Guardiola bali tumindak ing musim sabanjure lan Barcelona menang maneh ing La Liga, amarga akeh pertunjukan Rivaldo lan Luís Figo. Ing tanggal 8 Juni 1998, Guardiola ngalami operasi kanggo nyoba ngrampungake cedera pedhete sing terus-terusan, sing nyebabake dheweke ketinggalan Piala Dunia FIFA 1998 kanggo Spanyol. Musim 1999-2000 sing nguciwani maneh rampung ing operasi, kanthi Guardiola ilang telung wulan pungkasan musim iki amarga cedera tungkak serius. Barcelona ora menang barang perak ing musim 2000-01 lan menang nomer papat ing liga; Nanging, dheweke lolos menyang Liga Champions.