पोषक तत्व प्रबंधन में शामिल है, फसल और पशुधन उत्पादन के लिए पोषकों के निवेश के स्रोत और पशुधन के द्वारा उत्पन्न खाद के उपयोग की विधि। निविष्ट पोषक तत्व अकार्बनिक उर्वरक, खाद, हरी खाद, कम्पोस्ट और खनन से निकले लवण हो सकते हैं।[42] फसल पोषकों के उपयोग को पारंपरिक तकनीकों जैसे फसल पुनरावर्तन और परती अवधि का उपयोग करते हुए प्रबंधित किया जा सकता है।[43][44] खाद नियंत्रित करने के लिए या तो पशुधन को वहां रखा जा सकता है जहां खाद्य फसल उगायी गयी है, जैसा कि प्रबंधित गहन पुनरावर्ती चराई में होता है, या फसल भूमि अथवा चरागाह पर खाद के सूखे या तरल फोर्मुलेशन का छिडकाव किया जा सकता है।