Struktur pérangan dhuwur candhi iki nuduhaké wangun kaya kembang padma (teraté). Ing sisih njero ana denah struktur bunder sing kaya-kayané tilas stupa utawa lapik reca Buda. Ing candhi iki oea tinemu trap, saéngga wujudé mper karo stupa utawa reca Buda ing sadhuwuré kembang teraté sing nuju mekar lan ngambang ing banyu. Wangun kaya ngéné iki unik lan durung naté tinemu ing Indonésia. Wangunan candhi Jiwa ora digawé saka watu, nanging saka bata.