Badan Nasional Penanggulangan Terorisme punika dipunbentuk minangka respon awit saking kathahipun aksi terorisme wiwit wontenipun Bom Bali ing tanggal 12 Oktober 2002, ingkang niwasaken 202 tiyang. Pasca Bom Bali I kasebat, pamaréntah lajeng medalaken Instruksi Présidhèn Nomor 4 Tahun 2002 kanggé nanggulangi tindakan terorisme. Présidhèn Megawati paring mandhat dhateng Menkopolkam, Susilo Bambang Yudhoyono, kanggé damel kawicaksanan lan strategi nasional nangani terorisme. Adhedasar Dudutan Menkopolkam No.Kep-26/Menko/Polkam/11/2002, dados embrio, dipundamel Desk Koordinasi Pemberantasan Terorisme (DKPT). LEmbaga punika mapan wonten ing sak ngandhaping panguasanin Menkopolkam, ingkang salajengipun wonen ing Perpres dipuntugasaken bilih DKPT tetep nindakaken tugas lan fungsinipun ngantos maujud organisasi BNPT kanggé mbiyantu Menkopolkam ngrumusaken kawicaksanan tindak pidana terorisme ingkang nyakup aspek kanggé nangkal, nyegah, nanggulangi, ngrampungaken masalah lan sedaya tumindak hukum ingkang dipunbetahaken.