Nalika bali menyang Indonesia, Koentjaraningrat ngenalake skema Clyde Kluckhohn kanggo variasi orientasi nilai. Dheweke uga melu ing Universitas Indonesia lan miwiti studi doktoralé ing sangisoré pengawasan Elizabeth Allard. Ing taun 1957, Koentjaraningrat ngadegake departemen antropologi pertama ing Indonesia ing Universitas Indonesia. Taun sabanjuré, dheweke lulus. Disertasi dheweke ana sawatara "Anthropologi Metode Penjlidikan2 Masjarakat dan Kebudajaan di Indonesia."