Vào ngày 13 tháng 1 năm 2019, Messi ra sân trận thứ 435 tại La Liga và ghi bàn thắng thứ 400 cũng ở giải đấu đó trong chiến thắng 3–0 trên sân nhà trước Eibar, trở thành cầu thủ đầu tiên đạt được cột mốc này ở một trong năm giải vô địch quốc gia hàng đầu châu Âu. Vào ngày 2 tháng 2, Messi ghi hai bàn trong trận hòa 2–2 trước Valencia, với bàn thắng đầu tiên đến từ chấm phạt đền, bàn thắng thứ 50 tại La Liga; như vậy, anh trở thành cầu thủ thứ ba trong lịch sử La Liga sau Cristiano Ronaldo và Hugo Sánchez thực hiện thành công 50 quả phạt đền. Cuối tháng đó, câu lạc bộ thừa nhận rằng họ đã bắt đầu chuẩn bị cho việc giải nghệ trong tương lai của Messi. Vào ngày 23 tháng 2, Messi ghi hat-trick thứ 50 trong sự nghiệp và cũng là người kiến tạo cho Suárez lập công, giúp Barcelona giành chiến thắng 4–2 trên sân khách trước Sevilla ở La Liga; bàn thắng này cũng là bàn thắng thứ 650 trong sự nghiệp của anh cho câu lạc bộ và đội tuyển quốc gia ở cấp độ chuyên nghiệp. Vào ngày 16 tháng 4, Messi ghi hai bàn trong chiến thắng 3–0 trên sân nhà trước Manchester United ở trận lượt về vòng tứ kết Champions League để giúp Barcelona giành chiến thắng chung cuộc 4–0, tiến vào bán kết giải đấu lần đầu tiên kể từ năm 2015; đây cũng là những bàn thắng đầu tiên của anh ở tứ kết Champions League kể từ năm 2013.Vào ngày 27 tháng 4, Messi vào sân từ băng ghế dự bị và ghi bàn thắng duy nhất trong chiến thắng 1–0 trên sân nhà trước Levante, giúp Barcelona giành chức vô địch giải đấu; đây là lần ra sân thứ 450 của anh tại La Liga và là chức vô địch đầu tiên của anh với tư cách đội trưởng câu lạc bộ. Vào ngày 1 tháng 5, Messi ghi hai bàn trong chiến thắng 3–0 trên sân nhà trước Liverpool ở lượt đi bán kết Champions League; bàn thắng thứ hai của anh trong trận đấu, một quả đá phạt từ cự ly 35m, là bàn thắng thứ 600 ở cấp độ câu lạc bộ trong sự nghiệp của anh, tất cả đều được ghi cho Barcelona. Trong trận lượt về sau đó sáu ngày tại Anfield, Barcelona đã nhận thất bại 4–0 trên sân khách, giúp Liverpool tiến vào chung kết với tổng tỷ số 4–3. Vào ngày 19 tháng 5, trong trận đấu cuối cùng của Barcelona tại La Liga, Messi đã ghi hai bàn trong trận hòa 2–2 trên sân khách trước Eibar (bàn thắng thứ 49 và 50 của anh trên mọi đấu trường mùa giải đó), giúp anh giành được danh hiệu Pichichi lần thứ sáu khi là Vua phá lưới giải đấu, với 36 bàn sau 34 lần ra sân; anh đã cân bằng kỷ lục cầu thủ có nhiều giải thưởng Vua phá lưới nhất ở La Liga của Telmo Zarra. Anh cũng giành được Chiếc giày vàng lần thứ sáu và là thứ ba liên tiếp kể từ mùa giải 2016–17. Vào ngày 25 tháng 5, Messi ghi bàn thắng cuối cùng của mùa giải trong trận thua 2–1 trước Valencia ở chung kết Copa del Rey 2019.
Vào ngày 13 tháng 1 năm 2019, Messi ra sân trận thứ 435 tại La Liga và ghi bàn thắng thứ 400 cũng ở giải đấu đó trong chiến thắng 3–0 trên sân nhà trước Eibar, trở thành cầu thủ đầu tiên đạt được cột mốc này ở một trong năm giải vô địch quốc gia hàng đầu châu Âu. Vào ngày 19 tháng 5, trong trận đấu cuối cùng của Barcelona tại La Liga, Messi đã ghi hai bàn trong trận hòa 2–2 trên sân khách trước Eibar (bàn thắng thứ 49 và 50 của anh trên mọi đấu trường mùa giải đó), giúp anh giành được danh hiệu Pichichi lần thứ sáu khi là Vua phá lưới giải đấu, với 36 bàn sau 34 lần ra sân; anh đã cân bằng kỷ lục cầu thủ có nhiều giải thưởng Vua phá lưới nhất ở La Liga của Telmo Zarra.