ويعمل الصندوق مع الأفرقة المواضيعية المشتركة بين وكالات الأمم المتحدة ومن خلالها من أجل إيجاد الصلات بين المجالس الوطنية المعنية بالإيدز وبين دعاة المساواة بين الجنسين والمصابات بفيروس نقص المناعة البشرية/الإيدز.