Пеметрексед не е показал мутагенност нито при in vitro тест за хромозомни аберации в яйчникови клетки на китайски хамстери, нито при Ames теста.
33 Chromosomų pokyčių tyrimu in vitro su kininio žiurkėno kiaušidžių ląstelelėmis ir Ames tyrimu nenustatyta, kad pemetreksedas daro mutageninį poveikį.