Wewengkon Kapuloan Maluku terletak padha posisi 2°30′−9° LS sampai. 124°−135° BT memiliki 18 lokasi cagar alam (13 kawasan berada dalam wewengkon provinsi Maluku dan 5 lokasi berada di kawasan provinsi Maluku Utara) dari 237 kawasan yang ditetapkan sebagai cagar alam di seluruh Indoneaia.