Beheshti døydde etter å ha vore i fengsel for "handlingar mot nasjonal tryggleik på sosiale nettverk". Etter at han blei arrestert 30. oktober, vart han overgjeve til politiet for å bli avhørt og døydde 3. november. "Det er ikkje mogleg å fastslå den nøyaktige dødsårsaken", seier han i ei uttale som er sitert av nyhetsbyrået Irna. "Men den mest sannsynlege årsaken til dødsfallet kan vera sjokk". I uttalelsen blir det sagt at det har blitt gjennomført ein grundig rettsmedisinsk undersøking og at dei har fått vitneforklaringar frå fangar og fengselsvakter til Beheshti. I ein tidligere koronerrapport sa han at kroppen hans hadde "sår" men ingen bein var brotne, ifølge den halvoffisielle nyhetsbyråen Mehr. Men ein opposisjonsnettstad siterer henne som seier at ho hadde fått tilbod om "blodpengar" som kompensasjon. "Eg sa at eg ikkje ville ha dei. Det eg vil er at verda skal vita at dei drap sonen min. Dei drap Sattar". Det er truleg at Beheshti var mål for skrivingane hans om politiske og sosiale spørsmål på bloggen og på Facebook. Bloggeren tilbrakte ein natt i det beryktede fengselet Evin i Teheran den 30. oktober, der han skreiv ei offisiell klage til fengselsmyndighetene om mishandling, før han blei flytta til ein ukjend stad.
Iranske statsadvokatar seier at døden til bloggaren Sattar Beheshti i politistinget kan ha vore på grunn av "utømeleg psykologisk stress".