Jeneng Bulungan asal saka sawijining Kasultanan sing tau ana ing laladan kasebut ya iku Kasultanan Bulungan sing manggon ing Tanjung Palas. Wiwit taun 1999, Kabupatèn iki wis dimekaraké dadi telu Kabupatèn lan siji kutha ya iku Kabupatèn Bulungan, Kabupatèn Malinau, Kabupatèn Nunukan lan Kutha Tarakan.