Bojanegara, salah siji laladan ilèné Bengawan Sala pérangan ilir, kerep ngalami banjir. Wulan April 2007 Bojanegara kena banjir gedhé kang nglubèri 14 kacamatan: Margamulya, Ngraho, Padangan, Kasiman, Purwasari, Kalitidu, Malo, Trucuk, Bojanegara, Kapas, Balèn, Sumbereja, Kanor, lan Baurena. Banjir iki uga nglubèri wewengkon Tuban kang dunungé uga ana ing tlatah iliré Bengawan Sala.