Trong khi Hồ Chí Minh đang ở Pháp, các lãnh đạo Việt Nam Quốc dân Đảng và Việt Nam Cách mệnh Đồng minh Hội lần lượt rời bỏ Chính phủ liên hiệp vì bất đồng với Việt Minh về việc ký Hiệp định Sơ bộ cho phép quân Pháp quay trở lại Việt Nam cũng như không muốn sáp nhập quân đội vào biên chế Vệ quốc đoàn dưới sự chỉ huy của Bộ Quốc phòng do Việt Minh kiểm soát do lo sợ bị khống chế rồi bị giải tán dần. Ngày 19 tháng 6 năm 1946, Báo Cứu Quốc của Tổng bộ Việt Minh đăng xã luận kịch liệt chỉ trích "bọn phản động phá hoại Hiệp định Sơ bộ Pháp-Việt mùng 6 tháng 3". Ngay sau đó, Võ Nguyên Giáp bắt đầu chiến dịch trấn áp tất cả các đảng phái đối lập được Việt Minh coi là nguy hiểm như Việt Quốc, Việt Cách, Đại Việt, những người Trotskist, lực lượng chính trị Công giáo... bằng lực lượng công an và quân đội do Việt Minh kiểm soát với sự giúp đỡ của nhà cầm quyền Pháp. Ông cũng sử dụng các sĩ quan Nhật Bản trốn tại Việt Nam và một số vũ khí do Pháp cung cấp cho chiến dịch này. Một trong những sự kiện nổi tiếng nhất trong chiến dịch tiêu diệt các đảng phái đối lập là vụ án phố Ôn Như Hầu. Trong vụ án này, Công an khám xét trụ sở Việt Nam Quốc dân Đảng và Đại Việt Quốc dân Đảng với lý do hai đảng này âm mưu đảo chính nhằm lật đổ Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Các thành viên Việt Nam Quốc dân Đảng và Đại Việt Quốc dân Đảng có mặt tại trụ sở cũng bị bắt trong đó có đại biểu của Việt Nam Quốc dân Đảng trong Quốc hội Việt Nam khóa I là Phan Kích Nam. Sau sự kiện này các lãnh đạo Việt Nam Quốc dân Đảng và Việt Nam Cách mệnh Đồng minh Hội, từng tham gia Chính phủ, đã lưu vong sang Trung Quốc.
Trong khi Hồ Chí Minh đang ở Pháp, các lãnh đạo Việt Nam Quốc dân Đảng và Việt Nam Cách mệnh Đồng minh Hội lần lượt rời bỏ Chính phủ liên hiệp vì bất đồng với Việt Minh về việc ký Hiệp định Sơ bộ cho phép quân Pháp quay trở lại Việt Nam cũng như không muốn sáp nhập quân đội vào biên chế Vệ quốc đoàn dưới sự chỉ huy của Bộ Quốc phòng do Việt Minh kiểm soát do lo sợ bị khống chế rồi bị giải tán dần. Trong vụ án này, Công an khám xét trụ sở Việt Nam Quốc dân Đảng và Đại Việt Quốc dân Đảng với lý do hai đảng này âm mưu đảo chính nhằm lật đổ Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa.