Thuốc ức chế miễn dịch thường được sử dụng để kiểm soát bệnh tự miễn hoặc đáp ứng viêm khi mô bị tổn thương quá mức, hoặc để ngăn chặn việc thải loại mảnh ghép sau khi ghép tạng.Thuốc chống viêm thường được sử dụng để kiểm soát tác động của viêm. Glucocorticoid là thuốc mạnh nhất trong số những thuốc này; tuy nhiên, thuốc này có thể có nhiều tác dụng phụ không mong muốn, như béo phì vùng bụng, cao đường huyết, loãng xương, và việc sử dụng phải được kiểm soát chặt chẽ . Các liều thấp hơn của thuốc chống viêm thường được sử dụng kết hợp với thuốc gây độc tế bào  hoặc thuốc ức chế miễn dịch như methotrexate hoặc azathioprine. Thuốc gây độc tế bào ức chế đáp ứng miễn dịch bằng cách giết các tế bào đang phân chia như tế bào T hoạt hóa. Tuy nhiên, việc "giết" này không chính xác; các tế bào phân chia liên tục khác và các cơ quan cũng có thể bị ảnh hưởng khiến tạo ra các phản ứng phụ nguy hiểm. Các thuốc ức chế miễn dịch như cyclosporin ngăn không cho tế bào T trả lời chính xác các tín hiệu bằng cách ức chế các con đường dẫn truyền tín hiệu.
Thuốc ức chế miễn dịch thường được sử dụng để kiểm soát bệnh tự miễn hoặc đáp ứng viêm khi mô bị tổn thương quá mức, hoặc để ngăn chặn việc thải loại mảnh ghép sau khi ghép tạng.Thuốc chống viêm thường được sử dụng để kiểm soát tác động của viêm. Các liều thấp hơn của thuốc chống viêm thường được sử dụng kết hợp với thuốc gây độc tế bào  hoặc thuốc ức chế miễn dịch như methotrexate hoặc azathioprine.