Kuntowijoyo ngrampunaen pendhidhikan formal wonten ing Madrasah Ibtidaiyah ing Ngawonggo, Klaten. Lajeng piyambakipun nerasaken sekolah SMP ing Klaten, saha nerasaken SMA ing Sala, saderengipun lulus sarjana Sajarah wonten ing Univeritas Gadjah Mada ing taun 1969. Piyambakipun pikantuk gelar MA "American History" saking Universitas Connecticut, Amérikah Sarékat ing taun 1974,saha Ph.D Ilmu Sajarah saking Universitas Columbia ing taun 1980. Piyambakipun lajeng mucal dadosdosen ing Fakultas Sastra Universitas Gadjah Mada saha ingkang pungkasan ing gesangipun, piyambakipun dados Guru Besar Fakultas Ilmu Budaya, saha dados panaliti senior ing Pusat Studi dan Penelitian Kependudukan Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.