Habib Muhammad bin Yahya ke Indonesia hijrah menyang Indonesia kanthi tujuwan pengin ketemu seduluré ing Batavia (saiki Jakarta) lan Ambon sing ndisiki hijrah, saha tujuwan dagang lan dakwah. Dalan anggoné dheweké mlaku saka Masilah, Hadramaut menyang Indonesia ana rong versi, "kapisan", saka Masilah-Tarim-Aden-Batavia-Surabaya-Ambon-Tenggarong; "loro", saka Masilah-Tarim-Aden-Batavia-Surabaya-Ambon-Surabaya-Tenggarong.