Метаболитите се екскретират в урината и чрез жлъчна екскреция – във фекалиите.
Studiile in vitro care au utilizat microzomi hepatici umani indică faptul că aprepitantul este metabolizat în principal de către CYP3A4, cu o contribuţie potenţială minoră a CYP1A2 şi CYP2C19.