Saking sisih lembaganipun, Direktorat Jenderal Bea dan Cukai dipunpandhegani déning satunggaling unit Eselon 1 ingkang mapan wonten ing ngandhap Kamenterian Kauangan Indonesia, kados déné ugi Direktorat Jenderal Pajak, Direktorat Jenderal Perbendaharaan, lan sanès- sanèsipun.