وفي أثناء هذه الفترة، أنشأت اللجنة ثلاثة أفرقة عاملة: الأول في عام 2004، رأسه المقرر الخاص وساعد في مواصلة نظر اللجنة في الموضوع؛ والثاني في عام 2005، رأسه السيد إنريكيه كانديوتي، وقام باستعراض وتنقيح مشاريع المواد ال‍ 25 المتعلقة بقانون طبقات المياه الجوفية العابرة للحدود والتي اقترحها المقرر الخاص في تقريره الثالث A/CN.4/551) وCorr.1 و(Add.1، آخذاً في اعتباره المناقشة التي دارت في اللجنة؛ والثالث في عام 2006، رأسه السيد إنريكيه كانديوتي، وأنجز استعراض وتنقيح مشاريع المواد المقدمة من المقرر الخاص في تقريره الثالث.