Kiến trúc khu chùa mới nổi bật với những hình khối lớn, hoành tráng mang đậm dấu ấn kiến trúc Việt Nam như sử dụng nguyên vật liệu chính ở địa phương (đá xanh Ninh Bình, gỗ tứ thiết), ngói men Bát Tràng màu nâu sẫm... Điều khác biệt nhất ở kiến trúc chùa Bái Đính thể hiện ở vòm mái màu nâu sẫm cong vút hình đuôi chim phượng, nó không giống với nét thẳng thô của chùa Trung Quốc. Các chi tiết trang chí kiến trúc chùa cũng mang đậm dấu ấn của các làng nghề truyền thống nổi tiếng ở Việt Nam. Chùa Bái Đính khi xây dựng được gọi là "đại công trường" với 500 nghệ nhân gồm rất nhiều tổ thợ đến từ những làng nghề nổi tiếng như mộc Phúc Lộc, trạm khắc đá Ninh Vân, đúc đồng Ý Yên, thêu ren Văn Lâm, sơn mài Cát Đằng, trạm bạc Đồng Xâm... các nghệ nhân này được sử dụng các vật liệu địa phương như gỗ lim, đá xanh Ninh Bình, ngói men Bát Tràng... để tạo ra nét thuần Việt trong kiến trúc chùa Bái Đính.Điều đặc biệt ở công trường xây dựng chùa Bái Đính là không gian nơi đây luôn mở. Ngay từ khi xây dựng với đại tượng Phật còn đặt ở ngoài trời đã thu hút rất đông các đoàn người hành hương chiêm bái. Du khách có thể đi bất cứ nơi nào để quan sát các bộ phận công trình đang hình thành.
Kiến trúc khu chùa mới nổi bật với những hình khối lớn, hoành tráng mang đậm dấu ấn kiến trúc Việt Nam như sử dụng nguyên vật liệu chính ở địa phương (đá xanh Ninh Bình, gỗ tứ thiết), ngói men Bát Tràng màu nâu sẫm... Điều khác biệt nhất ở kiến trúc chùa Bái Đính thể hiện ở vòm mái màu nâu sẫm cong vút hình đuôi chim phượng, nó không giống với nét thẳng thô của chùa Trung Quốc. Các chi tiết trang chí kiến trúc chùa cũng mang đậm dấu ấn của các làng nghề truyền thống nổi tiếng ở Việt Nam.