Както всички други NRTI Ziagen може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Ziagen по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти на клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
La fel ca în cazul celorlalţi INRT, Ziagen poate provoca, de asemenea, acidoză lactică (acumularea de acid lactic în organism), iar la copiii ale căror mame au luat Ziagen în timpul sarcinii, poate apărea disfuncţia mitocondrială (distrugerea componentelor celulare care produc energie, care poate da naştere unor probleme în sânge).