भारत के नियंत्रक एवं महालेखा परीक्षक ने तो कई बार इस योजना पर आपत्तियां जताते हुए विवरण दिया कि कई राज्यों में तो सांसद निधि का दुरुपयोग हुआ या पैसा बिना खर्च किये धरे का धरा रह गया या फिर वापस तक नहीं लौटाया गया।