Sajeroning situasi lan tekanan kolonial kang abot, Habib Abubakar tampil kanggo ngedegaké salah sijiné perguruan Islam, kang ora amung ngajaraké agama, nanging uga pendidikan umum. Nalika taun 1901, bebarengan karo semangaté kebangkitan Islam ing tanah air, ngadeg perguruan Islam Jamiat Kheir. Wektu iku pertama kali ngadeg, perguruan iki mbukaké sekolah ing kawasan Pekojan kang kang wektu iku penduduké akehé saka keturunan Arab.