Warak jawa lan Indhi iku siji-sijiné anggota gènus "Rhinoceros" kang sepisanan muncul ing rekaman fosil ing Asia sakiwa-tengené 1,6 yuta-3,3 yuta taun kapungkur. Prakiraan molekul mènèhi tabet manawa spésies wis kapérang luwih awal, sakiwa-tengené 11,7 yuta taun kapungkur. Sanajan mlebu ing jinis gènus, warak jawa lan Indhi dipercaya ora cerak gandhengané karo spésies warak liyané. Panlitén kang béda wis ngetokaké hipotèsis manawa warak iku mungkin cerak gandhengané karo "Gaindetherium" utawa "Punjabitherium" kang wis cures. Analisis klad Rhinocerotidae mapanaké "Rhinoceros" lan "Punjabitherium" kang wis cures ing klad karo "Dicerorhinus", warak Sumatra. Panlitén liya ngusulaké manawa warak Sumatra luwih cerak gandhengané karo loro spésies warak ing Afrika. Warak Sumatra bisa kapérang saka warak Asia liyané 15 yuta taun kapungkur.