FKG UI madeg ing taun 1961, kanthi 71 mahasiswa minangka angkatan sepisanan. Fakultas iki dirintis amarga anané rasa prihatin bab kondhisi kadhokteran gigi ing Indonésia. Nalika semana, perbandingan antara dhokter gigi lan kang ndunungi isih njomplang banget, yaiku 1: 200.000, saliyané iku, lulusan dhokter gigi uga mung asal saka rong fakultas (FKG Unair lan FKG UGM) kanthi gunggung lulusan kang sethithik banget, ora tau punjul 35 wong.