Най- честите нежелани реакции при Cubicin (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са гъбични инфекции (причинени от плесени и дрожди), главоболие, гадене (позиви за повръщане), повръщане, диария, обрив, реакции на мястото на инфузията, нарушени стойности на чернодробните ензими и повишени стойности на CPK (показател за мускулни увреждания) в кръвта.
Cele mai frecvente efecte secundare asociate cu medicamentul Cubicin (observate la mai mult de 1 din 10 pacienţi) sunt infecţii cauzate de fungi (ciuperci şi levuri), cefalee, greaţă (stare de rău), vomă, diaree, erupţie cutanată, reacţii la locul de injectare, modificarea testelor hepatice şi creşterea nivelurilor sanguine ale enzimei numită creatinfosfokinază (CPK, marker al afecţiunilor musculare).