Нелфинавир се свързва обратимо с активната зона на НIV протеазата и
Nelfinaviras laikinai prisijungia prie ŽIV proteazės aktyviojo centro ir neleidžia atskelti poliproteinų, todėl formuojasi nesubrendusios ir negalinčios infekuoti viruso dalelės.