Ing taun 1951, piyambakipun lulus saking SMA, lajeng netepaken kanggé sekolah dhateng Yogyakarta. Piyambakipun ndhaftar wonten ing kalih universitas ing fakultas ingkang béda, inggih punika Fakultas Tarbiyah Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN) Yogyakarta lan Fakultas Hukum Universitas Islam Indonésia (UII). Nanging sanajan dipuntampi ing kalih universitas kasebat, piyambakipun milih mlebet ing PTAIN Yogyakarta saking pamrayoginipun tiyang sepuhipun. Lajeng ing taun 1956, Zakiah pikantuk beasiswa saking Departemen Agama kanggé nerasaken pendhidhikanipun ing Mesir. Lan ing Mesir, piyambakipun langsung ketampi wonten ing Fakultas Pendidikan Universitas Ain Shams, Kairo kanggé program S-2. Tesisipun ingkang nyariosaken prakawis ingkang kadadosan ing remaja ing Indonésia saged nglantaraken piyambakipun pikantuk gelar MA ing taun 1959. Sasampunipun lulus saking program S-2, piyambakipun lajeng nerasaken sekolah malih kanggé program S-3 ing universitas ingkang sami.