इस महामारी विज्ञान का निष्कर्ष यह हो सकता है कि किसी व्यापक सूक्ष्म जीव बजाय कि एक दुर्लभ रोगाणु द्वारा उत्पन्न कुछ प्रकार का संक्रमण बीमारी की उत्पत्ति का कारण होता है। विभिन्न परिकल्पनाओं ने इसकी संभावित उत्पत्ति की विभिन्न प्रक्रियाओं का विस्तृत वर्णन किया है। स्वच्छता संबंधी परिकल्पना यह सुझाव देता है कि जीवन के आरंभ में विभिन्न संक्रामक एजेंटों से संपर्क एम्एस के विरुद्ध सुरक्षात्मक है, जिसमें बीमारी ऐसे एजेंटों द्वारा बाद में होने वाले सामना के प्रति प्रतिक्रया करता है। प्रचलित परिकल्पना यह सुझाव देता है कि एम्एस कि उच्च घटना वाले प्रदेशों में यह बीमारी आम तौर पर एक रोगाणु द्वारा होता है। अधिकांश व्यक्तियों में लक्षणरहित सतत संक्रमण उत्पन्न करने वाला यह रोगाणु बहुत आम होता है। केवल कुछ मामलों में और मूल संक्रमण के कई वर्षों के बाद, यह माइलिन आवरण को क्षतिग्रस्त कर देता है। स्वच्छता संबंधी परिकल्पना को प्रसार (प्रचलन) परिकल्पना से अधिक समर्थन प्राप्त हुआ है।