Той инхибира и синтезата на вирусната ДНК, причинявайки прекъсване на ДНК веригата, поради липсата на 3 ’ - хидроксилна група, необходима за елонгацията на ДНК.
Be to, stavudino trifosfatas slopina viruso DNR sintezę, nes dėl 3 ′ - hidroksilo grupės, kuri būtina DNR grandinei ilgėti, nebuvimo, nutrūksta DNR grandinės sintezė.