Метаболизъм Моксифлоксацин е подложен на биотрансформация фаза II и се екскретира чрез бъбреци и жлъчка/ изпражнения като непроменено лекарство, както и под формата на компонент, съдържащ сяра (M1) и като глюкуронид (M2).
Iš organizmo medikamentas išskiriamas pro inkstus ir su tulžimi (išmatomis) nepakitęs bei sulfatų (M1) ir gliukuronidų (M2) pavidalu.