Sự bảo vệ thứ hai của động vật có xương sống chống lại virus là miễn dịch qua trung gian tế bào, liên quan đến các tế bào miễn dịch được biết đến với tên tế bào T. Tế bào của cơ thể liên tục hiển thị các đoạn protein ngắn trên bề mặt tế bào, và nếu tế bào T nhận ra được một phân đoạn được nghi ngờ là của virus ở đây, tế bào chủ sẽ bị các tế bào giết tự nhiên T tiêu diệt, và những tế bào T đặc hiệu với virus sẽ sinh sôi nhanh chóng. Những tế bào như đại thực bào là những chuyên gia trong quá trình trình diện kháng nguyên. Sự sản xuất ra các interferon cũng là một cơ chế bảo vệ quan trọng. Đây là một hormone do cơ thể sinh ra khi virus xuất hiện. Vai trò của nó trong sự miễn dịch rất phức tạp; nó cuối cùng sẽ làm dừng lại sự sinh sản của virus bằng cách giết chết tế bào bị nhiễm và các tế bào xung quanh nó.Không phải tất cả sự xâm nhiễm virus đều tạo ra một phản ứng miễn dịch bảo vệ theo cách trên. HIV trốn tránh khỏi hệ thống miễn dịch bằng cách liên tục thay đổi trình tự amino acid của protein trên bề mặt virion. Loại virus dai dẳng này trốn tránh sự kiểm soát miễn dịch bằng cách cô lập, phong tỏa trình diện kháng nguyên, đề kháng lại cytokine, tránh khỏi hoạt động của tế bào giết tự nhiên và chết rụng tế bào, cùng sự trôi dạt kháng nguyên. Một số loại virus khác, được gọi là virus hướng thần kinh, có thể lây lan đến các tế bào thần kinh nơi hệ thống miễn dịch không thể nào tiếp cận chúng.
Sự bảo vệ thứ hai của động vật có xương sống chống lại virus là miễn dịch qua trung gian tế bào, liên quan đến các tế bào miễn dịch được biết đến với tên tế bào T. Tế bào của cơ thể liên tục hiển thị các đoạn protein ngắn trên bề mặt tế bào, và nếu tế bào T nhận ra được một phân đoạn được nghi ngờ là của virus ở đây, tế bào chủ sẽ bị các tế bào giết tự nhiên T tiêu diệt, và những tế bào T đặc hiệu với virus sẽ sinh sôi nhanh chóng. Những tế bào như đại thực bào là những chuyên gia trong quá trình trình diện kháng nguyên.