Kaya lumrahé masjid-masjid kang digawé ing jaman biyèn, Masjid Agung Manonjaya nganggo bahan kaya déné kayu jati, kapur, lan lempung. Telu material iku dianggo minangka bahan struktur rangka lan campuran témbok masjid. Wangunan masjid didominasi warna putih kanthi payon warna ijo. Saliyané ornamen campuran tradhisional utawa manca, masjid iki disangga puluhan saka kanthi ukurane kang gedhé.