Ratu Kalinyamat kembali menjadi bupati Jepara. Setelah kematian Arya Penangsang taun 1549, wewengkon Demak, Jepara, dan Jipang menjadi bawahan Pajang yang dipanggedhèni ratu Hadiwijaya. Sanajan demikian, Hadiwijaya tetap memperlakukan Ratu Kalinyamat sebagai tokoh senior yang dihormati.