Расширенные гаплотипы на основе редких однонуклеотидных полиморфизмов TNFA и HLA DRB1 в ассоциации с ревматоидным артритом
Ревматоидный артрит (РА) является мультифакторным сложно-наследуемым заболеванием, в основе генетического компонента которого лежат межгенные взаимодействия, приводящие к формированию генных сетей, и актуальным направлением изучения полигенной природы РА является оценка взаимодействий «ген - ген».Среди возможных генетических факторов, способствующих развитию заболевания, основополагающая роль принадлежит генам главного комплекса гистосовместимости, а именно HLA II класса.К другой группе рассматриваемых в литературе генетических факторов восприимчивости или устойчивости к РА относят полиморфные варианты генов цитокинов. Одним из возможных генов кандидатов, обеспечивающих восприимчивость к данной патологии и вклад в иммунопатогенез, по литературным данным, является ген TNFA. Особое расположение данного гена позволяет предположить формирование расширенных гаплотипов TNFA - HLA.Исходя из вышеизложенного данной работе был проведен анализ особенностей распределения двухлокусных гаплотипов SNPs TNFA - HLA DRB1 в ассоциации с ревматоидным артритом в популяции русских Челябинской области.В исследовании использовались следующие методы: выделение образцов ДНК из цельной крови, проведение генотипирования исследуемых полиморфизмов генов с помощью ПЦР, ПДРФ с электрофоретической детекцией. Расчет частот двухлокусных гаплотипов, образованных SNPs в точках -1031T/C, -863C/A промоторной области гена TNFA, расширенных гаплотипов TNFA - HLA DRB1 проводился с использованием EM-алгоритма и оценки неравновесного сцепления (D’; χ2; р) с помощью программы Arlequin ver. 3.5. Сравнение двух выборок с целью поиска ассоциации с предрасположенностью к РА проводилось с использованием стандартных иммуногенетических критериев.Значимость различий при p ≤ 0,05. Анализ данных показал, что двухлокусные гаплотипы -1031T/C и -863C/A TNFA не ассоциированы с предрасположенностью к ревматоидному артриту в популяции русских.Установлены гаплотипы, ассоциированные с предрасположенностью к ревматоидному артриту: TNFA -863*a - HLA DRB1*03, TNFA -1031*t - HLA DRB1*04, TNFA -1031*t - HLA DRB1*04. В исследовании выявлены следующие гаплотипы-протекторы: TNFA -1031*t - HLA DRB1*15; TNFA -1031*t - HLA DRB1*11.Таким образом, наше исследование показывает, что кроме отдельных генных семейств HLA II класса в предрасположенность/устойчивость к ревматоидному артриту вносят вклад гаплотипические сочетания редких однонуклеотидных полиморфизмов в точках -1031, -863 С/А гена TNFA и HLA DRB1.