Както всички други NRTI Ziagen може да причини лактатна ацидоза (натрупване на млечна киселина в организма), а при бебета на жени, приемали Ziagen по време на бременността – митохондриална дисфункция (увреждане на произвеждащите енергия компоненти на клетките, което може да причини проблеми с кръвта).
Kaip ir visi kiti nukleozidų atvirkštinės transkriptazės inhibitorių (NRTI) klasės vaistai, Ziagen taip pat gali sukelti laktinę acidozę (pieno rūgšties kaupimąsi organizme), o motinų, vartojusių Ziagen nėštumo metu, kūdikiams gali pasireikšti mitochondrijų disfunkcija (ląstelėse esančių energiją gaminančių komponentų pažeidimas, galintis sukelti kraujo sudėties problemų).