Tháng 6 năm 1991 tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VII của Đảng, Lê Khả Phiêu được bầu là Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng. Về phía quân đội, ông giữ chức Ủy viên Thường vụ Đảng ủy Quân sự Trung ương.Tháng 6 năm 1992, tại Hội nghị Ban Chấp hành Trung ương lần thứ 13 của Đảng, Lê Khả Phiêu được bầu vào Ban Bí thư Trung ương Đảng. Tháng 1 năm 1994, tại Hội nghị đại biểu toàn quốc giữa nhiệm kỳ Đảng Cộng sản Việt Nam, ông được Ban Chấp hành Trung ương Đảng khoá VII bầu vào Bộ Chính trị.Tháng 4 năm 1996 Lê Khả Phiêu được phân công làm Thường trực Ban Bí thư Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam. Tại Đại hội Đại biểu toàn quốc khoá VIII Đảng Cộng sản Việt Nam vào tháng 6 năm 1996, ông được bầu làm Uỷ viên Ban Thường vụ Bộ Chính trị, Thường trực Bộ Chính trị Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam, Trưởng Ban Bảo vệ Chính trị Nội bộ Trung ương.
Tháng 6 năm 1991 tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VII của Đảng, Lê Khả Phiêu được bầu là Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng. Về phía quân đội, ông giữ chức Ủy viên Thường vụ Đảng ủy Quân sự Trung ương.Tháng 6 năm 1992, tại Hội nghị Ban Chấp hành Trung ương lần thứ 13 của Đảng, Lê Khả Phiêu được bầu vào Ban Bí thư Trung ương Đảng.