Съобщава се, че много от заместванията в протеазните аминокиселини, свързани с резистентност към ритонавир и саквинавир, също са свързани с резистентност към индинавир.
Multe dintre substituţiile aminoacizilor proteazici, raportate ca fiind asociate cu rezistenţă la ritonavir şi saquinavir s- au asociat şi cu rezistenţă la indinavir.