Cải cách tu viện trở thành một vấn đề quan trọng trong thế kỉ 11, khi giới thượng lưu bắt đầu lo ngại rằng giới tu sĩ không trung thành với luật lệ gắn họ vào một đời sống tôn giáo nghiêm khắc. Tu viện Cluny, thành lập ở vùng Mâcon thuộc Pháp năm 909, đã khởi đầu Cải cách Cluny, một phong trào cải cách rộng lớn để đáp lại nỗi sợ trên. Cluny nhanh chóng thiết lập danh tiếng về sự khổ hạnh và tính khắt khe. Nó tìm cách duy trì chất lượng đời sống tu hành bằng cách đặt chính mình dưới sự bảo trợ của giáo hoàng và bằng cách tự bầu tu viện trưởng mà không có can thiệp từ thường dân, do đó duy trì sự độc lập về kinh tế và chính trị đối với các lãnh chúa địa phương.Cải cách tu viện gợi hứng cho những thay đổi trong giáo hội triều. Các lý tưởng mà nó dựa trên được đưa tới chế độ giáo hoàng bởi Giáo hoàng Leo IX (tại vị 1049-1054), và cung cấp hệ tư tưởng về sự độc lập của giới tăng lữ dẫn tới Tranh cãi Tấn phong trong cuối thế kỉ 11. Tranh cãi này liên quan tới Giáo hoàng Gregorius VII (tại vị 1073-1085) và Hoàng đế Heinrich IV, bắt đầu tranh chấp về việc bổ nhiệm giám mục, sau chuyển thành một cuộc chiến về quan niệm tấn phong, hôn nhân tăng lữ, và mại thánh. Hoàng đế xem việc bảo trợ nhà thờ như một trong các chức trách của mình cũng như muốn duy trì quyền bổ nhiệm người ông ta muốn vào các vị trí giám mục trong lãnh địa của mình, còn giáo hoàng nhấn mạnh sự độc lập của nhà thờ khỏi các vị lãnh chúa thế tục. Những vấn đề này còn tiếp tục tồn tại ngay cả sau khi có sự nhượng bộ giữa hai bên năm 1122 với Giáo ước Worms. Tranh cãi này đại điện cho một giai đoạn đáng chú ý trong sự hình thành nền quân chủ giáo hoàng tách biệt và ngang hàng với chính quyền thế tục. Nó cũng có những hậu quả lâu dài tới việc ban quyền cho các hoàng thân Đức làm tổn thương uy thế của Hoàng đế Rôma Thần thánh.
Cải cách tu viện trở thành một vấn đề quan trọng trong thế kỉ 11, khi giới thượng lưu bắt đầu lo ngại rằng giới tu sĩ không trung thành với luật lệ gắn họ vào một đời sống tôn giáo nghiêm khắc. Các lý tưởng mà nó dựa trên được đưa tới chế độ giáo hoàng bởi Giáo hoàng Leo IX (tại vị 1049-1054), và cung cấp hệ tư tưởng về sự độc lập của giới tăng lữ dẫn tới Tranh cãi Tấn phong trong cuối thế kỉ 11.