Prefektur Tokyo dipunpérang dados Dharatan dan kapuloan. Pérangan Dharatan dumunung wonten ing sisih kidul-kilèn Lempongan Tokyo, watawis 90 km saking wétan ka kilèn, lan 25 km lèr ka kidul. Tokyo wewatesan kaliyan Prefektur Chiba ing sisih wétan, Prefektur Yamanashi ing kilèn, Prefektur Kanagawa ing kidul, lan Prefektur Saitama ing sisih lèr. Kepuloanipun wujud KapuloanIzu lan KapuloanOgasawara, manjang watawis 1.000 km ka Samudra Pasifik.