என்.எல்.சி நிலையத்தை முற்றுகையிட்டு போராட்டம் நடத்தியபோது அவர் பேசிய பேச்சுகள் இந்திய இறையாண்மைக்கு எதிராக இருந்ததாகக் குற்றம்சாட்டப்பட்டது. ஸ்டான்லி மருத்துவமனையில் சிகிச்சை பெற்று வந்த அவரை இந்த வழக்கு தொடர்பாக போலீஸார் கைது செய்து புழல் மத்திய சிறைக்குக் கொண்டு சென்றனர். அதன்பின் வைகோ, தினகரன், சீமான் உள்ளிட்ட பல்வேறு அரசியல் கட்சித் தலைவர்கள் வேல்முருகனை சிறையில் சந்தித்து உடல்நலம் விசாரித்தனர்.