Saking arsitèktur bangunanipun Masjid Agung Syuhada punika kénging pangaribawa saking gaya arsitèktur Masjid Agung Demak, mliginipun saking wujud payon (atapipun) ingkang tumpuk 3. Ing masjid punika ugi wonten tigang kubah wonten ing sak nginggiling mihrab, srambi masjid pérangan ngajeng, saha kubah nginggil ing nginggiling atap yasan masjid.