Trong mùa 2003–04, mùa giải thứ tư của anh tại Barcelona, Messi nhanh chóng thăng tiến qua các cấp độ câu lạc bộ, ra mắt cho cả năm đội trẻ chỉ trong một mùa bóng duy nhất. Sau khi được bầu là cầu thủ xuất sắc nhất trong cả bốn giải đấu quốc tế tiền mùa giải của Juvenil B, anh chỉ chơi một trận chính thức cho đội trước khi được đôn lên Juvenil A, nơi anh ghi 18 bàn sau 11 trận ra sân ở giải vô địch quốc gia. Messi sau đó là một trong số những cầu thủ trẻ được gọi lên để tăng cường sức mạnh cho đội một đang ngày càng sa sút. Cầu thủ chạy cánh người Pháp Ludovic Giuly giải thích cách mà Leo lọt vào mắt xanh của Frank Rijkaard trong một buổi tập với đội hình chính: "Cậu ấy vượt qua hết tất cả chúng tôi... Mọi người đều cố ngăn cản cậu ấy lại để không bị cậu ấy biến thành trò hề, nhưng cậu ấy vẫn vượt qua và tiếp tục chơi bóng. Cậu ấy có thể vượt qua bốn cầu thủ rồi ghi bàn. Ngay cả những trung vệ hàng đầu của đội bóng cũng cảm thấy bất lực. Cậu ấy đúng là người ngoài hành tinh."Ở tuổi 16, 4 tháng và 23 ngày, Messi có trận ra mắt đội một lần đầu tiên khi vào sân ở phút 75 trong trận giao hữu với Porto của José Mourinho vào ngày 16 tháng 11 năm 2003. Màn trình diễn của anh, tạo ra hai cơ hội và một cú sút trúng khung thành, đã gây ấn tượng với các nhân viên kỹ thuật, sau đó anh bắt đầu tập luyện hàng ngày với đội dự bị của câu lạc bộ, Barcelona B, cũng như hàng tuần với đội một. Sau buổi tập đầu tiên với đội hình chính, cầu thủ ngôi sao của Barça, Ronaldinho, đã nói với các đồng đội rằng anh tin Messi sẽ trở thành một cầu thủ thậm chí còn xuất sắc hơn cả mình. Ronaldinho sớm kết bạn với Messi, anh được Ronaldinho gọi là "tiểu đệ", điều này giúp Messi dễ dàng chuyển tiếp lên đội một.
Trong mùa 2003–04, mùa giải thứ tư của anh tại Barcelona, Messi nhanh chóng thăng tiến qua các cấp độ câu lạc bộ, ra mắt cho cả năm đội trẻ chỉ trong một mùa bóng duy nhất. Ngay cả những trung vệ hàng đầu của đội bóng cũng cảm thấy bất lực.