ИЗУЧЕНИЕ МИКРОБИОМА ШИПОВ, ВЫРАЩИВАЕМЫХ В УСЛОВИЯХ ЗАМКНУТОГО ВОДОСНАБЖЕНИЯ С ПРИМЕНЕНИЕМ МЕТОДОВ МЕТАГЕНОМИКИ
Целью исследований явился анализ микробиома кожи, жаберных пластин и кишечника осетровых рыб. Изучив структуру микробного сообщества шипов, разводимых в условиях замкнутого водоснаб жения (УЗВ), мы можем сделать вывод как о физиологическом состоянии рыб, так и о возможных па тологиях. Для составления коллекции образцов были отобраны образцы от 10 особей осетровых видов рыб - шипа (по 5 из двух посадочных бассейнов № 3 и 6). Для изучения микрофлоры поверхности кожи были взяты кусочки плавников, органов дыхания - кусочки жаберных пластинок, а для изучения есте ственной микрофлоры органов пищеварения - смывы из прямой кишки путём введения тампона через анальное отверстие. Образцы были фиксированы в 96 %-ном этиловом спирте на местах сбора мате риала. Каждому образцу присваивался идентификационный номер. ДНК из ткани осетровых рыб вы деляли с использованием набора реактивов (MACHEREY-NAGEL NucleoSpin Soil) компании MACHEREY NAGEL (Германия). Обработка полученных последовательностей производилась с помощью утилит Trimmomatic и Fastq-Join, OTU-picking производился с помощью пакета QIIME. В ходе проведённых исследований установлено, что наибольшими различиями между бассейнами обладают микробиомы кишечного отверстия, а наименьшими - микробиомы поверхности плавников, т.е. степень влияния бассейна на выраженность различий между микробиомами возрастает в следую щем ряду: плавниковые - жаберные - кишечные сообщества.