சிறையிலிருக்கும்போதே , அய்யம்பெருமாள் அழித்தொழிப்பு வழக்கில், தோழர் கலியபெருமாள், அவரது மூத்த மகன் வள்ளுவன் ஆகிய இருவருக்கும் தூத்துத் தண்டனை விதிக்கப்பட்டது. அவரது துணைவியாரின் சகோதரி அனந்தநாயகி, அவரது இளைய மகன் நம்பியார், தம்பி மாசிலாமணி, ராஜமாணிக்கம், ஆறுமுகம் ஆகியோருக்கு ஆயுள் தண்டனை விதிக்கப்பட்டது. சில கால இடைவெளியில் அவருடன் தண்டனை விதிக்கப்பட்ட அனைவரும் ஜனாதிபதியிடம் கருணை மனுவுக்கு விண்ணபிக்க, இறுதிவரையிலும் கலியபெருமாள் மட்டும் கருணை மனுவுக்கு விண்ணப்பிக்கவில்லை. வெளியில் இவர்களின் தூத்துத்தண்டனையை ரத்து செய்யக்கோரி பல இயக்கங்களைச் சேர்ந்தவர்கள், பலவித போராட்டங்களை நடத்தியபோதும் கலியபெருமாள் மட்டும் கடைசி வரைக்கும் கருணை மனு கொடுக்கவில்லை. இறுதியில் வெளியிலிருந்த அவரது மனைவி வாலாம்பாளிடம் கருணை மனு வாங்கி, அதன் மூலமாக 1973-ம் ஆண்டு, தூக்குத்தண்டனை, ஆயுள் தண்டனையாக மாற்றப்பட்டது.