Eksistensi STAIN Kudus ora bisa kapisahake saka sajarah diadhekakéne Perguruan Tinggi Agama Islam Negri Ing Indonésia ya iku Institut Agama Islam Negeri. Ing sisih liyané anané IAIN dhéwé uga ora kapisahake saka pasang surute parjuangan Islam ing Indonésia kautama ing babagan Dakwah Islamiyah.