Pelabuhan Nunukan minangka pelabuhan lintas tumuju kutha Tawau, Malaysia. Padunung kutha Nunukan kang lunga menyang Tawau perlu duwé dhokumèn PLB (Pas Lintas Batas). Saben dina rata-rata watara 8 unit kapal rikat kanthi kapasitas kurang luwih 100 penumpang wira-wiri antara Nunukan-Tawau Malaysia.