Kanthi dipunbentukipun Departemen Kebudayaan dan Pariwisata kaliyan Mantan Présidhèn KH Abdurrahman Wahid nalika taun 1999, pangelolaan Museum Sumpah Pemuda dipunpasrahaken saking Departemen Wiyata Nasional marang Departemen Kebudayaan dan Pariwisata. Penyerahan punika dipuntindakaken kaliyan Mantri Wiyata Nasional ingkang namanipun Dr. Yahya A. Muhaimin marang Mantri Kebudayaan dan Pariwisata, Drs. I Gede Ardhika. Departemen Kebudayaan dan Pariwisata lajeng dados Kementerian Nagara. Kangge ngurusi pérangan-pérangan ingkang boten saged dipunurusi wonten ing Kementerian Nagara Kebudayaan dan Pariwisata lajeng dipunbentuk Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata. Pengelolaan Museum Sumpah Pemuda ingkang kalawau dipuncepeng Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata lajeng dipunpasrahaken dhateng Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata. Nalika wonten reorganisasi ing Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata, pangelolaan Museum Sumpah Pemuda lajeng dipunpasrahaken malih kaliyan Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata.