Nền kinh tế Hà Nội nửa đầu thế kỷ XIX cũng khác biệt so với Thăng Long trước đó. Các phường, thôn phía Tây và Nam chuyên về nông nghiệp, còn phía Đông, những khu dân cư sinh sống nhờ thương mại, thủ công làm nên bộ mặt của đô thị Hà Nội. Bên cạnh một số cửa ô được xây dựng lại, Hà Nội thời kỳ này còn xuất hiện thêm những công trình tín ngưỡng, tôn giáo như đền Ngọc Sơn, chùa Báo Ân.Năm 1858, Pháp bắt đầu nổ súng xâm chiếm Đông Dương. Sau khi chiếm ba tỉnh Đông Nam Kỳ, quân đội Pháp dưới sự chỉ đạo của Francis Garnier tiến đến Hà Nội đầu tháng 11 năm 1873. Mặc dù triều đình nhà Nguyễn chủ hòa, nhưng dân chúng Hà Nội vẫn tiếp tục chống lại người Pháp dưới sự chỉ huy của Nguyễn Tri Phương và Hoàng Diệu. Năm 1884, nhà Nguyễn ký hòa ước công nhận sự bảo hộ của Pháp trên toàn bộ lãnh thổ Việt Nam, Hà Nội cũng bước vào thời kỳ thuộc địa.Ngày 19 tháng 7 năm 1888, Tổng thống Pháp Sadi Carnot ký sắc lệnh thành lập thành phố Hà Nội. Thành phố Hà Nội lúc này có diện tích nhỏ bao gồm 2 huyện Thọ Xương và huyện Vĩnh Thuận thuộc phủ Hoài Đức. Phạm vi thành phố bó hẹp nằm trong khu vực thành Đại La mở rộng thời nhà Mạc. 3 phủ Hoài Đức, Thường Tín, Ứng Hòa thuộc về tỉnh Hà Đông. Phủ Lý Nhân tách ra tạo thành tỉnh Hà Nam. Một thời gian ngắn sau, khu vực phía Tây vườn bách thảo và khu vực tương ứng với các quận Đống Đa, Tây Hồ ngày nay được tách ra thành huyện Hoàn Long, trực thuộc tỉnh Hà Đông, đến khoảng năm 1940 thì sáp nhập trở lại.
Nền kinh tế Hà Nội nửa đầu thế kỷ XIX cũng khác biệt so với Thăng Long trước đó. Các phường, thôn phía Tây và Nam chuyên về nông nghiệp, còn phía Đông, những khu dân cư sinh sống nhờ thương mại, thủ công làm nên bộ mặt của đô thị Hà Nội.