Ing taun 1985, Siti Musdah Mulia sampun wiwit makarya dados Dosen Luar Biyasa ing IAIN Alauddin lan ing Universitas Muslim Indonésia, Makassar, kejawi piyambakipun ugi dados panaliti wonten ing Balai PEnelitian Lektur Agama, Makassar. Lajeng wiwit taun 1990, piyambakipun pindhah dhateng Jakarta dados panaliti ing Balitbang Departemen Agama Pusat, lan dados dhosèn ing sapérangan kampus, kados ra ing Institut Ilmu-Ilmu Al-Quran lan ing Program Pascasarjana UIN Jakarta.