Предсказание селективного торможения нейраминидазы вируса гриппа различных штаммов потенциальными ингибиторами
Создана универсальная модель предсказания торможения нейраминидазы различных штаммах вируса гриппа заданным ингибитором. Она основана на известных данных о трёхмерной структуре (3D) нейраминидазы из различных штаммов вируса гриппа (A/Tokyo/3/67, A/tern/Australia/G70C/75, B/Lee/40), а также моделировании трёхмерной структуры нейраминидазы других штаммов (A/PR/8/34 и A/Aichi/2/68). С использованием докинга и молекулярной динамики были смоделированы 235 комплексов для лигандов с известными значениями IC50 для 185 соединений. Отбор конечных вариантов из трёх промежуточных для каждой пары белок/лиганд и расчёт независимых переменных для построения уравнений линейной регрессии выполнен с использованием MM-PBSA/MM-GBSA. В результате был получен набор уравнений, как для отдельных штаммов, так и уравнение, объединяющее все данные. Таким образом, результаты данной работы показывают реальную возможность предсказания степени ингибирования нейраминидазы для каждого из рассмотренных штаммов произвольным ингибитором и предсказать спектр его действия на различные варианты вируса гриппа.