Kuntoro Mangkubroto lair saka kulawarga kang "terpelajar". Bapaké iku pengacara lan ibuné dhosen basa Inggris ing Universitas Sudirman, Purwokerto. Kuntoro Mangkubroto ngrampungaké pendhidhikan SD nganti SMA ing kutha klairané. Sawisé lulus, Kuntoro banjur nerusaké kuliyah Tehnik Industri ITB lan lulus nalika taun 1972. Sawisé lulus, Kuntoro mangkubroto banjur dadi dhosen ing almamatere, Kuntoro banjur nerusaké pendhidhikan ing babagan industrial engineering, Stanford University nalika taun 1976. Kuntoro banjur sinau manèh babagan civil engineering ing universitas kang padha nalika taun 1977. Kuntoro tau éntuk gelar dhoktor saka ITB nalika taun 1982. Kuntoro nggawé disertasi ngenani analisa putusan.