Sau hai mùa giải không thành công, Barcelona bước vào một cuộc đại tu, dẫn đến sự ra đi của Rijkaard và Ronaldinho. Sau đó, Messi được trao chiếc áo số 10. Anh ký bản hợp đồng mới vào tháng 7 năm 2008 với mức lương hàng năm là 7,8 triệu euro, trở thành cầu thủ được trả lương cao nhất của câu lạc bộ. Trước thềm mùa giải mới, mối quan tâm lớn vẫn là những chấn thương cơ thường xuyên của anh, khiến anh phải nghỉ thi đấu trong vòng 8 tháng từ năm 2006 đến năm 2008. Để giải quyết vấn đề này, câu lạc bộ đã thực hiện các chế độ tập luyện, dinh dưỡng và lối sống mới, đồng thời chỉ định cho anh một nhà vật lý trị liệu cá nhân, người sẽ đi cùng anh trong các đợt tập trung cho đội tuyển quốc gia Argentina. Kết quả là Messi hầu như không dính chấn thương nào trong suốt 4 năm tiếp theo, cho phép anh phát huy hết khả năng của mình. Bất chấp chấn thương hồi đầu năm, màn trình diễn của anh trong năm 2008 đã giúp Leo một lần nữa được bầu là Á quân của Quả bóng vàng và Cầu thủ xuất sắc nhất năm của FIFA, cả hai lần đều đứng sau Cristiano Ronaldo.
Sau hai mùa giải không thành công, Barcelona bước vào một cuộc đại tu, dẫn đến sự ra đi của Rijkaard và Ronaldinho. Trước thềm mùa giải mới, mối quan tâm lớn vẫn là những chấn thương cơ thường xuyên của anh, khiến anh phải nghỉ thi đấu trong vòng 8 tháng từ năm 2006 đến năm 2008.