وقد اتسم الغزو بانتهاكات منهجية وجسيمة للشعب التيموري: فقد زادت عملية القتل الجماعي والتهجير القسري والاختفاء والطرد خارج البلاد وتقييد الحركة والسخرة والاعتقال والاحتجاز بصورة تعسفية إلصاق التهم السياسية.