Các phương pháp từ dưới lên như vậy sẽ có khả năng sản xuất các thiết bị song song và rẻ hơn nhiều so với phương pháp từ trên xuống, nhưng có thể bị quá tải khi kích thước và độ phức tạp của việc lắp ráp mong muốn tăng lên. Hầu hết các cấu trúc hữu ích đòi hỏi sự sắp xếp phức tạp và không chắc về mặt nhiệt động lực học của các nguyên tử. Tuy nhiên, có rất nhiều ví dụ về sự tự lắp ráp dựa trên nhận dạng phân tử trong sinh học, đáng chú ý nhất là tương tác giữa cơ sở Watson-Crick và cơ chất của enzyme. Thách thức đối với công nghệ nano là liệu những nguyên tắc này có thể được sử dụng để thiết kế các cấu trúc mới ngoài các cấu trúc tự nhiên hay không.
Các phương pháp từ dưới lên như vậy sẽ có khả năng sản xuất các thiết bị song song và rẻ hơn nhiều so với phương pháp từ trên xuống, nhưng có thể bị quá tải khi kích thước và độ phức tạp của việc lắp ráp mong muốn tăng lên. Tuy nhiên, có rất nhiều ví dụ về sự tự lắp ráp dựa trên nhận dạng phân tử trong sinh học, đáng chú ý nhất là tương tác giữa cơ sở Watson-Crick và cơ chất của enzyme.