Dưới triều Lê Thánh Tông, nền văn hóa Tam giáo đồng nguyên của Đại Việt trước thế kỷ 15 đã hoàn toàn bị thay thế bằng sự lên ngôi của Tân Nho giáo (Tống Nho), đặc biệt trong khu vực triều đình và giới sĩ phu. Do sự thúc đẩy từ những cải cách chính trị, hành chính, khoa cử,... của Lê Thánh Tông, văn hóa Tân Nho giáo đã nở rộ trên khắp châu thổ Bắc Bộ, không chỉ ở các vùng đất phía đông châu thổ như Hải Dương, mà còn lan tới Kinh Bắc và các miền đất khác ở trung tâm và phía tây châu thổ, nơi từng là một trung tâm lớn của đạo Phật. Phật giáo và Đạo giáo bị đẩy lui xuống sinh hoạt ở các làng xã. Chỉ một năm sau khi lên ngôi, tháng 7 âm lịch năm 1461, Lê Thánh Tông xuống chiếu cho các xứ, phủ, lộ cấm dân làm mới những chùa Phật, quán Đạo không có ngạch cũ. Đến tháng 12 âm lịch năm 1463, ông lại ra sắc chỉ: "Những người bói toán, đạo thích ở trong nước từ nay về sau không được trò chuyện trao đổi với người trong cung và hậu đình", cấm các thầy bói, đồng cốt, thiền sư, đạo sĩ cả nước không được liên lạc giao tiếp với người trong cung đình. Chưa hết, tháng 3 âm lịch năm 1470, ông ra lệnh cấm người không phải là tăng sĩ Phật giáo được cạo đầu. Ngoài ra, ông và người kế vị là Lê Hiến Tông rất hay trích dẫn Tứ thư, Ngũ kinh của Nho giáo khi ra chiếu chỉ và khi nói chuyện với quan lại. Năm 1479 Lê Thánh Tông sai sử thần Ngô Sĩ Liên biên soạn bộ Đại Việt Sử ký Toàn thư. Khi chép tới việc vua Hồ Quý Ly (cai trị 1400-1401) ngờ vực Khổng Tử và các triết gia mở nền Tân Nho giáo như Chu Hi và Trình Hạo, Ngô Sĩ Liên có những lời chỉ trích Hồ Quý Ly thể hiện rõ quan điểm chính thức của triều đình Lê Thánh Tông rằng Khổng Tử là người vĩ đại nhất từ trước tới nay, cũng như vai trò độc tôn không thể chối cãi của Tân Nho giáo:
Dưới triều Lê Thánh Tông, nền văn hóa Tam giáo đồng nguyên của Đại Việt trước thế kỷ 15 đã hoàn toàn bị thay thế bằng sự lên ngôi của Tân Nho giáo (Tống Nho), đặc biệt trong khu vực triều đình và giới sĩ phu. Ngoài ra, ông và người kế vị là Lê Hiến Tông rất hay trích dẫn Tứ thư, Ngũ kinh của Nho giáo khi ra chiếu chỉ và khi nói chuyện với quan lại.