Sawisé pemisahan saka Federasi Cekoslovakia, maskapé ngadopsi jenenge wektu iki nalika Mèi 1995. Ing akir dekade 1990an, sapérangan besar pesawat Soviet pendhak didol marang maskapé liya utawa dipensiunake (kanti kodhe kang dipertahanake), lan diganteni kanti pesawat gaweyan barat kaya ta Boeing 737 lan A310, Airbus A320, lan pesawat jarak endek ATR. CSA dadi anggota penuh saka aliansi SkyTeam nalika 18 Oktober 2000. Maskapé ik diduwèni déning Kementerian Keuangan Ceko (56.92%), Agen Konsolidasi Ceko (34.59%) lan institusi Ceko kang liya. Maskapé iki duwé 5,440 punggawa (nalika Maret 2007).