Topografi taman nasional iki rada aneh, ing taman nasional iki ana pulo-pulo kang dumadi saka terumbu karang kang amba. Ing antarané pulo-pulo iku ana selat kang sempit kang jero. Ing sadhuwure pulo mau ana kola-kolam cilik kang jero lan ing jerone ana terumbu karange. Nalika kaanan banyu laut surut, pulo-pulo iku mau bakal ketok kanthi cetho.