STAIN Pamekasan, kang saikine mapan ing jalan Panglegur KM. 04 Pamekasan, minangka salah sijiné Fakultas Cabang kang candhaké kanthi mandhiri nglola kagiyatan pendidikan. STAIN Pamekasan wiwitane minangka cabang saka IAIN Sunan Ampel Surabaya, minangka Fakultas Tarbiyah kang ana ing kabupatèn Pamekasan. Minangka Fakultas cabang, saiki pengelolaan pendidikan dhedhasar katemtuan lan kebijakan kang ditokake déning IAIN Sunan Ampel minangka induke. Pembukaan Fakultas Cabang ing Pamekasan iki banget dibutohake kanggo didik putra-putri laladan kang ora duwé kalodhangan nerusaké ing lembaga pendidikan tinggi Islam nagari ing Luar Madura.