Lên nắm chính quyền, ông chủ trương làm việc siêng năng, làm gương cho các quan lại. Ông sửa sang bộ máy chính quyền, chia làm Lục bộ một cách đầy đủ. Về cơ cấu chính quyền các cấp, ông đã tiến hành xóa bỏ hệ thống tổ chức hành chính cũ thời Lê Thái Tổ từ 5 đạo đổi thành 13 đạo (thừa tuyên). Thánh Tông ra chỉ dụ, các quan chỉ được làm việc tối đa đến tuổi 65 và ông bãi bỏ luật cha truyền con nối cho các gia đình có công - công thần. Ông tôn trọng việc chọn quan phải là người có tài và đức.
Lên nắm chính quyền, ông chủ trương làm việc siêng năng, làm gương cho các quan lại. Thánh Tông ra chỉ dụ, các quan chỉ được làm việc tối đa đến tuổi 65 và ông bãi bỏ luật cha truyền con nối cho các gia đình có công - công thần.