Universitas Papua dicekak UNIPA yaiku universitas kang manggon ing kutha manokwari, Kang madheg wiwit 3 November 2000. Diresmikake dening Direktur Jenderal Pendidikan Nasional kang makili Menteri Pendidikan Nasional ing dina sétu tanggal 28 Juli 2011. Awal Ngadhék kanthi jeneng universitas negeri papua, kanthi tanggal 17 oktober 2014 diganti dadi universitas papua (tanpa negeri). Bab iki adhedhasar peraturan presiden nomer 155 tahun 2014. mula nganti saiki isih nggunakake jeneng mangkana kui.