அதன் பிறகு, அடுத்த ஓராண்டுக்குள் பாராளுமன்றம் கலைக்கப்பட்டு 1999-ல் பொதுத் தேர்தல் நடைபெற்றது. இந்த தேர்தலில் 303 எம்.பி.க்.களுடன் பா.ஜ.க. அபார வெற்றி பெற்றது. இதனையொட்டி, 13-10-1999 அன்று மூன்றாவது முறையாக அவர் இந்தியாவின் பிரதமர் ஆனார்.இம்முறை 5 ஆண்டுகாலம் தனது பதவியை நிறைவு செய்த வாஜ்பாய், பொக்ரான் அணு குண்டு சோதனை, கார்கில் போர் ஆகியவற்றை வெற்றிகரமாக நடத்தி பாகிஸ்தானின் மூக்கை உடைத்தார். இதன் மூலம் இந்தியாவின் ஆற்றலையும், பெருமையயும் உலக நாடுகளுக்கு உணர்த்தினார்.