Най- честите нежелани реакции при Rapamune (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са инфекция на пикочните пътища (инфекция на частите от тялото, които отвеждат урината), тромбоцитопения (понижен общ брой на тромбоцитите), анемия (понижен общ брой на червените кръвни клетки), хипокалемия (ниски нива на калий в кръвта), хипофосфатемия (ниски нива на фосфати в кръвта), хиперхолестеролемия (високи нива на холестерол в кръвта), хипергликемия (високи нива на кръвната захар), хипертриглицеридемия (високи нива на триглицеридите, вид мазнини, в кръвта), главоболие, лимфоцеле (събиране на течност около бъбрека), хипертония (високо кръвно налягане), абдоминална (коремна) болка, диария, запек, повдигане (позиви за повръщане), акне (пъпки), артралгия (болки в ставите), периферен оток (подуване, обичайно на краката), пирексия (повишена температура), болка, повишени кръвни нива на лактат дехидрогеназа (маркер за разграждане на тъкани) и повишени кръвни нива на креатинин (маркер за бъбречни проблеми).
Cel mai frecvente efecte secundare asociate cu Rapamune (observate la mai mult de 1 din 10 pacienţi) sunt: infecţie de tract urinar (infecţie la nivelul căilor urinare), trombocitopenie (scăderea numărului de trombocite), anemie (scăderea numărului de hematii), hipopotasemie (scăderea nivelului sanguin al potasiului), hipofosfatemie (scăderea nivelului sanguin al fosfatului), hipercolesterolemie (creşterea nivelului sanguin al colesterolului), hiperglicemie (creşterea nivelului sanguin al glucozei), hipertrigliceridemie (creşterea nivelului sanguin al trigliceridelor, un tip de lipide), limfocel (colecţii perirenale de lichid), hipertensiune (presiune arterială crescută), dureri abdominale (dureri de burtă), diaree, constipaţie, greaţă (senzaţie de rău), acnee (coşuri), artralgie (dureri articulare), edeme periferice (umflături, de obicei la nivelul picioarelor), pirexie (febră), durere, creşterea nivelului sanguin de lactat- dehidrogenază (marker al distrucţiei tisulare) şi creşterea nivelului de creatinină în sânge (un marker al problemelor renale).