При пациентите с хемофилия В може да се образуват антитела (инхибитори) срещу фактор IX.
Asmenų, sergančių hemofilija B, organizme gali atsirasti antikūnių prieš IX faktorių, todėl IX faktoriaus preparatai gali tapti neveiksmingi (žr. skirsnį „ Galimas šalutinis poveikis “).