Nalika taun 2006, Tonegawa dipuntuntut amargi minatesi perekrutan kandidat staf pengajar mudha wanita wonten ing McGovern Institute for Brain Research, ékan neurosains MIT sanèsipun, kanthi maringi informasi bilih para kandidat mbok manawi badhé dados pesaing wonten ing MIT. Wonten ing sawijining surat dhumateng Présidhèn MIT Susan Hockfield, 11 profesor wanita wonten ing MIT ingkang taksih njabat nyuwun investigasi saking tumindak ingkang mbok manawi boten migunakaken etika. Sawijining investigasi déning komite internal MIT ngaturaken palaporan dhumateng pembantu rektor, ingkang sesarengan kaliyan pimpinan nyerat layang dhumateng komunitas MIT. Komite punika boten manggihaken bukti babagan praduga jender. Nalika tanggal 17 November 2006, Tonegawa mbiwarakaken pangundhuran dhirinipun minangka direktur Picower Institute for Learning and Memory, efektif wiwit 31 Dhésèmber 2006.