Trong hai ngày 18 và 19 tháng 9 năm 1945, Việt Minh họp bí mật với Việt Cách (ngày 18 tháng 9 năm 1945) và Việt Quốc (ngày 19 tháng 9 năm 1945). Trong hai cuộc họp này, Nguyễn Hải Thần đại diện Việt Cách và Nguyễn Tường Tam đại diện Việt Nam Quốc dân Đảng đề nghị Hồ Chí Minh đồng ý hợp nhất Việt Minh với Việt Cách và Việt Nam Quốc dân Đảng. Đối với lời đề nghị này, trong nội bộ Việt Minh có nhiều ý kiến khác nhau. Hoàng Minh Giám nghĩ rằng việc hợp nhất Việt Minh với các đảng phái Quốc gia sẽ làm giảm bớt sự đối lập và tăng cường thế lực cho Việt Minh, làm người Trung Quốc yên lòng còn Pháp phải lo ngại, quan trọng nhất là Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa trong con mắt của Đồng Minh, đặc biệt là Mỹ, là chính phủ thật sự dân chủ. Võ Nguyên Giáp thì dứt khoát không đồng ý, theo ông, những đề nghị đó không có giá trị và không thật thà, nó chẳng khác gì thay thế chủ nghĩa thực dân Pháp bằng ách thống trị của Trung Quốc, và nhân dân Việt Nam sẽ "chẳng bao giờ chịu bán rẻ sự nghiệp chính nghĩa của họ để đổi lấy đô la Trung Quốc". Cuối cùng Việt Minh đã từ chối hợp nhất với Việt Cách và Đại Việt Quốc dân Đảng.Ngày 1 tháng 1 năm 1946, sau một hội nghị hòa giải có Việt Nam Quốc dân Đảng, Việt Nam Cách mạng Đồng minh hội và Việt Minh tham gia do tướng Tiêu Văn tổ chức, Chính phủ Liên hiệp Lâm thời được thành lập thay thế Chính phủ Cách mạng Lâm thời với sự tham gia của một số đảng phái đối lập (Việt Cách, Việt Quốc...) hoạt động ở Trung Quốc với sự bảo trợ của Trung Hoa Quốc Dân Đảng. Tuy nhiên chức trách các Bộ cũng thay đổi. Bộ trưởng Quốc phòng trở thành người lo về tài chính mà không được xem xét danh sách nhân sự, quân số, súng đạn còn các Bộ trưởng khác của các đảng phái Quốc gia chẳng có chức trách cụ thể gì, không bao giờ được tham dự bất cứ buổi họp nào của nội các.Ngày 6 tháng 1 năm 1946, Chính phủ Liên hiệp Lâm thời do Chủ tịch Hồ Chí Minh đứng đầu đã tổ chức cuộc Tổng tuyển cử trên toàn quốc, lần đầu tiên đã bầu Quốc hội và thông qua Hiến pháp. Nhiều đảng phái không có quyền tham gia Tổng tuyển cử đã tìm cách phá hoại. Các đảng này cho là trúng cử chỉ là Việt Minh cộng sản, chính quyền trong tay nên Việt Minh muốn ai trúng cũng được. Võ Nguyên Giáp cho rằng các đảng phái này tẩy chay bầu cử vì họ biết rằng mình không có uy tín trong nhân dân như Hồ Chí Minh, nếu ứng cử thì chắc chắn sẽ thua.Theo Báo Đại đoàn kết, mặc dù bị nhiều đảng phái tuyên truyền vận động dân chúng tẩy chay cuộc bầu cử và ngăn cản việc tổ chức bầu cử ở một số nơi, nhưng tại các địa phương, ở đâu cũng có người tự ứng cử, các cuộc tiếp xúc tranh cử công khai, tự do diễn ra ở khắp mọi nơi. Theo Việt Minh, cuộc bầu cử diễn ra công bằng. Tuy nhiên, lá phiếu không bí mật và theo quan sát của sử gia Trần Trọng Kim thì có nơi người dân bị cưỡng bách bầu cho Việt Minh.Sau khi kết quả bầu cử được công bố, sự thật hoàn toàn không như các đảng phái tuyên truyền. Nhiều đại biểu có uy tín của các giai cấp, tầng lớp, tôn giáo, dân tộc đều trúng cử tại Quốc hội khóa I hầu hết chưa là đảng viên. Ông được bầu làm đại biểu quốc hội khóa đầu tiên và liên tiếp 6 kỳ sau.Sau khi Quốc hội được bầu, ngày 2 tháng 3 năm 1946, Chính phủ Liên hiệp Kháng chiến được thành lập để thay thế Chính phủ Liên hiệp Lâm thời. Ở các địa phương, các cấp chính quyền liên hiệp được thành lập trong năm 1946. Theo thỏa thuận với Việt Minh, phe đối lập bao gồm một số tổ chức như Việt Nam Cách mạng Đồng minh hội và Việt Nam Quốc dân Đảng được Trung Hoa Dân quốc ủng hộ, không tham gia Tổng tuyển cử nhưng vẫn được nắm 70 ghế Quốc hội cùng nhiều vị trí trong chính quyền trung ương do chính sách hòa hợp các đảng phái của Chính phủ. Trong hồi ký Những năm tháng không thể nào quên, đại tướng Võ Nguyên Giáp nhận định các đảng phái này lo sợ thất bại trước sức ủng hộ lớn của cử tri với mặt trận Việt Minh nên không tham gia bầu cử. Thay vào đó, các đàng phái này dùng sự ủng hộ của Trung Hoa Dân quốc để gây sức ép nhằm giành ghế trong quốc hội mà không cần qua bầu cử.Cũng trong năm 1946, ông kết hôn với bà Đặng Bích Hà (con gái giáo sư Đặng Thai Mai).
Trong hai ngày 18 và 19 tháng 9 năm 1945, Việt Minh họp bí mật với Việt Cách (ngày 18 tháng 9 năm 1945) và Việt Quốc (ngày 19 tháng 9 năm 1945). Võ Nguyên Giáp thì dứt khoát không đồng ý, theo ông, những đề nghị đó không có giá trị và không thật thà, nó chẳng khác gì thay thế chủ nghĩa thực dân Pháp bằng ách thống trị của Trung Quốc, và nhân dân Việt Nam sẽ "chẳng bao giờ chịu bán rẻ sự nghiệp chính nghĩa của họ để đổi lấy đô la Trung Quốc".