Резистентните към емтрицитабин вируси са имали кръстосана резистентност към ламивудин, но са запазили чувствителност към други нуклеозидни инхибитори на обратната транскриптаза (НИОТ) (зидовудин, ставудин, тенофовир, абакавир, диданозин и залцитабин), всички не- нуклеозидни инхибитори на обратната транскриптаза (ННИОТ) и всички протеазни инхибитори (ПИ).
Virusurile rezistente la emtricitabină au demonstat rezistenţă încrucişată la lamivudină, dar şi- au menţinut sensibilitatea la alţi inhibitori nucleozidici de reverstranscriptază (INRT) (zidovudină, stavudină, tenofovir, abacavir, didanozină şi zalcitabină), la toţi inhibitorii non- nucleozidici de reverstranscriptază (INNRT) şi la toţi inhibitorii de protează (IP).