Въпреки че сиролимус инхибира човешкия чернодробен микрозомален цитохром P450 CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, и CYP3A4/ 5 in vitro, не се очаква активното вещество да инхибира действието на тези изоензими in vivo, тъй като концентрациите на сиролимус, необходими да се осъществи инхибиране, са много по- високи от наблюдаваните при пациенти, получаващи терапевтични дози Rapamune.
Cu toate că sirolimusul inhibă citocromul P450 CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 şi CYP3A4/ 5 din microzomii hepatici umani în condiţii in vitro, nu este de aşteptat o inhibare a activităţii acestor izoenzime în condiţii in vivo întrucât concentraţiile de sirolimus necesare pentru a produce inhibarea sunt mult mai mari decât cele observate la pacienţii care primesc doze terapeutice de Rapamune.