Struktur Organisasi Lemsaneg dipuncathet wonten ing lembaran nagara ingkang wujud Dudutan Présidhèn (keppres) RI no. 103 taun 2001. Miturut Keppres punika, Lemsaneg dipunpandhegani déning satunggal kepala Lemsaneg ingkang dipunbiyantu déning tigang tiyang deputi lan satunggal sekretaris ingkang paling baku. Kepala Lemsaneg gadhah tanggel jawab langsung dhateng Présidhèn Indonésia.