Подготовка образцов скелетной мышцы человека для протеомных исследований с использованием изобарической метки iTRAQ
Использование масс-спектрометрических методов для изучения молекулярных механизмов, регулирующих метаболизм скелетных мышц, вызывает повышенный интерес. Большая представленность нескольких сократительных белков в скелетных мышцах значительно ограничивает глубину панорамного протеомного анализа. Использование изобарических меток при масс-спектрометрическом анализе позволяет улучшить оценку изменений содержания белков и анализировать одновременно до 10 проб за один запуск. В представленной работе сопоставлены различные методы фракционирования пептидов, полученных из мышечной ткани человека и меченных изобарической меткой iTRAQ. Пробы m. vastus lateralis брали с помощью игольчатой биопсии у восьми молодых мужчин. Подготовку проб проводили после гидролиза белков и мечения пептидов изобарической меткой в трех вариантах: 1) очистка пептидов–ВЭЖХ-МС/МС; 2) очистка пептидов–изоэлектрофокусировка–ВЭЖХ-МС/МС; 3) фракционирование по гидрофобности в оснóвных условиях– ВЭЖХ-МС/МС. Фракционирование меченых пептидов по гидрофобности в оснóвных условиях оказалось оптимальным для увеличения глубины протеомного анализа. Такой способ подготовки проб, помимо сократительных и митохондриальных, позволяет значительно увеличить количество детектируемых регуляторных белков, а именно белков, связанных с нуклеиновыми кислотами, шаперонов, рецепторов и транскрипционных факторов.