Елиминационният полуживот е независим от дозата и не се повлиява от повторно приложение.
Zonisamid jest metabolizowany głównie na drodze redukcyjnego rozkładu pierścienia benzizoksazolowego macierzystego leku przez enzym CYP3A4 z wytworzeniem 2 - sulfamoiloacetylofenolu (SMAP), a także przez N- acetylację.