Мутагенна активност се наблюдава в условия in vitro при изследване на човешки лимфоцитни култури за поява на хромозомни аберации и при миши лимфомни клетки, както и при микронуклеарен тест in vivo.
În testele bacteriene, nu s- a demonstrat că abacavirul determină un efect mutagen, dar in vitro s- a dovedit activ în testul aberaţiilor cromozomiale la limfocite, testul limfomului la şoarece, iar in vivo, în testul micronucleilor.