Има съобщения за плазмид- медиирана резистентност, кодирана чрез qnr- гени.
Na wrażliwość bakterii na cyprofloksacynę mogą wpływać mechanizmy oporności, inaktywujące inne antybiotyki, takie jak zaburzenia barier przepuszczalności (bardzo częste, np. u Pseudomonas aeruginosa) oraz czynne usuwanie z komórki. Występowała oporność plazmidowa kodowana przez geny qnr.