पहले मुसलमान जोगी गोरखनाथ मंदिर जाते थे और भंडारे में भाग लेते थे लेकिन अब उनका मंदिर से रिश्ता उतना जीवंत नहीं है. वर्ष 1935 में दिग्विजयनाथ के महंत बनने के बाद गोरखनाथ मंदिर हिंदुत्व की राजनीति का केंद्र हो गया जिसको उनके बाद के महंत अवैद्यनाथ और फिर योगी आदित्यनाथ ने और आगे बढ़ाया. ऐसे में मुसलमान जोगियों का नाथ सम्प्रदाय की सबसे बड़ी पीठ से संबंध और संपर्क कमजोर होना स्वभाविक ही था.