Soegija banjur nerusaké anggoné sinau ing Xaverius. Miturut Pater G. Budi Subanar, dhosèn ngèlmu téologi ing Univèrsitas Sanata Dharma, ana ing mangsa iki salah siji guru ngajaraké préntah kaping papat saka Angger-Angger Sepuluh Préntahing Gusti yaiku kudu ngurmati bapak lan ibu kandhung lan kabèh mbah-mbahé, iki mènèhi teges nasionalis marang siswa. Ana ing kalodhangan iki, Xaverius ditekani déning misionaris Kapusin kang nggawé Soegija mikir-mikir kanggo dadi pastor, kang banjur bisa ditampa déning wong tuwané. Taun 1915 Soegija lulus saka Xaverius, banjur dadi guru ing kana setaun. Taun 1916 dhèwèké ing seminari Xaverius; ana rong bocah asli Jawa kang mlebu seminari taun iku. Soegia lulus taun 1919, sawisé sinau basa Prancis, Latin, Yunani lan sastra.