Wakatobi punika resmi dados taman nasional ing taun 1996. Nama Wakatobi punika kalebet akronim saking nama sekawa pulo ageng inggih punika Wangi-wangi Kaledupa, Tomia lan Binongko ingkang wonten ing Kabupatèn Wakatobi, Sulawesi Kidul-Wétan. Potensi sumber daya laut ingkang awis lan kaéndahan ngandhaping segara ingkang ndadosaken Taman Nasional Wakatobi dipuncalonaken dhateng UNESCO minangka salah satunggaling Situs Warisan Dunia. Wiwit pungkasan taun 2002, WWF sampun "kolaborasi" kanggé mujudaken mitra kaliyan The Nature Conservancy (TNC) kanggé paring pambiyantu dhateng pangelola Taman Nasional Wakatobi kanggé damel saé rencana pangelolaan, zonasi, lan panerapan pangelolaan kawasan..