Сравнительный геномный анализ наборов праймеров, используемых для диагностики коронавирусной инфекции COVID-19
В связи с мировой пандемией, обусловленной коронавирусом SARS-CoV-2, особо актуальной научно-практической задачей является создание эффективных средств диагностики коронавирусных инфекций у человека. Для решения этой задачи в ряде независимых исследований был произведен поиск наборов праймеров, наибольшим образом подходящих для выявления в образцах РНК коронавируса SARS-CoV-2 методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в реальном времени. Нами были проведены сбор и анализ опубликованных данных в целях поиска и обоснования наиболее эффективного способа детекции SARS-CoV-2 в биологических образцах пациентов с признаками заражения. Всего для проведения анализа было выбрано 22 набора праймеров (в том числе рекомендованных ВОЗ). Сравнительный анализ сайтов отжига праймеров на геномные последовательности вируса SARS-CoV-2 и наиболее близкородственного ему вируса SARS-CoV показал, что существуют два набора праймеров, которые при потенциальной мутационной изменчивости генома SARS-CoV-2, схожей с изменчивостью SARS-CoV-1, будут наиболее эффективны при использовании, поскольку отжигаются на консервативные участки генома SARS-CoV-1.