Phạm vi phân bố của tê giác Java bắt đầu thu hẹp lại cách đây ít nhất 3.000 năm. Bắt đầu vào khoảng năm 1000 TCN, khu vực phân bố phía Bắc của tê giác Java, khi đó đã mở rộng lên cả Trung Quốc, bắt đầu chuyển về phía Nam với tốc độ lên tới 0,5 km (0,3 dặm) một năm, bởi các khu định cư của con người nơi đây đã tăng lên. Nó có thể giống như sự tuyệt chủng cục bộ loài này ở Ấn Độ trong thập niên 1990. Chúng đã bị săn bắn đến mức tuyệt chủng tại bán đảo Mã Lai vào năm 1932. Khi kết thúc Chiến tranh Việt Nam, phân loài tê giác Việt Nam được coi là đã tuyệt chủng trên toàn khu vực châu Á, cho đến năm 1989 thì phân loài này mới lại được tìm thấy. Những thợ săn và khai thác gỗ địa phương ở Campuchia khẳng định rằng họ đã từng nhìn thấy tê giác Java trên dãy núi Kravanh, nhưng những khảo sát khu vực này đã không thể tìm ra bất cứ dấu hiệu nào của chúng. Một quần thể cũng có thể đã còn tồn tại trên đảo Borneo, dù rằng đó có thể là loài tê giác Sumatra, với một quần thể nhỏ của chúng ngày nay vẫn còn tồn tại nơi đây.
Phạm vi phân bố của tê giác Java bắt đầu thu hẹp lại cách đây ít nhất 3.000 năm. Khi kết thúc Chiến tranh Việt Nam, phân loài tê giác Việt Nam được coi là đã tuyệt chủng trên toàn khu vực châu Á, cho đến năm 1989 thì phân loài này mới lại được tìm thấy.