Ing taun 1887, Eiffel ndhèrèk Prancis ngadegaken kanal ing Tanah Genting Panama. Perusahaan Kanal Panama Prancis dipunpandegani déning Ferdinand de Lesseps. Rencananipun badhé dipunyasa terusan Panama, nanging boten kalampahan. Rencananipun owah dados satunggal kaliyan Lock, Eiffel wonten ing jejibahan ngrancang lan yasa. Locks dipuntambahi ngantos 11 mèter. Eiffel nyambut damel boten ngantos satunggal taun ngantos kumpeni boten medalaken opah ngantos 14 December 1888, lan boten dangu kalebet ing likuidasi. Reputasi Eiffel rusak amargi wonten ing jejibahan punika, katingal ndhèrèk kesandung ing polahing arta lan pulitik. Sanajan namung kontraktor, piyambakipun didakwa minangka nylewengaken dana kaliyan direktur. Ing 9 Fèbruari 1893 Eiffel kabukti salah, dipundenda 20,000 francs lan mlebet kunjara kalih taun, sanajan bébas saking dakwaan. Boten dangu sadèrèngipun sidang, Eiffel ngumumaken niyatipun medal saking Dewan Direksi "Compagnie des Établissements Eiffel", dan ngumumaken ing Rapat Umum tanggal 14 Fèbruari, ngendikanipun: