Производительность современных вычислительных платформ при обработке данных расчетов молекулярной динамики мембранных и белок-мембранных систем
Проведено исследование производительности 2-х алгоритмов обработки результатов молекулярной динамики (МД): расчета радиальной функции распределения (RDF) и расчета энергии на современных вычислительных платформах. Показано, что оба алгоритма эффективно распараллеливаются как на системах с общей памятью, так и на кластерах с распределенной памятью. Для обработки результатов МД систем среднего размера эффективность распараллеливания расчета RDF близка к 1 в диапазоне до 100 ядер, а при расчете энергии - до 500 ядер. Показано, что при расчете энергии при небольшом числе ядер выгоднее использовать параллелизацию по индексам атомов, а при большом числе ядер - по объему.