Vào tháng 10 năm 331 trước Công Nguyên, vị vua Achaemenid cuối cùng của Đế quốc Ba Tư, đã bị đánh bại bởi quân đội của vua Hy Lạp cổ đại Alexander Đại đế trong Trận Gaugamela. Một ghi chép về cuộc xâm lược này đã ghi lại rằng Alexander đã ra lệnh không xông vào nhà của cư dân sinh sống tại thành phố.Dưới triều đại của Alexander, Babylon lại phát triển rất rực rỡ như một trung tâm của học thuật và thương mại. Tuy nhiên, khi cái chết của Alexander vào năm 323 trước Công Nguyên trong cung điện của Nebuchadnezzar, đế quốc của ông bị phân chia bởi các tướng lĩnh của ông. Thời kỳ Diadochi, thời kỳ của chiến tranh trong suốt hàng thập kỷ bắt đầu. Sự hỗn loạn liên tục làm kiệt quệ Babylon. Một phù điêu vào năm 275 trước Công Nguyên cho biết cư dân của Babylon đã bị chuyển đến Seleucia, nơi một cung điện và một đền thờ được xây dựng. Sau sự kiện này, Babylon khó có thể được xem như một thành phố, mặc dù hơn một thế kỷ sau, các lễ tế vẫn được thực hiện trong các khu vực của thành phố.
Vào tháng 10 năm 331 trước Công Nguyên, vị vua Achaemenid cuối cùng của Đế quốc Ba Tư, đã bị đánh bại bởi quân đội của vua Hy Lạp cổ đại Alexander Đại đế trong Trận Gaugamela. Thời kỳ Diadochi, thời kỳ của chiến tranh trong suốt hàng thập kỷ bắt đầu.