Развитие на резистентност към ципрофлоксацин и други флуорохинолони е наблюдавана при стафилококи, по- специално метицилин- резистентен S. aureus, P. aeruginosa, E. coli и E. faecalis (виж таблицата на чувствителните видове).
Stafilokokai, ypač meticilinui atsparūs S. aureus, P. aeruginosa, E. coli ir E. fecalis (žr. bakterijų jautrumo lentelę), gali tapti atsparūs ciprofloksacinui ir kitiems fluorochinolonams.