وفي الوقت ذاته، تنطوي زيادة إنتاج واستعمال الوقود الأحيائي على بعض المخاطر المتعلقة بتحويل استغلال الأراضي، والأمن الغذائي، والمحافظة على التنوع الأحيائي، واستخدام المياه ومشاركة صغار المزارعين في السوق.