दिसम्बर 1999 में भारत सरकार ने इण्डियन एयरलाइन्स के अपहृत विमान फ्लाइट आईसी 814 के यात्रियों को छुड़ाने के बदले अजहर को छोड़ दिया था. विमान के अपहर्ताओं की टोली का नेतृत्व अज़हर का भाई इब्राहिम अतहर कर रहा था. उसके छोटे भाई अब्दुल रऊफ़ असगर ने इस अपहरण की योजना बनाई थी.