Topografi taman nasional iki rada aneh, ing taman nasional iki ana pulo-pulo kang kabentuk saka terumbu karang kang amba. Ing antarane pulo-pulo iku ana selat kang sempit kang jero. Ing sadhuwure pulo mau ana kola-kolam cilik kang jero lan ing jerone ana terumbu karange. Nalika kahanan banyu laut surut, pulo-pulo iku mau bakal ketok kanthi cetho.[2]