Rối loạn hệ thống miễn dịch có thể dẫn đến bệnh tự miễn, bệnh viêm và ung thư. Suy giảm miễn dịch là khi hệ miễn dịch ít hoạt động hơn bình thường, dẫn đến các bệnh nhiễm trùng tái phát và đe dọa đến mạng sống. Ở người, suy giảm miễn dịch có thể là kết quả của một căn bệnh di truyền như suy giảm miễn dịch kết hợp cấp, các bệnh liên quan đến HIV/AIDS, hoặc sử dụng thuốc ức chế miễn dịch. Ngược lại, bệnh tự miễn là kết quả khi hệ thống miễn dịch hoạt động quá mức nên tấn công chính các mô bình thường như thể là sinh vật ngoại lai. Các bệnh tự miễn thường gặp bao gồm viêm tuyến giáp Hashimoto, viêm khớp dạng thấp, bệnh đái tháo đường type 1, và lupus ban đỏ hệ thống. Miễn dịch học là môn học nghiên cứu của tất cả các khía cạnh của hệ thống miễn dịch.
Rối loạn hệ thống miễn dịch có thể dẫn đến bệnh tự miễn, bệnh viêm và ung thư. Các bệnh tự miễn thường gặp bao gồm viêm tuyến giáp Hashimoto, viêm khớp dạng thấp, bệnh đái tháo đường type 1, và lupus ban đỏ hệ thống.