Musim 2006-2007 Papastathopoulos wangsul malih ing klub AEK Athens sasampunipun kontrak ampilan telas. Piyambakipun lajeng main ing kawan welas turnamén Liga Super Yunani. Ing turnamén Piala Champions UEFA 2006-2007 piyambakipun main tigang pertandhingan saking enem pertandhingan.