अपने कार्यकाल के समय में अजमेर और मालेगांव ब्लास्ट के बाद यूपीए सरकार ने ‘हिंदू आतंकवाद’ थ्योरी दी थी जिसके तहत मोहन भागवत उनकी नजर में चढ़ गये थे. इसके लिए राष्ट्रीय जांच एजेंसी (एनआईए) के बड़े अधिकारियों पर जांच के लिये योजना तैयार करने का आदेश भी मिला था.