وعلاوة على ذلك، مازالت القوات المسلحة السودانية تحتفظ بعدد كبير من القوات جنوب السودان، ولا سيما في ملكال (ولاية أعالي النيل) وفي منطقة بنتو (ولاية الوحدة) الغنية بالنفط، رغم أنه، وفقا للاتفاق، حُدد يوم 9 تموز/يوليه 2007 كموعد نهائي لانسحاب تلك القوات.