शंकराचार्य ने पत्र के पैरा नंबर तीन का हवाला देते हुए कहा है कि गंगा के पारिस्थितिकीय संतुलन को बनाए रखने को जल प्रवाह के संबंध में सुझाव देने के लिए अंतरमंत्रालयीय समूह के गठन का निर्देश दिया गया है, लेकिन इसे अविरलता के लिए पर्याप्त नहीं माना जा सकता। इस दिशा में जिनकी अध्यक्षता में समिति गठित हुई है, वे बांध समर्थक हैं। उनकी दृष्टि नदियों के जीवन और भारतीय समाज के संस्कारों, व्यवहारों से दूर है। गंगा के प्रति भारतीय आस्था और पर्यावरण रक्षा के सिद्धांत को वे नहीं समझते। शंकराचार्य के जवाबी पत्र में ऐसे लोगों को गंगा को बेचकर पैसा कमाने को प्राथमिकता देने वाला अर्थशास्त्री और वैज्ञानिक बताया गया है। इससे अविरलता सुनिश्चित करने के बजाए बाधा खड़ी होगी। कहा, पीएमओ के पत्र से लगता है कि गंगा तपस्या को गंगा के लिए जरूरी नहीं माना जा रहा है लेकिन अब गंगा के सवाल पर आजादी का दूसरा आंदोलन खड़ा हो रहा है। प्रधानमंत्री कहते रहे हैं कि गंगा मेरी भी मां है लेकिन यह पत्र पीएम की मंशा को प्रकट नहीं करता।