فقد حولت عدة مجموعات كانت موالية في السابق للقوات المسلحة السودانية ولاءها إلى الجيش الشعبي لتحرير السودان وبقيت في الجنوب، بينما تم استيعاب مجموعات أخرى في العنصر الممثل للقوات المسلحة السودانية في المجموعات المتكاملة المشتركة.