Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
Wykazano, że mykafungina jest metabolizowana do wielu związków, z których w układzie krążenia wykrywano pochodne M- 1 (katecholowe), M- 2 (metoksylowa pochodna M- 1) i M- 5 (po hydroksylacji bocznego łańcucha).