Pewarnaan perlu diayahi amarga objek kanthi kandel 5 mikrometer bakal katon transparan senadyan ing sangisoring mikroskop. Pewarna sing biasa dianggo ya iku hematoxylin lan eosin. Hematoxylin bakal mèhi werna biru ing nukelus, déné eosin mènèhi werna abang enom ing sitoplasma. Isih ana manéka dat werna liya sing biasa dipigunakaké jroning mikroteknik, gumantung marang jaringan sing kepingin diamati. Èlmu sing nyinaoni pewarnaan jaringan disebut histokimia.