संगमा के परिवार में उनकी पत्नी सारोदिनी, बेटे कोनराड और जेम्स और बेटी अगाथा हैं। कोनराड मेघालय के पूर्व वित्त मंत्री हैं, जेम्स एक निवर्तमान विधायक हैं और अगाथा 2009 में मनमोहन सिंह के मंत्रिमंडल की सबसे युवा मंत्री बनी थीं।