Дозата на фондапаринукс (10 mg) при изпитванията за взаимодействия е била по- висока от тази, която се препоръчва за настоящите показания.
Fondaparynuks nie wpływał ani na INR podczas leczenia warfaryną, ani na czas krwawienia podczas leczenia kwasem acetylosalicylowym lub piroksykamem, ani na farmakokinetykę digoksyny w stanie równowagi.