Nalika Pakistan kabentuk, Mirza diangkat minangka Mentri Pertahanan saka negara sing anyar iku, lan ndadèkaké pegawai negri Muslim mawa jabatan paling dhuwur ing India wektu iku. Nalika taun 1954 panjenengané diangkat minangka gubernur Pakistan Wétan kanggo nentremaké wilayah sing ngalami pagolakan pulitik wektu iku. Posisi iki banjur diterusaké kanthi pangangkatané minangka Mentri Dalam Negri lan Wilayah Wewatesan jroning kabinet PM Bogra. Nalika taun 1955 panjenengané dadi Pejabat Gubernur Jendral, lan banjur dadi Gubernur Jendral pungkasan Pakistan. Iskander Mirza uga dadi panganjur gedhé skema Saunit lan percaya marang pamisahan antarané negara lan negara.