பின்னர், நம்பி நாராயணன் மீதான வழக்கு சிபிஐக்கு மாற்றப்பட்டது. விசாரணையின் முடிவில் அவர் மீது எந்தக் குற்றமும் இல்லை என நிரூபிக்கப்பட்டு வழக்கிலிருந்து அவர் விடுவிக்கப்பட்டார். மீண்டும் இஸ்ரோவில் சேர்ந்த அவருக்கு முக்கிய பொறுப்புகள் ஏதும் கொடுக்கப்படவில்லை. அதனால், 2001ஆம் ஆண்டு பணியிலிருந்து நம்பி நாராயணன் ஓய்வு பெற்றார்.