Nalika Agresi Militer II Walanda kedaden, kutha krajanipun Indonésia dipunpindah wonten ing Yogyakarta sebab Jakarta sampun dipunkuwasai déning prajurit Walanda. Soedirman mimpin prajurit kanggé mbela Yogyakarta saking Walanda tanggal 19 Dhésèmber 1948. Nalika palagan mau, panjenengané sampun gerah Tuberkulosis ingkang sampun parah. Sanadyan kados makaten panjenengané tetep tumut perang kanthi tandu.