Пеметрексед се елиминира предимно непроменен през бъбреците в резултат на тубулна секреция и в по- малка степен чрез гломерулна филтрация.
Didžioji pemetreksedo dalis eliminuojama per inkstus kanalėlių sekrecijos būdu, mažesnė – glomerulų filtracijos būdu.