Pujaraharja ditahbisaké minangka imam diosesan Keuskupan Agung Semarang tanggal 8 Sèptèmber 1961 déning Mgr. Albertus Soegijapranata, S.J., ing Gereja Hati Santa Perawan Maria Tak Bercela, Kemetiran, Yogyakarta. Nalika iku, sing uga ditahbisake yaiku Mgr. Valentinus Kartosiswoyo.