Kritikar har advart om at avskaffinga av Scottish Funding Council kan utgjere ei trussel mot akademisk sjølvstende. Bekymringane følgjer ei avgjørelse for to veker sidan om å setja dei økonomiske byråane til den skotske regjeringa under eit enkelt nasjonalt styresett. Han kom til den konklusjonen at det burde opprettes eit nasjonalt styresett for å overvåka dei ulike byråane og sikre at arbeidet deira var "samrangt". Ein talsmann for den skotske regjeringa sa at det ikkje var nokon tidsplan for endringane. Han bekreftet òg at det måtte arbeiddast gjennom detaljer, inkludert spørsmålet om ein regjeringsminister skal vera formann for det nasjonale styresett for finansiering. Det som har vorte klårare for dei som arbeider for byråane er at styresettene som styrer dei, står overfor avskaffing ein tid etter at det nasjonale styret er opprettet. Styresettene har ikkje vorte formelt varsla om dette, men har blitt fortalt i private samtaler. Det er bekymring innanfor Scottish Funding Council at konsekvensane for akademisk frihet ikkje har vorte tenkt gjennom. Alastair Sim, sjef for University Scotland, sa at han ville leita etter detaljer om korleis det nye nasjonale styret skulle arbeida. "Ein særskilt interesse er å sikre at Scottish Funding Council held fram med den verdsavne rollen som eit ekspertorgan som er i ein armlengd frå regjeringa, medan dei samarbeider for å hjelpa til med å stifta innovasjonen og produktiviteten i Skottland". Prof Iain Gray, visepresident for Royal Society of Edinburgh, det akademiske instituttet, sa at universitetane var for tiltak som ville forbetra tilknytinga til næringslivet. Men sjølv om universitetsforskinga framleis er ein av dei største styrkane til Skottland, sa han at det var naudsynt å forklare den strategiske tilnærminga til innovasjon i økonomien som regjeringa har. "Vi må få ein klar strategi, og unngå uventa konsekvensar av å samla organisasjonar med ulike oppgåver, utan å tenke gjennom ting". Skottland bruker mykje meir per innbyggjar på økonomisk utvikling enn resten av Storbritannia. Men får det verdi for dei pengane? Hjelper det verkeleg å drive vekst? Mangelen på data på dette ser ut til å ha vore ein av drivkrafta bak granskinga av bedriftsbyråane. Men sjølv nokre av dei som er nær hjartet til granskinga, har vore forvirra over kva ministeren, Keith Brown, har prøvd å oppnå. Den største truggen som synte ut til å utgjere var autonomiet til Highlands and Islands Enterprise. Men i staden for å bli absorbert, vart det sett på som modellen for eit liknande byrå som dekker sørlege Skottland (grensene til dette er enno å avgöra). Men om det skal vera eit styresett som dekker alle desse byråane, og dei eksisterende styresettene skal avskaffes, er det ikkje klårt korleis byråane vil eller kan halda seg særskilde i sine regionale roller. Kritikar er sannsynlege for å skildra dette som sentralisering. Det som er sært i dette er det skotske finansieringsrådet som har den politisk følsomme rollen å tildela pengar og samtidig verna universitetene mot unødvendig politisk innblanding i det akademiske arbeidet. Det er under påbod å få ein betre samband mellom dei mange styrkane i universitetssektoren og økonomien. Men det har òg ei rolle å verna universitetene i studium og forsking som ikkje har direkte økonomisk innverknad. Det vil vera vanskelegare å verna den følsomme rollen under eit styresett som i stor grad er opptatt av økonomien - og framfor alt, om det viser seg at kabinetssekretæren skal ha den sentrale rollen i å tildela dei universiteta og dei avdelingane som får mest gunstige finansieringar.
BBC Scotland har høyrt om bekymringar for sentral finansiering til skotske universitet.