وخلافاً للتحقيق والإجراءات المتعلقة بالشركات المحلية، قد تواجه هيئات المنافسة، في حالة الشركات المتعددة الجنسيات، الكثير من الصعوبات المتمثلة في طول الفترة الزمنية المطلوبة للبت في القضية، وتفسير الوثائق المقدمة، والتحقيقات الميدانية عند اللزوم، وعملية عقد جلسات الاستماع، وما إلى ذلك.