Намалението на антиретровирусната активност на ритонавир основно се свързва с протеазните мутации V82A/ F/ T/ S и I84V.
Ritonavirui atsparūs ŽIV- 1 buvo atrinkti in vitro ir gauti iš pacientų, kurie buvo gydomi terapinėmis ritonaviro dozėmis. Ritonaviro aktyvumo prieš retrovirusus sumažėjimas pirmiausia siejamas su proteazių mutacijomis V82A/ F/ T/ S ir I84V.