Pejabat shogun diangkat mawa préntah kaisar, lan sajeroning praktèké duwé peran minangka kepala pamaréntahan/panguwasa Jepang. Nagara asing nganggep shogun minangka "raja Jepang", nanging kanthi resmi shogun dipréntah saka pura kaisar, lan dudu panguwasa kang sabeneré. Kakuwasaan paling dhuwur tetep ana ing tangan Kaisar Jepang.