Asal-usul suku Ainu durung sepenuhe dimangerti. Mereka sok dianggep Jōmon-jin, penduduk asli Jepang saka periode Jōmon. Penelitian DNA mutakhir mbuktiake yèn mereka kui keturunan suku Jomon kuna ing Jepang. "Suku Ainu sing tinggal ing papan iki satus èwu taun sedurunge Anak-anak Matahari teka" dikisahke ing salah sawijiné Yukar Upopo (legenda Ainu).