Masjid Menara Kudus iki terdiri saka 5 lawang sisih tengen, lan 5 lawang sisih kiwa. Jendelané kabèh ana 4 cacahé. Lawng kang gedhé besar terdiri saka 5 cacahé, lan cagak kang gedhé ing sajeroning masjid kang asalé saka kayu jati ana 8 cacahé. Nanging masjid iki ora padah asliné, lebih gedhé saka awalé amarga ing taun 1918-an wis direnovasi. Ing jeroné ana kolam masjid, kolam kang dhapuré "padasan" mau yaiku tilas jaman purba lan didadéké minangka panggonan wudhu.