Sajarah masjid iki dimulai wiwit mangsa pamaréntahan Panembahan Gusti Abdulazis Kusuma Akamuddin (1895-1899) utawa raja Landak kaping 21. Ing wiwitane, Masjid Djami Karaton Landak kaletak ing pinggir Kali Landak utawa ing wétan pura. Banjur, beliau préntah supaya masjid kang dibangun kanthi bahan utama kayu belian khas Kalimantan iki dipindahake marang pérangan lèr pura. Wangunan masjid kang mpun lawas saiki boten wonten malih. Saprene, lokasi masjid lawas sampun dadi sawijining kompleks pondok pesantren kanggo sinau agama Islam kanggo bocah-bocah ing kiwa-tengené pura. Mangsa iku, sak sampune masjid dipindahake marang lèr, Bilal Achmad dadi Maha Sultan Imam masjid dugi mangsa pamaréntahan Panembahan Gusti Abdulhamid (1922-1943) utawa Sultan Landak kaping 22. Banjur, Bilal Achmad digantiake déning Osu Anang saka Banjor dugi Jepang nguasani Kalimantan Kulon ing tengah taun 1943. Tumrap cagar budaya lan situs sajarah, masjid iki sampun ngalami renovasi kang dilakuake déning Departemen Pendidikan dan Kebudayaan ing taun 1980-an lan pamaréntah daerah ing taun 2000-an.