Saka wujud arsitekture, Masjid Agung Manonjayaiku nuansane neoclassic, kaya déné kekhasan wangunan ing Éropah. Masjid iki uga duwé "sentuhan" art deco kang dadi ciri kas artisektur wangunan ing Walanda. Kanthi umum, arsitèktur Masjid Agung Manonjayaiku nggabungake désain Éropah karo aristektur tradhisional Sunda lan Jawa. Nuansa tradhisional iku katon banget ing saben unsur wangunane, kaya déné ruwang salat kanggo sing wadon, serambi (pendhapa) ing sisih wétan, lan mustaka (memolo) kang jaréné peninggalane Syekh Abdul Muhyi, ulama saka Pamijahan, Bogor. Unsur wangunan kang kas nglambangake percampuran unsur tradhisional karo Éropah klasik yaiku payon tumpuk telu, serambi (pendhapa), lan struktur saka guru kang dumunung ing tengah-tengah ruwang salat.