Nalika ana gagasan kapisan kanggo bangun masjid, rencana masjid arep dibangun ing salah siji saka telung lokasi, ya iku Giangan, Gumuk, lan Trunojayan. Trunojayan dadi pilihan amarga miturut salat Istikharah kang dilakokaké déning Kyai Amir, H. Masyudi, lan H. Mudzakir. Dana kanggo bangun Masjid Perak saka dana sumbangan saka para penggagas masjid. Dana kang kekumpul kanggo bangun, ya itu 3000 gulden. Sawisé dana kekumpul, masjid mulai dibangun lan lokasi kang dipilih ya iku Trunojayan manut karo salat Istikharah kang wis dilakokaké. Masjid Perak Kotagede dibangun ing lemah wakaf kang ambane 400 mèter persegi. Nanging, kang kacithak ana ing sertifikat, lemah kang kanggo bangun masjid ambané 840 mèter persegi amarga klèru anggoné masang pathok dadi tanahé jembar mengidul.