Pendidikan ing kepuloan Karimunjawa wes maju. Kejaba duwé luwih kurang 10 Sekolah Dasar (lima ing pulo Karimun, telu ing pulo Kemujan lang saben-saben siji ing pulo Parang lan pulo Genting), kepuloan Karimunjawa uga duwé siji SMP, Madrasah Tsanawiyah (MTs), lan SMK Negeri jurusan Budidaya Rumput Laut sarta Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan lan Madrasah Aliyah kang ana ing pulo Kemujan.