Métodhe liya kang bisa ditrepaké kanggo "alignment" sekuens yaiku métodhe kang gegandhéngan karo Hidden Markov Modhèl ("Modhél Markov Kadhelikaké", HMM). HMM iku modhèl statistika kang mula bukané dipigunaaké ing èlmu komputer kanggo ngenali wicaraning Manungsa ("speech recognition"). Saliyané dipigunaaké kanggo alignment, HMM uga dipigunaaké ing métodhe-métodhe analisis sekuens liyané, kaya prediksi laladan pawènèh kodhe protéin ing genom lan prédhiksi struktur sékundhèr protéin.