Jepang duwe sangang wilayah alas ekologi sing nggambarake iklim lan geografi ing pulo kasebut. Kasedhiya wiwit alas subtropis lembab ing Pulo Ryūkyū lan Bonin, nganti alas campuran ing daerah iklim ing pulo-pulo utama, nganti alas konifer ing daerah mangsa adhem sing adhem, ing sisih lor. Jepang duwe luwih saka 90.000 spesies satwa, kalebu bruwang coklat, monyet Jepang, asu rakun Jepang, tikus lapangan gedhe Jepang, lan salamander raksasa Jepang. Jaringan taman nasional sing gedhe wis digawe kanggo nglindhungi wilayah flora lan fauna sing penting uga 37 situs lahan basah Ramsar. Papat situs wis katulis ing Daftar Warisan Dunia UNESCO amarga nilai alam sing luar biasa.