ويتمثل أحد أهم التحديات المتبقية في توقف تنفيذ اتفاق وقف إطلاق النار الشامل المؤرخ 7 أيلول/ سبتمبر 2006 بين الحكومة وحركة التمرد الأخيرة (حزب تحرير شعب الهوتو - قوات التحرير الوطنية)، الذي حوّل البورونديين وشركاءهم عن التركيز على المهام العاجلة المتمثلة في المصالحة الوطنية وإعادة الإعمار.