Prefektur Wakayama mlebet ing wewengkon Kinki. Prefektur punika winatesan kaliyan Prefektur Osaka, Prefektur Nara, Prefektur Mi, Prefektur Hyogo, lan Prefektur Tokushima. Tanjung Shionomisaki punika titik paling kidul saking Pulo Honshu. Kirang langkung 81% (3.832 km²) saking wiyaripun wewengkon 4.726 km² punika kawasan pagunungan. Pérangan tengah kawasan Pagunungan Kii, saking lèr mangidul dipunsebat Pagunungan Ōmine. Wates kaliyan Prefektur Nara wonten Pagunungan Kiwa kanthi puncak-puncak ingkang kapérang dados Jingamine (1.106 m), Gunung Gomadan (1.372 m), Gunung Ando (1.184 m). Ing sisih kidul wonten Gunung Ōtō (1.112 m). Jalur Utama Kisei (Jalur Kinokuni) dipun"operasi"aken déning JR West kawiwitan saking Kutha Wakayama dumugi Stasiun Shingū. Jalur sambunganipun punika Jalur Wakayama ingkang sejajar kaliyan Lepen Kinokawa saking Stasiun Shingū dhateng Stasiun Kameyama ing Prefektur Mi dipun"operasi"aken déning JR Central. Kinokawa punika kalebet lèpèn paling ageng lan paling dawa ugi ilinipun mapan wonten ing dhataran andhap Wakayama. Lèpèn-lèpèn sanèsipun kados Lèpèn Arida, Lèpèn Hidaka, Lèpèn Tonda, Lèpèn Hiki, Lèpèn Koza, lan Lèpèn Kumano mili ing kawasan pagunungan.