Alexandros đã dự định phô diễn sức mạnh của mình khi quyết định vượt sông Jaxartes để tiến đánh người Saka, một dân tộc Scythia và đã khiến họ phải tháo chạy vào thảo nguyên. Hai bên cuối cùng đã trao đổi sứ giả và thỏa thuận một hiệp ước bất tương xâm. Alexandros, tháp túng bởi Cleitos, tiếp đó đã hành quân tiến đánh Spitamenes. Ông cho quân vây hãm Samarkand, những ngay sau đó đã hạ lệnh hủy bỏ cuộc bao vây. Alexandros đã cố gắng thu phục giới quý tộc Sogdiana bằng cách hứa hẹn sẽ trao trả danh dự cho họ. Ông vượt sông Oxus và đi theo con đường bộ hành tới thành phố ốc đảo Merv, nơi ông đã thành lập thành phố Alexandria xứ Margiana. Sau khi trú đông (329 – 328 TCN) tại Bactra, Alexandros, lúc này vừa nhận được 2 vạn quân tăng viện từ châu Âu, đã tiến đánh Spitamenes cùng với một đội quân được cấu tạo thành chủ yếu từ lính đánh thuê người Hy Lạp và Thracia. Đầu xuân năm 328 TCN, ông đạt được thỏa thuận với vua Pharasmanès của xứ Choresmia. Vị vua này đã xin quy thuận Alexandros và vị vua Macedonia có thể an tâm khi đã cướp khỏi tay Spitamenes một đồng minh tiềm năng. Alexandros cuối cùng đã đến được Sogdiana, tại đây ông đã thành lập thành phố Alexandria bên bờ sông Oxus. Khi đến nơi này, ông đã kết hôn với Roxana, con gái của Oxyartes. Cùng lúc đó, Alexandros nhận được tin rằng Krateros đã bình định được xứ Bactria. Spitamenes lúc nãy đã tháo chạy ra thảo nguyên nhưng không may bị người Massagetes phản bội, chặt thủ cấp dâng nộp cho Alexandros vào tháng 12 năm 328 TCN. Artabazos, người được Alexandros bổ nhiệm làm tổng trấn Bactria, lúc này đã tuổi cao sức yếu nên xin phép được cáo lão. Để thay thế, Alexandros đã bổ nhiệm người bạn thân của mình là Cleitos đảm nhận chức vụ này.Mùa xuân năm 327 TCN, Krateros bận bịu dập tắt những cuộc nổi dậy cuối cùng ở Badakhshan. Còn Alexandros thì đích thân bình định Paraitacene, một vùng đất nằm ở phía bắc tỉnh Susiana. Nhờ vào cha vợ là Oxyartes, Alexandros đã có thể thu phục một lãnh chúa trong vùng tên là Sisimithres, người đồng ý cho những binh sĩ trẻ tuổi của mình gia nhập quân đội hoàng gia. Alexandros sau đó đã quay về Bactra. Vào mùa hè năm 327 TCN, Alexandros cùng Krateros đã vượt dãy Hindu Kush và chuẩn bị trú đông trước khi phát động cuộc chinh phạt Ấn Độ.
Alexandros đã dự định phô diễn sức mạnh của mình khi quyết định vượt sông Jaxartes để tiến đánh người Saka, một dân tộc Scythia và đã khiến họ phải tháo chạy vào thảo nguyên. Vào mùa hè năm 327 TCN, Alexandros cùng Krateros đã vượt dãy Hindu Kush và chuẩn bị trú đông trước khi phát động cuộc chinh phạt Ấn Độ.