Нелфинавир се свързва обратимо с активната зона на НIV протеазата и
Nelfinawir w sposób odwracalny wiąże się z aktywnym miejscem proteazy HIV i zapobiega rozkładowi poliprotein, czego wynikiem jest powstawanie niedojrzałych, niezdolnych do zakażenia cząstek wirusa.