Prefektur Niigata mapan ing 240 km saking Laut Jepang saking kidul-kulon (barat daya) dhateng lor-wétan (timur laut), kanthi komposisi dhataran ingkang dipunubengi déning segara lan pagunungan. Pulo Sado ugi kalebet wewengkon Prefektur Niigata. Wujuding wewengkon ingkang kados Pulo Honshu ndadosaken Niigata asring dipunsebat minangka "Honshu alit". Ing pamérangan géografi ing Jepang, Prefektur Niigata kalebet ing wewengkon Chubu. Prefektur punika kapérang dados 3 laladan géografi inggih punika: Joetsu (Kidul), Chuuetsu (tengah), Kaetsu (Lèr), lan Pulo Sado. Ing Prefektur Niigata punika ugi wonten muara saking Lepen Shinano ingkang dados lèpèn paling dawa ing Jepang.