وكان يجري تنسيق تنفيذ نتائج المؤتمر الدولي، وخاصة ميثاق الأمن والاستقرار والتنمية الصادر في كانون الأول/ديسمبر 2006، من قِبَل الأمانة التنفيذية لمؤتمر البحيرات الكبرى في بوجمبورا ببوروندي، وهي أمانة منشأة حديثا.