Обаче, тъй като моксифлоксацин инхибира двете топоизомерази II и IV с подобна активност при Грам- положителните бактерии, тези бактерии могат да са резистентни към други хинолони, но чувствителни към моксифлоксацин.
Tym niemniej ze względu na to, że w niektórych bakteriach Gram- dodatnich moksyfloksacyna z jednakową siłą hamuje topoizomerazę II jak i topoizomerazę IV, takie drobnoustroje mogą być wrażliwe na moksyfloksacynę, mimo że wykazują oporność na inne fluorochinolony.