Som tenåring prøvde han tre gonger, men mislykkast, å fly frå Cuba, og ein gong tilbrakte han ein månad i cubansk fengsel. Han slapp til slutt til Mexico på sitt fjerde forsøk, og reddet mor si frå å drukna på båtreisa. Han og mor hans blei deretter gjenforente med faren sin i Tampa, Florida, der han hadde rømd to år tidlegare. Men overgangen til Fernandez frå livet i Cuba var vanskeleg. Baseball hjalp han å akklimatisere seg til det nye amerikanske livet. Etter å ha byrja på Alonso High School i Tampa, som ikkje kunne snakka engelsk, førte Fernandez baseballlaget til to statsmesterskap. Han vart utvald av Marlins i 2011 som 20 år gamal og vart utnemnd som National League Rookie of the Year i 2013. Miami Herald rapporterte at bestemor hans, ein lojal støttemann, ofte stod på taket sitt i Cuba under kampene hans for å lytte til sportsradio-sendingane som niven hennar spelte. Mange kubane frå det latinske samfunnet i Miami meinte at spelaren var eit symbol på dei eigne kampane. Miguel Garay, 78, ein miamiar som kom frå Pinar del Rio i Cuba, sa: "Hans historie var vår historie. "Det finst ei så stor tradisjon for baseball på Cuba, og han personifiserte den betre enn nokon annan". Etter å ha vore operert i 2014 for eit reint albuband, blei Fernandez amerikansk statsborgar i 2015, der han gav hovudtala ved seremonien for statsborgarskap. Eg er ein amerikansk borgar no - eg er ein av dei. Eg ser meg sjølv som fri no". Fernandez vart skildra som ein "gråpe fiskar" og var ombord på båten til ein ven når båten treik mot ein bryggje, og det førte til at den vende seg. Han hadde for nylig avdekka at kjærasten hans var gravid. Du skjønar kor kostbart livet er".
Jose Fernandez, den 24 åre gamle baseballstjernen som døydde i ein båtknap, vart kalla ein av dei "store unge stjernene" av Rob Manfred, kommisjonæren for baseball.