मोरारजी ने उप-प्रधानमंत्री के पद को त्याग दिया. मोरारजी देसाई और इन्दिरा के बीच कटु शब्दों की राजनिती चलने लगी. मोरारजी ने विरोधी पार्टी की कमान सम्भाली और 1971 में पुनह चुनाव लड़ा. देसाई जी ने इन्दिरा के खिलाफ़ याचिका दायर की, जिसके तहत इन्दिरा गाँधी को चुनाव से दूर रहने को कहा गया. देसाई जी गुजरात के सूरत से लोकसभा चुनाव की सीट के लिए विजयी रहे. इन्हें संसद में जनता पार्टी का लीडर बनाया गया. इसके बाद 1977 के चुनाव के परिणाम स्वरूप जनता पार्टी को बहुमत मिला और देश में पहली बार गैर काँग्रेस सरकार ने सत्ता सम्भाली. 24 मार्च 1977 को मोराजी देसाई को प्रधानमंत्री बना दिया गया. मोरारजी देसाई ने बहुत समझदारी से भारत पाक के रिश्ते सुधारे, साथ ही उन्होंने 1962 में हुई चीन से लड़ाई के बाद उसके साथ भी राजनैतिक संबंधों को सुधारने के लिए प्रयास किये. मोरारजी देसाई ने अपने नेतृत्व में आपातकालीन के दौरान बनाये गए, कई कानून को बदल और साथ ही ऐसा नियम बनाये, जिससे भविष में किसी भी सरकार के सामने आपातकालीन की स्थति न आने पाए.