Năm 1517, tu sĩ Martin Luther tuyên bố 95 luận đề, thách thức Giáo hội Công giáo La Mã và khởi xướng Cải cách Kháng nghị. Năm 1555, Hòa ước Augsburg công nhận Giáo hội Luther là một lựa chọn có thể chấp thuận thay cho Công giáo La Mã, song cũng ra sắc chỉ rằng đức tin của vương công là đức tin của các thần dân của ông ta, một nguyên tắc gọi là "lãnh địa của ai thì tôn giáo theo người đó". Thỏa thuận tại Augsburg thất bại trong việc xác định các đức tin tôn giáo khác: chẳng hạn Thần học Calvin (đức tin Cải cách) vẫn bị cho là dị giáo và nguyên tắc không giải quyết khả năng cải đạo của một người thống trị giáo hội, như từng diễn ra tại Tuyển hầu quốc Köln vào năm 1583. Từ Chiến tranh Köln cho đến khi kết thúc Chiến tranh Ba mươi Năm (1618–1648), xung đột tôn giáo tàn phá các vùng đất Đức. Chiến tranh Ba mươi Năm làm giảm dân số tổng thể của các quốc gia Đức đến khoảng 30%, và lên đến 80% tại một số nơi. Hòa ước Westfalen kết thúc chiến tranh tôn giáo giữa các quốc gia Đức. Các quân chủ Đức có thể lựa chọn Công giáo Rôma, Lutheran hoặc Calvinist làm tôn giáo chính thức của họ sau năm 1648.Trong thế kỷ XVIII, Đế quốc La Mã Thần thánh gồm có khoảng 1.800 lãnh thổ. Hệ thống pháp lý phức tạp khởi đầu từ một loạt cải cách (khoảng 1450–1555) tạo ra các lãnh thổ đế quốc, và tạo ra quyền tự trị địa phương đáng kể tại các quốc gia tăng lữ, thế tục và thế tập, được phản ánh tại Quốc hội Đế quốc. Gia tộc Habsburg nắm giữ đế vị từ năm 1438 cho đến khi Karl VI mất vào năm 1740. Do không có nam giới thừa kế, ông thuyết phục các tuyển đế hầu duy trì quyền bá chủ của gia tộc Habsburg đối với chức hoàng đế bằng việc chấp thuận một chiếu thư vào năm 1713. Điều này cuối cùng được giải quyết nhờ Chiến tranh Kế vị Áo; theo Hiệp ước Aix-la-Chapelle, chồng của Công chúa Maria Theresa trở thành Hoàng đế La Mã Thần thánh, còn bà cai trị đế quốc với thân phận hoàng hậu. Từ năm 1740, cạnh tranh giữa Vương triều Habsburg Áo và Vương quốc Phổ chi phối lịch sử Đức.
Năm 1517, tu sĩ Martin Luther tuyên bố 95 luận đề, thách thức Giáo hội Công giáo La Mã và khởi xướng Cải cách Kháng nghị. Hòa ước Westfalen kết thúc chiến tranh tôn giáo giữa các quốc gia Đức.