जियो इंस्टीट्यूट के बनने से पहले ही उसे सरकार द्वारा इंस्टीट्यूशन ऑफ एमिनेंस का दर्जा देने पर विवाद हो गया है। लोग सरकार के इस फैसले पर सवाल उठा रहे हैं और एक इंस्टीट्यूट, जिसका कि अभी तक निर्माण भी नहीं हुई है, उसे आईआईटी और बिट्स पिलानी जैसे इंस्टीट्यूट के साथ रखने पर सरकार की आलोचना कर रहे हैं। सोशल मीडिया पर भी यह मुद्दा खूब छाया हुआ है और लोग बड़े ही मजेदार तरीके से जियो इंस्टीट्यूट को ट्रोल कर रहे हैं।