И при двата вида difloxacin конюгира (глюкуронидира или сулфатира), дезметилира в сарафлоксацин или оксидира в N- оксид- дифлоксацин.
Abiejų rūšių paukščių organizme difloksacinas gali būti konjuguotas (sujungtas su gliukuronidais ar sulfatais), demetilintas į sarafloksaciną ar oksidacijos būdu virtęs N- oksido- difloksacinu.