Освен чрез хидролиза топотекан се елиминира предимно през бъбреците с малко количество, метаболизиращо се до N- дезметил метаболит (SB- 209780), което се открива в плазмата, урината и фецеса.
Ne hidrolizės būdu topotekanas daugiausia pašalinamas per inkstus, kur mažesnė dalis 42 metabolizuojama iki N- desmetil- metabolito (SB- 209780), randamo plazmoje, šlapime ir išmatose.