Както с другите антибактериални средства, продължителната употреба на ретапамулин може да доведе до свръхрастеж на нечувствителни микроорганизми, включително гъби.
Kaip ir vartojant kitus antibakterinius preparatus, ilgai vartojant retapamuliną gali pradėti gausiai augti nejautrūs mikroorganizmai, įskaitant grybelį.