Jalur ini sepenuhnya berada di dataran rendah, dengan sedikit variasi jalur berkelok-kelok di antara Stasiun Wojo dan Stasiun Wates. Terdapat beberapa jembatan tinggi di jalur ini, yaitu yang melintasi Kali Progo dan Kali Opak. Jalur ini memiliki beberapa titik berpemandangan indah, terutama di daerah sekitar Candi Prambanan (dapat terlihat beberapa puncak candi Prambanan tersebut) dan di antara Stasiun Klaten dan Stasiun Delanggu dengan pemandangan gunung kembar (Gunung Merapi dan Gunung Merbabu) yang tampak sempurna dilatardepani oleh persawahan yang terhampar luas. Uniknya, seluruh jalur kereta api di wilayah DIY berstatus sebagai tanah milik Keraton (Sultan Ground).