Ing kali Mahakam iki misuwur anané sato kéwan langka yaiku Pesut Mahakam. Ora kaya mamalia banyu liyané yaiku lumba-lumba lan iwak paus kang urip ing segara, pesut (Orcaella brevirostris) iku urip ing kali-kali tlatah tropis. Populasi satwa langka kang dilindungi déning Undhang-Undhang iki mung ana ing telu lokasi ing donya yaiku Kali Mahakam, Kali Mekong, lan Kali Irawady.. Uga akèh tinemu jinis-jinis manuk kang urip ing tlatah rawa saubengé kali iki antarané: Chlidonias hybridus lan Sterna albifrons (kaloroné sajinis manuk camar), bango ("heron") lan manuk bango thonthong migran saka [[Pulo Jawa]], Leptoptilus javanicus..