Taun 1978, Pujaraharja nglakoni pakaryan ing Ketapang, Kalimantan Barat minagka misionaris domestik. Ing kana, dhèwèké leladi ing Pastor Paroki Katedral St Gemma Galgani ngrangkep minangka Vikaris Jenderal. Tanggal 15 Maret 1979, Pujaraharja kadhapuk minangka Uskup Ketapang, nerusaké pakaryané Mgr. Gabriel W. Sillekens, C.P.. Tanggal 17 Juni 1979, dhèwèké ditahbisaké minangka Uskup déning Kardinal Justinus Darmojuwono, Uskup Agung Semarang, kairing Uskup Agung Pontianak Mgr. Hieronymus Herculanus Bumbun, O.F.M. Cap. lan Uskup Agung Makassar, Mgr. Theodorus Lumanauw.