Nguyên Nhân Tông hết sức nỗ lực nhằm cải biến cục diện tài chính khô kiệt, chính chế hỗn loạn từ thời Nguyên Vũ Tông, ông thi hành chính sách "dĩ Nho trị quốc", đồng thời giảm bớt người thừa trong bộ máy, tăng cường trung ương tập quyền để chỉnh đốn triều chính. Ông từng lệnh Vương Ước đem "Đại học diễn nghĩa" dịch ra văn tự Mông Cổ, cho rằng đó là sách để trị thiên hạ. Ông cũng cho dịch các thư tịch như "Trinh Quán chính yếu" và "Tư trị thông giám" sang văn tự Mông Cổ, lệnh người Mông Cổ và người Sắc Mục đọc và học tập. Năm 1312, Nguyên Nhân Tông cho Nho sư của mình là Vương Ước được đặc bái làm Tập hiền đại học sĩ, đồng thời cho chấp thuận kiến nghị "hưng khoa cử" của Vương Ước, đến đây khôi phục chế độ khoa cử. Khoa cử lần này lấy Trình-Chu lý học làm nội dung khảo thí, sử xưng Diên Hựu phục khoa, cuối cùng chọn được 56 người như Hộ Đô Đáp Nhi, Trương Khởi Nham làm tiến sĩ. Ông cũng dựa nhiều vào văn thần người Hán, xử tử đám Thừa tướng Thác Khắc Thác, bài trừ những người có tư tưởng khác biệt trong triều. Trên phương diện tài chính, Nguyên Nhân Tông thủ tiêu phương sách kinh tế thời Nguyên Vũ Tông, vào năm 1314 cho thanh tra điền sản địa phương tại các nơi Giang Chiết, Giang Tây, Hà Nam, sử xưng Diên Hựu kinh lý. Nguyên Nhân Tông dùng Sàng Ngột Nhi thống quân, đánh bại Sát Hợp Đài hãn Dã Tiên Bất Hoa nhằm bình định khu vực Tây Bắc. Tuy nhiên, Nguyên Nhân Tông không ngăn cản được Thái hậu Đáp Kỉ can dự triều chính, cũng không chế tài được trọng thần Thiết Mộc Điệt Nhi vốn được Thái hậu trọng dụng tham tiền làm trái. Trên phương diện vấn đề kế thừa, Nguyên Nhân Tông để Vương Ước phụ trợ Hoàng thái tử Thạc Đức Bát Lạt, đồng thời nghe theo kiến nghị của Thiết Mộc Điệt Nhi mà phế trừ Vũ-Nhân chi ước. Ông cho con trưởng của Nguyên Vũ Tông là Hòa Thế Lạt đi đầy bằng cách để trấn thủ Vân Nam, cho con thứ của Nguyên Vũ Tông là Đồ Thiếp Mục Nhĩ bị đày ra đảo Hải Nam. Mùa đông cùng năm, cựu thần của Nguyên Vũ Tông do thấy phẫn nộ nên ủng hộ Hòa Thế Lạt làm phản, cuối cùng thất bại nên chạy đến Mạc Bắc, nương nhờ Hãn quốc Sát Hợp Đài. Năm 1320, Nguyên Nhân Tông từ trần, Hoàng thái tử Thạc Đức Bát Lạt tức vị, tức Nguyên Anh Tông.
Nguyên Nhân Tông hết sức nỗ lực nhằm cải biến cục diện tài chính khô kiệt, chính chế hỗn loạn từ thời Nguyên Vũ Tông, ông thi hành chính sách "dĩ Nho trị quốc", đồng thời giảm bớt người thừa trong bộ máy, tăng cường trung ương tập quyền để chỉnh đốn triều chính. Ông cũng dựa nhiều vào văn thần người Hán, xử tử đám Thừa tướng Thác Khắc Thác, bài trừ những người có tư tưởng khác biệt trong triều.