Chiến thắng của Alexandros bên bờ sông Granicus đã mang lại kết quả quan trọng: Cho tới trận Issus thì trong các thành phố chỉ còn ít quân đồn trú chống lại sự tiến công của quân Macedonia. Sardis, thủ phủ của Phrygia, dâng thành đầu hàng mà không hề phản kháng trong khi Parmenion công chiếm Dascylion. Thành phố Ephesos là nơi mà Memnon đã trú nạn sau trận đánh đang vướng phải những lục đục nội bộ. Kết quả là phái dân chủ ủng hộ Alexandros đã giành chiến thắng và đã mở cửa thành đầu hàng ông. Ông cuối cùng đã có thể thu thập lòng dân trong thành bằng cách giao phó cho đền thờ thần Artemis khoản tiền mà thành phố phải cống nạp cho Darius III cho đến tận thời điểm đó và ông đã cho phép những người bị lưu đày được hồi hương.Những kẻ thù của Alexandros đã chạy đến trú nạn tại Milet. Trong số những người này có Memnon là người mới rời khỏi Ephesos, đã nhanh chóng chiếm quyền chỉ huy sau khi phát hiện Hegistrand, chủ tướng lính đánh thuê Hy Lạp dưới trướng Darius III, có dấu hiệu phản bội. Tuy nhiên, Milet đã bị công chiếm vào tháng 7 năm 334 TCN sau khi Alexandros chiếm được mũi Mycale, ngăn chặn hạm đội Ba Tư có thể đổ bộ cứu viện. Memnon một lần nữa lại chạy thoát, ông ta chạy đến Halikarnassos xin vua Pixodaros tiếp nhận, một người có anh trai là Mausolus là người đứng về phía Ba Tư. Thành phố ngay lập tức trở thành trung tâm kháng chiến của Ba Tư. Memnon nhận được sự hậu thuẫn từ tổng trấn Orontabes và một người Thebes tên là Ephialtes, người đã thề không đội trời chung với Alexandros và nhất định phải giết được nhà vua Macedonia trả thù cho những điều mà ông đã gây ra với thành phố Thebes. Nội bộ thành phố xảy ra lục đục khi trong thành có những thành phần ủng hộ Ada, chị gái của Pixodaros và đã bị chính Pixodaros cướp ngôi trước đó. Mùa thu năm 334, Alexandros lập Ada làm tổng trấn Caria đối lập với Pixodaros. Bà đã nhận Alexandros làm nghĩa tử và chỉ định ông làm người thừa kế của mình. Tuy vậy, Halikarnassos vẫn chưa thất thủ và Alexandros buộc phải tấn công một thành phố có tới tận hai vòng thành, trong đó có một vòng thành tọa lạc trên một hòn đảo. Cuối cùng Alexandros chỉ có thể phá được phần thành ngoài của Halikarnassos, vệ thành của nó vẫn được trấn giữ bởi những binh lính đánh thuê Hy Lạp còn lại. Tuy nhiên, ông đã quyết định tiếp tục lên đường khởi hành và giao cho Ptolemaios 3000 bộ binh và 200 kỵ binh để tiếp tục bao vây.Sau trận chiến tại Milet, Alexandros đã cho giải tán hạm đội của mình vốn chủ yếu chỉ bao gồm những lính đánh thuê Hy Lạp. Các sử gia từ lâu đã coi quyết định này là một chiến lược sai lầm, thậm chí đây là một dấu hiệu cho thấy Alexandros không tin tưởng những đồng minh Hy Lạp của mình, tuy nhiên nguyên nhân chính của quyết định này có lẽ là nằm ở vấn đề tài chính. Đây thực sự sẽ là một biện pháp tiết kiệm để tránh chi phí bảo trì của một đội tàu vốn vào thời điểm này là không cần thiết cho cuộc chinh phục. Cũng cần phải chờ đợi việc chiếm giữ ngân khố của Sardis, điều sẽ trở thành một trong những yếu tố thành công của ông trong tương lai.
Chiến thắng của Alexandros bên bờ sông Granicus đã mang lại kết quả quan trọng: Cho tới trận Issus thì trong các thành phố chỉ còn ít quân đồn trú chống lại sự tiến công của quân Macedonia. Mùa thu năm 334, Alexandros lập Ada làm tổng trấn Caria đối lập với Pixodaros.