Trong số các ba Cố vấn lúc bấy giờ là Đỗ Mười, Lê Đức Anh và Võ Văn Kiệt thì ông Phiêu có quan hệ tốt với ông Lê Đức Anh. Lê Đức Anh nguyên là Tư lệnh quân Việt Nam tại chiến trường Campuchia mà ông Lê Khả Phiêu là cấp phó, ông Lê Đức Anh đã giới thiệu ông với Tổng bí thư Đỗ Mười và được đồng ý làm người kế nhiệm. Tuy nhiên mối quan hệ hai bên xấu đi khi ông Phiêu hạn chế quyền lực của các Cố vấn và thành lập cơ quan để theo dõi. Cả ba Cố vấn sau đó đã gây sức ép và ký tên vào một lá thư phê phán Tổng bí thư Lê Khả Phiêu.Tháng 4 năm 2001, Bộ Chính trị bỏ phiếu với tỉ lệ 12/6 đồng ý để ông Phiêu ở lại đến năm 2003. Nhưng ngày 17 tháng 4 năm 2001,  tại buổi họp của các đại biểu ngay trước lúc chính thức khai mạc Đại hội IX, Ban chấp hành trung ương đã đảo ngược quyết định của Bộ Chính trị và tiến hành bỏ phiếu. Lần bỏ phiếu đầu tiên số người đồng ý cho ông Lê Khả Phiêu nghỉ chỉ chiếm 50,5%, số không đồng ý là 49,5% và có năm ủy viên Trung ương vắng họp. Trung ương sau đó đã bỏ phiếu lại vào ngày 18 tháng 4 năm 2001 dù bị các Cố vấn phản đối, trong lần bỏ phiếu này ông Phiêu chỉ còn một số phiếu rất thấp, ông chấp nhận từ chức trước Đại hội IX của Đảng vào ngày 22 tháng 4 năm 2001, chức vụ Cố vấn cũng bị bãi bỏ ngay sau đó.
Trong số các ba Cố vấn lúc bấy giờ là Đỗ Mười, Lê Đức Anh và Võ Văn Kiệt thì ông Phiêu có quan hệ tốt với ông Lê Đức Anh. Nhưng ngày 17 tháng 4 năm 2001,  tại buổi họp của các đại biểu ngay trước lúc chính thức khai mạc Đại hội IX, Ban chấp hành trung ương đã đảo ngược quyết định của Bộ Chính trị và tiến hành bỏ phiếu.