Một chủ đề trọng tâm của Kẻ hủy diệt 2: Ngày phán xét là mối quan hệ giữa John Connor và T-800, vốn đóng vai trò thay thế cho người cha (Kyle Reese) mà anh chưa bao giờ được gặp. Cameron nói: "Chắc chắn là sẽ có những cảnh hành động hoành tráng, nhưng trái tim của bộ phim vẫn nằm ở mối quan hệ đó", đồng thời so sánh nó với hình ảnh nhân vật Tin Man nhận được trái tim trong The Wizard of Oz. Giống như bộ phim trước đó của Cameron là Aliens, Kẻ hủy diệt 2 tập trung vào lòng trắc ẩn và hình ảnh đấng sinh thành, miêu tả T-800 như một người bảo hộ không biết mệt mỏi và là người cha đối với John, trái ngược với T-1000 không kém phần tàn nhẫn. T-800 được thiết kế để bắt chước con người nhằm mục đích xâm nhập, nhưng khi ông phát triển và tiến hóa, cảm xúc dần trở nên thật sự và học được từ John cách cảm nhận nỗi đau. T-800 đã chọn hy sinh tính mạng của mình để bảo đảm sự sống còn của người khác. Năm 1991, nhà văn tiểu luận Robert Bly đã viết rằng những người đàn ông lớn tuổi không cung cấp những hình mẫu thích hợp cho những người trẻ tuổi, và trong Kẻ hủy diệt 2, Sarah đã chỉ trích nhiều người đàn ông trong quá khứ của bà đã không thể làm cha của John, ngoại trừ T-800. Sau khi hoàn tất vai trò của mình, T-800 rời bỏ John vì lợi ích của anh sau khi nói rằng mình thiếu đi những cảm xúc mà John cần dựa dẫm vào.Trong khi John dạy T-800 về con người, thì người mẹ ruột Sarah lại trở nên kém nhân tính hơn do kiến thức của bà về tương lai. Cameron từng nói: "Cô ấy là một nhân vật đau khổ—một nhân vật bi thảm ... cô ấy tin rằng mọi người mà cô gặp, nói chuyện hay tương tác đều sẽ sớm qua đời". Chủ đề về con người giống như máy móc này liên hệ với quyết định của Cameron và Wisher trong việc miêu tả T-1000 là một sĩ quan cảnh sát, bởi vì họ cho rằng về mặt chủ đề, điều này đại diện cho con người vốn dĩ phải có lòng cảm thông với người khác nhưng đang ngày càng trở nên giống máy móc và xa rời cảm xúc cá nhân. Đội đặc nhiệm SWAT tại Cyberdyne đã nổ súng bắn Dyson, một người Mỹ gốc Phi, mà không hề cảnh báo. Cinephilia mô tả Dyson là nhân vật có tính cách nhân văn nhất trong phim, một người đàn ông thông minh, lạc quan, yêu gia đình, đại diện cho các cuộc đối đầu thực tế giữa lực lượng cảnh sát và người da màu, trái ngược với cách họ đối xử với T-800, một người da trắng, khi họ đã cảnh báo ông trước khi nổ súng.Sau khi thoát khỏi bệnh viện, Sarah có vẻ như đang ôm chầm lấy John nhưng thực chất là đang kiểm tra xem anh có bị thương tích gì không, hy sinh tình cảm ruột thịt để ưu tiên sự sống còn của anh và chuẩn bị cho số phận của anh với tư cách là một nhà lãnh đạo tương lai. T-800 được miêu tả là một phụ huynh tốt hơn Sarah, luôn dành cho John sự chú ý không chút phân tâm trong khi Sarah vẫn giữ khoảng cách và tập trung nhiều hơn vào tương lai thay vì hiện tại. Giáo sư triết học Richard T. McClelland chỉ ra rằng Sarah đã chấp nhận T-800 làm cha nuôi cho John đến mức bà tin tưởng giao lại việc trông nom John cho nhân vật này khi bà rời đi để giết Dyson. Giấc mơ của Sarah về thảm họa hạt nhân sẽ cướp đi mạng sống của sáu tỷ người, kể cả con trai của bà, đã khiến bà giết Dyson trước khi ông hoàn thành công cuộc tạo ra Skynet nhưng khi thời khắc đó đến, bà hoàn toàn không thể từ bỏ nhân tính của mình và xuống tay mà không hề nao núng với ông. Cameron mô tả đây như là một câu hỏi về giá trị của nhân loại liệu chúng ta có từ bỏ nó để giành chiến thắng trong cuộc chiến vì sự tồn vong của chính mình. So với chủ đề u ám, hư vô của phần phim đầu tiên, Kẻ hủy diệt 2 nhấn mạnh đến khái niệm ý chí tự do và giá trị cuộc sống con người. Schwarzenegger đã trích dẫn câu thoại trong phim "không có số phận nào ngoài những gì chúng ta tạo ra", nói rằng mọi người có quyền kiểm soát vận mệnh của chính mình.Kẻ hủy diệt 2 còn đề cập tới việc sử dụng bạo lực. Khi phát hành, các nhà phê bình đã chỉ trích thông điệp của Kẻ hủy diệt 2: Ngày phán xét về việc duy trì hòa bình thông qua bạo lực. Owen Gleiberman cho rằng thái độ thờ ơ trắng trợn đối với sinh mạng con người là điều gắn liền với tác phẩm, nhưng hành động gây tổn thương cho người khác thay vì giết họ của T-800 có thể khiến nạn nhân của bạo lực phải sống cả đời trong đau đớn. Cameron mô tả tác phẩm là "bộ phim phản chiến bạo lực nhất thế giới" và cho rằng đó là câu chuyện về con người đấu tranh với bản năng bạo lực trong họ. Đặc biệt, Cameron lo ngại về việc nhân vật phản diện ban đầu T-800 đã trở thành một biểu tượng văn hóa và hiện thân cho ảo tưởng về quyền lực như một thế lực chết chóc, không thể ngăn cản và đầy sức mạnh, ông đã chọn tái định nghĩa nhân vật này trong Kẻ hủy diệt 2, giữ lại ảo tưởng về quyền lực mà không cần lấy đi sinh mạng. Cinephilia cho rằng về mặt đạo đức thì không thể cứu vãn được sau khi giết người, nên vì vậy Kẻ hủy diệt 2 là câu chuyện kể về sự cứu rỗi T-800 và Sarah.
Một chủ đề trọng tâm của Kẻ hủy diệt 2: Ngày phán xét là mối quan hệ giữa John Connor và T-800, vốn đóng vai trò thay thế cho người cha (Kyle Reese) mà anh chưa bao giờ được gặp. Cameron từng nói: "Cô ấy là một nhân vật đau khổ—một nhân vật bi thảm ... cô ấy tin rằng mọi người mà cô gặp, nói chuyện hay tương tác đều sẽ sớm qua đời".