Около 75% от фентанила се екскретира с урината, основно като метаболити, като по- малко от 10% се екскретира като непроменено активно вещество.
Apie 75% fentanilio pasišalina su šlapimu, daugiausia metabolitų pavidalu; nepakitusios veikliosios medžiagos išsiskiria mažiau kaip 10%.