एनआईए ने सबसे पहले 2016 में आतंकवाद निरोधी कानून के तहत विभिन्न धार्मिक समूहों के बीच कथित रूप से दुश्मनी बढ़ाने के सिलसिले में एक मामला दर्ज किया था। बाद में एनआईए और मुंबई पुलिस ने नाइक के न्यास के कुछ पदाधिकारियों के आवासीय परिसर समेत मुंबई में 10 स्थानों पर छापे मारे थे।