Както и при други антибиотици, продължителната употреба на ертапенем може да доведе до прекомерно развитие на нечувствителни организми.
Tak jak w przypadku innych antybiotyków, podczas długotrwałego stosowania ertapenemu może dojść do nadmiernego namnożenia drobnoustrojów niewrażliwych na lek.