Ratu Kalinyamat berhasil menghidupkan kembali perékonomian Jepara yang telah porak poranda akibat perang saudara yang berkepanjangan. Ia menjadikan pelabuhan Jepara sebagai pelabuhan transit bagi dagang nusantara. Saat itu Pelabuhan Jepara sangat ramai olèh pedagang-pedagang dari Ambon yang membawa bumbon crakèn. Jepara, Banten, Semarang mernjual beras bagi para pedagang Ambon. Sedangkan Ambon menjadi produsen bumbon crakèn bagi seluruh kraton di Jawa. Tercatat pedagang-pedagang Acèh, Malaka, Banten, Demak, Semarang, Tegal, Bali, Makassar, Banjarmasin, Tuban dan Gresik turut meramaikan pelabuhan Jepara. Dapat dikatakan Pelabuhan Jepara menjadi papan transaksi dagang berskala internasional. Ratu Kalinyamat pun memungut cuké bagi setiap kapal yang bertransaksi di Pelabuhan Jepara. Hasil dagang beras dan cuké tersebut menjadikan Jepara sebagai Karajan yang makmur, kaya raya.