Saiki Taman Nasional Karimunjawa dikelola déning Balai Taman Nasional Karimunjawa kanthi tugas mligi yaiku pengelolaan ékosistem kawasan Taman Nasional Karimunjawa kanggo tujuan konservasi Sumber Daya Alam Hayati lan Ekosistem miturut peraturan perundangan kang berlaku.