Universitas Islam Negeri (UIN) diadhekake adhedasar Surat Dudutan Présidhèn No. 50 tanggal 21 Juni 2004. Diwiwiti saka gagasan para tokoh Jawa Timur kanggo ngadhekake lembaga pendidikan tinggi Islam ing sak ngisore Departemen Agama, banjur diwangun Panitia Pangadhekan IAIN Cabang Surabaya liwat Surat Dudutan Mantri Agama No. 17 Taun 1961 kang tugase kanggo ngadhekake Fakultas Syariah kang kedudukane ana ing lan Fakultas Tarbiyah kang ana ing . Lorone iku angrupaake fakultas cabang IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta lan diresmikake kedah bebarengan déning Mantri Agama ing 28 Oktober 1961. Ing 1 Oktober 1964 uga diadhekake Fakultas Ushuluddin kang ana ing Kediri melalui Surat Dudutan Mantri Agama No. 66/1964.