Sajeroning 10 taun, nalika taun 1297 H, Habib Abubakar bebarengan bapaké sarta seduluré Muhammad lan Sidah, mangkat marang Hadramaut. Ing Hadramaut, dhèwèké ngentèkaké wektuné kanggo luru ngèlmu saka pira-pira guru kaloka ing kana.