Sau màn trình diễn không thành công của Argentina tại Copa América, Batista được thay thế bởi Alejandro Sabella. Khi được bổ nhiệm vào tháng 8 năm 2011, Sabella đã trao tấm băng đội trưởng cho Messi, được sự chấp nhận của đội trưởng Javier Mascherano khi đó. Messi tiếp tục dẫn dắt Argentina với tư cách là cầu thủ xuất sắc nhất của họ, trong khi Mascherano tiếp tục hoàn thành vai trò người dẫn dắt và động lực của đội. Trong một cuộc tái thiết đội bóng, Sabella đã gạt bỏ Tevez và đưa về những cầu thủ cùng Messi giành chức vô địch Giải trẻ thế giới và Thế vận hội. Đang chơi ở một vai trò tự do trong một đội hình đang ngày một tiến bộ, Messi đã chấm dứt cơn khát bàn thắng của mình bằng việc ghi bàn trong trận đấu vòng loại World Cup đầu tiên của Argentina với Chile vào ngày 7 tháng 10, bàn thắng chính thức đầu tiên của anh cho Argentina sau hai năm rưỡi.Dưới thời Sabella, tỷ lệ ghi bàn của Messi tăng lên đáng kể; anh chỉ ghi được 17 bàn sau 61 trận đấu dưới thời các huấn luyện viên tiền nhiệm, anh đã ghi 25 bàn sau 32 lần ra sân trong ba năm sau đó. Anh đã ghi tổng cộng 12 bàn sau 9 trận cho Argentina vào năm 2012, cân bằng kỷ lục do Gabriel Batistuta nắm giữ về số bàn thắng nhiều nhất trong một năm cho đất nước mình. Hat-trick đầu tiên của anh với Albicelestes là trong trận giao hữu với Thụy Sĩ vào ngày 29 tháng 2 năm 2012, sau đó là hai hat-trick nữa trong một năm rưỡi tiếp theo tại những trận giao hữu với Brazil và Guatemala. Messi sau đó đã giúp đội tuyển đảm bảo tấm vé góp mặt tại World Cup 2014 với chiến thắng 5–2 trước Paraguay vào ngày 10 tháng 9 năm 2013 khi anh ghi hai bàn từ các quả phạt đền, nâng tổng số bàn thắng quốc tế của anh lên 37 bàn trở thành cầu thủ ghi nhiều bàn thắng thứ hai cho Argentina sau Batistuta. Anh đã ghi tổng cộng 10 bàn thắng sau 14 trận đấu trong suốt chiến dịch vòng loại. Cùng với màn trình diễn tốt của Messi, mối quan hệ giữa anh với những cầu thủ đồng hương được cải thiện, anh dần nhận được cái nhìn thiện cảm hơn ở Argentina.
Sau màn trình diễn không thành công của Argentina tại Copa América, Batista được thay thế bởi Alejandro Sabella. Messi sau đó đã giúp đội tuyển đảm bảo tấm vé góp mặt tại World Cup 2014 với chiến thắng 5–2 trước Paraguay vào ngày 10 tháng 9 năm 2013 khi anh ghi hai bàn từ các quả phạt đền, nâng tổng số bàn thắng quốc tế của anh lên 37 bàn trở thành cầu thủ ghi nhiều bàn thắng thứ hai cho Argentina sau Batistuta.