Kali Kongo éntuk jeneng saka karajan kuna, Kraton Kongo kang manggon ing tlatah muara kali iki. Nagara Républik Dhémokrasi Kongo lan Républik Kongo, kaloroné dumunung ana ing pinggir kali Kongo, lan dijenengaké miturut jenengé kali iki. Antara taun 1971 lan 1997 pamaréntah Zaire njenengaké Kali Zaire.