Barcelona gần như đã giành được chức vô địch La Liga sớm vào đầu năm 2013, san bằng kỷ lục 100 điểm của Real Madrid ở mùa giải trước. Tuy nhiên, màn trình diễn của họ dần sa sút trong nửa sau mùa giải 2012–13, bên cạnh việc Vilanova vắng mặt trên băng ghế chỉ đạo vì sức khỏe kém. Sau khi liên tục để thua các trận Clásico, bao gồm cả bán kết Copa del Rey, họ gần như bị loại ở vòng 16 đội Champions League bởi Milan, nhưng sự phục hồi phong độ ở lượt về đã dẫn đến cuộc lội ngược dòng 4–0 đầy ngoạn mục, với hai bàn thắng và một pha kiến tạo từ Messi. Trong mùa giải chuyên nghiệp thứ chín của anh tại Barcelona, Messi đã ký bản hợp đồng mới vào ngày 7 tháng 2, tiếp tục gắn bó với câu lạc bộ đến hết năm 2018, trong khi mức lương cố định của anh tăng lên 13 triệu euro. Anh được đeo băng đội trưởng lần đầu tiên một tháng sau đó, vào ngày 17 tháng 3, trong trận đấu với Rayo Vallecano tại La Liga; lúc đó, anh trở thành tâm điểm chiến thuật của đội bóng ở một mức độ được cho là sánh ngang với các cựu cầu thủ Barcelona như Josep Samitier, László Kubala và Johan Cruyff. Kể từ khi bắt đầu chơi ở vị trí số 9 ảo ba năm về trước, tỷ lệ chọc thủng lưới của anh đã tăng lên; từ 24% trong mùa giải Barcelona giành cú ăn ba, tỷ lệ bàn thắng của anh đã tăng lên hơn 40% trong mùa giải đó.
Barcelona gần như đã giành được chức vô địch La Liga sớm vào đầu năm 2013, san bằng kỷ lục 100 điểm của Real Madrid ở mùa giải trước. Tuy nhiên, màn trình diễn của họ dần sa sút trong nửa sau mùa giải 2012–13, bên cạnh việc Vilanova vắng mặt trên băng ghế chỉ đạo vì sức khỏe kém.