Panyejajaran sekuens (sequence alignment) yaiku prosès panyusunan/pangaturan loro utawa luwih sekuens saéngga pepadhan sekuens-sekuens mau katon nyata. Asil saka prosès mau uga ingaran minangka "sequence alignment" utawa "alignment" waé. Larik sekuens ing sawijining "alignment" diwènèhi sisipan (lumrahé kanthi tandha "–") saéngga kolom-kolomé ngamot karakter kang identik utawa padha ing antarané sekuens-sekuens mau. Ing ngisor iki conto "alignment" DNA saka rong sekuens cendhak DNA kang béda, "ccatcaac" lan "caatgggcaac" (tandha "|" nedahaké kacocokan utawa "match" ing antarané loro sekuens iku).