Trước đây Lê Thái Tổ đã chia quân đội (ngoài cấm quân) làm năm vệ quân: Bắc đạo, Nam đạo, Đông đạo, Tây đạo và Hải Tây đạo, trấn giữ năm đạo hành chính trong nước. Sang thời Thánh Tông, năm 1466 nhà vua đổi vệ quân năm đạo thành quân năm phủ, bao gồm: Bắc quân phủ đóng ở mạn Kinh Bắc, Lạng Sơn; Trung quân phủ cai quản vùng Thanh Hóa-Nghệ An; Đông quân phủ cai quản vùng Hải Dương, Yên Bang; Tây quân phủ cai quản vùng Tam Giang, Hưng Hóa; Nam quân phủ cai quản các vùng Sơn Nam, Thuận Hóa, Quảng Nam. Riêng mạn Thái Nguyên, Tuyên Quang có quân Phụng trực trấn thủ. Mỗi quân có phủ đô đốc chỉ huy; chức quan cao nhất trong phủ này là Tả Hữu Đô đốc. Biên chế mỗi quân có 6 vệ, mỗi vệ có 5-6 sở, mỗi sở có 20 đội, mỗi đội gồm 20 người. Sử gia Trần Trọng Kim ước tính cả năm phủ đô đốc cộng lại là 6-7 vạn quân. Cùng năm 1466, Lê Thánh Tông lần lượt đổi tên các chức chánh ngũ trưởng, phó ngũ trưởng, đội sử thành tổng kỳ, tiểu tổng kỳ, quân lại.Đối với cấm quân, năm 1470, Lê Thánh Tông lập các vệ quân Kim ngô, Cẩm y. Vệ Kim ngô được hợp thành từ 2 ty Tráng sĩ, Thần tý; vệ Cẩm y được hợp thành từ 2 ty Binh mã, Nghi vệ. Nhà vua còn lập thêm bốn vệ Hiệu lực, bốn vệ Thần vũ (đều được chia làm tiền, hậu, tả, hữu), 6 vệ Điện tiền (gồm vệ quân Vũ lâm, Tuyên trung, Thiên uy, Thủy quân, Thần sách, Ứng thiên), 4 vệ Tuần tượng cùng 4 vệ Mã nhàn. Năm 1490, Lê Thánh Tông mở rộng biên chế các vệ Kim ngô, Cẩm y, Thần vũ, Điện tiền; từ đây vệ Cẩm y có tới 20 ty, vệ Kim ngô có tới 100 ty.Nho sĩ thời Nguyễn Phan Huy Chú đã nhận xét về cách tổ chức quân đội thời Lê Thánh Tông:
Trước đây Lê Thái Tổ đã chia quân đội (ngoài cấm quân) làm năm vệ quân: Bắc đạo, Nam đạo, Đông đạo, Tây đạo và Hải Tây đạo, trấn giữ năm đạo hành chính trong nước. Sang thời Thánh Tông, năm 1466 nhà vua đổi vệ quân năm đạo thành quân năm phủ, bao gồm: Bắc quân phủ đóng ở mạn Kinh Bắc, Lạng Sơn; Trung quân phủ cai quản vùng Thanh Hóa-Nghệ An; Đông quân phủ cai quản vùng Hải Dương, Yên Bang; Tây quân phủ cai quản vùng Tam Giang, Hưng Hóa; Nam quân phủ cai quản các vùng Sơn Nam, Thuận Hóa, Quảng Nam.