Както и при другите антибиотици с широк спектър на действие, продължителната употреба на cefuroxime axetil може да предизвика суперинфекция с резистентни щамове (напр. candida, enterococci и clostridium difficile), което може да наложи прекъсване на лечението.
Asemenea celorlalte antibiotice cu spectru larg, utilizarea pe termen lung a cefuroximei axetil poate determina apariţia microorganismelor rezistente (de exemplu: candida, enterococi şi clostridium difficile), ceea ce poate necesita întreruperea tratamentului.