Đầu thời kỳ tại vị của Nguyên Huệ Tông, năm 1335 con của Yến Thiếp Mộc Nhi là Đường Kỳ Thế âm mưu lật đổ Huệ Tông để lập nghĩa tử của Văn Tông là Đáp Lạt Hải. Thừa tướng Bá Nhan đập tan phản loạn, song nhân vật này thuộc phái bảo thủ và khống chế triều chính, quyền lực rất lớn. Ông cấm chỉ người Hán tham chính đồng thời thủ tiêu khoa cử, do vậy phát sinh xung đột với Nguyên Huệ Tông. Năm 1340, Nguyên Huệ Tông dưới sự bang trợ của cháu Bá Nhan là Thoát Thoát cuối cùng phế truất Bá Nhan. Nguyên Huệ Tông cùng Thoát Thoát điều hành chính sự vào thời kỳ đầu, triều đình Nguyên thi hành một loạt biện pháp cải cách như ban hành pháp quy "Chí chính điều cách", khiến chính trị cách tân, mâu thuẫn xã hội hòa hoãn, sử xưng Chí Chính tân chính. Năm 1243, Nguyên Huệ Tông hạ lệnh biên soạn "Liêu sử", "Kim sử", "Tống sử", do Hữu thừa tướng Thoát Thoát chủ trì, hai năm thì biên thành. Tuy nhiên, giai đoạn sau Nguyên Huệ Tông lười nhác chính sự, dẫn đến việc vào năm 1350 phát sinh thiên tai nhân họa rồi dẫn đến dân biến.
Đầu thời kỳ tại vị của Nguyên Huệ Tông, năm 1335 con của Yến Thiếp Mộc Nhi là Đường Kỳ Thế âm mưu lật đổ Huệ Tông để lập nghĩa tử của Văn Tông là Đáp Lạt Hải. Thừa tướng Bá Nhan đập tan phản loạn, song nhân vật này thuộc phái bảo thủ và khống chế triều chính, quyền lực rất lớn.