Perang Donya II pecah ing Éropah ing taun 1939 lan Franklin mapan ing Cambridge. Piyambakipun lulus ing taun 1941 lan wiwit makarya kanthi sangu gelar dhoktoripun. Karyanipun gadhah fokus dhumateng masalah perang: sipat batu bara lan areng kayu sarta kepripun migunaaken kanthi èfisièn. Panjenenganipun nerbitaken 5 karya ing mata kuliah punika sadèrèngipun yuswa 26 taun. Karyanipun tetep dipunsitir sapunika, lan mbiyantu ngajengaken babagan serat karbon ingkang kiyat. Ing yuswa 26, Franklin nampi gelar Ph.D. lan perang nembé kémawon rampung. Panjenenganipun wiwit nyambut damel ing difraksi sinar-X—migunakaken sinar X kanggé damel gambar zat padhat ingkang dipunkristalaken. Panjenenganipun mandhégani panggunaan metodhe punika salebetipun nganalisis bahan ingkang rumit lan boten temata kados ta molekul biologis ingkang ageng, lan boten namung kristal tunggal.