وتشمل تلك التحديات مسألة عدم التساوق، وعدم كفاية تمويل المشاريع المتعلقة بالمسائل الجنسانية، والتجزّؤ وعدم كفاية القدرات المؤسسية في مجالي الرصد والمساءلة فيما يتعلق بأداء المنظومة، إلى جانب ضعف القدرة على تعميم المنظور الجنساني.