Các bộ lạc Mông Cổ Đông chủ yếu thuộc nhánh Khoa Nhĩ Thấm (Khorchin) và Khách Nhĩ Khách (Khalkha) Nam ở khu vực đông bộ Nội Mông đã tiến hành thông hôn, lập liên minh với nhau và từng chiến đầu với người Nữ Chân. Những năm cuối thế kỷ XVI và đầu thế kỷ XVII, Nỗ Nhĩ Cáp Xích đã thành lập nên nước Hậu Kim và dần kiểm soát được các bộ lạc Mông Cổ tại Mãn Châu. Người Mãn tiếp tục giành được quyền kiểm soát đối với các bộ lạc Mông Cổ ở xa hơn tại khu vực Nội Mông vào năm 1635, khi con trai của Lâm Đan Hãn (林丹汗) là Ngạch Triết (额哲) đã hạ lệnh các bộ lạc Sát Cáp Nhĩ của người Mông Cổ đầu hàng người Mãn. Người Mãn sau đó đã xâm nhập Trung Nguyên, lập ra nhà Thanh, tiêu diệt Nam Minh và thống trị toàn cõi Trung Quốc. Trong thời nhà Thanh (1636–1912), các khu vực khác nhau của Mông Cổ được quản lý theo các cách khác nhau:
Các bộ lạc Mông Cổ Đông chủ yếu thuộc nhánh Khoa Nhĩ Thấm (Khorchin) và Khách Nhĩ Khách (Khalkha) Nam ở khu vực đông bộ Nội Mông đã tiến hành thông hôn, lập liên minh với nhau và từng chiến đầu với người Nữ Chân. Người Mãn tiếp tục giành được quyền kiểm soát đối với các bộ lạc Mông Cổ ở xa hơn tại khu vực Nội Mông vào năm 1635, khi con trai của Lâm Đan Hãn (林丹汗) là Ngạch Triết (额哲) đã hạ lệnh các bộ lạc Sát Cáp Nhĩ của người Mông Cổ đầu hàng người Mãn.