Kamentrian Nagara Percepatan Pembangunan Kawasan Timur Indonésia nembé diwangun sajeroning Kabinet Gotong Royong ing mangsa pamaréntahan Présidhèn Megawati Soekarnoputri. Ing mangsa pamaréntahan Présidhèn Susilo Bambang Yudhoyono kamentrian iki diganti jenengé dadi Kamentrian Nagara Percepatan Pembangunan Laladan Tertinggal lan sabanjuré dadi Kamentrian Nagara Pembangunan Laladan Tertinggal. Ing taun 2009 jenengé diowahi dadi Kamentrian Pembangunan Laladan Tertinggal Républik Indonésia.