Ghost at School nyritakake crita Miyanoshita Satsuki sing pindhah karo kulawargane menyang kampung almarhum ibune.Ing dina kasiji ing sekolah, Satsuki, adhine Keiichirou (kelas 1 SD), Tanggane dheweke, Aoyama Hajime, senior dhewekke , Kookoakakubo lan kanca kelase Aoyama, Leo Kakinoki sing duwe karep marang prekara paranormal teka ing sekolah lawas sing ora dihuni. cedhek karo sekolah sing saiki lan nemokake manawa bangunan kasebut ono dhemite . Ora suwe dheweke uga ungkapna yen ibune Satsuki sing tanggung jawab kanggo ngrampungake pirang-pirang dhemit sing ora mung ana ing sekolah nanging uga ing kabèh kutha lan saiki kabèh wis dibebasake saka urbanisasi sing wis ngethok wit ing bukit sekolahane. Ibune Satsuki ninggal buku sing isine cara kanggo nutup segawon hantu. Ing tumindak kapisan, Satsuki ngadhepi Dhemit sing jenenge Amanojaku, nanging ing proses kasebut, Amanojaku malah disegel ing awak kucing peliharaan Satsuki, Kaya. Sanajan Amanojaku ora kapengin nulungi Satsuki ing wiwitan, bebaya sing luwih gedhe nyebabake kutha kasebut lan nggawe Satsuki, kanca-kancane lan Amanojaku mungkasi hantu. Pungkasane, kanthi bantuan saka Amanojaku, kanca-kancane pungkasane nutup hantu. Dheweke kudu ngorbanake Amanojaku sajrone proses kasebut.