Kongkonan program kalebu ing non-volatile flash memory. Nalika MCUs iku 8bit, kabéh instruksi njupuk siji utawa loro tembung-tembung 16bit. ukuran program memory iku jlèntrèhaké jeneng sing ana ing piranti iku, kados ta (ATMéga 64x iku duwé 64 KB saka flash mémory lan nalika piranti iku jenengé ATMéga32, ATMéga iku saka 32Bit Flash Memory)