Thành Cát Tư Hãn đã thống nhất các bộ lạc Mông Cổ vào năm 1206 và lập ra đế quốc Mông Cổ, người Mông Cổ tiêu diệt Tây Hạ vào năm 1227, và tiêu diệt Kim vào năm 1234. Năm 1271, cháu nội của Thành Cát Tư Hãn là Hốt Tất Liệt đã lập ra nhà Nguyên. Năm 1260, Hốt Tất Liệt đã đăng cơ tại Khai Bình, nằm gần Đa Luân của Nội Mông ngày nay. Năm 1263, Hốt Tất Liệt hạ chiếu thăng Khai Bình thành Thượng Đô. Năm 1267, Hốt Tất Liệt đã thiên đô về Trung Đô của Kim trước đây (tức Bắc Kinh ngày nay), Thượng Đô trở thành bồi đô của nhà Nguyên. Trong thời gian này, các bộ tộc Uông Cổ (Ongud) và Hoằng Cát Lạt (Onggirat) là các sắc dân thống trị khu vực nay là Nội Mông.
Thành Cát Tư Hãn đã thống nhất các bộ lạc Mông Cổ vào năm 1206 và lập ra đế quốc Mông Cổ, người Mông Cổ tiêu diệt Tây Hạ vào năm 1227, và tiêu diệt Kim vào năm 1234. Năm 1267, Hốt Tất Liệt đã thiên đô về Trung Đô của Kim trước đây (tức Bắc Kinh ngày nay), Thượng Đô trở thành bồi đô của nhà Nguyên.