Panyejajaran sekuens (sequence alignment) ya iku prosès panyusunan/pangaturan loro utawa luwih sekuens saéngga pepadhan sekuens-sekuens kasebut katon nyata. Asil saka prosès kasebut uga disebut minangka sequence alignment utawa alignment waé. Larik sekuens ing sawijining alignment diwènèhi sisipan (umumé kanthi tandha "–") saéngga kolom-kolomé ngamot karakter sing identik utawa padha ing antarané sekuens-sekuens kasebut. Ing ngisor iki conto alignment DNA saka rong sekuens cendhak DNA sing béda, "ccatcaac" lan "caatgggcaac" (tandha "|" nedahaké kacocokan utawa match ing antarané loro sekuens iku).