Tháng 3 âm lịch năm Ất Dậu (1465), Thánh Tông bỏ sáu bộ, đặt sáu viện, do Thượng thư và Tả, Hữu Thị lang đứng đầu mỗi viện. Theo Lịch triều hiến chương loại chí, sáu viện này gồm Nghi lễ, Khâm hình, Ty bình, 3 viện còn lại không rõ tên. Các khoa Trung thư, Hải, Đông, Nam, Tây, Bắc lần lượt được tổ chức lại thành Lại, Hộ, Lễ, Binh, Hình, Công; Đô sự cấp trung đứng đầu mỗi khoa, có Cấp sự trung trợ thủ,có nhiệm vụ giám sát công việc của sáu viện tương ứng và báo cáo trực tiếp với hoàng đế. Vua cũng đổi cơ quan Hành khiển năm đạo thành các ty Tuyên chính, mỗi ty gồm các Tuyên chính sứ, Tham chính, Tham nghị và Chủ sự (theo thứ tự từ cao xuống thấp).Tháng 4 âm lịch năm Bính Tuất (1466), Thánh Tông lại đổi sáu viện thành sáu bộ như trước năm 1465, do Thượng thư và Tả Hữu Thị lang cai quản mỗi bộ. Dưới các chức này, Thánh Tông đặt chức Lang trung, Viên ngoại lang, Tư vụ. Thánh Tông cũng lập ra sáu tự để phụ việc cho sáu bộ; sáu tự gồm Đại lý tự, Thái thường tự, Quang lộc tự, Thái bộc tự, Hồng lô tự, Thượng bảo tự. Mỗi tự do các quan Tự khanh, Thiếu khanh, Tự thừa phụ trách. Trong sáu tự, Đại lý tự bổ trợ cho Hình bộ, bốn tự Thượng bảo tự, Thái thường tự, Quang lộc tự, Hồng lô tự phụ việc Lễ bộ. Đối với Thái bộc tự, không rõ cơ quan này bổ trợ cho bộ nào, nhưng sử gia K. W. Taylor phỏng đoán rằng Thái bộc tự ít ra đã phải cộng tác với Binh bộ, Hộ bộ và Lễ bộ.Tháng 6 âm lịch năm Bính Tuất (1466), Lê Thánh Tông ban quy chế về màu áo các quan văn võ: quan từ nhất phẩm đến tam phẩm phải mặc áo hồng; quan tứ phẩm và ngũ phẩm thì mặc áo màu lục; các viên chức còn lại đều mặc áo xanh.Năm 1467, Lễ bộ Thượng thư Phạm Công Nghị tâu với Thánh Tông xin bỏ lệ ban họ vua cho công thần, bởi vì: "Cái sai của việc ban tên họ có quan hệ rất lớn. Vì người làm tôi mà cùng họ với vua thì bất kính, người làm con mà quên mất gốc thì bất hiếu. Làm sao có kẻ bất kính bất hiếu mà làm nên việc được? Nên sửa bỏ lệ ấy đi. Tất cả bề tôi đã được ban cho họ nhà vua đều cho đổi lại theo họ cũ của ông cha để cho tông phái nhà vua được phân minh, cội gốc các họ được rõ ràng". Thánh Tông y theo.Mùa thu năm Tân Mão (1471), sau khi chinh phục Chiêm Thành, vua Thánh Tông ban bố Hoàng triều quan chế, khẳng định rằng: "Đất đai bờ cõi ngày nay so với trước kia khác nhau nhiều lắm, không thể không thân hành nắm quyền chế tác, làm trọn đạo biến thông", cho nên phải thay đổi, mở rộng bộ máy quan lại, hành chính. Theo đó nhà vua bỏ các chức Tướng quốc, Bình chương và Bộc xạ; đặt Thái sư, Thái úy, Thái phó, Thái bảo, Thiếu sư, Thiếu úy, Thiếu phó, Thiếu bảo làm các chức quan đầu triều, coi cả văn lẫn võ. Dưới các chức này, ban văn trong triều có các cơ quan sáu bộ, sáu tự, sáu khoa, Ngự sử đài, Hàn lâm viện, Đông các, Quốc tử giám, Quốc sử viện, Phủ doãn, Cung sư phủ, Tư thiên giám, Thái y viện, Bí thư giám, Trung thư giám, Hoa văn giám,... Ở các thừa tuyên, phủ, huyện, châu có các nha môn, các quan Khuyến nông, Hà đê; bên võ có các cơ quan: năm phủ, hai vệ, bốn vệ Hiệu lực, bốn vệ Thần võ (tiền, hậu, tả, hữu), sáu vệ Điện tiền, bốn vệ Tuần tượng, bốn vệ Mã nhàn,... lo việc bảo vệ hoàng cung, chăm sóc voi, ngựa; ngoài ra còn có các vệ, sở, đô ty, giang hải tuần kiểm,... đóng ở các địa phương. Các cải tổ của Lê Thánh Tông đã giúp bộ máy chính quyền được mở rộng đáng kể; theo sử gia Đào Duy Anh, tổng sổ quan văn, võ phục vụ dưới thời Thánh Tông có đến 5370 người, gồm 2755 quan triều đình và 2645 quan địa phương. Sử gia Tạ Chí Đại Trường viết trong sách Sơ thảo: Bài sử khác cho Việt Nam về bộ máy hành chính thời Lê Thánh Tông:
Tháng 3 âm lịch năm Ất Dậu (1465), Thánh Tông bỏ sáu bộ, đặt sáu viện, do Thượng thư và Tả, Hữu Thị lang đứng đầu mỗi viện. Đối với Thái bộc tự, không rõ cơ quan này bổ trợ cho bộ nào, nhưng sử gia K. W. Taylor phỏng đoán rằng Thái bộc tự ít ra đã phải cộng tác với Binh bộ, Hộ bộ và Lễ bộ.Tháng 6 âm lịch năm Bính Tuất (1466), Lê Thánh Tông ban quy chế về màu áo các quan văn võ: quan từ nhất phẩm đến tam phẩm phải mặc áo hồng; quan tứ phẩm và ngũ phẩm thì mặc áo màu lục; các viên chức còn lại đều mặc áo xanh.Năm 1467, Lễ bộ Thượng thư Phạm Công Nghị tâu với Thánh Tông xin bỏ lệ ban họ vua cho công thần, bởi vì: "Cái sai của việc ban tên họ có quan hệ rất lớn.