1939 में एक बार फिर से कांग्रेस अध्यक्ष के चुनाव का समय आ गया. सुभाष चन्द्र बोस ने किसी ऐसे व्यक्ति को मैदान में न देखा जो कि इस महत्वपूर्ण जिम्मेदारी को ठीक से संभाल सके. इसलिए वो एक बार फिर से अध्यक्ष पद की बाग – डोर खुद संभालना चाहते थे. परन्तु गाँधी जी नहीं चाहते थे कि वो अध्यक्ष पद पर बने रहें. गांधी जी के साथ न देने के बाद भी सुभाष चन्द्र बोस ने इस चुनाव में 203 मतों से विजय हासिल की. परन्तु गाँधी जी के विरोध की वजह से सुभाष चन्द्र बोस ने 1939 में कांग्रेस अध्यक्ष पद से इतीफा दे दिया.