Sistem NPSN sifaté nasional lan nggantèkaké kodhe-kodhe sadurungé (kaya NIS) sing béda-béda format ing siji tlatah lan tlatah liyané. Sadurungé, aturan panyusunan kodhe pengenal sekolah antara siji provinsi bisa béda karo provinsi liya. Wusanané bisa kadadéan data sekolah gandha sing bisa duwé imbas marang sistem penggajian, penilaian, lan registrasi liyané. NPSN minangka penggabungan sistem saéngga saben sekolah bakal duwé kodhe sing unik lan dadi pambéda utama antara siji sekolah lan sekolah liyané ing Indonésia.