Salajengipun Marsillam aktif minangka aktivis dèmokrasi ing Forum Dèmokrasi (Fordèm) sesarengan kaliyan K. H. Abdurrahman Wahid (Gus Dur). Nalika Gus Dur kapilih dados présidhèn (1999-2001), Marsillam dipundadosaken Sekretaris Kabinet lan naté njabat Jaksa Agung sasampunipun pejabat sadèrèngipun Baharuddin Lopa tilar donya. Panjenenganipun ugi naté njabat Mantri Kehakiman minangaka gantosipun Yusril Ihza Mahendra.