பிறகு, புறநகரில் இருந்து மெள்ளத் தன் கவனத்தை கோவை மாநகரம் நோக்கித் திருப்பிய பொங்கலூரார், மாநகர் மாவட்டச் செயலாளர் பதவியைக் குறிவைத்தார். கோவை மாவட்ட தி.மு.க-வில் அசைக்க முடியாத சக்தியாக விளங்கிய மு.கண்ணப்பனை எதிர்த்துக் காய் நகர்த்தியபோது, தொடக்கத்தில் தோல்விதான் மிஞ்சியது. பிறகு, வைகோவின் பின்னால் கண்ணப்பன் தாவியதன் மூலம், பொங்கலூராருக்கு கோவை மாவட்ட தி.மு.க-வில் இடம் கிடைத்தது. ஆனால், சி.டி.தண்ட பாணியைச் சமாளிக்கச் சிரமப்பட்டார். கண்ணப் பன் இழப்பால் ஆட்டம் கண்ட கோவை தி.மு.க- வைத் தூக்கி நிறுத்த பொங்கலூரார் பேய்த்தனமாக உழைத்ததை யாரும் மறக்க மாட்டார்கள். அதிலும் தொழிலில் சம்பாதித்த பணத்தைக் கட்சி நிகழ்வுகளுக்காக பொங்கலூரார் கொண்டுவந்து கொட்டியதைப் புருவத்தை உயர்த்திக் கவனித்தது தலைமை. 'கோடி கொடுத்து கொடியைக் காப்பாற்றிய பழனிச்சாமி!' என்று முரசொலியில் நெகிழ்ந்து எழுதிய கருணாநிதி, 1996-ல் பழனிச்சாமி கையில் முதன்முறையாக அமைச்சர் பதவியை வழங்கினார். வனம் மற்றும் கால்நடைத் துறை அமைச்சர் பதவியை ஏற்றார்.