Situs pengenalan ing enzim restriksi saged pasti utawi ambigu. kados ta tuladha ing BamHI, enzim punika sampun pasti motong ing sekuen GGATCC. nanging punika, situs pengenalan HinfI inggih punika GANTC. ing situs pemotongan HinfI punika saged gantos kaliyan basa punapa kemawon, punika ingkang dipunsebat kaliyan situs ambigu. Tuladha sanès situs ambigu inggih punika XhoII. Enzim punika gadhah situs pemotongan PuGATCPy. Pu merupakan singkatan dari purin (basa A atau G), sedangkan Py merupakan singkatan dari pirimidin ("pyrimidine") (basa T atau C). Jadi XhoII dapat mengenali dan memotong sekuen AGATCT, AGATCC, GGATCT dan GGATCC.