И при двата вида difloxacin конюгира (глюкуронидира или сулфатира), дезметилира в сарафлоксацин или оксидира в N- оксид- дифлоксацин.
U obu gatunków difloksacyna może ulegać zmianom (glukuronizacji lub sulfhydrylacji), demetylacji do sarafloksacyny lub utlenieniu do N- oksy- difloksacyny.