I mai lova Joyce å klaga ein mann som slo han med pie over støtten han hadde til samkjøns ekteskap, som ikkje er lovleg i Australia. Joyce har òg møtt kritikk frå nokre politikarar som seier at han ikkje bør ta ein politisk stilling på vegne av flyselskapet. Han sa likevel at selskapet hans "vil vera aktivt der ute" i kampanjen. "Eg trur vi må stå bak det og sørge for at vi får ein ja-stemme, og eg vil sjølvsagt kjempa for ein ja-stemme", sa han. "Vi trur at sosiale spørsmål er svært viktige for alle interessentane dine [i selskapet] og er svært viktige for dette landet". Australere vil bli spurt om synet sitt på samkjøns ekteskap gjennom ein frivillig, ikkje-bindande avstemning som byrjar neste månad. Joyce var ein av 20 konsernsjef som i mars underskrivde ein petiisjon som krev at statsminister Malcolm Turnbull skulle legalisera homofile ekteskap. Det førte til kritikk frå innvandringsminister Peter Dutton, som sa at det var "uavståelig at folk ville bruka selskap og pengar frå offentlege selskap for å kasta vekta". "Om Alan Joyce og andre konsernsjef vil ha kampanje om dette eller eit anna tema i sin eigen tid og på sin eigen mynt, så held dei med", sa Dutton då. To månader seinare, medan Joyce heldt eit tal i Perth, slo ein inntrengjar han i andletet med ein meringue pie. "Fra det eg har lese, ser det ut til at Alan Joyce er ein del av eit nettverk som prøver å undergrave den føderale parlamentariske prosessen rundt spørsmålet om likskap i ekteskapet", sa inntrengjaren, Tony Overheu, til Australian Broadcasting Corp. Mr Joyce sa seinare at han ville leggja fram klage mot Mr Overheu. Undersøkingar i dei siste åra har vist at ein majoritet av australiarar støttar samkjøns ekteskap.
Qantas-sjef Alan Joyce har oppfordra austerlandarar til å støtta det samkjøne ekteskapet i ein postavøting.