وتتولى لجنة تنسيق المرحلة الانتقالية، التي أنشأها قلم المحكمة، النظر في الجوانب العملية المرتبطة بنقل القضايا إلى الاختصاص القضائي الوطني، ولا سيما نقل المتهمين، وكفالة انتقال محامي الدفاع، واستمرار حماية الشهود.