Kadhewasan Geredja-geredja Kristen Djawa Tengah Selatan (sebutan sing pungkasane dienggo) nemokke kesempatan nalika gréja-gréja Jawa kudu ngupadi negakke kauripane dhéwé nalika para Pendeta Missi ditawan déning Jepang awit 1943 lan sesambungan karo gréja Eropa pedhot. Nalika kuwi, "era kemandirian" gréja katon sigra bener-bener wiwit dilakoni. Nanging jebule gréja Jawa esih kudu sabar. Sanajan Gréja-gréja Kristen Jawa Tengah Selatan kasil nggandeng para sadulur ya iku Greja Kristen Jawi Wétan, Gréja Kristen Jawa Tengah Utara-Parepatan Agung, Gréja Kristen Jawa – Sekitar Muria, "Tiong Hwa Kie Tok Kauw Hwee" Jawa Tengah sarta Gréja Kristen Pasundan Jawa Barat ana sajeroning lembaga Dewan Permoesjawaratan Geredja-geredja Protestant di Indonesia (DPG di Indonesia) sing ngadek taun 1946 ing Yogyakarta; lan miyos organisasi iki para piyantun mau ngobong semangat kamardhikan kanti ora gelem manèh nampa bekase zending, nanging pepinginan kuwi kudu kudu nglakoni owah-owahan sithik. Gereformeerde Kerken in Nederland (GKN) lanan Nederlandsch Hervormde Kerk (NHK) sing nyulihi gréja pangutus esih mengini, paling ora anané kerjasama sajrone pekabaran Injil ing Indonesia. Basoeki Probowinoto minangka utusan Geredja-geredja Kristen Djawa Tengah Selatan sing dari pandhegane DPG nalika rawuh minangka utusan Gréja Jawa sajrone Sinode GKN di Eindhoven taun 1948 kudu sumadya mundur jalaran dielingke déning S.U.Zuidema yèn gréja-gréja Gereformeerd Belanda ora olih cawe-cawe ing pekabaran Injil padha bae karo matèni, jalaran ing pangertene, ora ana gréja tanpa pekabaran Injil, sing tegesé, kudu mandhek minangka gréja "missioner". Kapeksa Gréja Jawa kudu nampa konsèp bekerjasama karo bekas zendinge miyos Regionaal Acccord lan Algemene Accord sing ditapakasmani ing Belanda taun 1948. Kerjasama diwiwiti taun 1950-an nalika Geredja-geredja Kristen Djawa Tengah Selatan didadekke siji karo Geredja Kristen Djawa Tengah Utara sajrone Sinode Persatuan ing Salatiga 5 – 6 Juli 1949, lan awit saka kuwi duwé jeneng Geredja-geredja Kristen Djawa Tengah (GKDT). Akibate, nganti taun 1970 kadhewasan gréja Jawa kudu manut karo kucuran dana lan tenaga saka gréja Eropa. Basoeki Probowinoto ngerti bahaya ini, mulane taun 1955 piyambake ngusulke terobosan anyar kang kawentar minangka Nota Probowinoto, nanging kaanan sing gumantung dana saka Eropa mau angèl diowahi. Sawisé gréja saka Eropa iku ujug-ujug mratelakke yèn wis ora sanggup neruske Pekabaran Injil, ndadekke gréja Jawa (awit taun 1956 malih jeneng dadi Geredja-geredja Kristen Djawa/GKD) nglakoni kadhewasan sejatine.