Trong vài năm tiếp theo, Philippos II đã bận rộn với việc tổ chức lại hệ thống chính quyền ở Thessaly, ông còn tiến hành chiến dịch chống lại vị vua người Illyri là Pleuratos I và lật đổ Arybbas ở Ipiros để thay thế bằng người em vợ là Alexandros I (thông qua cuộc hôn nhân của Philippos II với Olympias), ông cũng đã đánh bại Cersebleptes ở Thrace. Điều này cho phép ông mở rộng quyền kiểm soát của người Macedonia đối với Hellespont nhằm phục vụ cho dự định sẽ mở một cuộc xâm lược vào khu vực Anatolia của nhà Achaemenes sau này. Vào năm 342 TCN, Philippos II đã chinh phục một thành phố Thrace ở khu vực ngày nay là Bulgaria và đổi tên nó là Philippopolis (ngày nay là Plovdiv). Chiến tranh đã nổ ra với Athens vào năm 340 TCN trong lúc Philippos II đang tham gia vào hai cuộc vây hãm không thành công cuối cùng đối với Perinthus và Byzantion, tiếp theo sau đó là một chiến dịch thành công chống lại người Scythia dọc theo sông Danube và sự tham gia của Macedonia vào cuộc Chiến tranh Thần Thánh lần thứ Tư chống lại Amphissa vào năm 339 TCN. Thebes đã đánh đuổi một đơn vị đồn trú người Macedonia khỏi Nicaea (gần Thermopylae), điều này dã dẫn đến việc Thebes liên kết với Athens, Megara, Corinth, Achaea, và Euboea trong một cuộc chạm trán cuối cùng chống lại Macedonia tại Trận Chaeronea vào năm 338 TCN. Sau chiến thắng của người Macedonia tại đó, Philippos II đã thiết lập một chế độ đầu xỏ ở Thebes, nhưng vẫn khoan dung đối với Athens, với hy vọng sử dụng hải quân của họ trong một kế hoạch xâm lược nhằm vào đế quốc Achaemenes. Sau đó ông chịu trách nhiệm chính cho việc thành lập liên minh Corinth mà bao gồm các thành bang Hy Lạp chủ chốt ngoại trừ Sparta. Bất chấp việc vương quốc Macedonia không có mặt chính thức trong liên minh này, vào năm 337 TCN, Philippos II đã được bầu làm nhà lãnh đạo (hegemon) hội đồng của nó (synedrion) và tổng tư lệnh (strategos autokrator) của chiến dịch sắp tới nhằm xâm lược đế quốc Achaemenes. Kế hoạch của Philippos là để trừng phạt người Ba Tư vì sự đau khổ gây ra cho người Hy Lạp và để giải phóng các thành bang Hy Lạp ở Tiểu Á cũng có thể là nỗi sợ hãi của toàn Hy Lạp về một cuộc xâm lược Hy Lạp khác của người Ba Tư, đã góp phần vào quyết định xâm lược đế quốc Achaemenes của ông. Người Ba Tư đã trợ giúp cho Perinthus và Byzantion vào năm 341–340 TCN, chiến lược của Macedonia nêu rõ là cần chiếm được Thrace và khu vực biển Aegea chống lại sự xâm lấn ngày càng tăng của nhà Achaemenes, khi mà vị vua Ba Tư Artaxerxes III tiến hành củng cố thêm sự kiểm soát của mình đối với các tổng trấn ở miền Tây Anatolia. Khu vực này, mang tới sự giàu có và nhiều nguồn tài nguyên giá trị hơn khu vực Balkans, nó cũng được vị vua của Macedonia khao khát vì tiềm năng kinh tế vô hạn của mình.Khi Philippos II cưới Cleopatra Eurydice, cháu gái của vị tướng Attalos, và nói về việc sinh ra những người kế vị tiềm năng mới tại bữa tiệc cưới, điều này đã khiến cho người con trai của Philippos II là Alexandros, một người từng tham gia trận Chaeronea, và mẹ của ông ta là Olympias nổi giận. Họ đã cùng bỏ về Ipiros trước khi Alexandros được triệu về Pella bởi Philippos II. Khi Philippos II sắp xếp một cuộc hôn nhân giữa người con trai của ông là Arrhidaeos với Ada của Caria, con gái của Pixodaros, vị tổng trấn Ba Tư của Caria, Alexandros đã can thiệp và thay vào đó ông đề nghị cưới Ada cho mình. Philippos II sau đó đã hủy bỏ hoàn toàn đám cưới và lưu đày các cố vấn của Alexandros là Ptolemaios, Nearchos, và Harpalos. Để hòa giải với Olympias, Philippos II đã gả con gái của họ là Cleopatra cho người em trai của Olympias (và là chú của Cleopatra) là Alexandros I của Ipiros, nhưng Philippos II đã bị người cận vệ của mình là Pausanias của Orestis ám sát ngay trong bữa tiệc đám cưới của họ và Alexandros đã kế vị ông vào năm 336 TCN.
Trong vài năm tiếp theo, Philippos II đã bận rộn với việc tổ chức lại hệ thống chính quyền ở Thessaly, ông còn tiến hành chiến dịch chống lại vị vua người Illyri là Pleuratos I và lật đổ Arybbas ở Ipiros để thay thế bằng người em vợ là Alexandros I (thông qua cuộc hôn nhân của Philippos II với Olympias), ông cũng đã đánh bại Cersebleptes ở Thrace. Chiến tranh đã nổ ra với Athens vào năm 340 TCN trong lúc Philippos II đang tham gia vào hai cuộc vây hãm không thành công cuối cùng đối với Perinthus và Byzantion, tiếp theo sau đó là một chiến dịch thành công chống lại người Scythia dọc theo sông Danube và sự tham gia của Macedonia vào cuộc Chiến tranh Thần Thánh lần thứ Tư chống lại Amphissa vào năm 339 TCN.