Както с другите антибактериални средства, продължителната употреба на ретапамулин може да доведе до свръхрастеж на нечувствителни микроорганизми, включително гъби.
Asemenea altor medicamente antibacteriene, utilizarea prelungită a retapamulin poate duce la dezvoltarea excesivă a microorganismelor non- sensibile, inclusiv a fungilor.