Kaisar Go-Daigo lair tanggal 26 November 1288 (Shōō taun 1 sasi 11 dina 2) dadi putra nomer loro saka kaisar ka-91 Kaisar Go-Uda saka garis keturunan Daikaku-ji. Dhèwèké diangkat dadi pangeran nalika taun 1302. Nalika taun 1304 dhèwèké diangkat dadi Dazai no Sochi (kepala kantor Dazaifu), kang ndadèkaké diundang Sochinomiya. Ibu kandunge ya iku Fujiwara no Tadako utawa Dantenmon-in, putri anggota majelis tinggi kang jenenge Itsutsuji Tadatsugu kang dadi putri angkat Naidaijin jenenge Kazan-in Moritsugu. Dhèwèké ditunjuk dadi putra makutha nalika taun 1308 déning Kaisar Hanazono saka garis keturunan Jimyō-in, lan munggah ana ing tahta nalika umuré 31 taun lan dadi Kaisar Go-Daigo nalika taun 1318. Nanging, sadawané telung taun pisanan mangsa pamrentahane, Kaisar Go-Daigo namung dadi kaisar tituler. Bapak kandunge ya iku mantan Kaisar Go-Uda kang njalanake sistem pamaréntahan saka njero biara. Ana ing silsilah kamaharajan, Kaisar Go-Daigo lair saka garis keturunan utama. Wiwitane, faksi garis keturunan Daikaku-ji kang nobatake Kaisar Go-Daigo dadi pejabat sawatara kaisar. Sawisé putra makutha kang jenenge Pangeran Kuniyoshi (anak almarhum Kaisar Go-Nijō) sansaya gedhé, Kaisar Go-Daigo kudu muduh tahta.