Jeneng "Perak" ing Masjid Perak Kotagede udu amarga mapan ing dhaérah Kotagede kang kondhang minangka pusat kerajinan perak lan udu amarga para wong kang nyumbang kuwi pengusaha kerajinan perak ing Kotagede. Nanging, jeneng "perak" dijupuk saka basa Arab "Firoq" kang tegesé "pambéda" utawa "pamisah". Masjid Perak Kotagede dibangun supaya bisa dadi masjid kang digunakaké para warga Kotagede amarga agama Islam saya suwé saya tuwuh ing masarakat. Saliyané kuwi, Masjid Gedhé Mataram wis ora bisa kanggo nampung jamaah kang cacahé akèh banget. Wangunan Masjid Perak Kotagede dibenakaké amarga rusak nalika ana gempa gedhé ing Ngayogyakarta taun 2006. Masjid rampung dibenakaké ing taun 2013 lan diresmikaké déning Prof. Dr. H. M. Din Syamsuddin. 