Trong trận đấu cuối cùng vòng bảng của Argentina với Nigeria tại sân vận động Krestovsky, Saint Petersburg vào ngày 26 tháng 6, Messi ghi bàn mở tỷ số trong chiến thắng 2–1, trở thành cầu thủ Argentina thứ ba sau Diego Maradona và Gabriel Batistuta ghi bàn ở ba kỳ World Cup; anh cũng trở thành cầu thủ đầu tiên ghi bàn tại World Cup ở độ tuổi thiếu niên, hai mươi và ba mươi. Là một trong những bàn thắng đẹp nhất giải, Messi nhận một đường chuyền dài từ giữa sân và dẫn bóng chỉ với hai chạm trước khi sút tung lưới bằng chân phải không thuận của mình. Sau đó anh được nhận giải Cầu thủ xuất sắc nhất trận. Argentina đi tiếp với tư cách đội á quân sau Croatia. Trong trận đấu vòng 16 đội với Pháp vào ngày 30 tháng 6, Messi đã giúp cho Gabriel Mercado và Sergio Agüero ghi bàn trong trận thua 4–3, khiến Argentina bị loại khỏi World Cup. Với hai pha kiến tạo trong trận đấu này, Messi trở thành cầu thủ đầu tiên có một pha kiến tạo tại bốn kỳ World Cup gần nhất và cũng trở thành cầu thủ đầu tiên có hai đường kiến tạo trong một trận đấu cho Argentina kể từ khi Diego Maradona làm được điều tương tự trong trận đấu với Hàn Quốc năm 1986.Sau giải đấu, Messi thông báo rằng anh sẽ không tham gia các trận giao hữu của Argentina trước Guatemala và Colombia vào tháng 9 năm 2018, đồng thời anh sẽ không thi đấu cho đội tuyển trong phần còn lại của năm đó. Sự vắng mặt của Messi ở đội tuyển quốc gia và việc anh tiếp tục không giành được danh hiệu nào cùng Argentina đã khiến giới truyền thông đồn đoán rằng Messi có thể từ giã sự nghiệp thi đấu quốc tế một lần nữa. Tuy nhiên, vào tháng 3 năm 2019, anh được gọi vào đội tuyển Argentina trong các trận giao hữu với Venezuela và Morocco vào cuối tháng đó. Anh đã trở lại thi đấu quốc tế vào ngày 22 tháng 3, trong trận thua 3–1 giao hữu trước Venezuela tại Madrid.
Trong trận đấu cuối cùng vòng bảng của Argentina với Nigeria tại sân vận động Krestovsky, Saint Petersburg vào ngày 26 tháng 6, Messi ghi bàn mở tỷ số trong chiến thắng 2–1, trở thành cầu thủ Argentina thứ ba sau Diego Maradona và Gabriel Batistuta ghi bàn ở ba kỳ World Cup; anh cũng trở thành cầu thủ đầu tiên ghi bàn tại World Cup ở độ tuổi thiếu niên, hai mươi và ba mươi. Tuy nhiên, vào tháng 3 năm 2019, anh được gọi vào đội tuyển Argentina trong các trận giao hữu với Venezuela và Morocco vào cuối tháng đó.