Paguron Tinggi Islam swasta ing Indonésia tidak ana ing sangisoré tanggung jawab Kamentrian Agama, melainkan dikelola déning berbagai organisasi Islam. Termasuk ing sini yaiku sejumlah Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI), Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah, Institut Agama Islam, Universitas Muhammadiyah, lan sebagainya.