Miturut evaluasi IUCN kanggo UNESCO, 441 taksa tanaman asli wis kasil dicatet, ing endi 161 tanaman vaskular lan 88 tanaman kayu menika endemik. Iji-ijine mamalia asli yaiku rubah terbang Bonin sing terancam punah. Saka 195 spesies manuk sing kecatet, empat belas sawetarane kepratel ana ing Pratelan Abang IUCN. Saka loro jenis reptil darat, "Ogasawara Snake-Eyed Skink" menika endemik. Saka 1.380 spesies serangga, 379 menika endemik. Saka 134 spesies siput tanah, 100 menika endemik. 40 spesies ikan air tawar, 23 cetacea, 795 ikan air asin, dan 226 karang hermatypic wes dicatet.