Marty wis ngerti donyaning internasional wiwit umur sangang taun. Marty Natalegawa sekolah ing Singapura sawisé lulus saka SD Kris ing Jakarta nalika taun 1974. Ing Singapura, Marty sekolah ing "Singapore International School" nalika taun 1974. Nanging Marty banjur pindah ing sekolah asrama setingkat SMP "Ellesmere College dan Concord College" ing Inggris nalika taun 1981.