1994 में नंबी नारायणन के बुरे दिन शुरू हो गए। बिना किसी सबूत के केरल पुलिस ने गिरफ्तार कर लिया। 50 दिन तक जेल में रखा। इतना ही नहीं उनके पूरे परिवार को हर पता नहीं क्या-क्या सहना पड़ा। जेल से निकलने के बाद वैज्ञानिक रॉकेट्री मिशन को भूल खुद को बेदाग साबित करने की लड़ाई लड़ने लगा। आखिरकार सच की जीत हुई। 1998 तक सबूत के अभाव में कुछ साबित ना हो पाया। 2018 में तत्कालीन चीफ जस्टिस ऑफ इंडिया दीपक मिश्रा ने सुनवाई करते हुए बाइज्जत बरी कर दिया। इसके साथ ही 75 लाख रुपए का मुआवजा देने का निर्देश दिया। लेकिन जो नुकसान देश और नंबी नारायणन को हुआ उसकी भरपाई कर पाना असंभव है।