1521 இல் பெர்டினென்ட் மகலன் ஹொமொன்கொன், கிழக்கு சமருக்கு வருகைதந்தமை எசுப்பானியக் காலனியாதிக்கத்தின் ஆரம்பமாக அமைந்தது. 1543 இல், எசுப்பானிய நாடுகாண் பயணியான ருய் லோபேஸ் டி வில்லாபோஸ் எசுப்பானியாவின் இரண்டாம் பிலிப்பு அரசருக்குக் கௌரவமளிக்கும் பொருட்டு இத்தீவுக்கூட்டத்திற்கு லாஸ் ஐலாஸ் பிலிப்பினாஸ் எனப் பெயரிட்டார். மெக்சிக்கோ நகரத்திலிருந்து மிகுவெல் லோபேஸ் டி லெகாஸ்பியின் வருகையுடன் 1565 இல் இத்தீவுக்கூட்டத்தின் முதலாவது எசுப்பானியக் குடியிருப்பு நிறுவப்பட்டது.[19] பிலிப்பீன்சு 300 வருடங்களுக்கு மேலாக எசுப்பானியப் பேரரசின் பகுதியாக இருந்தது. இதன் விளைவாகக் கத்தோலிக்கம் நாட்டின் முக்கியமான சமயமானது. இந்தக் காலத்தில், ஆசியாவுடன் அமெரிக்காக்களை இணைத்த பசுபிக்கினூடான மணிலா - அகபல்கோ வணிகத்தின் மேற்கத்தைய மையமாக மணிலா உருவானது.[20]