Shaqiri wiwit ambyur ing jagad bal-balan ing taun 1999 kanthi gandhok ing tingkat yunior klub SV August. Sawisé kuwi ing taun 2001 dhèwèké milih alihan klub menyang klub gedhé Swis FC Basel. Nalika main ing turnamèn Nike Cup 2007 bareng FC Basel U-15, dhèwèké kadhapuk minagka pamain paling becik. Gaya main lan karikatané kang nengsemaké asring gawé Shaqiri nampa pangalembana saka pandhemen bal-balan ing tingkat yunior. Shaqiri wiwit ditari kanggo gandhok marang klub-klub gedhé Swis liyané, nanging dhèwèké tetep milih Basel. Ing mangsa 2007 tekan 2009 Shaqiri asring ngisi bangku cadhangan tinimbang dimainaké ing lapangan salawasé main ing Liga Swis. Tanggal 2 Januari 2009 Shaqiri nandhatangani kontrak aguna sepisané kalawan Basel.