Cunha er skulda for å ha teke 5 millionar dollar i bestikkingar frå eit selskap som vann kontrakter med det statlege oljeforetaket Petrobras. Han har avvist alle påstandane. Han vart arrestert i hovudstaden Brasilia og vart overført til byen Curitiba i sør, der føderale dommar Sergio Moro lei etterforskinga av korrupsjon. Moro sa at han hadde pålagt han å arrestera han fordi det var "ein reell sjanse for at han [Cunha] kunne flykta landet, sidan han har ressursar skjult i utlandet". Petrobras er midt i ein massiv korrupsjonsskandal som har kostet selskapet to milliarder dollar og ført til at dusinvis av lovleggarar og topp forretningsmenn er arrestert. Minst tre forretningsmenn har sagt under avhør at dei har betalt bestikkingar til Cunha, som dei har sett inn på dei utanlandske kontona hans. Men etterkvart gav dei sveitsiske styresmaktene til ein korrupsjonsutforsking i Brasil at Cunha og kona hans, den tidlegare journalist Claudia Cruz, var mottakarar av løynde konton på rundt 5 millionar dollar. Tidlegare president Dilma Rousseff sa at Cunha hadde valt å godta ein anmodning om å opna sak for henne i desember i fjor etter at ho nekta å støtta han i ein korrupsjonsutforskning i kongressen. Ho vart erstatta av visepresidenten, Michel Temer, som òg er frå PMDB-partiet.
Den tidlegare talmannen i den brasilianske kongressen, Eduardo Cunha, er arrestert i samband med ein stor korrupsjonsutforskning.