Taman iki mapan ing Ujung Blambangan ing pujuke etan pojok pulo Jawa, ing sadawane pasisir selat Bali. Ambane taman iki 434 km ², kabentuk saka mangrove, savana, alas dhataran cendhak monsun lan karang pasisir kang ana wite. Ana uga papan kanggo slancar ingpinggir taman ing Plengkung ing Lempongan Grajagan. Saliyane iku uga ana Gunung Linggamanis (322m) ing taman nasional iki.