В in vitro анализи за потенциална генотоксичност, както и в in vivo извършени хромозомни тестове на миши костен мозък не се установява генотоксичност на каспофунгин.
Testele in vitro privind genotoxicitatea potenţială au fost negative la caspofungină, precum şi testul cromozomal, in vivo, pe măduva osoasă la şoarece.