Vào cuối mùa giải, Messi đã ghi bàn trong chiến thắng 1–0 trên sân khách trước Atlético Madrid vào ngày 17 tháng 5, giành chức vô địch La Liga. Trong số 43 bàn thắng của anh tại La Liga mùa giải đó, cú hat-trick ghi được trong 11 phút vào lưới Rayo Vallecano ngày 8 tháng 3, nhanh nhất trong sự nghiệp của Messi; đây là hat-trick thứ 32 của anh cho Barcelona, giúp anh vượt qua Telmo Zarra để trở thành cầu thủ ghi nhiều hat-trick nhất trong lịch sử bóng đá Tây Ban Nha. Là cầu thủ kiến tạo nhiều nhất của mùa giải với 18 lần, anh vượt qua Luís Figo để trở thành cầu thủ có nhiều đường kiến tạo nhất ở La Liga; anh đã có pha kiến tạo thứ 106 kỷ lục trong trận đấu với Levante vào ngày 15 tháng 2, trong đó anh cũng lập một hat-trick. Messi ghi hai bàn giúp Barcelona đánh bại Athletic Bilbao 3–1 trong trận chung kết Copa del Rey vào ngày 30 tháng 5, giành được cú đúp danh hiệu thứ sáu trong lịch sử câu lạc bộ. Bàn thắng mở tỷ số của anh được xem là một trong những bàn thắng đẹp nhất trong sự nghiệp của Messi; anh nhận bóng gần đường biên ngang và vượt qua bốn cầu thủ đối phương, trước khi đánh bại thủ môn để ghi bàn trong không gian hẹp ở góc gần.Tại Champions League, Messi ghi hai bàn và kiến tạo một bàn trong chiến thắng 3–0 ở bán kết trước Bayern Munich. Bàn thắng thứ hai của Messi, đến chỉ ba phút sau bàn thắng đầu tiên, anh lốp bóng qua đầu thủ môn Manuel Neuer sau pha lừa bóng qua Jérôme Boateng khiến hậu vệ này ngã sõng soài; nó đã lan truyền, trở thành câu chuyện được tweet nhiều nhất trong năm về khoảnh khắc thể thao và được UEFA bầu chọn là bàn thắng đẹp nhất mùa giải. Bất chấp trận thua lượt về, Barcelona đã tiến đến trận chung kết vào ngày 6 tháng 6 tại Berlin, nơi họ đánh bại Juventus 3–1 để giành cú ăn ba thứ hai, trở thành câu lạc bộ đầu tiên trong lịch sử làm được điều này. Mặc dù Messi không ghi bàn, nhưng anh đã tham gia kiến tạo vào mỗi bàn thắng của Barca, đặc biệt là bàn thắng thứ hai khi anh khiến thủ môn Gianluigi Buffon phải bay người cản phá, từ đó Suárez đã dễ dàng đệm bóng vào lưới. Ngoài việc là cầu thủ kiến tạo nhiều nhất với sáu pha kiến tạo, Messi còn là vua phá lưới giải đấu với mười bàn thắng, giúp anh trở thành cầu thủ đầu tiên đạt được thành tích ghi bàn nhiều nhất trong năm mùa giải Champions League. Vì những thành công của anh trong mùa giải, anh được nhận giải thưởng Cầu thủ xuất sắc nhất châu Âu của UEFA lần thứ hai.
Vào cuối mùa giải, Messi đã ghi bàn trong chiến thắng 1–0 trên sân khách trước Atlético Madrid vào ngày 17 tháng 5, giành chức vô địch La Liga. Là cầu thủ kiến tạo nhiều nhất của mùa giải với 18 lần, anh vượt qua Luís Figo để trở thành cầu thủ có nhiều đường kiến tạo nhất ở La Liga; anh đã có pha kiến tạo thứ 106 kỷ lục trong trận đấu với Levante vào ngày 15 tháng 2, trong đó anh cũng lập một hat-trick.