Sau khi Cao Ly trở thành nước phiên thuộc của triều Nguyên, Nguyên Thế Tổ sáu lần khiển sứ giả yêu cầu Nhật Bản (thời Mạc phủ Kamakura) triều cống, song đều thất bại, đo đó bắt đầu Chiến tranh Nguyên-Nhật. Năm 1274, quân Nguyên phát động chiến tranh xâm nhập Nhật Bản lần thứ nhất, sử thư Nhật Bản xưng là chiến dịch Bunei (文永の役), triều đình Nguyên phái hơn 32 nghìn người Đông chinh Nhật Bản, cuối cùng do gặp phải bão nên thương vong thảm trọng. Năm 1281, Hốt Tất Liệt lại phát động chiến tranh xâm nhập Nhật Bản lần thứ nhì, sử thư Nhật Bản xưng là chiến dịch Koan (弘安の役), do Phạm Văn Hổ, Lý Đình suất hơn 10 vạn quân Giang Nam, nhưng do quân Nhật tích cực kháng cự, và quân Nguyên lại gặp phải bão, nên cuối cùng lại chịu thảm bại. Nhận định phổ biến là bão và quân Nguyên không giỏi thủy chiến là các nguyên nhân lớn nhất dẫn đến thất bại. Sau này, Nguyên Thế Tổ lại chuẩn bị đông chinh lần thứ ba, song do đại thần khuyến gián, lại thêm việc xuất binh tiến công An Nam nên bãi bỏ. Sau đó, Nguyên Thế Tổ nhiều lần khiển sứ song đều bị Nhật Bản cự tuyệt, quan hệ thông sứ mãi không thể kiến lập, song giao lưu kinh tế và văn hóa vẫn rất phồn thịnh, người Nhật Bản sang Nguyên hầu hết là thương nhân và thiền tăng. Triều đình Nguyên hạ lệnh cho quan ty duyên hải khai thông mậu dịch hải ngoại với Nhật Bản, cảng chủ yếu là Khánh Nguyên (nay là Ninh Ba).
Sau khi Cao Ly trở thành nước phiên thuộc của triều Nguyên, Nguyên Thế Tổ sáu lần khiển sứ giả yêu cầu Nhật Bản (thời Mạc phủ Kamakura) triều cống, song đều thất bại, đo đó bắt đầu Chiến tranh Nguyên-Nhật. Sau đó, Nguyên Thế Tổ nhiều lần khiển sứ song đều bị Nhật Bản cự tuyệt, quan hệ thông sứ mãi không thể kiến lập, song giao lưu kinh tế và văn hóa vẫn rất phồn thịnh, người Nhật Bản sang Nguyên hầu hết là thương nhân và thiền tăng.