Lokomotiva har òg fått sitt British Rail-nummer, 60103, ommålt på kabinen sin. Ho har vorte restaurert for York's National Railway Museum til ein kostnad på £4.2m. Testløp vart halde i Cumbria og Lancashire i januar og februar. Andrew McLean, hovudkurator på museet, sa: "Å endeleg få Flying Scotsman fullt restaurert, ser akkurat slik ho burde, i damp og levande igjen, vil vera eit særleg øyeblikk for mange". Han sa at den grøne nyansen som vart valt, reflekterte korleis motoren ville ha sett ut på 1950- og tidleg 60-talet. Ian Hewitt, frå Lancashire-baserte Heritage Painting, sa at det hadde vore ei gigantisk oppgåve å stripe av den svarte malaren og måla lokomotiva på nytt for hand. "Tjue liter underlag, 30 liter glans og rundt 20 liter lakk og det er om lag 85 liter white spirit som vi har gått gjennom", sa han. "Det er toppen av karrieren vår, og å sjå det no koma saman på den mest kjende lokomotiva i verda... det blir ikkje større for oss". Flying Scotsman vart oppført for London and North Eastern Railway Company (LNER) i 1923 og rørte dagleg mellom London og Edinburgh. Lokomotiva vart sleppt ut av bruk i 1963 og brukte 40 år i privat eigarskap og turnerte rundt i verda. Den vart kjøpt for nasjonen av NRM i 2004, ved hjelp av £415,000 i offentlege donasjonar, ein gåve på £365,000 frå Sir Richard Branson og ein tilskudd på £1.8 million frå National Heritage Memorial Fund. Restaureringar hadde i utgangspunktet vore fullført i 2011, men vart forsent etter at sprekk vart funne i chassiset. Riley and Sons Ltd, av Bury, Greater Manchester, vart utnemnt til å fullføra restaureringsarbeidet i 2013.
Det tiåra lange restaureringsprojektet til Flying Scotsman har vore avslutta med at det er ommålt i tradisjonell grønt British Rail-livry.