एयर मार्शल रघुनाथ नंबियार को कारगिल परिचालनों के लिए राष्ट्रपति द्वारा वीरता के लिए वायु सेना पदक से सम्मानित किया गया था। उड़ान परीक्षण के अपने पहले चरण के दौरान 2002 में लाइट कॉम्बैट एयरक्राफ्ट (एलसीए) की उड़ान परीक्षण के लिए उन्हें वायु सेना पदक में बार से सम्मानित किया गया था। उन्हें 2015 में अतिविशिष्ट सेवा पदक से सम्मानित किया गया।