غير أن العديد من الدراسات أوضحت أن إنتاج الوقود من المواد الزراعية قد لا يكون ”خاليا من الكربون“ أو أن يساهم بشكل كبير في وقف انبعاثات ثاني أكسيد الكربون، عندما نحسب أنواع الوقود الأحفوري التي ما زالت ضرورية لزراعة المحاصيل الغذائية وحصادها وتحويلها إلى وقود أحيائي بنماذج الإنتاج الصناعي المميكنة إلى حد كبير.