Karena manggon tepat ing laladan lindhu lan wis ping pira-pira ngalami getaran seismik, tangen Candhi Barabudhur iki rawan pisan kena lindhu. dadi contho fenomena lindhu ing Bantul taun 2004 ingkang wis suwé kang nggawe candhi iki kudu direnovasi. kajaba iku, Candhi Borobudur manggon ing waratan cendhek Kedu Jawa tengah kang duwé iklim nganti 20 derajat celcius. lan kanggo mangsa udan, curah udan ing laladan Candhi Barabudhur iki bisa nganti 200 milimeter jero wayah 24 jam. dadine Candhi Barabudhur bener-bener ngalami tantangan cuaca kang njaba blinuwih.