स्क्‍वामस सेल कार्सिनोमा, एसोफेगस की लाईन वाली कोशिकाओं में शुरू होता है। इस प्रकार का एसोफेगल कैंसर एसोफेगस में कहीं भी हो सकता है। पहले इस प्रकार का एसोफेगल कैंसर बहुत पाया जाता था। पिछले कुछ दशकों से एडेनोकार्सिनोमा, एसोफेगल कैंसर के अनेक नए मामलों से संबंधित है।