Square Enix beroperasi perdaerah, kalebet Square Enix, Inc. (kanggé sadaya Amérika Lor) lan Square Enix Ltd (kanggé Éropah lan daerah sanèsipun ingkang ngginakaken sistem televisi-PAL). Ing Juli 2003, Square Enix gantos kantor utamanipun ing Yoyogi, Shibuya-ku, Tokyo. Ing Maret 2004, Square Enix angsal UIEvolution, Inc. kanggé nguaatken peken wirelesssipun. Ing 22 Agustus 2005 Square Enix ngumumake pengakuisisian Taito Corporation, ingkang dipuntepang kaliyan permainan arcade, "Space Invaders" lan seri "Bubble Bobble".ing September 28, 2005, Square Enix nguwasani Taito kanthi sadayanipun. Ing Januari 2005, perusahaan lebaraken operasi ing Beijing, Cina kaliyan yasa Square Enix (China) Co., Ltd dados Cabang ingkang madeg piyambak.