Istilah "pesantren" asalé saka tembung pe-"santri"-an, tembung "santri" duwé teges murid utawa siswa Basa Jawa. Istilah "pondhok" asalé saka tembung Basa Arab "funduuq" (فندوق) kang tegesé yaiku panginepan. Khusus ing Acèh, pesantren sinebut uga karo jeneng "dayah". Lumrahé pesantrèn dipandhégani déning Kyai. Kanggo ngatur kagiyatan lan kauripan ana ing pondhok pesantrèn, kyai milih salah siji santri senior kanggo ngatur para adhi-adhi kelasé, wong-wong kang dipilih iku racaké dijenengi "lurah pondhok". Tujuan para santri dipisahke saka wong tuwané yaiku supaya para santri bisa urip mandiri lan uga bisa ningkatake gayutan karo kyai lan uga Tuhan. Panemu liya, njelasake pesantren asalé saka tembung santri kang bisa ditegesi karo panggo santri. Tembung santri asalé saka tembung Cantrik (basa Sansakerta, utawa Jawa) kang duwé teges wong kang ngetutaké marang guru banjur dikembangaké déning Perguruan Taman Siswa ana ing sistem asrama kang dijenengi Pawiyatan. Istilah santri uga ana ing basa Tamil, kang tegesé guru ngaji, lajeng C. C Berg duwé panemu ngenani istilah santri mau yaiku asalé saka tembung shastri, tegesé yaiku wong-wong kang ngerti babagan buku-buku suci agama Hindhu utawa sarjana ahli kitab suci agama Hindhu.