ing taun 1944, Wahid pindah saka Jombang nuju Jakarta, pnggonan bapaké katut karo Parté Majelis Syuro Muslimin Indonésia (Masyumi), sawijining organisasi kang didirike bala Jepang kang wektu iku nguwasani Indonésia. Sawisé déklarasi kamardikan Indonésia tanggal 17 Agustus 1945, Gus Dur balik nuju Jombang lan tete manngon ing kana sasuwéné perang kamardikan Indonésia nglawan Walanda. ing akir perang taun 1949, Wahid pindah nuju Jakarta lan bapaké ditunjuk dadi Mantri Agama. Abdurrahman Wahid sinau ing Jakarta, masuk ing SD KRIS sadurungé pindah ing SD Matraman Perwari. Wahid uga diajari mawca buku non-Muslim, majalah, dan koran karo bapaké kanggo njebaraké pengetahuané. Gus Dur terus manggon ing Jakarta kaliyan kaluwargané sanajan bapaké wis ora dadi mantri agama taun 1952. ing April 1953, bapaké Wahid tilar donya amarga kacilakaan mobil.