وعلى الصعيد الوطني، يرأس الصندوق 17 فريقا مواضيعيا معنيا بقضايا الجنسين و 10 أفرقة أخرى معنية بقضايا الجنسين، كما يرأس أو يشترك فيما لا يقل عن 20 من الأفرقة المواضيعية الأخرى التابعة للأمم المتحدة والمعنية بفيروس نقص المناعة البشرية/الإيدز، أو الإدارة، أو حقوق الإنسان، أو الفقر.