Pamodhèlan protéin komparatif ("comparative protéin modelling") ngramalaké struktur sawijining protéin dhedhasar struktur protéin liya kang wis dingertèni. Salah siji panrapan métodhe iki yaiku pamodhèlan homologi ("homology modelling"), yaiku prédhiksi struktur tersier protéin dhedhasar pepadhan struktur primer protéin. Pamodhèlan homologi didhasaraké ing téyori yèn rong protéin kang homolog duwé struktur kang mèmper banget siji lan sijiné. Ing métodhe iki, struktur sawijining protéin (ingaran protéin target) ditemtokaké dhedhasar struktur protéin liya (protéin templat) kang wis dingertèni lan duwé kamèmperan sekuens karo protéin target mau. Saliyané iku, panrapan liya pamodhèlan komparatif yaiku protéin threading kang didhasaraké ing kamèmperan struktur tanpa kamèmperan sekuens primèr. Latar wingking "protéin threading" yaiku struktur protéin luwih dikonservasi tinimbang sekuens protéin suwéné évolusi; laladan-laladan kang wigati kanggo fungsi protéin dipertahankan strukturé. Ing pandekatan iki, struktur kang paling kompatibel kanggo sawijining sekuens asem amino dipilih saka kabèh jinis struktur telung dhimènsi protéin kang ana. Métodhe-métodhe kang kagolong ing "protéin threading" ngupaya nemtokaké tingkat kompatibilitas mau.