ПРЕДСКАЗАНИЕ ЯДЕР СВОРАЧИВАНИЯ В МОЛЕКУЛАХ тРНК
Предсказание ядер сворачивания молекул РНК дает возможность по-новому взглянуть на проблему возможных путей сворачивания нуклеотидных последовательностей РНК и вопросов, связанных с неправильным сворачиванием РНК, а также на стабильность структуры РНК. Нами были выбраны модель и энергетические параметры для описания структуры РНК. Алгоритм для изучения процессов, включающих сворачивание/разворачивания белков, был успешно применен для расчетов на тРНК. Рассмотрены четыре молекулы тРНК, структуры которых получены в свободном состоянии (тРНКPhе, тРНКAsp, тРНКfMet, тРНКLys). Рассчитанные Ф-величины для молекул тРНК согласуются с экспериментальными данными, которые показали, что нуклеотидные остатки в области петель D- и T-шпилек вовлекаются в структуру тРНК последними или, точнее, не входят в ядро сворачивания тРНК. Высокие значения Ф-величин в области антикодоновой шпильки показывают, что именно там локализовано ядро сворачивания для тРНК.