Sasampunipun pensiun ing klub Mainz 05, Klopp dipundhawuhi dados manajer klub wekdal tanggal 27 Februari 2001 sasampunipun dipunpecat déning Eckhard Krautzun. Pertandhingan kapisan Mainz saged menang 1-0 mengsah MSV Duisburg. Panjenenganipun dados manajer sadangunipun pitung taun, ing wekdal punika Klopp saged kasil mromosikaken Mainz 05 dhateng Bundesliga, lan lolos dhateng Piala UEFA 2005-2006. Ing pungkasaning mangsa 2006-2007, Mainz 05 dipundhégradhasi, nanging Klopp tetep ing klub wau. Nanging, amargi mboten saged kasil nggayuh promosi, Klopp lajeng medal saking klub Mainz 05 ing pungkasaning mangsa 2007-2008. Kanthi cathetan 109 kamenangan, 78 asil imbang, lan 83 kawon.