Vào năm 340, Alexandros lúc này mới 16 tuổi và đã hoàn thành xong quá trình học tập với Aristoteles, đã được vua cha triệu về Pella để hướng dẫn cách thức trị quốc. Và khi Philippos xuất quân tiến đánh Byzantion, Alexandros đã được ông tin tưởng chọn làm nhiếp chính, dù xung quanh ông còn có những vị cố vấn giàu kinh nghiệm như Antipatros. Vào năm 339, trong lúc Philippos đang ở xa, bộ lạc Maedi tộc Thracia nổi dậy làm phản. Alexandros đã phản ứng với sự kiện này một cách nhanh chóng. Chiến dịch đầu tiên do đích thân Alexandros chỉ huy đã thành công mỹ mãn khi ông đuổi được người Maedi ra khỏi quê hương của họ. Ông đã cho thành lập một thành phố trong vùng rừng núi Rila thuộc lãnh thổ Bulgaria ngày nay, đặt tên nó là Alexandropolis là đưa dân Hy Lạp đến sinh sống. Ông cũng nhân cơ hội này tiếp cận với một bộ lạc Agrianes cũng thuộc tộc Thracia và chiêu mộ những binh sĩ ném lao (peltastes) tinh nhuệ từ họ.Khi Philippos quay trở về, ông đã phái Alexandros dẫn một đội quân nhỏ đến miền nam Thracia để khuất phục các cuộc nổi loạn tại đây. Trong chiến dịch bình định thành Perinthos của Hy Lạp, Alexandros được cho là đã cứu mạng cha mình. Vào thời điểm này, thành phố Amphissa bắt đầu cho dân chúng trồng trọt trên những vùng đất thiêng liêng đối với Apollo ở gần Delphi. Đây là một sự xúc phạm thần thánh mà đã tạo cho Philippos cơ hội can thiệp sâu hơn vào Hy Lạp. Do lúc này vẫn còn phải đóng quân ở Thracia, ông đã hạ lệnh cho Alexandros tập hợp một đội quân để tiến đánh miền nam Hy Lạp. Lo ngại rằng các quốc gia Hy Lạp khác có thể can thiệp vào cuộc chiến này, Alexandros đã giả vờ là đang sửa soạn binh mã tiến đánh Illyria. Trong thời kỳ hỗn loạn này, người Illyria đã tấn công Macedonia nhưng bị Alexandros đẩy lui. Philippos hội quân cùng con trai vào năm 338 TCN và cả hai cha con cùng nhau tiến quân hướng Thermopylae. Dù quân Thebes cố thủ ở đây một cách quyết liệt, họ cũng phải nhận thất bại trước quân đội Macedonia. Sau chiến thắng này, quân Macedonia chiếm luôn thành Etalea, chỉ nằm cách Athens và Thebes một vài ngày đường. Demosthenes lúc này vận động Athens liên kết với Thebes để chống lại Macedonia. Cả Athens lẫn Philippos đều sai sứ giả đến để lôi kéo Thebes về phía mình, nhưng Thebes cuối cùng đã lựa chọn đứng bên Athens. Philippos hành quân đến Amphissa, bắt giữ đội lính đánh thuê được Demonthenes gửi đến đó và chấp nhận lợi đầu hàng của thành phố. Philippos quay về Elatea và gửi thư chiêu hàng lần cuối đến Athens và Thebes nhưng đều bị cả hai từ chối.Khi quân Philippos tiến về phía nam, quân Athens và Thebes đã chặn đánh ông tại Chaeronea, Boeotia. Trong trận Chaeronea tiếp đó, Philippos đã chỉ huy cánh phải trong khi Alexandros được tháp tùng bởi nhiều viên tướng dày dặn kinh nghiệm của nhà vua đã chỉ huy kỵ binh ở cánh trái. Philip đã cố tình ra lệnh cho quân mình rút lui, nhử cho quân Athens đuổi theo, qua đó làm vỡ đội hình quân địch. Nhận thấy đã phá vỡ được trận thế quân địch, Philippos hạ lệnh cho binh sĩ quay đầu, nhanh chóng đánh bại toàn bộ quân Athens. Với việc quân Athens thất bại, quân Thebes nay bắt buộc phải độc chiến. Bị bao vây tứ phía, quân Thebes thua trận, ngay cả đội thần binh Thebes – một lực lượng tinh nhuệ được xem là bất khả chiến bại vào thời bấy giờ – cũng bị quân Macedonia tiêu diệt. Sau trận đánh, Philipos tổ chức ăn mừng trọng thể, và đáng để ý là Alexandros không tham dự. Alexandros và Antipatros đã đảm nhận trách nhiệm đưa tro cốt của các tử sĩ về Athens. Chiến thắng này đã làm Philipos yêu quý con trai đến mức ông thích nghe các chiến binh gọi Philipos là vị tướng còn Alexandros mới là vị vua của họ.Sau thắng lợi tại Chaeronea, Philippos và Alexandros tiến quân vào bán đảo Peloponnesos mà không gặp bất cứ sự phản kháng nào. Các thành bang ngoại trừ Sparta đều chào đón quân đội Macedonia. Tuy Sparta từ chối nhưng đã không dẫn đến chuyện binh đao. Tại Korinthos, đã triệu tập các thành bang Hy Lạp thành lập Liên minh Hy Lạp (dựa trên mô hình Liên minh chống Ba Tư năm xưa), bao gồm toàn bộ thành bang Hy Lạp ngoại trừ Sparta. Philippos được tôn lên làm minh chủ (hegemon) của liên minh này (sử gọi là liên minh Korinthos). Liên minh này được thành lập với hai mục đích: thứ nhất, đảm bảo nền bá chủ của Macedonia tại Hy Lạp; thứ hai, để tổ chức một cuộc chiến chống lại đế quốc Ba Tư.
Vào năm 340, Alexandros lúc này mới 16 tuổi và đã hoàn thành xong quá trình học tập với Aristoteles, đã được vua cha triệu về Pella để hướng dẫn cách thức trị quốc. Các thành bang ngoại trừ Sparta đều chào đón quân đội Macedonia.