Pondhok Pesantrèn Walisanga nganti taun 2001 isih diasuh dan dibawahi kulawarga pengadeg lan wiwit taun 2001 nganti saiki dibawahi 3 (telu) pimpinan kang dipilih déning Majlisu Riyasatil Ma'had minangka lembaga paling dhuwur kanthi masa kapemimpinan 5 (lima) taun.