Wiwitane pangadheke UNIPA diwiwiti Fakultas Pertanian Universitas Cenderawasih sing berkembang kanthi patang periode yaitu: periode fppk uncen (1964-1982), Periode Faperta uncen (1982-2000), Universitas Negeri Papua (2000-2014), Universitas Papua (2014-Saiki). Semono uga wiwit tahun 2000, unipa dipimpin dening lima rektor sing ganti saben limang tahun pisan yaiku: Prof. Dr. Frans Wanggai (2000-2008); Ir. Jan Pieter Karafir, M.Ec. (2008-2012) sing banjur diterusake dening PLT Rektor Dr. Ir. Merlyn Lekitoo, MS (2011-2012), rektor katelu dijabat dening Dr. Suriel S. Mofu S.Pd, M.Pd. TEFL, M.Phil. (2012-2015) kang diterusake dening PLT Rektor Dr. Ir. Onesimus Yoku MS (2015-2016), rektor kaping papat Dr. Ir. Jacob Manusawai, MH (2016-2020), banjur diganti dening Dr. Ir. Meky Sagrim SP, M.Si nganti saiki.