Réseau Natura 2000
Le réseau Natura 2000 rassemble des sites naturels ou semi-naturels de l'Union européenne ayant une grande valeur patrimoniale, par la faune et la flore exceptionnelles qu'ils contiennent.

La constitution du réseau Natura 2000 a pour objectif de maintenir la diversité biologique des milieux, tout en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et régionales dans une logique de développement durable, et sachant que la conservation d'aires protégées et de la biodiversité présente également un intérêt économique à long terme.

La volonté de mettre en place un réseau européen de sites naturels répondait à un constat : conserver la biodiversité n'est possible qu'en prenant en compte les besoins des populations animales et végétales, qui ne connaissent en effet pas les frontières administratives entre États. Ces derniers sont chargés de mettre en place le réseau Natura 2000 subsidiairement aux échelles locales. La cartographie du réseau est consultable en ligne.

Le réseau de sites terrestres a été complété en 2008, puis en 2010, par un ensemble de sites maritimes, grâce à la démarche de l'Europe « Natura 2000 en mer ». Mi-2010, sur les  en cours de désignation « Natura 2000 », seulement cinquante étaient marins. Début 2011, le réseau était finalement étendu de près de  (principalement grâce à la République tchèque, au Danemark, à la France, l'Espagne et la Pologne), enrichi de zones marines (plus de ), ce qui lui fait atteindre près de 18 % du territoire terrestre de l'Union européenne et plus de  de ses mers et océans .

Historique 

En 1976, la commission européenne a émis une proposition de directive, qui a finalement été adoptée en 1979, visant à protéger les oiseaux sauvages. Elle enjoignait les 9 états-membres  à établir des zones de protection spéciale considérant que la protection des oiseaux était une responsabilité transfrontalière nécessitant des actions conjointes.

En 1987, l'acte unique européen donne la compétence à l'Union européenne  pour agir dans le domaine de l'environnement.

La directive habitats adoptée par les États membres de l'Union Européenne le 21 mai 1992 est à l'origine de la création de Natura 2000 à la même date, elle exige des États membres la désignation de zones spéciales de conservations (ZSC).

Le réseau Natura 2000 est mis en place en application de la directive oiseaux datant de 1979 (à l'origine de la création de zones de protection spéciale (ZPS) des oiseaux) et de la Directive Habitats datant de 1992 (à l'origine de la création de zones spéciales de conservation (ZSC)).

Encore en cours de constitution, il doit permettre de réaliser les objectifs fixés par la Convention sur la diversité biologique, adoptée lors du Sommet de la Terre de Rio de Janeiro en 1992 et ratifiée par la France en 1996.

La formation du réseau est initialement prévue pour l'an 2000 (d'où le chiffre 2000 accolé à Natura), et les listes des sites de conservation complétées en juin 2004. Les États membres de l'Union devaient sélectionner sur leur territoire les sites naturels qui devaient former le réseau, et fournir au plus tard en juin 1995 une liste nationale des sites soumis à la formation du réseau Natura 2000. En juin 1998 devait être achevée la seconde phase de constitution de Natura 2000, par la sélection définitive des sites d'importance communautaire (SIC), qui seraient ensuite intégrés au réseau Natura 2000 sous la désignation finale de zones spéciales de conservation (ZSC). Toutefois, la désignation des sites a pris du retard dans de nombreux pays. Par exemple, le réseau de sites français n'a été validé qu'en 2007, après de nombreux échanges avec la Commission européenne et un contentieux pour « désignation insuffisante de sites au titre de la directive Habitats faune flore ». La Pologne a également été mise en garde en 2006 par la Commission européenne.

Fonctionnement du réseau

Deux types de zones protégées 

La politique européenne pour mettre en place ce réseau s'appuie sur l'application des directives Oiseaux et Habitats, adoptées respectivement en 1979 et 1992 pour donner aux États membres de l’Union européenne un cadre commun d'intervention en faveur de la préservation des espèces et des milieux naturels. C'est donc la réunion des deux directives qui doit permettre la création du réseau.

Deux types de sites interviennent dans le réseau Natura 2000 : les ZPS et les ZSC.

Zone de protection spéciale (ZPS) 
La directive Oiseaux de 1979 enjoint les États membres de l’Union européenne à mettre en place des zones de protection spéciale (ZPS) sur les territoires les plus appropriés en nombre et en superficie afin d'assurer un bon état de conservation des espèces d'oiseaux menacées, vulnérables ou rares.

Les États sont libres dans leur méthodologie pour désigner des ZPS. Ces ZPS sont cependant validées par l'UE, sur la base de publications scientifiques, entre autres les inventaires de « Zones importante pour la conservation des oiseaux » produite par BirdLife International.

En France en particulier, le ministère de l'Écologie, a chargé en 1979, le museum national d'histoire naturelle et la ligue pour la protection des oiseaux d'identifier les sites qui pourraient devenir des ZPS.

Zone spéciale de conservation (ZSC) 
Les zones spéciales de conservation, instaurées par la directive Habitats en 1992, ont pour objectif la conservation de sites écologiques présentant soit :
 des habitats naturels ou semi-naturels d'intérêt communautaire, de par leur rareté, ou le rôle écologique primordial qu'ils jouent (dont la liste est établie par l'annexe I de la directive Habitats) ;
 des espèces de faune et de flore d'intérêt communautaire, là aussi pour leur rareté, leur valeur symbolique, le rôle essentiel qu'ils tiennent dans l'écosystème (et dont la liste est établie en annexe II de la directive Habitats).

La désignation des ZSC est plus longue que les ZPS. Chaque État commence à inventorier les sites potentiels sur son territoire. Il fait ensuite des propositions à la Commission européenne, sous la forme de PSIC (proposition de site d'intérêt communautaire). Après approbation par la Commission, le pSIC est inscrit comme site d'intérêt communautaire pour l'Union européenne et est intégré au réseau Natura 2000. Un arrêté ministériel désigne ensuite le site comme ZSC, lorsque son document d'objectif est terminé et approuvé (voir ci-dessous).

Natura 2000 en mer 

Chaque État membre ayant une façade littorale doit désigner un réseau cohérent et suffisant d'habitats naturels et d'espèces d’intérêt communautaire présents dans l’espace maritime, avant mi-2008. Pour les aider, la Commission européenne a publié un guide d’application de Natura 2000 en mer précisant : les aspects juridique et politique (directive cadre sur l’eau, politique maritime européenne, conventions régionales et internationales…) ; les définitions et recensement (par pays) des habitats et des espèces d’importance communautaire ; les éléments permettant de localiser, évaluer et de sélectionner des sites ; les mesures de gestion à y proposer et les liens avec la politique communautaire de la pêche. En France, les préfets ont en novembre 2007 lancé, sur des bases scientifiques, les procédures de désignation avec les DIREN et collectivités et acteurs de la mer, sur 96 secteurs considérés comme pertinents par le Muséum national d'histoire naturelle de Paris avec un triple objectif :
 retenir l’espace biologiquement nécessaire à la conservation des habitats et des espèces, en justifiant chaque site et en le considérant comme une « unité écologiquement fonctionnelle » ;
 envisager les unités de gestion pour un découpage cohérent des sites, en veillant au respect des exigences scientifiques, que chaque site représentera une unité de gestion, au regard des règles fixées par le code de l’environnement ;
 entourer la définition des périmètres des sites de toutes les expertises et de la concertation, dans le respect des exigences scientifiques fixées par les directives communautaires.

La gestion devant ensuite prendre en compte les exigences économiques, sociales, culturelles en jeu.

La Commission engage aussi les États membres à combler leurs lacunes scientifiques et encore améliorer la représentativité du réseau marin.

Gestion des sites 

La directive habitats n'imposait pas de méthode particulière à employer pour la désignation des sites ou le type de gestion à employer ; chaque État membre pouvant employer les méthodes qu'il souhaitait. La réglementation varie ainsi selon les États :
 stratégies d’achat de terres (Danemark, Pays-Bas) ;
 plans de gestion imposant des travaux de restauration (Belgique en Wallonie) ;
 plans de gestion réglementant la circulation pendant une période donnée (Belgique en Flandres) ;
 gestion nécessitant l’utilisation de permis pour la réalisation de certaines activités (Finlande).

La plupart des pays essaient d’utiliser les mesures agro-environnementales pour les activités agricoles dans le périmètre des sites Natura 2000, complété dans quelques pays par une approche contractuelle supplémentaire.

Seuls la France et le Royaume-Uni ont développé exclusivement des approches contractuelles pour l’ensemble des activités présentes dans les périmètres, avec un certain retard et des faiblesses dans l'application de la directive.

La gestion peut être centralisée, comme dans certains pays du Nord de l'Europe, ou décentralisée, par exemple, en Allemagne la désignation et la gestion des sites sont confiées aux Länder, en Belgique aux régions. Dans le cas de la Suède, la gestion des sites est confiée aux communes. La Grèce quant à elle compte créer des entités privées, mais contrôlées par l’État pour gérer ses sites.

Financement de Natura 2000 
Le texte de la directive Habitats prévoit que la prise en charge et l'application des mesures de protection et de gestion des sites peut imposer une charge financière trop importante pour certains États (du simple fait de la répartition inégale des sites d'intérêt communautaire au sein de l’Union). Le cas échéant, un cofinancement peut être prévu entre les États membres et la Communauté.

D'une façon générale, le financement des sites Natura 2000 et des contrats passés avec les utilisateurs peut être assuré par une ou plusieurs sources. Dans le cas français, il peut s'agir des fonds nationaux de gestion des espaces naturels, des fonds propres à Natura 2000 inscrits dans le cadre des contrats de projets État-région, du fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER), des fonds Life-Nature. Ce dernier est d'ailleurs majoritairement consacré aux projets intéressant les sites Natura 2000 et a ainsi permis de mettre en place la reproduction en captivité du lézard géant de La Gomera (Gallotia simonyii gomerana) que l'on croyait disparu, la protection en Hongrie des habitats de la vipère d'Orsini hongroise, la protection et la restauration de prairies et zones humides dans les Alpes autrichiennes, la rédaction des plans de gestion Natura 2000 de très nombreux sites, etc.

L'UE encourage les partenariats entre le public et les entreprises et attribue des prix dénommés « Partenaire de Natura 2000 » (Natura 2000 Partner Reward Scheme) pour la gestion en partenariat du réseau Natura 2000 et la communication sur ce réseau. La Commission a proposé de créer une plate-forme européenne d'appui technique sur le thème entreprises et biodiversité.

Évaluation quantitative et qualitative du réseau

Sur le plan quantitatif 
En 2006 (), dix nouveaux États membres avaient soumis leurs propositions de sites pour le réseau Natura 2000, certains pour une grande superficie (près de 30 % de la superficie de la Slovénie sont proposés en ZSC).

En juin 2007, l'Union européenne comptait , pour une superficie de , et  d'une superficie totale de . Mais de nombreux sites ont été désignés, dans leur totalité ou en partie, selon les deux directives. On ne peut donc pas additionner ces surfaces pour obtenir un chiffre global pour l'ensemble du réseau Natura 2000.

En décembre 2018, l'Union européenne comptait 5 646 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de , et 24 191 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie totale de , ce qui représente 18 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Union européenne.

Sur le plan qualitatif 
Chaque État membre doit maintenir ou restaurer un état de conservation favorable pour certaines espèces et habitats (dits d'intérêt européen) afin de contribuer au maintien de la biodiversité, lequel est nécessaire au bon état écologique par exemple demandé par la directive cadre sur l'eau. Une évaluation est requise par la directive tous les six ans, incluant :
 une évaluation de la contribution du réseau Natura 2000 à l'atteinte d'un état de conservation favorable pour les habitats et espèces d’intérêt communautaire ;
 une évaluation de la contribution de Natura 2000 au maintien de la biodiversité (via la conservation des habitats naturels et des espèces sauvages) ;
 une évaluation de la contribution du réseau Natura 2000 à la conservation de la biodiversité en général.

Les paramètres utilisés pour le calcul de cet « état de conservation » sont :
 pour un habitat : son aire de répartition naturelle, la surface recouverte par l’habitat, la structure et les fonctionnalités spécifiques de l’habitat, dont les espèces typiques, les perspectives futures qui lui sont associées ;
 pour une espèce : son aire de répartition naturelle, l’état de sa population, l’état de son habitat (habitat d’espèce), les perspectives futures qui lui sont associées.

Ce premier état des lieux s’est fait dans un cadre méthodologique commun pour tous les États membres.

En 2009, le « bon état de conservation » (tout comme le bon état écologique visé par la Directive cadre sur l'eau) n'est pas atteint pour de nombreux milieux, dont en France.

En 2020, la fin du plan stratégique 2011-2020 de la Convention sur la diversité biologique est l’occasion pour l’Union européenne de redéfinir un cadre stratégique global. L’efficacité de la gestion des aires protégées en Europe a besoin d’être améliorée. La nouvelle stratégie pour 2030 s’engage à gérer toutes les aires protégées, définir des objectifs et mesures de conservation clairs, afin de surveiller l’évolution. L’application des Directives Oiseaux et Habitats est essentielle.

: un réseau riche mais fragmenté 
Le réseau de sites Natura 2000 en Allemagne est très riche, mais est aussi plus fragmenté que le réseau français.

En décembre 2018, l'Allemagne comptait 5 200 sites dont :

 742 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de .
 4544 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de  ;

La superficie totale est de , ce qui représente 15,5 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Allemagne.

Bien que très nombreux, les sites allemands de Natura 2000 sont relativement petits, fragmentés et dépourvus de zones tampons.

En décembre 2018, l'Autriche comptait  dont :
 99 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de ;
 304 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 15,4 % de la surface terrestre du territoire de l'Autriche.

En décembre 2018, la Belgique comptait  dont :
 255 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 281 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 12,7 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Belgique.

En décembre 2018, la Bulgarie comptait  dont :

 119 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 233 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 34,5 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Bulgarie.

En décembre 2018, la Croatie comptait  dont :
 38 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 741 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 36,6 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Croatie.

En décembre 2018, Chypre comptait  dont :
 30 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 41 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 28,8 % de la surface terrestre et marine du territoire de Chypre.

En décembre 2018, le Danemark comptait  dont :
 124 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 269 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 8,4 % de la surface terrestre et marine du territoire du Danemark.

En décembre 2018, l'Espagne comptait  dont :
 647 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 1467 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 27,3 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Espagne.

En décembre 2018, l'Estonie comptait  dont :
 66 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 541 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 17,9 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Estonie.

En décembre 2018, la Finlande comptait  dont :
 470 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 1721 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 12,6 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Finlande.

En décembre 2018, le réseau Natura 2000 compte en France  dont  marins, comprenant :
 402 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux ;
 1 377 zones spéciales de conservation (ZSC) pour les habitats et les espèces.

La superficie totale est de , ce qui représente 12,9 % de la surface terrestre et marine du territoire de la France.

En décembre 2018, la Grèce comptait  dont :
 207 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 265 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 27,3 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Grèce.

En décembre 2018, la Hongrie comptait  dont :
 56 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 479 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 21,4 % de la surface terrestre du territoire de la Hongrie.

En décembre 2018, l'Irlande comptait  dont :
 165 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 439 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 13,1 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Irlande.

En décembre 2018, l'Italie comptait  dont :
 613 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 2335 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 19 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Italie.

En décembre 2018, la Lettonie comptait  dont :
 98 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 329 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 11,5 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Lettonie.

En décembre 2018, la Lituanie comptait  dont :
 84 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 481 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 12,4 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Lituanie.

En décembre 2018, le Luxembourg comptait  dont :
 18 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 48 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 27 % de la surface terrestre du territoire du Luxembourg.

En décembre 2018, Malte comptait  dont :
 21 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 37 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 13,3 % de la surface terrestre () et marine du territoire de Malte.

En décembre 2018, les Pays-Bas comptait  dont :
 77 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 139 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 13,3 % de la surface terrestre et marine du territoire des Pays-Bas.

En décembre 2018, la Pologne comptait  dont :
 145 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 849 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 19,6 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Pologne.

En décembre 2018, le Portugal comptait  dont :
 62 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 107 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .

La superficie totale est de , ce qui représente 20,7 % de la surface terrestre et marine du territoire du Portugal.

En décembre 2018, la République tchèque comptait  dont :
 41 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 1112 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .
 La superficie totale est de , ce qui représente 14,1 % de la surface terrestre du territoire de la République tchèque.

En décembre 2018, la Roumanie comptait  dont :
 171 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 435 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .
 La superficie totale est de , ce qui représente 22,7 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Roumanie.

En décembre 2018, le Royaume-Uni comptait  dont :
 276 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 660 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .
 La superficie totale est de , ce qui représente 8,6 % de la surface terrestre et marine du territoire du Royaume-Uni.

En décembre 2018, la Slovaquie comptait  dont :
 41 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 642 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .
 La superficie totale est de , ce qui représente 30 % de la surface terrestre du territoire de la Slovaquie.

En décembre 2018, la Slovénie comptait  dont :
 31 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 324 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .
 La superficie totale est de , ce qui représente 37,8 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Slovénie.

En décembre 2018, la Suède comptait  dont :
 548 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de  ;
 3991 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de .
 La superficie totale est de , ce qui représente 13,4 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Suède.

Natura 2000 et les nouveaux États membres 

L'entrée dans l'Union européenne des nouveaux États membres (dix nouveaux États en 2004, plus la Bulgarie et la Roumanie en 2007 et la Croatie en 2013), a provoqué la nécessaire mise à jour des habitats naturels et des espèces animales et végétales qui pouvaient bénéficier de l'inscription à Natura 2000. En effet, les nouveaux membres d'Europe centrale et orientale recèlent des espèces et des habitats naturels qui, en Europe de l’Ouest, n'existent naturellement pas, sont réduits à de faibles surfaces ou ont parfois disparu.

Cette mise à jour a surtout consisté à actualiser les annexes des directives. Dans la directive habitats, de nouveaux habitats naturels sont inscrits à l'annexe I (habitats considérés « d'intérêt communautaire »), comme les forêts calcicoles de pins sylvestres des Carpates occidentales, forêts de Cedrus brevifolia, etc.. De nouvelles espèces animales et végétales ont été inscrites à la directive ou ont vu leur statut modifié, comme le bison d'Europe, la tortue verte Chelonia mydas, la chauve-souris Rousettus aegyptiacus, le protée anguillard, plusieurs espèces de coléoptères et de papillons tel le cuivré de la bistorte (Lycaena helle), mais également de nombreuses espèces de plantes.

De nouvelles espèces d'oiseaux ont également été ajoutées aux annexes de la directive oiseaux, ou ont vu leur statut évoluer comme le faucon sacre (Falco cherrug), le gravelot à collier interrompu (Charadrius alexandrinus), la mouette pygmée (Larus minutus), etc.

En ce qui concerne les grands carnivores par exemple, des dérogations ont été demandées par les nouveaux États membres, du fait des fortes populations que certains pays possèdent encore. La Roumanie par exemple, comptait en 2005 près de  sur son territoire, dans la chaîne montagneuse des Carpates. En Lituanie, les loups sont encore chassés comme gibier, dans le respect de certains quotas et durant une période précise de l'année, du fait des fortes populations dans le pays. Le pays a donc obtenu une dérogation géographique pour les annexes II et IV de la directive Habitats, ce qui lui permet de ne pas désigner de nouvelles zones spéciales de conservation pour le loup (tant que l'état de conservation des populations lituaniennes reste bon néanmoins).

Polémique autour de Natura 2000 

La directive Habitats, puis le réseau Natura 2000 ont été accueillis par de vives critiques de la part de nombreuses personnes ou lobbies dans plusieurs des États membres de l'Union européenne, dont la France. La méfiance, voire le rejet des politiques européennes, de la part de certaines catégories d'acteurs refait périodiquement surface, notamment sur des sujets « sensibles » de conservation de la nature, comme le retour ou la réintroduction de grandes espèces de carnivores : ours brun, loup, lynx.

En France, un long et vigoureux débat a été nécessaire avant que les préfets et le ministère de l'Environnement et de l'Agriculture puissent constituer le réseau Natura 2000 sur le terrain, en montrant notamment que Natura 2000 n'était pas une  ou une confiscation des terres, mais une possibilité de travailler positivement et en commun au développement durable des espaces naturels d'importance communautaire. Des maires français disent s'être sentis obligés par les préfets de classer le territoire de leur commune pour entrer en conformité avec la directive Habitats, parfois pour de grandes surfaces du territoire communal.

Une étude basée sur  scientifiques couvrant la période 1998-2014 publiée en 2016 a porté sur les liens entre les aspects sociaux du réseau Natura 2000 et ses effets en matière de conservation de la nature. Elle a conclu que la gouvernance (complexe) de la biodiversité est étroitement liée aux processus sociaux et économiques et au comportement humain, et donc à l'appréciation que nous avons de ce qui pourrait améliorer la protection effective de la Nature. Les chercheurs ont cherché à identifier les lacunes en matière de connaissance, et à produire des recommandations pour améliorer la mise en œuvre du réseau. Ils estiment que Natura 2000 a montré être une initiative globalement réussie, mais encore améliorable : la participation des parties prenantes est encore trop limitée, la perception du réseau est trop négative et il existe un manque de considération du contexte local, notamment en raison de règles d'application manquant de souplesse. Ces trois éléments entravent l'efficacité du réseau, plus ou moins selon les États-Membres. Les auteurs recommandent donc d'augmenter la sensibilisation du public quant à l'importance de ce réseau, d'améliorer les capacités des autorités locales et les compensations pour les propriétaires privés et d'explorer les effets de la participation sur la conservation de la nature. Ils constatent aussi un manque d'analyse de type coût-avantages.

Natura 2000 et l’objectif 2010 
Depuis 2001 et le sixième programme d'action communautaire pour l'environnement, les États membres de l'Union européenne se sont engagés à mettre un terme à la disparition de la biodiversité d'ici à 2010, grâce au réseau Natura 2000, à l'intégration de la biodiversité dans les domaines de la pêche, l'agriculture, la sylviculture, la mise en place d'un plan de communication, et de nouveaux outils réglementaires, répondant ainsi aux engagements pris par les parties présentes à la convention de Johannesbourg sur le développement durable de 2002.

Pour répondre à cet objectif, la commission, sous la présidence irlandaise, s'est réunie en mai 2004 à Malahide. Le résultat de cette convention, communément appelé le « message de Malahide », a été de fixer pour objectif d'achever le réseau Natura 2000 terrestre en 2005 (objectif non atteint à l'échéance malgré d'importants progrès réalisés), de désigner les sites marins d'ici 2008 et de préciser de mettre en place les objectifs de gestion pour tous les sites Natura 2000 d'ici 2010. Si tous les objectifs sont remplis, le réseau devrait couvrir 18 % de la surface du territoire de l'Europe des 25.

Afin de renforcer la protection des sites Natura 2000, la directive sur la responsabilité environnementale, basée sur le principe pollueur-payeur en droit européen de l'environnement, devait être mise en place avant 2007, obligeant l'auteur de dégradations à compenser les dégâts ainsi qu'à restaurer les habitats et espèces affectés.

Un des objectifs pour 2010 est aussi de développer le réseau écologique paneuropéen et Natura 2000 dans leurs aspects marins. La Commission européenne a pour cela rédigé les lignes directrices d’un réseau Natura 2000 en milieu marin.

À ce titre, à la suite du Conseil des ministres du 5 novembre 2008,  marins nouveaux couvrant une surface de  sur les trois façades maritimes, ont été ajoutés au réseau Natura 2000. Les arrêtés du  de désignation de treize sites ont été publiés au J.O. du . Début 2011, le réseau comprenait plus de . D'autres sites ont été ajoutés en 2010.

Une nouvelle extension concernant quinze États membres a eu lieu en 2010, ajoutant en 2010 «  d’importance communautaire », dans six régions biogéographiques (régions alpine, atlantique, boréale, continentale, méditerranéenne et pannonienne). La Pologne a désigné  sites ( de grands lacs et systèmes fluviaux, plaines alluviales et forêts). La République tchèque a apporté  (dont hêtraies et prairies d'intérêt pour la biodiversité). Des ajustements de délimitation de sites existants ont aussi été faits.

Notes

Sources

Références

Bibliographie

Documents officiels

Ouvrages et articles

Sites internet

Compléments

Documentation 
 Cédérom « 37 sites Natura 2000 » (pour les opérateurs de sites), Complément au Guide méthodologique, ce CD contient les Documents d'objectifs des sites pilotes Natura 2000. Il est disponible à l'ATEN (Atelier Technique des Espaces Naturels)
 Mise en œuvre de la directive 92/43/CEE du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages (Rapport n°309 année 1996/1997). Jean-François Le Grand, sénateur de la Manche (Basse-Normandie).
 Natura 2000 : Préserver la biodiversité européenne, publié le 2008/11/11, en livre numérique Français ou en livre papier .

Articles connexes 
 Liste des sites Natura 2000 de France
 Site d'intérêt communautaire
 Réseau écologique paneuropéen, et plus généralement les notions de réseau écologique, corridor biologique et écologie du paysage
 La directive Habitats et les Zones spéciales de conservation
 La directive Oiseaux et les Zones de protection spéciale
 Zone importante pour la conservation des oiseaux
 Protection de la nature et de l'environnement en France
 BirdLife International
 Réseau des Conservatoires d'espaces naturels
 Liste des labels officiels français
 Convention de Berne

Liens externes 
 Liste des sites Natura 2000 en France, classés par région et avec liens vers leurs fiches respectives. Sur le site de l’Inventaire National du Patrimoine naturel (INPN).
 Liste des sites internet Natura 2000 des États membres de l'Union européenne :

Cartographie