Thế kỷ 17, trong khi vẫn tiếp tục cuộc chiến với chúa Trịnh ở miền Bắc, chúa Nguyễn không ngừng khai phá miền Nam, lấn chiếm lãnh thổ của người Chăm. Trên những vùng đất do chúa Nguyễn cai quản, có những khu phố nước ngoài hình thành dựa trên một số luật lệ nhằm bảo hộ cho các hoạt động thương mại của người ngoại quốc. Vào năm 1567, triều đình nhà Minh của Trung Quốc từ bỏ chủ trương bế quan tỏa cảng, cho thuyền buôn vượt biển giao thương với các quốc gia vùng Đông Nam Á, nhưng vẫn cấm xuất khẩu một số nguyên liệu quan trọng sang Nhật Bản. Điều này đã bắt buộc Mạc phủ Toyotomi rồi Mạc phủ Tokugawa cấp phép cho các thuyền buôn Châu Ấn sang mở rộng quan hệ thông thương với Đông Nam Á và mua lại hàng hóa Trung Quốc từ các quốc gia đó. Những con tàu Châu Ấn bắt đầu xuất dương từ năm 1604 dưới thời Mặc phủ Tokugawa, cho tới năm 1635, khi chính sách đóng cửa được ban bố, đã có ít nhất 356 con tàu Châu Ấn ra đời. Nơi thuyền Châu Ấn đi qua nhiều nhất chính là cảng Hội An. Trong vòng 30 năm, 75 con tàu Châu Ấn đã cập cảng nơi đây, so với 37 con tàu cập bến Đông Kinh, khu vực do chúa Trịnh cai trị. Các thương nhân người Nhật khi đó tới bán những đồ đồng, tiền đồng, sắt, đồ gia dụng... và mua lại đường, tơ lụa, trầm hương... Khoảng năm 1617, phố Nhật Bản ở Hội An được hình thành và phát triển cực thịnh trong đầu thế kỷ 17. Qua bức họa Giao Chỉ quốc mậu dịch độ hải đồ của Chaya Shinroku, có thể thấy khu phố người Nhật với những công trình kết cấu gỗ hai, ba tầng. Thuyền trưởng người Hà Lan Delft Haven ghi lại năm 1651, Hội An khi đó có khoảng 60 căn nhà của người Nhật nơi dọc bờ sông, nhà cửa xây bằng đá để tránh hỏa hoạn, nằm sát vách nhau. Nhưng khoảng thời gian tiếp sau, do chính sách bế quan của Mạc phủ Tokugawa cũng những chính sách đàn áp người Nhật Công giáo của chúa Nguyễn, khu phố Nhật ở Hội An dần bị lu mờ. Mặc dù vẫn còn một số nhỏ người Nhật định cư lại đây nhưng người Hoa dần thay thế vai trò của người Nhật trong việc buôn bán.Khác với người Nhật, những người Hoa biết đến Hội An từ rất sớm, ngày từ thời vùng đất này còn thuộc về vương quốc Chăm Pa. Đến thời kỳ người Việt thay thế người Chăm, những thương nhân Trung Hoa vẫn tiếp tục tới buôn bán vì các tỉnh miền Nam của Trung Quốc rất cần các mặt hàng muối, vàng, quế... Mặc dù vậy, trong suốt thời kỳ tiền Hội An, người Hoa chỉ tới buôn bán rồi trở về, không ở lại định cư, lập phố xá. Phải sau loạn Minh Thanh xảy ra khoảng giữa thế kỷ 17, đặc biệt sau khi nhà Minh bị thất thủ, rất nhiều người Hoa di cư tới Trung Bộ Việt Nam và xây dựng nên nhiều cộng đồng Minh Hương Xã. Tại Hội An, người Hoa tới lưu trú ngày một nhiều và thế chân người Nhật nắm quyền buôn bán. Cảng thị Hội An khi đó là nơi tập trung nhiều nhất hàng hóa ngoại quốc. Khu phố dọc bờ sông, được gọi khu Đại Đường, kéo dài 3, 4 dặm. Các cửa hàng hai bên phố không khi nào rảnh rỗi. Dân cư ở đây phần lớn là người Phúc Kiến, mọi người ăn vận theo trang phục của nhà Minh. Nhiều người Trung Quốc tới định cư để buôn bán đã kết hôn với những phụ nữ bản địa. Bên cạnh những người Hoa nhập quốc tịch Việt Nam, nhiều người Hoa khác vẫn giữ quốc tịch Trung Quốc mà người Việt thường gọi là Khách trú. Năm 1695, sứ giả người Anh Thomas Bowyear của Công ty Đông Ấn Anh đến đàm phán với chúa Nguyễn về việc xây dựng một khu cư trú tại Hội An. Việc thương thảo tuy không thành, nhưng cũng đã để lại một ghi chép:
Thế kỷ 17, trong khi vẫn tiếp tục cuộc chiến với chúa Trịnh ở miền Bắc, chúa Nguyễn không ngừng khai phá miền Nam, lấn chiếm lãnh thổ của người Chăm. Bên cạnh những người Hoa nhập quốc tịch Việt Nam, nhiều người Hoa khác vẫn giữ quốc tịch Trung Quốc mà người Việt thường gọi là Khách trú.