Khalid Sheikh Mohammed er skulda for å ha organisert angrepet, medan dei andre er tiltrudd for å ha støttet den koordinerte kidnappan. I mai varra ein kaotisk høring i 13 timar. I løpet av denne høring, som formelt skulda dei fem mennene, gjorde tiltalte utbrot og nekta å svara på spørsmål frå domaren eller bruka oversetjingssystemet. I tillegg til Khalid Sheikh Mohammed, blir tiltalte Ramzi Binalshibh, Mustafa Ahmad al-Hawsawi, Ali Abd al-Aziz Ali og Waleed bin Attash tilteke i ein spesiell militærdomstol for krigsbrot, kjent som ein militærkommisjon. Dei er skulda for samspeling med al-Qaida, terror og ein avgift for drap for kvart kjent offer for 11 september-angrepene då tiltale vart innlevert - 2.976 i alt. På måndag lyttde tiltalehaldane roleg og svara på spørsmål frå domaren, men Khalid Sheikh Mohammed sa: "Eg trur ikkje det finst noko rettferd i denne retten". Forsvarsadvokatar hevde under høsten at kundane deira ikkje burde tvinga seg til å delta i høve i resten av veken, fordi tvangsflytta frå cellane med høy sikkerhet kan minna dei på tida dei sat i geheime CIA-fengsler. Før dei blei overført til den amerikanske basen i Guantanamo i 2006, vart tiltalte haldne i år i hemmelege CIA-fengsler. Alle fem har sagt at dei vart torturerte under forhør. Khalid Sheikh Mohammed vart gjentatte gonger vatndommerert før han vart ført til Guantanamo. "Vi må snakke om tortur", sa flyvåpenkaptein Michael Schwartz, ein forsvarsadvokat, på måndag. Men dommar James Pohl sa at spørsmålet ikkje var relevant i dette stadiet. Anklager har sagt at bruk av waterboarding og liknande kan vera relevant når det vert avgjørt om vitnemål frå fange blir gjeve frivillig. Domstolen ventar òg å høyra ein begjæring frå forsvaret om å avskaffa det dei kallar ein "presumptiv klassifisering" som behandler all diskusjon om CIA-fangstane som strengt hemmeleg, og ein begjæring frå mediene om å begrensa stenginga av rettssalen for hemmelege samtaler. Domar Pohl dømde at dei ikkje skulle tvinga til å koma til høve som skulle halda fram til slutten av denne uken, men han utelukka ikkje at det skulle vera til meir før-prosess-høringar, og han sa at alle måtte vera til stades for rettssaken, som ikkje er sannsynleg at han skal byrja før eit år sidan.
Khalid Sheikh Mohammed og fire andre som var tilteke for angrepet på 9/11 skal stilles for ein amerikansk militærdomstol for første gong på fem månader.