Soegija lair ing Surakarta, Hindhia-Walanda, saka kulawarga abdi dalem lan garwané. Kulawarga muslim iku banjur pindhah menyang kutha Yogyakarta rikala Soegija isih cilik lan amarga diakoni anak kang pinter, taun 1909 Soegija dijaluk déning Pr. Frans van Lith nggabung karo Kolese Xaverius, yaiku sekolah Yésuit ing Munthilan. Ana ing kana Soegija dadi seneng marang agama Katulik lan dibaptis ing tanggal 24 Dhésèmber 1910. Sawisé lulus saka Xaverius ing taun 1915 lan dadi guru ing kana setaun, Soegija sekolah manèh rong taun ing Seminari ing Munthilan sadurungé mangkat menyang Walanda taun 1919. Dhèwèké nglakoni pendhidhikan calon biarawan ing Sarékat Yésus suwéné rong taun ing Grave. Dhèwèké uga ngrampungaké junioraté ing kana taun 1923. Sawisé telung taun sinau filsafat ing Kolese Berchamnn ing Oudenbosch, dhèwèké dikirim manèh menyang Walanda supaya sekolah téologi ing Maastricht, lan ditahbiské ing tanggal 15 Agustus 1931. Sawisé iku Soegiya nambahaké tembung "Pranata" ing jenengé. Taun 1993 Soegijapranata dikirim manèh menyang Hindhia-Walanda supaya dadi pastor.