Kelenteng Tjen Ling Kiong rusak sawisé ana tumindak vandal saklompok wong ing tanggal 24 Juni 2013. Karusakane ana ing pérangan irung lan cangkem rong patung qilin kang kagawé saka watu kali wutuh. Rong patung mau dimapanake ngapit lawang utama kelenteng. Laporan parusakan ditangani déning Dinas Kebudayaan DIY, ya iku penyidik punggawa nagari sipil Balai Pelestarian Cagar Budaya, lan Polda, amarga Yasan kelenteng Tjen Ling Kiong minangka salah sijiné yasan cagar budaya ing Yogyakarta.