Биотрансформацията на емтрицитабин включва оксидиране на тиоловата група до образуване на 3 '- сулфоксид диастереомери (приблизително 9% от дозата) и конюгация с глюкоронова киселина дообразуване на 2' - O- глюкоронид (приблизително 4% от дозата).
Metabolizm emtrycytabiny obejmuje oksydację części tiolowej cząsteczki z utworzeniem diastereoizomerów 3 ’ - sulfotlenku (około 9% podanej dawki) i sprzęganie z kwasem glukuronowym do 2 ’ - O- glukuronidu (około 4% dawki).