Резистентност към флуороквинолоните се изгражда чрез хромозомна мутация, възникваща по три механизма: намаляване пермеабилитета на бактериалната клетъчна стена, експресия на ефлукс - помпа, или мутация на ензимите, отговорни за изграждането на молекулите.
4/ 18 Atsparumas fluorokvinolonams susidaro įvykus chromosomų mutacijai dėl trijų pokyčių: sumažėja bakterijų sienelių pralaidumas, ima veikti fluorokvinoloną išmetantys siurbliai arba mutuoja fermentai, atsakingi už molekulių prisijungimo vietą.