Sajarah utawa mula bukané Musiyum Vatikan iki dikandhakaké saka patung saka marmer kang dituku nalika abad 16. Ing 14 Januari 1506, Patung Laocoön ditemokaké ing kebon anggur cedhak Basilika Santa Maria Maggiore ing Roma. Sawisé ditemokaké patung kuwi mau, Paus Yulius III préntah marang Giuliano da Sangallo lan Michelangello Buonarotti kanggo nglakokaké panelitian patung kuwi mau banjur dituku déning Paus Yulius II lan didèlèhaké ing Vatikan supaya bisa didelok déning sapa waé. Ing Oktober 2006, Musiyum Vatikan umuré wis 500 tahun lan dirayakaké kanthi buka papan ékskavasi komplèk pasaréyan ing Bukit Vatikan kanggo umum. Ing 1 Januari 2017, Direktur Musiyum Vatikan Antonio Paolucci kang wis dadi dirèktur kawit 2007 diganti dadi Barbara Jatta. Barbara Jatta dadi dirèktur wadon kapisan ing Musiyum Vatikan kang dilantik déning Paus Fransiskus. 