Klub peserta Superliga harus merupakan klub profésional sesuai ketentuan FIFA dan AFC. Konsekuensinya, klub peserta tidak bdéning bergantung pada sumbangan pihak katiga, kalebu APBD daerah. Hal iki menjadi masalah besar bagi sapérangan besar klub karena saat itu hanya Arema Malang, Semen Padang dan Bontang PKT sing merupakan klub profésional penuh dan merupakan klub sing dibiayai tanpa menggunakan APBD. Selain itu ada masalah lain sing mengancam kelangsungan Superliga seperti standarisasi stadion sesuai standar sing diberikan Badan Liga Indonésia (BLI). BLI juga sempat mengharuskan pelatih sing menangani tim-tim peserta Superliga harus berlisensi A. Meski demikian akhirnya BLI memberi toleransi sing memperbdéningkan pelatih berlisensi B bdéning membesut tim Superliga dengan durasi masa kepelatihan hanya semusim.