डॉ॰ मुखर्जी जम्मू कश्मीर राज्य को एक अलग दर्जा दिए जाने के घोर विरोधी थे और चाहते थे की जम्मू कश्मीर को भी भारत के अन्य राज्यों की तरह माना जाये। उन्होंने देश की संसद में धारा-370 को समाप्त करने की जोरदार वकालत की। जम्मू-कश्मीर की अखण्डता के लिए अपना जीवन समर्पित करने वाले इस महान राष्ट्रपुरुष के जीवन से राष्ट्रहित को सर्वोपरि महत्त्व देने की प्रेरणा मिलती रहेगी।