Hubungan Indonésia lan Malaysia ngalami pasang surut. Ing taun 1963, kadadéan konfrontasi antara Indonésia lan Malaysia. Perang iki diwiwiti kanthi anané niyat Malaysia arep nggabungaké Brunei, Sabah lan Sarawak karo Persekuthuan Tanah Melayu ing taun 1961 ("Pirsani: Konfrontasi Indonésia-Malaysia"). Hubungan antara Indonésia lan Malaysia uga mundur nalika taun 2002 kapulauan Sipadan lan Ligitan di klaim déning Malaysia minangka wewengkoné, lan dhedhasar kaputusan Mahkamah Internasional (MI) ing Den Haag, Walanda sidané Sipadan lan Ligitan dadi wewengkon Malaysia. 