وركزت المناقشات التي دارت في اجتماع اللجنة التحضيرية لمعاهدة عدم انتشار الأسلحة النووية في عام 2004 وفي مؤتمر استعراض المعاهدة في عام 2005 في جزء كبير منها، على تحديات عدم الامتثال التي تواجه المعاهدة ونظام عدم الانتشار النووي من البرنامج النووي الإيراني السري الذي دام طوال عقدين من الزمن والذي ظهر إلى العلن للمرة الأولى في عام 2002.