Open Society Justice Initiative og Kenya's Muslims for Human Rights sa at politiet ofte torturerte fangar. I rapporten deira stod det at vilkårlege arrestar og forsvinningar var utbreidde, særleg i Mombasa, ein by med ei stor muslimsk befolkning. Offisielle ikkje har svara, men dei har nekta liknande påstandar i det forflutte. I fengsel med al-Shabab I rapporten vert det sagt at slik hjelp bør avbrytas til alle einingar der det er trugelege bevis for at politiet har begått brotsverk mot menneskerettene. BBCs Afrika-tryggheita korrespondent Moses Rono seier at det ville vore ei vanskeleg avgjørelse å ta, ettersom Kenyas innsatsar mot terror er nøkkelen til å stanse spreiding av islamistisk militans i Aust-Afrika. Al-Shabab, som er ein somalisk islamistisk gruppe, sa at det var den som sto bak den fire dagane lange beleiringa. I rapporten We're Tired of Taking You to the Court, snakka forskarar med meir enn 40 menneske det siste året. Dei fann ut at Anti-Terror Police Unit (APTU) torturerte fangar for å få dei til å innrømma tilknytning til terrorisme, og vilkårlege fengslingar og forsvinningar var utbreidde. Rapporten kalla på at det skulle føres offisielle etterforskingar av forsvinningar og drap på minst 20 individar som var mistenkte for terrorrelaterte aktivitetar. Dette inkluderte mord på to muslimske prestar i Mombasa som dei hevda hadde samband med al-Shabab. Sikkerhetsstyrkane i Kenya har for tida nekta påstandane om at dei stod bak drapene. Ifølge rapporten sa ein offiser til ein fange på ein politistasjon: "Vi er lei av å ta deg til retten. Neste gong vil vi fullføra deg på marken". Rapporten siterer ein advokat som sa til ein rettsmøte: "Klientane mine har klaga til meg at etterforskarane brukte eit par tangar for å klemme dei private delane sine". Slike taktikkar overgår menneskerettighetene og er kontraproduktive for å motverka terror, sa rapporten. Undersøkinga var hovudsakleg fokusert på misbruk som vart gjort i Mombasa i 2012 og 2013, men rapporten seier at "ATPU sitt breiare mønster av brotsverk mot rettane går tilbake til åra før". Det peikar på ulovlege overleveringar til Somalia og Etiopia i 2007 og minst ni mistenkte som vart overført til Uganda i 2010 etter attentatet på VM i Kampala. Ein politimann i terrorforsvaret sa til BBC at det var vanskeleg å kjempe mot terror og at det ikkje var lett å finna bevis som kunne knyta verda til terror. Han sa at vitne ofte var uvillege til å vitna, at nokre mistenkte blei drepne i skytespel, og at andre flykta frå landet for å unngå rettsforfølging.
Keniske terrorforsvararar er skulda for å ha gjennomført utrettingslege drap og andre misbruk i ein rapport frå amerikanske og keniske rettaregjeringsgrupper.