Както всички други NRTI Combivir може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Combivir по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти в клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Combivir, kaip ir kiti nukleozidų atvirkštinės transkriptazės inhibitoriai (NRTI), gali sukelti pieno rūgšties acidozę (pieno rūgšties gamybos organizme padidėjimą) ir mitochondrijų disfunkciją (energiją gaminančių ląstelės komponentų pažeidimas) kūdikiams, kurių motinos nėštumo metu vartojo Combivir.