Агомелатин се метаболизира главно от цитохром P450 1A2 (CYP1A2) (90%) и от CYP2C9/ 19 (10%).
Galima sąveika, paveikianti agomelatiną Agomelatiną daugiausia metabolizuoja citochromai P450 1A2 (CYP1A2) (90%) ir CYP2C9/ 19 (10%).