Việc mất đi nơi cư trú bởi ngành nông nghiệp cũng đã góp phần tạo sự suy giảm, dù hiện nay nó không còn là một nhân tố nữa bởi tê giác Java giờ chỉ sống ở hai khu vực bảo tồn quốc gia. Sự suy giảm chất lượng môi trường sống đã ngăn cản việc khôi phục số lượng loài. Cho dù với tất cả các nỗ lực bảo tồn, khả năng tồn tại của chúng vẫn bị đe dọa khốc liệt. Khi quần thể bị giới hạn ở hai khu vực nhỏ, chúng sẽ rất dễ bị bệnh tật và gặp các vấn đề do giao phối cận huyết.
Việc mất đi nơi cư trú bởi ngành nông nghiệp cũng đã góp phần tạo sự suy giảm, dù hiện nay nó không còn là một nhân tố nữa bởi tê giác Java giờ chỉ sống ở hai khu vực bảo tồn quốc gia. Khi quần thể bị giới hạn ở hai khu vực nhỏ, chúng sẽ rất dễ bị bệnh tật và gặp các vấn đề do giao phối cận huyết.