Thỏa thuận giữa IBM với Digital Research đạt được kết quả không như mong đợi, và hai bên đã không đạt đến được thỏa thuận về đăng ký bản quyền. Đại diện của IBM là Jack Sams nhắc đến sự khó khăn trong vấn đề đăng ký trong cuộc gặp sau đó giữa ông và Bill Gates và nói với ông về đưa ra một hệ điều hành chấp nhận được. Vài tuần sau, Gates đề xuất sử dụng 86-DOS (QDOS), một hệ điều hành tương tự như CP/M do Tim Paterson của hãng Seattle Computer Products (SCP) viết cho các phần cứng có tính năng tương tự như PC. Microsoft đã thực hiện một thỏa thuận với SCP để trở thành đại lý cấp phép độc quyền, và sau đó là chủ sở hữu hoàn toàn đối với 86-DOS. Sau khi nâng cấp hệ điều hành cho phù hợp với PC, Microsoft chuyển giao nó cho IBM với tên gọi PC-DOS với phí một lần trao đổi là $50.000. Gates không đưa ra khả năng chuyển giao bản quyền của hệ điều hành, bởi vì ông tin rằng các nhà sản xuất phần cứng khác sẽ sản xuất PC dựa trên dòng máy của IBM. Và đúng là như vậy, nhờ thị phần lớn của MS-DOS làm cho Microsoft trở thành hãng phần mềm lớn trong công nghiệp phần mềm.Gates giám sát quá trình tái cơ cấu Microsoft vào ngày 25 tháng 6 năm 1981, trong đó kết hợp lại công ty ở tiểu bang Washington và Gates trở thành Chủ tịch và Chủ tịch hội đồng quản trị của Microsoft.
Thỏa thuận giữa IBM với Digital Research đạt được kết quả không như mong đợi, và hai bên đã không đạt đến được thỏa thuận về đăng ký bản quyền. Đại diện của IBM là Jack Sams nhắc đến sự khó khăn trong vấn đề đăng ký trong cuộc gặp sau đó giữa ông và Bill Gates và nói với ông về đưa ra một hệ điều hành chấp nhận được.