ووقعت أثناء أعمال القتال التي حدثت في ملكال انتهاكات هامة لحقوق الإنسان، عندما لم تميز القوات المسلحة السودانية والجماعات المسلحة المتحالفة معها، والجيش الشعبي لتحرير السودان، بين المقاتلين وغير المقاتلين، ولجأت إلى استخدام العنف على نحو غير متناسب مما نتج عنه خسائر كبيرة في أرواح المدنيين.