I 1992 sa han til over 1000 medlemmar i partiet at dei skulle drepa tutsis og kasta likene sine i elva. Han var ein av dei som kom til å ha vore til å døy i 1992 i ein rettssak som tok 12 år. Mugesera hevda at han var uskyldig, og at talmen hadde vorte teke ut av kontekst. Folkemordet enda då opprørarar, leidd av den nåværende presidenten Paul Kagame, tok makten i juli 1994. Militsar frå den majoritets-hutu-etniske gruppa blei skuldsett for massemordet.
Ein tidlegare politikar som kalla tutsiane "kakerlakkar" og kalla på for å utrydda dei, har vorte fengsla i Rwanda for folkemordet i 1994.