Amarga lair ing lingkungan kraton, Wisnoe Wardhana bisa ngangsu kawruh srana sekolah kanthi murwat. Ora maido menawa sabanjuré dadi wong kang lantip amarga pasinaoné kang mempeng. Pendidikan dhasar katempuh ing Taman Siswa taun 1940. Mbacutaké pasinaon ing HIS Keputran Yogyakarta (1943-1946). Rampung saka HIS, banjur nempuh pasinaon ing SMP 1 Yogyakarta (1946-1950). Tamat saka SMP banjur mbacutaké pasinaoné ing SMU Padmanaba (saiki SMU 3) Yogyakarta lan rampung taun 1953. Taun 1954 mlebu kuliah ing Fakultas Kedokteran UGM, Yogyakarta. Durung marem kuliah ing Fakultas Kedokteran, Wisnoe Wardhana mlebu ing Fakultas Pedagogik nganti rampung taun 1962. Ing taun 1986 panjenengané ngrampungake program doktor ing IKIP Yogyakarta. 