Ing musim 2013-14, Uchida miwiti rong pertandingan liga pisanan sadurunge dheweke ngalami cedera otot, nanging dheweke pulih kanthi cepet. Nganti tanggal 21 Agustus 2013 nalika dheweke bali saka cedera, dheweke miwiti pertandingan, lan imbang 1-1 nglawan PAOK ing leg pertama babak play-off Liga Champions UEFA. Ing leg kapindo, dheweke nyipta assist kanggo gol pambuka kanggo Ádám Szalai, lan menang 3-2 nglawan PAOK kanggo mbantu tim nggayuh tataran babak grup Liga Champions UEFA. Sewulan sakwise, dheweke nyetak gol pertamane ing Liga Champions nalika menang 3-0 nglawan Steaua București ing tanggal 18 September 2013. Nalika menang 4-1 nglawan Augsburg ing tanggal 5 Oktober 2013, dheweke nyipta rong assist kanggo tim kasebut. Sakwise iku, Uchida angsal papan ing tim utama lan main ing posisi bek tengen. Nanging, ing pertengahan Desember, dheweke dicadangke, amarga cedera lan hukuman. Nanging Uchida nandhang cedera tendon suwek nalika menang 2-0 nglawan Hannover 96 ing tanggal 9 Februari 2014 lan dicadangke ing turahane musim iki. Ing pungkasan musim 2013-14, Uchida nggawe total 27 penampilan lan ngegulke pisan ing kabeh kompetisi. Ing wulan Mei, Uchida bisa pulih amarga cederane, tepat wektu karo dheweke bakal main ing Piala Donya.