Съобщава се, че много от заместванията в протеазните аминокиселини, свързани с резистентност към ритонавир и саквинавир, също са свързани с резистентност към индинавир.
Wiele zamian aminokwasowych w proteazie, związanych z opornością na rytonawir i sakwinawir wiązało się także z opornością na indynawir.