Herrera miwiti kariré ing Boca Juniors ing Divisi Primera Argentina. Kanthi bebarengan karo Boca mula dhèwèké menangake gelar pisanan lan kapindho minangka juru main utama. Dhèwèké ya iku sapérangan saka skuad kang menangake gelar Clausura taun 1999 lan ing taun 2001 dhèwèké bantu Boca menangake gelar Copa Libertadores.