Setatsiyun Manggarai sisan duwé fungsi minangka dipo panyimpenan sepur-sepur grdhé. Akèh sepur kelas èksekutif lan bisnis diparkir ing setatsiyun iki lan sabanjuré bakal tumuju menyang menuju ke stasiun Gambir utawa Jakarta Kota. Jalur sepur saka Papan Anggegana Soekarno-Hatta kang isih ana sajeroning perencanaan uga dijadwalaké bakal mandheg ing setatsiyun iki.