Зонизамид действа като блокира специфични пори на повърхността на нервните клетки, наречени натриеви канали и калциеви канали.
Blokuodamas šiuos kanalus, zonisamidas užkerta kelią sinchronizuotam nervų ląstelių veikimui ir nenormaliai dideliam smegenų elektriniam aktyvumui.