Метаболизмът на силденафил по принцип се осъществява с помощта на изоензими 3А4 (основен път) и 2С9 (второстепенен път) на цитохром Р450 (CYP).
Syldenafil metabolizowany jest przez układ enzymatyczny cytochromu P450, głównie jego izoenzym 3A4 i w mniejszym stopniu 2C9.