Най- честите нежелани реакции при Rapamune (наблюдавани при повече от 1 на 10 пациенти) са инфекция на пикочните пътища (инфекция на частите от тялото, които отвеждат урината), тромбоцитопения (понижен общ брой на тромбоцитите), анемия (понижен общ брой на червените кръвни клетки), хипокалемия (ниски нива на калий в кръвта), хипофосфатемия (ниски нива на фосфати в кръвта), хиперхолестеролемия (високи нива на холестерол в кръвта), хипергликемия (високи нива на кръвната захар), хипертриглицеридемия (високи нива на триглицеридите, вид мазнини, в кръвта), главоболие, лимфоцеле (събиране на течност около бъбрека), хипертония (високо кръвно налягане), абдоминална (коремна) болка, диария, запек, повдигане (позиви за повръщане), акне (пъпки), артралгия (болки в ставите), периферен оток (подуване, обичайно на краката), пирексия (повишена температура), болка, повишени кръвни нива на лактат дехидрогеназа (маркер за разграждане на тъкани) и повишени кръвни нива на креатинин (маркер за бъбречни проблеми).
Dažniausi Rapamune vartojimo šalutiniai reiškiniai (nustatyti daugiau kaip 1 iš 10 pacientų) buvo šlapimo organų infekcija, trombocitopenija (sumažėjęs trombocitų kiekis), anemija (sumažėjęs raudonųjų kraujo kūnelių kiekis), hipokalemija (sumažėjusi kalio koncentracija kraujyje), hipofosfatemija (sumažėjęs fosfatų kiekis kraujyje), hipercholesterolemija (padidėjęs cholesterolio kiekis kraujyje), hiperglikemija (padidėjęs cukraus kiekis kraujyje), hipertrigliceridemija (padidėjęs trigliceridų (riebalų rūšies) kiekis kraujyje), limfocelė (skysčių kaupimasis apie inkstą), pilvo skausmas, viduriavimas, spuogai, artralgija (sąnarių skausmas), periferinė edema (patinimai, paprastai kojų) ir laktatdehidrogenazės (audinių pažeidimo požymis) kiekio padidėjimas kraujyje.