Главният път за елиминиране на цидофовир е бъбречна екскреция на непроменено лекарство посредством комбинация на гломерулна филтрация и тубуларна секреция.
Daugiausia nepakitusio cidofoviro išsiskiria per inkstus glomerulų filtracijos ir kanalėlių sekrecijos būdu.