Ing tanggal 9 November 2005, dilapuraké yèn Azahari tiwas njeblugaké awaké dhéwé ing sawijining panyergapan kang ditindakaké golongan Detasemen Khusus 88 ing Kutha Batu amarga péngin oncat saka pulisi. Koran "The Star" ing Malaysia nyebut yèn Azahari tansah nganggo bom ing sakojuring awak saperlu jaga-jaga yèn bakal kecekel. Nanging miturut versi Polri, Azahari mati katembak anggota kapulisèn, ora njeblugaké awaké dhéwé. Pulisi banjur mesthèkaké identifikasi Azahari sawisé dicocogaké karo sidik driji saka Kapulisèn Indonesia lan Kapulisèn Karajan Malaysia.