Tigang taun sabibaripun kabikak, nama musiyum dipun-gantos dados Museum Rumah Tangga Kaisar Kyoto (Kyoto Teishitsu Hakubutsukan). Kanthi wekdal ingkang sami musiyum ing Tokyo saha Nara ugi kagantos namanipun dados Museum Rumah Tangga Kaisar Tokyo saha Museum Rumah Tangga Kaisar Nara. Museum dipunhibahaken dhumateng kutha Kyoto minangka kenang-kenangan pawiwahanipun Putra Makutha Hirohito (samangke dados Kaisar Shōwa) nalika wulan Fèbruari 1924. Nama musiyum dipun-gantos dados Museum Bebungah Kaisar Kyoto (Onshi Kyoto Hakubutsukan). Dumugi pungaksaning Perang Dunia II, musiyum wonten ing ngandhapipun pengelolaan kutha Kyoto. Wiwit April 1952, musiyum dipunwangsulaken dhumateng pamaréntah, saha nama musiyum kagantos kanthi nama Museum Nasional Kyoto. Nalika dipunwangsulaken dhumateng pamaréntah, musiyum “berafiliasi” kaliyan Dewan Perlindungan Peninggalan Budaya (Bunkazai Hogo Iinkai). Nalika taun 1968, musiyum “berafiliasi” kaliyan Kantor Kebudayaan ingkang nalika punika tembe kadhapur. Kanthi kawicaksanan Reformasi Pamarentah Pusat/2001Peraturan umum Institusi Administrasi Independe, musiyum punika dipundadosaken sawijining Institusi Administrasi independen nalika taun 2001. Sabibar punika, musiyum wonten ing ngandhapipin pengelolaan Intitut Nasional Peninggalan Budaya wiwit taun 2007 dumugi sapunika.