Vào năm 1823, nhà tự nhiên học Martin Lichtenstein là người đầu tiên gọi nhàn mào bằng danh pháp Sterna bergii, nhưng sau này người ta đã chuyển nhàn mào từ chi Sterna sang chi Thalasseus như hiện nay sau khi các nghiên cứu DNA ty thể xác nhận rằng ba kiểu hình hiện diện trên đầu của nhàn (không có mào màu đen, có mào màu đen và có mào màu đen với trán màu trắng) đã dẫn đến một nhánh chim riêng biệt.Trong chi Thalasseus, họ hàng gần nhất của nhàn mào là "nhàn mào nhỏ" (T. bengalensis) và "nhàn hoàng gia" (T. maximus). Nghiên cứu DNA không bao hàm loài cực kỳ nguy cấp là "nhàn mào Trung Quốc" (T. bernsteini), nhưng do loài này từng được xem là cùng loài với nhàn mào (được xem là từ đồng nghĩa trong phân loài T. b. cristatus) nên T. bernsteini cũng được xem là có quan hệ rất mật thiết với nhàn mào.Tên chi Thalasseus bắt nguồn từ tiếng Hi Lạp là Thalassa (nghĩa là "biển") còn bergii là để tưởng nhớ Karl Heinrich Bergius (một nhà sinh vật học và dược sĩ người Phổ), người đã thu thập mẫu vật đầu tiên của loài nhàn này ở một địa điểm gần Cape Town, Nam Phi.Nhàn mào có khoảng năm phân loài, chủ yếu khác nhau về màu sắc của phần trên cơ thể và màu sắc của mỏ. Người ta còn đề xuất một số lượng tương tự các phân loài khác nhưng số phân loài này không được coi là hợp lệ. Dưới đây là danh sách năm phân loài:
Vào năm 1823, nhà tự nhiên học Martin Lichtenstein là người đầu tiên gọi nhàn mào bằng danh pháp Sterna bergii, nhưng sau này người ta đã chuyển nhàn mào từ chi Sterna sang chi Thalasseus như hiện nay sau khi các nghiên cứu DNA ty thể xác nhận rằng ba kiểu hình hiện diện trên đầu của nhàn (không có mào màu đen, có mào màu đen và có mào màu đen với trán màu trắng) đã dẫn đến một nhánh chim riêng biệt.Trong chi Thalasseus, họ hàng gần nhất của nhàn mào là "nhàn mào nhỏ" (T. bengalensis) và "nhàn hoàng gia" (T. maximus). Người ta còn đề xuất một số lượng tương tự các phân loài khác nhưng số phân loài này không được coi là hợp lệ.