Glenn Houston, som var det einaste opprinnelege medlemmet av panelet, nevnde personlege grunner til at han gjekk av. Han vart verande i etterforskingslaget ifjor etter at formannen, Susan O'Brien QC, og panelemedlemmet, professor Michael Lamb, trakk seg. Ein gruppe overlevende sa at det var "påleggande for ei krise" i etterforskinga som undersøkjer påstandar om barnemishandling i boligar. Andi Lavery, talsmann for overlevingsgruppen White Flowers Alba, sa at ofrane raskt var i ferd med å miste tilliten til etterforskinga. Alan Draper, frå In Care Abuse Survivors, sa at overlevingar var "i tap" for å forstå kva som skjedde. Han sa til BBC Scotland: "Det er uro for at etterforskinga er dominert av advokatar, utan balanse frå andre profesjonelle grupper som har ein detaljert kjennskap til barnemishandling og konsekvensane for overlevingar og familiane deira. "Sjårande vurderer å trilla seg frå denne prosessen til dei er fornøyde med at overlevende er plassert i sentrum av undersøkelsen". "Søknaden handlar om kva som skjedde med dei og om at institusjonen ikkje klarte å verna dei mot skade. Dette sviktet held fram". "Eg har nå vore vellukka i desse søknadene og utnemningane er gjort", sa han. "Lady Smith og eg har diskutert potensialet for at det i framtida kan oppstå ein oppfatning av interessekonflikt mellom desse utnemningane og arbeidet mitt som panelmedlem i Scottish Child Abuse Inquiry. "Etter nøye overveining av både tidsavtala som trengs for å oppfylle desse nye roller og potensialet, men det er lite, for oppfatning av interessekonflikt, har eg lagt fram fråbodet mitt til etterforskinga". "Eg veit at dette var ei ikkje-lätt avgjørelse for han å nå, men han kan vera svært stolt av den bidraget han har gjeve til å oppretta Barnemishandlingsankjenningen og sikre den kontinuerlege framgangen", sa han. I juli 2016 vart seniordommaren Lady Smith utnemnd som den nye formannen av etterforskinga etter at O'Brien trakk seg. Ei etterfølgjar til Mr Houston blir ikkje utnemnd til etterforskinga, og Lady Smith vil fortsette som den einaste medlemmen av panelet. Professor Lamb trakk seg i juni 2016 og hevda at etterforskinga var "dømd til å gå i rot". O'Brien gjekk i avgang dagar seinare etter at ho fekk vita at ho skulle få sparken for "uanakseptable" kommentarer om barnemishandlingsofre. Scottish Labour sa at Swinney måtte forsikre overlevingane om at undersøkelsen ikkje ville bli utsett lenger, og oppfordra han til å utnevne fleire medlemmar.
Ein tredje leiar i den skotske barnemestersaksutforskinga har gått av.