В едно сравнително проучване, комбинираната терапия с нуклеозидни аналози (тройна терапия със зидовудин плюс диданозин) създава защита срещу селекцията на вирусна експресия на най- малко едно свързано с резистентността амино- киселинно заместване при индинавир (от 13/ 24 до 2/ 20 през 24 седмица на терапията) и при нуклеозидни аналози (от 10/ 16 до 0/ 20 през 24 седмица на терапията).
Vieno lyginamojo tyrimo metu nustatyta, kad gydymas indinaviru kartu su dviem nukleozidų analogais (zidovudinu ir didanozinu) apsaugojo nuo atsiradimo tokių virusų, kurie pasižymėjo ekspresija nors vienai su atsparumu indinavirui susijusiai aminorūgščių substitucijai (nuo 13 iš 24 iki 2 iš 20 dvidešimt ketvirtąją gydymo savaitę) ir nors vienai su atsparumu nukleozidų analogams susijusiai aminorūgščių substitucijai (nuo 10 iš 16 iki 0 iš 20 dvidešimt ketvirtąją gydymo savaitę).