Както и при другите антибиотици с широк спектър на действие, продължителната употреба на cefuroxime axetil може да предизвика суперинфекция с резистентни щамове (напр. candida, enterococci и clostridium difficile), което може да наложи прекъсване на лечението.
Cefuroksimo aksetiliu, kaip ir kitokiais plataus antimikrobinio poveikio antibiotikais, gydant ilgai, organizme gali atsirasti ir daugėti nejautrių mikroorganizmų, pvz., balkšvagrybių (Candida), enterokokų, Clostridium difficile.