺbov), periférny edém (opuch, zvyčajne na nohách), pyrexia (horúčka), bolesti, zvýšená hodnota laktát dehydrogenázy v krvi (ukazovateľ rozpadu tkanív) a zvýšenie hladiny kreatinínu v krvi (ukazovateľ problémov s obličkami).