بيد أنه لا يزال هناك عدد من النقائص في جهاز الأمم المتحدة الإنمائي، بما في ذلك عدم التوازن في النسبة بين الموارد الأساسية والموارد غير الأساسية؛ وعدم توفر التخطيط والتنسيق في بناء القدرات الوطنية؛ والدور غير الكافي الذي تقوم به الحكومات المستفيدة في تنسيق تخطيط المساعدة وتقديمها.