При продължително лечение с cefuroxime axetil може да се развие суперинфекция, причинена от резистентни към cefuroxime axetil щамове.
Cefuroksimo aksetiliu gydant ilgai, organizme gali atsirasti ir daugėti atsparių mikroorganizmų, todėl pacientą būtina atidžiai prižiūrėti.