Ninh Bình có cảng Ninh Phúc là cửa Khẩu quốc tế đường biển. 4 cảng chính do trung ương quản lý là cảng Ninh Bình, cảng Ninh Phúc, cảng ICD Phúc Lộc và cảng Cầu Yên. Cảng K3 (nhà máy nhiệt điện Ninh Bình) cũng đã được nâng cấp là cảng chuyên dụng. Các bến xếp dỡ hàng hoá, khu neo tránh tàu thuyền nằm trên các bờ sông và cửa sông. Cảng sông Ninh Bình có thể đạt công suất 9 triệu tấn/năm, chỉ đứng sau Hà Nội ở miền Bắc. Cảng Ninh Phúc là cảng sông đầu mối quốc gia. Ngoài ra có cảng Ninh Bình, Cảng xăng dầu dầu khí Ninh Bình, cảng Long Sơn, Cảng đạm Ninh Bình, Cảng Vissai, cảng Phúc Lộc, cảng tổng hợp Kim Sơn là những cảng tiếp nhận tàu biển và phương tiện thủy quốc tế... Hệ thống đường thủy gồm 22 tuyến sông trong đó Trung ương quản lý 4 tuyến (sông Đáy, sông Hoàng Long, sông Vạc và kênh nhà Lê) với tổng chiều dài gần 364,3 km.
Ninh Bình có cảng Ninh Phúc là cửa Khẩu quốc tế đường biển. Các bến xếp dỡ hàng hoá, khu neo tránh tàu thuyền nằm trên các bờ sông và cửa sông.