Setatsiyun Cirebon gadah enem jalur sepur ditambah siji jalur seng terhubung kaleh depo lokomotif lan depo sepur sing ana ning sisih lor wetan kompleks setatsiyun. Ndhisik, jalur 2 yaiku sepur lurus arah Cikampek–Jakarta utawa arah Tegal, nalika jalur 3 yaiku sepur lurus percabangan seko lan menyang Prupuk-Kroya. Setelah jalur ganda minuju Setatsiyun Haurgeulis beroperasi taun 2003, jalur 3 uga digunakake minangka sepur lurus