Taun 1955, Herman Johannes krama karo Annie Marie Gilbertine Amalo, ya iku anaké raja saka Leli ing Pulo Rote. Saka kramané, Herman Johannes duwé anak cacahé papat. Anak-anaké Herman Johannes, ya iku Christine, Henriette, Daniel Johannes, lan Helmi Johannes. Herman Johannes séda ing tanggal 17 Oktober 1992 amarga duwé lelara kanker prostat. Herman Johannes disarèkaké ing Pemakaman Keluarga UGM ing Sawitsari, Ngayogyakarta. Amarga duwé jasa-jasa kanggo nagara Indonésia, Herman Johannes diwènèhi gelar Pahlawan Nasional ing taun 2009 kang wektu kuwi Indonésia dipimpin déning Présidhèn Susilo Bambang Yudhoyono.