Khu đô thị cổ Hội An nằm gần cửa sông Thu Bồn, con sông lớn nhất của tỉnh Quảng Nam. Mặc dù vậy, ngày nay từ trung tâm thành phố tới đến cửa sông cũng không còn gần lắm. Hạ lưu sông Thu Bồn khi đổ ra biển Đông được chia thành nhiều nhánh. Nhánh tiếp xúc với khu phố cổ mang tên sông Hội An, còn dòng chảy giữa hai cồn Cẩm Nam và Cẩm Kim là dòng chính của sông Thu Bồn. Trên những bản đồ cổ thế kỷ 17, 18, Hội An nằm trên bờ Bắc của sông Thu Bồn, thông với biển Đông bẳng cửa Đại Chiêm và một dòng sông nối với cửa Đại của Đà Nẵng, phía ngoài là một doi cát rộng. Dấu vết dòng sông nối liền Hội An với biển Cửa Hàn có thể xác định là con sông Cổ Cò - Đế Võng ngày nay. Trên thủy trình cổ này đã từng tìm thấy nhiều lô tàu, mỏ neo bị chôn vùi trong lòng đất.Tuy địa danh "Hội An" được cho rằng xuất hiện vào khoảng cuối thế kỷ 16, nhưng vùng đất xung quanh đô thị này đã có một lịch sử rất lâu đời. Trong suốt thời kỳ "tiền Hội An", nơi đây từng tồn tại hai nền văn hóa lớn, đó là văn hóa Sa Huỳnh và văn hóa Chăm Pa. Di chỉ đầu tiên của văn hóa Sa Huỳnh là phố Sa Huỳnh ở Quảng Ngãi bị cát vùi lấp, được các nhà khảo cổ người Pháp phát hiện. Năm 1937, nữ học giả Madeleine Colani chính thức xác nhận đây là một nền văn hóa. Chỉ riêng trong khu vực thành phố Hội An đã phát hiện được hơn 50 địa điểm là di tích của nền văn hóa này, phần lớn tập trung ở những cồn cát ven sông Thu Bồn cũ. Đặc biệt, sự phát hiện hai loại tiền đồng Trung Quốc thời Hán, những hiện vật sắt kiểu Tây Hán... đã minh chứng ngay từ đầu Công nguyên, nơi đây đã bắt đầu có những giao dịch ngoại thương. Một đặc điểm khác có thể nhận thấy là khu vực Hội An không có những dấu tích của thời kỳ đầu và giữa, nhưng mảnh đất nơi đây đã từng tồn tại và có sự phát triển rực rỡ nền văn hóa Sa Huỳnh muộn.Tiếp sau nền văn hóa Sa Huỳnh, suốt từ thế kỷ 2 đến đến thế kỷ 15, một dải đất miền trung Việt Nam nằm dưới sự thống trị của vương quốc Chăm Pa. Những di tích đặc trưng của nền văn hóa này là các nhóm điện thờ đạo Hindu phân bổ dọc từ miền Trung tới miền Nam, và một trong những trung tâm đó nằm ở lưu vực con sông Thu Bồn. Ở đây, có thể thấy một thủ phủ mang tính chính trị tại Trà Kiệu và một trung trung tâm mang tính tôn giáo nằm tại Sởn Mi. Những dấu tích đền tháp Chăm còn lại, những giếng nước Chăm, những pho tượng Chăm, những di vật của người Đại Việt, Trung Hoa, Trung Đông thế kỷ 2 - 14 làm sáng tỏ giả thuyết nơi đây từng có một Lâm Ấp Phố với một cảng biển là Đại Chiêm phát triển hưng thịnh. Nhiều thư tịch cổ ghi nhận trong một thời gian khá dài, Chiêm cảng - Lâm Ấp Phố đóng một vai trò quan trọng trong việc tạo nên sự phồn vinh của kinh thành Trà Kiệu và khu di tích đền tháp Mỹ Sơn. Trải qua nhiều cuộc chiến tranh, vương quốc Chăm Pa bị Đại Việt đẩy dần về phía Nam. Năm 1471, thủ phủ cuối cùng của Chăm Pa ở Bầu Giá, Bình Định ngày nay, bị nhà Lê chiếm. Vùng đất Hội An trở thành lãnh thổ của Đại Việt từ đó, nhưng phải về sau nơi đây mới phát triển thành một khu vực thương mại. Hội An được hình thành dựa trên sự kế thừa cảng biển của người Chăm và người Việt bắt đầu tới đây từ thế kỷ 15. Đó là bước chuẩn bị trực tiếp cho sự ra đời của đô thị Hội An.
Khu đô thị cổ Hội An nằm gần cửa sông Thu Bồn, con sông lớn nhất của tỉnh Quảng Nam. Những dấu tích đền tháp Chăm còn lại, những giếng nước Chăm, những pho tượng Chăm, những di vật của người Đại Việt, Trung Hoa, Trung Đông thế kỷ 2 - 14 làm sáng tỏ giả thuyết nơi đây từng có một Lâm Ấp Phố với một cảng biển là Đại Chiêm phát triển hưng thịnh.