Musiyum Pura Pakualaman inggih punika bekas Pura alit Kadipatén Paku Alaman. Pura punika dados papan utawi dalemipun para Pangeran Paku Alam wiwit taun 1813 dumugi taun 1950, nalika pamaréntah Praja Republik Indonésia ndadosaken Kadipatén Paku Alaman (sesarengan kaliyan Kesultanan Yogyakarta) minangka salah sawijining laladan otonomi mirunggan satunggal tingkat kaliyan provinsi ingkang gadhah nama Daerah Istimewa Yogyakarta.