وقد أنشأ المجلس لجنتين رفيعتي المستوى لمساعدته، هما: اللجنة البرنامجية الرفيعة المستوى، ويتمثل دورها المركزي في وضع سياسات واستراتيجيات وتوجيهات منسقة وفعالة لمنظومة الأمم المتحدة لمجابهة ما ينشأ من تحديات ومسائل فيما يتعلق بالتعاون والتنمية الدوليين؛ واللجنة الرفيعة المستوى للشؤون التنظيمية، وهي تقوم بإسداء التوجيه للمنظمات التابعة للمنظومة في المسائل الإدارية والتنظيمية التي تهم المنظومة ككل، وتعزيز التعاون والتنسيق بين الوكالات بشأن هذه المسائل، والمساعدة في إدارة النظام الموحد للأجور والاستحقاقات.