Masjid Gedhe, duwé kapangurusan kang dicekel ing Penghulu Kraton, lan dibiyantu déning Ketib, Modin,Merbot, lan Abdi Dalem Pamethakan, Abdi Dalem Kaji Selusinan lan Abdi Dalem Barjamangah.Kapangurusan ing Masjid Gedhé kang dumunung ana ing sakiteré tlatah Masjid kanthi jeneng kampung Pakauman (tlatah para Kaum = Qoimmuddin = Panegak Agama). Dumununé masjid ndadèkaké pusat jama'ah lan dadi pusat pangajian sarta pengadilan agama Islam ing Yogyakartata.