ولقد سمح برنامج الأنديز بالأخذ بنهج يقوم على حقوق الإنسان إزاء قضايا السكان الأصليين في إطار برنامج الأمم المتحدة الإنمائي، حيث أدت المفوضية دوراً هاماً في إنشاء فريق مشترك بين الوكالات يُعنى بالشعوب الأصلية والسكان المنحدرين من أصل أفريقي، وبادرت بتقديم تدريب مقابل أجر لأحد أفراد السكان الأصليين، وساهمت في نجاح الآلية الخاصة بمشاركة منظمات السكان الأصليين مع برنامج الأمم المتحدة الإنمائي/فريق الأمم المتحدة القطري.