Sawise periode sabatikal, Bayern Munich ngumumake Guardiola bakal gabung karo klub kasebut dadi manajer ing taun 2013. Guardiola menang Bundesliga saben musim ana ing kono, uga loro ganda domestik. Dheweke lunga menyang Bayern menyang Manchester City ing 2016, lan nuntun dheweke dadi juara Liga Premier ing kampanye nomer loro, dadi akeh rekor domestik nalika tim kasebut dadi sing pertama entuk 100 poin liga. Dheweke menang Liga Premier kaping pindho lan Piala EFL ing musim sabanjure, uga Piala FA, dadi manajer pertama sing menang treble domestik ing bal-balan pria Inggris.