Както при другите антикоагуланти, фондапаринукс трябва да се прилага с внимание при пациенти, които скоро са претърпели операция (< 3 дни) и само след като е извършена хирургична хемостаза.
Podobnie jak w przypadku innych leków przeciwzakrzepowych, należy zachować ostrożność podczas stosowania fondaparynuksu u pacjentów, którzy ostatnio przebyli zabieg chirurgiczny (< 3 dni) i u których choć raz zastosowano chirurgiczną hemostazę.