Абакавир се метаболизира главно в черния дроб като около 2% от приетата доза се екскретира непроменена с урината.
Pacienţi cu insuficienţă renală: abacavirul este metabolizat în primul rând la nivel hepatic, aproximativ 2% din doza de abacavir fiind excretată în urină sub formă nemodificată.