وبينما حققت الولايتان بعض المكاسب مؤخرا، من تنفيذ اتفاق السلام الشامل، إلا أن المناطق التي تسيطر عليها الجبهة الشعبية لتحرير السودان داخلهما، ما زالت مستقلة إداريا ولها نظمها الخاصة بها في مجالي التعليم والشرطة مما يتعارض مع اتفاق السلام الشامل.