Ing jaman Edo, kalompok ninja saka Iga ngedegaké markas ing Harajuku kanggo njaga kutha Edo awit panggonané kang strategis ing pérangan kidul Jalan Utama Kōshū. Saliyané ninja, samurai kelas Bakushin uga milih manggon ing Harajuku. Para tani nandur pari ing laladan pinggir Kali Shibuya, lan migunakaké kincir air kanggo nggiling pari utawa nggawé glepung.