षणमुगननाथन पर अनुचित व्यवहार व राजभवन की प्रतिष्ठा व डिकॉरम को आघात पहुंचाने का आरोप लगा था। षणमुगननाथन के इस्तीफे के बाद असम के राज्यपाल बनवारी लाल पुरोहित को मेघालय के राज्यपाल पद की अतिरिक्त जिम्मेदारी दी गई थी।