सीबीआई के इस प्रकरण के कई गंभीर पहलू है. केंद्र पर आरोप लग रहा है वह अस्थाभना को बचाने के लिए गुजरात मॉडल का प्रयोग कर रही है. केंद्र को निदेशक को छुटटी पर भेजने का कानूनी हक नहीं है और न ही बिना नियुक्ति समिति के बैठक के केंद्र किसी अन्यी को निदेशक बना सकता है. साथ ही अस्थातना मामले की जांच कर रहे तेरह अधिकरियों का भी रातो-रात तबादला किया जाना संदेह को पुख्ताय ही बना रहा है. इसके साथ ही यह तथ्यध भी सामने आ रहा है कि इस पूरे प्रकरण का एक पहलू रफाल घोटाले से जुड़ा है. निदेशक आलोक वर्मा से पिछले दिनों अरूण शौरी, प्रशांत भूषण और यशवंत सिन्हाह ने मुलाकात कर उन्हें इस मामले में कुछ अहम दस्तावेज दिए थे. प्रधानमंत्री इस मुलाकात से नाराज बताए गए थे और माना जा रहा है कि सरकार को अंदेशा है कि आलोक वर्मा इस दस्ताेवेज के आधार पर मामला सीबीआई में दर्ज कर जांच शुरू कर सकते हैं. इससे सरकार में बेचेनी थी. यह भी चर्चा है कि आलोक वर्मा ने केंद्र सरकार से रफाल संबंधी कुछ फाइलों की मांग की थी. प्रधानमंत्री और अमित शाह के प्रिय अफसर अस्था ना के खिलाफ प्राथमिकी दर्ज होने के बाद से केंद्र सरकार वर्मा से काफी नाराज थी और माना जा रहा है कि इन्हीं कारणों से वर्मा के खिलाफ केंद्र ने कदम उठाया.