देश में जापानी इंसेफेलाइटिस की बड़ी महामारी वर्ष 1973 में पश्चिम बंगाल के बांकुरा और बर्दवान जिलों में देखने को मिली. जहां पर बार-बार बारिश होने के बाद खासकर मानसून के बाद यह बीमारी फैली. इसके बाद यह बीमारी पश्चिम बंगाल, बिहार, असम, उत्ता प्रदेश के साथ ही दक्षिणी राज्यों तमिलनाडु, कर्नाटक और आंध्र प्रदेश में इसके छिटपुट मामले देखने को मिले. देश पश्चिमी तट गोवा में जेई का पहला मामला 1993 में देखा गया. साल 1990 में जेई का प्रकोप हरियाणा और उड़ीसा में देखा गया. जेई बीमारी केरल में 1996 में देखने को मिली.