इस चरण का मुख्य कार्य विषय क्षेत्रों का विभाजन अपने घटक भागों में विघटन द्वारा किया गया है, जो कुछ नियमों के अनुसार किया जाता है। जीवाणु मिट्टी समुदाय / biofilm (चित्रा 3E) के संबंध में, चार तरीकों में से तीन मैनुअल मॉडल पीढ़ी कारण ज्यामितीय आकृतियों से बैक्टीरिया जैसे जैविक वस्तुओं, का प्रतिनिधित्व करने की चुनौती के लिए अच्छा प्रदर्शन नहीं कर के साथ, उचित परिणाम. बैक्टीरिया से होने वाले कोशिकी उपांग लेकिन नहीं के रूप में अच्छी तरह से मार्गदर्शन सुविधा लगाने में स्वचालित विभाजन दृष्टिकोण में पता लगाया जा सकता है. आकार की देखरेख कस्टम सिलवाया स्वचालित विभाजन आगे भी बहुत बड़े डेटा सेट के लिए आसान मात्रा का ठहराव की अनुमति, (नहीं दिखाया डेटा) उनके समान बाइनरी विकल्पों की सूची घनत्व के बावजूद बैक्टीरिया से कोशिकी सुविधाओं अलग नहीं कर सकता. यह मूलतः एक बहुत बड़े डेटा सेट है, क्योंकि कस्टम सिलवाया स्वचालित विभाजन स्पष्ट रूप से अन्य सभी दृष्टिकोण outcompeted, लेकिन कम जटिलता से लाभ हो सकता हैऔर ब्याज की वस्तुओं की अपेक्षाकृत विरल वितरण (कम crowdedness)।