Dua belas taun kemudian, tiba giliran Jepara di serang bala wadya Mataram. Agaknya kali ini Jepara keteteran membendung serangan Mataram yang dahsyat. Karena Pangeran Arya Jepara sendiri meninggalkan Jepara untuk membesuk ayahnya ya iku Maulana Hasanuddin. Maka tak ayal lagi, Kalinyamat yang merupakan kutha krajan Karajan Jepara bernasib serupa dengan kutha krajan Kesultanan Pajang yang berada di Pajang. Peristiwa ini terjadi padha taun 1599 M yang meruntuhkan kekuasaan Karajan Kalinyamat yang di kenal dengan sebutan Bedhahe Kalinyamat.