Triều đình Nguyên phái binh trấn áp Hồng Cân quân tại các nơi, Thừa tướng Thoát Thoát tự suất quân nam hạ công hãm quân Chi Ma Lý tại Từ Châu, trong một thời gian áp chế được quân dân biến. Tuy nhiên, vào năm 1354 Thoát Thoát khi tấn công quân Trương Sĩ Thành tại Cao Bưu thì bị đại thần triều đình hạch hỏi nên không giành được chiến thắng chung cuộc. Lực lượng của Từ Thọ Huy cuối cùng phân liệt thành lực lượng dưới quyền Trần Hữu Lượng tại Lưỡng Hồ và lực lượng dưới quyền Minh Ngọc Trân tại Tứ Xuyên. Bộ hạ Chu Nguyên Chương của Quách Tử Hưng tại Lưỡng Hoài vào năm 1356 lấy Nam Kinh làm căn cứ địa bắt đầu mở rộng địa bàn, đến năm 1363 tiến hành tác chiến với Trần Hữu Lượng đang chiếm cứ Lưỡng Hồ, cuối cùng trong trận hồ Bà Dương thì thu được thắng lợi. Năm 1365, sau khi chiếm lĩnh Lưỡng Hồ, Chu Nguyên Chương vào mùa đông đông tiến nhằm tiến công Trương Sĩ Thành đang chiếm cứ duyên hải Giang Tô. Năm 1367, sau khi bình định Trương Sĩ Thành, Chu Nguyên Trương tiếp tục nam hạ áp chế Phương Quốc Trân tại Chiết Giang, đến đây Giang Nam không còn thế lực nào phản kháng Chu Nguyên Chương. Ngoài ra, Phúc Kiến từ năm 1357 đến năm 1368 phát sinh biến loạn của quân Sắc Mục, sử xưng loạn Ispah. Đồng thời kỳ, quân Nguyên dưới quyền Sát Hãn Thiếp Mộc Nhi và Lý Tư Tề phản kích Hồng Cân quân tại phương bắc. Năm 1363 Hồng Cân quân tại phương bắc cuối cùng trong chiến dịch An Phong chiến bại trước Trương Sĩ Thành lúc này đã hàng Nguyên, Lưu Phúc Thông chiến tử còn Hàn Lâm Nhi đi về phía nam nương nhờ Chu Nguyên Chương song sau đó bị giết.
Triều đình Nguyên phái binh trấn áp Hồng Cân quân tại các nơi, Thừa tướng Thoát Thoát tự suất quân nam hạ công hãm quân Chi Ma Lý tại Từ Châu, trong một thời gian áp chế được quân dân biến. Lực lượng của Từ Thọ Huy cuối cùng phân liệt thành lực lượng dưới quyền Trần Hữu Lượng tại Lưỡng Hồ và lực lượng dưới quyền Minh Ngọc Trân tại Tứ Xuyên.