Sacara kimia/fisika, wangun struktur protéin didungkap kanthi kristalografi sinar-X utawa kanthi spektroskopi NMR, nanging rong métodhe iki banget ngentèkaké wektu lan rélatif larang. Sauntara iku, métodhe sekuensing protéin rélatif luwih gampang ndungkap sekuens asem amino protéin. Prédhiksi struktur protéin ngupaya ngramalaké struktur telung dhimènsi protéin dhedhasar sekuens asem aminoné (kanthi tembung liya, ngramalaké struktur tersier lan struktur sékundhèr dhedhasar struktur primer protéin). Lumrahé, métodhe prédhiksi struktur protéin kang ana saiki bisa dikategoriaké dadi rong golongan, yaiku métodhe pamodhèlan protéin komparatif lan métodhe pamodhèlan "de novo".