Мускулно- скелетната система По правило ципрофлоксацин не трябва да се прилага при пациенти с анамнестични данни за заболявания/ нарушения на сухожилията, свързани с лечение с хинолони.
Tym niemniej bardzo rzadko po mikrobiologicznym potwierdzeniu czynnika wywołującego zakażenie i ocenie stosunku korzyści do ryzyka można zalecić tym pacjentom cyprofloksacynę do leczenia niektórych ciężkich zakażeń, szczególnie jeśli standardowe leczenie było nieskuteczne lub występuje oporność bakterii, a dane mikrobiologiczne mogą uzasadniać zastosowanie cyprofloksacyny.