Wiwit madege nganti udakara taun 1987, Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Pamekasan mung duwé program pendidikan sarjana mudha (BA) kanthi siji-sijiné jurusan ya iku Pendidikan Agama Islam (PAI). Amarga program pendidikan sarjana mudha kudu purna, mula Fakultas Tarbiyah Pamekasan candhaké bukak program pendidikan sarjana (S1) kanthi jurusan kang padha, ya iku Pendidikan Agama Islam. Pembukaan Program lan Jurusan PAI mau ateges kanggo nyetak guru-guru Pendidikan Agama Islam kanthi kualifikasi sarjana (sarjana mudha lan sajana S-1) kang dipersiapke kanggo tenaga pengajar ing manéka sekolah mligine kang ana Madura lan alumni Pendidikan Guru Agama Islam Negeri (PGAN) kang saikine uga nyetak guru-guru agama Islam.