Tanggal 10 Dhésèmber 1963, Kardinal Justinus ditunjuk dadi Biskop Agung Semarang, nggantèkaké Mgr. Albertus Soegijapranata, SJ. Dhèwèké nampa tahbisan biskop tanggal 6 April 1964. Panahbis mligi ya iku Internuntius Apostolik kanggo Indonésia Mgr. Ottavio De Liva.