Saka pernikahan karo Almarhum Hj. Kastian Indriawati, Hidayat duwé anak papat: Inayatu Dzil Izzati, Ruzaina, Alla Khairi, lan Hubaib Shidiqi. Sawisé bojo pisanan mau séda, Hidayat Nur Wahid nikah karo dr. Diana Abbas Thalib tanggal 11 Mèi 2008 ing TMII.