Các nhà làm phim bắt đầu công tác tiền trạm địa điểm vào khoảng tháng 4 năm 2016; quá trình quay phim chính của phim khởi động vào ngày 19 tháng 7 cùng năm và kéo dài bốn tháng cho tới ngày 22 tháng 11. London là địa điểm đầu tiên được khảo sát, tuy nhiên các nhà làm phim không thể tìm ra phim trường nào phù hợp với nhu cầu của công tác sản xuất tại đây. Cũng vì điều này, Deakins và Villeneuve đã đáp chuyến bay tới Hungary để thực hiện công tác tiền trạm, một phần khác cũng vì đây là quốc gia mà Scott đã quen thuộc với hệ thống cơ sở hạ tầng. Cả hai ngoài ra cũng tới Slovakia để tìm kiếm thêm các ý tưởng về phong cách kiến trúc. Đội ngũ sản xuất của Tội phạm nhân bản 2049 hầu hết là những nhà làm phim người Hungary; cũng có một số nhân sự tới từ Mỹ, nhưng họ chủ yếu đảm nhiệm công việc giám sát. Cảnh chen của Wright và Hoeks là một trong những cảnh quay đầu tiên được thực hiện tại phim trường. Quá trình ghi hình diễn ra chủ yếu tại tổ hợp phim trường Korda Studios và khu vực phía sau phim trường Origo Studios ở vùng ngoại ô Budapest. Cũng tại đây, việc ghi hình được miễn giảm thuế 25% nhờ nguồn hỗ trợ từ ngân sách nhà nước của chính phủ Hungary.Liên danh giữa Alcon–Sony đã phân bổ 180 triệu USD cho kinh phí làm phim, trong đó mỗi bên cung cấp 90 triệu USD. Các cảnh nội ở tòa nhà Sở Giao dịch Chứng khoán Budapest tại Quảng trường Tự do ở Budapest được sử dụng làm bối cảnh diễn tả các sòng bạc tại Las Vegas, còn các khu công nghiệp Xô viết bỏ hoang như Nhà máy điện Inota hay khu Kelenföld đều là những địa điểm quay phim quan trọng trong việc thể hiện thế giới phản địa đàng trong Tội phạm nhân bản 2049. Tòa nhà của Sở Giao dịch Chứng khoán Budapest là phim trường lớn nhất của bộ phim, với ít nhất ba tầng của tòa nhà này được trưng dụng cho việc quay phim. Các nhà làm phim đã chỉnh sửa phân cảnh Luv bắt được Deckard thành một đoạn trò chuyện đơn giản sau khi Ford thảo luận với Kosove và Johnson về việc ông không thích đoạn hội thoại này.Quá trình ghi hình phim cũng xảy ra nhiều bất cập. Các nhà làm phim thường không theo kịp tiến độ đã vạch ra, và một nhân viên hợp đồng của Origo Studios đã mất mạng trong quá trình tháo dỡ phim trường. Ngoài ra, việc Gosling phải tham gia các sự kiện họp báo quảng bá cho Những kẻ khờ mộng mơ (2016) tại Thành phố New York cũng gây nhiều khó khăn trong việc đảm bảo tiến độ ghi hình.
Các nhà làm phim bắt đầu công tác tiền trạm địa điểm vào khoảng tháng 4 năm 2016; quá trình quay phim chính của phim khởi động vào ngày 19 tháng 7 cùng năm và kéo dài bốn tháng cho tới ngày 22 tháng 11. Tòa nhà của Sở Giao dịch Chứng khoán Budapest là phim trường lớn nhất của bộ phim, với ít nhất ba tầng của tòa nhà này được trưng dụng cho việc quay phim.