2008 के मालेगांव धमाके के बाद एटीएस ने कर्नल पुरोहित पर तरह-तरह के आरोप लगाए गए थे। जिनमें हिंदुत्व को बढ़ावा देने और लोगों के दिलों में डर पैदा करने के उद्देश्य से आपराधिक साज़िशें और धमाके करवाने के आरोप थे।