Masjid ad-Darajat Babadan dibangun taun 1774. Taun 1943, nalika Jepang isih ana ing nagara Indonésia, Masjid ad-Darajat lan para warga Babadan pindah menyang Désa Babadan kang ana ing Dalan Kaliurang, Kentungan, Sléman lan dhaérah kuwi kasebut Babadan Anyar. Masjid ad-Darajat lan para warga dipindah déning pamaréntah Jepang saka Babadan amarga ing Babadan, pangkalan pesawat mabur ing kana diambakaké lan didadékaké gudhang kanggo nyimpen gegaman para prajurit Jepang. Amarga kuwi mau, dhaérah Babadan kang kondhang dadi dhaérah santri dadi mati suri amarga dipindah saka dhaérah Babadan lan Masjid Pathok Nagara liyané dadi ora kaurus. Nalika para warga Babadan lan Masjid ad-Darajat Babadan dipindah déning Jepang, ana para warga kang isih ana ing Babadan lan ora mèlu pindah menyang Babadan, Kentungan. Masjid ad-Darajat kang mauné wis dipindah menyang Babadan, Kentungan lan wis ditinggal warga pindah, mung turah tèmbok lan pondhasiné waé. Isi-isi masjid uga wis mèlu dipindah nalika para warga pindah menyang Babadan, Kentungan. Saliyané kuwi, Masjid ad-Darajat kang wis dipindah ing Désa Babadan, Kentungan dibangun manèh ing papan lawas ing Babadan, Bantul sawisé Jepang kalah marang sekutu. 