Абакавир се метаболизира основно в черния дроб, като около 2% от приетата доза се екскретира през бъбреците непроменена.
Abakaviras daugiausia metabolizuojamas kepenyse ir tik mažiau kaip 2% suvartotos jo dozės išsiskiria pro inkstus nepakitusiu pavidalu.