सारस्वत बँकेचे अध्यक्ष म्हणून काम केलेल्या प्रभू यांना शिवसेनाप्रमुख बाळासाहेब ठाकरे यांनी त्यावेळच्या राजापूर लोकसभा मतदारसंघातून 1996 सालच्या लोकसभा निवडणुकीत उतरवले आणि त्यांना निवडून आणण्याची जबाबदारी त्यावेळच्या युती सरकारमध्ये मंत्री असलेल्या व शिवसेना नेते असलेले नारायण राणे यांच्यावर टाकली.