Фондапаринукс е противопоказан при тежко бъбречно увреждане (креатининов клирънс < 30 ml/ min) и трябва да се прилага с внимание при пациенти с умерено тежко бъбречно увреждане (креатининов клирънс 30- 50 ml/ min).
Pacientams, sergantiems sunkiu inkstų funkcijos sutrikimu (kreatinino klirensas mažesnis kaip 30 ml/ min.), fondaparinuksą vartoti draudžiama, o jei inkstų pažeidimas vidutinio sunkumo (kreatinino klirensas 30 - 50 ml/ min.), vaistinį preparatą reikia skirti atsargiai.