1961 жылы доцент, 1966 жылы профессор болды. Ол зейнеткерлікке шықты 1985 жылы. Бензинді қолданған құм өндірушілердің қатерлі ісіктерінің жиілігі туралы мақаласын жариялағаннан кейін АҚШ үкіметі ашқан істің бірінші куәгері ретінде шақырылды. Бұл сотқа сәйкес, АҚШ-та 8 сағаттық жұмыс уақытында бензиннің мөлшерін 10 ппм-ден 1 ппм-ға дейін төмендетті. Зейнеткерлікке шыққаннан кейін де жұмысты тоқтатпайтын Мұзаффар Ақсой аптасына бір күн сайын Эснаф ауруханасы мен Стамбул медицина факультетінің ауруханаларына барып, қызмет атқарды. Жерорта теңізіндегі анемияны зерттеу барысында гемоглобиннің жаңа түрін тауып, оны "Гемоглобин Стамбул" деп атады.
Мұзаффар Ерсой қашан зейнеткерлікке шықты?
1985 жылы