Stasiun Benowo wiwitane duwe loro jalur sepur kanthi jalur 2 garis lurus. Sawise Babat trek dobel dioperasikake wiwit Mei 2014 , bakal ana siji garis lurus lan jalur puteran anyar ing sisih lor stasiun saengga cacahe garis tambah dadi papat. Jalur 2 digunakake minangka garis lurus kanggo arah Surabaya Pasarturi, dene garis lurus anyar dadi garis 3 sing digunakake minangka garis lurus kanggo arah Semarang . Kajaba iku, sistem signaling diganti saka sistem mekanik dadi sistem sinyal listrik.