Чрез селективно свързване с ATIII, фондапаринукс потенцира (около 300 пъти) естествената неутрализация на фактор Xa от ATIII.
ATIII, prie kurio selektyviai prisijungia fondaparinuksas, stipriau (maždaug 300 kartų) neutralizuoja natūralų Xa faktorių, todėl nutrūksta kraujo krešėjimo grandinė, vadinasi, sustoja trombino sintezė ir trombų augimas.