Sasampunipun wangsul saking Roma, Italia, Mgr. Suharyo dados dhosen wonten Sekolah Tinggi Filsafat Kateketik Pradnyawidya, Yogyakarta awit taun1981dumugi1991. Ing taun 1983 dumugi 1993, piyambakipun nyepeng jabatan minangka Ketua Jurusan Filsafat lan Sosiologi ing IKIP Sanata Dharma, Yogyakarta. Mgr. Suharyo ugi naté dados dhosen Pengantar lan Ilmu Tafsir Prajanjian Enggal ing Fakultas Teologi Wedabhakti, Yogyakarta taun 1989. Lajeng kapilih dados Dekan Fakultas Teologi Universitas Sanata Dharma, Yogyakarta taun 1993 hingga 1997, kajawi mucal wonten Universitas Kristen Duta Wacana, Yogyakarta lan Universitas Katolik Parahyangan, Bandung taun 1994–1996. Ing taun 1996-1997, Suharyo kadhapuk minangka Direktur Program Pascasarjana Universitas Sanata Dharma, Yogyakarta, lan naté nyepeng dados Ketua Konsorsium Yayasan Driyarkara ing taun 1997, kajawi Ketua UNIO (Persaudaraan Imam-imam Praja) sarta salebetipun Komisi Kitab Suci Kabiskopan Agung Semarang.