وقد أنشأ مجلس الرؤساء التنفيذيين لجنتين رفيعتي المستوى لمساعدته، هما: اللجنة البرنامجية الرفيعة المستوى، ويتمثل دورها المركزي في وضع سياسات واستراتيجيات وتوجيهات منسقة وفعالة لمنظومة الأمم المتحدة لمجابهة ما ينشأ من تحديات ومسائل فيما يتعلق بالتعاون والتنمية الدوليين؛ واللجنة الإدارية الرفيعة المستوى، التي تضع السياسة العامة وتقوم بإسداء التوجيه لمؤسسات المنظومة في المسائل الإدارية والتنظيمية التي تهم المنظومة ككل، وتعزز التعاون والتنسيق بين الوكالات بشأن هذه المسائل، وتساعد في إدارة النظام الموحد للأجور والاستحقاقات.