Arkèolog ngira-ira candhi iki diadegaké udakara ing taun 850 M déning Rakai Pikatan, ratu angka 6 ing Kraton Medhang, utawa Dyah Balitung. Nanging ora suwé sawusé binangun, candhi iki banjur dijaraké nganti rusak. Rénovasi candhi iki diwiwiti ing taun 1918 lan durung rampung tekan sepréné. Candhi utama rampung dirénovasi taun 1953 sanajan akèh watu pérangané kang wis ilang. Candhi-candhi cilik mokal dibangun manèh amarga mung katon landhesané utawa watuné ora ngancik 75% wanguné candhi. Candhi Prambanan kalebu ing Situs Warisan Donya UNESCO kawit taun 1991.