Wewengkon Kabupatèn Jepara uga nyakup Kapuloan Karimunjawa, yaiku gugusan pulo-pulo ing Segara Jawa. Pulo kang gedhé dhéwé yaiku Pulo Karimunjawa lan Pulo Kemujan. Sapérangan gedhé wewengkon Karimunjawa dilindhungi sajeroning Cagar Alam Segara Karimunjawa. Panyebrangan menyang kapuloan iki dilayani déning "kapal ferry" kang budhal saka Pelabuhan Jepara. Karimunjawa uga ana "lapangan terbang" kang bisa didharati pesawat asal saka Semarang.