Зидовудин може да взаимодейства и със следните лекарства и може да засили нежеланите ефекти: фенитоин, пробенецид, рифампицин, атоваквон, валпроева киселина, метадон, дапсон, пентамидин, пириметамин, ко- тримоксазол, флуконазол, амфотерицин, флуцитозин, ганцикловир, интерферон, кларитромицин, винкристин, винбластин и доксорубицин.
De asemenea, zidovudina poate să interacţioneze cu următoarele medicamente şi este posibil să agraveze reacţiile adverse: fenitoină, probenecid, rifampicină, atovaquonă, acid valproic, metadonă, dapsonă, pentamidină, pirimetamină, cotrimoxazol, fluconazol, amfotericină, flucitozină, ganciclovir, interferon, claritromicină, vincristină, vinblastină şi doxorubicină.