1963-ல் இந்தி எதிர்ப்புப் போர் மீண்டும் தொடங்கியது. தி.மு.க சூறாவளியாகக் களமிறங்கியது. அதையடுத்து, 1965-ம் ஆண்டு பிப்ரவரி 16-ம் தேதி கருணாநிதி தேசியப் பாதுகாப்புச் சட்டத்தின் கீழ் கைது செய்யப்பட்டார். பாளையங்கோட்டைத் தனிமைச் சிறையில் அடைக்கப்பட்டார். அங்கு கருணாநிதியை வந்து பார்த்த அண்ணா, ‘என் தம்பி கருணாநிதி தனிமைச் சிறையில் இருக்கும் இந்த இடம்தான் யாத்திரை செய்ய வேண்டிய புண்ணிய பூமி’ என்றார்.