கி.பி. 3ஆம் நூற்றாண்டில் ஆட்சிசெய்த மகாசேனன், கோணேசர் மலையிலிருந்த ஆலயத்தை அழித்து, அவ்விடத்தில் விகாரையொன்றை நிறுவினான். இதனை மகாவம்சம் ‘திருகோணமலையிலிருந்த பிராமணக் கடவுளுக்கான கோயிலொன்றை மகாசேனன் இடித்தான்’ எனக் குறிப்பிட்டுள்ளது. மகாசேனனால் அழிக்கப்பட்ட ஆலயத்தைச் சைவசமயிகள் மீண்டும் இவ்விடத்தில் நிறுவினர் என்பதை வரலாற்றுக்குறிப்புகளிற் காணலாம். வரலாறு, இலக்கியம், தொல்பொருள் ஆய்வுகள், மேலைநாட்டார் குறிப்புகள் யாவும் கிமுற்பட்ட காலத்திலேயே கோணேஸ்வரம் சுவாமிமலையில் இந்துக்கோயில் இருந்ததென்பதை நிரூபிக்கும்பொழுது மகாயான தீவிரவாதியான மகாசேனன் இந்து ஆலயத்தை அழித்துக் கட்டிய விகாரையின் எச்சங்கள் சிலவற்றைக் கொண்டு இவ்விடத்தில் இந்துக்கோயில் இருக்கவில்லை என்று நினைப்பது தவறான சிந்தனையாகும்.