Chỉ hai ngày sau khi quyết định thành lập MIT được ký, Nội chiến Hoa Kỳ bùng nổ. Sau một thời gian dài trì hoãn, những lớp học đầu tiên của MIT diễn ra ở Tòa nhà Mercantile ở Boston năm 1865. Viện công nghệ này có sứ mệnh phù hợp với ý định của Luật Morill năm 1862 nhằm hỗ trợ các cơ sở giáo dục "nhằm thúc đẩy giáo dục khai phóng và thực hành trong các tầng lớp kỹ nghệ," và là một trường được cấp đất (land-grant school). Năm 1866, tiền thu được từ việc bán đất được sử dụng để xây những tòa nhà mới ở vùng Back Bay.MIT từng được gọi một cách không chính thức là "Boston Tech". Viện công nghệ này được xây dựng theo mô hình viện đại học bách khoa của châu Âu và lúc ban đầu nhấn mạnh đến việc giảng dạy thực hành. Sau một khoảng thời gian có nhiều bất ổn về tài chính, MIT phát triển mạnh trong hai thập niên cuối thế kỷ 19 dưới thời Viện trưởng Francis Amasa Walker. Các chương trình trong các ngành kỹ thuật điện, hóa, hàng hải, và y tế được mở ra, các tòa nhà mới được xây dựng, và số lượng sinh viên tăng lên thành hơn một ngàn.
Chỉ hai ngày sau khi quyết định thành lập MIT được ký, Nội chiến Hoa Kỳ bùng nổ. Viện công nghệ này được xây dựng theo mô hình viện đại học bách khoa của châu Âu và lúc ban đầu nhấn mạnh đến việc giảng dạy thực hành.