Pondhok Gontor diurus déning "Badan Wakaf" kang isiné wong-wong lulusan saka alumni Pimpinan Pondhok (Kyai) kaya ta KH Hasan Abdullah Sahal (Putra KH Ahmad Sahal). Dr. KH Abdullah Syukri Zarkasy (putra KH Imam Zarkasy) lan KH Syamsul Hadi Abdan,S.Ag. Kang dadi pengurus pondhok iki turun temurun, nerusaké carané Trimurti.