Sau khi rời khỏi Gordion, đích đến đầu tiên của Alexandros là Ancyra. Các xứ Paphlagonia, Cappadocia đều lần lượt xin hàng, một điều mang tính hình thức vì Alexandros thậm chí không có thời gian để chinh phục họ. Quân đội Macedonia sau đó đã hướng về phía nam và thâm nhập Cilicia qua một ngọn đèo có tên là cổng Cilicia, được canh giữ bởi tổng trấn Arsames. Sau khi rời khỏi thành Soles, ông đã phải trú lại ở Tarsus do bị ốm suốt mấy tuần liền – nhiều khả năng do cảm hàn sau khi tắm ở sông Cydnos. Trong khoảng thời gian Alexandros ốm nặng, phó tư lệnh quân đội Macedonia là Parmenion đã chiếm quyền kiểm soát các con đèo trọng yếu trên tuyến đường dẫn tới vùng đồng bằng Issus (đèo Karanluk-Kapu) và những cửa ải kiểm soát tuyến đường đến Syria (đèo Merkes và đèo Bailan). Sau khi bình phục, Alexandros đã bình định được các bộ lạc dân tộc thiểu số vùng cao ở Cilicia và chiếm được Soles. Ông đã phục hồi nền dân chủ tại thành phố này sau khi thiết lập một đơn vị đồn trú ở đây và đòi một khoản bồi thường 200 talăng từ thành phố này. Ông cũng nhận được tin rằng ở hậu phương, Ptolemaios đã khuất phục được xứ Caria sau khi phá được thành Halikarnassos và tiêu diệt được tổng trấn Orontobates cùng lúc với tin vui từ Myndos và chiến thắng tại Cos. Tuy nhiên chỉ ít lâu sau, tổng trấn Pharnabazus thống lĩnh hạm đội Ba Tư phá được đảo Tenedos và thành Sigeion tại khu vực eo biển Hellespont cũng như đạt được thỏa thuận với vua Sparta là Agis III. Pharnabazus muốn kích động lòng phẫn nộ của dân chúng Hy Lạp và hỗ trợ họ tiền tài và tàu thuyền. Tình hình do đó trở nên căng thẳng, đặc biệt khi mà sự xuất hiện của Darius III trở nên rõ ràng hơn.
Sau khi rời khỏi Gordion, đích đến đầu tiên của Alexandros là Ancyra. Pharnabazus muốn kích động lòng phẫn nộ của dân chúng Hy Lạp và hỗ trợ họ tiền tài và tàu thuyền.