श्री मुखर्जी सांस के मरीज थे। कश्मीर के मौसम में उनकी तबियत बिगड़ गयी। उन्हें अस्पताल में भर्ती किया गया। कहते हैं कि उभें उस समय उपलब्ध एक मात्र एन्टी बायोटिक पेनिसिलिन से एलर्जी थी। किसी डॉक्टर ने लापरवाही में यह इंजेक्शन दे दिया। उनकी हालत बिगड़ती गयी और अस्पताल में उनका निधन हो गया।