Каспофунгин притежава и in vitro активност срещу видове от рода Candida (Candida albicans [N = 1032], Candida dubliniensis [N - 100], Candida glabrata [N = 151], Candida guilliermondii [N = 67], Candida kefyr [N = 62], Candida krusei [N = 147], Candida lipolytica [N = 20], Candida lusitaniae [N = 80], Candida parapsilosis [N - 215], Candida rugosa [N = 1] и Candida tropicalis [N = 258]), включително и срещу изолати с множествени устойчиви мутации, както и спрямо тези с вътрешна или придобита резистентност към амфотерицин Б, флуконазол и 5– флуцитозин.
In vitro kaspofunginas aktyvus prieš Aspergillus rūšis (Aspergillus fumigatus [N = 75], Aspergillus flavus [N = 111], Aspergillus niger [N = 31], Aspergillus nidulans [N = 8], Aspergillus terreus [N = 52] ir Aspergillus candidus [N = 3]), taip pat ir prieš Candida rūšis (Candida albicans [N = 1 032], Candida dubliniensis [N = 100], Candida glabrata [N = 151], Candida guilliermondii [N = 67], Candida kefyr [N = 62], Candida krusei [N = 147], Candida lipolytica [N = 20], Candida lusitaniae [N = 80], Candida parapsilosis [N = 215], Candida rugosa [N = 1], Candida tropicalis [N = 258]), įskaitant padermes su dauginį atsparumą perduodančiomis mutacijomis, ir padermes, kurioms būdingas atsparumas flukonazoliui, amfotericinui B ir 5- flucitozinui, arba padermes, kurios įgyja tokį atsparumą.