1080 жылы Қашғарлы Махмұт Қашғарға оралды. Ол енді өз елінің ең үздік ғалымы болды. Ол өзінің атымен аталатын Махмудие медресесі деген ғимаратта сабақ бере бастады. Ол мыңдаған оқушы тәрбиеледі. 1105 жылы 97 жасында Махмуд дүниеден озды. Оның мәйіті өзінің оқытушысы болған Махмудие зиратында жерленді. Бұл Кашгар қаласынан 45 шақырым қашықтықтағы Опал ауылында орналасқан, оның айналасы қайың, қарағай және аласа ағаштармен қоршалған төбе (Солтүстік 3918'51.19', Шығысы 7530'35.82'). Оның өлімінен кейін шәкірттері салған ғибадатхана күні бүгінге дейін төрт рет жаңартылған. Мұражайда Махмуд Кашгарлының сандығы орналасқан бөлме, Құран оқу залы және мұражай бөлімі бар. Мұражайда ғалымның кітаптары мен мақалалары, қолжазбалары мен басылымдары және кейбір заттары бар. Мұражай қабырғасында Шығыс Түркістан суретшісі жасаған, Махмұдтың жұмыс істеп тұрған суреті орналасқан. Мұражайда ұйғырлар буддизмді ұстанған кезге қатысты заттар да бар. Бұл заттар археологиялық қазбалардан алынған деп айтылады. Мұражайда түрлі металл ақшалар мен зергерлік бұйымдар бар. Шіркеудің ішкі және сыртқы қабырғалары, бөлмелері мен залдарының төбелері ұйғыр өнерінің сәндік элементтерімен безендірілген. Ағаш төбедегі мүсіндер ерекше әсемдікке бөленеді.
Қашғарлық Махмуд Бағдаттан Қашғарға қайтып, қай жылы оралды?
1080