Ledhokan Danakil kapernah ing gathukan saka telung lèmpèng tèktonik lan duwé sujarah géologi kang ruwet. Wujudé ledhokan dumadi saka obah-mingseté bawana Afrika lan Asia, kang disebabaké déning retakan lan kagiyatan vulkanik. Panyebab liyané dumadi ledhokan iki antarané érosi, banyu segara kang ngelebi lemah lan munggah lan mudhuné praupan lemah. 