Системната токсичност при интравенозно приложение на цитарабин се проявява предимно като подтискане на костния мозък с левкопения, тромбоцитопения и анемия.
Nie należy spodziewać się działania układowego cytarabiny podanej dokanałowo, jednak nie można wykluczyć działania cytarabiny na funkcję szpiku.