Những cách tiếp cận này sử dụng các khái niệm về tự lắp ráp phân tử và/hoặc hóa học siêu phân tử để tự động sắp xếp chúng thành một số cấu trúc hữu ích thông qua cách tiếp cận từ dưới lên. Khái niệm nhận dạng phân tử đặc biệt quan trọng: các phân tử có thể được thiết kế sao cho một cấu hình hoặc cách sắp xếp cụ thể được ưa chuộng do các lực liên phân tử không cộng hóa trị. Các quy tắc basepairing Watson-Crick là kết quả trực tiếp của điều này, cũng như tính đặc hiệu của một enzym được nhắm mục tiêu vào một cơ chất duy nhất, hoặc sự gấp nếp cụ thể của chính protein. Do đó, hai hoặc nhiều thành phần có thể được thiết kế để bổ sung và hấp dẫn lẫn nhau để chúng tạo nên một tổng thể phức tạp và hữu ích hơn.
Những cách tiếp cận này sử dụng các khái niệm về tự lắp ráp phân tử và/hoặc hóa học siêu phân tử để tự động sắp xếp chúng thành một số cấu trúc hữu ích thông qua cách tiếp cận từ dưới lên. Các quy tắc basepairing Watson-Crick là kết quả trực tiếp của điều này, cũng như tính đặc hiệu của một enzym được nhắm mục tiêu vào một cơ chất duy nhất, hoặc sự gấp nếp cụ thể của chính protein.