Nalikané pamaréntahan Jepang taun 1942-1945, gedhong iki digunakaké kanggo padunungané Koochi Zimmukyoku Tyookan. Ing 29 Oktober 1945, yasan iki didadèkaké kantor Komite Nasional Indonésia (KNI). Nalikané kutha krajané Indonésia dipindhah saka Jakarta menyang Ngayogyakarta ing 4 Januari 1946, gedhong iki dadi Pura Nagara. Présidhèn Sukarno nggunakaké Gedhong Agung iki minangka kantor uga minangka omah padunung kulawargané dhèwèké.