Taun 1988 Kantor Pusat Direktorat Jenderal Pajak kapérang dados 1 sekretariat, 6 Direktorat lan 2 Pusat. Lajeng ing taun 1994 Kantor Direktorat Jenderal Pajak kapérang dados 1 Sekretariat dan 8 Direktorat. Lan ingkang kaping pungkasan ing Dhésèmber 2006 dhedhasar PMK 131/PMK.01/2006, susunan organisasi Kantor Pusat DJP gantos malih inggih kapérang dados 1 Sekretariat lan 12 Direktorat dan 1 Pusat ingkang dipunpandhegani déning pejabat eselon II a inggih punika: