ஆனால், தமிழ்நாட்டிற்கு முல்லைப் பெரியாறு தண்ணீர் செல்லக்கூடாது என்ற இனப்பகைக் காரணமாக முல்லைப் பெரியாறு அணைக்கு எதிராக ஆதாரமற்ற குற்றச்சாட்டுகளை கேரள அரசு கூறி வந்தது. பல்வேறு ஆய்வுகளுக்குப் பிறகு உச்ச நீதிமன்றம் 2014 மே 7 அன்று அளித்த இறுதித் தீர்ப்பில் முல்லைப் பெரியாறு அணை எல்லா வகையிலும் வலுவாக இருப்பதை உறுதி செய்து, 142 அடி தண்ணீர் தேக்கிக் கொள்ள ஆணையிட்டது.