Museum punika resmi dipunyasa nalika surya kaping 10 Juni 1793, salaminipun Revolusi Prancis. Nanging asal-usulipun musiyum punika dipunyasa inggih punika nalika "Jardin des Plantes médicinales royal" (taman kraton ingkang lèbètipun wonten waneka warni tetuwuhan obat), salah satunggaling lembaga èlmiyah tuwa dhéwé ing Prancis, ingkang dipunyasa amargi "royal dekrit" taun 1635 nalika masa pamaréntahan Louis XIII saking Prancis. Amargi dipunyasa kanggé lembaga, mila ingkang jaga Musiyum National d'Histoire Naturelle sarta ingkang nyèpeng cathetan wigati punika para dhokter.