Sawisé nyantri limang taun ing Bangkalan, ing taun 1307 H/1891 M., Kiai Hasyim mulih ing tanah Jawa lan nyantri manèh ing pesantrèn Siwalan, Panji, Sidoarjo, asuhan Kyai Ya’qub. Hasyim nyantri limang taun ing kana. Nalika umur 21 taun, Hasyim di rabiaké karo Nafiqah, salah sawiji puteri Kiai Ya'qub taun 1892 M/1308 H. Ora wetara suwé, Hasyim lan garwané uga mara tuwané saperlu nindakaké ngibadah haji ing tanah suci makkah. Kanggo ngisi wektu ing sela-selané ngibadah haji kanggo sinau karo para alim ulama ing makkah. Kabèh ngèlmu agama disinauni, mligi ngèlmu hadist. 7 wulan lawasé ing makkah nyai Nafisah nglairaké jabang bayi trus diwènèhi aran Abdullah, Kyai Hasyim, Nafisah lan maratuwané seneng banget. Lakuning urip iku isiné ora mung seneng, nanging uga ana susahé. Ing atasé nembé bungah amarga lairé jabang bayi, nyai Nafiqah lara nganti séda ing Makkah. 40 dinané nyai Nafiqah, Abdullah uga nyusul ibuné ing ngarsané Allah. Nanging kabèh iku mau ora ndadèkakè kyai Hasyim kendho anggoné sinau lan ngibadah ing Makkah, kyai Hasyim uga tetep iling marang gusti kanthi nglakoni thawaf lan ngibadah liyané. Sawisé iku Kyai Hasyim bali ning Indonésia saperlu ngeteraké mulih mara tuwa. Ing taun 1309 H/1893 M kyai Hasyim balik manèh ing Makkah saperlu sinau bab agama karo adhiné Anis.