Обаче, тъй като моксифлоксацин инхибира двете топоизомерази II и IV с подобна активност при Грам- положителните бактерии, тези бактерии могат да са резистентни към други хинолони, но чувствителни към моксифлоксацин.
Vis dėlto, kadangi moksifloksacinas panašiai slopina kai kurių gramteigiamų mikroorganizmų topoizomerazę II ir topoizomerazę IV, todėl kitiems fluorochinolonams atsparios šios rūšies bakterijos gali būti jautrios moksifloksacinui.