Свързаната с хинолоновата резистентност трансферабилна плазмид- медиирана хинолонова резистентност, се открива в хинолон- резистентни клинични щамове на E. coli и Klebsiella spp.
Dėl tokio veikimo pobūdžio ciprofloksacinas nesukelia kryžminio atsparumo su kitomis svarbiomis skirtingos cheminės struktūros medžiagų grupėmis: beta laktaminiais antibiotikais, aminoglikozidais, tetraciklinais, makrolidais, polipeptidais, sulfonamidais, trimetoprimu ir nitrofurantoinu.