Sawisé ngrampungke pawiyatan calon imam di Seminari Tinggi St Paulus Kotabaru Yogyakarta taun 1961, Pujaraharja kajibah dadi pastor pambiyantu ing Paroki St. Theresia Lisieux, Boro, Kulonprogo, Daerah Istimewa Yogyakarta. Setaun sabanjuré, ngalèh saperlu ngisi kalodhangan ing Paroki St. Maria Tak Bercela, Nanggulan, Kulon Progo nganti taun 1965. Telung sasi sadurungé Gerakan 30 Sèptèmber, Puja napa panugasan ing Paroki St. Yosep Medari, Sleman, Yogyakarta. Dhèwèké uga ngrangkep minangka Pastor Paroki St Aloysius Gonzaga Mlati sejak tahun 1970 hingga 1971.