وكانت البرامج التكميلية الرئيسية لعام 2006 هي تلك المتعلقة بإعادة اللاجئين السودانيين إلى الوطن وإعادة إدماجهم؛ وعملية العراق؛ وإعادة اللاجئين الكونغوليين إلى الوطن وإعادة إدماجهم؛ وعملية الزلزال/أمواج تسونامي في المحيط الهندي؛ وزلزال جنوب آسيا؛ وتوفير الحماية للاجئين والمشردين داخليا في دارفور وتقديم المساعدة إليهم.