स्थापना के पहले से ही साफ़ जाहिर था कि इस यूनिवर्सिटी में मुसलमानों का वर्चस्व अधिक रहने वाला है मगर फिर भी भाई – चारा की भावना में विश्वास रखने वाला राजा महेंद्र प्रताप सिंह ने अपनी पूरी सम्पत्ति अलीगढ़ मुस्लिम युनिवर्सिटी को दान में दे दी थी.