Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pamekasan utawa STAIN Pamekasan ya iku Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri ing Pamekasan provinsi Jawa Timur, Indonesia. STAIN Pamekasan diadegaké dhedhasar Surat Dudutan Présidhèn Nomor 11 Tanggal 21 Maret 1997 utawa tanggal 12 Dzulqaidah 1417 H.