За разлика от системно приложения цитарабин, който се метаболизира бързо до ara- U, превръщането в ara- U в ликвора е незначително след интратекално приложение поради значително по- ниската активност на цитидин деаминазата в тъканите на централната нервна система и в ликвора.
Priešingai nei sistemiškai skiriamas citarabinas, kuris greitai metabolizuojamas į ara- U, virtimas ara- U cerebrospinaliniame skystyje po intratekalinio vartojimo yra nedidelis dėl kur kas mažesnio citidindeaminazės aktyvumo CNS audiniuose ir cerebrospinaliniame skystyje.