Тъй като понижава активността на имунната система, Rapamune може също да увеличи риска от развитие на карцином, и по- специално на лимфом и карцином на кожата.
Najczęstsze działania niepożądane związane ze stosowaniem preparatu Rapamune (obserwowane u ponad 1 pacjenta na 10) to zakażenie dróg moczowych (zakażenie struktur, które przenoszą mocz), trombocytopenia (niski poziom płytek krwi), niedokrwistość (niski poziom czerwonych krwinek), hipokaliemia (niski poziom potasu we krwi), hipofosfatemia (niski poziom fosforanów we krwi), hipercholesterolemia (wysoki poziom cholesterolu we krwi), hiperglikemia (wysoki poziom cukru we krwi), hipertrójglicerydemia (wysoki poziom trójglicerydów, rodzaju tłuszczu, we krwi), ból głowy, torbiel chłonna (gromadzenie się płynu wokół nerki), nadciśnienie tętnicze (podwyższone ciśnienie krwi), bóle w jamie brzusznej (bóle brzucha), biegunka, zaparcia, nudności (mdłości), trądzik, artralgia (bóle stawów), obrzęk obwodowy (opuchnięcie, najczęściej nóg), gorączka, ból, zwiększony poziom dehydrogenazy mleczanowej we krwi (marker rozpadu tkanek) oraz zwiększone stężenie kreatyniny we krwi (marker chorób nerek).