Sawisé alam dhemokrasi kabuka ing pamarintahe Présidhèn Habibie, kanggo nyambut Pemilu 1999, PDI-P dumadi. Ana ing Pemilu iki, PDI-P mlebu ing urutan kapisan ing DPR kanti éntuk 151 kursi. Sanajan ngono, PDI-P ora bisa ngusung Megawati dadi présidhèn, jalaran kalah swara ana ing Sidang Umum MPR 1999 saka Abdurrahman Wahid, lan jalaran kuwi, mulane Megawati mung lenggah dadi wakil présidhèn. Sawisé Abdurrahman Wahid lengser saka kalungguhan présidhèn taun 2001, PDI-P kasil ndherekake Megawati menyang kursi kepresidenan.