शम्स को जो जवाब मिला उसमें बताया गया कि आप मुस्लिम समुदाय से सम्बंधित हैं जो आतंकियों का धर्म है. अत: जन सूचना अधिकार अधिनियम 2005 के सेक्शन 8 (1)(क) के तहत सुरक्षा कारणों से दस्तावेज़ नहीं दिया जा सकता. शम्स इस जवाब को हासिल करने के बाद जब डी.आई.जी. के खिलाफ एफ.आई.आर. कराने पर आमादा हो गए तो डी.आई.जी. डी.के.त्रिपाठी ने शम्स के खिलाफ धारा 420,467,468 और 153 बी के तहत एफ.आई.आर. दर्ज करा दी. शम्स को सरकारी पत्र के साथ छेड़छाड़ के इलज़ाम में गिरफ्तार करने की तैयारी शुरू हो गई. शम्स की गिरफ्तारी पर तो हाईकोर्ट ने जांच शुरू कर दी लेकिन उस पत्र की फारेंसिक जांच भी शुरू हो गई.