Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta ing perjalananne wis dadi "center of excellence" ing babagan ngèlmu-ngèlmu keislaman sarta duwé jejuluk kados "feeder" déning UIN liyané. Ing perkembangane, UIN Sunan Kalijaga duwé walu Fakultas, ya iku fakultas Adab, Dakwah, Syari'ah, Tarbiyah, Ushuluddin, Sains lan Teknologi, lan Ilmu Sosial lan Humaniora. Ditambah manèh program Pascasarjana. Kanthi 24 program studi lan kurikulum kang terus dievaluasi sarta disempurnaake supaya padha relevane kanthi tuntutan jaman, UIN Sunan Kalijaga ambekali lan ngeterake mahasiswa kang siyap terjun ing donya kerja lan wiraswasta. UIN Yogyakarta dhuweni jeneng Sunan Kalijaga,jeneng salah sawijining Walisongo, tokoh panyebar Islam Ing Indonésia.