وتشمل التكاليف غير المباشرة تحديد المشاريع وصياغتها وتقييمها؛ وأنشطة الرقابة والرصد العامة؛ واستلام المخصصات، وتقديم التقارير عن الموارد المالية؛ وتحديد طريقة التنفيذ وتقييم القدرات المحلية؛ وإعلام موظفي المشاريع وخبرائها الاستشاريين والاستماع إلى تقييماتهم في نهاية المشروع؛ والنظم والهياكل الأساسية لتكنولوجيا المعلومات والتصنيف وتقاسم المعارف.