Tháng 3 năm 1988, Việt Nam và Trung Quốc đụng độ vũ trang trên biển về quyền kiểm soát đá Gạc Ma, đá Cô Lin và đá Len Đao thuộc quần đảo Trường Sa (Hải chiến Trường Sa 1988). Trong sự kiện này, ba tàu frigate của Hải quân Trung Quốc là 502 Nam Sung, 556 Tương Đàm và 531 Ưng Đàm đã đánh đắm ba tàu vận tải của Hải quân Việt Nam là HQ-505, HQ-604 và HQ-605, đồng thời làm chết 64 binh sĩ Việt Nam.Tháng 5 năm 1992, Tổng công ty Dầu khí Hải dương Trung Quốc (CNOOC) và Crestone Energy (một công ty Mỹ có trụ sở ở Denver, tiểu bang Colorado) đã ký một hợp đồng hợp tác để cùng thăm dò một khu vực rộng 7.347 hải lý vuông (gần 25.200 km²) mà họ gọi là Vạn An Bắc-21 (nằm giữa bãi ngầm Tư Chính và bãi ngầm Phúc Tần; cách bờ biển Việt Nam 160 hải lí), nơi Trung Quốc xem là một phần của quần đảo Nam Sa trong khi Việt Nam xem là một phần của vùng đặc quyền kinh tế - thềm lục địa và không liên quan đến quần đảo Trường Sa. Tháng 9 năm 1992, Việt Nam cáo buộc Trung Quốc đã bắt giữ hai mươi tàu chở hàng từ Việt Nam đến Hồng Kông từ tháng 6 năm 1992 nhưng không thả hết số tàu này. Tháng 4 và tháng 5 năm 1994, Việt Nam phản đối công ty Crestone thăm dò địa chất ở bãi Tư Chính, tái khẳng định bãi này hoàn toàn nằm trong vùng đặc quyền kinh tế - thềm lục địa của Việt Nam và không có tranh chấp gì ở đây.Ngày 10 tháng 4 năm 2007, trước câu hỏi của phóng viên về phản ứng của Trung Quốc trước việc chính phủ Việt Nam phân lô dầu khí, gọi thầu, hợp tác với hãng BP của Anh để xây dựng đường ống dẫn khí thiên nhiên (ở khu vực mà Trung Quốc quan niệm thuộc Nam Sa và Việt Nam quan niệm thuộc vùng đặc quyền kinh tế - thềm lục địa) đồng thời tổ chức bầu cử Quốc hội Việt Nam [khóa XII] tại quần đảo Trường Sa, người phát ngôn Bộ Ngoại giao Trung Quốc Tần Cương trả lời rằng "Việt Nam đưa ra hàng loạt hành động mới xâm phạm chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán của Trung Quốc ở Nam Sa, đi ngược lại với đồng thuận mà lãnh đạo hai bên Trung-Việt đã đạt được về vấn đề trên biển", và "Trung Quốc đã biểu thị mối lo ngại sâu sắc và giao thiệp nghiêm khắc với Việt Nam"  ngay trong thời gian Chủ tịch Quốc hội Việt Nam Nguyễn Phú Trọng đang thăm chính thức nước này. Ngày 9 tháng 7 năm 2007, tàu hải quân Trung Quốc đã nã súng vào một số thuyền đánh cá của ngư dân Việt Nam trong vùng biển gần Trường Sa, làm chìm một thuyền đánh cá của Việt Nam, khiến ít nhất một ngư dân thiệt mạng và một số người khác bị thương. Sau đó, Thứ trưởng Ngoại giao Việt Nam Vũ Dũng đã đến Bắc Kinh từ ngày 21 đến 23 tháng 7 để bàn về các vấn đề biên giới, đặc biệt là trên biển.
Tháng 3 năm 1988, Việt Nam và Trung Quốc đụng độ vũ trang trên biển về quyền kiểm soát đá Gạc Ma, đá Cô Lin và đá Len Đao thuộc quần đảo Trường Sa (Hải chiến Trường Sa 1988). Tháng 9 năm 1992, Việt Nam cáo buộc Trung Quốc đã bắt giữ hai mươi tàu chở hàng từ Việt Nam đến Hồng Kông từ tháng 6 năm 1992 nhưng không thả hết số tàu này.