При пациенти, лекувани с алендронат, има съобщения за нежелани реакции, засягащи хранопровода (които понякога са тежки и налагат хоспитализация) като езофагит, язви или ерозии на хранопровода, в редки случаи последвани от езофагеална стриктура.
U pacjentów leczonych alendronianem zanotowano działania niepożądane w obrębie przełyku (w niektórych przypadkach poważne i wymagające hospitalizacji) takie jak zapalenie przełyku, owrzodzenie przełyku lub nadżerka przełyku, w rzadkich przypadkach powodujące zwężenie przełyku.