وفي 1 حزيران/يونيه 2006، بدأت البعثة تسجيل القيود المفروضة على حرية تنقل المراقبين العسكريين، باعتبارها انتهاكات للاتفاق العسكري رقم 1، حيث تم تسجيل 539 انتهاكا من هذا القبيل من جانب الجيش الملكي المغربي، و 86 انتهاكا من جانب جبهة البوليساريو، خلال الفترة من 1 حزيران/يونيه إلى 5 تشرين الأول/أكتوبر 2006.