Механизмът на взаимодействие не е изяснен и тъй като с атоваквон суспензия могат да бъдат достигнати по- високи концентрации на атоваквон, възможно е когато атоваквон се прилага като суспензия да се индуцират по - големи промени в стойностите на AUC на зидовудин.
Nu se cunoaşte modul de interacţiune şi, de vreme ce, la administrarea de suspensie de atavaquonă pot fi obţinute concentraţii plasmatice mai mari de atavaquonă, este posibil ca administrarea de atavaquonă sub formă de suspensie, să determine modificări mari ale valorilor ASC ale zidovudinei.