Kangge nindakaken tugas padintenaipun, BNSP dipundhukung déning sekretariat ingkang dipunpandhegani déning satunggaling Kepala Sekrtariat. Sekretariat BNSP inggih punika organisasi struktural eselon II A ingkang kanthi organik mlebet wonten ing organisasi kamentrian Tenaga Kerja lan Transmigrasi.