Vị trí của Messi trong đội hình Argentina tham dự Copa América Centenario ban đầu bị đặt vào tình trạng báo động khi anh dính chấn thương lưng trong chiến thắng 1–0 trước Honduras nhằm chuẩn bị cho Copa América vào ngày 27 tháng 5 năm 2016. Sau đó có thông tin cho rằng anh bị một vết bầm tím ở vùng thắt lưng. Anh sau đó ngồi trên băng ghế dự bị trong trận thắng mở màn 2–1 của Argentina trước nhà đương kim vô địch Chile vào ngày 6 tháng 6 do những lo ngại về thể lực. Mặc dù Messi được thông báo ra sân trong trận đấu thứ hai của Argentina trước Panama vào ngày 10 tháng 6, Martino lại để anh trên băng ghế dự bị một lần nữa; anh vào thay Augusto Fernández ở phút 61 và sau đó lập một hat-trick chỉ trong 19 phút, cũng là người kiến tạo cho Sergio Agüero lập công, trận đấu kết thúc với chiến thắng 5–0, giúp Argentina giành quyền vào tứ kết; anh được bầu là cầu thủ xuất sắc nhất trận vì màn trình diễn của mình.
Vị trí của Messi trong đội hình Argentina tham dự Copa América Centenario ban đầu bị đặt vào tình trạng báo động khi anh dính chấn thương lưng trong chiến thắng 1–0 trước Honduras nhằm chuẩn bị cho Copa América vào ngày 27 tháng 5 năm 2016. Anh sau đó ngồi trên băng ghế dự bị trong trận thắng mở màn 2–1 của Argentina trước nhà đương kim vô địch Chile vào ngày 6 tháng 6 do những lo ngại về thể lực.