MPR ing periode 1999–2004 ngamandemen Undang-Undang Dasar 1945 mula ndadèkaké présidhèn lan wakil présidhèn dipilih kanthi cara langsung karo rakyat. Pemilu présidhèn rong tahap banjur panjenengané bisa menang kanthi 60,9 % suwara pemilih lan kapilih dadi présidhèn. Panjenengane banjur dicathet minangka présidhèn terpilih pisanan pilian rakyat lan tampil minangka présidhèn Indonésia kaping enem sawisé dilantik ing tanggal 20 Oktober 2004 bebarengan karo Wakil Présidhèn Jusuf Kalla. Panjenengane unggul saka pasangan Présidhèn Megawati Soekarnoputri-Hasyim Muzadi ing pemilu 2004.