Sawisé lolos saka tahanan interniran Baros ing taun 1945, Zoetmulder banjur miwiti ngajar ing paguron dhuwur Universitas Gadjah Mada (UGM). Banjur limang taun sawisé iku, dhedhasar "Surat Dudutan Mendikbud", Zoetmulder diangkat dadi Guru Besar Luar Biyasa ing Fakultas Sastra Pedagogik, Filsafat UGM. Ing taun 1955, Zoetmulder dikukuhaké dadi sawijining Guru Besar Tetap Fakultas Sastra UGM. Nalika iku Zoetmulder wis nilar kawarganagaran Walandané. Sadina-dina tugasé dadi luwih abot, amarga kudu ngwakili Dékan Fakultas Sastra Prof. Dr. R.M. Ng. Poerbatjaraka, kang luwih akèh ing Jakarta. Iki isih ditambah tugas liya, dadi guru basa Jawa Kuna kanggo tlatah Yogya.