Gunung Merbabu duwé 3 tipe ékosistem alas. Ékosistem iki yaiku ékosistem hutan hujan tropis mangsa "pegunungan bawah" (1.000-1.500 m dpl), ékosistem "hutan hujan tropis" mangsa "pegunungan tinggi" (1.500-2.400 m dpl), lan ékosistem hutan tropis mangsa sub-alpin (2.400-3.142 m dpl).