Benediktus IX salajengipun ngunduraken dhiri ing wulan Mèi 1045, kamungkinan ageng amargi badhé palakrama. Panjenenganipun nyadé kantoripun dhumateng satunggaling imam John Gratian, wali baptisipun (kamungkinan reginipun langkung saking 650 kg emas). Gratian lajeng dados Paus Gregorius VI (1045-1046) ing wulan Mèi 1045. Éwadéné makaten, manawi Silvester dèrèng naté kanthi resmi ngunduraken dhiri, Benediktus utawi Gregorius sajatosipun sanès Paus ingkang sah salaminipun periode wau. Benediktus IX lajeng kadosipun keduwung dhumateng sadéan punika lan nyobi malih ngendhegaken Gregorius VI. Silvester III ugi muncul malih kanggé nglaim hakipun dhumateng tahta wau.