Выбор олигонуклеотидов, селективно связывающих онкогенную miR-21
Разработана серия антисмысловых олигонуклеотидов, нацеленных на онкогенную малую некодирующую РНК miR-21, с целью ее селективного связывания, и исследованы закономерности взаимодействия miR-21 с этими олигонуклеотидами in vitro. В серию входили линейные и шпилечные олигонуклеотиды с длиной антисмыслового фрагмента 10–16 нт, комплементарного как 5-, так и 3-области молекулы miR-21. Шпилечные олигонуклеотиды состояли из последовательности, комплементарной miR-21, и шпильки, включающей четырехзвенную петлю и стебель длиной 6–9 п.о., необходимый для стабилизации комплекса с miR-21. Показано, что включение в состав олигонуклеотида шпильки с длиной стебля 6 п.о. приводит к выигрышу в эффективности связывания с miR-21 в 1.6 раз по сравнению с линейным олигонуклеотидом, а удлинение стебля шпильки с 6 до 9 п.о. не повышает эффективность связывания. Шпилечные олигонуклеотиды с длиной антисмыслового фрагмента 14 нт эффективно связываются с miR-21 и не уступают 16-звенным линейным и шпилечным олигонуклеотидам по эффективности комплексообразования. В результате исследований показано, что шпилечные олигонуклеотиды с длиной антисмыслового фрагмента 14 нт и шпилькой, включающей стебель длиной 6 п.о., являются оптимальными для селективного и эффективного связывания зрелой miR-21.