I 1903 vedgjev forskarar at Brontosaurus var ein fullstendigare eksemplar av ein annan dinosaur. Men no er det kjent om mange fleire eksemplar av plante-etande sauropod-dinosaurar, og det viser at Brontosaurus var forskjellig nok til å garantera sitt eige namn. I søken etter nye eksemplar vart Marsh og Cope trekt til dei rike fossilleggane i den amerikanske vest. Marsh sitt team fann to langhalsede sauropoder. Han gav eit av dei namnet Apatosaurus ajax (Apatosaurus tyder "troveleg hagel") og det andre skeletet Brontosaurus excelsus (Brontosaurus tyder "edle torden hagel"). Kort etter Marshs død fann eit team frå Field Museum i Chicago eit anna dinosauriskelett som likna både Apatosaurus ajax og Brontosaurus excelsus, men med karaktertrekk som vart sett på som mellomleg mellom dei to. Dette førte forskarane til å konkludera at Apatosaurus og Brontosaurus berre var ulike arter innanfor same vitskapleg slektslag. Men namnet Brontosaurus er framleis kjent for fleire generasjonar av skolebarn. Det er ikkje heilt greitt kvifor namnet blei halde, men det kan ha noko med opphavet til det å gjere seg i "Bone Wars", då det var ein sterk interesse for oppdaginga av nye dinosaurar. Det kan òg vera på grunn av den påfallande tydinga: "thunder lizard". Emanuel Tschopp frå New University of Lisbon i Portugal og kollegaar brukte statistikk for å beregna skilnadane mellom artar og slekter av diplodocida (den store gruppa som omfattar Apatosaurus og andre langhals planteätare). Det var berre med nye funn av dinosaurar som likna Apatosaurus og Brontosaurus i dei siste åra at det vart mogleg å gjennomføre ei detaljert undersøking av kor ulike dei var. "Før ikkje så lenge sidan var det fullt fornuftig å seia at Brontosaurus var det same som Apatosaurus, basert på den kunnskapen vi hadde", sa Tschopp. "Til deira overrasking kom Brontosaurus fram frå analysen som ein særskilt dinosaur. "Måra som vi fann mellom Brontosaurus og Apatosaurus var minst like mange som mellom andre nært slektskapande slekter, og mange fleire enn det du normalt finn mellom artene", forklarte Roger Benson, medforfatter frå University of Oxford. Forskarane argumenterer med at det no er mogleg å gjenreisa Brontosaurus som eit slekt som er forskjellig frå Apatosaurus. Professor Paul Barrett, som er frå Naturhistorisk museum i London, og som ikkje var involvert i forskinga, sa til BBC News: "Dette er den mest omfattande studien som er produsert hittil om evolusjonen til Diplodocus og dei næraste slektane hans, og han legg fram nokre verkeleg interessante nye idear om korleis desse dyrene er slekt, og korleis dei skal klassifiseres. "Forfattaren finn ei rekkje måtar på korleis dei opprinnelege eksemplarane av Brontosaurus og Apatosaurus kan skiljast frå kvarandre og nyttar desse til å gjenoppføra Brontosaurus som ei særskilt enhet. "Slutsetningane tykkjer meg heilt fornuftige, sidan dei er godt argumenterte og godt støtta, og det vil vera interessant å sjå kor raskt desse forslagane blir vedteke av samfunnet". Marshs sak vart ikkje hjelpt ved å gjera ei uriktig rekonstruksjon av skallen til Brontosaurus på grunn av det begrensne materialet som var tilgjengeleg på den tida. Han hadde tru at det var ein boks, som ein annan langhals dinosaur frå vestlege USA som er kjend som Camarasaurus. Men forsking på 1970-talet viste at Apatosaurus - og dermed "Brontosaurus" - hadde hatt ein smal, hestliknande krani. Dette gav opphav til ein populær myte om at "Brontosaurus" var berre ein Apatosaurus med feil hovud.
Det ikoniske namnet Brontosaurus, som ein gong blei brukt for å skildra ei familie av enorme dinosaurar, har vorte gjenoppvakna etter at dei vart avliva for over eit hundre år sidan.