Bebandhingan génétika nuduhaké manawa urangutan Tapanuli dadi béda saka urangutan Sumatra sakiwa-tengené 3 yuta taun kapungkur, nanging dadi luwih kapisah sawisé panjeblugé Gunung Toba kang kadadéan sakiwa-tengené 75.000 taun kapungkur. Rong spésies mau isih kontak kanthi sporadhis nganti 10.000 - 20.000 taun kapungkur. Kosok baliné, urangutan Tapanuli olèhé pisah saka urangutan Kalimantan 670.000 taun kapungkur. Urangutan iku lunga menyang Kalimantan saka Sumatra nalika pulo loro iki biyèn isih manunggal minangka péranganing laladan Sundaland nalika Jaman Ès. Tlatah enggoné urangutan Tapanuli urip saiki iku dianggep tlatah asalé leluhuré urangutan mlebu ing Indonésia saka Bawana Asiah.