Siti Fadillah nampa gelar sarjana saka Universitas Gadjah Mada (Yogyakarta) nalika taun 1972. Nalika taun 1987, Siti nampa gelar master (S-2) kanggo lelara jantung lan pembuluh darah saka Universitas Indonésia taun 1987. Nalika taun 1996, Siti nampa gelar dhoktor (S-3) saka Universitas Indonésia.