Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
Dintre aceştia în circulaţia sistemică au fost detectaţi următorii M- 1 (forma catecolică), M- 2 (forma metoxica a M- 1) şi M- 5 (hidroxilat la catena laterală).