Hội An từng là một trung tâm của Phật giáo sớm của Đàng Trong với đa số các ngôi chùa theo dòng Tiểu thừa. Nhiều ngôi chùa ở đây có niên đại khởi dựng khá sớm, nhưng hầu hết kiến trúc gốc đã bị thay đổi, thậm chí mai một qua những biến thiên của lịch sử và những lần trùng tu. Ngôi chùa sớm nhất được biết đến là chùa Chúc Thánh, tương truyền có gốc gác từ năm 1454, nằm cách trung tâm khu phố cổ khoảng 2 km về phía Bắc. Nơi đây vẫn lưu giữ nhiều di vật, tượng thờ, bia ký liên quan đến quá trình du nhập và phát triển của Phật giáo ở Đàng Trong. Ngoại ô khu phố cổ còn nhiều ngôi chùa khác như Phước Lâm, Vạn Đức, Kim Bửu, Viên Giác... mang niên đại muộn hơn. Giai đoạn đầu thế kỷ 20 cũng là thời kỳ ra đời của nhiều ngôi chùa mới, nổi bật trong số này là chùa Long Tuyền hoàn thành vào năm 1909. Bên cạnh những ngôi chùa tách khỏi làng xóm, nằm ven những dòng chảy cổ, ở Hội An còn có các ngôi chùa làng gắn với những quần cư như một thành phần hữu cơ của tổng thể làng xóm. Điều này phản ánh giới tu hành gắn bó với thế tục và chứng tỏ Minh Hương Xã ở đây đã có một thiết chế văn hóa sinh hoạt cộng đồng khá mạnh. Trong khu phố cổ, Bảo tàng Lịch sử - Văn hóa Hội An nguyên trước đây là ngôi chùa thờ Phật bà Quan Âm do người Việt và người Minh Hương khởi dựng vào khoảng thế kỷ 17.
Hội An từng là một trung tâm của Phật giáo sớm của Đàng Trong với đa số các ngôi chùa theo dòng Tiểu thừa. Nơi đây vẫn lưu giữ nhiều di vật, tượng thờ, bia ký liên quan đến quá trình du nhập và phát triển của Phật giáo ở Đàng Trong.