Tại Hội An, bên cạnh tục thờ cúng gia tiên, những người dân còn có tục thờ Ngũ tự gia đường. Theo quan niệm ở đây, nước có vua nhà có chủ, thần chủ nhà chính là Ngũ tự gia đường. Phần đông ý kiến cho rằng Ngũ tự gia đường là năm vị thần trong coi cai quản và sắp đặt vận mệnh cho một gia đình, gồm thần Bếp, thần Giếng, thần Cổng, Tiên sư bổn mạng và Cửu thiên huyền. Với một số ít người Hoa, Ngũ tự gia đường gồm năm vị thần Táo quân, Môn thần, Hộ thần, Tỉnh thần và Trung Lưu thần. Khám thờ Ngũ tự gia đường được đặt trang trọng ngay giữa nhà, trên bàn thờ gia tiên. Thực tế, trong các ngôi nhà ở Hội An, ngoài khám thờ chung, mỗi vị thần trong Ngũ tự gia đường lại có nơi thắp hương riêng, như thần Táo được thờ ở bếp, thần Cổng được thắp nhang nơi cổng, thần Giếng có ban thờ gần giếng... Đặc biệt, trong các gia đình người Hoa, thay vì thờ Táo Quân trong bếp, họ lại đặt khám thờ Táo Quân ở không gian sân trời, bên cạnh khám thờ thần Thiên quan tứ phước. Về tôn giáo, có thể thấy ở Hội An tồn tại nhiều tôn giáo khác nhau như Phật giáo, Công giáo Rôma, Tin Lành, Cao Đài... nhưng Phật giáo vẫn chiếm đa số nhất. Nhiều gia đình ở Hội An không theo Phật giáo những vẫn thờ Phật và ăn chay. Những vị phật được thờ chủ yếu là Phật Bà Quan Âm và Thích Ca Mâu Ni, một số gia đình còn thờ Tam thế phật, gồm Thích Ca Mâu Ni và hai vị Quân Âm Bồ Tát, Thế Chí Bồ Tát. Trong mỗi nhà, khám thờ Phật được đặt nơi trang nghiêm, thanh tịnh, thường cao hơn ban thờ gia tiên một bậc. Thậm chí có những gia đình dành riêng một gian rộng để thờ Phật và làm nơi tụng niệm.Một điểm khác biệt nữa trong tín ngưỡng ở Hội An là tục thờ Quan Công, tuy ít gặp ở nông thôn nhưng đặc biệt phổ biến ở thành thị. Tuy hệ thống thần thánh được tôn thờ ở Hội An rất đa dạng và phong phú, nhưng Quan Công lại được xem như vị thánh linh thiêng nhất. Miếu thờ Quan Công được xây dựng ngay trong trung tâm khu phố cổ, trở thành một trung tâm tín ngưỡng thiêng liêng, quanh năm hương khói nghi ngút. Trong các gia đình, từ xa xưa người Hội An đã có quan niệm thờ Quan Công như thờ một vị thần hộ mạng, bảo hộ cho sự bình an của gia đình. Trên khám thờ Quan Công thường được đặt bộ tượng hoặc tranh Quan Công, Quan Bình cùng Châu Thương. Trong các di tích của người Hoa, đặc biệt là các hội quán, những vị thần thánh được thờ tùy thuộc vào tín ngưỡng riêng của cộng đồng. Tại Hội quán Phước Kiến, những người Hoa thờ Thiên Hậu Thánh mẫu, vị thần có nguồn gốc Phước Kiến, cùng Lục tánh vương gia, sáu vị trung thần của nhà Minh. Những người Hải Nam lập Hội quán Quỳnh Phủ thờ 108 vị Chiêu Ứng. Họ là 108 người dân Hải Nam đi buôn bán trên biển, không may bị nạn, sau được triều Nguyễn sắc phong làm Chiêu Ứng Công và ban thờ cúng. Người Triều Châu có Hội quán Triều Châu thờ vị thần chém sóng cứu nạn thuyền buôn trên biển Phục Ba Tướng quân. Ở Hội An còn có những hình thức tín ngưỡng khác như thờ bà cô, ông mãnh, vô danh vô vị, thờ đá bùa, đá thạch cảm đương.
Tại Hội An, bên cạnh tục thờ cúng gia tiên, những người dân còn có tục thờ Ngũ tự gia đường. Thực tế, trong các ngôi nhà ở Hội An, ngoài khám thờ chung, mỗi vị thần trong Ngũ tự gia đường lại có nơi thắp hương riêng, như thần Táo được thờ ở bếp, thần Cổng được thắp nhang nơi cổng, thần Giếng có ban thờ gần giếng... Đặc biệt, trong các gia đình người Hoa, thay vì thờ Táo Quân trong bếp, họ lại đặt khám thờ Táo Quân ở không gian sân trời, bên cạnh khám thờ thần Thiên quan tứ phước.