Một chỗ yếu kém đáng lưu ý khác của lò phản ứng là thiết kế các thanh điều khiển. Trong một lò phản ứng hạt nhân, các thanh điều khiển được đưa vào trong lò để làm chậm quá trình phản ứng. Tuy nhiên, trong thiết kế lò RBMK, đầu mút của thanh điều khiển được làm bằng graphite, những phần kéo dài ra (phần thuộc thanh điều khiển ở bên trên các đầu mút, dài khoảng 1 mét) là rỗng và chứa đầy nước, trong khi sự cân bằng của thanh điều khiển - phần thực sự hoạt động, hấp thụ các neutron và do đó ngăn chặn phản ứng - được làm bằng carbide bo. Trong vài khoảnh khắc đầu tiên khi các thanh điều khiển kiểu này được đưa vào trong lò, nước làm mát bị những đầu mút bằng graphit chiếm chỗ. Vì thế, (nước) làm mát, một chất hấp thụ neutron, bị graphit (than chì) chiếm chỗ, một cơ cấu điều tiết neutron – là một vật chất có tác dụng làm tăng phản ứng hạt nhân chứ không phải làm chậm nó lại. Trong vài giây đầu tiên khi vận hành, các thanh điều khiển "làm tăng" tốc độ phản ứng, chứ không phải làm giảm như mong muốn. Những người điều hành nhà máy điện không hề biết tới điều đó.
Một chỗ yếu kém đáng lưu ý khác của lò phản ứng là thiết kế các thanh điều khiển. Những người điều hành nhà máy điện không hề biết tới điều đó.