Nalika Pakistan kadhapur, Mirza diangkat minangka Mantri Pertahanan saka nagara sing anyar iku, lan ndadèkaké punggawa nagari Muslim mawa kalungguhan paling dhuwur ing India wektu iku. Nalika taun 1954 panjenengané diangkat minangka gubernur Pakistan Wétan kanggo nentremaké tlatah sing ngalami pagolakan pulitik wektu iku. Posisi iki banjur diterusaké kanthi pangangkatané minangka Mantri Dalam Negri lan Wilayah Wewatesan sajeroning kabinèt PM Bogra. Nalika taun 1955 panjenengané dadi Pejabat Gubernur Jendral, lan banjur dadi Gubernur Jendral pungkasan Pakistan. Iskander Mirza uga dadi panganjur gedhé skema Saunit lan percaya marang pamisahan antarané nagara lan nagara.