Istana Matsumoto diwiwiti wiwit jaman Sengoku. Nalika iku Shimadachi Sadanaga saka klan Ogasawara mbangun benteng ing kene taun 1504, sadurunge diarani Fukashi Castle. Nalika taun 1550 istana iki dipimpin klan Takeda banjur klan Tokugawa Ieyasu.