Han overlét nesten all kontakt med omverdenen til utanriksministeren sin, Wakil Ahmad Mutawakkil, og den siste kjende lydopptakinga av han var i 2006 - sjølv dette var lekka og ikkje ment for offentleg konsum. Likevel vart han ein mektig person i Afghanistan, den ubestemde leiaren til Taliban og kalla "kommandanten for truande", ein tittel med stor resonans i islamsk historie. Han vart erstattet som talebanleiar av Mullah Akhtar Mansour dagen etter. I samsvar med ein biografi publisert av Taliban i april 2015, vart Mullah Mohammed Omar fødd i 1960 i landsbyen Chah-i-Himmat, i Khakrez-distriktet i Kandahar-provinsen, i sør for landet. Det er truleg at han seinare gjekk på Darul Uloom Haqqania, ein madrassa i Pakistan. Dette islamske seminaret har vorte kalla "universitetet til jihad" og har hatt ei mengd framtidige radikale leiarar blant studentane. Mullah Omar forlét studiene sine for å bli med i styrkane som motstod den sovjetiske okkupasjonen på 1980-talet, men steig seg berre opp til nivået til ein liten kommandant. Han gjorde aldri noko praktisk feltkommandering under Taliban-kampanjen 1994-96, som kulminerte med å ta Kabul. Men den lokaliserte opprøret som han leidde mot tidlegare mujahidein-krigsherrar i Kandahar-området i 1994 gav han stor respekt og er av nokre sett på som ein katalysator for Taliban-rørsla som følgde. Omar blei valden til den øverste leiaren i beveginga etter å ha ta Kabul. I denne perioden byrja Omar å ha ei lang samanheng med al-Qaida-leiaren Osama bin Laden. Mullah Omar forsvarte vennen sin sterkt mot påstandane om at han var mastermind for dei ødeleggende angrepane på World Trade Center og Pentagon, og beskylde USA for å forsøka å dekke over dei eige etterretningsfeilane. Bin Laden vert tru for å ha finansiert Taliban-overtaket av Afghanistan. Båndet kan gå vidare. Det vart trudd at Mullah Omar hadde teke den eldste dottera til kone, og at Bin Laden kanskje hadde teke ein av døtrene til Mullah Omar til fjerde kone. Kvinnene vart sterkt motkjørt å forlate heimane sine, nekta skolegang og jobb og tvinga til å dekke seg fullstendig. Kvinnar som vart funne skuldige for ekteskapsbrot, vart steina til døde, homofile krossa under murar, tjuvar hadde hendene amputerte og mordarar avretta offentleg av familjene til ofra. Edikt frå Mullah Omar inkluderte dødsdom for nokon som konverterte til ein annan religion, og like eins den illeuktige ordre om å øydeleggja dei gamle Buddha-statuane i landet i Bamiyan. Det var støtten til Osama bin Laden som førte til den amerikanske kampanjen for å driva Taliban. Omar og dei fleste av dei andre høge Talibanleiarane, saman med bin Laden og nokre av hans medarbeidarar i al-Qaida, overlevde det amerikanske angrepet. Nokre trudde at han faktisk tok tilflukt i Pakistan, men dette vart sterkt nekta av embetsmenn i Islamabad som hevda at han fortsatt var i Afghanistan. Men arresteringa av den andre kommandanten i Taliban, Mullah Abdul Ghani Baradar, nær Karachi i januar 2010 gav tru til tanken om at andre toppleiarar i Taliban i Afghanistan gjemte seg i Pakistan. Denne mistenknaden vart forsterka i mai 2011 då amerikanske spesialstyrkar drap Osama bin Laden i den sikre bygda hans i den pakistanske garnisonsbyen Abbottabad. Seinare den same månaden vart det spreidd eit rykte om at Omar hadde vorte drepen av pakistanske etterretningsstyrkar, men Taliban insisterte på at han var i live og bodde i Afghanistan. I april 2015 hevda biografien at Omar var i live, og at han fylgde nøye etter "de jihadistiske aktivitetane mot dei brutale vantrudelege utlendinge", og la til: "Han held seg i kontakt med dagleg hending i landet sitt og i omverden". Biografien skildrar han òg som "affable", og la til at han hadde "ein spesiell sans for humor og aldri meiner seg overlegen kollegaane sine". Ei uttale som hevdar å vera frå han i juli 2015 støtta fredssamtal med den afghanske regjeringa, og sa at islam ikkje forbød "fredeleg samhandling" med fiendane.
Omar var ein avleggsmann sjølv før talebanregjeringa hans fall i slutten av 2001, og han vart tvungen til å gjemme seg.