Mgr. Suharyo wiwitanipun sekolah wonten SD Kanisius, Gubuk, Sedayu, lan ing kelas IV ngalih wonten SD Tarakanita, Bumijo, Yogyakarta. Lajeng piyambakipun nerusaken pawiyatan wonten Seminari Kecil Mertoyudan, Kabupaten Magelang, Jawa Tengah taun 1961. Mgr. Suharyo nglampahi sekolah menegah atas ing Seminari Menengah Mertoyudan, lulus taun 1968. Piyambakipun nglajengaken wonten IKIP Sanata Dharma, Yogyakarta, lan taun 1971 nampi gelar Sarjana Muda bidang Filsafat/Teologi, sarta taun 1976 pikantuk gelar Sarjana Filsafat/Teologi. Kardinal Justinus Darmojuwono lajeng maringi tugas pawiyatan wonten Roma, Italia. Piyambakipun ngrampungaken pawiyatan Doktoral Teologi Bibilis ing Universitas Urbaniana, Roma, Italia taun1981.