وتشير الجمهورية العربية السورية إلى التصريحات المتكررة التي أدلى بها المسؤولون اللبنانيون حول انتماء أفراد هذا التنظيم إلى تنظيم ”القاعدة“، حيث صرح قائد الجيش اللبناني في 13 آب/أغسطس 2007، أن ”تنظيم فتح الإسلام هو فرع من تنظيم القاعدة ولا علاقة له بالمخابرات السورية“.