При пациенти с епилепсия или други лезии на централната нервна система (например понижен гърчов праг, анамнеза за епилептични гърчове, намалено мозъчно кръвообращение, изменения в мозъчната структура или удар), ципрофлоксацин трябва да се използва след внимателна преценка на ползите срещу риска, тъй като възможността за нежелани лекарствени реакции от централната нервна система води до повишен риск при тези пациенти.
Epilepsija ar kitais centrinės nervų sistemos pažeidimais sergantys pacientai (pvz., sumažėjęs traukulių slenkstis, epileptiniai traukuliai praeityje, smegenų kraujotakos sutrikimai, smegenų struktūros pakitimai ar insultas), ciprofloksacinas turi būti naudojamas tik kruopščiai įvertinus naudą ir galimą žalą, kadangi šiems pacientams yra padidėjusi nepageidaujamų poveikių centrinei nervų sistemai rizika.