Wiwitane, Setatsiyun Mojokerto duwe enem jalur sepur, kanthi jalur 1 minangka jalur lurus sing dilengkapi trek badug sing garpu cedhak platform sisih wétan. jalur 5 lan 6 dibongkar amarga arang digunakake. Sawise jalur trek dobel menyang Setatsiyun Jombang dioperasikake tanggal 26 Oktober 2020, tata letak trek ing setatsiyun iki wis ganti dadi saiki jalur dadi lima. Line 1 digunakake minangka baris pindho terus langsung menyang Kertosono uga siji-lane dalan saka lan kanggo Surabaya, baris 3 digunakake minangka baris pindho terus saka arah Kertosono, baris 5 wis pindah lan manèh, lan trek badug wis dismantled lan diganti karo sing anyar. arah mlebu saka sisih kulon jalur 5. Saiki lagi ditindakake kanopi pembongkaran / "nyalip" kanopi lawas lan dibangun / "overcap" anyar sing "luwih" gedhe minangka "penerusane" . Kajaba iku, sistem sinyal listrik lawas ing setatsiyun iki (jinis Ansaldo ) wis diganti karo sing paling anyar sing diproduksi dening PT Len Industri . 