Sebelum menjadi wakil mantri, Fasli ya iku Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan Nasional Indonésia. Sebagai wakil mantri, ia kemudian digantikan olèh Musliar Kasim. Pada 13 Juni 2013, Fasli dilantik sebagai Kepala Badan Kependudukan dan Keluarga Berencana Nasional (BKKBN).