Pulo-pulo ing DIY kagolong pulo-pulo cilik, ya iku pulo-pulo kang ambané ≤ 2.000 km2. Pamaréntah DIY lumantar aturan daérah angka 16 taun 2011 ngukuhaké yèn pulo-pulo cilik mau mlebu rancangan zonasi wewengkon kanggo taun 2011-2030. Ana rong zona kang dicakaké mungguh ing pulo-pulo cilik, ya iku zona pariwisata lan zona konservasi. Zona pariwisata nglimputi: Pulo Timang, Pulo, Jumpina, Pulo Kalong, Pulo Drini, lan Pulo Watungantèn cacah loro. Zona konservasi nglimputi: Pulo Gunungsemar, Pulo Payung, Pulo Ngrawé, Pulo Lawang,  Pulo Watupayungsiratan, Pulo Watulawang, Pulo Ngandha, Pulo Watupatungsiung, Pulo Watupanjang, Pulo Watuglambor, Pulo Watubèbèk, Pulo Watutogog, Pulo Jungwok, Pulo Watutopi, Pulo Ngusalan, Pulo Ambèn, Pulo Watugrek, Pulo Gununggandhul, Pulo Godhèg, Pulo Baron, Pulo Layar, lan Pulo Krokoh.