Ing mangsa kamardikan Indonésia, pamaréntah Indonésia nggabungaké Ika Daigaku sajeroning Balai Perguruan Tinggi RI lan ngowahi jenengé dadi Wiyata Tinggi Kedhokteran. Sawisé Indonésia mardika ing pungkasan taun 1940-an, pamaréntah "mengambil alih" sekolah kadhokteran kang diadegaké déning Walanda, "Geneeskundige Faculteit Nood Universiteit van Indonésia", lan nggabungaké karo Wiyata Tinggi Kedhokteran. Gabungan iki banjur dijenengi anyar, yaiku Fakultas Kedhokteran kang ana ing sangisoré naungan Universitas Indonésia ing tanggal 2 Fèbruari 1950. Kagiatan kuliah wiwitané ditindakaké ana ing rong panggonan, yaiku ing Jakarta lan ing Surabaya. Nanging wiwit taun 1954, Fakultas ing Surabaya digabungaké menyang Universitas Airlangga.