Logoet, kalla Harmonized Chequered Emblem, erstatter det første valet som vart kasta ut ifjor etter at designaren vart beskyldd for plagiat. Designaren nekta å ha stjålet ideen. Organisatorane sa at det nye designet brukte tradisjonelle japanske fargar og mønster for å representera interkulturelle tema i lekane. "Det innefattar meldinga om 'enighet i mangfald', " sa dei, og tanken om at lekane "søk å fremme mangfold som ein plattform for å knyta verda". Då designeren Asao Tokolo fekk vita at han hadde vunne den oppdaga endå ein gong, sa han: "Mitt sinn har gått tomt". "Eg har lagt mykje tid og innsats i denne designen som om det var mitt eige barn". Det første designet vart avvist etter at den belgiske kunstnaren Olivier Debie hevda at det kopierte designen hans til eit teaterlogo. Logo-striden kom kort tid etter at Tokyo bestemte seg for å droppa designene til den viktigaste olympiske stadionet på grunn av høgare byggingskostnader.
Japans olympiske arrangørar har avdekka dei nye offisielle logoane til Tokyo-olympiske og paralympiske lekar 2020.