Agus Suhartono namataké pendhidhikan militèr ing Akademi Angkatan Laut (AAL) taun 1978. Saliyané iku, Agus Suhartono ngrampungaké pendhidhikan Sekolah Staf lan Komando TNI AL taun 1994, Sesko TNI taun 1999, lan Lembaga Ketahanan Nasional taun 2003.