Minangka laré alit, Carrel ngrawuhi sekolah Jesuit. Sadèrèngipun sinau kadhokteran, piyambakipun nampi 2 gelar sarjana mudha, 1 wonten ing kasusastran (1889) lan 1 ing babagan sains (1890). Nalika 1891, Carrel miwiti pendidikan ngèlmu kadhokteran ing Universitas Lyon. Antawis 9 taun salajengipun, Carrel nampi kawruh akademis lan pengalaman praktik kanthi makarya ing griya sakit sakitaripun. Piyambakipun nglayani satunggal taun minangka dhokter bedhah bala kaliyan Chasseurs alpins, wadyabala gunung Perancis. Piyambakipun ugi sinau kaliyan Leo Testut, ahli anatomi ingkang kondhang. Amargi magang ing laboratorium Testut, Carrel nedahaken bakat ingkang ageng babagan "pemotongan" lan "pembedahan". Nalika 1900, piyambakipun nampi gelar medis, nanging nglajengaken pendidikan ing Universitas Lyon kanthi ngajar kadhokteran lan ngawontenaken percobaan dkanthi pangajab pungkasanipun nampi kalungguhan staf pengajar tetep wonten ing mrika.