Stasiun Wonokromo wiwitane duwe pitung jalur sepur, nanging saiki isih kari limang jalur. Jalur 1 (garis lurus kapisan) sing biasane digunakake kanggo mangkat kereta ekonomi ing sisih kidul kulon ( Madiun ) lan minangka jalur langsung kanggo sepur sing ora mandheg ing stasiun iki, jalur 2 (garis lurus kaping loro) lan 3 digunakake kanggo mangkat kereta ing arah kidul ( Sidoarjo ) lan tekane sepur saka arah kidul lan kidul, jalur 4 sing asring digunakake minangka parkiran kanggo kreta pemeliharaan rel (contone, mesin pecok lan pengontrol ballast ), uga jalur 5 sing jarang digunakake.