Panjenenganipun miyos ing Kutha Kuala Lumpur, Sheikh Muszaphar lulus saking sekolah inggil ing MARA ing Muar, salajengipun sekolah malih ing Kolej Pengobatan Kasturba, Manipal. Panjenenganipun dados dhokter ortopedi ing Universitas Kebangsaan Malaysia, lan saderengipun punika ing Griya Sakit Seremban (1998), Griya Sakit Ageng Kuala Lumpur (1999), lan Griya Sakit Selayang (2000-2001).