Agus Suhartono namataké pendhidhikan militèr ing Akademi Angkatan Laut (AAL) taun 1978.[3] Saliyané iku, Agus Suhartono ngrampungaké pendhidhikan Sekolah Staf lan Komando TNI AL taun 1994, Sesko TNI taun 1999, lan Lembaga Ketahanan Nasional taun 2003.[4]