وقد استخدمت البكتيريا الزرقاء البحرية في الإصلاح البيولوجي للمياه المستعملة، ولا سيما في إزالة المواد الناتجة من الصناعة من قبيل الفينول، والكالسيوم، والكلور في المعامل التي تعالج العظام، والفلزات الثقيلة بما فيها الكوبالت والكادميوم، وصبغ الميلانويدين الموجود في نفايات المصافي().