След перорално приложение 19% и след i. v. приложение 12% от ципрофлоксацин се екскретират в урината и изпражненията под формата на метаболити.
Išgėrus vaisto 19%, o po vartojimo į veną 12% ciprofloksacino pašalinama su šlapimu ir išmatomis metabolitų formoje.