Keamanan domestik ing Jepang utamane diwenehake dening departemen kepolisi prefektur, ing sangisoré pengawasan Badan Polisi Nasional. Minangka badan koordinator pusat kanggo Departemen Kepolisian Prefektur, Badan Kepolisian Nasional dikelola dening Komisi Keamanan Publik Nasional. Tim Serangan Khusus kalebu unit taktis kontra terorisme tingkat nasional sing kerja sama karo Pasukan Anti Senjata Api tingkat teritorial lan Pasukan Pelawan Terorisme-NBC. Kajaba iku, ana Panjaga Pantai Jepang sing njaga perairan teritorial jepang. Penjaga pesisir ngawasi segara ing sekitaran Jepang lan nggunakake upaya pengawasan lan kontrole tumprap penyelundupan, tindak pidana lingkungan laut, perburuan, pembajakan, kapal mancing asing sing ora sah, lan imigrasi ilegal.