Затова зиконотид изглежда се елиминира главно от ЦСТ (среден t½ = 4, 6 часа) чрез значителен отток на ЦСТ от ЦНС през арахноидните вили с последващо преминаване в системното кръвообращение.
Vidutinis zikonotido KL (0, 38 ml/ min.) maždaug atitinka suaugusio žmogaus SS apykaitos greitį (0, 3 – 0, 4 ml/ min.) Taigi, zikonotidas daugiausia turėtų būti šalinamas iš SS (vidutinis t½ = 4, 6 h) su tūrine smegenų skysčio tėkme iš CNS per voratinklinį dangalą, iš kur jis patenka į sisteminę kraujotaką.