Với sự ra đi của cựu đội trưởng Andrés Iniesta vào tháng 5 năm 2018, Messi được bầu làm đội trưởng mới của câu lạc bộ trong mùa giải tiếp theo. Vào ngày 12 tháng 8 năm 2018, anh đã giành danh hiệu đầu tiên của mình với tư cách là đội trưởng của Barcelona, Supercopa de España, sau chiến thắng 2-1 trước Sevilla. Vào ngày 19 tháng 8, Messi ghi hai bàn giúp Barcelona đánh bại Alavés 3–0 trong trận đấu đầu tiên của họ ở La Liga, với bàn thắng mở tỷ số của anh đến từ một quả đá phạt chìm, đây là bàn thắng thứ 6000 của Barcelona tại La Liga. Vào ngày 18 tháng 9, Messi đã ghi một hat-trick trong chiến thắng 4–0 trên sân nhà trước PSV Eindhoven tại trận đấu mở màn vòng bảng Champions League, lập kỷ lục là cầu thủ ghi nhiều hat-trick nhất giải đấu, với tám cú hat-trick. Vào ngày 20 tháng 10, Messi ghi bàn và kiến tạo trong chiến thắng 4–2 trên sân nhà trước Sevilla, nhưng anh buộc phải rời sân ở phút 26 vì bị dính chấn thương ở cánh tay phải; các xét nghiệm sau đó xác nhận rằng anh đã bị gãy xương, phải nghỉ thi đấu trong khoảng ba tuần. Vào ngày 8 tháng 12, Messi thực hiện thành công hai quả đá phạt – bàn thắng thứ chín và thứ mười của anh đến từ các tình huống cố định trong năm đó – trận thắng 4–0 trên sân khách trước Espanyol tại Derbi barceloní ở La Liga; đây là lần đầu tiên anh làm được điều này tại giải đấu. Mười bàn thắng đó của Messi cũng giúp anh trở thành cầu thủ đầu tiên đạt được con số này trong 13 mùa giải La Liga liên tiếp.
Với sự ra đi của cựu đội trưởng Andrés Iniesta vào tháng 5 năm 2018, Messi được bầu làm đội trưởng mới của câu lạc bộ trong mùa giải tiếp theo. Mười bàn thắng đó của Messi cũng giúp anh trở thành cầu thủ đầu tiên đạt được con số này trong 13 mùa giải La Liga liên tiếp.