Dù được con người quan tâm bảo tồn nhưng diện tích cư trú của tê giác vẫn bị xâm lấn 15% vào năm 1990 và con số tê giác còn sống đã giảm xuống chỉ còn 5-8 con vào năm 1999. Theo đánh giá năm 2000, có khoảng 6 nghìn người sống bên rìa khu vực vườn quốc gia, ở các vùng bãi bồi triền sông, môi trường sống ưa thích của tê giác, bắt đầu xâm lấn để trồng lúa, cộng thêm với lực lượng kiểm lâm bảo vệ ít ỏi (dưới 20 người), nên người ta cho rằng tê giác Việt Nam chỉ có thể tồn tại trong vòng từ 3-5 năm nữa. Sau đó cơ quan bảo tồn ước tính chỉ còn 3-8 con tê giác, và có thể không có con đực nào sống sót. Loài tê giác đang đứng trước nguy cơ tuyệt chủng. Những nhà bảo tồn tranh luận về cơ hội sống sót của loài tê giác nơi đây; một số người cho rằng nên đem tê giác từ Indonesia sang để duy trì quần thể; những ý kiến khác cho rằng quần thể có khả năng tự phục hồi.Ngày 29 tháng 4 năm 2010, người ta phát hiện một con tê giác đã bị kẻ săn trộm bắn chết tại vườn quốc gia Cát Tiên. Đây được xem là một tin buồn cho ngành bảo tồn học Việt Nam. Quỹ WWF muốn chính phủ Việt Nam điều tra khẩn cấp để tìm ra thủ phạm. Đến tháng 10 năm 2011, Quỹ Quốc tế Bảo vệ Thiên nhiên cho biết con tê giác đó là con tê giác cuối cùng tại Việt Nam, và hiện tại loài tê giác Java đã tuyệt chủng tại Việt Nam. Quỹ Bảo tồn Tê giác Quốc tế IRF (International Rhino Foundation) cũng đã khẳng định tin này.
Dù được con người quan tâm bảo tồn nhưng diện tích cư trú của tê giác vẫn bị xâm lấn 15% vào năm 1990 và con số tê giác còn sống đã giảm xuống chỉ còn 5-8 con vào năm 1999. Sau đó cơ quan bảo tồn ước tính chỉ còn 3-8 con tê giác, và có thể không có con đực nào sống sót.