ومن بين التحديات الأساسية التي تؤثر حاليا على جهود إندونيسيا في مكافحة فيروس نقص المناعة البشرية/ متلازمة نقص المناعة المكتسب (الإيدز)، أولا، الصعوبات التي تواجهها الفئات الشديدة التعرض للإصابة بفيروس نقص المناعة البشرية/متلازمة نقص المناعة المكتسب (الإيدز) في الحصول على برامج الوقاية والعلاج؛ وثانيا، تدني نسبة استخدام الرفالات؛ وثالثا، العدد المرتفع لمتعاطي المخدرات بالحقن الذين يشتركون في استعمال الإبر؛ ورابعا، الوصم والتمييز الذي يتعرض له المصابون بفيروس نقص المناعة البشرية؛ وخامسا، انعدام مرافق إجراء الفحوص الطوعية لاكتشاف فيروس نقص المناعة البشرية/متلازمة نقص المناعة المكتسب (الإيدز)، وعدم توفر العقاقير المضادة للفيروسات العكوسة.