МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ ШТАММОВ БАКТЕРИЙ-АНТАГОНИСТОВ ФИТОПАТОГЕНОВ
Актуальность. В силу общемировой тенденции к использованию экологически чистой пищевой продукции микробиологические методы защиты растений от фитопатогенов и насекомых-вредителей приобретают в последнее время особое значение. Среди таких микроорганизмов можно выделить штаммы Xenorhabdusnematophila и Bacillusthuringiensis . Промышленное использование этих бактерий требует регулярного подтверждения их аутентичности оригинальным запатентованным оригиналам из хранящихся коллекций полезных микроорганизмов. Объект. Объектом исследования были бактериальные изоляты, относящиеся к двум видам - Xenorhabdusnematophila и Bacillusthuringiensis . Первый, являясь частью кишечной микробиоты почвенной нематоды, производит вторичные метаболиты, губительные для вредных насекомых. Второй - в определенных условиях обладает ценным качеством, производя устойчивые к внешним условиям споры, являющиеся функционально активным компонентом биопрепаратов. Материалы и методы. Ранее разработанный метод генетической паспортизации бактериальных штаммов, основанный на двойном расщеплении и избирательном мечении фрагментов ДНК (ДРИМ) был использован для молекулярно-генетической идентификации штаммов этих двух видов. В этом методе одновременно используются две эндонуклеазы рестрикции, одна производит усеченные концы, которые могут быть помечены биотинилированным дезоксицитозинтрифосфатом, а другая - тупые концы, не способные к включению метки. В результате - из тысяч фрагментов ДНК только ограниченное число будет нести метку; число и распределение таких меченых фрагментов после электрофореза в обычном агарозном геле легко визуализируется на нейлоновом фильтре. Набор фрагментов характерен для каждого бактериального штамма и является своего рода генетическим паспортом. Цель работы состояла в применении этого метода для идентификации штаммов бактерий двух видов. Результаты и выводы. На примере Bacillusthuringiensis было показано, что разрешающая способность метода зависит от числа детектируемых фрагментов ДНК. Например, пара ферментов Sgr AI/ Eco 24I генерирует более 25 фрагментов ДНК, в то же время, Sgs I/ Eco 32I - всего несколько. Чем больше фрагментов ДНК выявляется на фильтре, тем большая дискриминационная способность метода. В случае использования Sgr AI/ Eco 24I все изоляты были разделены на отдельные генотипы за исключением двух - EП и Е. Наоборот, пара ферментов Sgs I/ Eco 32I, продуцируя малое число полос на фильтре, не разделила большинство изолятов на генотипы. Что касается энтомопатогенной бактерии Xenorhabdusnematophila, оптимальной парой ферментов была SgsI/Eco 32I. Применение ферментов SgsI/Eco 32I у Xenorhabdusnematophila показало идентичность изолятов C/s и P, в то же время изолят J существенно от них отличался. Метод ДРИМ способен выявлять перестройки в геномной ДНК бактерий для паспортизации полезных бактерий, продуцирующих биоинсектициды и проявляющих антагонистическую активность. Таким образом, эта методика генотипирования может быть полезным инструментом в идентификации бактериальных штаммов, проявляющих антагонистическую активность и используемых сейчас на практике.