ومن خلال مذكرة تفاهم رسمية مؤرخة 29 تشرين الثاني/نوفمبر 2006 بين الأمم المتحدة ومكتب الصناديق الاستئمانية المتعددة المانحين، أعطيت للمكتب مسؤولية أداء الإدارة المالية للصندوق بينما احتفظت الأمانة العامة بالمسؤولية عن الجوانب البرنامجية، ويحتفظ رئيس مكتب دعم بناء السلام بمسؤولية الإدارة العامة عن إدارة الصندوق والإشراف عليه تحت سلطة الأمين العام.