Идентификация и характеристика кольцевых РНК из камбия развивающегося стебля проростков тополя
Некодирующие РНК выполняют множество функций в жизни растений. Недавно показали, что ковалентно замкнутые кольцевые молекулы РНК (цирРНК) образуют группу изоформ с тканеспецифичной экспрессией, которые часто взаимодействуют с линейными мРНК, регулируя функции генов растений. Однако цирРНК из камбия тополя и их потенциальная роль в развитии камбия и ксилемы ранее не были изучены. Нами секвенирован транскриптом камбия на двух стадиях развития проростков тополя, идентифицированы и охарактеризованы 4912 цирРНК. Транскрипты 87 генов, находящихся на разных хромосомах, подвергаются альтернативному бэксплайсингу с циркуляризацией, ведущей к образованию цирРНК. Всего описано 928 генов, продуцирующих 1138 цирРНК, которые с помощью GO-анализа отнесены к трем основным функциональным категориям. Выявлены 39 цирРНК, дифференциально экспрессирующихся в камбии на двух стадиях развития проростков. Предполагается, что 24 дифференциально экспрессируемых цирРНК взаимодействуют с 98 микроРНК-мишенями, часть которых связана с ростом и развитием камбия. Полученные результаты указывают на важную роль цирРНК камбия в регуляции роста и развития проростков тополя.