2003-ம் ஆண்டு சதாம் ஹுசேயின் பேரழிவு விளைவிக்கும் படைக்கலன்களை வைத்திருக்கின்றார் எனப் பொய் சொல்லி ஈராக்கை அமெரிக்கப்படைகள் ஆக்கிரமித்தன. அப்போது ஈராக்கிற்கான அல் கெய்தா என ஒரு அமைப்பு ஈராக்கில் ஜோர்தானியரான அபு முசாப் அல் ஜர்காவி (Abu Musab al-Zarqawi) இனால் உருவாக்கப்பட்டு அது அமெரிக்கப்படைகளுக்கு எதிராகப் போராடியது. பின்னர் 2004-ம் ஆண்டு ஒக்டோபர் மாதம் அது அல் கெய்தாவின் ஒரு கிளை அமைப்பாக மாற்றப்பட்டது. சுனி முசுலிம் அமைப்பான ஈராக்கிற்கான அல் கெய்தா அமெரிக்காவுடன் ஒத்துழைப்பவர்களையும் சியா முசுலிம்களையும் கொன்று குவித்தது. இந்த அமைப்பால் ஈராக்கில் சுனி முசுலிம்களுக்கும் சிய முசுலிம்களுக்கும் இடையிலான மோதல் உருவாகி அதில் பல அப்பாவிகள் கொல்லபப்ட்டனர். பின்னர் இந்த அமைப்பு தனது தாக்குதல்களை ஜோர்தான், இஸ்ரேல் ஆகிய நாடுகளுக்கும் விரிவு படுத்தியது. ஈராக்கிற்கான அல் கெய்தா பின்னர் தனது பெயரை ஐ.எஸ்.ஐ.எஸ் என மாற்றிக் கொண்டது.