Sau cuộc xâm lược Iraq, khu vực quanh Babylon thuộc quyền kiểm soát của quân đội Mỹ, trước khi trao quyền kiểm soát cho quân đội Ba Lan vào tháng 9 năm 2003. Quân đội Mỹ dưới sự chỉ huy của tướng James T.Conway thuộc 1st Marine Expeditionary Force đã bị chỉ trích vì xây dựng căn cứ quân sự "Camp Alpha", bao gồm một bãi đáp trực thăng và các trang thiết bị khác trên tàn tích của Babylon sau chiến tranh Iraq. Quân đội Mỹ đã chiếm đóng vị trí này một thời gian và gây ra một số thiệt hại không thể khắc phục cho các di tích khảo cổ. Theo báo cáo của bộ phận Trung Cận Đông thuộc Bảo tàng Anh quốc, tiến sĩ John Curtis đã mô tả các khu vực của di tích khảo cổ đã bị san lấp tạo các bãi đáp trực thăng, các bãi đỗ xe cơ giới như thế nào. Curtis viết như sau về các lực lượng chiếm đóng:gây ra thiệt hại đáng kể cho Cổng Ishtar, một trong những biểu tượng nổi tiếng nhất của thời cổ đại [...] các xe quân sự của quân đội Mỹ đã nghiền nát các con đường bằng gạch 2600 tuổi, các đồ vật khảo cổ học bị quẳng rải rác khắp khu vực, hơn 12 hào nước đã được đào vào các mỏ quặng cổ và các công trình quân sự đã làm ô nhiễm khu vực này,...Một phát ngôn viên của Quân đội Mỹ đã tuyên bố rằng các hoạt động kỹ thuật đã được thảo luận với "người đứng đầu bảo tàng Babylon". Người đứng đầu Ủy ban Di sản và Cổ vật Iraq, Donny George nói rằng "sẽ phải mất hàng thập niên để phân loại đống lộn xộn này" và chỉ trích quân đội Ba Lan đã gây ra "thiệt hại khủng khiếp" cho di tích. Vào năm 2005, di tích đã được trao lại cho Bộ Văn hóa Iraq.Vào tháng 4 năm 2006, Đại tá John Coleman, cựu tham mưu trưởng của Lực lương Viễn chinh Thủy quân Lục chiến, đề xuất một lời xin lỗi vì những thiệt hại đã gây ra bởi quân lính dưới quyền ông. Tuy nhiên, ông cũng tuyên bố rằng thiệt hại do sự hiện diện của Mỹ còn ít hơn thiệt hại do những kẻ cướp bóc có thể gây ra. Một bài báo được xuất bản vào tháng 4 năm 2006 nói rằng các quan chức Liên Hợp Quốc và các thủ lĩnh Iraq có kế hoạch khôi phục lại Babylon, biến nó trở thành một trung tâm văn hóa. Vào tháng 5 năm 2009, chính quyền tỉnh Babil đã cho mở cửa lại khu di tích cho khách du lịch.
Sau cuộc xâm lược Iraq, khu vực quanh Babylon thuộc quyền kiểm soát của quân đội Mỹ, trước khi trao quyền kiểm soát cho quân đội Ba Lan vào tháng 9 năm 2003. Một bài báo được xuất bản vào tháng 4 năm 2006 nói rằng các quan chức Liên Hợp Quốc và các thủ lĩnh Iraq có kế hoạch khôi phục lại Babylon, biến nó trở thành một trung tâm văn hóa.