Показано беше, че микафунгин се метаболизира до няколко метаболита, от които M- 1 (катехолна форма), M- 2 (метокси- форма на M1) и M- 5 (хидроксилиране на страничната верига) метаболити на микафунгин бяха установени в системното кръвообращение.
Mikafunginas metabolizuojamas į keletą junginių, iš jų – M- 1 (katecholinė forma), M- 2 (M1 metoksi forma) ir M- 5 (su hidroksilinta šonine grandine).