स्नानागार के पश्चिम में स्थित अन्नागार सम्भवतः मोहनजोदड़ों की सबसे बड़ी इमारत थी। यह सम्पूर्ण हड़प्पा संस्कृति माला में निर्मित पकी ईटों की विशालतम संरचना है। अन्नागार 45.72 मीटर लम्बा एवं 22.86 मीटर चौड़ा है। इसमें हवा के संचरण की भी व्यवस्था थी। इसका मुख्य प्रवेश द्वार नदी की तरफ था, जिससे अनाज को लाकर रखने में सुविधा होती होगी। 'ह्वीलर' ने इसे अन्नागार की संज्ञा दी। कुछ इतिहासकारों ने इसे 'राजकीय भण्डार' कहा।