जमीन सौदे में अनियमितता के आरोपों को लेकर खडसे ने 2016 में भाजपा के नेतृत्व वाली तत्कालीन राज्य सरकार से इस्तीफा दे दिया था, उस वक्त वह राज्य में राजस्व मंत्री थे और फडणवीस के नेतृत्व वाले मंत्रिमंडल में सबसे वरिष्ठ मंत्री थे।