Gotabhaya Rajapaksa er skulda for å ha latt eit privat firma opprette eit flytande våpenlag. Det er hevda at flytet berøva staten over 75 millionar dollar (£57 millionar). Oppdaginga av det flytande arsenalet i sørlege Sri Lanka, og ein annan våpenflykt i hovudstaden, kom dagar etter at Mahinda Rajapaksa vart vald ut av stillinga. Gotabhaya Rajapaksa har òg vorte forfølgd av skuldingar, som han nekter, om brotsverk mot menneskerettar i samband med det siste nederlaget til Tamil Tiger-militantane i 2009. Fleire andre medlemmar av Rajapaksa-familien er òg under etterforskning for påståtte korrupsjon. Tidlegare i denne månaden vart Namal Rajapaksa, den eldste sonen til Mahinda, arrestert på grunne av pengelaundring. Namals bror, Yoshitha, står overfor skuldingar for myntvasking, medan den andre broren til Mahinda, Basil, den tidlegare økonomi- og utviklingsministeren, har vorte arrestert tre gonger for mistanke om misbruk av pengar og myntvasking. Han er for tida på borgan. Den tidlegare presidenten, som no er ein opposisjonslovsmanna, har òg vorte sterkt kritisert for påståtte brotsverk mot menneskerettar av det srilankiske militæret under den lange krigen med tamilske separatistar.
Ein av dei mest kontroversielle politikarane i Sri Lanka har vorte tilteke for korrupsjon som inneber ulovleg overføring av våpen som er eige til staten.