அமைச்சின் கணக்குப் பிரிவானது, கொடுப்பனவு, பெறுகை, களஞ்சியம் மற்றும் வள முகாமைத்துவம், கணக்குகள் ஆகிய 04 பிரதான பிரிவுகளை உள்ளடக்கியுள்ளது. பாராளுமன்றத்திற்கு பதிலளிப்பதற்கான கடப்பாடு கொண்ட வலுவாதார அபிவிருத்தி மற்றும் வனசீவராசிகள் அமைச்சின் செயலாளர் பிரதான கணக்கீட்டு அலுவலராக நிறைவேற்ற வேண்டிய அமைச்சினதும் அமைச்சின் கீழ் இயங்குகின்ற நிறுவனங்களின் நிதிக் கட்டுப்பாட்டுப் பணிகளுக்குத் தேவையான நேரடி ஒத்துழைப்புக்களை வழங்குவது இவ் அமைச்சின் பிரதான கடப்பாடாகும். அதற்கமைய அமைச்சினதும், அமைச்சின் கீழ் இயங்குகின்ற நிறுவனங்களினதும் நிதிக் கட்டுபாட்டு நடவடிக்கைகளை திட்டமிடல், ஒழுங்கமைத்தல், செயற்படுத்தல் மற்றும் அதற்கு உரியதான கட்டுப்பாட்டுப் பணிகள் இப் பிரிவின் ஊடாக மேற்கொள்ளப்படுகின்றன.