Trước khi truy đuổi Bessos, kẻ sát nhân đã hãm hại Darius III và đồng bọn, Alexandros phải bình định các cuộc nổi loạn ở xứ Hyrcania và các bộ lạc thiểu số Tapouriens và Mardes sống trên vùng cao đông bắc Iran (vùng núi Khurāsān hiện tại trên biên giới giữa Iran và Turkmenistan). Quân số của quân đội Macedonia vào lúc này đã suy giảm do nhiều binh sĩ đồng minh Hy Lạp đã ra về, dù vậy, họ vẫn tiếp tục tiến sâu vào đất địch. Alexandros vì thế phải thu nạp nhiều binh lính đánh thuê từng tham chiến trong hàng ngũ quân đội Achaemenes và bắt đầu tuyển mộ người Ba Tư gia nhập quân đội Macedonia.Ông tập hợp quân đội tại Zadracarta và cử một đội binh mã quay trở về Ecbatana để bảo vệ ngân khố hoàng gia dưới sự chỉ huy của Parmenion, một người mà có vẻ như ông không tin cậy cho lắm, trong khi bản thân chuẩn bị truy đuổi các tổng trấn chưa chịu quy hàng. Cũng vào thời gian này, ông nhận được tin rằng các tổng trấn tham gia vào vụ mưu sát Darius III đã mỗi người một ngã và Bessos đã xưng đế, lấy hiệu là Artaxerxes V và đã chạy đến Bactria tiến hành du kích kháng chiến vua Macedonia. Trong khi đó Satibarzanes quay về Aria (phía tây Afghanistan ngày nay) và Barsaentes quay về Drangiana (phía nam Afghanistan) không chịu quy thuận. Với chỉ khoảng 20.000 binh sĩ, Alexandros đã gặp nhiều khó khăn để giành quyền kiểm soát xứ Aria, nhưng rồi Satibarzanes đã đột nhiên xin đầu hàng. Alexandros vẫn giữ nguyên chức vụ của Satibarzanes, lại còn bổ nhiệm thêm một mưu sĩ người Macedonia tên là Anaxippos ở lại với ông ta. Tuy nhiên ngay khi Alexandros đỉnh đi ngược thung lũng Atrek để tiến vào Bactria thì Satibarzanes đã dây binh nổi loạn vào mùa thu năm 330 TCN. Satibarzanes sát hại Anaxippos và thảm sát số binh lính Macedonia ở lại đây trước khi tháo chạy. Để duy trì trật tự ở tỉnh này, Alexandros đã thành lập một thành phố mới gọi là Alexandria xứ Aria (nay là Herat) và tiếp tục đến Drangiana, nơi kẻ phản loạn Barsaentes được giải đến nộp cho ông và bị giết ngay sau đó. Vào tháng 10 hoặc tháng 11 năm 330 TCN, Satibarzanes một lần nữa nổi loạn tại Aria nhưng bị đánh bại và bỏ mạng trong một cuộc chạm trán với quân Macedonia do Artabazos, Erigyios và Caranos chỉ huy.
Trước khi truy đuổi Bessos, kẻ sát nhân đã hãm hại Darius III và đồng bọn, Alexandros phải bình định các cuộc nổi loạn ở xứ Hyrcania và các bộ lạc thiểu số Tapouriens và Mardes sống trên vùng cao đông bắc Iran (vùng núi Khurāsān hiện tại trên biên giới giữa Iran và Turkmenistan). Quân số của quân đội Macedonia vào lúc này đã suy giảm do nhiều binh sĩ đồng minh Hy Lạp đã ra về, dù vậy, họ vẫn tiếp tục tiến sâu vào đất địch.