As desvantagens da utilização do hidrogénio são o elevado custo de capital, o baixo teor de energia por unidade de volume, os elevados pesos dos tanques, as pressões muito elevadas dos recipientes de armazenamento, a armazonagem, transporte e enchimento de hidrógeno gasoso ou líquido nos veículos, e o grande investimento em infra-estruturas que seria necessário para abastecer os veculos, bem como a ineficiência dos processos de produção.