Klenteng Tjen Ling Kiong dipunyasa kanthi izin Sri Sultan Hamengkubuwono VII minangka panjalukane warga Tionghoa ing Yogyakarta ing mangsa iku. Kanggo patujon mau, pihak Karaton Ngayogyakarta Hadiningrat ngibahake lahan kang minangka papan pangyasa klenteng nganti seprene. Pangyasa diwiwiti ing taun 1881 lan rampung ing taun 1907.