Trước đây, triều đình phải chứng kiến xung đột giữa công thần Lam Sơn với nhau, cũng như giữa công thần Lam Sơn với tầng lớp quan lại Nho học mới. Khi Thánh Tông lên ngôi, phe tướng lĩnh Lam Sơn đã suy yếu. Dù vậy, Nguyễn Xí, công thần Lam Sơn và là người đưa Thánh Tông lên ngôi, vẫn có sức ảnh hưởng lớn trong triều đình đến khi mất. Thánh Tông cần trông cậy vào Nguyễn Xí để giữ ngai vị mới đạt được. Tháng 3/1462, con trai Nguyễn Xí là Nguyễn Sư Hồi làm một bài thơ nặc danh với ý định vu cáo các đại thần Lê Niệm, Nguyễn Lỗi, Trịnh Văn Sái và Lê Thọ Vực làm phản rồi vứt ra đường. Nhưng bài thơ chưa kịp lưu truyền thì bị bại lộ. Cả bốn đại thần đều xin trị tội Sư Hồi, nhưng Thánh Tông phải bênh vực cho ông ta, với lý do đây chỉ là hiềm khích cá nhân, và bài thơ cũng không có ý tạo phản hay phạm thượng. Tháng 8/1462, Thánh Tông xử tử Lê Lăng, thuộc phe đối lập Nguyễn Xí, vì từng có ý lập Lê Khắc Xương, anh trai thứ của Thánh Tông lên ngôi. Tuy nhiên, sau khi Nguyễn Xí qua đời, Thánh Tông thắt chặt kỷ cương quân đội và không có ưu ái ngoại lệ, khiến giới tướng lĩnh chịu vào khuôn phép hơn. Cùng lúc đó, tầng lớp văn quan được tuyển qua khoa cử ngày càng lớn mạnh, tạo nên chỗ dựa mới cho hoàng đế trong việc trị quốc. Để các sĩ phu vốn tự phụ vào chữ nghĩa của bản thân phải kính nể và phục tùng mình, Thánh Tông đã cho thấy sự am hiểu sâu sắc của mình với Nho học.Lê Khắc Xương, anh trai duy nhất còn sống của Thánh Tông giữ tước Cung vương trong 14 năm đầu triều. Đến tháng 6 âm lịch năm Bính Thân (1476), ông ta bị khép vào tội âm mưu tạo phản và bị bắt giam. Ngày 6/8 âm lịch năm đó thì lâm bệnh mất. Trong bộ Đại Việt sử ký toàn thư, sử quan Đại Việt đời Lê Trung hưng phê phán Thánh Tông "tình nghĩa anh em thiếu hẳn lòng nhân ái".Đời Lê Thánh Tông dùng hai niên hiệu, đầu tiên là Quang Thuận (1460–1469), sau đổi là Hồng Đức (1470–1497).
Trước đây, triều đình phải chứng kiến xung đột giữa công thần Lam Sơn với nhau, cũng như giữa công thần Lam Sơn với tầng lớp quan lại Nho học mới. Để các sĩ phu vốn tự phụ vào chữ nghĩa của bản thân phải kính nể và phục tùng mình, Thánh Tông đã cho thấy sự am hiểu sâu sắc của mình với Nho học.Lê Khắc Xương, anh trai duy nhất còn sống của Thánh Tông giữ tước Cung vương trong 14 năm đầu triều.