Ефектите върху вирусното натоварване са съществено по- изразени при пациентите, лекувани с индинавир в комбинация с нуклеозидни аналози, но пропорцията на пациентите със серумна вирусна РНК под границата на количествена преценка (500 копия/ ml) варира при проучванията от 40% до повече от 80% на 24- та седмица.
Indinaviro, pavartoto kartu su nukleozidų analogais, poveikis virusų kiekiui visuomet buvo stipresnis, bet ligonių, kurių virusinės RNR koncentracija serume buvo žemiau kiekybinio įvertinimo ribos (500 kopijų/ ml), procentas 24 gydymo savaitę įvairių tyrimų duomenimis, svyravo nuo 40% iki daugiau kaip 80%.