При лечение с алфа интерферони има голямо разнообразие от автоимунни и имунно- медиирани нежелани реакции, сред които нарушения във функцията на щитовидната жлеза, системен лупус еритематодес, ревматоиден артрит (новопоявил се или влошен съществуващ такъв), идиопатична и тромботична тромбоцитопенична пурпура, васкулити, невропатии, включително мононевропатии и синдром на Vogt- Koyanagi- Harada (вж. и точка 4. 4, Автоимунни заболявания).
Buvo pranešta, kad vartojantiems alfainterferonus atsiranda įvairūs autoimuniniai ir dėl imuninės sistemos sutrikimo atsiradę pažeidimai, tokie kaip skydliaukės pažeidimai, sisteminę raudonąją vilkligę, reumatoidinį artritą (naują ar pasunkėjusį), idiopatinė ir trombozinė trombocitopeninė purpura, vaskulitas, neuropatijos įskaitant mononeuropatijas ir Vogt- Koyanagi- Harada sindromą (žr.