Първо, клофарабин трябва да дифузира или да бъде транспортиран до таргетните клетки, където е подложен на последователно фосфорилиране до моно - и бифосфат от вътреклетъчните кинази и накрая до активния конюгат - клофарабин 5 ’ - трифосфат.
Klofarabina wykazuje duże powinowactwo do jednego z aktywujących enzymów fosforylujących – kinazy deoksycytydynowej, która przekracza powinowactwo naturalnego substratu deoksycytydyny.