Masjid Saka Tunggal iki duwé bentuk joglo, duwé menara wesi cacahé siji lan saka cacahé siji. Pembangunan masjid iki dipadhakaké karo adat Jawa, ya iku nalika gawé wangunan mesti ana filosofi lan maksud-maksud liyané. Ing njero masjid ana saka bentung cacahé papat lan sakaguru cacahé siji. Saka bentung lan saka guru yèn dijumlah cacahé ana 5, kuwi nuduhaké lambang Pancasila. Saka guru kang cacahé siji nuduhaké sila kaping pisan, ya iku Ketuhanan Yang Maha Esa. Ing njero masjid uga ana ukiran-ukiran kanggo nambah kaéndahan lan kawibawan. Ukiran kang ana ing njero masjid uga ana tegesé. Ing njero masjid ana ukiran praba. Ukiran praba duwé teges bumi, lemah, lan kawibawan. Ukiran Saton duwé teges déwé lan sawiji. Ukiran Mirong dicipta déning Dwarawati Prameswari Prabu Brawijaya V lan duwé teges maéjan. Ukiran lung-lungan kembang kang ana ing dodopeksi saka Cirebon lan ukiran tetesan embun ing balok uleng duwé teges sapa waé kang ibadah ing masjid iki muga-muga olèh anugerah saka Gusti Allah. Saliyané ukiran, wangunan Masjid Kraton Saka Tunggal iki uga nduwèni akèh filosofi lan tegesé. 