Пеметрексед се елиминира предимно непроменен през бъбреците в резултат на тубулна секреция и в по- малка степен чрез гломерулна филтрация.
Pemetreksed jest wydalany głównie w postaci nie zmienionej w wyniku wydzielania w cewkach nerkowych, a w mniejszym stopniu w wyniku przesączania kłębuszkowego.