"Sequence alignment" wujud métodhe dhasar ing analisis sekuens. Métodhe iki minangka nyinaoni évolusi sekuens-sekuens saka leluhur kang padha ("common ancestor"). Ora cocoké ("mismatch") ing "alignment" diasosiasikaké kanthi prosès mutasi, éwadéné kasenjangan ("gap", tandha "–") diasosiasikaké kanthi prosès insersi utawa delesi. "Sequence alignment" mènèhi hipotèsis marang prosès évolusi kang dumadi ing sekuens-sekuens mau. Umpamané, loro sekuens ing conto "alignment" ing ndhuwur bisa dadi évolusi saka sekuens kang padha "ccatgggcaac". Ing kaitané karo bab iki, "alignment" uga bisa nedahaké posisi-posisi kang dipertahankan ("conserved") suwéné évolusi ing sekuens-sekuens protéin, kang nedahaké yèn posisi-posisi mau bisa dadi wigati kanggo struktur utawa fungsi protéin mau.