فبالإضافة إلى التحديات التي تمثلها ترتيبات الأمن الواردة في اتفاق السلام الشامل، فإن التوترات بين الطوائف في جنوب السودان وفي المناطق الانتقالية ستظل تشكل تهديدات محلية، بل ربما تزداد في الفترة المؤدية إلى الانتخابات في عام 2009.