Nhờ có các biện pháp bảo tồn, thú mỏ vịt không bị nguy cấp hoàn toàn hay tuyệt chủng, nhưng vẫn có thể bị tác động tiêu cực từ môi trường sống bị phá huỷ vì đập, các công trình thủy lợi, ô nhiễm, đánh lưới và bẫy. Hạn hán thường xuyên và khai thác nước cho các nhu cầu như nông nghiệp, công nghiệp hay sinh hoạt đã làm giảm lưu lượng dòng chảy và mực nước, trở thành một mối đe doạ đối với thú mỏ vịt. Năm 2016, Sách đỏ của IUCN xếp thú mỏ vịt vào nhóm loài "Sắp bị đe doạ"; họ ước tính số lượng cá thể của loài này đã giảm đi khoảng 30% từ khi người châu Âu đến định cư ở Úc. Loài động vật này được coi là có nguy cơ tuyệt chủng ở Nam Úc, nhưng Đạo luật liên bang EPBC không có quy định gì giúp xử lý vấn đề trên.Trong nhiều năm, các nhà nghiên cứu đã bày tỏ lo ngại vì cho rằng số lượng cá thể giảm đi nhiều hơn ước tính. Tháng 1 năm 2020, các nhà nghiên cứu từ Đại học New South Wales đã đưa ra nhiều bằng chứng cho thấy thú mỏ vịt có nguy cơ bị tuyệt chủng: khai thác tài nguyên nước, phá rừng, biến đổi khí hậu và hạn hán nghiêm trọng. Nghiên cứu cũng dự đoán rằng, nếu tiếp tục bị đe doạ như hiện nay, trong 50 năm tới, số lượng cá thể thú mỏ vịt sẽ giảm khoảng 47 đến 66%, còn mức cư trú trong siêu quần thể sẽ giảm khoảng 22 đến 32%, khiến "các quần thể tuyệt chủng trên khoảng 40% khu vực phân bố". Theo dự báo biến đổi khí hậu, việc môi trường bị hạn hán phá huỷ sẽ dẫn đến suy giảm 51 đến 73% số lượng cá thể và giảm 36–56% tỷ lệ cư trú. Những dự đoán trên cho thấy loài sẽ thuộc nhóm "Sắp nguy cấp". Các tác giả nhấn mạnh rằng, để đảm bảo môi trường sống khỏe mạnh của thú mỏ vịt, nhà nước cần phải hỗ trợ bảo tồn, có thể bao gồm cả việc tiến hành thêm nhiều lần khảo sát, theo dõi xu hướng, giảm thiểu đe doạ và nghiêm ngặt hơn trong quản lý sông ngòi. Đồng tác giả Gilad Bino cũng lo ngại rằng ước tính sơ bộ năm 2016 có thể sai, và tính đến nay, số lượng thực tế đã giảm đi một nửa.Tháng 11 năm 2020, các nhà khoa học từ Đại học New South Wales, do Quỹ Bảo tồn Úc tài trợ, phối hợp với Tổ chức Quốc tế về Bảo tồn Thiên nhiên ở Úc và Hiệp hội Nhân đạo Quốc tế Úc, báo cáo rằng môi trường sống của thú mỏ vịt đã hẹp đi 22% trong vòng 30 năm trước đó, đồng thời khuyến cáo xếp thú mỏ vịt vào nhóm loài Bị đe doạ, theo Đạo luật EPBC. Ở New South Wales, số lượng cá thể suy giảm mạnh nhất, đặc biệt là vùng lưu vực Murray-Darling.
Nhờ có các biện pháp bảo tồn, thú mỏ vịt không bị nguy cấp hoàn toàn hay tuyệt chủng, nhưng vẫn có thể bị tác động tiêu cực từ môi trường sống bị phá huỷ vì đập, các công trình thủy lợi, ô nhiễm, đánh lưới và bẫy. Năm 2016, Sách đỏ của IUCN xếp thú mỏ vịt vào nhóm loài "Sắp bị đe doạ"; họ ước tính số lượng cá thể của loài này đã giảm đi khoảng 30% từ khi người châu Âu đến định cư ở Úc.