எம்.ஜி.ஆரின் மறைவிற்குப் பிறகு பல்வேறு குழப்பங்கள் ஏற்பட்டது. அவருடைய மனைவியான ஜானகி சில மாதங்கள் முதலமைச்சராகப் பொறுப்பில் இருந்தார். பின்னர் கட்சியின் பொதுச்செயலாளராக ஜெயலலிதா தேர்வானார். இதற்கு அடுத்த கட்டமாக 1989 ஜனவரியில் தமிழகத்தின் பொதுத்தேர்தல் வந்தது. இதில் தி.மு.க. 150 இடங்களில் வெற்றி பெற்று மீண்டும் ஆட்சியைப் பிடித்தது. கலைஞர் மூன்றாவது முறையாக முதலமைச்சரானார். ஆனால் இந்த ஆட்சியும் முழுமையாக ஐந்தாண்டுகள் நீடிக்கவில்லை. இலங்கையில் ‘தனி ஈழம்’ கேட்டு ஆயுதப் போராட்டம் நடத்திக்கொண்டிருந்த, ‘தமிழீழ விடுதலைப் புலிகளுக்கு’ ஆதரவு அளித்ததாகவும், விடுதலைப் புலிகள் அமைப்பினருக்கு தமிழகத்தில் அடைக்கலம் கொடுத்ததாகவும் தி.மு.க.வை நோக்கி சுப்பிரமணிய சுவாமி, ஜெயலலிதா உள்ளிட்டவர்கள் கடுமையாக விமர்சனத்தை முன்வைத்தனர். மேலும் காங்கிரஸுடன் ஜெயலலிதா நெருக்கம் கொண்டார். மத்தியில் அமைந்த வி.பி.சிங் அரசு பெரும்பான்மை இல்லாமல் இருந்தது. இந்தச் சூழலைப் பயன்படுத்திக்கொண்டு தொடர்ந்து அழுத்தம் கொடுத்ததினால், ஜனவரி 1991இல் தி.மு.க.வின் அரசு கலைக்கப்பட்டு குடியரசுத் தலைவர் ஆட்சி அமலுக்கு வந்தது. இத்தருணத்தில் இந்தியாவின் முன்னாள் பிரதமரான ராஜீவ் காந்தி நாடாளுமன்றத்துக்கான தேர்தல் பிரச்சாரத்திற்காக தமிழகம் வந்தபோது, மே 21, 1991இல் படுகொலை செய்யப்படுகிறார். இதன்விளைவாக ஜூன் 1991இல் நடைபெற்ற தமிழகத் தேர்தலில் காங்கிரஸுடன் கூட்டணி அமைத்த ஜெயலலிதா தமிழகத்தின் முதலமைச்சராகப் பொறுப்பேற்றார். அப்படிப் பொறுப்பேற்ற அவர் 1991 முதல் 1996 வரை முழுமையான ஐந்தாண்டுகளை ஆட்சி புரிந்தார்.