Bộ phim đứng thứ hai về doanh thu phòng vé cuối tuần tại Nhật Bản (sau Your Name – Tên cậu là gì? của Shinkai Makoto) và sau hai ngày công chiếu đầu tiên (bắt đầu từ ngày 17 tháng 9) ở 120 rạp giới hạn toàn quốc thì bộ phim đạt doanh thu tổng cộng là 283 triệu JP¥ từ 200.000 lượt vé xem phim. Sau ba ngày công chiếu bao gồm cả ngày nghỉ, phim thu về 410 triệu JP¥ với khoảng 300.000 lượt vé bán ra. Trong khảo sát mức độ hài lòng các phim chiếu rạp trong buổi ra mắt của Pia, Dáng hình thanh âm xếp hạng nhất theo bình chọn từ khán giả. Mặc dù nhiều bộ phim khác có số lượng rạp chiếu phim công chiếu nhiều hơn gấp đôi, Dáng hình thanh âm vẫn xếp hạng ba về số lượt người xem vào ngày 24-25 tháng 9 năm 2016. Phim đạt doanh thu 893 triệu JP¥ và hơn 670.000 lượt xem sau 9 ngày công chiếu (ngày 26 tháng 9), đạt tổng cộng 1 tỷ JP¥ doanh thu và khoảng 770.000 lượt xem sau 12 ngày công chiếu (ngày 28 tháng 9). Phim xếp hạng ba về số lượt xem vào ngày 1 và ngày 2 tháng 10 trong tuần công chiếu thứ ba, giữ hạng ba doanh thu trong suốt ba tuần công chiếu liên tiếp. Số lượt xem tính đến ngày 3 tháng 10 chạm mốc một triệu người sau 17 ngày công chiếu, ghi nhận bom tấn bất ngờ chưa từng thấy chỉ với 120 rạp chiếu phim. Bộ phim xếp hạng bốn vào ngày 8-9 tháng 10 về số lượng lượt xem sau bốn tuần công chiếu, tiếp túc sức hút ở mức cao với 1,11 triệu JP¥ mỗi rạp chiếu, doanh thu tích lũy vượt quá 1,5 tỷ JP¥. Tính đến ngày 30 tháng 10, bộ phim đạt 2 tỷ JP¥ doanh thu và hơn 1,53 triệu vé bán ra sau 44 ngày công chiếu. Dáng hình thanh âm xếp hạng mười về số lượng lượt xem sau bảy tuần công chiếu liên tiếp. Rạp chiếu phim tại các vùng địa phương liên tục mở rộng công chiếu, nâng tổng số rạp chiếu phim công chiếu tính đến tháng 1 năm 2017 vượt quá 210 rạp. Đến ngày 30 tháng 11 năm 2016, bộ phim thu về hơn 2,2 tỷ JP¥ từ 1,7 triệu vé. Ngày 31 tháng 12, chương trình "công chiếu âm thanh thượng hạng" với cam kết mạnh mẽ về âm thanh được thực hiện tại cụm rạp Cinema City ở thành phố Tachikawa thuộc ngoại ô Tokyo. Trong buổi công chiếu này, đạo diễn âm thanh Yota Tsuruoka và nhà soạn nhạc Ushio Kensuke cùng với đạo diễn phim Yamada Naoko đã trực tiếp điều chỉnh và giám sát âm thanh. Bộ phim xếp thứ 16 trên bảng xếp hạng Nikkei Hit Ranking năm 2016 theo khu vực phía Đông. Đây là bộ phim có doanh thu cao thứ 19 tại Nhật Bản vào năm 2016, đồng thời cũng là bộ phim điện ảnh Nhật Bản có doanh thu cao thứ 10 tại Nhật với 2,3 tỷ JP¥ năm 2016 (cùng doanh thu với Quyển sổ tử thần: Khai sáng thế giới mới). Mục tiêu ban đầu của hãng phân phối phim Shochiku với Dáng hình thanh âm là doanh thu 1 tỷ JP¥, nhưng phim đã vượt xa con số đó và trở thành bộ phim có doanh thu cao nhất của hãng phân phối phim Shochiku trong năm 2016.
Bộ phim đứng thứ hai về doanh thu phòng vé cuối tuần tại Nhật Bản (sau Your Name – Tên cậu là gì? Sau ba ngày công chiếu bao gồm cả ngày nghỉ, phim thu về 410 triệu JP¥ với khoảng 300.000 lượt vé bán ra.