Wektu iku, Républik Indonésia lagi ngadhepi obahan koreksi laladan liwat obahan PRRI saéngga akèh wadyabala-wadyabala ABRI kang dikirim menyang Sumatra kanggo nanggulangi obahan iki. Ali dikirim menyang Sumatra taun 1959 lan dhèwèkné njabat dadi Kepala Staf Resimen II lan Yoga Sugama minangka Komandan Resimenné. Ing sajeroning taun iku mau uga, Soeharto dicopot saka kalungguhan Pangdam déning KSAD AH Nasution amarga katut kasus penyelundupan lan ditugasaké sinau ing SSKAD ana ing taun 1960. Sawisé PRRI dikalahaké, Ali bali menyang Jawa Tengah kanggo nerusaké tugas ing Kodam Diponegoro kang wektu iku dibawahi Pranoto Reksosamudro.