सुपर कम्प्यूटर का उपयोग कई क्षेत्रों में किया जाता है। मौसम का पूर्वानुमान करने में सुपर कंप्यूटर का प्रयोग किया किया जाता है। अन्तरिक्ष अनुसंधान तथा उपग्रहों के प्रक्षेपण, कम्पूटरीकृत परमाणु परीक्षण व प्रक्षेपास्त्र परीक्षण सहित बड़े वैज्ञानिक अनुसंधान कार्यों में सुपर कम्प्यूटर की सहायता से जटिल आँकड़ों को अनुसंधान कार्यों जटिल प्रोग्रामो की एक श्रृंखला द्वारा विश्लेषण किया जाता है।