Sadurunge musim 2009, Uchida digadhang-gadhang bakalan pindhah saka Kashima Antlers, amarga sawetara klub saka Eropa kepengin nuku dheweke. Uchida miwiti musim kanthi apik nalika dheweke mbantu tim kasebut ngalahake Gamba Osaka 2-0 lan menangke Piala Super Jepang. Uchida nyipta gol kanggo Marquinhos, nalika menang 2-0 nglawan Urawa Red Diamonds nalika main pertandingan pambuka liga ing musim iki. Uchida terus mertahanke posisine ing tim utama, dheweke main ing posisi bek tengen. Sesasi sawise, ing tanggal 8 April 2009, dheweke nyetak gul pisanane ing musim iki, nalika menang 4-1 nglawan Warriors ing Liga Champions AFC. Wiwit wiwitan musim 2009, Uchida miwiti saben pertandingan nganti dheweke mudhun saka skuad nalika nglawan JEF United Chiba ing tanggal 2 Mei 2009, amarga ngalami kekeselen sing kronik. Iki kedadeyan sawise Uchida ngalami kesel lan kudu diganti nalika menang 5-0 nglawan Warrior FC ing tanggal 22 April 2009. Sawise ora main sak pertandingan, dheweke bali menyang tim utama lan main 69 menit, nalika menang 2-1 nglawan Shimizu S-Pulse ing tanggal 10 Mei 2009. Sesasi sabanjure nalika nglawan FC Seoul ing babak 16 Liga Champions AFC, Uchida ora bisa ngegulke nalika ing adu penalti, lan nyebabake tim lawan lanjut menyang babak sabanjure sawise pertandingan rampung 2-2 sajrone 120 menit. Seminggu sabanjure nalika nglawan Kawasaki Frontale ing tanggal 5 Juli 2009, dheweke ditokke amarga keno "handball", lan ngasilake penalti sing sukses dikonversi dadi gul dening Juninho menehi tim oposisi unggul lan pertandingan rampung 1-1. Sawise ra oleh main sak pertandingan, Uchida bali menyang jajaran awal, nalika imbang 2-2 nglawan Kawasaki Frontale ing tanggal 15 Juli 2009. Telung dina sabanjure, ing tanggal 18 Juli 2009, dheweke tampil ingkang kaping 100 kanggo tim kasebut, nalika imbang 2-2 nglawan Shimizu S-Pulse. Amarga prestasine ing separo musim kasebut narik minat klub-klub Seri A, sing nggawe tawaran 3 yuta euro. Sanajan ngono, Uchida tetep entuk nggon ing tim utama ing sisane musim kasebut. Ing pertandingan pungkasan musim iki, Uchida nyipta gol gawe Shinzo Koroki lan nyetak siji-sijine gol ing pertandingan kasebut, nalika menang 1-0 nglawan Urawa Red Diamonds lan menangke liga ingkang kaping telune. Ing pungkasan taun 2009, Uchida kalebu dadi "J. League Best Eleven" ingkang kaping pindhone. Kajaba iku, dheweke main kaping patang puluh telu pertandingan lan nyetak sak gul ing kabeh kompetisi.