Genome trees based on gene content ( ) # shared OGs (spA, spB) Weighted average Genome size(spA, spB) Weighted average Genome size(spA, spB) \s sp1 sp2 sp3 sp4 … sp1 \ … sp2 \ … sp3 \1 0.3 … sp4 \1 … … … … … … \s sp1 sp2 sp3 sp4 … sp1 \ … sp2 \ … sp3 \1 0.3 … sp4 \1 … … … … … … Neighbor joining d d dist (spA, spB) = 1 – OG1 OG2 OG3 OG4 … sp … sp … sp … … … … … … OG1 OG2 OG3 OG4 … sp … sp … sp … … … … … … Presence / absence matrix: