देर से रिटर्न दाखिल करने पर जी.एस.टी. में 18 प्रतिशत ब्याज देनी पड़ती है। इसके अलावा देरी से रिटर्न दाखिल करने पर रोजाना 100 रुपए का जुर्माना अलग से लगता है। गलत रिटर्न या कर चोरी के मामले में जी.एस.टी. कानून में दंड बहुत सख्त है। कर चोरी की अधिक राशि होने पर जुर्माना और जेल दोनों हो सकती है। सी.ए. या टैक्स वकील की चूक का खमियाजा भी करदाता को ही भुगतना है इसलिए व्यापारी, सी.ए. या वकील अतिरिक्त सतर्कता बरत रहे हैं। इसमें काफी समय खप रहा है।