В тялото кломипрамин и неговият основен метаболит, десметилкломипрамин, предотвратяват повторното включване на някои невротрансмитери от нервните клетки на главния и на гръбначния мозък.
W organizmie, klomipramina i jej główny metabolit – dezmetylklomipramina, uniemożliwiają przedostanie się pewnych neuroprzekaźników z powrotem do komórek nerwowych w mózgu i rdzeniu kręgowym.