Тъй като трабектедин се метаболизира главно от CYP3A4, едновременното прилагане на вещества, които подтискат този изоензим, напр. кетоконазол, флуконазол, ритонавир или кларитромицин, биха могли да понижат метаболизма и да повишат концентрацията на трабектедин.
Kadangi trabektediną daugiausia metabolizuoja CYP3A4, vaistą vartojant kartu su preparatais, slopinančiais šį izofermentą (pvz., ketokonazoliu, flukonazoliu, ritonaviru arba klaritromicinu), gali sumažėti metabolizmas ir padidėti trabektedino koncentracija.