Sawise sedane Hideyoshi, putrane Hideyoshi, Toyotomi Hideyori, entuk kekuwasaane bapake. Tokugawa Ieyasu njupuk kauntungan saka jabatane minangka adipati kanggo Hideyori kanggo golek dhukungan politik lan militer saka daimyo liyane. Sawise ngalahake klan-klan pandukung Hideyori ing Peperangan Sekigahara ing taun 1600, Ieyasu diangkat dadi shogun ing taun 1603. Pamrentahan militer Ieyasu sing didegake ing Edo (saiki Tokyo) diarani Kashogunan Tokugawa. Keshogunan Tokugawa curiga karo kegiatan misionaris Katulik, lan nglarang kabeh kontak karo wong Eropa. Hubungan perdagangan diwatesi mung karo pedagang Walanda ing Pulo Dejima, Nagasaki. Pamrentah Tokugawa uga ngetrapake macem-macem kabijakan kaya ta undang-undang "buke shohatto" kanggo ngontrol daimyo ing wilayah kasebut. Ing taun 1639, Kashogunan Tokugawa miwiti kabijakan "sakoku" ("negara tertutup") ingkang mlaku rong setengah abad sing diarani jaman Édo. Sanajan ngalami periode isolasi, wong Jepang tetep sinau ilmu-ilmu saka Donya Kulon. Ing Jepang, ilmu saka buku-buku Kulon diarani "rangaku" (ilmu Walanda) amarga saka kontak Jepang karo enklave Walanda ing Dejima, Nagasaki. Sajrone periode Edo, masarakat Jepang uga miwiti pasinaon bab Jepang, lan diarani "studi nasional" bab Jepang minangka "kokugaku".