Сравнительный анализ методов генетического типирования Bacillus anthracis
Генетическое типирование возбудителя сибирской язвы применяется в эпидемиологических расследованиях вспышек инфекции и служит инструментом изучения эволюции этого патогенного вида. Изучены аналитические, технические и экономические возможности наиболее распространенных современных методов генетического типирования B. anthracis на основе собственных и литературных данных. Установили, что canSNP-генотипирование выделяет у 23 штаммов B. anthracis 10 генотипов с индексом разнообразия DI 0.8261. DI для MLST составляет не более 0.5495–0.5790 в зависимости от выборки штаммов. DI для MLVA-15, 25 и 31 одинаков и равен 0.9881. Анализ SNP коровой области геномов 181 штамма обеспечивает самую высокую дискриминацию (DI = 1). MVLST с DI, равным 0.9960, как и SNR-анализ, выявляет различия между генотипами изолятов из одной вспышки. CanSNP13-генотипирование вполне достаточно в качестве предварительного этапа генотипирования для разделения штаммов на основные генетические линии. MLST B. anthracis нецелесообразно ввиду малой разрешающей способности и трудоемкости, а MVLST, несмотря на высокую разрешающую способность, – из-за длительности и трудоемкости исследования. Идентичность изолятов из одной вспышки сибирской язвы можно подтвердить методами MLVA15–31, тонкие различия между ними – методами анализа SNR и SNP коровой области генома.