सोयाबीन रोग ग्रसित बीज द्वारा उत्पन्न रोगों के नियंत्रण के लिए बीज को बोने से पूर्व फफून्दनाशक दवाओ से बीजोपचार अवश्य करें . बीजोपचार रोग नियंत्रण का एक सस्ता व सरल उपाय हे . इस क्रिया में बीजों का अंकुरण अच्छा शीघ्र एवं एक समान होता हे . पोधे स्वस्थ एवं अच्छी वृद्धि करते हे. जिससे बिज उपज में भी वृद्धि होती हे . बिज उपचार में निम्न प्रकार की दवाइयों का उपयोग किया जा सकता हे . इसके लिए बिज को थाइरम या कार्बेन्डाजिम, मेटालेजिल, कार्बोक्सिन, मेंकोबेज, प्रोपिकोनाजॉल, ट्राईसाइक्लोजाव आदि का 3 ग्राम प्रति किलो बीज उपचार करने से इन रोगों से बचाव होता हे . जेसे:- बीज विगलन, पोध अंगमारी मायरोथिसियम एवं पत्ती धब्बा रोग में उपचारित किया जा सकता हे .