Habib Abubakar balèk marang Indonésia liwat Syihir, Aden, Singapura, lan tekan ing Jakarta nalika tanggal 3 Rajab 1321 H. Èntuk gemblengan suwéné 13 taun ing Hadramaut, dhèwèké langsung ngedegaké Jamiat Kheir bebarengankaro bocah-bocah seumurané.