そう、彼女。 あえてレーナが伏せた **こともあるが** 、女性だとは思っていなかったらしい。

86─エイティシックス─Ep.4 ─アンダー・プレッシャー─ 安里アサト

A woman called シデン・イーダ was introducing herself to the speaker, who only knew
her by name (but never met the woman) beforehand and thought that シデン・イーダ was
a man. Partly because レーナ kept her gender secret to the speaker.

Does this bold こともあるが mean "although partly because…"? Is the こともあるが a variant
of the grammar construction こともあって, as explained in this link?

<https://www.edewakaru.com/archives/26539117.html>
CC BY-SA 4.0
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question
grammar
Understanding こともあるが in this context
Your understanding is correct. こともあるが and こともあって are roughly interchangeable
(except that the former can sound fairly blunt in speech because of が). You
would also see ～こともありますけど, ～こともあるけれど, ～こともあるだろうが, ～こともなくはないでしょうが, and so on.
CC BY-SA 4.0
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answer