Taun 1587 Masèhi masjid iki dibangun déning Panembahan Senapati, telung taun sawisé Ki Ageng Pamanahan séda. Saréyan Ki Ageng Pamanahan lan ibu Nyi Ageng Ngenis ana ing sakuloné Masjid Mataram. Nalika taun 1801 Panembahan Senapati séda lan digantèni déning Sunan Hanyokrowati utawa Panembahan Seda Krapyak. Ing taun 1613-1645 panguwasa Mataram dilenggahi déning Sultan Agung Hanyokrokusuma, punjering pamaréntahan pindhah menyang Kerta sakidulé Kotagede.