Trung Kỳ Trung Cổ là một thời đại của những phong trào tôn giáo vĩ đại. Bên cạnh những cuộc thập tự chinh và cải cách tu viện, con người tìm cách tham gia vào những dạng thức mới của đời sống tôn giáo. Nhiều dòng tu được thành lập, trong đó có các dòng Citeaux và Chartreux. Dòng Citeaux mở rộng đặc biệt nhanh chóng từ miền Bourgogne trong những năm đầu tiên dưới sự dẫn dắt của thánh Bernard (mất năm 1153). Những dòng tu mới này được thành lập để đáp lại tình cảm của dân chúng rằng tu viện dòng Benedict không còn đáp ứng được nhu cầu của giáo dân, những người cùng với những ước mong bước vào đời sống tôn giáo đều muốn một sự trở lại của đời sống ẩn tu đơn giản hơn của thời Ki-tô sơ khai, hoặc sống một cuộc đời sứ đồ. Các cuộc hành hương tôn giáo cũng được khuyến khích. Những vị trí hành hương cũ như Rôma, Jerusalem, và Compostela thu hút một lượng khách lớn, và các địa điểm mới như Monte Gargano và Bari cũng trở nên nổi bật.Trong thế kỉ 13 các dòng tu hành khất-dòng Francis và dòng Dominic- những người tuyên khấn sống đời nghèo khó và kiếm sống bằng cách hành khất, được giáo hoàng chuẩn thuận. Các nhóm tôn giáo như phái Vaudès (Waldo) hay Humiliati cũng cố gắng trở lại đời sống Ki-tô sơ khai trong thế kỉ 12 và đầu thế kỉ 13, nhưng họ bị giáo hoàng kết tội dị giáo. Những người khác gia nhập giáo phái Cathar, một phong trào tôn giáo khác bị quy kết là "Giáo hội của Satan". Năm 1209, một cuộc thập tự chinh được kêu gọi chống những người theo phái này, tức Thập tự chinh Cathar, kết hợp với tòa án dị giáo để dập tắt phong trào.
Trung Kỳ Trung Cổ là một thời đại của những phong trào tôn giáo vĩ đại. Các cuộc hành hương tôn giáo cũng được khuyến khích.