Habib Muhammad bin Yahya lair wanci taun 1260 Hijriyah (1844 Masehi), ing , sawijining desa cilik ing Hadramaut. Muhammad tedhak turuné saka kulawarga Alawiyyin kanthi marga Aal bin Yahya, ramane aran Sayyid Ali bin Hasan bin Thaha bin Yahya (w. 1875), sawetara biyungé minangka Syarifah saka kulawarga bin Thahir. Rama saka eyang kakungé, Habib Thaha bin Muhammad bin Yahya minangka leluhur kapisan sing mlebu ning Nuswantara, ngliwati Pulo Pinang, Malaysia. Wektu dheweké ing Pulo Pinang, dheweke ketemu Hamengkubuwana II (1750-1828) sing diasingna Belanda, kang dadi murid lan maratuwane.