गेहूं में मुख्य रूप से पीला रतुआ, गेरूआ रोग, और काला कंडुआ रोग होता है। यह रोग मुख्य रूप से फफूंद के रूप में फैलता है, इसके अलावा जैसे-जैसे तापमान बढ़ता जाता है गेहूं को पीला रतुआ रोग भी लग जाता है। यह रोग खासकर पहाड़ी क्षेत्रों में फैलता है।