Sawisé usaha kudeta kang gagal kanggo nggulingaké pamaréntah nalika Juni 1998, nagara iku dilanda perang saudara kang singkat nanging akèh ngetokaké getih natarané wadyabala-wadyabala kang setia marang Vieira lan dhèwèké kang setia marang pemimpin pambrontak Ansumane Mané. Kaum pambrontak akhiré nggulingaké pamaréntahan João Vieira nalika 7 Mèi 1999. Vieira golèk perlindungan ing kedutaan besar Portugal lan belakangan lunga saka nagara iku.