Koleksi Mineral saha Batu Mulia Nasional wonten ing musiyum punika minangka salah satunggaling koleksi paling wigati ing donya. Koleksinipun kasungsun saking batu mulia paling misuwur ing donya, kalebet Berlian Hope saha batu safir ingkang winastan Safir Bintang Asia. Museum gadhah langkung saking 15 èwu batu mulia, 350 èwu batu mineral, saha 300 èwu tuladha batuan saha bijih. Kajawi punika, Smithsonian gadhah antawiis 35 èwu meteorit ingkang dipunanggep minangka salah sawijining koleksi paling jangkep sadonya.