Nalika taun 1963 nganti 1965 para Biskop Indonésia ndhèrèk wonten ing konsili Vatikan II. Kagiyatan punika mbeta kathah owah-owahan dhumateng pastoral saha liturgi Gréja. Nalika para Biskop taksih wonten ing Roma, ing Jakarta wonten prastawa G30S PKI, saéngga Katedral prelu dipunjagi kaliyan para Nèm-nèman Katulik saha bala.