وقد اتخذ التعاون مع الاتحاد الأفريقي ومصرف التنمية الأفريقي الطابع المؤسسي عام 2006 بتنشيط الأمانة المشتركة لمفوضية الاتحاد الأفريقي واللجنة ومصرف التنمية الأفريقي، وتوقيع مجموعة من مذكرات التفاهم لتكون أساسا للتعاون في طائفة واسعة من القضايا الإنمائية.