1961 жылы доцент, 1966 жылы профессор болды. 1985 жылы зейнеткерлікке шықты. Бензинді қолданған құм өндірушілердің қатерлі ісіктерінің жиілігі туралы мақаласын жариялағаннан кейін АҚШ үкіметі ашқан істің бірінші куәгері ретінде шақырылды. Бұл сотқа сәйкес, АҚШ-та 8 сағаттық жұмыс уақытында бензиннің мөлшерін 10 ппм-ден 1 ппм-ға дейін төмендетті. Зейнеткерлікке шыққаннан кейін де жұмысты тоқтатпайтын Мұзаффар Ақсой аптасына бір рет Эснаф ауруханасы мен Стамбул медицина факультетінің ауруханаларына барып, қызмет атқарды. Жерорта теңізіндегі анемияны зерттеу барысында гемоглобиннің жаңа түрін тауып, оны "Гемоглобин Стамбул" деп атады.
Мұзаффар Эрсой зейнеткерлікке шыққаннан кейін қай ауруханада қызмет етті?
Эснаф ауруханасы мен Стамбул медицина факультетінің