Както всички други NRTI Ziagen може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Ziagen по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти на клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Tak jak w przypadku wszystkich innych NRTI, Ziagen może również powodować kwasicę mleczanową (odkładanie się kwasu mlekowego w organizmie), natomiast u niemowląt, których matki przyjmowały Ziagen w czasie ciąży - zaburzenia mitochondrialne (uszkodzenia w komórkach elementów wytwarzających energię, co może spowodować problemy we krwi).