Dei kom til å ta over når ein klår dummy frå den imponerande Oscar Dorley sette Maksim Maksimov til å slå. Forsvararen Joe Shaughnessy tok seg til Liam Craig i hornet for å leve, men Trakai svara med eit fantastisk langdistanse-strik frå Vaidotas Silenas. Craig og Graham Cummins sløynde sjansane ettersom Saints ikkje kunne finna ein likemaker. Trakai enda med 10 menn, og Silenas tok eit andre gult kort med åtte minuttar til det blei til, men gjestene heldt fram. St. Johnstone starta positivt, men Trakai skrapa ut den første opninga på sjuande minuttet. Ein kross fann Aliaksandr Bychanok, men dykkarhode hans gjekk brei. Den lithuanske sida såg teknisk fullført ut med 18 år gammal Liberian Dorley som skapte mange problem for Saints, og gjestene tok ledelsen med eit fint trekk på 14 minutt. Vertskapet skulle ha likt når Blair Alston bryt gjennom midten av FK Trakai-forsvaret, men han skutt rett på målvakta. Rebounden fall til Cummins, som hadde det første skulet sitt blokkert før han blåste det andre over baren. Ein fantastisk slag frå Silenas frå avstand flaug forbi Clark. Støyet inne i McDiarmid Park synte ein gong til. I byrjinga av andre halvlek spelte Dorley i Alma Wakili ned til venstre sida, men han skutt skoten sin langt utover posten. Då var det ein enda betre sjanse. Frå ein dårleg hjørneball for Saints fall ballen tilfeldig til føtene til Scougall. Han slo i eit lågt skot som slo målvakta, men slo på pallen. FK Trakai var en fare, Clark redda godt frå Maksimov, men St Johnstone hadde fleire høve. Alston brast gjennom frå midtbanen og konstruerte ein sjanse på kanten av boks, men skoten hans vart avbreien. Frå det resulterande hornet hadde Saints ballen i nettet frå ein annan Shaughnessy-head, men domaren blåste i sin fløyte for ein feil på målvakta. Silenas vart utskriven for eit anna lovbrot, men heimesida kunne ikkje kapitalisera. Alston skapte igjen ei opning og då ballen flaug over mål, fall den rett til Cummins, men frå fem meter ut var skoten til striker for nær Trakai-målvakta Ignas Plukas, som blokkerte ballen med bakføten. St Johnstone-bossen Tommy Wright: "Det er åpenbart at resultatet er skuffande. Det andre målet er kriminelt frå oss. Det var ein stor finish, men ballen burde aldri koma til han. "Vi var sløve av og til i besittinga, men eg trudde vi hadde skapt nok sjansar til å koma tilbake i kampen. Men vi gjorde ikkje nok i løpet av 90 minuttar. "Alle lagene i denne konkurransen er nok tekniske betre enn oss, det er difor vi ikkje kan gje dei tid på ballen. Vi kom ikkje inn på dei nok i første halvlek. "Vi må vere betre i andre omgang, og eg trur me kjem til å vere betre. To mål ute er ein stor fordel for dei, men eg vil ikkje utelukka oss".
St. Johnstone treng å få minst to mål neste uke i Litauen etter å ha tapt Europa League-kvalifiseringa på heime i fyrste omgang mot FK Trakai.