Struktur sekundèr bisa ditemtokaké kanthi migunakaké spektroskopi circular dichroism (CD) lan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD saka puntiran-alfa nuduhaké rong absorbans négatif ing 208 lan 220 nm lan lempeng-beta nuduhaké siji négatif peak watara 210-216 nm. Estimasi saka komposisi struktur sekundèr saka protéin bisa dikalkulasi saka CD spektrum. Ing spektrum FTIR, pita amida-I saka puntiran-alfa iku béda karo pita amida-I saka lempeng-beta. Dadi, komposisi struktur sekundèr saka protéin uga bisa diestimasi saka IR spektrum.