Mặc dù các yếu tố tôn giáo không nổi bật, báo cáo năm 1999 của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền đã quy lỗi cho một số nhà chức trách tôn giáo ở Rwanda, bao gồm cả Công giáo , Anh giáo và các giáo phái Tin lành khác, vì đã không lên án tội ác diệt chủng. Một số chức sắc của Giáo hội Công giáo đã bị Tòa án Hình sự Quốc tế Rwanda xét xử và kết án vì tham gia vào cuộc diệt chủng. Giám mục Misago bị buộc tội tham nhũng và đồng lõa trong cuộc diệt chủng, nhưng ông đã được xóa bỏ mọi cáo buộc vào năm 2000. Tuy nhiên, cũng có nhiều giáo sĩ của Công giáo và các giáo phái khác đã hy sinh mạng sống của mình để bảo vệ Tutsis khỏi bị tàn sát. Khoảng 200 linh mục và nữ tu - Tutsi và Hutu - nằm trong số những người bị tàn sát. Nhưng các linh mục và nữ tu khác đã đồng lõa, hoặc thậm chí tham gia vào cuộc bạo động. Hàng ngàn người đã bị giết hại trong các nhà thờ, nơi họ tìm nơi ẩn náu. Ước tính có khoảng 5.000 người đã thiệt mạng tại nhà thờ Công giáo Ntarama vào ngày 15 tháng 8 năm 1994: địa điểm này hiện là một trong sáu đài tưởng niệm lớn ở Rwanda.Một linh mục, Cha Athanase Seromba, đã ra lệnh san ủi nhà thờ của mình với 2.000 người Tutsi trú ẩn bên trong. Một người khác, Cha Wenceslas Munyeshyaka, đã giúp lập danh sách những người bị giết và hãm hiếp phụ nữ trẻ, theo cáo buộc của tòa án hình sự quốc tế của LHQ đối với Rwanda năm 2005.Một báo cáo về vụ diệt chủng do Tổ chức Thống nhất châu Phi ủy quyền cho biết các nhà thờ ở Rwanda đã  "hỗ trợ đáng kể" cho chế độ Hutu trong vụ giết người, và rằng các nhà lãnh đạo nhà thờ đã đóng một "vai trò tai tiếng rõ ràng" trong cuộc diệt chủng do không thực hiện một lập trường đạo đức chống lại nó. Sau cuộc diệt chủng, một mạng lưới Công giáo đã giúp các linh mục và nữ tu đã đồng lõa với bạo lực đến được châu Âu và trốn tránh công lý. Linh mục Munyeshyaka được phụ trách một nhà thờ Công giáo ở Gisors, miền bắc nước Pháp, trong khi Seromba đổi tên và trở thành linh mục quản xứ ở Florence. Carla del Ponte, công tố viên trưởng của tòa án quốc tế, sau đó đã cáo buộc Vatican cản trở việc dẫn độ Seromba ra tòa.Ngày Chủ nhật 20 tháng 11 năm 2016, Giáo hội Công giáo Rwanda đã chính thức xin lỗi về tội ác diệt chủng của họ ngay trên đất nước này vào năm 1994.. Lời xin lỗi có một số đoạn như sau:
Mặc dù các yếu tố tôn giáo không nổi bật, báo cáo năm 1999 của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền đã quy lỗi cho một số nhà chức trách tôn giáo ở Rwanda, bao gồm cả Công giáo , Anh giáo và các giáo phái Tin lành khác, vì đã không lên án tội ác diệt chủng. Nhưng các linh mục và nữ tu khác đã đồng lõa, hoặc thậm chí tham gia vào cuộc bạo động.