Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pekalongan utawa STAIN Pekalongan ya iku Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri ing Pekalongan Provinsi Jawa Tengah, Indonésia. STAIN Pekalongan diadhekake adhedasar Surat Dudutan Présidhèn Nomor 11 Tanggal 21 Maret 1997 bertepatan kanti Tanggal 12 Dzulqaidah 1417 H.