Quần đảo Trường Sa nằm trong vùng khí hậu nhiệt đới với hai mùa. Gió mùa đông nam thổi qua Trường Sa từ tháng 3 đến tháng 4 trong khi gió mùa tây nam thổi từ tháng 5 đến tháng 11. Theo số liệu của McManus, Shao & Lin (2010), nhiệt độ không khí trung bình trong năm của quần đảo vào khoảng 27 °C. Tại Trạm khí tượng trên đảo Trường Sa, nhiệt độ trung bình đo được là 27,7 °C. Về mùa hè (tháng 5 đến tháng 10) nhiệt độ trung bình đạt 28,2 °C; giá trị cực đại đo được là 29,3 °C vào tháng 9. Về mùa đông (tháng 10 đến tháng 4), nhiệt độ trung bình là 28,8 °C, trong đó giá trị cực tiểu đo được là 26,4 °C vào tháng 2. Nhiệt độ trung bình tháng 4 (tháng chuyển tiếp từ mùa đông sang mùa hè) là 28,8 °C, còn nhiệt độ trung bình tháng 10 (tháng chuyển tiếp từ mùa hè sang mùa đông) là 27,8 °C, gần xấp xỉ với nhiệt độ trung bình năm. Nhìn chung biên độ dao động của nhiệt độ không khí vùng đảo Trường Sa không quá 4 °C.Nhiệt độ nước biển bị ảnh hưởng rất lớn bởi yếu tố thời tiết. Do nằm trong vùng nhiệt đới nên tầm nhiệt độ cao là đặc trưng cho nước biển Trường Sa. Vào mùa đông, nhiệt độ trung bình là 26-28 °C và đạt cực tiểu 25-26 °C vào tháng 12 và tháng 1. Vào mùa hè, nhiệt độ trung bình tầng mặt là 29-31 °C và đạt cực đại là 31-32 °C vào tháng 5.
Quần đảo Trường Sa nằm trong vùng khí hậu nhiệt đới với hai mùa. Theo số liệu của McManus, Shao & Lin (2010), nhiệt độ không khí trung bình trong năm của quần đảo vào khoảng 27 °C.