Dei fleste hendingane kom under den kalde krigen, då USA og Sovjetunionen kjempte om innverknad på kontinentet. CIA-skjulte operasjonar er av natur vanskeleg å bevise definitivt. Men forsking på arbeidet til byrået, og avsløringar av tidlegare CIA-ansette, har kasta opp fleire tilfelle der byrået freista å påverka hendingar. Her er fire døme: Patrice Lumumba vart den første statsministeren i det ny-uavhengige Kongo i 1960, men han varte berre nokre månader i jobben før han vart styrt og myrd i januar 1961. I 2002 innrømde den tidlegare kolonimakt Belgia ansvaret for å ha delteke i drapet, men USA har aldri forklart rolla si til trass for langvarige mistanke. Men ein CIA-plan om å smøre tannkrem til Lumumba med gift blei aldri gjennomført, sa Lawrence Devlin, som var stasjonshovd i Kongo på den tida, til BBC i 2000. Ei undersøking av avklassifiserte amerikanske regjeringsdokument frå den tida bemerker at CIA "opphavleg fokuserte på å fjerne Lumumba, ikkje berre gjennom drap om nødvendig, men òg med ei rekkje ikkje-dødelege tiltak". Den første presidenten i Ghana, Kwame Nkrumah, vart styrtet i 1966 i eit militærkupp medan han var utanlands. Han mistenkte at USA hadde ein rolle i fallet hans og i ei bok frå 1978 støtta den tidlege CIA-intelligensoffiseren John Stockwell denne teorien. I Held etter fiender skriver han at det ikkje finst ei offisiell sanksjon for kuppet i CIA-dokument, men han skriver at "Akra-stasjonen blei likevel oppfordra av hovudkvarteret til å halde kontakta med dissidentar. "Det vart gjeve eit generøst budsjett, og var i nært kontakt med samspåkarane då ein kupp vart utplukka". Han seier at CIA i Ghana vart meir involvert og at operative hennar fekk "offisiell kreditt for det evnte kuppet". Eit avklassifisert amerikansk regjeringsdokument viser kjennskap til ein samansverjing for å styrta presidenten, men tyder ikkje på nokon offisiell støtte. Nkrumah gjorde meir for å undergrava interessene våre enn nokon annan svart afrikanar". I Angola kjempte tre konkurrerande grupper for kontroll etter å ha vorte uavhengig frå Portugal i 1975, med MPLA under Agostinho Neto som tok over hovudstaden Luanda. Mr Stockwell, sjef for CIAs hemmelege operasjonar i Angola i 1975, skriv at Washington bestemte seg for å motsette seg MPLA, som vart sett på som nærare Sovjetunionen, og støtta FNLA og Unita i staden, sjølv om alle tre hadde hjelp frå kommunistiske land. CIA hjelpte då til med å importera våpen, inkludert 30.000 riflar, gjennom Kinshasa i det nabolande Zaire, som no er kjent som Demokratiske republikken Kongo, seier Stockwell i ein video-dokumentar. Han legg til at CIA-offiserar òg trente kampmenn for væpna kamp. Eit avklassifisert amerikansk regjeringsdokument som viser ein diskusjon mellom leiaren for CIA, utanriksministeren og andre, tyder på støtten CIA gav til styrkane som kjempet mot MPLA. USA heldt fram med å støtta Unita gjennom mykje av borgarkrigen, ettersom Cuba støtta MPLA. Hissene Habre mislykkast i forsøket å ta makta med makt i Tsjad i 1980. Men hans innsatsar førte til at president Goukouni Oueddei kalla på hjelp frå den libyske leiaren Muammar Gaddafi, som soldatane hans vann tilbake på utfordringa til Habre og tvinga han til eksil. Ei foreslått allianse mellom Libya og Tsjad byrja å uroa USA, særleg då Gaddafi byrja å bli sett på som ein støttespiller for anti-amerikanske aktivitetar. I Foreign Policy skrivar Michael Bronner at CIA-direktøren, saman med utanriksministeren, "samde seg om tanken på å starta ein hemmeleg krig i samarbeid med Habre". Det er påstått at USA då støtta omstyrtingen av Habre av presidenten i 1982 og deretter støtta han gjennom heile det brutale styret hans.
CIA har ei lang historie med å involvera seg i afrikanske saker, så søndagsrapporterna om at Nelson Mandela blei arrestert i 1962 etter at CIA gav han eit tip kom ikkje som ei stor overrasking.