Пеметрексед основно се елиминира с урината, като 70% до 90% от приложената доза се възстановява непроменена в урината за първите 24 часа след приложение.
Jo daugiausia išsiskiria su šlapimu, 70- 90% dozės nepakitusio preparato pavidalu nustatoma šlapime per pirmąsias 24 valandas.