Многомерный статистический анализ пространственных структур ДНК в интерфейсах комплексов гомеодомен-ДНК: "диккерсоновы параметры"
Специфические комплексы гомеодоменов с ДНК образуются при связывании белка с двуспиральной ДНК в B-форме (по широкому желобу). Классификация комплексов белок-ДНК и их интерфейсов по физико-химическим, геометрическим параметрам связана с решением ряда задач вычислительного и статистического характера. Классификация должна дать сведения о взаимосвязи комплексов друг с другом, дать возможность проследить их эволюцию и дать основу для формулировок правил узнавания и построения моделей узнавания. Для решения задач классификации необходимо составить список надлежащих дескрипторов комплексов и их интерфейсов, провести многомерный статистический анализ данных из этого списка. Мы используем геометрические параметры, 3DNA: a software package, пространственных структур ДНК в интерфейсах 75 комплексов гомеодомен-ДНК (PDB). В данной работе представлены результаты многомерного статистического анализа «диккерсоновых параметров» пар азотистых оснований ДНК в интерфейсах комплексов гомеодомен-ДНК.