Sawisé nandhang lara cidra, Bakayoko gabung karo akadhemi bal-balan ing Rennes wektu umuré 13 taun. Nalika umur 14 taun, dhèwèké disetujoni bisa mlebu ing akadhemi Clairfontaine. dhèwèké miwiwiti karir senioré ing Rennes, ing ngendi dhèwèké nggawé 24 penampilan sadurungé pindhah menyang AS Monaco FC ing taun 2014 kanthi £ 7 yuta. Ana ing rong mangsa kapisanan ing klub, Bakayoko nglakoni 31 penampilan Ligue 1, nanging dadi starter reguler ing mangsa 2016-17, nyumbang kanggo menang gelar Ligue 1 Monaco ugi mlebu ing skuad Liga Champions UEFA mangsa 2016-17. Ing 2017, dhèwèké gabung karo Chelsea kanthi rega £ 40 yuta.