Taman Nasional Kapuloan Seribu dumadi saka 4 laladan zonasi ya iku laladan "zona inti" kang jembaré 4.449 hèktar minangka pérangan kawasan taman nasional kang mutlak dilindhungi lan ora olèh diowahi déning aktivitas manungsa, laladan "zona perlindungan" kang jembaré 26.284,50 hèktar minangka pérangan kawasan taman nasional kang berfungsi sebagai penyangga zona inti, laladan "zona pemanfaatan" bagi kagiyatan pariwisata kang jembaré 59.634,50 hèktar minangka pérangan kawasan kang didadèkaké sebagai pusat rekreasi lan kunjungan wisata, lan laladan "zona pemukiman" kang jembaré 17.121 hèktar minangka papan hunian utawa pomahan kang ndunungi saenggon. Zonasi iki kondhang minangka zona Kapuloan Seribu Lor dumadi saka 79 buah pulo lan Kapuloan Seribu Selatan dumadi saka 31 pulo