Pura Matsumoto diwiwiti wiwit jaman Sengoku. Nalika iku Shimadachi Sadanaga saka klan Ogasawara yasa bètèng ing kéné taun 1504, sadurungé diarani Fukashi Castle. Nalika taun 1550 pura iki kabawah klan Takeda banjur klan Tokugawa Ieyasu.