1911 में किंग राजवंश के पतन के बाद, चीन गणराज्य की स्थापना हुई और मंगोलिया ने चीनी शासन के 200 से अधिक वर्षों के बाद अपनी स्वतंत्रता की घोषणा की। किन्तु तबसे ही दोनों देशों के बीच सीमा विवाद भी जारी है और बड़े भूभाग पर किसी का भी स्थाई नियंत्रण नहीं है। नतीजतन मंगोलिया ने अपनी स्वतंत्रता की रक्षा के लिए रूसी समर्थन प्राप्त किया । 1921 में चीनी सेनाओं को बैरन रोमन वॉन उन्गार्ण-स्टर्नबर्ग के नेतृत्व में रूसी सेना द्वारा बाहर खदेड़ दिया गया। और 1924 में, मंगोलियाई जनवादी गणराज्य घोषित किया गया। द्वितीय विश्व युद्ध के अंत के बाद, कुओमिन्तांग के नेतृत्व में चीन के गणराज्य, औपचारिक रूप से सोवियत दबाव में मंगोलियाई स्वतंत्रता को स्वीकार करने के लिए मजबूर किया गया था। 1949 में जब चीन में साम्यवादी तंत्र स्थापित हुआ तब चीन की पीपुल्स रिपब्लिक ने 16 अक्टूबर 1949 को मंगोलिया के साथ राजनयिक संबंधों की स्थापना की | किन्तु 1962 में एक सीमा संधि पर हस्ताक्षर द्वारा मंगोलिया ने सोवियत बलों की तैनाती का आग्रह किया | स्वाभाविक ही यह चीन के साथ संबंधों में तनाव के कारण हुआ | 1984 तक यह तनाव बना रहा। | 1988 में दोनों देशों ने सीमा नियंत्रण की एक संधि पर हस्ताक्षर किए। किन्तु चीन आज भी मंगोलियाई क्षेत्र पर दावा करता रहता है जिसके चलते मंगोलिया लगातार चिंतित रहता है।