Улесняване на иновациите и стимулиране на изследванията, като по този начин се допринася за конкурентоспособността на базираната в ЕС фармацевтична промишленост.
Vykstant nuolatinei globalizacijai, EMEA misija – saugoti ir stiprinti visuomenės ir gyvūnų sveikatą: kuriant veiksmingas ir skaidrias procedūras, kuriomis siekiama, kad patys naujausi, saugūs ir veiksmingi bei nepatentuoti ir nereceptiniai vaistai, turintys bendrą Europos registravimo liudijimą, taptų greitai prieinami vartotojams, kontroliuojant žmonėms ir gyvūnams skirtų vaistų saugą, visų pirma remiantis farmakologinio budrumo tinklu ir nustatant saugias likučių koncentracijas maistui naudojamuose gyvūnuose, padedant kurti naujoves, taip pat skatinant mokslinius tyrimus ir taip skatinant ES farmacijos pramonės konkurencingumą, mobilizuojant ir koordinuojant visos ES mokslinius išteklius, kad būtų galima atlikti vaistinių preparatų aukštos kokybės vertinimą, teikti konsultacijas mokslinių tyrimų ir plėtros programų klausimais, tikrinti, ar visada yra laikomasi pagrindinių GXP 1 nuostatų, ir teikti vartotojams bei sveikatos priežiūros specialistams naudingą ir aiškią informaciją.