Sacara genetis, wong Ryukyu pribumi raket banget karo wong Ainu, lan sedulur liya sing cedhak yaiku karo wong Jepang lan wong Korea. Wong Ryukyu uga paling cedhak nomer loro sing paling cedak karo wong Jomon, sawise wong Ainu. Nanging, ditemokake uga bagean gen sing asale saka Asia Selatan kuna.