விஜயநகர மன்னர்கள் பெரும்பாலும் கடைபிடித்தது வைஷ்ணவ மதத்தைத்தான். இவர்கள் காலத்தில்தான் தமிழகம் மற்றும் கர்நாடகப் பகுதிகளில் வைஷ்ணவம் பெரிதும் பரவியது. அதேசமயம், சைவத்தில் தீவிரமாக இருந்த வீரசைவர்கள் (லிங்காய்த்கள், ஜங்கமர்கள் போன்றோர்) சிறப்பாக தங்களின் சைவ மதத்தைப் போற்றிவந்தனர். இதற்கு விஜயநகர ஆட்சியில் எந்த இடைஞ்சல்களும் தரப்படவில்லை. மன்னர் தேவராயர், தன் தலைநகரிலேயே சமணர் கோயிலையும் கட்டுவித்தார். இவருடைய படையில், இஸ்லாமியர்களும் வீரர்களாகச் சேர்க்கப்பட்டிருந்தனர்.