Ing taman nasional iki ana 262 warna terumbu karang kang ing antarané dadi endemik, ("Acropoda togeanensis"), saliyané iku uga ana 596 warna iwak, kang dadi endemik ya iku ("Paracheilinus togeanensis" lan "Ecsenius sp."). Kurang luwih ana 555 moluska, kaya ta Kima raseksa ("Tridacna gigas"), Kima sisik ("Tridacna squamosa"), Penyu hijau ("Chelonia mydas"), Penyu sisik ("Eretmochelys imbricata"), Lola ("Trochus niloticus"), Dugong ("Dugong dugong"), Paus juru anggegana. Ana uga kéwan dharat kang dijaga ing taman nasional iki, kaya ta Rusa ("Cervus timorensis"), kethèk togean ("Macaca togeanus"), Biawak togean ("Varanus salvator togeanesis"). Kewan-kéwan kang langka tinemu ing taman nasional iki kaya ta Kuskus beruang ("Phalanger ursinus"), Tarsius ("Tarsius spectrum"), Babi rusa ("Babyrousa babirussa"), Ketam kenari ("Birgus latro").Saliyané iku uga ana 97 warna manuk.