Mattarella minangka salah siji panyengkuyung pisanan saka ekonom Romo Prodi ing kepala koalisi tengah-tengah sing dikenal minangka The Olive Tree ( L'Ulivo ) ing pemilihan umum taun 1996 . Sasampunipun menang pilihan raya ing tengah-tengah, Mattarella njabat minangka Presiden parlemen PPI. Sasampunipun kalih taun salajengipun, nalika Pamrentahan Prodi kapisan kasebat, Mattarella dipunangkat dados Wakil Perdana Menteri lan Menteri Pertahanan ing pamaréntahan Massimo D'Alema, pimpinan Demokrat Left (DS). Minangka Menteri Pertahanan, dheweke ndhukung Intervensi NATO ing Yugoslavia nglawan Presiden Serbia Slobodan Milošević ; dheweke uga nyetujoni reformasi Pasukan Angkatan Udhara Italia sing mbubarake conscription . Sawisé mundur saka D'Alema ing taun 2000, Mattarella njabat dadi Menteri Pertahanan ing pamaréntahan Giuliano Amato .