MPR ing periode 1999–2004 ngamandemen Undang-Undang Dasar 1945 mula ndadekake presiden lan wakil presiden dipilih kanthi cara langsung karo rakyat. Pemilu presiden rong tahap banjur panjenengane bisa menang kanthi 60,9 % suwara pemilih lan kapilih dadi presiden. Panjenengane banjur dicathet minangka presiden terpilih pisanan pilian rakyat lan tampil minangka presiden Indonésia kaping enem sawise dilantik ing tanggal 20 Oktober 2004 bebarengan karo Wakil Presiden Jusuf Kalla. Panjenengane unggul saka pasangan Presiden Megawati Soekarnoputri-Hasyim Muzadi ing pemilu 2004.