Sawisé rong taun ing Xaverius, ing Agustus 1928 Soegija mbalik menyang Walanda lan sinau téologi ing Maastricht. Dhèwèké uga lelungan rikala sinau. Tanggal 3 September 1929 dhèwèké lan patang Yésuit keturunan Asia liya mèlu Pater Jèndral Wlodzimierz Ledóchowski ing patemon karo Paus Pius XI ing Vatikan, paus iku ngendika yèn para Yésuit Asia iku bakal dadi balung mburi kanggo agama Katulik ing negeriné dhéwé-dhéwé. Soegija didadèkaké diaken sasi Mèi 1931 banjur ditahbiské déning Biskop Roermond Laurentius Schrijnen rikala 15 Agustus 1931, rikala isih dadi murid téologi. Sawisé ditahbisaké, Soegija nambahaké tembung pranata kang tegesé donga utawa pangarep-arep ing mburi jenengé. Dhèwèké ngrampungaké wulangan téologi taun 1932 lan taun 1933 nglakoni mangsa tersiat ing Drogen, Bèlgi. Taun iku dhèwèké nulis autobiografi, kang judhulé La Conversione di un Giavanese (Patobatan Sawijining Wong Jawa); buku mau diterbitaké ing basa Italia, Walanda lan Spanyol.