След перорално приложение 19% и след интравенозна приложение 12% от ципрофлоксацин се екскретират в урината и фекалиите под формата на метаболити.
Ciprofloksacino išgėrus ar jo suleidus į veną, atitinkamai 19% ir 12% medikamento išsiskiria su šlapimu ar išmatomis metabolitų pavidalu.