Както всички други NRTI Combivir може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Combivir по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти в клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Podobnie jak w przypadku wszystkich innych NRTI, preparat Combivir może także wywoływać kwasicę mleczanową (narastanie poziomu kwasu mlekowego w organizmie), a u niemowląt matek przyjmujących preparat Combivir podczas ciąży mogą wystąpić zaburzenia dotyczące mitochondriów (uszkodzenie składników wytwarzających energię w komórkach, które może powodować problemy dotyczące krwi).