वास्तव में उनके कहने से गुजरात पुलिस को सोहराबुद्दीन फर्जी मुठभेड़ मामले में हत्या का मामला दर्ज करना पड़ा। जब मुख्य गवाह तुलसीराम प्रजापति को संदेहास्पद परिस्थितियों में मार दिया गया तो सुब्रह्मण्यम ने मामले को सी.बी.आई. को स्थानांतरित करने की सिफारिश की थी। खास बात यह है कि उन्होंने यह भी स्वीकार किया कि सुप्रीम कोर्ट ने उनकी सलाह पर ही अभी के भाजपा अध्यक्ष अमित शाह को जमानत देते समय उनके गुजरात प्रवेश पर पाबंदी लगा दी थी। सबसे खराब भूमिका मीडिया की थी।