وشملت هذه التحديات منازعات تتعلق بمشاركة الفصائل غير الموقعة في اجتماعات لجنة وقف إطلاق النار، وأساليب عمل ”الغرفتين“ التابعتين للجنة وقف إطلاق النار، ودفع البدلات لممثلي جيش تحرير السودان/(فصيل ميني ميناوي) المشاركين في لجنة وقف إطلاق النار.