Ulil Abshar Abdalla lulus saking sekolah menengah ing Madrasah Mathali'ul Falah, Kajen, Pati, Jawa Tengah ingkang dipunasuh déning KH. M. Ahmad Sahal Mahfudz (wakil Rois Am PBNU periode 1994‑1999). Nate nyantri ing Pesantren Mansajul 'Ulum, Cebolek, Kajen, Pati, sarta Pondok Pesantren Al-Anwar, Sarang, Rembang. Ulil Abshar Abdalla pikantuk gelar sarjana ing Fakultas Syari'ah LIPIA ("Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab")Jakarta, lan naté sekolah ing Sekolah Tinggi Filsafat Driyarkara, Jakarta. Ulil ugi kalebet lulusan program doktoral ing Universitas Boston, Massachussetts, Amérikah Sarékat.