Trên tinh thần này, năm 1485, Lê Thánh Tông xử tử Thái tử Thiếu bảo Ngự sử đài Đô ngự sử Trần Phong vì ông này phê phán nhà vua áp dụng quan chế triều Minh, và khi làm kinh diên cho Nhân Tông thì "yêu quý Lệ Đức [Lê Nghi Dân], rất khinh miệt ta [Thánh Tông]". Theo Taylor, lời chỉ trích Lê Thánh Tông được gán cho Trần Phong chỉ mang tính nông cạn, có thể bộc lộ sự hoài niệm về các triều đại bất ổn của Lê Thái Tông, Lê Nhân Tông. Trước đó, Trần Phong đã nhiều lần bị Thánh Tông quở trách rất gay gắt, như lần dụ Nguyễn Như Đổ vào tháng 9 âm lịch năm 1468: "Ta xem Trần Phong ngoài mặt thì kêu căng, trong bụng thì xu nịnh, nói năng khinh suất. Đến như xiểm nịnh kẻ quyền quý thì lật đật như con lanh già giẫm yếm xéo đuôi; liếm trôn trĩ của Đức Trung, hút mủ nhọt cho Nguyễn Yên, đó là kế sở trường để nên quan to của Phong đấy". Tháng 3 âm lịch năm Quý Sửu (1493), vua Lê Thánh Tông đặt lệ về thứ tự đứng chầu của đình thần: đối với các quan cùng phẩm, thì người lớn tuổi và làm việc lâu năm đứng trước, người trẻ và làm việc chưa lâu đứng sau. Với các chức quan cai quản thì: "người phẩm thấp mà chức cao, như tam phẩm làm Đô đốc thì đứng vào ban nhị phẩm; thất, bát phẩm làm Lang trung thì đứng vào ban lục phẩm. Nếu phẩm cao mà chức thấp, như nhị phẩm làm Vệ quan thì đứng vào ban tam phẩm; tứ, ngũ phẩm làm Viên ngoại lang thì đứng vào ban lục phẩm; còn lại cứ theo thế mà suy ra".Lê Thánh Tông nổi tiếng là vị hoàng đế quản lý quan lại hết sức chặt chẽ. Hàng ngày ông đều hội kiến với các tướng lĩnh cao cấp nhất của mình. Ngoài ra, sau mỗi buổi thiết triều, ông thường gặp riêng các quan đứng đầu Lục bộ và Ngũ phủ để bàn bạc. Hoàng đế cũng dõi theo sát sao hành xử của hàng ngàn viên quan lớn nhỏ trong triều đình. Ngay từ khi mới lên ngôi, ông đã tạo ra một cảm giác kết nối sâu sắc giữa mình với các đại thần qua việc khen ngợi hoặc sỉ vả từng cá nhân, mỗi lời khen chê của ông đều thể hiện ông nắm rõ tiểu sử và sự nghiệp của họ. Có lần hoàng đế ban mứt trái cây cho các đại thần để bày tỏ sự cảm kích đồng thời cổ vũ họ làm việc chăm hơn nữa. Ông cũng ban hành hàng loạt sắc lệnh, cảnh báo và nghiêm cấm các quan văn võ không được tham ô, hối lộ, gian dối, biếng nhác, trễ nãi, bóc lột sức quân và dân để vỗ béo bản thân, thu thuế chậm chạp, không hoàn tất công việc đúng kỳ hạn, sống phóng đãng, chìm đắm tửu sắc, thông dâm với vợ người, gia đạo không nghiêm, cưới người đàn bà ở nơi mình trấn nhậm, mặc triều phục không đúng quy chế, lễ lạc quá đà, nhổ trầu, vứt bã trầu lung tung trong sân điện... Thừa tuyên sứ các xứ Bắc đạo Lê Công Khác đã bị giáng chức xuống một bậc vào cuối năm 1467 vì nơi ông này trấn nhậm có nhiều sâu bọ phá hoại mùa màng mà "không biết tâu lên trước, chỉ ngồi nhìn tai họa của dân". Ngay cả khi Nguyễn Xí cùng con là Nguyễn Sư Hồi nhận 80 lạng bạc do Ngô Tây hối lộ, Thánh Tông sai Tư lễ giám Nguyễn Áng đến bắt cha con Nguyễn Xí phải nộp lại 80 lạng bạc đó. Trong một trường hợp khác, tháng 12 âm lịch năm Đinh Hợi (1467), nhà vua mở khoa thi Hoành từ bắt 30 quan chức phải thi. Khâm hình viện Lang trung Vũ Hữu và Viên ngoại lang Nguyễn Đình Khoa cáo bệnh không dự thi. Lê Thánh Tông thấy lạ, dò hỏi thì biết hai người này chỉ ưa ăn hối lộ. Nhà vua chế giễu Vũ Hữu trong lời dụ thể hiện sự nghiêm khắc pha lẫn hài hước của ông:
Trên tinh thần này, năm 1485, Lê Thánh Tông xử tử Thái tử Thiếu bảo Ngự sử đài Đô ngự sử Trần Phong vì ông này phê phán nhà vua áp dụng quan chế triều Minh, và khi làm kinh diên cho Nhân Tông thì "yêu quý Lệ Đức [Lê Nghi Dân], rất khinh miệt ta [Thánh Tông]". Nếu phẩm cao mà chức thấp, như nhị phẩm làm Vệ quan thì đứng vào ban tam phẩm; tứ, ngũ phẩm làm Viên ngoại lang thì đứng vào ban lục phẩm; còn lại cứ theo thế mà suy ra".Lê Thánh Tông nổi tiếng là vị hoàng đế quản lý quan lại hết sức chặt chẽ.