Pujaraharja pensiyun ing tanggal 25 Juni 2012 minangka Uskup Ketapang, lan diterusaké déning Mgr. Pius Riana Prapdi. Ing adicara panahbisan Mgr. Prapdi pada 9 September 2012, Mgr. Pujaraharja kajibah minangka Uskup Penahbis Utama, kairing Uskup Ko-konsekrator yaiku Uskup Agung Pontianak, Mgr. Hieronymus Herculanus Bumbun, OFM Cap. lan Uskup Agung Semarang, Mgr. Johannes Pujasumarta.