Jemaah Islamiyah disujanani ngayahi aksi pangeboman Bali 2002 ing tanggal 12 Oktober 2002. Sajeroning serangan iki, pelaku bom saka Jemaah Islamiyah ingaran-sebut niwasaké 202 jiwa nyidrani sawatara liyané ing siji "nightclub". Sawisé serangan iki, Departemen Luar Negeri Amérikah Sarékat mratélakaké Jemaah Islamiyah minangka kang ngayahi serangan iki lan nyatakaké minangka Organisasi Teroris manca. Jemaah Islamiyah uga disujanani ngayahi pangeboman Zamboanga, pangeboman Metro Manila, lan pangemboman kadhutaan Australia 2004 ing Jakarta.