Ing taun 1647 kutha krajan Mataram dilih menyang Plèrèd. Pura anyar iki luwih akèh diyasa saka bata, déné pura lawas ing Kerta kagawé saka kayu. Pangalihan pura mau diwernani pambrontakan Radèn Mas Alit utawa Pangeran Danupoyo, rayiné Amangkurat I kang nentang panumpasan tokoh-tokoh sepuh. Pambrontakan iki olèh sengkuyungan saka para ulama nanging wusanané niwasaké Mas Alit. Amangkurat I ganti ngadhepi para ulama.