Ing puncak jayanipun klan Minamoto lan pambentukan Keshogunan Kamakura, pambangunan malih Nara pikantuk sokongan saking Minamoto no Yoritomo. Kōfuku-ji dados kuil kulawarga klan Fujiwara sarta kanthi "de facto" kuil utami ing Provinsi Yamato. Sesarengan kaliyan leresipun Kōfuku-ji lan Tōdai-ji, satunggaling kutha mekar ing antawisipun kalih kuil. Nara nglampahi kerisakan nalika jaman Nanboku-chō. Kaisar Go-Daigo ndadosaken Yoshino minangka markas perlawanan dhumateng kekuasaan Astana Lor. Rebutan kekuwaosan ugi kadadosan ing Kōfuku-ji ingkang kabelah dados ingkang njurung yang terbelah menjadi pendukung Pura Lor lan Astana Kidul dumugi Astana Kidul ngaku nyerah ing taun 1392.