Емтрицитабин се екскретира основно през бъбреците, с пълно възстановяване на дозата в урината (приблизително 86%) и фекалиите (приблизително 14%).
Emtricitabinas daugiausiai šalinamas pro inkstus su šlapimu (maždaug 86% pavartotos dozės) ir su išmatomis (maždaug 14% dozės).