Ing kali Mahakam iki misuwur anané sato kéwan langka ya iku Pesut Mahakam. Ora kaya mamalia banyu liyané ya iku lumba-lumba lan iwak paus kang urip ing segara, pesut (Orcaella brevirostris) iku urip ing kali-kali dhaérah tropis. Populasi satwa langka kang dilindungi déning Undhang-Undhang iki mung ana ing telu lokasi ing donya ya iku Kali Mahakam, Kali Mekong, lan Kali Irawady.[1]. Uga akèh tinemu jinis-jinis manuk kang urip ing tlatah rawa saubengé kali iki antara liya: Chlidonias hybridus lan Sterna albifrons (kaloroné sajinis manuk camar), bango (heron) lan manuk bango thonthong migran saka Pulo Jawa, Leptoptilus