Thế kỉ 14 đầy khó khăn chứng kiến thời kỳ vua Pháp buộc các đời Giáo hoàng dời tới Avignon những năm 1305-1378, cũng gọi là cuộc lưu đày Babylon của Giáo hoàng (liên hệ tới cuộc lưu đày Babylon của người Do Thái), và sau đó là Ly giáo Tây phương từ năm 1378 tới 1418, khi có hai, sau đó là ba, vị giáo hoàng đối địch, mỗi vị được một số quốc gia kình địch nhau ủng hộ. Những năm đầu thế ki 15, sau một thời kì biến động, các chức sắc giáo hội họp tại Công đồng Constance (1414) và quyết định lần lượt bãi miễn các vị giáo hoàng và đến tháng 11 năm 1417 bầu lên Giáo hoàng Martinus V.Bên cạnh ly giáo, giáo hội phương tây cũng chia rẽ trong các tranh cãi thần học, và một số bị quy thành dị giáo. John Wycliffe (mất năm 1384), một nhà thần học Anh bị buộc tội dị giáo năm 1415 do truyền giảng rằng giáo dân cần phải được tiếp cận Kinh Thánh (vốn trước giờ chỉ dành cho giáo sĩ) cũng như giữ quan điểm về Tiệc thánh khác với giáo lý giáo hội. Những bài giảng của Wycliffe ảnh hưởng tới hai trong số những phong trào dị giáo lớn thời hậu kỳ Trung Cổ: Lollardy ở Anh và Hussite ở Bohemia. Người Bohemia cũng chịu ảnh hưởng từ những bài giảng của Jan Hus, người bị lừa triệu tập tới Công đồng Constance rồi đem hỏa thiêu năm 1415. Giáo hội Hussite đã chiến thắng một cuộc thập tự chinh và tồn tại qua thời Trung Cổ, báo trước Cải cách Tin Lành sau này. Các tranh chấp khác cũng xảy ra, như việc buộc tội chống lại hiệp sĩ dòng Đền dẫn tới lệnh cấm dòng tu này hoạt động năm 1312, và sự chia rẽ giữa vua Pháp Philippe IV (cai trị 1285-1314) và dòng Hiệp sĩ Cứu tế.Trong thời Hậu kỳ Trung Đại, Giáo hoàng thay đổi thực hành trong thánh lễ, quy định rằng chỉ có linh mục mới được hưởng phần rượu thánh trong Tiệc thánh. Điều này tăng khoảng cách giữa giáo dân và giáo sĩ. Giáo dân tiếp tục tiến hành những cuộc hành hương, tôn kính thánh tích, và tin có quyền lực của quỷ dữ. Những nhà thần bí như Meister Eckhart (mất năm 1327) hay Thomas à Kempis (mất năm 1471) viết những tác phẩm dạy giáo dân tập trung vào đời sống tinh thần bên trong, đặt nền tảng cho Kháng Cách. Bên cạnh chủ nghĩa thần bí, niềm tin vào phù thủy phổ biến rộng khắp, vào cuối thế kỉ 15 Giáo hội bắt đầu cung cấp thêm căn cứ cho nỗi sợ phù thủy trong dân chúng bằng sự lên án phù thủy vào năm 1484 và công bố cuốn Malleus Maleficarum (Lưỡi búa phù thủy), được xem như sổ tay trong những cuộc săn phù thủy ở thời cận đại.
Thế kỉ 14 đầy khó khăn chứng kiến thời kỳ vua Pháp buộc các đời Giáo hoàng dời tới Avignon những năm 1305-1378, cũng gọi là cuộc lưu đày Babylon của Giáo hoàng (liên hệ tới cuộc lưu đày Babylon của người Do Thái), và sau đó là Ly giáo Tây phương từ năm 1378 tới 1418, khi có hai, sau đó là ba, vị giáo hoàng đối địch, mỗi vị được một số quốc gia kình địch nhau ủng hộ. Bên cạnh chủ nghĩa thần bí, niềm tin vào phù thủy phổ biến rộng khắp, vào cuối thế kỉ 15 Giáo hội bắt đầu cung cấp thêm căn cứ cho nỗi sợ phù thủy trong dân chúng bằng sự lên án phù thủy vào năm 1484 và công bố cuốn Malleus Maleficarum (Lưỡi búa phù thủy), được xem như sổ tay trong những cuộc săn phù thủy ở thời cận đại.