Struktur organisasi BIN wis diowahi pungkasan kanthi Peraturan Présidhèn Républik Indonésia No. 52/2005. Miturut Perpres mau BIN dibawahi sawijining Kepala BIN dibantu déning Wakil Kepala, siji Sekretariat Utama kang dibawahi Sekretaris Utama, siji Inspektorat Utama (dibawahi Inspektur Utama), limang Deputi lan lima Staf Ahli.