ويعمل الصندوق مع إدارة عمليات حفظ السلام، وصندوق الأمم المتحدة الإنمائي للمرأة، وبرنامج الأمم المتحدة المشترك المعني بفيروس نقص المناعة البشرية/متلازمة نقص المناعة المكتسب (الإيدز) لوضع استراتيجيات دون إقليمية شاملة ومنسقة للوقاية من فيروس نقص المناعة البشرية تستهدف الفئات السكانية الضعيفة والأكثر تعرضا للخطر.