Yahya Muhaimin miwiti sekolahipun ing SRI Bumiayu nalika taun 1956. Salajengipun nglajengaken ing SMI Bumiayu ing taun 1959. Panjenenganipun sekolah SMA ing Purwokerto ing taun 1962. Sasampunipun lulus SMA, panjenenganipun nglakengaken dhateng "Central Community High School", De Witt, Iowa, Amérikah Sarékat ing taun 1963. Taun 1971 panjenenganipun kuliyah ing Fakultas Ilmu Sosial lan Ilmu Pulitik ing Universitas Gadjah Mada Yogyakarta. Panjenenganipun naté kuliyah ing IAIN Sunan Kalijaga, Yogyakarta nanging boten rampung. Salajengipun Yahya Muhaimin kuliyah mendhet gelar dhoktor ing Institut Teknologi Massachussets, Amérikah Sarékat ing taun 1982.