Sapérangan métodhe "alignment" liya kang ndhisiki BLAST yaiku métodhe "Needleman-Wunsch" lan "Smith-Waterman". Métodhe Needleman-Wunsch minangka nyusun alignment" global ing antarané loro utawa luwih sekuens, yaiku "alignment" kanggo sadawané sekuens mau. Métodhe Smith-Waterman ngasilaké alignment" lokal, yaiku alignment kanggo pérangan-pérangan njero sekuens. Kaloro métodhe mau nerapaké pamrograman dinamik ("dynamic programming") lan mung efektif kanggo "alignment" rong sekuens (pairwise alignment)