Tanggal 21 Agustus 1967, panitia pembangunan Masjid Saka Tunggal dibentuk. Panitia pembangunan masjid diketuai déning Imam Suhadi S.H. Nanging, sanajan panitia pembangunan wis kabentuk, isih tetep angèl anggoné mujudaké pembangunan masjid amarga rencana pembangunan tau mandek suwé. Rencana pembangunan Masjid Saka Tunggal tau mandek amarga ing wektu kuwi ketua RK ing wilayah Tamansari udu wong muslim lan kangèlan anggoné ngurus ijin. Nalika ketua RK Tamansari lunga, para warga nulis surat marang Sri Sultan Hamengkubuwana IX kanggo njaluk ijin supaya para warga bisa nglakokaké pembangunan masjid. Sri Sultan Hamengkubuwana IX akhiré mènèhi ijin marang para warga. Sri Sultan Hamengkubuwana IX uga mènèhi lemah Kraton kaang ambane 900 mèter persegi. Nalika semana lemah kuwi isih dadi lemah kuburan. Sri Sultan Hamengkubuwana IX nalika mènèhi ijin pembangunan duwé pesen marang para masarakat Tamansari. Sri Sultan Hamengkubuwana IX kandha yèn masjid bisa didékaké Monumèn Serangan Umum 1 Maret ing Alun-alun Lor Ngayogyakarta amarga ana 10 wong kang gugur lan disarèkaké ing Tamansari. Saliyané kuwi, masjid iki bakal mapan ana ing Tamansari, Sri Sultan Hamengkubuwana IX kandha yèn masjid iki bentuké kudu joglo, dipadhakaké karo arsitèktur Tamansari lan payon sirep. Ing 27 Oktober 1970, kabentuk panitia anyar amarga ana panitia kang sadurungé akèh kang pindhah lan wis séda. Saliyané kuwi, pembangunan masjid uga tau mandek amarga pembangunan dilakokaké déning pemborong. Panitia anyar pembangunan Masjid Kraton Saka Tunggal iki bisa ngusahaké duwit pembangunan marang pamaréntah. Nalika kuwi, Prèsidhèn Soeharto uga nyumbang dana kanggo pembangunan masjid lan ditampa nalika upacara Rumpun Diponegoro ing Tegalreja. Pembangunan Masjid Kraton Saka Tunggal iki ngalami akèh kadadéan. Panitia ora bisa nemokaké kayu kang digunakaké kanggo tiang masjid amarga ing Ngayogyakarta ora ana kayu ukuran gedhé. Panitia banjur njaluk surat marang Sri Sultan kanggo Perhutani Jawa Tengah supaya bisa olèh kayu jati kang ukurané gedhé. Panitia oleh kayu kuwi mau ing dhaérah Cepu, Blora. Kayu kang digolèk déning panitia ya iku kayu jati kang umuré wés 150 taun kanggo tiang kang nyangga masjid. Nanging, ana bahan pembangunan manèh kang kudu digolèk panitia. Panitia pembangunan ora bisa nemokaké ompak kang bisa nyangga tiang kayu jati kang ukurané gedhé. Ompak kuwi mau bisa ditemokaké déning para panitia pembangunan ing dhaérah Plèrèt, Bantul. Ompak kang dianggo bangun kuwi mau ya iku ompak bekas Istana Sultan Agung. 