Generasi kaping kalih punika jumeneng taun 1601 ingkang wonten dumugi sapunika. Jongmyo punika dipun-ubengi déning témbok persegi dawa kanthi gerbang dhateng kidul, wétan, lan kilèn. Gerbang utama kuil boten kénging dipunlangkungi sinten kemawon. Déné gerbang wétan mirunggan kanggé raja lan gerbang kulon kanggé para juru main musik. Wangunan punika dipundominasi struktur kayu lan lantai granit. Kamar-kamar ing kuil kapérang dhateng bilik-bilik kanthi ornamen kayu abang kanthi wiyar 5.190 mèter persegi .