Ing wiwitané Pura Pakualaman iku minangka Badan Istana kang mengku ratu lan kulawargané kraton. Ing sisih liya pura iki minangka punjeré pamaréntahan Kadipatèn Pakualaman. Sawisé Kadipatèn Pakualaman bebarengan Kasultanan Ngayogyakarta diganti statusé saka negara dadi Dhaérah Istiméwa satataran Propinsi sacara resmi ing taun 1950. Pura Pakualaman wiwit dipisah saka Pamaréntah Dhaérah Istiméwa lan di-dépolitisasi saéngga namung dadi Badan Pamengku Adat Jawa, mliginé gagrag Pakualaman Ngayogyakarta.