Tuy nhiên, giới sử học vẫn tranh cãi về tính xác thực và quy mô của những vụ hiếp dâm. Các nhà sử học Nga đã phủ nhận những cáo buộc về hiếp dâm hàng loạt, họ đưa ra bằng chứng là một lệnh từ Bộ chỉ huy tối cao ban hành ngày 19 tháng 1 năm 1945, trong đó ra lệnh cấm binh sĩ ngược đãi thường dân Đức. Một lệnh của Hội đồng quân sự của Phương diện quân Byelorussia số một, có chữ ký của Nguyên soái Rokossovsky, đã ra lệnh xử bắn những binh lính phạm tội trộm cướp và hiếp dâm ngay tại hiện trường của vụ án. Một lệnh ban hành bởi Stavka (Bộ Tổng tư lệnh Tối cao Hồng quân) vào ngày 20 tháng 4 năm 1945 phổ biến tới binh sĩ rằng cần phải duy trì quan hệ tốt với người dân Đức để giảm kháng cự và để chiến sự kết thúc nhanh hơn.Trong khu vực chiếm đóng của Liên Xô, các thành viên của SED đã báo cáo cho Stalin biết hành động cướp bóc và hãm hiếp của binh lính Liên Xô có thể dẫn đến một phản ứng tiêu cực của dân Đức đối với Liên Xô và hướng tới tương lai của chủ nghĩa xã hội ở Đông Đức. Stalin đã phản ứng một cách giận dữ: "Tôi sẽ không tha thứ bất cứ ai kéo danh dự của Hồng quân qua vũng bùn."Các nhà lãnh đạo Liên Xô rất bất bình với truyền thông của các nước phương Tây, khi họ vừa mới là đồng minh của Liên Xô trên mặt trận chống phát xít thì nay lại quay sang công kích Liên Xô. Bộ trưởng dân ủy ngoại giao Liên Xô V. M. Molotov đã gọi những cáo buộc của Phương Tây là một "chiến dịch hèn hạ" nhằm phá hoại uy tín của Hồng quân và trút lên đầu những người lính Hồng quân tất cả những gì xảy ra do sự hỗn loạn trước đó tại những vùng do Liên Xô chiếm đóng. Ông nói: "Liên Xô và những bạn bè của chúng tôi trên thế giới đã có những thông tin cần thiết để chống lại chiến dịch tuyên truyền này".Tướng Gareyev, chủ tịch của Học viện Khoa học Quân sự Nga, nhận xét:
Tuy nhiên, giới sử học vẫn tranh cãi về tính xác thực và quy mô của những vụ hiếp dâm. Các nhà sử học Nga đã phủ nhận những cáo buộc về hiếp dâm hàng loạt, họ đưa ra bằng chứng là một lệnh từ Bộ chỉ huy tối cao ban hành ngày 19 tháng 1 năm 1945, trong đó ra lệnh cấm binh sĩ ngược đãi thường dân Đức.