जब सुप्रीम कोर्ट ने अरुणाचल प्रदेश के राज्यपाल ज्योति प्रसाद राजखोवा के फैसले को दरकिनार करते हुए उनकी सरकार को अवैध ठहराया तो वे पुनः कांग्रेस में बागी विधायकों के साथ वापस चले गए। उन्होंने इसके बाद भी पार्टी पर अपना दबाव बनाए रखा और अंततः नबाम तुकी को मुख्यमंत्री बनने से रोक ही दिया। पार्टी हाईकमान को अंततः पेमा खांडू को मुख्यमंत्री बनाना पड़ा। जब पेमा खांडे को मुख्यमंत्री पद की शपथ दिलवाई जा रही थी तो वे उस समारोह में मौजूद रहे।