"Việc hình án phức tạp khó khăn, có ba điều vất vả: Một là suốt ngày cặm cụi vất vả, khổ sở. Hai là xử án không đúng, chịu tội làm sai. Ba là án tụng chất đống, khó lòng xét xử tường tận. Có ba điều vất vả ấy dẫu người không bệnh cũng đến phát ốm, huống chi là có bệnh".Mặt khác Thánh Tông cũng tỏ ra rộng rãi trong việc cho phép các quan bị xử phạt, giáng chức hay cách chức có cơ hội lần hai để chuộc lại lỗi lầm. Cuối năm 1468, viên nội thần Nguyễn Thư bị cáo buộc tham ô, Thánh Tông cho rằng tội đáng phải xử tử nhưng ông vẫn tha để cho cơ hội sửa mình. Sự quản lý nghiêm ngặt từ hoàng đế đã khiến bá quan phải cẩn thận với hành vi của mình. Trong sách Việt Nam sử lược, sử gia Trần Trọng Kim viết: "Ngài [Lê Thánh Tông] lại lập ra quan chế và lễ-nghi. Các quan văn võ có phần ruộng đất, lại được tiền tuế bổng. Nhưng ai mà làm điều gì nhũng-lạm thì đều phải nghiêm trị". Bên cạnh đó, sử gia Tạ Chí Đại Trường ghi nhận rằng Lê Thánh Tông đã không thể diệt trừ triệt để tệ tham ô. Quy chế "đặt quan đều là lương ít trật thấp" theo Hoàng triều quan chế do chính ông ban bố đã khiến cho quan viên rất nghèo, nhận lương không đủ cho sinh hoạt; quan thanh liêm như Nguyễn Trực, làm việc tại Viện Hàn lâm thời Thánh Tông, đến lúc mất chỉ có vài sào ruộng của vợ. Điều này khiến cho các quan phải xoay xở để trục lợi, tệ tham ô vẫn cứ tồn tại và phát tác mạnh hơn trong các triều vua sau.Lê Thánh Tông cũng rất quan tâm cất nhắc người giỏi, giáng chức người bất tài, tham ô. Bên cạnh các khoa thi 3 năm 1 lần, ông áp dụng chế độ tiến cử và bảo cử để chiêu mộ quan viên tài đức. Tiến cử là nhiệm vụ bắt buộc của mọi viên quan từ tam phẩm trở lên; họ phải tìm người tài trong dân gian và giới thiệu cho vua. Bảo cử là lựa những quan lại có tài đức và kinh nghiệm để cho làm các chức vụ quan trọng trong triều đình hoặc địa phương. Thánh Tông đã nhiều lần dụ các bộ triều đình, 3 ty Đô, Thừa, Hiến các xứ rằng "người nào liêm khiết sẽ được xét các quan lại trong bộ thuộc của mình, người nào liêm khiết hay tham ô, chuyên cần hay lười biếng, cùng các quan Nho học dạy dỗ nhân tài, hằng năm có người được sung cống sĩ hay không, nhiều hay ít, đều ghi tên tâu lên để định việc thăng hay giáng", hay "các quan cai quản quân dân trong kinh ngoài trấn, trong đó có người liêm khiết, cũng có kẻ tham nhũng, nếu không phân biệt nêu lên thì khuyên răn thế nào được? Trong thi Đô đốc năm phủ, ngoài thì đường quan ba ty Đô, Thừa, Hiến, các quan hãy công bằng mà bảo cử các quan vệ, phủ, huyện, châu trong ngoài, người nào liêm khiết, người nào tham nhũng đều phải khai rõ sự thực, hẹn trong 3 tháng kể từ ngày sắc chỉ đưa tới, làm bản tâu lên, giao cho Ngự sử đài xét lại mà thi hành khu xử để tỏ rõ cách khuyên răn và để nới sức cho quân dân". Khi được các đại thần giới thiệu người có thể bổ dụng, nhà vua đích thân xem xét, chắt lọc cẩn thận rồi mới chọn ra người xứng đáng trong số các ứng cử viên. Ông còn dụ các quan ở Lục bộ, Lục khoa và Ngự sử đài nếu giới thiệu đúng người thì sẽ được thưởng, còn mà sai người thì bị phạt tiền. Đại Việt Sử ký Toàn thư kể lại tháng 12 âm lịch năm 1467, Lễ bộ Tả Thị lang Lương Như Hộc giới thiệu Trần Quý Huyên. Lê Thánh Tông chê Trần Quý Huyên không đủ tài, bắt Lương Như Hộc giam vào ngục và thu hồi văn bằng của Quý Huyên. Ngoài ra, Thánh Tông yêu cầu quan viên tại chức phải giữ chức vụ của mình đủ lâu để nhà vua có thể đánh giá phẩm hạnh của họ, rồi mới được thuyên chuyển sang chức khác. Triều đình cứ 3 năm phải xét duyệt quan lại 1 lần, những viên chức được giao việc xét duyệt mà không hoàn thành đúng kỳ hạn đều bị phạt tiền. Đối với các quan trấn nhậm ở vùng núi xa xôi, nhà vua cho phép họ được về đồng bằng nhận chức mới sau 6 năm nếu họ làm tốt công việc. Nếu làm không tốt thì phải ở lại. Tuy nhiên, quan lại coi giữ những vùng biên giới nhạy cảm thường phải đổi việc chỉ sau một thời gian ngắn để tránh họ ở lâu quên mất cảnh giác.
"Việc hình án phức tạp khó khăn, có ba điều vất vả: Một là suốt ngày cặm cụi vất vả, khổ sở. Trong sách Việt Nam sử lược, sử gia Trần Trọng Kim viết: "Ngài [Lê Thánh Tông] lại lập ra quan chế và lễ-nghi.