फफूंद जनित मस्तिष्क ज्वर, जैसे क्रिप्टोकॉकल मस्तिष्क ज्वर का ऐम्फोटेरिसिन बी और फ्लूसाइटोसिन जैसे फफूंद रोधी की उच्च खुराक का दीर्घ अवधि उपचार दिया जाता है।[33][55] फफूंद जनित मस्तिष्क ज्वर में अंतः कपालीय दाब आम है और दाब को मुक्त करने के लिये नियमित लंबर पंचर (आदर्श रूप में रोज) अनुशंसित किया जाता है,[33] या वैकल्पिक रूप से लंबर ड्रेन भी किया जा सकता है।[31]