sabibaripun perang, Zernike, ingkang kedudukanipun dipuntetepaken malih kalebet ing fisika matematis lan teknis nalika taun 1941, nyempurnakaken malih mikroskop fase kontrasipun. Nalika taun 1946 piyambakipun dipuntunjuk dhateng Akademi Seni dan Ilmiah Karajan Walanda. Antawis taun 1947-1948 piyambakipun inggih punika profesor pengunjung wonten ing Universitas Johns Hopkins. Mliginipun sasampunipun taun 1950 piyambakipun pikantuk penghargaan saking sadaya donya, kalebet Penghargaan Nobel babagan Fisika nalika taun 1953 amarg mikroskop fase kontrasipun. Nalika taun 1956 piyambakipun dados anggota saking Royal Society. Wonten ing taun candhakipun, Zernike palakrama kaliyan Lena Baanders, ingkang saking palakrama punika boten dipunparingi putra. Piyambakipun pensiun nalika taun 1958 lan rikala taun 1961 pindhah dhateng Naarden (celak Amsterdam). Minatipun jembar, kalebet pengajaran pendidikan dhasar, filsafat alam, lan agama.