Прогноз и верификация влияния sNP rs367781716 на взаимодействие тЛГА-связывающего белка с промотором гена АВСА9 человека
Высокопроизводительное секвенирование ДНК, в том числе в ходе проекта «1 000 геномов», открыло возможность для учета локусов и SNPs (Single Nucleotide Polymorphism - SNP) в медицине. Это позволяет врачам улучшить лечение. Однако десяткам миллионов неаннотированных SNPs соответствует гигантское число ложноположительных (ложноотрицательных) кандидатных SNP-маркеров, отбираемых компьютерными методами для сравнения их частот у пациентов с нормой. Это способствует недооценке значимых для медицины SNPs и затратам на проверку нейтральных SNPs. Предшествующие медицинским испытаниям опыты по проверке потенциально кандидатных SNP-маркеров могут исключить нейтральные SNPs. С помощью ранее созданного Web-сервиса SNP_TATA_comparator был найден неаннотированный SNP rs367781716 - замена референсного Т (норма) на минорный С в позиции -37 перед стартом транскрипта с гена АВСА9, достоверно снижающий сродство его промотора к ТАТА-связывающему белку (ТВР). Это соответствует недостаточности продукта гена АВСА9, транспортера АТР-связывающей кассеты A9. Для экспериментальной проверки этого rs367781716 мы измерили методом гель-ретардации скорости образования (k a) и распада (k d) комплексов ТВР с олигонуклеотидами, идентичными аллелям «-37С» и «-37Т» гена АВСА9. Установлено, что скорость образования комплексов ТВР/ТАТА, k a, для минорного аллеля в 2,4 раза ниже, чем для референсного. Экспериментальное значение изменения равновесной константы диссоциации (K D = k d/k a), характеризующей аффинность ТВР к промотору, содержащему ТАТА-бокс, и его прогноз с использованием Web-сервиса SNP_ТАТА_Comparator совпали с точностью до погрешности измерений и расчетов. Измерены время полураспада и свободная энергия Гиббса комплекса ТВР с промотором АВСА9. Обсуждаются возможные фенотипические проявления потенциально кандидатного SNP-маркера rs367781716.