Trong thời gian hoạt động, Chính phủ Liên hiệp Kháng chiến tiếp tục thực hiện các biện pháp, chính sách để giữ vững nền độc lập của nước Việt Nam dân chủ non trẻ. Về đối nội đã kêu gọi các đảng phái đoàn kết phụng sự quốc gia, thực hiện các chính sách kinh tế, quốc phòng, văn hóa, giáo dục...Việt Nam Quốc dân Đảng và Đại Việt Quốc dân đảng đã tổ chức các đội vũ trang như "Thần lôi đoàn", "Thiết huyết đoàn", "Hùm xám"... Các đội này đã tổ chức nhiều vụ cướp có vũ trang, bắt cóc, tống tiền, tổ chức ám sát những người theo Việt Minh và cả những người trung lập như ông Ba Viên (Ba Viên bị Quốc dân Đảng nghi ngờ là gián điệp của Pháp, sau khi gặp Hồ Chí Minh, Ba Viên quay về Hà Giang, bắt giữ và hành quyết một số đảng viên Việt Nam Quốc dân Đảng) rồi tuyên truyền đổ lỗi cho Việt Minh đã không đảm bảo được an ninh trật tự ở Hà nội và một số đô thị ở Bắc Bộ.Điều tệ hại nhất là quân Trung Hoa Dân Quốc gây sức ép để thành viên Việt Nam Quốc dân Đảng được nắm những ghế quan trọng trong chính phủ. Theo Võ Nguyên Giáp kể lại: "Bọn chúng (Việt Nam Quốc dân đảng) đội lốt chủ nghĩa quốc gia nhưng chính là một bọn phản động lệ thuộc vào Trung Hoa Quốc dân Đảng của Tưởng Giới Thạch, và sức mạnh quân sự của chúng chỉ để nhặt nhạnh chút cơm thừa canh cặn". Thiếu tá Mỹ thuộc OSS và là bạn của tướng Giáp, Al Patti cũng cùng quan điểm. Sau khi thảo luận với các đảng viên Việt Nam Quốc dân đảng, ông cho rằng họ không biết phải làm gì để đáp ứng nhu cầu của nhân dân, không một ai có khái niệm về công việc sẽ làm mà chỉ chăm chăm mục tiêu tranh giành quyền lãnh đạo với Việt Minh. Ông ta nhận xét: "Họ (Việt Nam Quốc dân Đảng) là những kẻ lạc hướng về chính trị, có lẽ vì sống quá lâu ở Trung Quốc".Hồ Chí Minh giao cho Võ Nguyên Giáp và Trần Quốc Hoàn, sau này trở thành Bộ trưởng Công an, nhiệm vụ vô hiệu hóa các cuộc biểu tình do Việt Nam Quốc dân Đảng và Việt Nam Cách mệnh Đồng minh Hội tổ chức nhằm chấm dứt hoạt động tuyên truyền của các đảng này trong dân chúng. Võ Nguyên Giáp kể lại: "Chúng tôi phải trừng trị bọn phá hoại... Nhưng bằng mọi giá phải tránh khiêu khích và đảm bảo không xảy ra xung đột lớn". Võ Nguyên Giáp dùng lực lượng tự vệ và các hội viên Hội Cứu Quốc phá các cuộc biểu tình này. Khi có lộn xộn, lính Trung Quốc bắn chỉ thiên, xông vào giải tán đám biểu tình để vãn hồi trị an. Việt Nam Quốc dân Đảng hoảng hốt khi người Trung Hoa không giúp được gì nhiều trong việc chống lại Việt Minh như họ mong đợi. Ông Nguyễn Duy Thanh, một người theo chủ nghĩa quốc gia buồn rầu nhớ lại: "Không có Trung Hoa ủng hộ, những đảng phái theo chủ nghĩa quốc gia chẳng thể đối phó được với những người Cộng sản"Sự chống đối của các đảng phái khiến Võ Nguyên Giáp rất tức giận vì nó làm cản trở các nỗ lực của Chính phủ để đối phó với Pháp, cũng như khiến chính phủ phải liên tục đề phòng quân đội Trung Hoa. Có những lần các đơn vị tự vệ thu nhặt những tờ truyền đơn do các đảng đối lập thân Trung Hoa rải trên phố phường, lập tức Hồ Chí Minh bị quân đội Trung Hoa gọi đến trụ sở và bị răn đe. Võ Nguyên Giáp đề nghị dẹp bỏ sự chống đối để Chính phủ có thể loại trừ nguy cơ đảo chính và yên tâm đối phó với Pháp, nhưng Hồ Chí Minh khuyên ông kiên nhẫn vì "ném chuột phải tránh vỡ bình quý", chẳng có gì phải sợ các nhóm đối lập này vì họ quá yếu kém, "nhưng họ có quan thầy chống lưng" (hàm ý là phải nín nhịn các đảng phái đối lập thân Trung Hoa để tránh xung đột).Sau khi Hiệp định sơ bộ được ký với Pháp vào tháng 3 năm 1946, quân Pháp sẽ ra miền Bắc thay thế quân Trung Hoa. Các nhóm đối lập thân Trung Hoa (bao gồm Việt Nam Quốc dân đảng) sợ bị mất chỗ dựa. Theo Jean Sainteny, các nhóm này đã cài người vào đám đông để kích động nhân dân gây bạo loạn nhằm tìm cách phá bỏ hiệp định, kích động xung đột Việt - Pháp, một kẻ giấu mặt thậm chí đã ném một quả lựu đạn vào đám đông, may mắn là kẻ này quên rút chốt lựu đạn.Sự có mặt của quân đội Tưởng Giới Thạch cho tới lúc đó đã đảm bảo sự tồn tại của Việt Nam Quốc dân Đảng và Việt Nam Cách mệnh Đồng minh Hội. Hai đảng này không có một chương trình gắn kết với nhau để tranh thủ dân chúng như Việt Minh. Những người lãnh đạo Việt Nam Quốc dân Đảng và Việt Nam Cách mệnh Đồng minh Hội thì còn xa mới có được những phẩm chất có thể so sánh với Hồ Chí Minh, Võ Nguyên Giáp và những người có trách nhiệm khác của Việt Minh. Khi quân đội Tưởng Giới Thạch rút khỏi Việt Nam ngày 15 tháng 6 năm 1946, những đảng phái theo chủ nghĩa quốc gia mất chỗ dựa. Võ Nguyên Giáp quyết định Việt Minh phải hoàn toàn điều khiển bộ máy chính quyền, loại bỏ những kẻ chống đối trong nội bộ để tập trung đối phó với Pháp. Ông hối hả hành động ngay với mục tiêu rải khắp: Việt Nam Cách mệnh Đồng minh Hội được Trung Hoa Quốc dân Đảng ủng hộ, Việt Nam Quốc dân Đảng (theo Cecil B. Currey tổ chức này chỉ mượn danh cách mạng của Việt Nam Quốc dân Đảng năm 1930 do Nguyễn Thái Học sáng lập còn theo David G. Marr thì đến cuối năm 1945 nhiều người dân vẫn không tin rằng Việt Nam Quốc dân Đảng đã phản bội lại sự nghiệp cách mạng của Nguyễn Thái Học năm 1930 như Đảng Cộng sản Đông Dương tuyên truyền), nhóm quốc gia thân Nhật Đại Việt, những người Trotskyist, những người quốc gia chống Pháp, nhóm Công giáo mang tên "chiến sĩ Công giáo". Võ Nguyên Giáp đã từng bước tìm cách loại bỏ dần các đảng phái này.
Trong thời gian hoạt động, Chính phủ Liên hiệp Kháng chiến tiếp tục thực hiện các biện pháp, chính sách để giữ vững nền độc lập của nước Việt Nam dân chủ non trẻ. Võ Nguyên Giáp quyết định Việt Minh phải hoàn toàn điều khiển bộ máy chính quyền, loại bỏ những kẻ chống đối trong nội bộ để tập trung đối phó với Pháp.