Piyambkipun kapilih dados anggota Royal Society taun 1884 lan dados présidhèn antawis 1916-1920; piyambakipun pikantuk medali Royal and Hughes nalika taun 1894 lan 1902, lan pikantuk Medali Copley taun 1914. Piyambakipun dipunanugrahi Medali Hodgkins (Smithsonian Institute, Washington) taun 1902; Medali Franklin lan Medali Scott (Philadelphia), 1923; Medali Mascart (Paris), 1927; Medali Dalton (Manchester), 1931; lan Medali Faraday (Institute of Civil Engineers) nalika taun 1938. Thomson inggih punika Présidhèn British Association taun 1909 (lan saking pérangan A taun 1896 lan 1931) lan ugi piyambakipun nyepeng gelar Dhoktor Kehormatan saking Universitas Oxford, Dublin, London, Victoria, Columbia, Cambridge, Durham, Birmingham, Göttingen, Leeds, Oslo, Sorbonne, Edinburgh, Reading, Princeton, Glasgow, Johns Hopkins, Aberdeen, Kraków, lan Philadelphia.