Модификация остатков цистеина для масс-спектрометрического протеомного анализа: факты и артефакты
Масс-спектрометрический протеомный анализ на стадии пробоподготовки включает в себя искусственное восстановление дисульфидных связей, образованных остатками цистеина. Такие связи при их сохранении в нативном состоянии затрудняют последующий ферментативный гидролиз и интерпретацию результатов исследования. Для предотвращения повторного образования дисульфидных связей остатки цистеина защищают специальными группами, чаще всего путём алкилирования. В данном обзоре рассмотрены используемые способы модификации остатков цистеина во время пробоподготовки, а также возможные артефакты этого этапа, в частности, побочные реакции используемых для этого алкилирующих агентов с другими аминокислотными остатками. Наиболее распространённым алкилирующим соединением для защиты остатков цистеина в масс-спектрометрическом протеомном анализе является йодацетамид. Однако данные литературы в этой области указывают на то, что данный реагент вызывает больше побочных реакций, чем другие используемые агенты, такие как хлорацетамид и акриламид. Последние могут быть рекомендованы для более широкого использования. В обзоре также обсуждаются особенности модификации остатков цистеина и их влияние на эффективность поиска посттрансляционных модификаций и белковых продуктов генов, содержащих однонуклеотидные замены.