समांतर ढंग से व्यस्थित ऐसी दोनों रस्सियों के प्रत्येक डीऑक्सीराइबोज़ के काबर्न नंबर 1 से एडेनिन¸ गुआनिन¸ साइटोसिन अथवा थाइमिन का एक अणु जुड़ा होता है। ये अणु रस्सी से अन्दर की ओर उन्मुख होते हैं। यहां व्यवस्था इस प्रकार की होती है कि एक रस्सी से जुड़े एडेनिन सदैव दूसरी रस्सी से जुड़े थाइमिन के सामने होते हैं तथा गुआनिन¸ दूसरी रस्सी से जुड़े साइटोसिन के सामने होते हैं। एडेनिन¸ थाइमिन से दुहरे हाइड्रोजन बांड तथा गुआनिन¸ साइटोसिन से तिहरे हाइड्रोजन बांड द्वारा जुड़ कर इन दोनों रस्सियों को जोड़ने वाले डंडों का काम करते हैं।