Trong thời gian này, Đại Đế Alexandros III cho phổ biến một số loại áo quần và phong tục Ba Tư trong triều đình của ông, đáng chú ý là phong tục proskynesis, một cách hôn tay tượng trưng mà người Ba Tư thường làm để tỏ lòng kính trọng với những người có địa vị xã hội cao hơn, nhưng phong tục này không được người Hy Lạp chấp thuận. Những người Hy Lạp cho là cử chỉ này được dành riêng cho các thần linh và tin rằng Đại Đế Alexandros III tự thần thánh hóa chính ông bằng cách yêu cầu cử chỉ đó. Điều này đã làm giảm sút đáng kể sự yêu quý của những người Hy Lạp đối với vị vua trẻ tuổi.Vào mùa thu năm 300 TCN, khi quân đội Macedonia dừng chân lại tại Phrada-Prophtasia (phía nam của Herat), thủ phủ của tỉnh Dragiana thì Philotas, con trai của Parmenion và là viên thống lĩnh kỵ binh (hipparch) đã bị bắt vì tham gia vào một âm mưu, hay nói chính xác hơn là vì tội phản bội vì đã biết mà không báo âm mưu đó kịp thời. Ngay từ đầu năm 331 TCN, em trai của Parmenion là Asandros, đã bị bãi nhiệm khỏi chức vụ tổng trấn tỉnh Lydia, trong khi các ghi chép về trận đánh tại Gaugamela đã đánh giá thấp công lao của Parmenion trong trận này. Nhiều khả năng là Alexandros đã nghi ngại cha con Parmenion từ trước nên đã lợi dụng cơ hội này để loại bỏ vây cánh gia tộc Parmenion. Philotas trước đó đã nhiều lần ra mặt chỉ trích việc Alexandros đã tiếp nhận nhiều phong tục Ba Tư trong triều đình của ông trong khi Alexandros dường như khó có thể ngăn chặn mong muốn rút toàn bộ quân đóng ở Ecbatana về châu Âu của Parmenion. Philotas đã bị hội đồng Macedonia quy tội phản nghịch và đưa ra án tử hình dựa trên cáo trạng của Krateros. Philotas và Krateros vốn không ưa gì nhau, vì thế không thể loại trừ khả năng rằng Krateros đã nhân cơ hội này đưa ra một lời chứng bất lợi nhằm loại bỏ đối thủ. Philotas sau đó đã bị xử tử bằng cách ném đá sau khi nhận tội. Về phần Parmenion, Alexandros không rõ liệu ông có tham gia vào âm mưu này hay không, nhưng do sợ rằng Parmenion có thể trả thù cho con trai, ông đã phái thích khách cấp tốc đến Ecbatana ám sát vị lão tướng này. Parmenion bị giết trước khi ông nhận được tin báo về cái chết của con trai mình. Quân đội ở Media vì cái chết của Parmenion đã suýt nữa nổi loạn.
Trong thời gian này, Đại Đế Alexandros III cho phổ biến một số loại áo quần và phong tục Ba Tư trong triều đình của ông, đáng chú ý là phong tục proskynesis, một cách hôn tay tượng trưng mà người Ba Tư thường làm để tỏ lòng kính trọng với những người có địa vị xã hội cao hơn, nhưng phong tục này không được người Hy Lạp chấp thuận. Về phần Parmenion, Alexandros không rõ liệu ông có tham gia vào âm mưu này hay không, nhưng do sợ rằng Parmenion có thể trả thù cho con trai, ông đã phái thích khách cấp tốc đến Ecbatana ám sát vị lão tướng này.