वर्तमान प्रशुल्क आयोग का गठन 1997 में सरकार के संकल्प द्वारा किया गया था। इसके पश्चात औद्योगिक लागत एवं मूल्य ब्यूरो का प्रशुल्क आयोग में विलय कर दिया गया। आयोग के प्रमुख भारत सरकार के सचिव स्तर के अधिकारी हैं। प्रशुल्क आयोग औद्योगिक नीति एवं संवर्धन विभाग, वाणिज्य एवं उद्योग मंत्रालय के अधीन है।