Taman sari Guwa Sunyaragi kang diyasa taun 1703 M lan ambané 1,5 ha iki wis ngalami sawatara pamugaran. Pamugaran sapisan ya iku nalika taun 1852 M nalika jaman pamaréntahan Sultan Syamsudin IV sawisé ana karusakan amarga diserang déning nagara Walanda taun 1787 M. Déné pamugaran kang kapindho ya iku taun 1937-1938 déning pamaréntah Walanda kang dipasrahaké marang Krisjnan, sawijining punggawa Dhinas Kabudayan ing Semarang. Dhèwéké mung nguwataké "konstruksi" asliné kanthi nambahi cagak-cagak utawa pilar bata kanggo penguwat, mligi ing pérangan payon kang mlengkung. Nanging, trakadhang dhèwèké ngilangaké wujud asliné yèn dianggep mbebayani kanggo kabèh yasan. kaya kang katon ing Guwa Pengawal lan pérangan kiwa-tengen antarané gedhong Jinem lan Mandhe Beling. Pamugaran kang pungkasan ditindakaké déning Direktorat Perlindungan dan Pembinaan Sajarah dan Purbakala, Direktorat Jenderal Kebudayaan ing jaman Orde Baru, kang mugar Taman Sari Guwa Sunyaragi kanthi rata lan ing kabèh pérangan. Saka iku wis ora ana manèh kagiyatan kanggo ngreksa situs iki kanthi tenanan.