तीसरा बड़ा रहस्योद्घाटन, 2005 के नवंबर के सोहराबुद्दीन शेख फर्जी मुठभेड़ हत्या के प्रकरण में, उस समय सीबीआई के गांधीनगर के एसपी तथा उक्त प्रकरण के मुख्य जांच अधिकारी, अमिताभ ठाकुर ने मुंबई की सीबीआई अदालत में अपनी गवाही में यह दोहराकर किया कि उनकी जांच के अनुसार गुजरात के तत्कालीन गृहमंत्री, अमित शाह को इस हत्या से राजनीतिक और आर्थिक लाभ हुआ था।