Абакавир се метаболизира главно в черния дроб, като около 2% от приложената доза се екскретира чрез урината в непроменен вид.
Abakaviras daugiausia metabolizuojamas kepenyse ir tik apie 2% suvartotos jo dozės išsiskiria per inkstus nepakitusiu pavidalu.