Както с другите антибактериални средства, продължителната употреба на ретапамулин може да доведе до свръхрастеж на нечувствителни микроорганизми, включително гъби.
Tak ako pri iných antibakteriálnych látkach, dlhodobé používanie retapamulínu môže viesť k pomnoženiu necitlivých mikroorganizmov, vrátane húb.