Pamekaran Kabupatèn iki kanthi ukum diatur sajeroning UU Nomer 47 Taun 1999 ngenani Pambentukan Kabupatèn Nunukan, Kabupatèn Malinau, Kabupatèn Kutai Wétan, Kabupatèn Kutai Kulon, lan Kutha Bontang ing tanggal 4 Oktober 1999. Lan nganggo dhasar UU Nomor 47 taun 1999 mau Nunukan Resmi dadi Kabupatèn, kanthi dibantu 5 wewengkon administratif yaiku Kacamatan Lumbis, Sembakung, Nunukan, Sebatik lan Krayan.