Jaman biyèn pesantrèn mung dianggep papan kang isiné santri sing ora ngerti "modernisasi", santri kang ora bisa ngèlmu-ngèlmu umum lan para santri mung dianggep ngerti bab agama. Banjur Trimurti nggawé tatanan kang anyar lan nggawé Pondhok Gontor kang tetep nggunakaké tradhisi pesantrèn "salaf" lan ngganti metodhe pasinaon kang nggunakaké sistem "watonan" (bebarengan) lan "sorogan" (dhéwé) diganti karo sistem klasik kaya sekolah umum. Nalika ngadeg pisanan Pondhok Gontor mung duwé "Tarbiyatul Atfhfal" (kaya TK) banjur ana "Kulliyatul Mu'alimin Al-Islamiah" (KMI) kang padha karo lulusan sekolah menengah. Nalika taun 1963 Pondhok Gontor ngedegaké Institut Studi Islam Darussalam (ISID).