Ratu Kalinyamat tidak mempunyai anak olèh itu kemenakannya, yang dijadikan anak angkat, bernama Pangeran Jepara (anak Sultan Maulana Hasanudin dari Kesultanan Banten), menggantikannya sebagai penguasa Jepara. Pangeran, yang diberitakan pernah berusaha menduduki singgasana Banten dan berhasil menduduki Bawean ini, berkuasa sampai taun 1599. Kekuasaannya berakhir karena prajurit Panembahan Senapati dari Mataram datang menyerbu. Jepara diduduki dan kutha Kalinyamat dihancurkan. Tidak ada kabar mengenai nasib kulawarga penguasa dan orang-orang wigati Jepara waktu itu. Sejak saat itu pula Jepara dipanggedhèni olèh punggawa setingkat bupati yang ditunjuk olèh Kesultanan Mataram.