ويقوم النائب الرئيسي للممثل الخاص للأمين العام بمساعدة الممثل الخاص في توجيه وإدارة البعثة، ويكفل اتباع نهج منسق على مستوى ركيزتي البعثة، وهما بناء المؤسسات (منظمة الأمن والتعاون في أوروبا) وإعادة بناء الاقتصاد (الاتحاد الأوروبي).