Mesjid iki nduweni kapasitas maksimal nganti 270 jamaah lan dununge ana ing kompleks Sekolah Republik Indonesia ing Tokyo (SRIT). Desain bangunan kasebut kasusun saka patang jubin kanthi luas lahan 200 meter persegi lan jubin 600 meter persegi. Miringe lemah kasebut dipadhake karo arah kiblat. Ana rong "basement" sing kalebu mesjid. Ing "basement" kapisan, ing sisih tengen lawang njaba, ana perpustakaan lan pusat budaya Indonesia. Pitakonan babagan Islam utawa Indonesia bisa diwenehake ing ruangan iki. Ing "basement" kapindho, digawe ruang khusus kanggo kamar mandhi lan wudhu, dudu ruang sholat. Kajaba iku, ana pawon umum sing bisa digunakake kanggo kegiyatan sing wis dileksanakake dening institusi utawa organisasi Muslim lokal. Ruang sholat kalebu ing "basement" kapisan, lantai siji kanggo pria, lan lantai loro kanggo wanita. Ing lantai siji, ana lawang sing nyambung karo dalan kanggo nggampangake pangguna kursi roda. Lantai nomer loro disambungake karo aula SRIT saengga bisa digunakake kanggo shalat jemaah kanthi gedhe kayata Salat Jumat lan Salat Idul Fitri. Ruang parkir darurat kasedhiya kanggo ambulan lan akses kanggo pangguna kursi roda mlebu masjid.