Tanggal 1 Oktober 1965, sagrombol anggota Gerakan 30 September lunga saka Lubang Buaya pinuju pinggiran kutha Jakarta. PKI meksa mlebu pager omah D.I. Pandjaitan ing dalan Hasanudin, Kebayoran Baru, Jakarta Selatan, banjur némbak lan matèni salah sawijining réwang kang lagi turu ing lantai ngisor omah lan mbengok supaya Pandjaitan mudun. Loro pemudha yaiku Albert Naiborhu lan Viktor Naiborhu kelara-lara nalika nganaaké perlawanan nalika D.I. Pandjaitan diculik, ora suwé banjur Albert séda. Pandjaitan akhiré medun sawisé penyerang mau ngancem keluargané. D.I. Pandjaitan njajal mlayu nanging malah ditémbak mati. Jenazahé dileboaké ing jero truk lan digawa bali marang markas obahan PKI ing Lubang Buaya. Sabanjuré, awaké lan wong-wong kanca-kancané dipatènilan didelikaké ing sawijining sumur tuwa. Jenazahé ditemuaké ing tanggal 4 Oktober, lan kabèh pahlawan revolusi mau dianaaké upacara pemakaman kanagaran ing dina ésuké.