Ngày 8 tháng 1 năm 1359, Hồng cân quân (紅巾軍) đã công nhập Thượng Đô, đốt phá cung điện. Ngày 20 tháng 7 năm 1369, quân Minh công chiếm Thượng Đô. Sau khi trục xuất được người Mông Cổ ra khỏi Trung Nguyên, nhà Minh đã cho tái thiết Vạn Lý Trường Thành, gần tương ứng với ranh giới phía nam của khu tự trị Nội Mông hiện nay. Còn người Mông Cổ sau khi để mất Trung Nguyên đã rút về Tái Ngoại, phía bắc sa mạc Gobi và tái lập Bắc Nguyên. Nội Mông trở thành nơi đối kháng giữa Bắc Nguyên và Minh. Trong sự biến Thổ Mộc bảo năm 1449, thủ lĩnh người Ngõa Lạt (Oirat) là Dã Tiên (也先) đã bắt được hoàng đế nhà Minh là Minh Anh Tông. Sau đó, người Mông Cổ lại di chuyển từ phía bắc xuống phía nam. Từ đó đến năm 1635, Nội Mông là trung tâm chính trị và văn hóa của Bắc Nguyên.Trên thực tế, không lâu sau khi thành lập, Bắc Nguyên đã phân liệt thành các nhóm Thát Đát, Ngõa Lạt và Ngột Lương Cáp. Cuối thế kỷ XV, Đạt Diên Hãn (达延汗) của đông bộ Mông Cổ đã thống nhất Mạc Nam và thực hiện "Trung hưng". Đạt Diên Hãn đã tổ chức lại người Mông Cổ Đông thành 6 tümen (nghĩa là "vạn"). Mặc dù việc này đã làm suy yếu hệ thống quyền lực của dòng dõi hậu duệ Thành Cát Tư Hãn song nó đã tạo ra một tình hình hòa bình và người Mông Cổ Đông có thể mở rộng phạm vi ra bên ngoài. Năm 1572, A Lặc Thản Hãn (阿勒坦汗)-cháu của Đạt Diên Hãn, đã đưa Thổ Mặc Đặc bộ đến địa phận Hô Hòa Hạo Đặc ngày nay, xây dựng thành "Khố Khố Hòa Đồn" trong địa phận Ngọc Tuyền, từ đó, Thổ Mặc Đặc bộ bắt đầu thay đổi phương thức sinh hoạt từ du mục trên thảo nguyên sang định cư. Nền hoà bình tản quyền của người Mông Cổ được dựa trên sự thống nhất tôn giáo và văn hóa tạo ra bởi các hệ thống nghi lễ thờ cúng. A Lặc Thản Hãn thiết lập quan hệ phiên thuộc với nhà Minh, được triều Minh phong là "Thuận Nghĩa vương". Một loại bệnh dịch đậu mùa cùng việc không có thương mại đã khiến người Mông Cổ tràn sang cướp bóc tại các huyện của Trung Quốc. Năm 1571, nhà Minh đã mở cửa giao thương với 3 Tumen Hữu của Đông bộ Mông Cổ. Việc cải sang Phật giáo với quy mô lớn trong Ba Tumen Hữu diễn ra từ năm 1575. Triều đình nhà Minh đã từng thiết lập trên 20 vệ sở Mông Cổ ở tây bộ Liêu Đông, nam bộ Mạc Nam, bắc bộ Cam Túc và Cáp Mật, đứng đầu các vệ sở này là các thủ lĩnh phong kiến Mông Cổ.
Ngày 8 tháng 1 năm 1359, Hồng cân quân (紅巾軍) đã công nhập Thượng Đô, đốt phá cung điện. Sau đó, người Mông Cổ lại di chuyển từ phía bắc xuống phía nam.