Titik paling inggil ing kapuloan Natuna Selatan inggih mapan wonten ing tengahing Pulo Bunguran Besar, ingkang inggilipun 959 m. Iklim ing kapuloan Natuna Selatan inggih iklim khatulistiwa kanthi deresipun jawah langkung saking 2.000 mm per taun. Ing laladan punika dipunbudidaya tetuwuhan jinis kakao, pari, lan jagung.