Permasalahan kang ketok ana ing pengelolaan kawasan iki yaiku perlindungan ékosistem perairan segara. Perkara iki disebabake amarga kawasan Karimunjawa dadi salah siji saka telu pusat perikanan kang dadi andalan ana ing Jawa Tengah, lan faktane yaiku setengah saka penduduk Karimunjawa kang jumlahe punjul 8.800 jiwa duwé pakaryan dadi warigaluh kang nggantungake uripé marang sumber daya perikanan. Mula saka iku sumber daya perikanan dadi andalan ana ing pengembangan perekonomian ing kawasan iki. Permasalahan kang ana yaiku disebabake amarga ana ing pamanfaatane sumber daya perikanan kang cenderung "over" mligi ana ing iwak jinis pelagis cilik, usaha penangkapan iwak kang ngrusak ékosistem terumbu karang yaiku kanthi nganggo apotas utawa sianida lan uga jaring kang bisa ngrusak terumbu karang.