Ngày 18 tháng 6 âm lịch năm Canh Thìn (1460), Lê Tư Thành lên ngôi Hoàng đế tại điện Tường Quang, cải niên hiệu Quang Thuận, xưng hiệu Thiên Nam Động chủ, Đạo Am chủ nhân, Tao Đàn nguyên súy, dùng tên Lê Hạo trong văn bản ngoại giao với nhà Minh. Vừa lên ngôi, ông đại xá thiên hạ, xử tử tướng cai quản cấm binh Lê Đắc Ninh vì tiếp tay cho Nghi Dân tạo phản, truy phong Nội quan Đào Biểu (tử tiết cùng Nhân Tông trong đêm đảo chính) tước một tư và ban 5 mẫu ruộng công để cúng tế. Sau đó ông phát tang cho Lê Nhân Tông, rước bài vị vào Thái miếu, thụy hiệu là Tuyên Hoàng đế, Thái hậu Nguyễn Thị Anh được đặt thụy Tuyên Từ Hoàng thái hậu. Theo Đại Việt Sử ký Toàn thư, trước đó trời đã lâu không mưa, nhưng ngay sau khi rước bài vị Nhân Tông vào Thái miếu, đêm hôm sau liền có mưa lớn.Tháng 7 âm lịch năm Canh Thìn (1460), Lê Thánh Tông muốn đảm bảo an ninh nội cung, đề phòng tái diễn vụ ám sát Nhân Tông, ban lệnh cho quan lại Nội mật viện cùng các cung nhân: "Từ nay về sau, nếu thấy chiếu chỉ và các việc cung thì không được lén lút tiết lộ cho người ngoài và con thân thích".Ngày 1/10 âm lịch, Thánh Tông ban tước cho các đại thần tham gia lật đổ Lê Nghi Dân: Nguyễn Xí tước Quỳ quận công, Đinh Liệt tước Lân quận công, Lê Niệm tước Thái phó, Lê Thọ Vực tước Tả Đô đốc tham nghị triều chính chưởng Điện tiền ty; Nguyễn Lỗi tước Đại Đô đốc Chưởng Hình bộ, Lê Khang tước Văn Chấn hầu. Ngày 11/10 ban ruộng đất: Nguyễn Xí và Đinh Liệt nhận 350 mẫu, Lê Lăng nhận 300 mẫu, Lê Niệm nhận 200 mẫu, Lê Nhân Thuận nhận 150 mẫu, Nguyễn Sư Hồi, Lê Nhân Khoái, Lê Thọ Vực và Nguyễn Kế Sài nhận 130 mẫu. Đại Việt Sử ký Toàn thư có lời bàn về những việc làm của Thánh Tông sau khi lên ngôi:
Ngày 18 tháng 6 âm lịch năm Canh Thìn (1460), Lê Tư Thành lên ngôi Hoàng đế tại điện Tường Quang, cải niên hiệu Quang Thuận, xưng hiệu Thiên Nam Động chủ, Đạo Am chủ nhân, Tao Đàn nguyên súy, dùng tên Lê Hạo trong văn bản ngoại giao với nhà Minh. Ngày 11/10 ban ruộng đất: Nguyễn Xí và Đinh Liệt nhận 350 mẫu, Lê Lăng nhận 300 mẫu, Lê Niệm nhận 200 mẫu, Lê Nhân Thuận nhận 150 mẫu, Nguyễn Sư Hồi, Lê Nhân Khoái, Lê Thọ Vực và Nguyễn Kế Sài nhận 130 mẫu.